Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

Useat tutkimukset ovat tutkineet yhdistysten geneettistä vaihtelua

RAD23B

Ala249Val (rs1805329 C T) syöpä herkkyys; kuitenkin, havainnot ovat ristiriidassa. Suoritimme meta-analyysi hankkia tarkemman arvion suhteen.

Menetelmä

etsittiin kirjallisuudesta peräisin PubMed, EMBASE ja Web of Science. Yhdistettiin kertoimet suhdeluvut (syrjäisimmillä alueilla) ja 95%: n luottamusvälit (CI) laskettiin arvioida yhdistyksen välillä Ala249Val polymorfismin ja syöpäriskiä.

Tulokset

Yhteensä 23 tutkimusten koostuu 10837 tapauksia ja 13971 kontrollia sisällytettiin tähän meta-analyysiin. Kaiken kaikkiaan ei ole merkittävää esiintynyt eroja

RAD23B

Ala249Val polymorfismi ja syövän riskiä (Val /Val vs. Ala /Ala: OR = 0,97, 95% CI = 0,75-1,25; Ala /Val vs. Ala /Ala : OR = 1,08, 95% CI = 0,96-1,22; väistyvä malli: OR = 0,93, 95% CI = 0,76-1,14 ja hallitseva malli: OR = 1,07, 95% CI = 0,94-1,20). Emme löytäneet mitään merkittävää yhdistysten edelleen kerrostuminen analyysejä syövän tyypin, etnisyys ja lähde ohjaus.

Johtopäätökset

huolimatta joitakin rajoituksia, tämä meta-analyysi osoittaa, että on epätodennäköistä, että

RAD23B

249Val /Val polymorfismi voi edistää yksittäisten alttiutta syöpäriskiä. Kuitenkin edennyt suunniteltu tutkimuksia suurempi otoskoko ja eri etnisten ryhmien olisi suoritettava vahvistamaan tuloksemme.

Citation: Li Z, Zhang Y, Ying X, Song J, Zhang R, Li Z, et al. (2014) Association välillä

RAD23B

Ala249Val polymorfismi ja syöpäalttiutta: Todisteet meta-analyysi. PLoS ONE 9 (3): e91922. doi: 10,1371 /journal.pone.0091922

Toimittaja: Arthur J. Lustig, Tulanen yliopiston Health Sciences Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 1. syyskuuta 2013. Hyväksytty: 18 helmikuu 2014; Julkaistu 18 maaliskuuta 2014

Copyright: © 2014 Li et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus tukivat National Natural Science Foundation of China. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Syöpä on yksi johtavista kuolinsyistä taloudellisesti kehittyneissä maissa sekä kehitysmaissa. Maailmanlaajuinen syövän aiheuttamaa rasitetta kasvaa [1]. DNA-vaurioita on erittäin merkityksellisiä kaikilla onkologian. Useimmat mutaatiot ja suuri genomista muutokset (poistot, translokaatiot, Heterotsygotian menetys, ja monistukset), jotka ovat merkityksellisiä syöpä peräisin DNA vammoja [2]. Neljä suurta DNA korjaukseen reittejä olemassa nisäkässoluissa, jossa nukleotidin Leikkauskorjauksessa (NER) reitti on monipuolinen ja hyvin tutkituissa DNA korjaukseen [3], [4]. NER-reitillä on merkittäviä rooleja korjaus vieviä vaurioita, kuten tymiinidimeeri, valokuva-tuotteet, suurempia kemiallisia addukteja ja ristisidosten sekä ylläpitoon genomisen vakauden [4]. On ainakin neljä vaihetta reaktio (DNA-vaurioiden tunnistaminen, viiltäminen vaurioitunut DNA, korjaukseen lakkiutuneen DNA, DNA ligation) ja useita keskeisiä entsyymejä (XPC-RAD23B, CSB, piirtoheitinkalvosovitin ja XPF-ERCC1 jne) osallistuvat NER-reitin [4] – [6]. Polymorfismien liittyvistä geeneistä NER reitti voi muuttaa DNA korjaus kapasiteetti ja myös tärkeä rooli syövän synnyssä [7]. Esimerkiksi Lys939Gln ja Ala499Val sekä juoni (AT) poisto /lisäys polymorfismia

XPC

geeni liittyi merkittävästi lisääntyneeseen yleiseen syöpäriski [8], [9]. XPC sitoutuu RAD23B, ja muodostaa XPC-RAD23B kompleksi, joka pelaa tärkeä rooli vaurioituneen DNA tunnustamista ja DNA korjaus aloittamista NER koulutusjakson [10].

