Krooninen sairaus

tiivistelmä

PHB on raportoitu onkogeeni ja tuumorisuppressoriproteiinia mahasyövän. Täällä arvioimme onko

PHB

kopioiden lukumäärä ja rs6917 polymorfismi vaikuttaa sen ilmentymistä mahasyövässä. Alassäätö ja säätely ylöspäin

PHB

havaittiin arvioitiin kasvaimia. Vähentynyt ilmentyminen liittyi kasvain erilaistamattomuuden ja syöpä aloittamista. T-alleelin rs6917 polymorfismi liittyi alennettu

PHB

mRNA-tasoja. Lisäksi säätely ylöspäin

PHB

näytti säänneltävä voitto ylimääräisiä geenin kopioita. Siten

PHB

kopioluvun vaihtelua ja differentiaali ilmaus rs6917 polymorfismi voi olla rooli

PHB

transkription säätelyyn.

Citation: Leal MF, Cirilo PDR, Mazzotti TKF , Calcagno DQ, Wisnieski F, Demachki S, et ai. (2014) Prohibitin Expression Sääntelyn purkaminen mahasyövän liittyy 3’Alue 1630 C T polymorfismin ja Kopioi numero vaihtelu. PLoS ONE 9 (5): e98583. doi: 10,1371 /journal.pone.0098583

Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 17 helmikuu 2014; Hyväksytty: 05 toukokuu 2014; Julkaistu: toukokuu 30, 2014

Copyright: © 2014 Leal et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus tukivat Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de nivel Superior (CAPESP), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq; RC, MACS ja RRB) ja Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP; MFL, PDRC ja DQC ) avustuksina ja apurahoja. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: RC on Academic Editor PLoS ONE. Toiset kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä olemassa niitä. Tämä ei muuta tekijöiden noudattaminen PLoS One Pääkirjoitus politiikan ja kriteerit.

Johdanto

Mahasyöpää (GC) on neljänneksi yleisin syöpä ja toiseksi yleisin syy syöpään liittyvien kuolemien maailmanlaajuisesti [1]. Vaikka merkittäviä edistysaskeleita tutkimuksessa GC, molekyylitason muutokset liittyvät mahasyövän ole tiedossa.

kromosomi 17 on yksi yleisimmistä kromosomeja näytteille numeeristen poikkeavuuksien GC (katso tarkastelu [2]). Ryhmämme on aiemmin raportoitu läsnäolo kromosomissa 17 aneuploidian, sekä voitot ja tappiot, GC yksilöissä Pohjois Brasilia [3], [4], [5], [6] ja kaikki GC solulinjoissa perustetaan neoplasioihin tässä väestöstä [7], [8]. Siksi tämä kromosomi voi sisältää tärkeitä geenien mahasyövän.

prohibitin-1 (

PHB

) geeni karttoja kromosomi 17q21-lokuksen. Tämä geeni koodaa läsnä, evoluutiossa konservoituneen proteiini, joka löytyy monenlaisia ​​organismien, kuten bakteerien, kasvien, hiiva, alkueläimet ja nisäkkäät [9]. PHB luultiin olevan keskeinen rooli eston solusyklin etenemisen. Viime aikoina PHB on luonnehdittu kaperonia mukana vakauttaminen mitokondrion proteiinit; Näin, PHB on ollut mukana useissa solun prosesseissa, mukaan lukien sääntely leviämisen, apoptoosin ja geenin transkriptio [10].

PHB näyttää olevan rooli kehitettäessä eri syöpätyyppien. Yliekspressio PHB on raportoitu kohdunkaulan, ruokatorven, rinta-, keuhko-, virtsarakko-, kilpirauhasen, munasarja- ja eturauhas-. Sitä vastoin vähentää PHB ilmentyminen on havaittu glioomissa, ja somaattiset mutaatiot

PHB

on havaittu satunnaista rintasyöpiä [9]. Lisäksi toiminnallinen yhden nukleotidin polymorfismi (SNP) on

PHB

geeni, muutetaan sytosiini ja tymiini asemassa 1630 3 ’UTR (rs6917), luo variantti, jolta puuttuu antiproliferatiivinen aktiivisuus [11] , [12] ja sen jälkeen saattaa lisätä pahanlaatuisen kasvun. T-alleelin Tämän SNP on liitetty suurentunut riski sairastua rintasyöpään [13] ja melanooma [14]. Siksi rooli PHB syövän leviämisen ja /tai poistaminen on edelleen kiistanalainen.

rooli PHB vuonna mahasyövän ei ole täysin selvitetty. Jotkin aikaisemmat tutkimukset ovat kuvattu lisääntynyt PHB ilmaisun GC näytteissä [15], [16], [17], [18] ja seerumi GC potilaista [19]. Kuitenkin muut tutkimukset ovat PHB alassäätöä tässä syöpä [20], [21]. Tutkinnan molekyylitason mekanismeja kopioinnin säätely on

PHB

voi antaa uutta tietoa sen roolista GC ja tukea uusien syöpähoitoihin.

