Krooninen sairaus

tiivistelmä

Haimasyöpä osoittaa hyvin huonon ennusteen ja on viidenneksi suurin syy syövän kuolemaan Japanissa. Aiemmat tutkimukset osoittivat jotkin geneettiset tekijät kehittymistä ja etenemistä haimasyöpä; kuitenkin on rajoitettu raportit yhteisiä geneettisiä variantteja liittyvän tähän tautiin, erityisesti Aasian väestöstä. Olemme tehneet genomin laajuinen yhdistys tutkimuksessa (GWAS) käyttäen 991 invasiivisia haiman adenokarsinooma tapauksissa ja 5209 tarkastuksia, ja tunnistettu kolme loci osoittaa merkittävää yhteyttä (

P

arvo alle 5 x 10

-7) alttiuteen haimasyöpä. SNP, joka osoitti merkittävää yhteyttä suorittaa arvioitu kertoimella suhteilla 1,29, 1,32, ja 3,73 95% luottamusvälit 1,17-1,43, 1,19-1,47, ja 2,24-6,21;

P

-arvo 3,30 x 10

-7, 3,30 x 10

-7, ja 4,41 x 10

-7; sijaitsevat kromosomeissa 6p25.3, 12p11.21 ja 7q36.2, vastaavasti. Nämä liittyvät SNP sijaitsevat kytkentäepätasapaino- lohkoja sisältävän geenejä, jotka ovat sekaantuneet joitakin rooleja oncogenesis haimasyövän.

Citation: Low SK, Kuchiba A Zembutsu H, Saito A, Takahashi A, Kubo M, et ai. (2010) Genome Wide Association Tutkimus haimasyövän Japani Väestö. PLoS ONE 5 (7): e11824. doi: 10,1371 /journal.pone.0011824

Editor: Wenjun Li, Duke University Medical Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 7. 2010 Hyväksytty: 3. heinäkuuta 2010 Julkaistu: 29 heinäkuu 2010

Copyright: © 2010 Low et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ toteutettiin osana Biopankkiverkosto Japan Project että tukivat opetus-, kulttuuri-, urheilu-, tieteet ja teknologia peräisin Japanin hallitusta ja Center for Genomisen Medicine, RIKEN, Japani. Se oli myös tukee osittain ohjelman edistämiseksi Fundamental Studies in Health Sciences of National Institute of Biomedical Innovation (NiBio). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Vaikka kytkökset seuraavien kolmen kirjoittajien (Akira Saito [Tilastollinen Genetics Analysis Division, StaGen Co., Ltd.], Suenori Chiku [Science Solutions Division, Mizuho Information and Research Institute, Inc.] ja Hirohiko Totsuka [Bioinfomatics Group, tutkimus- ja kehittämiskeskus, Solution Division]) ovat yksityisellä sektorilla, jokainen niistä toimi yhden vastaavan kirjoittajat, Teruhiko Yoshida, osana sopimusta tutkimuksen rahoitusta yksinomaan akateemista tutkimusta rahasto myönnetyn NiBio (https://www.nibio.go.jp/english/) T. Yoshida. Siksi tämä tutkimus ei saanut rahoitusta yrityksille, joihin edellä mainitut kolme kirjoittajat kuuluvat, eikä niiden kumppanina yritysten sinänsä mitään merkitystä tässä tutkimuksessa, paitsi että he lähettivät henkilöstö (edellä kolme tekijää) laboratorioon Teruhiko Yoshida osana tutkimussopimusta maksamaa Yoshidan avustusta. Ei ole kilpailevia intressejä välillä Teruhiko Yoshida ja nämä yritykset, kuten henkinen ominaisuuksia. Kirjoittajat myös, että ne voivat noudattaa kaikkia PLoS ONE politiikan tietojen jakamista ja materiaaleja.

Johdanto

Haimasyöpä on viidenneksi suurin syy syövän kuoleman arviolta kuolemaan 24634 potilaiden Japanissa vuonna 2007. Sen 5 vuoden pysyvyys on niinkin alhainen kuin 6,7% (https://www.fpcr.or.jp/publication/pdf/statistics2009/fig01.pdf ja http: //www.fpcr.or .jp /julkaisu /pdf /statistics2009 /fig20.pdf). Koska mitään erityistä oire havaitaan potilailla Haimasyöpä varhaisessa vaiheessa, suurin osa potilaista oli diagnosoitu niiden myöhäisessä vaiheessa hyvin pieni mahdollisuus parannuskeinoa tautiin [1], [2].

Aiemmat raportit osoitti osallistumista sekä ympäristön ja genetiikan tekijät etiologiassa tämän vahingollisia tautia. Useita tapaus-verrokki ja kohortti epidemiologiset tutkimukset ovat tunnistaneet useita mahdollisia riskitekijöitä, kuten tupakointi [3], diabetes [4], krooninen haimatulehdus [5], jotka todennäköisesti altistavat yksilön sairauden. Lisäksi familiaalinen yhdistämistä tauti on hiljaista mahdollista osallistumista geneettisten tekijöiden haimasyövän [6]; noin 10% potilaista oli raportoitu olevan suvussa ja henkilöitä, joilla on ensimmäisen asteen sukulaiset haimasyöpä paljasti 2- 4- kertaa korkeampi riski sairastua [7] – [9]. Nämä tulokset osoittivat, että geneettiset tekijät ovat todennäköisesti pelata joitakin mukana kehittämässä haimasyövän. Viime vuosikymmenellä, etenemistä molekyylibiologian paransi ymmärrystä patogeneesin haimasyövän ja ominaista joukko geenejä, jotka mutatoitunut haimasyöpä, kuten somaattisen mutaatioita geeneissä

INK4a (CDKN2A), TP53, DPC4, BRCA1 /2

,

STK11, APC, KRAS

ja

ATM ja palb2

löytyy haimasyöpä [10] – [18].