RAD23B

geeni, kutsutaan myös

HR23B

tai

HHR23B

, sijaitsee kromosomissa 9q31.2. On olemassa ainakin 1102 raportoi yhden emäksen monimuotoisuus (SNP)

RAD23B

geenialueen (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP).

RAD23B

Ala249Val (rs1805329 C T) on yksi tärkeä polymorfismien ja se koodaavat proteiinia mukana DNA-vaurioita tunnustamista, jotka vaikuttavat syöpäalttiutta yksilöillä [11]. Useat tutkimukset ovat keskittyneet yhdistyksen välillä

RAD23B

Ala249Val polymorfismia caner riski [12] – [31], mutta päätelmät ovat edelleen epäjohdonmukaisia. Mahdollisia syitä voivat olla pieni vaikutus polymorfismin syöpäriskiin ja suhteellisen pieni otoskoko kussakin julkaistussa tutkimuksessa. Siksi teimme tämä meta-analyysi yhdistämällä asiaankuuluvat julkaistut tutkimukset tehdä tarkempi arvio yhdistyksen.

Materiaalit ja menetelmät

Haku strategia

systemaattisesti etsitään PubMed , EMBASE ja Web of Science käyttämällä hakutermit: ”

RAD23B

tai

HR23B

tai

HHR23B

”, ”polymorfismi tai variantin tai muunnelma” ja ”syöpä tai syöpä tai kasvain ”(edellinen haku päivitettiin 2. marraskuuta 2013). Kaikki etsinyt tutkimukset haettiin, ja niiden viitteet tarkistettiin myös muita asiaan liittyvistä julkaisuista. Review artikkeleita ja lähdeluetteloissa muita asiaankuuluvia tutkimuksia tunnistettu etsittiin manuaalisesti saadakseen lisää oikeutettuja tutkimuksia. Ainoastaan ​​julkaisuja Englanti kanssa koko teksti saatavilla olivat mukana. Jos samalla potilasryhmällä käytettiin useissa julkaisuissa, vain viimeisin tutkimus sisällytettiin tähän meta-analyysiin.

ja poissulkukriteereitä

sisällyttäminen kriteerit olivat seuraavat: (a) arviointi yhdistyksen välillä

RAD23B

Ala249Val polymorfismi ja syövän riskiä, ​​(b) tapaus-verrokki suunnitelluissa tutkimuksissa, (c) riittävät tietojen arviointiin kertoimet suhdeluvut (syrjäisimmillä alueilla) ja 95%: n luottamusvälit (CI).

Poissulkukriteerit olivat seuraavat: (1) tutkimuksen suunnittelu, asia vain tai ei-syöpä vain otsikoista tutkimukset; (2) kaksoiskappale on aiemmin julkaistu tutkimus; (3) poikkeama Hardy-Weinberg tasapaino (HWE) kontrolleissa ilman todisteita muista polymorfismien

RAD23B

geenin tai muiden geenien.

Data louhinta

Kaksi kirjoittajat (Zhenjun Li ja Yan Zhang) itsenäisesti uutettu tiedot kaikista tukikelpoisten julkaisujen mukaan kriteerit. Kun kaksi kirjoittajat ollut erimielisyyttä tahansa elementtejä, kuten lähde valvonnan, etnisyyden ja jne, se ratkaistiin keskustelua niiden välillä. Jos yksimielisyyttä ei saavuteta, toisen kirjoittajan kuullaan ratkaisemaan riidan ja enemmistö teki lopullisen päätöksen. Seuraavat tiedot kerättiin kunkin tutkimuksen: ensin tekijän sukunimi, julkaisuvuosi, alkuperämaa, etnisyyden, syöpä tyyppi, lähde hallintalaitteiden, genotyypitysmenetelmää, kaikista tapauksista ja valvonta, ja numerot tapausten ja kontrollien kanssa Ala /Ala, Ala /Val ja Val /Val genotyyppien varten

RAD23B

Ala249Val polymorfismi, vastaavasti. Eri etnisten ryhmien luokiteltiin valkoihoinen, Aasian, latino, Afrikkalainen ja enemmän kuin yksi kansallisuus. Lähde valvonnan ositettiin väestön-pohjainen ja sairaala-pohjainen. Cancer tyyppi edelleen luokitella hengitysteiden, ruoansulatuskanavan, virtsateiden, rinta-, aivo- ja muu syöpä. Emme määritellä mitään vähimmäismäärää potilaita sisällyttää myös meta-analyysi.

