Krooninen sairaus

tiivistelmä

ARLTS1

on hiljattain ominaista tuumorisuppressorigeeniä at 13q14.3 , alue usein poistettu sekä satunnaisten ja perinnöllisten eturauhassyöpä (PCA).

ARLTS1

variantteja, erityisesti Cys148Arg (T442C), lisätä alttiutta eri syöpiä, kuten PCa. Tässä tutkimuksessa rooli Cys148Arg korvaavien tutkittiin, koska riskitekijä PCa käyttäen sekä geneettisen ja toiminnallista analyysiä. Cys148Arg genotyypit ja ilmaus

ARLTS1

selvitettiin suuri joukko familiaalinen ja valitsemattomat PCa tapauksissa kliininen kasvain näytteet, ksenografteja, eturauhassyövän solulinjoissa ja eturauhasen hyvänlaatuinen liikakasvu (BPH) näytteet. Taajuus variantin genotyypin CC oli merkittävästi korkeampi familiaalinen (OR = 1,67, 95% CI = 1,08-2,56,

P

= 0,019) ja valitsemattomat potilailla (OR = 1,52, 95% CI = 1,18-1,97

P

= 0,001) ja yleinen riski lisääntyi (OR = 1,54, 95% CI = 1,20-1,98,

P

= 0,0007). Muita analyysi kliinis paljastivat yhdistys aggressiivinen tauti (OR = 1,28, 95% CI = 1,05-∞,

P

= 0,02). CC genotyyppi Cys148Arg variantin myös osaltaan alentaa

ARLTS1

ilmentymistilanne lymfoblastoidisissa solujen familiaalinen potilaista. Lisäksi vähensi merkitsevästi

ARLTS1

ilmentymistä havaittiin kliinisissä kasvain näytteissä verrattuna BPH näytteet (

P

= 0,01).

ARLTS1

koekspressoimalla allekirjoitus perustuu aiemmin julkaistu microarray data muodostettiin 1587 syöpänäytteissä vahvistetaan alhainen ilmentyminen ARLTS1 PCA ja osoitti, että

ARLTS1

ilmentyminen oli voimakkaasti yhteydessä immuunijärjestelmän prosesseja. Tutkimus tarjoaa vahvan vahvistuksen tärkeän roolin

ARLTS1

Cys148Arg variantti myötävaikuttamassa PCA alttius ja mahdollisen merkkiaine aggressiivinen tauti lopputulokseen.

Citation: Siltanen S, Wahlfors T, Schindler M , Saramäki OR, Mpindi JP, Latonen L, et ai. (2011) osuus

ARLTS1

Cys148Arg (T442C) Variant kanssa Eturauhassyöpä Risk ja ARLTS1 Function eturauhassyöpäsoluissa. PLoS ONE 6 (10): e26595. doi: 10,1371 /journal.pone.0026595

Editor: Surinder. K. Batra, University of Nebraska Medical Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 26 huhtikuu 2011; Hyväksytty: 29 syyskuu 2011; Julkaistu: 20 lokakuu 2011

Copyright: © 2011 Siltanen et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat Kilpailullinen tutkimusrahoitusorganisaatioita Pirkanmaan sairaanhoitopiirin (lupanumeroon 9L091), Reino Lahtikari Foundation, Suomen Syöpäjärjestöt, Sigrid Juseliuksen säätiö ja Suomen Akatemia [lupanumeroon 126714 TW ja 116437 ja J. S.]. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

ADP-ribosylaatio tekijä kaltainen tuumorisuppressorigeenien 1 (

ARLTS1

), joka tunnetaan myös nimellä ADP-ribosylaatio factor-kaltainen proteiini 11 (

ARL11

), on äskettäin tunnettu geeni sijaitsee lokuksessa 13q14.3. ARLTS1 kuuluu ADP-ribosylaatio tekijä (ARF) -ARF kaltainen (ARL) perheen Ras-proteiinin superperheen [1]. ARF: iä ovat guaniini-nukleotidi-sitovia proteiineja, jotka ovat kriittisiä komponentteja useita eri eukaryoottisten rakkula kaupan reittejä. Kuten muiden jäsenten Ras-superperheen, ARF: ien toimivat molekyyli- kytkimet pyöräily välillä aktiivinen GDP- ja aktiivisen GTP: hen sitoutuneen konformaatioita [2]. ARLTS1 on luonnehdittu solunsisäinen proteiini, jolla on spesifistä ekspressiota keuhkoissa ja leukosyyttien.

