Krooninen sairaus

tiivistelmä

Tarkoitus

Kasvain p53 tiedetään inaktivoituu usein erilaisissa syövissä. Lisäksi, ituradan polymorfismien

TP53

tiedetään vaikuttavan proteiinin toiminnan ja vaikutuksen riski kehittää erilaisia ​​syöpiä. Tässä tutkimuksessa olemme analysoineet yhdistys

TP53

Pro72Arg polymorfismi kanssa levyepiteelisyövän suun kielen (SCCOT) ja ruokatorven (ESCC) Intiassa.

Methods

arvioinut jakelu

TP53

Pro72Arg polymorfismi sataviisitoista ja kahdeksankymmentäkaksi SCCOT ja ESCC potilaista, suhteen satakymmenen terveillä verrokeilla samasta populaatiosta. Lisäksi olemme analysoineet yhdistys polymorfismin useita kliinis-patologisia ja molekyylitason parametrit.

Tulokset

Pro72 alleeli oli merkittävästi rikastettu SCCOT potilailla verrattuna terveisiin ryhmä mutta kumpikaan alleeli rikastettiin in ESCC. Mielenkiintoista, Pro72 alleeli ensisijaisesti mutatoitunut ESCC joka vahvistettiin näytteiden analysointi heterotsygoottinen Pro72Arg.

Johtopäätökset

Tutkimus paljasti yhdistys Pro72 alleelin kanssa SCCOT viittaa vaikutus tämän polymorfismin vaikutus SCCOT riski. Etuuskohteluun mutaatio Pro72 alleelin yksinomaan ESCC osoittaa, että tarvitaan lisätutkimuksia ymmärtää kudoksen erityinen vaikutus p53 polymorfismin.

Citation: Adduri RSR, Katamoni R, Pandilla R, Madana SN, Paripati AK, Kotapalli V, et ai. (2014)

TP53

Pro72 alleelityypitys rikastuu Oral Tongue Cancer ja Usein mutatoitunut ruokatorven syöpään Intiassa. PLoS ONE 9 (12): e114002. doi: 10,1371 /journal.pone.0114002

Editor: Xin-Yuan Guan, The University of Hong Kong, Kiina

vastaanotettu: 07 elokuu 2014; Hyväksytty: 31 lokakuu 2014; Julkaistu: 01 joulukuu 2014

Copyright: © 2014 Adduri et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Data Saatavuus: Tällä kirjoittajat vahvistavat, että kaikki tiedot taustalla olevat havainnot ovat täysin saatavilla rajoituksetta. Kaikki asiaankuuluvat tiedot ovat paperi- ja sen tukeminen Information tiedostoja.

Rahoittajat: MDB sai Intian neuvoston Medical Research (ICMR), Govt. Intian (Grant nro 5/13/129/2009-NCD-III), neuvoston tieteellisen ja teollisen tutkimuksen (CSIR), Govt. Intian (Grant nro 27 (265) /12 /EMR-II), Department of Biotechnology, Govt. Intian (Grant No. BT /PR11873 /MED /30/173/2009) ja ydin avustusta Department of Biotechnology, Govt. Intian keskuksen DNA-sormenjälkien ja Diagnostics (CDFD). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