Tässä tutkimuksessa ensin arvioitava mRNA ja proteiini ilmentymistä PHB GC ja Hyväksytty epäneoplastisis- mahalaukun kudosnäytteistä. Lisäksi mahdolliset yhteenliittymien välillä

PHB

ja kliinis ominaisuudet tutkittiin. Koska

PHB

geeni sijaitsee kromosomissa alueella usein mukana numeeristen poikkeavuuksien GC [2], me arvioitiin myös

PHB

kopioi numero kasvain näytteissä. Lisäksi alleeli-erityinen ilmaisu

PHB

mRNA arvioitiin tutkimaan suhteellinen transkriptio kunkin alleelin heterotsygoottisten henkilöiden kanssa rs6917 polymorfismi mahdollisena mekanismi osallistuu

PHB

sääntelyä. Tietääksemme ei ole aikaisempaa tutkimuksessa on arvioitu

PHB

kopioluvun ja alleelin ekspressio Tuumorinäytteissä.

Materiaalit ja menetelmät

Kudosnäytteiden

neljäkymmentä kahdeksan paria GC näytteitä ja vastaavat ei-neoplastisia mahalaukun kudosnäytteistä ( 5 cm: n päässä reunasta kasvain) käytettiin arvioitaessa

PHB

mRNA: n ilmentymisen ja SNP rs6917 genotyyppi. 38 Näiden GC näytteiden

PHB

kopioluvun arvioitiin myös. PHB immunoreaktiivisuus arvioitiin 12 GC yksilöitä.

Kaikki mahalaukun näytteet saatiin potilailta, joille tehtiin gastrectomy GC klo João de Barros Barreto yliopistollisen sairaalan (HUJBB) Pohjois Brasiliassa. Kaikilla potilailla oli negatiivinen historiaa altistumisen joko kemoterapian tai sädehoidon ennen leikkausta, ja ei ollut yhteistyössä esiintyminen muiden diagnosoitu syöpiä. Kirjallinen suostumus hyväksynnällä eettisen komitean HUJBB saatiin.

Osa kunkin leikellään kasvaimen näyte oli formaliinilla kiinnitetyt ja parafiiniin (FFPE). Jaksot FFPE kudoksessa värjättiin hematoksyliinillä-eosiinilla histologista arviointia tai käytetään immunohistokemia (IHC) analyysi. Muihin osiin kunkin kasvaimen ja pariksi ei-neoplastisia kudosnäyte jäädytettiin nopeasti nestemäisessä typessä ja säilytettiin -80 ° C: ssa, kunnes nukleiinihappojen puhdistukseen.

Kaikki näytteet luokitellaan Laurén [22], ja kasvainten lavastettu mukaan TNM lavastus perusteet [23].

DNA ja mRNA Purification

Yhteensä DNA ja mRNA samanaikaisesti eristettiin mahalaukun kudosnäytteistä käyttämällä AllPrep DNA /RNA /proteiini Kit (Qiagen, Saksa) mukaan valmistajan ohjeiden mukaisesti. DNA- ja RNA-pitoisuudet ja laatu määritettiin käyttämällä NanoDrop spektrofotometrillä (Kisker, Saksa), ja RNA: n eheys määritettiin geelielektroforeesilla.

PHB Gene Expression

PHB

ilmentyminen arvioitiin käänteiskopioinnilla kvantitatiivinen polymeraasiketjureaktio (RT-qPCR). Ensinnäkin, komplementaarinen DNA (cDNA) syntetisoitiin käyttäen High-Capacity cDNA Archive Kit (Applied Biosystems, Puola) mukaan valmistajan protokollaa. Reaaliaikainen RT-qPCR analyysi suoritettiin käyttäen QuantiFast SYBR Green Master Mix (Qiagen, saksa) on 7500 Fast Real-Time PCR kone (Applied Biosystems, USA). Seuraavia alukkeita (150 nM kumpaakin) suunniteltiin RT-qPCR monistus:

PHB

F5′-GTGTGGTTGGGGAATTCATGTGG-3 ’ja R5′-CAGGCCAAACTTGCCAATGGAC-3’;

ACTB

F5′-AGAAAATCTGGCACCACA-3 ’ja R5′-AGAGGCGTACAGGGATAG-3’. Kaikki reaktiot suoritettiin kolminkertaisina sekä kohdegeenin ja sisäisen valvonnan (

ACTB

).

