Krooninen sairaus

tiivistelmä

Geneettiset tekijät, jotka liittyvät riskin tupakointiin liittyvää syöpiä ovat viime aikoihin asti pysynyt vaikeasti. Julkaisemisen jälkeen genomin laajuinen yhdistys tutkimuksessa (GWAS) keuhkosyöpään uutta geneettistä lokusta on tunnistettu, jotka näyttävät liittyvän sairauden riskin. Tässä replikointi tutkimuksessa genotyyppi 14 yhden emäksen monimuotoisuus (SNP: t), joka sijaitsee 5p12.3-p15.33, 6p21.3-p22.1, 6q23-q27 ja 15q25.1 lokuksen 874 keuhko-, 450 virtsarakko, 418 kurkunpään syöpä tapaukset ja syöpää vapaa valvonnan rinnalle syntymävuosi ja sukupuoli tapauksiin. Tuloksemme paljasti, että loci kromosomissa alueen 15q25.1 (rs16969968 [A], rs8034191 [G]) ja 5p15 (rs402710 [T]) liittyvät keuhkosyövän riskiä Puolan väestöstä (tupakoinnista säädetty OR = 1,45, 1,35 , 0,77; p≤0.0001, 0,0005, 0,002, 95% CI 1,23-1,72, 1,14-1,59, 0,66-0,91 vastaavasti). Mikään muu tutkituilla alueilla tässä olivat sekaantuneet riski keuhko-, virtsarakko- tai kurkunpään syöpään. Tämä tutkimus tukee aiempia havaintoja keuhkosyöpään, mutta se ei kuitenkaan osoita yhdistys SNP sijaitsee 15q25.1 ja 5p15 alueen muiden tupakointiin liittyvää syöpiä kuten virtsarakon ja kurkunpään syöpään.

Citation: Jaworowska E, Trubicka J, Lener MR , Masojć B, Złowocka-Perłowska E, McKay JD, et ai. (2011) tupakointi liittyvät Syövät ja Loci at kromosomit 15q25, 5p15, 6p22.1 ja 6p21.33 Puolan Population. PLoS ONE 6 (9): e25057. doi: 10,1371 /journal.pone.0025057

Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 20 kesäkuu 2011; Hyväksytty: 23 elokuu 2011; Julkaistu: 22 syyskuu 2011

Copyright: © 2011 Jaworowska et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat Euroopan yhteisön ohjelma ”Marie Curie -vierailuapurahat tietämyksen siirtoon”, nr MTKD-CT-2004-510114. B.M. vastaanottaa ”Scholarship nuorten tutkijoiden” puolasta tiede- ja Higher Education. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Keuhkosyöpä edelleen johtava syy syövän kuolemaan. Joka vuosi yli 1 miljoonaa uutta tapausta diagnosoidaan ja merkittävä osa kuolee kahden vuoden kuluessa diagnoosin [1]. Tupakoinnin on merkittävä riskitekijä keuhkosyövän, mutta on olemassa tietty joukko potilaita, jotka sairastuminen ilman historia tupakoinnin. Lisäksi on olemassa raportteja, joiden mukaan positiivinen suvussa keuhkosyöpään on tärkeä riskitekijä tähän tautiin [2].

Vaikka suuri joukko tutkimuksia, joilla pyritään tunnistamaan geneettisiä tekijöitä, jotka muuttavat keuhkosyövän riskiä, ​​ei on syntynyt selkeä kuva. Vuonna 2008 genomin laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS) paljasti joukon yhden nukleotidin polymorfismien (SNP: t) tapahtuvat erillistä loci, liittyy voimakkaasti eri osa sairauden riskin. Lokus kromosomissa 15q25.1 liittyi keuhkosyövän riskiä [3] – [9], nikotiinin ja alkoholiriippuvuus [10] – [14]. Polymorfisia markkereita tämän nimenomaisen alueen sijaitsivat alueella nikotiiniasetyylikoliini reseptorin geeni