levyepiteelisyövän suullisen Tongue (SCCOT) on yleinen muoto pään ja kaulan levyepiteelisyöpä (HNSCC) ja sen esiintyvyys on jatkuvasti kasvaa maailmanlaajuisesti [1]. Kasvu esiintyvyys on todettu pääasiassa nuoremmilla potilailla [2], [3], joille se näyttää näytteille pienempi yhdessä yhteisiä riskitekijöitä, kuten alkoholin ja tupakan ehdotettiin mahdollisia geneettinen alttius [3]. SCCOT tiedetään olevan aggressiivinen ja liittyy korkeampia okkultismin ja solmukohtien etäpesäkkeitä verrattuna muihin HNSCC alatyyppeihin [4]. Se liittyy usein huono selviytyminen joka ei ole parantunut merkittävästi viimeisten neljän vuosikymmenen [5], [6]. Ruokatorven syöpä (EY) on kuudes ja kahdeksas yleisin syöpä miehillä ja naisilla vastaavasti Intiassa (https://www.icmr.nic.in/ncrp/report_pop_2001-04/cancer_p_based.htm). Levyepiteelikarsinooma (ESCC; esiintyy yleensä proksimaalisten ja keski ruokatorven) ja adenovirukset (EAC, esiintyy pääasiassa distaalisessa ruokatorven) karsinooma ovat kaksi EY alatyyppiä [7]. Vaikka ESCC oli yleisempää muutama vuosikymmen sitten, nopea kasvu EAC on havaittu 1980-luvulta lähtien lännen [8], rinnan ilmaantuvuus lisääntyi ruoansulatuskanavan refleksi tauti (GERD). GERD aiheuttaa tulehduksen aiheuttama patologinen tila nimeltään ”Barrettin ruokatorvi”, joka altistaa EAC [9]. Vaikka samanlainen suuntaus kasvua GERD on todettu Aasian maissa viime vuosikymmeninä ESCC edelleen tärkein EY alatyyppi [10], mikä viittaa siihen mahdollisuuteen rooli geneettisten tekijöiden. Koska sen lähemmäksi sijainti kaulaan ja yhtäläisyyksiä kasvainten synnyssä kulkuväylillä ESCC on joskus luokiteltu HNSCC.

Somaattiset inaktivaatio

TP53

on yleinen tapahtuma useimmat syövät taas sukusolulinjaan poikkeamiin liittyy Li-Fraumeni [11], perinnöllinen syöpä taipumus oireyhtymä. Yhteiset tilat p53 inaktivaation ovat pistemutaatioita, alleelinen menetys [12] ja inaktivaatio välittävät oncoviral proteiinit [13]. Lisäksi lukuisat polymorfismit esiintyvät

TP53

joista vain muutamat ovat ehdottaneet häiritse proteiinin toiminnan ja voi vaikuttaa syövän alttiuden [14]. Näistä kodoni 72 Pro /Arg polymorfismi (rs1042522) on yleisin ja hyvin tutkittu. Kahden p53 codon72 alleelit koodaavat proliini (Pro72) tai arginiini (Arg72), joka sijaitsee polyproliini alueen välissä transaktivaatiota ja DNA: ta sitova domeenit ja voivat vaikuttaa rakenteen oletetun SH3-sitova domeeni [15]. Pro72 alleeli tiedetään liittyvän sepelvaltimotautiin [16], suurempi alttius endometrioosia [17], ensisijainen avokulmaglaukooma [18], punahukka (erityisesti aasialaiset) [19] ja haavainen paksusuolen tulehdus [20] kun taas Arg72 alleeli diabeettisen nefropatian etenemistä [21]. Vielä tärkeämpää on, polymorfismi näyttelyitä vaihtelevia yhdessä riski [22], [23], selviytyminen [24], [25], ja hoitovastetta [25] useissa syövistä eri populaatioissa.

Nykyisessä tutkimuksessa olemme arvioineet taajuus Pro72Arg polymorfismin SCCOT ja ESCC. Pro72 alleeli näytti olevan merkitsevästi yhteydessä SCCOT taas ole yhteyttä joko alleeli havaittiin ESCC. Kuitenkin ESCC,

TP53

DNA: ta sitovan domeenin mutaatioita esiintyi merkittävästi korkeampi taajuus Pro72 alleelin.

Materiaalit ja menetelmät

Patient ja kontrollinäytteiden

sataviisitoista ja kahdeksankymmentäkaksi aiemmin hoitamaton ja kirurgisesti toistoleikattiin SCCOT ja ESCC näytteitä vastaavasti kerättiin vuosina 2007-2013 kolmesta sairaaloissa Hyderabad, Intia jälkeen lupaa. Seitsemänkymmentä kaksi ja seitsemänkymmentäviisi SCCOT ja ESCC potilaista olivat aikaisemmissa tutkimuksissa [26], [27]. Kliinis-patologisia tiedot potilaille annetaan taulukossa S1. Mediaani-ikä ja miesten ja naisten suhde oli 49 ja 50; ja 1,94 ja 1 SCCOT ja ESCC vastaavasti. Perifeerinen veri satakymmenen iän ja sukupuolen Hyväksytty syöpä vapaa terveille henkilöille, jotka kuuluvat samaan maantieteelliseen alueeseen kerättiin.