PHB

ilmaus normalisoitiin

ACTB

ilme. Runsaus mRNA ilmaisun oikaistiin monistustehokkuudessa (

PHB

= 99%,

ACTB

= 102%) [24]. Ei-neoplastisia mahalaukun kudosnäyte nimettiin kalibraattori jokaisen pariksi kasvaimen lasketaan suhteellinen kvantifiointi (RQ) [24].

PHB Protein Expression

parafiinileikkeillä alistettiin IHC . Kasvainkudossektioista (3 tai 4 mm) poistettiin parafiini ksyleenillä ja rehydratoitiin asteittaisella etanolisarjassa. Epitooppi haku suoritettiin sitraattipuskurilla, pH 6,0, kosteissa lämpöä painekattila. Seuraavaksi kudosta leikkeitä inkuboitiin primäärisen hiiren monoklonaalinen vasta-aine PHB (II-14-10, laimennus 1:100; ThermoFisher Scientific, USA). Sites of immunoreaktiivisuus visualisoitiin käyttäen SuperPicture Polymer havaitseminen (Invitrogen, USA). Levyjä katsottu valomikroskoopilla käyttämällä Nikon Eclipse E600 mikroskooppi (Nikon, USA) varustettu digitaalisella Nikon DSM1200F kamera (Nikon, USA). Ei-värjätty alue (valkoinen alue) valittiin ja asettaa taustalla. Mitään värjäys pidettiin positiivinen tulos riippumatta intensiteetti. Negatiiviset kontrollit, jossa primaarinen vasta-aine korvattiin 5% naudan seerumin albumiinia (BSA) fosfaattipuskuroidussa suolaliuoksessa (PBS), otettiin mukaan kaikki sarjan, ja osa normaalin ihmisen eturauhasen kudosta käytettiin positiivisina kontrolleina.

PHB

Kopioi numero

arvioimiseksi kopioluvun vaihtelut (CNV), qPCR menettely suoritettiin käyttäen kvantitatiivista TaqMan CNV määrityksissä (Life Technologies, USA)

PHB

geeni (Hs00178432_cn) sekä sisäisen valvonnan

RNaasia P

(# 4403326). Multiplex qPCR reaktiot suoritettiin neljänä rinnakkaisena kanssa gDNA mukaan valmistajan protokollaa ja pyöräily olosuhteissa 7500 Fast Real-Time PCR kone (Life Technologies, USA). Suhteellinen kopioluku kunkin näytteen arvioitiin käyttäen Copy Caller Software V1.0 (Life Technologies, USA). Kaupallinen ihmisen gDNAs (G1471 ja G1521, Promega, USA) käytettiin kalibrointiin.

PHB

Genotyypin

DNA epäneoplastisis- näytteitä käytettiin

PHB

genotyypitys. Tutkittavat genotyypattiin varten rs6917 polymorfismin Custom TaqMan SNP koettimia ja alukkeita (Applied Biosystems, Foster City, CA). Seuraavia alukkeita ja MGB-koettimet on suunniteltu alleelinen syrjinnän: alukkeet F5′-TTGGTCCCTCTCAGATACCCA-3 ’ja R5′-CCGTGAGAAGGGCAGTCTCT-3′; FAM-leimatun koettimen 5’-CTGCCAAAGACGTGT-3 ’; ja pienet alleeli VIC-leimattu koetin 5’-CTGCCAAAGATGTGT-3 ’.

PHB

Alleelispesifisiä Expression

Alleelispesifisiä ilmentyminen ensin määritettiin sekvensoimalla. Kaksikymmentä 40 ng DNA: ta tai cDNA: ta käytettiin templaattina PCR-monistuksen alukkeilla käytettiin

PHB

genotyypin. Ennen sekvensointi, PCR-tuotteet erotettiin käyttäen 2% agaroosigeelielektroforeesilla ja tietyllä taajuusalueella, eristettiin ja puhdistettiin. Sekvensointi suoritettiin käyttäen eteenpäin-aluketta käytettiin PCR-monistus ja BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, USA). Sekvensointi-tuotteet erotettiin käyttäen ABI 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, USA). Osa näytteistä analysoitiin vähintään kaksi kertaa, mukaan lukien erilliset RT-PCR: ää ja sekvensointi määrityksissä.