ARLTS1

variantit, kuten nonsense polymorfismi Trp149Stop (G446A) ja missense polymorfismi Cys148Arg (T442C), on ehdotettu olevan rooli eri syöpiä [3] – [6].

eturauhassyöpä on useimmin diagnosoitu syöpä miehillä monissa maissa, myös Suomessa. Ikääntyminen ja parannettu diagnostiikka mitä ilmeisimmin lisätä uusien tapausten, mutta ilmaantuvuus vaikuttaa myös joitakin tuntemattomia tekijöitä. Kasvava määrä uusia tapauksia luo paineita terveydenhuoltojärjestelmän ja uusia välineitä PCa diagnostiikan, prognostisina ja hoito edellyttää, erityisesti välttää liiallista käsittelyä ja tarpeettoman koepaloja. Viime vuosien on ollut laajan tutkimuksen PCA etiologiassa ja genomin laajuinen yhdistys tutkimukset ovat paljastaneet useita yhteisiä alhainen penetrance geneettisiä muutoksia. Yhdistyksen Näiden varianttien kanssa viittaavia tekijöitä ja ennusteen edelleen epäselvä ja tulokset puuttuvat kliinistä merkitystä.

Olemme hiljattain osoittivat merkittävää yhdistyksen withCys148Arg (T442C) variantti ja riski Eturauhassyövän [7]. Lisäarviointia tämän variantin on aiheellista lisätä valtaa yhdistyksen ja tutkia toiminnallista roolia variantin PCA. Lisää näytteitä tarvitaan myös arvioimaan vaikutuksia tämän variantin kliinisten tulosten ja mahdollinen rooli ennakoivaa biomarkkereiden Eturauhassyövän.

lisäksi perimä, DNA kopiomäärä poikkeavuudet ovat yksi kaikkein useimmin havaittu geneettisiä muutoksia familiaalinen ja satunnaista PCa [8] – [10]. Useimmissa tapauksissa kohdistaa geenien poikkeavuudet eivät ole täysin tunnistettu. Mielenkiintoista, alleelinen epätasapaino (AI) on havaittu 13q14.2-13q14.3, ja se on tärkeä tapahtuma etenemistä lokalisoitu PCa [11]. Erot 13q14 Heterotsygotian menetys (LOH) eri PCa ryhmät voisivat myös käyttää erottamaan kliinisesti merkityksetön PCa [12], [13].

Tässä tutkimuksessa analysoitiin roolista

ARLTS1

yksityiskohtaisemmin, erityisesti rooli Cys148Arg (T442C) PCA riski. Kromosomivirhetutkimuksessa in 13q14.3 analysoitiin aCGH arvioimiseksi

ARLTS1

kopioluvun muutoksia PCa ksenografteissa ja solulinjoissa. Ilmaisu on

ARLTS1

tutkittiin kliinisessä kasvain näytteissä, BPH näytteitä ja myös koekspressoimalla tietojen muodossa aiemmin julkaistu aineisto analysoitiin.

Methods

Tutkimuskanta

Kaikki kerätyt näytteet ovat suomalainen syntyperä. Tunnistaminen ja kerääminen Suomen HPC perheet on kuvattu muualla [14]. Familiaalinen Näytteet genotyypitetty tässä tutkimuksessa oli ainakin yksi vaikuttaa ensimmäisen tai toisen asteen sukulainen. Kliininen ominaisuudet familiaalinen potilaista löytyy taulukosta S1.

Valitsemattomat peräkkäisen eturauhassyövän potilailla diagnosoitiin PCa vuosien 1999 ja 2005 laitoksella urologian Tampereen yliopistollisessa sairaalassa. Sairaala on alueellinen asia keskuksen alueella kaikille potilaille PCA, mikä johtaa valitsematta, väestöpohjaisia ​​kokoelma potilaista. Kliininen ominaisuudet peräkkäisten valitsemattomat PCa löytyy taulukosta S1.

Joukko eturauhasen hyvänlaatuisen liikakasvun (BPH) tapaukset käytettiin myös tässä tutkimuksessa. Diagnoosi Tämän BPH kohortin perustui alemman virtsateiden oireita, vapaa uroflowmetry, ja näyttöä lisääntyneestä eturauhasen koko on saatu tunnustelemalla tai peräsuolen ultraäänellä. Jos PSA oli koholla tai eturauhasen tai transrectal ultraäänellä osoitti poikkeavuutta osoittavat PCA lta potilaista koepaloja jättää diagnoosit Eturauhassyövän, laadukkaat eturauhasen intraepiteliaalisia neoplasia (PIN), epätyypillinen pieni acinar solujen lisääntymistä (ASAP), tai epäily maligniteetti.