Ethics selvitys

hyväksyi tutkimuksen eettisten toimikuntien Apollo Sairaalat (14 /05/2005), mnj syöpäinstituutti ja alueellisen Cancer Centre (23/09/2006 ja 20/10/2008) ja Indo-American Cancer Institute ja tutkimuskeskus (08.08.2007) sekä institutionaalisten bioetiikkaneuvoston of keskus DNA sormenjälkien ja Diagnostics (CDFD) (20.12.2009) kohti muutettu Helsingin julistuksen 2005. Kaikki näytteet kerättiin seuraavista kirjallinen lupa.

genotyypin

DNA eristettiin histologisesti vahvistanut normaalia kudosta vieressä kasvain kunkin näytteen yksityiskohtaisena asiakirjassa S1. Genotyypitys kodonin 72 suoritettiin käyttäen kaksitahoinen lähestymistapa lukien PCR-RFLP (kuvio 1A) [28] ja alleeli PCR (kuvio 1A) [29] edellä kuvatulla tavalla. Tulokset itsenäisesti vahvistettiin kaksikymmentä viisitoista SCCOT ja ESCC näytteitä vastaavasti käyttäen kaksisuuntaista Sangerin sekvensointia on 3100 Genetic Analyzer (ABI Inc., Foster City, CA, USA) (kuvio 1 B). Alukesekvenssit on esitetty taulukossa S2.

paneeli A, PCR-RFLP-analyysi vahvisti, alleelispesifisellä PCR suoritettiin, kuten on kuvattu materiaalit ja menetelmät osassa. M, 50 emäsparin DNA-tikkaat; 1, Pro /Pro; 2, Pro /Arg; 3, Arg /Arg; ja C, ei malli ohjaus. Paneeli B, Sanger sekvensointi. Pro /Pro (vasemmalla), Pro /Arg (keskellä) ja Arg /Arg (oikealla).

TP53

mutaatio seulonta

TP53

mutaatio seulonta suoritettiin, kuten aiemmin on kuvattu [26]. Tunnistaa onko Pro72 tai Arg72 alleeli kätkeminen p53-mutaatio näytteistä heterotsygoottinen Pro72Arg polymorfismi, pitkä amplikonin (~2700 bp) ulottuu eksonien 4-8

TP53

(joka sisältää kodonin 72 samoin koska koodaavan alueen DNA: ta sitovan domeenin) monistettiin (Alukeparit Arg

+ ja eksoni 8R, taulukko S2) genomisesta DNA: sta ja kloonattiin TA-vektoriin (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA). Yhdistelmä-DNA-plasmidit seulottiin mutaatio sekä kodonin 72 polymorfismin käyttäen kaksisuuntaista Sangerin sekvensoinnilla.

Molecular analyysi

tila p53 ydin- vakauttamisen,

TP53

mutaatio (vain for SCCOT), EGFR yli ilme, mikrosatelliittien epävakaus, β-kateniinin ydinvoiman lokalisointi tila (vain ESCC), HPV-infektion ja LOH ja kliinis-patologinen muuttujien kuten ikä, sukupuoli, tupakointi, alkoholin, laatu ja patologinen vaiheessa ilmoitettiin meidän aikaisemmat tutkimukset [26], [27].

tilastollinen

Poikkeaminen Hardy-Weinberg tasapainon genotyypin taajuus tapauksissa ja valvontaa, analysoitiin χ

2 testiä. Ristitulosuhde ja vastaavat 95%: n luottamusväli sairauden riskin laskettiin. Hallitseva, codominant, peittyvästi, yli hallitseva ja log lisäaine perintö malleja testattiin onko SNP liittyi tautiin. Akaike (AIC) ja Bayesian (BIC) tiedot kriteeri lisäksi χ

2 p arvoja käytetään valitsemaan paras malli perintö. Association eri genotyyppien ja kliinis-patologisten muuttujia arvioitiin käyttäen χ

2 tai Fisherin tarkkaa testiä tarvittaessa.