CHRNA5

,

CHRNA3

ja aminoglykosidifosfotransferaasia verkkotunnuksen, joka sisältää 1-geenin

AGPHD1

. On myös näyttöä siitä, että muut lokukset liittyy keuhkosyövän riskiä: 5p15, joka sisältää TERT- geenin ja CLPTM1L geenin [15] – [19]; 6p22.1, joka käsittää MHC alueen [3], [15]; 6p21.33 joka sisältää alueen, jossa MSH5 geeni (rs3131379) sijaitsee [3], [15], [19]; ja 6q23-25 ​​lokus kätkeminen RGS17 geeni [20] – [22].

jäljitellä ja laajentaa yhdistys tunnistetaan GWASs keuhkosyövän, päätimme sarja markkereita käyrän 5p12.3- 15.33, 6p21.33-22.1, 6q23-27 ja 15q25.1, ja tutkittiin niiden ja muiden tupakointiin liittyvää kasvaimet. Kaikkiaan 874 keuhko-, 418 kurkunpään, 450 virtsarakon syöpä potilaat sukupuolen ja iän sovitettu valvonnan ja niistä määritettiin 14 SNP jotka sijaitsevat neljällä alueella kohteisiin (taulukko 1).

Tulokset

Out of 14 SNP genotyyppi, yksi (rs17374971) jätettiin tarkempaa analysointia kaikissa ryhmissä johtuen tilastollisesti merkittävä poikkeama Hardy-Weinberg tasapaino.

Kaksi SNP kromosomissa 15q25 (rs16969968 ja rs8034191 ) olivat yhteydessä keuhkosyöpä (p 0,0001, p = 0,0002, taulukko 2) ja olivat vahvoja kytkentäepätasapainossa (D ’= 0,958, r

2 = 0,91). Koska suuri LD välillä rs16969968 ja rs8034191, vain rs16969968 keskustellaan edelleen. Kertoimet suhde (OR) ja 95%: n luottamusväli (95% CI) ollessa heterotsygoottinen rs16969968 korjattuna tupakoinnista oli 1,68 (95% CI: 1,31-2,14) ja kun homotsygoottisia oli 1,89 (95% CI: 1,32-2,70 ); jos ne sisältyvät lokia lisäaine geneettisiä vaikutuksia mallissa OR oli 1,45 (95% CI: 1,23-1,72). Vaikka havaitsimme vahvin yhdistyksen rs16969968 ja rs8034191 kanssa levyepiteelikarsinooma alatyypin keuhkosyöpään (oikaistu OR = 1,4 ja 1,3; p = 0,002 ja 0,017, tässä järjestyksessä), tilastollisesti merkittävää yhteyttä pienisoluinen karsinooma alatyyppi (oikaistu OR = 1,5 1,4; p = 0,017, 0,025) ja taipumus kohti yhdessä adenokarsinooma alatyypin havaittiin (taulukko S1). Ei assosiaatio rs16969968 ja rs8034191 iän keuhkosyöpään diagnoosin, sukupuolen tai tupakoinnin asemaa voitaisiin tunnistaa (tuloksia ei ole esitetty). Kumpikaan näistä SNP liittyi virtsarakon tai kurkunpään syövän riskiä (Taulukko S2 ja S3). Yhdistetyssä analyysin kaikista Kontrolliryhmiin taajuus rs16969968 ja rs8034191 oli samanlainen yhä tupakoitsijat verrattuna tupakoimattomia ryhmä (ikä- ja sukupuoli OR = 0,96, 0,97; p = 0,74, p = 0,8, tässä järjestyksessä).

yhdessä keuhkosyöpä havaittiin myös, että rs402710 SNP sijaitsee kromosomissa 5p15.33. Tämä SNP oli kytkentäepätasapainossa kanssa rs2736098 (D ’= 0,89; r