alleeliset ilmentymisen tasot määritettiin käyttämällä PeakPicker ohjelmiston [25]. Ohjelmistoa käytettiin suorittaa ensin normalisointi askel, jossa SNP alleeli korkeus verrattiin korkeuteen viittaus huippujen viereiset sekvenssit. Me rajoitettu tämä normalisointi askel sisällä 21-base ikkuna. Suhde arvot yli 1 transformoitiin 1 /(suhde) muuttaa kaikki arvot on 0-1 mittakaavassa, ja arvot säädettiin sitten keskiarvo piikin intensiteetin suhde on viitannut DNA-näytteestä heterotsygoottinen rs6917 polymorfismin. Genominen DNA Heterotsygoottisista (N = 3) ja homotsygoottisia näytteiden (N = 3, sillä genotyypin CC; N = 2, sillä genotyyppi TT) käytettiin vahvistamaan analyysin ja vahvistaa alleeliset suhde 50:50 ja 0:100, vastaavasti. Lisäksi, cDNA: ta kudosnäytteistä (kasvainten ja ei-tuumori- näytteiden) kahdesta, jotka olivat homotsygoottisia vähäinen alleelin rs6917 polymorfismin käytettiin myös kontrolleina.

Alleelispesifisiä

PHB

ilmentyminen arvioitiin myös heterotsygoottisten näytteiden RT-qPCR, kuten aiemmin on kuvattu [26]. Käyttämällä Custom TaqMan SNP genotyypitysmääritys varten

PHB

genotyypityksen, me syntyy lineaarinen regressio käyrä log 10 fluoresenssin voimakkuutta

vs of the log10 alleelinen suhde perustuu sarjalaimennokselle CC- ja TT genotyyppi perimän DNA ohjaus (näytteet kahdesta homotsygoottinen henkilöä) useissa suhteissa (CC: TT 08:01, 04:01, 02:01, 01:01, 01:02, 01:04, 01:08) RT -qPCR (kuvio 1A). Alleelinen suhde geenin ilmentyminen oli ekstrapoloimien siepata log10 FAM: VIC intensiteetti standardikäyrällä. ROX (sisäinen viite väriaine) ja epäspesifistä FAM ja VIC fluoresenssi normalisoitui kaikissa analyyseissä. Kaikki reaktiot suoritettiin kaksinkertaisina.

) Tukin

10 FAM /VIC intensiteetin suhde

PHB

piirrettiin log

10 FAM /VIC alleeli Sekoittamissuhdetta homotsygoottisia DNA: iden eri suhteissa (08:01, 04:01, 02:01, 01:01, 01:02, 01:04, 01:08 FAM /VIC alleeli). B)

PHB

ilmentymisen rs6917 genotyypin Mahan näytteissä. C) C /T alleeliset suhde cDNA mahalaukun näytteistä heterotsygoottinen potilaiden sekvensointi; D) FAM /VIC alleeliset suhde mahalaukun näytteitä heterotsygoottista potilaista käyttämällä Custom genotyypin TaqMan-määritys, jossa tietty koetin varten C-alleelin leimattiin FAM väriainetta ja vähäinen alleeli T koetin leimattiin VIC väriainetta. * Differentially ilmaisi ryhmien välillä, joita T-testi riippumaton näytteitä,

P

0,05.

heterotsygoottinen cDNA näytteet, alleelinen suhteet 0,8 tai 1,2 olivat pidetään osoituksena alleelin ekspressiota.

tilastollinen analyysi

mRNA ilmaisun analyysiä, ensin arvioitu olettaen, että data oli normaali jakauma käyttämällä Shapiro-Wilk normaaliuden testi määrittää sopivan testit myöhemmin tilastollisessa vertailussa.

PHB

mRNA ei normaalisti jakautunut ja transformoitiin (z-pisteet) analysoitavaksi. Havainnot +2 tai -2 katsottiin vieraita havaintoja ja suljettiin pois analyyseista. Laitepari t-testi suoritettiin vertaamaan keskiarvo

PHB

ilmaisu välillä ei-neoplastisia ja kasvaimen näytteitä. T-testi riippumaton näytteiden ja yksisuuntainen ANOVA, jonka jälkeen Games-Howell post-hoc testiä käytettiin arvioimaan mahdollisia yhdistysten välillä

PHB

ilmaisun ja kliinis ominaisuudet, proteiinin immunoreaktiivisuus, geenikopiomäärä ja genotyyppi . Chi-square test tai Fisherin testiä käytettiin välisen suhteen arvioimiseksi

PHB

kopioiden määrä ja immunoreaktiivisuus ja kliinis tekijöistä. Pearsonin korrelaatiota käytettiin arvioimaan mahdollinen korrelaatio sekvensointi ja TaqMan-määritys alleelin ekspressio analyysi. Kaikissa analyyseissä,

P

0,05 pidettiin merkittävänä.