Kliininen eturauhaskasvaimissa saatiin Tampereen yliopistollisen sairaalan (Tampere, Suomi) kuten tuoretta jäädytetty eturauhasen kasvain näytteitä, jotka edustavat eturauhasen hyvänlaatuisen liikakasvun (BPH,

n

= 14), androgeeniriippuvainen (

n

= 14) ja hormoni tulenkestävät (

n

= 6) karsinoomia. Näytteet histologisesti tutkittiin tuumorisolujen läsnäolo käyttämällä H 60% syöpä- tai hyperplastista epiteelisoluja valittiin analyyseihin. BPH näytteet saatiin eturauhasen näytteitä syöpäpotilaiden ja histologisesti varmistettu ei saa sisältää mitään syöpäsoluja. Näytteitä hormoneilla tulenkestävä karsinoomia saatiin höyläys- leikkauksessa eturauhasen (TURP) potilaista kokee virtsaputken tukkeuma huolimatta meneillään hormonihoito. Aika alusta hormonihoito etenemiseen (TURP) vaihteli 15-60 kuukautta. Käyttämällä kliinisiä kasvaimen materiaalia hyväksynyt eettinen komitea Tampereen yliopistollisen sairaalan.

kontrollinäytteistä koostui DNA-näytteet anonyymi, vapaaehtoista, ja terve verenluovuttajia saatu veripankki Suomen Punaisen Ristin Tampere. EDTA verinäytteitä käytettiin viitteenä Q-RT-PCR oli terveiltä anonyymi luovuttajien.

Potilaan tiedot ja näytteet saatiin täydellä lupaa. Tutkimus tehtiin sopivissa tutkimuksen luvat eettisten toimikuntien Tampereen yliopistollisen sairaalan, Suomi, sekä sosiaali- ja terveysministeriön Suomessa.

Solulinjat ja ksenografteissa

Eturauhassyövän solulinjat LNCaP, DU145, PC-3, NCI-660 ja 22Rv1 saatiin American Type Culture Collection (Manassas, VA, USA), kun taas LAPC-4 luovutti ystävällisesti Dr. Charles Sawyers (UCLA, Los Angeles, CA ), ja VCAP solulinja saatiin tohtori Jack Schalken (Radboudin yliopisto Medical Centre, Nijmegen, Alankomaat). Kaikkia solulinjoja viljeltiin suositelluissa olosuhteissa. PrEC ensisijainen solut saatiin Lonza (Walkersville, MD, USA). EP156T on h-tert kuolemattomaksi normaalin eturauhasen epiteelisolujen linja [15], joka annettiin yksi kirjoittajista (O.K.). DNA uutettiin standardin laboratorioon protokollia ja kokonais-RNA uutettiin Trizol-reagenssia (Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, CA, USA).

Yhdeksäntoista ihmisen PCa ksenografteja ja LuCaP sarjan käytetään suoralla sekvensoinnilla ja viisitoista niitä käytetään Q-RT-PCR tehtiin saataville yksi kirjoittajista (RLV) ja on kuvattu muualla [16], [17].

lymfoblastisolulinjoissa johdettiin Epstein-Barrin virus muunnos perifeerisen mononukleaaristen leukosyyttien potilailta. Lymfoblastisolulinjoissa kasvatettiin RPMI-1640-alustassa (Lonza, Walkersville, MD, USA), johon oli lisätty 10% naudan sikiön seerumia (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA) ja antibiootteja. Solusakat snap-jäädytetty ja kokonais-RNA uutettiin solujen Trizol® ohjeiden mukaisesti valmistajan (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA).

mutaatio seulonta

mutaatio seulonta genomisesta DNA: sta suoritettiin suoralla sekvensoinnilla. Sekvensointi suoritettiin Applied Biosystems 3130xl Genetic Analyzer (Life Technologies Corporation, Carlsbad, CA, USA) mukaan valmistajan ohjeiden. Alukkeita ja PCR-olosuhteita käytettiin mutaation seulontaan ovat saatavilla pyynnöstä.

genotyypin

Genotyping tehtiin Custom TaqMan® SNP genotyypin määritys käyttäen ABI Prism 7900HT järjestyksessä tunnistusjärjestelmä (Life Technologies Corporation , Carlsbad, CA, USA) valmistajan ohjeiden mukaisesti. Alukkeita ja koettimia Cys148Arg (T442C) SNP rs3803185 toimitti Applied Biosystems kautta File Builder 3.1 -ohjelmisto.

Quantitative real-time käänteistranskriptio-PCR

Geenien ilmentyminen analyysit tehtiin käyttäen LightCycler ® (Roche, Mannheim, Saksa) ja Bio-Rad CFX96 ™ Real-Time PCR tunnistusjärjestelmä (Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA, USA). Kokonais-RNA eristettiin solulinjoista, kliininen kasvaimen näytteet ja ksenograftit kuten aiemmin on kuvattu [18], [19]. RNA solulinjoissa käänteiskopioitiin ensimmäisen juosteen cDNA käyttäen SuperScript ™ III Ensimmäisen Strand Synthesis SuperMix (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) ja sattumanvaraisia ​​heksameerejä. RNA: ta kliinisen kasvain näytteet ja ksenograftit käänteistranskriboitiin, kuten aiemmin on kuvattu [18], [19]. Normaali ihmisen eturauhasen RNA saatiin Ambion (Cambridgeshire, Iso-Britannia). Sillä LightCycler® analyysien, alukkeet ja koetin sarjat saatiin TIB MolBiol (Berliini, Saksa). PCR-reaktiot suoritettiin LightCycler® Fast Start DNA Master