2 = 0,129), mutta ei rs2736100 (D’ = 0,181; r

2 = 0,014). Oikaistu tai tutkimusten harvinaisia ​​alleelin (T) rs402710 oli 0,77 (95% CI 0,66-0,91; p = 0,002). Molemmat heterotsygootit (CT) ja harvinainen homozygoottien (TT) esiintyi harvemmin keuhkosyöpä ryhmässä verrattuna verrokkiin (oikaistu OR = 0,75, 0,61; p = 0,021, 0,007, vastaavasti) (taulukko 2). Lisäksi yhdistys rs402710 keuhko levyepiteelisyövän ja adenocarcioma alatyyppejä havaittiin (säädettiin OR = 0,69, 0,75; p = 0,001, 0,033, vastaavasti) (taulukko S1). Samanlainen havainnot liittyvät SNP kromosomissa 15q25.1 ei havaittu tilastollisesti merkittävää eroa ei havaittu, kun keuhkosyöpää stratifioitiin sukupuolen, iän diagnoosin ja tupakointi (tuloksia ei ole esitetty). Yhdistetyssä analyysin kaikista Kontrolliryhmiin rs402710 ei liittynyt tupakointi (OR oikaistuna sukupuoli ja ikä diagnoosin = 1,03; p = 0,66).

Aluksi toinen yhdistys keuhkosyöpää ja rs3131379 (oikaisemattomat OR = 1,47, p = 0,003) havaittiin, mutta ottamisen jälkeen tupakointi tuli tilastollisesti merkityksetön (taulukko S2 ja S3). Ei yhdistysten keuhkosyöpään ja loput 10 SNP genotyyppi havaittiin tässä tutkimuksessa (taulukko S2 ja S3).

analyysi 13 polymorfisten markkereiden joukossa kurkunpään ja rakon tapauksissa ilmeni, ettei yhdelläkään niistä liittyi näihin syöpätyyppeihin (Taulukko S2 ja S3).

Retrospective Tehonlaskennassa suoritettiin Minor alleelifrekvenssit (MMM) vaihtelee 0,06-0,48 varmistaa, että tutkittu oli riittävästi virtaa tunnistaa mahdolliset yhdistyksille. Tutkimuksessa oli 80% teholla alfa tasolla = 0.05 havaita vähintään kertoimet suhde on välillä 1,3-1,5 keuhkosyöpään, 1,5-1,8 virtsarakon syövän ja kurkunpään syöpä. Havaitsemisraja nousi 1,4-1,7 (keuhkosyöpä) ja 1,7-2,1 (virtsarakon ja kurkunpään syöpä) kanssa Bonferroni korjaus (alfa taso = 0,0038).

Keskustelu

Tämä replikointi tutkimus osoitti, että SNP kromosomissa 15q25.1 (rs16969968 ja rs8034191) ja 5p15 (rs402710) liittyvät keuhkosyöpä Puolan väestöstä siten jäljittelevän aiempia havaintoja [3] – [9], [15] – [19]. Se ei kuitenkaan vahvista yhteenliittymää välillä SNP sijaitsee 15q25.1 ja 5p15 alueen virtsarakon ja kurkunpään syöpään.

lokuksen kromosomissa 15q25.1 sisältää kolme geeniä, jotka koodaavat nikotiiniasetyylikoliini reseptori (nAChR) alayksiköistä (CHRNA3, CHRNA5, CHRNB4) jonka osallistuminen tupakoinnin ehdotettiin tehdyistä tutkimuksista on suurempi keuhkosyövän väestön [5], [10] – [12]. Alueella yhdistyksen sisältää ei-synonyymi CHRNA5 SNP, rs16969968, joka otetaan käyttöön asparagiinihapon substituutiosta (D) asparagiini (N) aminohappoasemassa 398 (D398N) on CHRNA5 proteiinin (α5 nAChR alayksikön). Α5 nAChR alayksikköä sijaitsee sytoplasman silmukan väliin transmembraanidomeenien ja ei ole mukana reseptorin sitova. Alue on CHRNA5 proteiinin, jossa asparagiinihappo substituutio asemassa 398 esiintyy on erittäin hyvin säilynyt eri puolilla selkärankaisten lajista, mikä viittaa siihen, että muutokset tässä asemassa hyvin todennäköisesti toiminnallinen merkitys.