Tulokset

TP53

Pro72 alleeli on rikastunut SCCOT mutta ei ESCC potilailla

Analysoimme jakautumista p53-kodonin 72 genotyyppien SCCOT ja ESCC suhteessa terveisiin kontrolleihin (kuvio 1), kuten on kuvattu materiaalit ja menetelmät osassa. 26 (23,6%), 53 (48,2%) ja 31 (28,2%) kontrollinäytteitä kanna Pro /Pro, Pro /Arg ja Arg /Arg genotyyppien, vastaavasti, joilla näin ollen ei merkittävää rikastumista yhden alleelin yli muiden (taulukko 1) . Kuitenkin, Pro72 alleeli näytti olevan merkittävästi rikastettu SCCOT verrattuna kontrolleihin (taulukko 1), kun taas mitään merkittävää rikastamiseen havaittu ESCC (taulukko 1). Genotyypin jakaumat SCCOT ja ESCC näytteitä sekä tarkastuksia ei poikkeamatta Hardy-Weinberg tasapaino (taulukko 1). Co-hallitseva, resessiivinen ja log-lisäaine geneettinen mallien havaittiin olevan sopiva perintömaahan SCCOT tämän SNP (taulukko S3A). Kuitenkin alin arvo AIC (310,7) ja BIC (317) ja resessiivinen malli osoittaa sen olevan paras malli (taulukko S3A). Sen sijaan ESCC eivät osoittaneet yhdessä geneettistä mallia (taulukko S3B) odotetusti. Mikään useita molekyyli- ja kliinis-patologisten muuttujat näytteillä merkittävää yhteyttä kodonin 72 alleelin esiintymistiheys SCCOT ja ESCC (taulukko S1).

TP53

mutaatiot yksinomaan niissä ESCC kasvaimissa kanssa p53 ydinaseiden vakauttaminen

TP53

mutaatiostatus kerrottiin aikaisemmin kaikille SCCOT analysoitujen näytteiden edellisessä tutkimuksessa [26]; mutaatiot liittyy huono tautikohtaisten selviytyminen [26] mutta ei useiden kliinis- patologinen parametrit luetellaan materiaalit ja menetelmät osassa. Seuloimme ESCC näytteiden somaattisten mutaatioiden eksonit 5-8

TP53

, jotka koodaavat DNA: ta sitovan domeenin ja niiden tiedetään satama suurin syöpään liittyvät mutaatiot [30]. Mutaatiot havaittiin kaksikymmentäyhdeksän neljäkymmentä viiden näytteen näytteille ydin- vakauttaminen ja yksikään kolmekymmentäseitsemän näytteiden ei viittaa siihen, että puuttuminen ydin- stabilointi voi olla luotettava indikaattori puuttuminen

TP53

DNA: ta sitova domeeni mutaatio ESCC . Yhteensä kaksikymmentäseitsemän (yhdeksäntoista missensemutaatio, kolme nonsense ja viisi indeleitä) mutaatiota (kaikki heterotsygoottista) tunnistettiin. Kaksi mutaatiota (c.610G T (p.E204X) ja c.566delC (s. P190Lfs * 57)) havaittiin kaksi näytettä kussakin (taulukko S4). Havaitsimme kolme uutta somaattisista mutaatioista

eli.

, C.621_639del19, c.454_466dupCCGCCCGGCACCC ja c.428_432delTGCAG + 440delG (taulukko S4). Yksityiskohtainen kuvaus uusien mutaatioiden on esitetty asiakirjassa S2. Mutaatiot ESCC eivät liittyneet johonkin kliinis-patologinen muuttujat analysoitiin (taulukko S5). Osuus siirtymiä ja transversioita (kuvio S1A) sekä kehyksenvaihdon, missense ja nonsensemutaatiota (kuvio S1B) olivat edellisiin raportteja ESCC kohti International Agency for Research Cancer (IARC)

TP53

tietokanta [ ,,,0],15]. Mielenkiintoista, osuus poistoista oli korkeampi kuin raportoitu

TP53

tietokannan (kuvio S1B). G: C V: T siirtymiä muodosti suuret

TP53

mutaatio tyyppi (9/29; 34,48%) vuonna ESCC näytteet tässä tutkimuksessa samanlainen tietokantaan [15]. Kuitenkin taajuus C T siirtymät CpG dinukleotideissä oli alhaisempi (10,34%), kun taas tiheys poistoja (5/29; 17,24%) oli suurempi kuin ilmoitetaan tietokantaan [15].