PLUS HybProbe kit (Roche, Mannheim, Saksa). LightCycler® ohjelmisto (Roche, Mannheim, Saksa) käytettiin analyysiin. Taqman-määritys

ARLTS1

käytettiin Bio-Rad analyysit. Alukkeet ja koettimet saatiin TIB MolBiol (Berliini, Saksa). Bio-Rad: n iQ Supermixiä käytettiin PCR-reaktioissa ja CFX Manager Software ™ versio 1.6 tietojen analysointia. Ekspressiotasot

ARLTS1

normalisoitiin vastaan ​​taloudenhoito geeni

TBP

(TATA box sitova proteiini) tai vastaan ​​RNA-tasot.

TBP

valittiin viittaus geeni, koska ei ole tiedossa retropseudogenes sen, ja ilmaus

TBP

on alhaisempi kuin monien yleisesti käytettyjen, runsaasti ilmaistaan ​​viite geenejä [20] .

Western blotting

Solut hajotettiin puskurissa, joka sisälsi 50 mM Tris-HCI, pH 7,5, 150 mM NaCl, 0,5% Triton-X-100, 1 mM DTT, 1 mM PMSF ja 1 x täydellisen proteaasiestäjäseostabletit (Roche, Mannheim, Saksa). Lysaatit sonikoitiin 4 x 30 s Bioruptor väline (Diagenode, Liege, Belgia) ja solun roskat poistettiin sentrifugoimalla. Proteiinit erotettiin polyakryyliamidigeelielektroforeesilla (SDS-PAGE) ja siirrettiin PVDF-kalvolle (Immobilon-P, Millipore, Bedford, MA, USA). Primaaristen vasta-aineiden käytettiin anti-ARL11 (Aviva Systems Biology, San Diego, CA, USA) ja anti-aktiini (pan, klooni ACTN05, Neomarkers, Fremont, CA, USA), joka havaittiin HRP-konjugoidun sekundaarisen vasta-aineita (DAKO, Tanska) ja Western blottauksella luminoliin reagenssia (Santa Cruz Biotekniikka, CA, USA) autoradiografia.

Array vertaileva genominen hybridisaatio

Array vertaileva genominen hybridisaatio (aCGH) suoritettiin PCa solulinjoissa ja ksenograftit kanssa Human Genome CGH Microarray Kit 244A (Agilent, Santa Clara, CA, USA), ja kuten on kuvattu Saramäki OR et al, 2006 [19].

tilastollinen

assosiaatio Cys148Arg (T442C) variantti testattiin regressioanalyysimme SPSS tilasto-ohjelmalla paketti (SPSS 15.0; SPSS Inc., Chicago, IL, USA). Association kliinisiä ja patologisia piirteitä taudin (ikä puhkeamista, PSA-arvo diagnoosin, T, N ja M-vaiheen, WHO: n luokitukset ja Gleason) testattiin joukossa familiaalinen ja valitsemattomat PCa tapauksissa Kruskal-Wallisin testiä, Fisherin tarkka testi, ja t-testi sisältyy R ”Tilastot” -paketti. Eturauhassyövän potilaat luokiteltiin joilla on aggressiivinen tauti, jos heillä oli jokin seuraavista ominaisuuksista: a paikallisesti edennyt tai metastaattinen kasvain (vaihe T3, T4, N1 tai M1, joka perustuu patologia jos eturauhasen tehtiin, muuten kliininen vaihe), kasvain Gleason luokalla diagnoosi ≥7, huonosti eriytetty arvosana (WHO luokka III, ellei Gleason arvosana käytettävissä) tai esikäsittelyä PSA diagnoosin ≥20 ng /ml.

Co-ilmentymisen analyysi

ARLTS1

in aiemmin julkaistu microarray aineistot

ARLTS1

koekspressoimalla allekirjoituksen syntyvät GeneSapiens [21] tietokantaa mRNA ilmaisun.

ARLTS1

ilmaus keskuudessa 1587 kasvain näytteet ja joukossa 497 normaali näytteissä määritettiin. Käytimme Pearson korrelaatio geenien tunnistamiseen, jotka positiivisesti ja negatiivisesti korreloivat

ARLTS1

keskuudessa normaalia näytettä ja kasvaimen näytteet.