Tilastolliset menetelmät

Käytimme hyvyys fit chi-neliö testi arvioimaan HWE tutkimusta varten, ja

P

0,05 katsottiin poikkeama HWE. Raaka syrjäisimmillä alueilla niiden vastaavien 95% CI arviointiin käytettiin voimakkuuden välisen assosiaation

RAD23B

Ala249Val polymorfismi ja syöpäriskiä. Yhdistetty syrjäisimmillä alueilla tehtiin homotsygoottista malli (Val /Val vs. Ala /Ala) heterotsygoottista malli (Ala /Val vs. Ala /Ala), resessiivinen malli (Val /Val vs. Ala /Ala + Ala /Val), ja hallitseva malli (Ala /Val + Val /Val vs. Ala /Ala), tässä järjestyksessä. Chi-square-pohjainen Q-testiä käytettiin tarkistaa heterogeenisuus oletukseen.

P

arvo on suurempi kuin 0,1 Q-testi ehdottaa puute heterogeenisuus tutkimuksia, joten käytimme kiinteiden vaikutusten malli (Mantel-Haenszel menetelmä) laskemiseksi yhdistettyä OR arvio kunkin tutkimuksen [ ,,,0],32]. Muutoin random-vaikutusten malli (jäljempänä Dersimonian ja Laird menetelmää) käytettiin [33]. Suoritimme alaryhmäanalyyseissa muuttujien syöpätyypin, etnisyys ja lähde valvontaa. Herkkyysanalyysi suoritettiin tarkkuuden arvioimiseksi ja vakautta tuloksia. Mahdolliset julkaisu bias arvioitiin suppiloon juoni, jossa keskivirhe log (OR) kukin tutkimus piirrettiin sen log (OR). Epäsymmetrinen juoni ehdottaa mahdollista julkaisu bias. Suppilo juoni epäsymmetria arvioitiin menetelmällä Egger n lineaarisen regression testi, lineaarinen regressio lähestymistapa mitata suppilo juoni epäsymmetria on luonnollinen logaritmi laajuus OR. Merkitys siepata määritettiin t-testin ehdottaman Egger (

P

0,05 pidettiin tilastollisesti merkitsevä) [34]. Kaikki tilastolliset testit suoritettiin STATA versio 11.0 (Stata Corporation, College Station, TX). Kaikki

P

arvot olivat kaksipuolisia, ja

P

0,05 katsottiin tilastollisesti merkitsevä.

Tulokset

Tutkimus ominaisuudet

Havaitsimme 43 mahdollisesti asiaan liittyvistä julkaisuista kun kattava kirjallisuuden seulonta edellisestä mainituista tietokannoista. Sen jälkeen arvioidaan julkaisujen mukaan ottamista /poissulkemisperusteet, 20 43 julkaisujen täyttänyt osallisuutta /poissulkemisperusteet ja sisällytettiin kädessä (kuvio 1) [12] – [31]. Yksi julkaisu on jätetty pois se keskittyi suullinen premalignien vaurioita, joita ei voida luokitella syöpää [35]. Toinen [36] suljettiin päällekkäisistä dataa aiemman tutkimuksen [19]. Loput 21 julkaisut eivät olleet assosiaatiotutkimuksilla. Tämän seurauksena, yhteensä 20 julkaisuissa, kuten 10837 tapauksissa ja 13971 valvonta käytettiin meta-analyysi. Julkaisuja tulosten raportointia useamman kuin yhden etnisen ryhmän [15] tai syöpätyypin [27], tulokset analysoitiin ja ilmoitetaan erikseen. Siksi 20 julkaisua ilmoitettiin 23 tutkimuksissa. Taulukossa 1 esitetään yhteenveto tutkimukset tunnistettu ja pääpiirteistä. Otoskoot vaihteli 61-1267 tapauksista, ja 111-2405 valvonnasta, jossa neljä tutkimuksessa keskityttiin tyypistä hengitysteiden syöpä, ruoansulatuskanavan syöpä, virtsateiden syöpä, aivokasvain sekä muita syöpiä, ja kolme rintasyövästä. Oli 17 tutkimuksia valkoihoiseen kolme tutkimusta aasialaiset, kaksi tutkimukset Latinot, yksi tutkimus afrikkalaisista, ja yksi on enemmän kuin yksi etnisyys, vastaavasti. Tapaukset varmistettiin histologisesti 12 tutkimuksessa, ja verrokit Hyväksytty sukupuolen ja iän 13 tutkimuksiin. Niistä 23 tutkimuksissa mukana meidän loppujen 11 oli väestöpohjainen, 12 oli sairaala-pohjainen. Jakautuminen genotyyppien kontrolleissa eivät poikkea HWE, paitsi kolme tutkimusta [17], [23], [24]. Kun otetaan huomioon jakelun genotyyppien muihin DNA korjaavien geenien kontrollien oli sopusoinnussa HWE, joten olemme mukana näissä kolmessa tutkimuksessa meidän lopulta suuremmaksi meidän otoskoko ja minimoida valinta bias.