Tulokset

PHB

mRNA ilmentäminen Mahalaukun kasvaimet

PHB

ilmaisua eivät eronneet neoplastisten ja sovitettu ei-neoplastisten mahalaukun näytettä (0,173 ± 0,255

vs

0,227 ± 0,297,

P

= 0,149). Kuitenkin mRNA-tasot vähenivät vähintään 1,5-kertaiseksi 20 (45,5%), GC-näytteiden ja kasvoi 9 (20,5%) verrattuna pariksi ei-neoplastisia mahalaukun kudosnäytteistä.

Taulukossa 1 esitetään yhdistysten välillä

PHB

ilmaisun ja kliinis ominaisuudet sekä proteiinin immunoreaktiivisuus, rs6917 genotyyppi ja geenin kopioluku. Huonosti eriytetty kasvaimet esitteli alennetaan

PHB

ilmaisu verrattuna kohtalaisen eriytetty kasvaimia (

P

= 0,029, taulukko 1). Kuitenkin molemmat huonosti eriytetty GC (0,025 ± 0,022

vs

0,239 ± 0,303;

P

0,001, ANOVA seurasi Games-Howell post-hoc-testi) ja kohtalaisen eriytetty GC (0,057 ± 0,051

vs

0,239 ± 0,303;

P

0,001, ANOVA seurasi Games-Howell post-hoc-testi) esitteli alennetaan

PHB

ilmaisu verrattuna ei- neoplastisen mahalaukun kudosnäytteitä.

Alennettu

PHB

ilmentyminen oli heikompi invaasio (

P

= 0,002, taulukko 1) ja poissaoloon imusolmuke etäpesäke (

P

= 0,040, taulukko 1). Lisäksi alussa GC esitteli alennetaan

PHB

ilmaisu verrattuna kehittynyt GC (

P

= 0,002, taulukko 1). Lisäksi vain varhainen GC esitti merkittävä väheneminen

PHB

mRNA-tasoja verrattuna ei-neoplastisten näytteistä (0,044 ± 0,027

vs

0,239 ± 0,303,

P

0,001, ANOVA seurasi Games-Howell post-hoc-testi).

PHB immunoreaktiivisuus vuonna Mahalaukun kasvaimet

proteiini immunovärjäyksellä havaittiin kaikissa kasvaimen näytteiden arvioitiin IHC (taulukko 2). Kaikissa tapauksissa PHB immunoreaktiivisuus havaittiin neoplastisten ja ei-neoplastisten solujen, mukaan lukien suoliston metaplastiset ja tulehdussolujen (kuvio 2A-H). PHB oli ensisijaisesti ilmaistu sytoplasmassa. Värjäytymisintensiteettiä ja prosenttiosuus immunoreaktiivisten solujen vaihteli tutkituissa tapauksissa (taulukko 2). Näytteet esittää 80% kasvainsolujen PHB immunoreaktiivisuus oli vähentynyt mRNA: n ilmentymisen (

P

= 0,036, taulukko 1).

A) PHB värjäytyminen normaalissa mahan limakalvon (400x); B) PHB immunoreaktiivisuus normaalissa mahan limakalvoa ja tulehdussolujen (400x); C) vahva PHB värjäytyminen suolen metaplastiset soluissa (400x); D) vahva PHB värjäytymistä suoliston-tyyppinen kasvain; E) kohtalainen tai voimakas PHB immunoreaktiivisuus huonosti eriytetty kasvain; F) kohtalainen tai voimakas PHB immuunivaste kohtalaisen eriytetty kasvain; G) heikko PHB värjäystä kohtalaisen eriytetty kasvain (400x); D) heikko PHB värjäytymistä diffuusi-tyyppinen kasvain (400x).

PHB

Kopioi Numero Mahalaukun kasvaimet

PHB

monistettiin 13 38 (34,2%) kasvaimet, mukaan lukien 2 näytteitä 4 kappaletta. Ei kasvaimen esitti

PHB

poisto. Mielenkiintoista, 3 näytettä, jotka esitetään harha-arvot

PHB

mRNA: n ilmentymisen esitteli myös geenimonistuman. Siksi, kun harha-arvot mukaan analyysiin,

PHB

ilme oli suurempi näytteissä geenien monistuminen kuin niissä ilman geenien monistuminen (mediaani ± kvartiiliväli: 0,344 ± 0,335

vs

0,047 ± 0,07;

P

= 0,003, ei-parametriset Mann-Whitneyn testi, kuvio 3).

PHB

voitto liittyi viiveellä ilmaantuvia GC verrattuna varhain alkanut GC (

P

= 0.022; taulukko 2). Ei assosiaatio

PHB

kopioluvun ja proteiinin immunoreaktiivisuus tai muita kliinis ominaisuudet havaittiin (taulukko 3).

Lines osoittavat mediaani ja kvartiiliväli on

PHB

ilme. * Differentially ilmaisi ryhmien välillä, joita Mann-Whitneyn testi,

P

0,05.