In vitro

tutkimukset osoittavat, että Asparagiini on postion 398 α5 nAChR-alayksikköä pienenee kolinergisen reseptorin toimintaa [13]. Nikotiinireseptoreja sisältävä α5 löytyy dopaminergisten ja GABA hermosolujen striatumissa ja ventraalisen tegmentaalisella alue, alueella aivoissa osallinen palkita koulutusjakson [13], [23]. Yksilöt, jotka satama muunnos CHRNA5 (mikä vähentää kolinergisen reseptorin aktiivisuuden) saattaa olla lisääntynyt riski nikotiiniriippuvuuden kuin korkeampia nikotiinia vaaditaan saavuttamaan vastaavat aktivoitumisen dopaminergisen reitin [13]. Kun altistuu tupakointi, hetero- ja harvinainen homozygoottien of rs16969968 ovat vastaavasti 1,3-kertainen ja lähes 2-kertainen riski sairastua nikotiiniriippuvuuden [24]. Riippumattomat havainnot vahvistivat yhdistys SNP tällä alueella riskiin tupakkaan liittyvien kasvainten, kuten keuhko-, virtsarakko- ja ylempi aeordigestive suolikanavan syöpien (UADT) [3] – [9], [25] – [27]. Tueksi Näiden havaintojen muut tutkimukset ovat osoittaneet, että tämä lokus on osallisena riski keuhkoahtaumataudin (COPD) ja perifeerinen valtimotauti, jotka molemmat on liitetty tupakoinnin [5], [28]. Yhdessä nämä havainnot herättävät kysymyksen siitä, onko 15q25.1 alue liittyy suora vaikutus tupakointiin liittyviin sairauksiin tai niitä voidaan selittää pelkästään geneettinen vaikutus tupakoinnin riippuvuus. Lisätutkimukset suoritettiin eri populaatioissa kannatti assosiointi 15q25.1 lokuksen kanssa keuhkosyövän tupakoimattomia todisteeksi suora rooli tämän lokuksen taudin kehitykseen [3], [6]. Tämän tueksi, on osoitettu, että keuhkojen neuroendokriinisoluissa, keuhkorakkuloiden epiteelisolujen keuhkojen neuroendokriinisoluissa ja keuhkosyövän solulinjat, ilmaista nikotiini reseptoreita, jotka sitovat aineet karsinogeeninen jotka sisältävät

N

’-nitrosonornicotine ja nitrosamiineja. Täten karsinogeeneja voi edistää neoplastisen transformaation stimuloimalla kasvaimen kasvua ja angiogeneesiä [29], [30]. Lisäksi tulokset hiljattain tehty tutkimus CHRNA5 toimintaa modulaatiota keuhkoputken soluissa ja keuhkosyövän solulinjoissa ehdotti potentiaalinen vaikutus CHRNA5 soluadheesiota sekä soluliikkuvuus ja säätelyyn p63, homologisen proteiinin tuumorisuppressori p53 [31]. Tutkimukset suurissa populaatioissa sekoitettu etnisyys osoitti, että tämä lokus on sekaantunut kaikissa histopatologiset alatyyppejä keuhkosyöpään, nykyisessä tutkimuksessa myös monistettavissa yhdistys Puolan väestöstä, mutta meidän riskianalyysin alleelien keskuudessa adenokarsinooma alatyypin tapaukset osoittivat vain heikon suuntaus kohti yhdistyksen (taulukko S1) [3] – [9]. Emme pystyneet osoittamaan mitään yhdistyksen välillä SNP 15q25 alueen ja tupakointistatus kontrollien joukossa, kun taas muita suurempia tutkimuksia analysoidaan vain nikotiiniriippuvuuden ja koskevat erilaisia ​​toimenpiteitä tupakoinnin altistuksen, selvästi osoittautunut tässä yhdistys [10] – [13]. Tuloksemme perustuivat pienempiin numerot koskaan tupakoinnin keuhkosyöpäpotilaita ja siksi puuttui voima havaita tämän yhteyden. Meidän tulokset olivat kuitenkin yhtä mieltä suurella replikointi tutkimuksessa Kansainvälisessä Keuhkosyöpä Consortium käyttäen 11 645 keuhkosyöpää tapauksessa potilaita ja 14 954 verrokeilla, jossa ei yhdistys rs16969968, rs8034191 keuhkosyöpä joukossa tupakoimattomia havaittiin [9 ]. Kun tähän lisätään, äskettäin julkaistun meta-analyysi 5 aikaisemmat tutkimukset koskaan tupakointi keuhkosyöpäpotilaita ei havaittu yhteyttä 15q25 ja keuhkosyövän riskiä [32]. Tämä kyseenalaistaa pleiotrooppisten käsitys 15q25 alueen ja ehdottaa lisää epäsuora vaikutus keuhkosyövän riskiä.