Functional merkintä analyysi

Gene sarjaa tutkittiin väkevöimiseen funktionaalisten merkintä luokkia kuten geeni ontologian (GO), työkaluja sisällä EASE ohjelmassa (https://david.abcc.ncifcrf.gov/) [22]. Top 100 geeniä, jotka olivat positiivisesti korreloi

ARLTS1

keskuudessa normaali näytteestä tarkastettiin rikastetun Gene ontologia.

Tulokset

Koko koodausalue

ARLTS1

aiemmin seulottiin yhteensä 164 familiaalinen PCa potilaista ja kaikkiaan 377 valitsematta PCa potilaita, sekä 381 kontrollinäytteiden [7]. Tässä Cys148Arg (T442C) variantti edelleen genotyyppi on 48 familiaalinen PCa potilaille, 1471 valitsematta PCa potilaita, 375 BPH potilaita ja 379 valvontaa. Hyödyntämällä aiemmat tiedot ja genotyypin enemmän familiaalinen ja valitsemattomat PCa tapauksissa me validoitu tilastollisesti merkitsevästi yhteydessä Cys148Arg (T442C) ja PCa riski (taulukko 1). Kun otetaan huomioon familiaalinen PCa tapauksissa ja yhdessä riski alleeli C homotsygoottinen muoto CC saavutti

P

arvo 0,019 (OR 1,67; 95% CI 1,08-2,56). Sisällä valitsematta tapauksessa riski oli myös merkittävä (OR 1,52, 95% CI 1,18-1,97,

P

= 0,001). Kun yhdistetään aineistoja familiaalisen ja valitsemattomat tapaukset (2060 näytettä kokonaismäärästä) Cys148Arg (T442C) variantti havaittiin liittyvän merkittävästi PCA riski (OR 1,54, 95% CI 1,20-1,98,

P

= 0,0007 ). Merkitsevä yhteys löytyi vain verrattaessa taajuudet homotsygoottinen muoto Riskimuodon C taajuudet homotsygoottinen muoto villityypin alleelin T. ei havaittu yhteyttä välillä taajuuden CC ja BPH (taulukko 1).

tutkittaessa eriytymistä Cys148Arg (T442C) CC genotyyppi 86 perheissä, joissa indeksi havaittiin kantajana, täydellinen erottelu variantin CC syöpä fenotyyppi nähtiin yksi perhe (perhe 427 kuvassa . 1). Muualla perheiden eriytyminen oli epätäydellinen, mutta osoittaa selvää yhteyttä

ARLTS1

genotyyppi CC tai TC ja syövän fenotyypin (perheet 402 ja 408 kuvassa. 1).

neliöt edustavat urokset ; ympyrät edustavat naisilla. Avoimet symbolit osoittavat ei kasvain, ja täytetyt symbolit tarkoittavat eturauhassyöpä tapauksia. + Osoittaa läsnäolo T442C variantin DNA-näyte perheenjäsenten, jonka jälkeen varsinainen genotyyppi. Nuoli osoittaa yksilön aluksi seulottiin

ARLTS1

sekvenssivariantit. Ikä diagnoosin eturauhassyövän potilailla (vuosina) on esitetty seuraavassa symbolin jokaiselle perheenjäsenelle. Tähti (*) tarkoittaa henkilöitä, joilla ei ole näytteen käytettävissä.

suora sekvensointi käytettiin tutkimaan taajuudet

ARLTS1

variantteja kliinisissä eturauhasen kasvaimia. Kliinisessä eturauhasen karsinoomat, löydettiin variantit neljässä paikassa, Gly65Val (G194T), Pro131Leu (C392T), Cys148Arg (T442C) ja Trp149Stop (G446A) (taulukko 2). Tällä Cys148Arg (T442C) päällä, taajuus syöpään liittyvän riskin genotyyppi CC oli suhteellisen korkea (28,3%) verrattuna yhdistettyä taajuutta familiaalinen ja valitsemattomat tapauksissa 21,2% (taulukko 1). Kuitenkin korkein taajuus Cys148Arg (T442C) CC genotyyppi havaittiin vierassiirrekokeissa näytettä (42,1%). Tämä on kiehtova, koska LuCaP ksenografti näytteitä pidetään hyvin homogeeninen esitys PCa.

roolin tutkimiseksi Cys148Arg (T442C) genotyypin

ARLTS1

ilmaisu valitsimme 24 familiaalinen potilaiden , joista kahdeksan kustakin genotyypistä ryhmästä TT, CT ja CC. Expression analysoi Q-RT-PCR suoritettiin käyttäen RNA: ta lymfoblastisolulinjoissa potilaista.

ARLTS1

mRNA ilmentyi eri tavalla näiden kolmen genotyyppiryhmien (Fig. 2). Ilmaisu väheni merkittävästi potilailla kuljettaa CC genotyyppi (

P

= 0,02).

Määritellään Q-RT-PCR. *,

P

0,05. Pylväät, keskiarvo kahdeksan henkilöä; baareja, SD.