PHB

Alleelispesifisiä Expression

tutki myös läsnäolon alaikäisen alleeli rs6917 liittyi geenin ilmentymisen vapauttaminen GC potilailla. Meidän näyte, 11 48 potilasta (22,9%) oli heterotsygoottinen ja 2 potilasta (4,17%) olivat homotsygoottisia pieniä alleelin rs6917 polymorfismi. Kaikki näytteet, joiden T-alleelin esitetty 2 kopiota

PHB

geenin. Läsnäolo T alleelin rs6917 polymorfismi liittyi alennettu

PHB

ilmentymistä GC (

P

0,001, taulukko 1, kuvio 1 B) ja ei-neoplastisten näytteistä (keskiarvo ± SD: 0,302 ± 0,325

vs

0,045 ± 0,043;

P

0,001; kuvio 1 B).

Yksi pari heterotsygoottisten näytteiden (kasvain ja ei-kasvain) ei käytetty analyysi alleelin ekspressiota. Välinen korrelaatio alleelinen suhde rs6917 polymorfismin määritetty sekvensoimalla ja TaqMan-määritys havaittu (

P

= 0,003; r = 0,627). Sekvensoimalla, noin 50% tapauksista esitetty ero alleelinen ilmentymistä (kuvio 1C). Kuitenkin TaqMan määritys osoitti, että T ja C-alleelien esitettävä ero alleeliset ilmaisun useimmilla potilailla (kuvio 1 D). Asteen ero ilmaisu kahden alleelin välillä vaihteli yksilöiden välillä. T C alleeliset ilmentymisen suhde oli samanlainen useimmissa paria kasvain ja ei-kasvain näytteissä. Vain yksi potilas esitetään korkeampi C /T-suhde sekä kasvaimen ja ei-neoplastisia näytteet molemmissa määrityksissä. Useimmissa tapauksissa alhaisempi C /T-suhde havaittiin riippumatta sovelletun menetelmän (kuviot 1C ja 1D). Ei assosiaatio ero alleeliset ilmaisun ja alkamisiällä tai muun kliinis muuttujan havaittiin.

Keskustelu

PHB näyttää olevan välttämätöntä solun homeostaasin. Viimeaikaiset tutkimukset ovat osoittaneet, että PHB voi toimia pro-tuumorigeenisemmiksi ja antituumorigeenistä tekijä useissa solutyypeissä (katso katsaus [10]). Esillä olevassa tutkimuksessa, proteiini- ja mRNA: n ilmentymisen profiilit PHB esitetty heterogeenisen kuvio joukossa tuumorinäytteessä. Vaikka emme löytäneet merkittävää eroa GC ja sovitettu ei-neoplastisia näytteitä, havaitsimme, että mRNA-tasolla aleni 1,5-kertaiseksi 45,5% GC näytteiden ja kasvoi 20,5% kasvaimista. Pelkistetty mRNA-ekspressio oli osittain johtuu harventamisesta kasvainsolujen esittää PHB immunoreaktiivisuus, jossa korostetaan heterogeenisuus kasvainsolun klooneja.

Liu et al. [21] kuvatulla alentunut mRNA: n ekspression neljässä mahalaukun kasvaimissa verrattuna niiden vastaavat normaaleissa kudoksissa, mikä osaltaan vahvistavat tuloksemme. Tukevia antituumorigeenistä rooli, PHB lohkot S-vaiheeseen siirtymistä [27]. Lisäksi villityypin rs6917

PHB

3’UTR yksin kykenee solusyklin etenemisen [11], [28] ja kasvaimen kasvua [12] sekä vähentää solujen liikkuvuutta [29]. Lisäksi PHB on rooli ylläpitää normaalia mitokondrioiden toimintaa ja morfologiaa [30]. On ehdotettu, että mitokondrion PHB ilmaisun (sytoplasman lokalisointi, kuten havaittiin meidän näytteitä) voisivat johtaa nopeutetun proteolyysin kalvon proteiinien ja heikentää mitokondrioissa toimivasta Hengitysketjun [10]. Aikaisemmat proteomic tutkimus osoitti, että useat proteiinit osallistuvat energia-aineenvaihduntaan väyliä (mitokondrioiden, pyruvaatti aineenvaihdunta, oksidatiivinen fosforylaatio, sitraatti ympyrä, Glykolyysivaiheen /glukoneogeneesiä) vapautui [31] ja ehdotti, että näkyvä mitokondrioiden toimintoja voidaan muuttaa, siirtämällä energiantuotanto GC solut ja viittaa Warburg vaikutus [32].