Yhdistyksen virtsarakon syövän kanssa 15q25-lokuksen osoitettiin tapauskontrollitutkimuksessa potilaita Los Angeles County, Yhdysvalloissa ja Shanghai, Kiina. Tässä tutkimuksessa rs8034191 liittyi 1,26-kertainen riski virtsarakon syöpä ei latinalaisamerikkalainen valkoiset, vaikka kirjoittajat eivät voineet kopioida yhdistys Kiinan väestöstä, koska harvinainen alleelin frekvenssi oli liian alhainen [25]. Sen sijaan, tietomme ja tutkimuksesta 790 koskaan tupakoinnin virtsarakon ja munuaisten syövistä valkoihoisia ei osoittanut yhdistyksen välillä virtsarakon syöpä ja 15q25 alueen [33].

kromosomi 5p15.33 sisältää kaksi geeniä,

CLPTM1L

– halkio transmembraani- 1 like geeni ja

TERT

– ihmisen telomeraasin käänteistranskriptaasin geenin. Tert entsyymi on proteiini, osa telomeraasin, joka on ribonukleoproteiini polymeraasi, joka uusiutuu telomere päättyy lisäämällä nukleoti- toistosekvenssien. RNA komponentti telomeraasi toimii mallina telomere toista. Telomerase on keskeinen rooli varmistettaessa kromosomi vakautta ja estää normaalien solujen tulossa pahanlaatuinen. Koodausalue TERT on erittäin konservoitunut lajien välillä [34]. Mutaatiot koodaavan sekvenssin tämän geenin ovat harvinaisia, ja on yhdistetty perinnöllinen dyskeratoosi, idiopaattinen keuhkofibroosi ja lisääntynyt riski joidenkin syöpien [35], [36].

Toinen geeni 5p15.33 on

CLPTM1L

, joka on sekaantunut alttius suulakihalkio. Tämä geeni ilmentyy erilaisissa kudoksissa, mukaan lukien keuhko- kudosta ja yli-ilmentynyt sisplatiini-resistenttejä munasarjasyövän solulinjoissa, jossa sen rooli apoptoosin sisplatiinin-herkkien solujen on osoitettu [37]. Jotkut kirjoittajat ehdottavat, että pohjalta näiden havaintojen

CLPTM1L

voisi liittyä apoptoosin induktioon keuhkojen soluihin altistuksen jälkeen genotoksisia aineita, kuten tupakan karsinogeeneja [16].