Meta-analyysin tulos

tärkeimmät tulokset meta-analyysi on esitetty taulukossa 2 ja kuviossa 2. Yleisesti, mitään merkittäviä esiintynyt eroja

RAD23B

Ala249Val polymorfismi ja syöpäriskiä kun kaikki tutkimukset yhdistettiin osaksi meta-analyysi (Val /Val vs. Ala /Ala: OR = 0,97, 95% CI = 0,75-1,25; Ala /Val vs. Ala /Ala: OR = 1,08, 95% CI = 0,96 -1,22; väistyvä malli: OR = 0,93, 95% CI = 0,76-1,14 ja hallitseva malli: OR = 1,07, 95% CI = 0,94-1,20). Mitään merkittäviä yhdistysten ei havaittu, kun ositettu syöpätyypin, etnisyys ja lähde valvontaa.

Jokaisessa tutkimuksessa arvioiden syrjäisimpien alueiden ja niiden vastaavat 95% CI piirrettiin kanssa laatikko ja vaakasuora viiva. Symboli täynnä timantti viittaa yhdistettiin OR ja sen vastaava 95% CI.

Herkkyystarkastelu

Poistimme yhden tutkimuksessa mukana meta-analyysissä kerrallaan pohtia vaikutus yksittäisten tietojen asetettu yhdistetystä syrjäisimmille alueille, ja vastaavien yhdistettyjen syrjäisimpien ei olennaisesti muuttunut (tuloksia ei ole esitetty), mikä osoittaa, että tulokset olivat tilastollisesti varmana.

Julkaisu bias

käytimme Begg n suppilo juoni ja Egger testi arvioida julkaisun bias kirjallisuudessa. Muoto suppilon juoni paljasti joitakin todisteita ilmeisiä epäsymmetria ja löysimme yhden tutkimuksen voi johtaa julkaisun bias [30]. Siksi Egger n testiä käytettiin antamaan lisää tilastollista näyttöä suppilo juoni symmetria. Emme löytäneet mitään todisteita julkaisun bias tuloksista tämän tutkimuksen jälkeen jätettiin pois (

P =

0,426 Val /Val vs. Ala /Ala;

P

= 0,071 varten Ala /Val vs. Ala /Ala;

P =

0,458 varten väistyvä mallin ja

P =

0,087 varten hallitseva malli, vastaavasti).

keskustelu

suoritetaan tämä meta-analyysi mukaan lukien 10837 tapauksissa ja 13971 valvontaa arvioida yhdistyksen välillä

RAD23B

Ala249Val polymorfismi ja syöpäriskiä. Emme löytäneet mitään merkittävää yhteyttä välinen polymorfismin ja yleistä syöpäriskiä. Vaikka tarkkaa mekanismia, miten

RAD23B

Ala249Val polymorfismi vaikuttaa syöpäriskiin molekyylitasolla eivät ole tiedossa, vakiintuneiden tietoa rakenne- ja biologisia toimintoja

RAD23B

geeni voi merkitä mahdollista vaikutusta tämän polymorfismi.

RAD23B

geeni sijaitsee kromosomissa 9q31.2. Koodaama proteiini

RAD23B

on yksi kahdesta ihmisen homologit

Saccharomyces cerevisiae Rad23

. RAD23B ja XPC proteiinit sitoutuvat muodostamaan XPC-RAD23B heterodimeerinen subcomplex [6], [37], jolla on keskeinen rooli DNA-vaurioita tunnustamista NER globaalin genomin korjaukseen liittyvän reitin. On osoitettu, että polymorfismit DNA korjaavien geenien voi johtaa DNA: n korjaus kapasiteetti muutoksen, peräkkäin edistää syövän alttiuden [38]. Täten variantit molemmissa geenit voivat olla vuorovaikutuksessa estää NER ja lisätä syöpäriskiä [7].

alaryhmässä perustuvan analyysin etnisten ryhmien ja lähde valvonta, emme löytäneet mitään tilastollista merkittävyyttä. Mahdollinen syy yhdistyksen löydettiin tutkimuksessa ei saa kopioida kaikissa etnisten ryhmien voidaan katsoa johtuvan etnisen ero, joka saattaa altistaa eri ympäristössä sekä ruokavalion ero. Osa havainnoista voi johtua sattumasta, koska tutkimukset, joissa pieni näyte koko voi olla riittämätön tilastollinen voima havaita lievä vaikutus [39]. Rajallisuuden vuoksi tutkimuksia ja väestön määrän jokaisen etnisyyden mukana meta-analyysissä, tuloksemme on tulkittava varoen.