ARLTS1

ekspressiotasoja analysoitiin myös viisitoista LuCaP ksenografti- näytteitä, kuusi PCa solulinjoissa, kaksi eturauhasen epiteelisolujen linjat ja RNA normaalista eturauhasen näytteestä. Niistä analysoitiin ksenografti näytteet, vähennetään merkittävästi

ARLTS1

ilmentymistä havaittiin kaksi näytettä (13%) verrattuna sen ilmentymistä normaalissa eturauhasessa näytteessä (Fig. 3A). Täydellinen menetys ilmentymistä havaittiin 11 (73%) ja ksenograftin näytteiden (Fig. 3A). Kaksi ksenografti näytteiden, LuCaP23.1 ja LuCaP49, oli korkeampi

ARLTS1

ekspressiotasoja verrattuna normaaliin kudokseen. Kuusi neljäntoista (43%)

ARLTS1

alassäädetty ksenografti näytteissä oli genotyyppi CC varten Cys148Arg (T442C) variantti. Kun joukko vertaileva genominen hybridisaatio (aCGH) suoritettiin käyttäen näitä näytteitä, 12/15 ksenografti näytteet osoittivat tappio kromosomaalisen alueen 13q14.3 (Fig. 3A).

Cys148Arg (T442C) genotyyppi sekä koska choromosomal poikkeavuus näkyy. C, Cys148Arg (T442C) variantti kahdessa kliinisessä syöpää kudosnäytteitä ja kaksi normaalia veren DNA (sekvenssit ovat käänteisessä suunta). * Määriteltynä Saramäki OR et al., 2006.

PCa solulinjoissa, 5/6 (83%) oli vähentynyt tai kadonnut ilmentymisen

ARLTS1

verrattuna normaalissa eturauhasessa RNA (Fig. 3A).

ARLTS1

lokuksen deleetion 13q14.3 löytyi PC-3, VCAP, LNCaP ja DU-145. Näistä jälkimmäinen oli myös CC genotyyppi Cys148Arg (T442C). Mielenkiintoista on, että Cys148Arg (T442C) variantti oli ainoa

ARLTS1

vaihtoehto löydetty Jonkin PCa solulinjoissa. Eturauhasen epiteelisolujen linja EP156T osoitti tappiota ilmaisun. Nämä tulokset todennäköisesti osoittavat, että

ARLTS1

ilme on alhainen PCA epiteelisoluissa.

ARLTS1

ilmentyminen arvioitiin myös samalla lähestymistapaa paneelin neljätoista BPH kudosnäytteiden neljätoista ensisijainen ja kuusi hormoni tulenkestävät kasvain näytteissä (Fig. 3B).

ARLTS1

ilme oli signinificantly alempi (

P

= 0,01) kliinisissä kasvaimissa verrattuna BPH näytteitä, mikä edelleen tukee rooliaan tuumorisuppressoriproteiinia (Fig. 3B).

kliinisissä eturauhasen kasvaimia, olemassaolo LOH tutkittiin. Ituradan DNA potilaista kantaa Cys148Arg (T442C) variantti analysoitiin suoralla sekvensoinnilla. Sekvensointi tulokset osoittivat, että kahdessa tapauksessa (näytteet 261 ja 530) T-alleelin veressä oli korvattu C-alleelin syöpäkudoksen (Fig. 3C), mikä viittaa rooli

ARLTS1

kasvaimen tukahduttaminen eli inaktivointi molempien alleelien karsinogeneesissä. Kun kliiniset parametrit (WHO luokka, Gleason ja T-score) tutkittiin, toinen variantti kantavan ”LOH-potilaat” oli Gleason 9 ja WHO luokka 3, joka osoittaa aggressiivista muoto taudista. Toinen tapaus oli WHO luokka 3 mutta ei Gleason ollut saatavilla.

ARLTS1 ilmentyminen määritettiin edelleen Western blottauksella (kuvio. 4). Solulysaatit oli saatavilla kuusi eturauhassyövän solulinjoissa, (22Rv1, LAPC-4, PC-3, Vcap, LNCaP, DU-145) ja normaalin eturauhasen epiteelisolujen linja EP156T. ARLTS1 ilmentyminen erittäin kapenee sen ARLTS1 mRNA tila osoitti kuvassa. 3A. Kuten odotettua, solulinjat LNCaP, DU-145 ja EP156T osoittivat negatiivinen ilmaus. Eturauhassyövän solulinjoissa 22Rv1 ja PC-3 ARLTS1 ilmentymistä, joka vastaa suhteellista mRNA: n ekspression arvot, kun taas PCA solulinjassa LAPC4-proteiinin ilmentymisen tila oli pienempi kuin mRNA: n ekspression taso. PCA-solulinja Vcap osoitti korkeimman ARLTS1 lauseke, joka ei vastaa nähden negatiivinen ekspression tila näkyy Q-RT-PCR: llä.