Tässä tutkimuksessa olemme tutkittiin kaksi SNP (rs2736100, rs2736098), jotka sijaitsevat alueella TERT- ja alueella CLPTM1L (rs402710). Tällä hetkellä ei ole olemassa näyttöä siitä, että mitään näistä SNP on toiminnallinen rooli tai on sairaus aiheuttava alleeli. Alueella 5p15.33 on selvästi liittyvän keuhkosyövän [15] – [19]. Tässä tutkimuksessa monistaa yhdistys rs402710 keuhkosyöpä riski Puolan väestöstä, mutta eivät kyenneet osoittamaan yhteenliittymän kahden muun SNP, joista yksi (rs2736100) ehdotettiin olevan itsenäinen riskitekijä keuhkosyövän [16] . Kerrostuminen meidän tiedot histopatologisia alatyypin osoitti, että voimakkain havaittu yhteyttä sähköiseen okasolusyöpä potilaiden ja heikompi yhdistys adenokarsinooma alatyyppi, joka on toisin kuin tulokset on saatu GWAS, jossa käänteinen suhde havaittiin [17], [ ,,,0],18]. 5p15.33 alue liittyi virtsarakon syövän tutkimuksessa deCODE Genetics eurooppalaisesta väestöstä koostuu 4147 syöpätapauksista 10 maiden tai alueiden [38]. Tässä suuressa tutkimuksessa rs401681 ja rs2736098 liittyi suurentunut virtsarakon syövän (OR = 1,12, 1,16, p = 5,7 × 10

-5, 1,3 x 10

-4, 5,7 x 10

– 5, vastaavasti). Tutkimus suoritettiin ei-latinalaisamerikkalainen valkoisten Los Angeles County, USA ja Kiinan väestön tilastollisesti merkitsevä assosiaatio virtsarakon syövän rs2736100 molemmissa etnisten ryhmien [25]. Meidän aineisto emme voineet osoittaa yhdistyksen kolmen SNP 5p15.33 alueella, johtunee väestön eroja, mikä näkyi myös tutkimuksesta deCODE Genetics, jossa rs2736098 yhdistys kun ositettu maan tai alueen, saavutetaan ap value≤0.05 vain neljä edistää maiden ja alueiden [38].

retrospektiivinen vallan analyysi suoritetaan meidän tutkimuksessa todettiin, että yksi mahdollisista syistä emme voineet monistaa havainnot aiemmin raportoitu virtsarakon ja kurkunpään syöpä ryhmät voisivat johtua pienestä otoskoko näiden ryhmien tutkimuksessamme. Tämä ongelma voitaisiin ratkaista lisäämällä tapauksen valvoa suhde 1:01-1:03. Tässä tutkimuksessa emme pystyneet vastaamaan tapausten ja kontrollien kanssa korkeammat suhteet johtuen ei pysty rekrytoimaan lisää valvontaa, joka kiinni meidän matching kriteerit.

Yhteenvetona tämä tutkimus on edelleen vahvistanut GWAS katsoi, että alueet 15q25 0,1 ja 5p15.33 edistää keuhkosyövän riskiä, ​​mutta ei osoittanut yhteyttä näiden lokusten virtsarakon ja kurkunpään syövän Puolan väestöstä.

Materiaalit ja menetelmät

vuosien 2000 ja 2007 yhteensä 1742 peräkkäin kerätyn syöpäpotilaiden kliinisistä sairaaloista Szczecinissä, Puolassa mukana tässä tutkimuksessa. Tutkimukseen osallistui 874 keuhkosyöpää, 450 potilasta diagnosoitu virtsarakon syöpä ja 418 kurkunpään syöpäpotilailla. Kaikki tapaukset olivat histologisesti tai sytologisesti vahvistettu. Potilaita pyydetään osallistumaan tähän tutkimukseen, kun he osallistuivat avohoidossa syöpätautien klinikan alueellisilla sairaaloissa tai Kansainvälisen perinnöllinen Cancer Center (IHCC) Szczecin. Potilaan osallistumisaste ylitti 80%. Tiedot tupakoinnista oli käytettävissä 91% kaikista syöpäpotilaita, kerätään ilmoittautumisen yhteydessä. Niille potilaille, joissa tupakointi ei kerätty aikaan rekisteröinnin se on hankittu joko seurantakäyntejä tai henkilökohtainen tiedonanto (puhelimitse, kirjeitse). Tupakointi tila luokiteltiin kahteen luokkaan: koskaan ja koskaan tupakoitsijoita.