Pro72 alleeli kanna inaktivoimalla mutaatiot usein ESCC

P53 DNA: ta sitovan mutaatioita ei liittynyt kodonissa 72 genotyypin SCCOT (p = 0,917) (taulukko 2). Sen sijaan ESCC näytteitä Pro /Pro (10/20, 50%) genotyypin olivat todennäköisesti satamaan mutaation kuin näytteiden Arg /Arg genotyypin (5/16; 31,3%) (p = 0,289) (taulukko 2). Siksi eteni onko Pro72 alleeli useammin mutatoitunut näytteitä analysoimalla heterotsygoottinen Pro72Arg polymorfismi. Yksi PCR-tuote, joka sisälsi mutaation sekä polymorfismi tuotettiin ja kloonattiin sopivaan plasmidivektoriin ja sekvensoitiin sen määrittämiseksi, onko mutaatio oli läsnä Pro72 tai Arg72-alleeli. Kuten kuvassa 2, mutaatio oli ensisijaisesti sijaitsee Pro72 alleelin (p = 0,0001) (taulukko 2), mikä tukee saatu tulos näytteille homotsygoottisia kodonin 72 ja jonka avulla voimme vertailla Pro72Arg polymorfismin ja p53-mutaation tilan kaikille 75 ESCC näytteet, jotka osoittivat, että mutaatio oli merkitsevästi yhteydessä Pro72 alleeli (p = 0,0018) (taulukko 2).

Electrophoretograms osoittaa mutaatio (vasemmalla) ja kodonin 72 polymorfismin (oikea) jokaisesta neljätoista näytteet on esitetty. Sijainti missense ja deleetiomutaatioiden osoitetaan nuolilla ja baareja, vastaavasti. Proliini (CCC) tai arginiini (CGC) kodonit on merkitty baari.

Mielenkiintoista, mutaatiot odotetaan aiheuttavan p53 katkaisu (roskaa ja kehyksenvaihdon) olivat yksinomaan tunnistettu Pro72 alleelin (8 /8, 100%) vuonna ESCC näytteissä. Kuitenkin yksi deleetio ja yksi monimutkainen mutaatio (koko kuusi mutaatiota) havaittiin Arg72 alleelin sekä ei odoteta muuttavan lukukehys, ja näin ollen ei saa aiheuttaa proteiinin katkaisu. Vain 16,67% on

TP53

mutaatioita SCCOT [26] (verrattuna 27,59% vuonna ESCC) odotettiin johtavan p53 katkaisu, edelleen viittaa eroja biologian SCCOT ja ESCC suhteen p53-toiminto.

keskustelu

Useat tutkimukset suoritetaan sekoitus Pään ja kaulan okasolusyöpä (HNSCC) näytteet eivät havainneet mitään merkittävää yhteyttä

TP53

kodonin 72 polymorfismin [31] – [ ,,,0],33] johtuu ehkä heterogeenisuudesta kasvaimen alatyyppejä. Tutkimukset kasvaimia erityisten HNSCC päällä ja /tai molekyylien alatyypin eivät kuitenkaan paljasta yhdessä polymorfismi eri etnisten ryhmien [34] – [37]. Parhaan tietomme mukaan tämä on ensimmäinen erityistapaus verrokkitutkimuksen sitoutunut etsimään yhdistyksen välillä