Proteiiniekspressio tila kuusi eturauhassyövän solulinjoissa, ja yhdessä normaalissa eturauhasessa epiteelisolulinja. Aktiini näkyy latauskontrollina. ARL11 odotettu /havaittu Mw 21,4 kDa. Epäspesifinen bändi on merkitty tähdellä (*).

Kun kliiniset ominaisuudet (ikä diagnoosin, PSA-arvo diagnoosin, T, N ja M-vaiheen, WHO: n luokitukset ja Gleason ) sisällytettiin analyyseissä ituradan genotyyppitietoja, CC-genotyyppi liittyi merkitsevästi nuorempien ikä diagnoosin ja PSA-arvo (

P

= 0.05 ja

P

= 0,03, vastaavasti) keskuudessa valikoimattomassa materiaali. Tämä ilmiö on havaittu myös edellisessä tutkimuksessa, jossa CC genotyyppi Cys148Arg (T442C) liittyi korkea Gleason tulokset (

P

= 0,01) ja korkea julkispalvelumainoksia (≥7) diagnoosin (

P

= 0,05) [7]. Kun korrelaatio aggressiivinen tautitilanne ja esiintyminen CC genotyyppi tutkittiin, löysimme tilastollisesti merkitsevä assosiaatio (

P

= 0,02) joukossa valitsematta tapauksissa (taulukko 3). Sisällä familiaalinen PCa tapauksissa ei assosioitunut CC genotyyppi on Cys148Arg (T442C) rataa, ja mitä tahansa kliinisiä muuttujia tai aggressiivinen PCa.

ARLTS1

ilmaisun eri elimistön kudoksissa esitetään kuviossa S1. Kuviossa on esitetty, että

ARLTS1

ilmentyy suuresti hematologiseen ja imunestejärjestelmän. Tulokset co-ilmentymisen analyysi havainnollistavat vahva yhdessä immuunijärjestelmän prosesseja, paljastaen rikastus pistemäärän klusterin 6,67 ja p-arvo 2.1E-7. Nämä tulokset saatiin aikaan ylhäältä 100 geenit, joiden korrelaatioarvo on suurempi kuin 0,3 keskuudessa normaalia näytteitä. Joukossa syöpä näytteitä, luokka immuunijärjestelmän prosesseja oli korkein rikastamiseen pisteet 14,89, joiden p-arvo 5.3e-21 ja säätää Benjamin pisteet 2.8e-17. Emme tunnistamaan voimakasta geeni ontologian liittyy top 100 geeniä, jotka negatiivisesti korreloivat

ARLTS1

joukossa syöpä näytteitä. Olemme vahvistaneet havainnot käyttämällä erillistä aineisto päässä expo (HVK: Expression Project Oncology. 2008 [https://www.intgen.org/expo.cfm]). Tulokset osoittavat, että 56%: n geenien yleisesti tunnistettu positiivisesti korreloivan

ARLTS1

kummassakaan aineisto koostuu syöpänäytteissä. Geenit positiivinen korrelaatio yli 0,3 tunnistettu risteyksessä tuotti hyvin voimakkaan geeni ontologian rikastamiseen pisteet 18,12 immuunijärjestelmän prosessi, jonka p-arvo 2.1E-24 kuten kuvassa S2. Geenien ilmentyminen joukossa PCa yksilöitä on osoitettu olevan hyvin alhainen

ARLTS1

. Emme voineet luotettavasti todeta mitään merkittävää yhteyttä PCA varten

ARLTS1

geenien ilmentyminen tietojen alhaisen ilmentymisen tasolle.

Keskustelu

ARLTS1

geeni ja

ARLTS1

polymorfismien on osoitettu olevan rooli patogeneesissä moniin syöpiin. Nonsense polymorfismi lopussa koodaavan alueen on ilmoitettu altistaa familiaalinen syövän [8]. Toiminnalliset analyysit katkaistun proteiinin ovat ilmoittaneet, että Trp149Stop variantti saattaa vaikuttaa apoptoosin ja tuumorisuppressiogeeneksi. Toinen

ARLTS1

muunnelmassa missense polymorfismi Cys148Arg (T442C), ja erityisesti CC genotyyppi, on todettu merkittävästi liittyvän korkean riskin familiaalinen rintasyövän [4]. Sama variantti havaittiin myös liittyvän alttius melanooma [5]. Roolit

ARLTS1

variantit ovat myös tutkittu kanssa peräsuolen syöpä [23] ja kroonisen lymfaattisen leukemian (KLL) [24], mutta ei yhdistyksiä on löydetty.