Huomasimme myös äskettäin kaksi meta-analyysit keskittyi yleisestä syöpäriskiä ja

XPC

geenipolymorfismien [8], [9]. XPC voi sitoutua RAD23B muodostamiseksi XPC-RAD23B kompleksi, joka on tärkeä rooli vaurioituneen DNA tunnustamista [10]. He, et al. [8] todettiin, että

XPC

Lys939Gln polymorfismi merkitsevästi yhteydessä yleisen syöpäriski 62 tutkimuksista, joissa on yhteensä 25708 syöpätapauksista ja 30432 valvontaa, he myös löysivät Ala499Val polymorfismi oli yhteydessä yleiseen syöpäriski todisteet 34 tutkimuksiin 14877 tapaukset ja 17888 valvontaa. Samoin, Dai et ai. [9] löysi myös

XPC

PAT + /+ kantajia voi olla kasvanut syöpäriski 32 julkaisuja 10214 tapauksia ja 11302 valvontaa. Kuitenkin tässä tutkimuksessa, emme löytäneet mitään todisteita yhteydestä

RAD23B

Ala249Val polymorfismi ja yleistä syöpäriskiä, ​​mikä voi johtua tästä polymorfismin altistaa heikko tai lähes mitään vaikutusta syöpäriskiin. Carcinogenesis on monimutkainen prosessi, ja eri tyyppisten syöpien voi olla eri mekanismeja. Lisäksi on mahdollista, että näytteen koko tahansa syöpä ei ole riittävä havaitsemiseksi -alueella.

Tupakointi on yksi riskitekijöistä keuhkosyövän sekä muissa syövissä, kuten virtsarakon syöpä [40 ], [41]. Tupakansavu sisältää ainakin 55 karsinogeeneja, voi tuottaa reaktiivisia happiradikaaleja ja peräkkäin lukemiin mutaatioita [42]. Syöpää voi olla vuorovaikutuksessa ihmisen DNA ja aiheuttavat DNA vahingot, ja jos jätetään korjaamatta, kuten DNA vahingot voivat aiheuttaa mutaatioita ja aloittaa kasvaimen kehittymisen [43]. Yin et ai. [44] todettiin, että raskas savukkeiden tupakoitsijat voi olla lisääntynyt keuhkosyövän riskiä. Altistuminen tiettyjen ympäristötekijöiden voidaan tarvita havaitsemiseksi yhdistyksen DNA korjaukseen polymorfismien ja syöpäriskiä.

Useat rajoitukset tämän meta-analyysissä olisi käsiteltävä. Ensinnäkin, numerot kunkin syöpä ja otoskokojen olivat suhteellisen pieniä, mahdollisesti riittämätön tilastollinen voima tutkia todellisia yhdistys; Toinen, tuloksemme perustuivat oikaisemattomaan arvioihin, kun taas tarkemman analyysin tulisi tehdä, jos raaka tiedot kunkin yksittäisen tutkimus oli saatavilla. Tämä mahdollistaisi säädön muiden co-variantit mukaan lukien ikä, sukupuoli, tupakointi, juominen tila, BMI, virusinfektio, ympäristötekijät, ja muut elämäntapa. Lisäksi olemme mukana vain artikkelit kirjoitettu Englanti, joka voi potentiaali neiti joitakin artikkeleita.

Kaiken kaikkiaan tämä meta-analyysi osoitti, että

RAD23B

Ala249 Val polymorfismi ei liittynyt syöpäalttiutta. Kuitenkin vuorovaikutukset geenivarianttien ja ympäristöllisiä riskitekijöitä, kuten tupakointi, alkoholi, infektio, ja auringossa tulisi harkita analyysissä. Tällaiset tutkimukset myös useampia näytteitä eri etnisten ryhmien, ympäristötekijät, ja riittävä biologinen näyttöä SNP toiminnot voivat johtaa parempaan, kokonaisvaltainen käsitys yhdistyksen välisen

RAD23B

Ala249Val polymorfismi ja syöpäriskiä.

tukeminen Information

tarkistuslista S1.

PRISMA tarkistuslista.

doi: 10,1371 /journal.pone.0091922.s001

(DOC) B