Tietääksemme harvat tutkimukset ovat arvioineet mahdollinen yhteys

PHB

mRNA-tasoja ja rs6917 polymorfismi. Eräässä tutkimuksessa, Tang et al. eivät havainneet merkittävää assosiaatio rs6917 polymorfismin ja mRNA: n ilmentymisen lymfoblastisolulinjoissa sisältyvät HapMap tietokantaan [33]. Kuitenkin, nämä kirjoittajat raportoitu, että T-alleeli, joka liittyy lisääntynyt rintasyövän riski. Esillä olevassa tutkimuksessa olemme osoittaneet, että kun läsnä on T-alleelin on rs6917 polymorfismi liittyy heikentynyt

PHB

ilmentymistä ei-neoplastisten ja neoplastisten mahalaukun soluja. Rs6917 polymorfismi sijaitsee 3’UTR ja on läsnä vain isoformin 1 PHB, joka havaittiin esillä olevassa tutkimuksessa cDNA sekvensoinnin ja TaqMan määritys. 3’UTR sisältää useita

cis

– ja

trans

-elementin, ja nämä rakenteet ovat laajalti vaikutus mRNA käännös, vakautta ja solunosasijaintia [34], [35], [36 ]. T-variantti luo potentiaalisen sitoutumiskohdan MikroRNA on-miR-1292 ja on-886-5p (https://snpinfo.niehs.nih.gov/cgi-bin/snpinfo/mirna.cgi?2_rs6917), joka voi muuttaa geenien ilmentyminen joko mRNA rappeutuminen tai käännöstä. Muut MikroRNA liittyi aikaisemmin säätelyyn

PHB

ilmaisun GC. Liu et ai. [21] ovat raportoineet, että

PHB

säätelee miR-27a, joka on yleisesti säädellään ylöspäin GC. Kirjoittajat ehdottivat, että alas-säätely

PHB

tämän microRNA voi selittää, miksi tukahduttaminen miR-27a voi estää GC solujen kasvua. Lisäksi 3’UTR

PHB

koodaa antisense-RNA: n (Gene ENSG00000250186; HAVANA https://www.sanger.ac.uk/). Läsnäolo harvinainen alleelin antisense-RNA voi muuttaa sekundaarisen rakenteen ja vähentää kcal /mol verrattuna laaja-tyyppinen sekvenssi käyttämällä CLC RNA Workbench 4,0-ohjelmisto (tuloksia ei ole esitetty). Siksi rs6917 polymorfismi voi johtaa

PHB

alassäätöä luomalla uusia microRNA kohdesivustot tai sen sääntelyä antisense-RNA mahalaukun soluissa, mikä osaltaan mahasyövän.

esitämme näytteet, useimmat heterotsygoottista potilaista lisääntyneen ekspression T-alleelin verrattuna C-alleeli. Ero suhteellisen mRNA tasot kahdesta alleelista voisi johtua eroista transkription tai mRNA vakautta, ja ne osoittavat, että tämä polymorfismi esittelee

cis

vaikutus mahalaukun soluissa. Tietääksemme tämä on ensimmäinen tutkimus, jossa arvioidaan ero

PHB

alleelin ekspressio Tuumorinäytteissä. Aikaisemmat tutkimukset ovat osoittaneet, että

PHB

variantti T-alleelin asemassa 1630 3’UTR puuttuu antiproliferatiivisia ja kasvaimen kasvun hidastuminen kykyjä in vitro ja eläinmalleissa [29]. Näin ollen, kun läsnä on T-alleelin, erityisesti silloin, kun se esittää kohonnut ilmentyminen suhteessa C-alleelin, voivat aiheuttaa ”sieni vaikutus” post-transkriptionaalista säätävät kuten miRNA ja edistää mahalaukun solujen lisääntymistä, altistavia heterotsygoottinen yksilöiden GC.

mahdollinen vaikutus

PHB

alassäätöä – johtuen rs6917 polymorfismin, esimerkiksi – GC riski on yhtä mieltä yhdistysten alentamisella

PHB

mRNA ja alemman invaasio, puute imusolmuke etäpesäke ja alkuvaiheen GC. Tietääksemme ei edellisessä tutkimuksessa kirjallisuudessa on arvioinut Mahdollinen yhteys

PHB

ilmaisun ja GC ennustavat tekijät. Nämä havainnot viittaavat siihen, että

PHB

alassäätöä voidaan tarvita kasvaimen aloittamista.