TP53

Pro72Arg polymorfismin ja SCCOT. On ristiriitaisia ​​raportteja yhdistys Pro72Arg polymorfismin kanssa ESCC riski tutkimusten raportoinnin merkittävää yhteyttä Pro72 [22], [23], [38], [39], Arg72 [40] tai ei [41], [42]. Mielenkiintoista on, että vaikutus voi vaihdella saman väestöstä [22], [40]. Meidän analyysi paljasti, että Pro72 alleeli merkitsevästi yhteydessä SCCOT mutta ei ESCC heijastaen ehkä eroja biologian SCCOT ja ESCC keskuudessa intiaaneja. Huomattavaa on, että tuoreessa tutkimuksessa todettiin merkittäviä eroja p53 toiminnon välillä Arg72 ja Pro72 alleeli. Kuitenkin tämä ero oli kudosspesifisiä [43]. Lisäksi ehdotettiin, että Pro72 alleeli voisi olla tehokkaampaa aiheuttamisessa solusyklin pysähtymiseen [44], kun taas Arg72 alleelin osoittautui tehokkaammaksi apoptoosin ja lokalisointi mitokondriot [45]. Vaikka on osoitettu, että Arg72 alleeli voitaisiin tehokkaammin kohdistaa HPV-proteiini E6 [29], emme havaitse mitään merkittävää yhteyttä tässä tutkimuksessa.

Samanlaisia ​​tuloksemme Toisessa tutkimuksessa Intiasta myös raportoitu puuttuminen on

TP53

mutaatioita ESCC kasvaimissa ilman ydin- vakauttaminen [46], toisin kuin raportit muista maista (54-55) osoittaa ehkä ominaisuus yksinomaan liittyy Intian väestöstä. Lisäksi ESCC

TP53

somaattinen mutaatio spektri havaittu tässä tutkimuksessa on samanlainen havaintojen aikaisemmin Intiasta [47]. Alempi osa G: C V: T siirtymiä at CpG dinukleotidejä (johtuu spontaani Deaminoimalla sytosiinin) yksilöityjen ESCC näytteet tässä tutkimuksessa on yhdenmukainen aiempien tutkimusten kanssa Intiasta [47]. Korkeampi taajuus G: C V: T siirtymiä ei-CpG sivustoja voidaan katsoa alkyloivat aineet elintarvikkeissa ja ympäristössä [48]. Huomattavaa on, että nitrosamiinien alkoholijuomien [49] ja lihajalosteiden [50] tiedetään lisäävän riskiä ruokatorven ja mahalaukun syöpä, vastaavasti. ESCC tutkimukset Iranista [51] sekä Etelä-Brasiliassa [52] ilmoitetaan yhteenliittymän tapana juo kuumaa teetä G: C V: T siirtymiä.

Parhaan tietomme mukaan tämä on vain tutkia arvioida tilan

TP53

mutaatio Pro /Arg heterotsygootteja, jonka odotetaan antaa tarkempaa tietoa laajuudesta yhdistyksen sillä molemmat alleelit ovat läsnä samassa geneettinen tausta. Havaitsimme, että p53 DNA: ta sitovan domeenin mutaatiot pääasiassa havaittu Pro72 alleelin (verrattuna Arg72 alleelin) in ESCC taas kumpikaan alleeli ensisijaisesti mutatoitunut SCCOT. Useat tutkimukset eri syöpiin raportoitu mahdollista yhteyttä p53 DNA: ta sitovan domeenin mutaation Arg72 alleeli [53], [54], kun raportoitu muutamia muuten [24], [55]. Ehkä, yhdistys voi vaihdella etnisen [24]. P53 Arg72 on ehdotettu olevan tehokkaampi kuin p53 Pro72 sitoviin ja inaktivoimalla p73, p53 homologi, joka voi transaktivoida p53 tavoitteet [56]. Lisäksi aiemmat tutkimukset osoittivat myös, että mutatoitunut Pro72 alleeli voi olla korkeampi potentiaali inaktivoida p53 itsensä [57]. Huomattavaa on, että ESCC esiintyy usein inaktivoinnin p73 kautta Heterotsygotian menetys [58], mikä ehkä selittää korkeamman taajuuden mutaation Pro72 alleelin aiheuttaa inaktivoitumista p53.

Mielenkiintoista, havaitsimme proteiini lyhennetty liittyviä mutaatioita yksinomaan Pro72 alleeli ESCC. Huomattavaa on, että katkaisu mutaatiot odotetaan täysin kumota p53-toiminto, kun missensemutaatioita voidaan odottaa säilyttää osittaiseen /muuttunut aktiivisuus. Lisäksi, toisin kuin tynkämutaation, joiden mutaatiot p53 DNA: ta sitova domeeni voidaan muuttaa kyky p53 sitoutumaan DNA: han ja transaktivoida kohdegeenien, mutta ei saa vaikuttaa p53 toimii yksinomaan muihin toimialueisiin proteiinia [59]. Täten täydellisen inaktivoinnin Pro72 voisi olla tuumorigeenisemmiksi kuin Arg72 vuonna ESCC.