valvonta koostui 1061 terveillä aikuisilla potilailla, jotka olivat käyneet heidän perhelääkäreitä sijaitsee kaupungin Szczecinin tai ympäröivien kuntien. Osallistuminen hinnat vertailupopulaatiossa ylitti 71%. Kotelot ja Kontrollit sitten satunnaisesti rinnalle syntymävuoden (+/- 3 vuotta) ja sukupuoli, johtaen 874, 450, 418 paria keuhkojen, virtsarakon ja kurkunpään syövän tapauksissa vastaavasti. Tiedot tupakoinnista oli käytettävissä 83% kaikista valvontaa. Ominaisuudet tapauksissa ja kontrolliryhmien on esitetty taulukossa 3.

Tutkimus hyväksynyt eettinen komitea Pommerin Medical University of Szczecin. Kaikki yksilöt mukana tässä tutkimuksessa vasta osallistui ilmoitettuaan kirjallinen lupa osallistua.

DNA analysoitavaksi eristettiin ääreisveren lymfosyyteistä yksilöiden käyttämällä ei-entsymaattista, nopea suolaus-out menetelmä muutoksitta kuvatulla aiemmin [39]. Genotyypin analyysi 14 SNP suoritettiin käyttäen 5’exonuclease määritystä (TaqMan, Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) klo International Agency for Research Cancer. DNA-näytteet syöpään ja ohjaus tapausta satunnaisesti varattu määritys numerot aikana genotyypin prosessin välttämiseksi genotyypitys bias; laboratorion henkilökunta oli sokaissut asia /valvonta-asema. 7% kokonaismäärästä aiheita tässä tutkimuksessa (johdettu molemmissa tapauksissa ja tarkastukset) valittiin satunnaisesti uudelleen genotyyppi kullekin SNP kontrolloida toistettavuus genotyyppausvaiheen määrityksissä. Sisäinen kahtena vastaavuutta oli 99,9% ja genotyypityksen onnistumisprosentti oli 91%. Out of 14 analysoi SNP, genotyyppi jakaumat 13 SNP ei poikennut Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) missään ryhmässä verrokkeihin. Yksi SNP (rs17374971), joka oli merkittävä poikkeama HWE jätettiin tarkempaa analysointia kaikissa ryhmissä. Kukin SNP analysoitiin erikseen per alleelin (alle log-lisäaine malli) ja kohti genotyyppi laskemalla kerroinsuhde (OR), 95%: n luottamusväli (95% CI), p-arvoja logistiikkaregressiomallin. TAI oikaisu tehtiin sisällyttämällä tupakoinnista lisäparametrinä in logistiikkaregressiomallin. Potilaat, joilla on puuttuvat tiedot tupakoinnin asemasta jätettiin laskettaessa mukautettua OR. Alleelit kaikki SNP määrättiin mukaan yhden emäksen monimuotoisuus tietokanta (dbSNP, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP) [40]. Kaikki laskelmat suoritettiin käyttäen pääalleelille kunkin SNP ohjearvon (taulukko 1). Bonferroni korjausta käytettiin säätämään useita testaus niin, että kaikki tulokset on saatu p value≤0,0038 pidettiin merkittävinä. LD (D ’ja r

2) laskettiin käyttäen haploview [41]. Retrospektiivinen teho analyysi suoritettiin käyttäen Virta Genetic Association Versio 2.0 ohjelmisto alfa taso asetetaan 0.05 ja 0,0038 yhteispäätösmenettelyllä hallitseva malli, jossa on kaksi vapausastetta [42].

tukeminen Information

Taulukko S1 .

Risk arvioiden kohden alleeli histopatologisesti varten rs16969968, rs803419 ja rs402710 keuhkosyövässä ryhmässä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0025057.s001

(XLS) B Taulukko S2.

riskiestimaattien per alleeli 13 SNP keuhko-, virtsarakko- ja kurkunpään syövän ryhmä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0025057.s002

(XLS) B Taulukko S3.

riskiestimaattien per genotyyppi 13 SNP keuhko-, virtsarakko- ja kurkunpään syövän ryhmä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0025057.s003

(XLS) B