Kuitenkin aikaisemmat proteomic tutkimukset ovat PHB säätelyyn ylöspäin mahalaukun kasvaimissa [15], [16], [17] . Lisäksi, Kang et ai. [18] ovat raportoineet yli-ilmentyminen PHB proteiinia ja mRNA GC (verrattuna viereiseen normaaliin mahan kudoksissa) Aasian yksilöitä. Meidän näyte, 20,5% kasvaimista esitteli myös lisääntynyt

PHB

ilme. PHB näyttää rooli solujen lisääntymisen, tarttuvuus ja muuttoliike ja siksi etenemisessä pahanlaatuisen muutoksen kautta RAS-RAF signalointi [37]. Oletamme, että lisääntynyt

PHB

mRNA-tasolla tarvitaan GC etenemistä. Arviointi Ihmisen näytteiden avulla ainoastaan ​​tutkimus yhden aikapisteen (aikaan kirurginen korjaus); Näin emme pysty arvioimaan dynaamisen geenin ilmentymisen säätelyyn. Kuitenkin

PHB

ilmentyminen todennäköisesti liittyy solu- asiayhteys ja molekyylitason tausta mahalaukun solujen.

Kang et al. [18] ovat raportoineet, että PHB proteiini ja mRNA: n ilmentymisen eroavat kohtalaisesti ja huonosti eriytetty GC ja että vain huonosti eriytetty kasvaimia läsnä PHB yliekspressio verrattuna ei-neoplastisia näytteitä. Meidän näyte, muutama kasvaimia luokitellaan erottelua. Olemme kuitenkin todenneet, että kyseiset huonosti ja kohtuullisesti erilaistunut kasvaimet esitteli alennetaan

PHB

ilmaisu verrattuna ei-neoplastisia näytteet ja että

PHB

mRNA-tasot olivat alhaisemmat huonosti eriytetty kasvaimia. Siksi meidän näytteitä,

PHB

ilme näytti vähenevän kasvain erilaistamattomuuden. Lisätutkimukset ovat tarpeen ymmärtää paremmin PHB rooli erilaistumisprosessissa normaalissa ja neoplastiset mahan soluja.

Tässä tutkimuksessa havaitsimme, että 34,2% kasvaimista sai kopiot

PHB

. Muutoksia kromosomi 17 on yhdistetty kasvaimen etenemiseen ja pahanlaatuinen potentiaalia ensisijainen GC [38], [39]. Tietääksemme tämä on ensimmäinen tutkimus käyttää tarkkoja ja vankka tekniikka arvioida

PHB

kopioluvun GC näytteitä. Havaitsimme yhdistyksen välillä

PHB

kopioluvun ja mRNA-tasoja, paljastaen cis-annoksen vaikutuksen CNV geenien ilmentymisen tasossa. Siksi tulokset viittaavat siihen, että CNV on tärkeä tekijä ajo loppupään

PHB

transkriptio joissakin mahalaukun kasvaimet. Tämä geneettinen mekanismi, pääasiassa havaittu viiveellä ilmaantuvia GC saattaa myötävaikuttaa että

PHB

roolia onkogeeni. Tämä havainto korostaa myös, että useat mekanismit voivat johtaa

PHB

sääntelyn purkamiseen GC soluissa.

lisäys

PHB

kopioluvun liittyi viiveellä ilmaantuvia GC. Kliinis erot varhain alkanut ja viiveellä ilmaantuvia GC on kuvattu [40], [41], [42], mutta ei tiedetä paljoakaan perimän muutoksia, jotka liittyvät iän puhkeamista GC [2]. Buffart et ai. [43] aiemmin osoittaneet, että nuoret ja vanhat potilaat kuuluvat erilaisten ryhmien genomista profiileja. Monistamiseen

PHB

lokus korostetaan heterogeenisyys GC.

Tärkein rajoittava Tämän tutkimuksen on suhteellisen pieni otoskoko. Siksi jotkut tilastollinen analyysi esitteli alennetulla teholla havaita merkittäviä eroja ryhmien välillä johtunee suuri heterogeenisuus näytteitä. Siksi vääriä negatiivisia tuloksia on voinut tapahtua. Edelleen arviointeja tarpeellista arvioida roolia

PHB

vuonna mahasyövän ja sen transkription säätelyyn.

Yhteenvetona Sekä alassäätö ja säätely ylöspäin

PHB

voidaan havaita GC. Vähentäminen

PHB

lauseke näyttää olevan osallisena kasvaimen erilaistamattomuuden prosessia ja syöpä aloittamista. T-alleelin

PHB

rs6917 polymorfismi voi osaltaan havaitun väheneminen

PHB

mRNA-tasoja ja edistävät siten GC riskiä. Kuitenkin

PHB

ylössäätöä näyttää säätelevät geenin kopioluku. Differential ilmaus rs6917 polymorfismin mahalaukun näytteitä ilmoitettiin ensimmäistä kertaa, ja tämä vaihtelu voi olla rooli säätelyssä

PHB

ilme.