Johtopäätös

Tämä tutkimus on paljastanut vaikutus

TP53

Pro72 alleelin riski kasvaa SCCOT ja ehdotti että SCCOT voi olla biologinen ero muihin muotoihin HNSCC. Ainutlaatuinen piirre tässä tutkimuksessa oli määrittäminen mutaatiostatusta näytteissä heterotsygoottisia p53 Pro72Arg polymorfismi, jonka avulla voimme päätellä, että Pro72 alleeli todellakin ensisijaisesti mutatoitunut ESCC. Tuloksemme tukevat aikaisempia havaintoja viittaa eri käyttäytymistä p53 Pro72Arg alleelit eri syöpätyyppejä ja etnisten ryhmien ja ehdottaa erillisiä molekyyli p53 Arg72 ja p53 Pro72 suhteen liittyy mutaatio, vuonna ESCC. Lisätutkimukset muiden syöpien olisi tehtävä analysoida yhdistyksen polymorfismin ja mutaation. Tuloksemme voidaan laajentaa vaikutuksen analysoimiseksi polymorfismin ja mutaation potilaiden selviytymisen ja vaste Chemo /sädehoidot. Molecular ja toiminnallisia tutkimuksia mutantti p53 Pro72 ja Arg72 tausta voisi valaista ero aktiivisuutta p53. Lopuksi selvittämiseksi vaikutus polymorfismin vaikutus mutaatio, joissa käytettiin eläinmalleja voi auttaa ymmärtämään rooli tämän polymorfismin kasvainten synnyssä.

tukeminen Information

Kuva S1.

vertaileva analyysi jakelun ESCC

TP53

mutaatioita Intiassa IARC

TP53

tietokannan nukleotidin tasolla (paneeli A), DNA-tasolla (paneeli B) ja proteiinin taso (paneeli C ). Unclassified ja hiljaiset mutaatiot raportoitu tietokantaan jätettiin pois analyysin. P.V143_W146delinAV mutaatio ei sisällytetty analyysiin (in paneeli C) johtuen monimutkaisuudesta sen vaikutusta proteiinin tasolla.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0114002.s001

(EPS) B Taulukko S1.

doi: 10,1371 /journal.pone.0114002.s002

(DOCX) B Taulukko S2.

doi: 10,1371 /journal.pone.0114002.s003

(DOC) B Taulukko S3.

doi: 10,1371 /journal.pone.0114002.s004

(DOCX) B Taulukko S4.

doi: 10,1371 /journal.pone.0114002.s005

(DOC) B Taulukko S5.

doi: 10,1371 /journal.pone.0114002.s006

(DOCX)

asiakirja S1.

doi: 10,1371 /journal.pone.0114002.s007

(DOCX)

Document S2.

doi: 10,1371 /journal.pone.0114002.s008

(DOCX) B

Kiitokset

Kiitämme tohtori Mukta Srinivasulu, että mnj syöpäinstituutti Alueellinen Cancer Center, Hyderabad, tohtori MohanaVamsy Chigurupati, Drs. Sujith Patnaik, Subramanyeshwar Rao ja NarasimhaRaju Kalidindi Indo-American Cancer Hospital Research Institute, Hyderabad, Drs. Swarnalata Gowrishankar ja Umanath K Nayak Apollo Sairaalat, Hyderabad, heidän avustaan ​​näytekokoelma. Kiitämme tohtori Kumarasamy Thangaraj, Centre for Cellular Molecular Biology, Hyderabad, keräämistä DNA-näytteiden terveiden yksilöiden. RSRA ja RP ovat rekisteröityjä jatko opiskelijoille Manipal University, Karnataka, Intia ja University of Hyderabad, vastaavasti. RSRA ja RP ovat kiitollisia University Grants Commission (UGC), Govt. Intian ja Intian neuvoston Medical Research (ICMR), Govt. Intian, vastaavasti nuorempien ja vanhempien tutkimusapurahoja.