Tässä tutkimuksessa olemme osoittivat yhdessä

ARLTS1

Cys148Arg (T442C) variantti ja kohonnut PCa riski, validointi aiempien tulosten [7]. Aiemmin sekvensoimme 164 familiaalinen ja 377 valikoimatonta PCa näytteitä yhdessä 809 valvontaa ja Cys148Arg (T442C) osoitti merkittävää yhteyttä PCA riski (OR 1,19; 95% CI 1,02-1,39,

P

= 0,020), mutta merkitystä ei pidä, kun tietoja jaetaan familiaalinen ja valitsemattomat tapauksissa. Kuitenkin, kun C-alleelin oletettiin olevan väistyvä, kaikki data (familiaalinen ja valitsemattomat) osoittivat merkitsevästi yhteydessä CC genotyyppi ja PCa riski (

P

= 0,005). Täällä genotyypattiin enemmän familiaalinen ja valitsemattomat PCa tapauksissa ja Cys148Arg (T442C) paljasti tilastollisesti merkitsevä assosiaatio PCA riski keskuudessa familiaalinen (OR = 1,67, 95% CI = 1,08-2,56,

P

= 0,019) ja valitsematta Eturauhassyövän potilaat (OR = 1,52, 95% CI = 1,18-1,97,

P

= 0,001). Yhdistetyssä datajoukon sekä familiaalinen ja valitsematta tapauksissa yleinen riski oli vieläkin lisääntynyt (OR = 1,54, 95% CI = 1,20-1,98,

P

= 0,0007). Se, että edellisessä analyysissä ei pidä kun jaettu alaluokkiin voitaisiin näin ollen selittyä tutkimuksen kokoa. Nykyinen tutkimus on voima on noin 100% havaitsemaan yhdistyksen verrattuna 94% edellisen tutkimuksen. Jatkotoimia suurempien näytekoko todennäköisesti tehdä yhdistyksen entisestään. Emme löytäneet yhdistyksen välillä tämän variantin ja BPH, mikä viittaa siihen, että asema Cys148Arg (T442C) on vähäinen ja syöpä altistavia vaikutus syntyy ainoastaan ​​kehittyneempien tapauksissa, erityisesti niille, joilla on aggressiivinen PCa tila. Vaihtoehtoisesti BPH ja PCa ovat riippumattomia tapahtumia tai ainakin

ARLTS1

ei ole seurausta BPH siirtymistä PCa. Pidempi seuranta BPH potilaiden arvioimiseksi tarvitaan, onko potilaalla kuljettaa CC genotyyppi (16%) ovat niitä sairastua syöpään myöhemmin.

Vain homotsygoottinen muoto C alleelin Cys148Arg (T442C) variantti johti yhdistyksen PCA riski verrattuna TT genotyyppi. Tämä tukee tulokset aikaisemmista tutkimuksista, joilla on rintasyöpä [4], jotka osoittivat, että C on riski alleeli, kun taas T-alleelin on suojaava tai neutraali vaikutus syövän synnyn.

ARLTS1

Cys148Arg (T442C) erityisesti on altistava vaikutus satunnaista PCa. Edelleen Cys148Arg oli ainoa

ARLTS1

variantti havaittu useammin kesken PCa kudosnäytteitä ja ksenografteissa, joissa taajuudet olivat 28,3% ja yli 40 prosenttia vastaavasti. Tämä osoittaa myös todennäköisesti rooli

ARLTS1

eturauhasen syövän synnyn. On kiinnostavaa, että täydellinen puuttuminen Trp149Stop (G446C) havaittiin sekä kliinisissä tuumorinäytteissä ja ksenografteissa osoittaa, että tämä muunnos ei ole tärkeä rooli PCa kehittämisessä.

verrokkipopulaatiossa tutkimuksessamme ei ollut Hardy- Weinberg tasapaino (HWE), mikä viittaa siihen, että Cys148Arg voisi olla uusi variantti. Meidän data, ylimäärä heterotsygoottien havaittiin jotka voivat osoittaa yli hallitseva valinnan tai esiintyminen on outbreeding. Ilmiö heterotsygoottista etu mahdollistaa luonnonvalinnan säilyttää polymorfismin. Sama ohjaus väestö on käytetty monta kertaa eri analyyseissä, ja koskaan aiemmin ei ole ollut ristiriitainen alkaen HWE [25]. Mielenkiintoista on, että Saharan eteläpuolisen Afrikkalainen väestö, CC genotyyppi ei ole, ja Aasian väestöstä on läsnä vain pieni osa (https://www.ncbi.nlm.nih.gov). Ainoastaan ​​Euroopan väestöstä tekee CC olemassa suurempi osuus. Ottaen huomioon mahdollinen rooli

ARLTS1

immuunijärjestelmässä, se voi olla, että CC-genotyyppi on tarjonnut suojaava vaikutus eurooppalaisten keskuudessa.