Kaksi viimeaikaista GWAS tutkimukset haimasyövän avulla valkoihoinen väestö ovat tunnistaneet assosiaatioita genominlaajuisten merkitys kromosomeissa 9p34.2 (

ABO

), 13q22.1, 1q32 (

NR5A2

) ja 5p15.33 (

CLPTM1L-tert

), ja korosti, että kertyminen näiden yhteisten geneettinen riski variantteja vaatimattomat vaikutukset ovat todennäköisesti tärkeä rooli tämän monimutkaisen taudin, joko yksittäin tai vuorovaikutuksessa ympäristötekijöistä [19] – [22]. Koska etnisyys on yksi kriittisistä tekijöistä synnyssä geneettisen sairauksien monimutkainen geeni-geeni ja geeni ja ympäristön vuorovaikutusta, me (Biopankkiverkosto Japani (BBJ) The University of Tokyo ja National Cancer Center (NCC) Japani) yhdistettynä näytteitä 991 tapausta haimasyöpä ja 5209 tarkastuksia (taulukko S1), pyritty tunnistamaan yhteisiä geneettisiä vaihtelut liittyvät alttiuteen haimasyövän Japanin väestöstä.

tulokset

Kun standardin laadunvalvonta genotyyppi tulokset (taulukko S2), yhdistys analyysi suoritettiin 420236 SNP logistisella regressioanalyysillä perusteella alleeliset, hallitseva ja väistyvä malleja säädön jälkeen iän, sukupuolen ja tupakointi kunkin yksittäisen. QQ juoni tähän GWAS perustuvat alleeliset

P

-arvot by logistinen regressio paljastanut mitään merkittäviä väestön kerrostumista genomi inflaatiotekijä λ 1,026 (kuva 1).

Tämä QQ juoni pohjautuu logistinen regressio alleelinen

P

-arvot jälkeen standardin laadunvalvontaa. (Genomista inflaatiotekijä λ = 1,026).

onnistuneesti tunnistettu kolme genomialuetta, 6p25.3, 12p11.21 ja 7q36.2, osoitettiin olevan merkitsevästi yhteydessä (

P

arvo 5,0 x 10

-7) ja lisääntynyt riski haimasyövän japani väestön esitettyjä Manhattan tontin kuvassa 2 (viitataan viite. 23).

juoni perustuu logistinen regressiomalli korjauksen jälkeen iän, sukupuolen ja tupakoinnista.

P

min kertoo pienimmän

P

-arvo välillä regressioanalyysimme kolme mallia: alleeliset, hallitseva ja väistyvä. Punainen viiva ilmaisee genominlaajuisten merkittävälle tasolle (

P

arvo = 5 × 10

-7).

merkittävimmin liittyvä SNP, rs9502893 (

P

-arvoon 3,30 x 10

-7, per-alleelin kerroinsuhde (OR) 1,29 95%: n luottamusväli (CI) on 1,17-1,43), sijaitsee 75 kb kytkentäepätasapaino- ( LD) lohko kromosomissa 6p25.3 (taulukko 1). Tämä LD lohko sisältää

FOXQ1

(forkhead laatikko (Fox) Q1) geeni, joka sijaitsee 25 kb ylävirtaan tämän merkin SNP (kuva 3a). Imputointi analyysi paljasti myös vaatimaton yhdistyksen SNP sijaitsee lähellä tai

FOXQ1

geeni viittaa sen olevan yksi aiheuttavien geenien haimasyövän (kuvio 3a ja taulukko S3).

(a ) 6p25.3 alue, SNP rs9502893 sijaitsee 25 kb ylävirtaan geenin

FOXQ1

. (B) 12p11.21 alueella, SNP rs708224 sijaitsee toisessa introni geenin

BICD1

. (C) 7q36.2 alueella, SNP rs6464375 sijaitsee ensimmäisen intronin geenin

DPP6 transkriptin variantti 3

. Kukin markkeri SNP on merkitty sininen timantti. SNP että genotyyppi on Illumina alustan piirretään timantteja; Laskennalliset SNP piirretään ympyröinä. Värin intensiteetti heijastaa laajuutta LD merkin kanssa SNP, punainen (r

2≥0.8), oranssi (0.5≤r

2 0,8), keltainen (0.2≤r

2 0,5) ja valkoinen (r

2 0,2). Vaaleansininen merkkiviivaa paikallista rekombinaatioaste.

Toinen merkitsevästi liittyvä SNP, rs708224, sijaitsee toisessa introni geenin

BICD1

(Bicaudal-D-homologin 1 ) kromosomissa 12p11 (

P

-arvo 3,30 x 10

-7, per-alleelin OR 1,32 95%: n luottamusväli 1,19-1,47) (taulukko 1). 80 kb LD lohko esittää yhdistys vastaa toista intronin

BICD1

kuten paljastui yhtiöveron analyysi kuvassa 3b (taulukko S3).

Kolmas lokus on merkitty rs6464375 , rs7779540, rs6973850 ja rs1048768 ensimmäisen intronin

DPP6

geeni. Nämä SNP osoitti viittaavia yhdistysten ainoastaan ​​väistyvä malli vähintään

P

-arvo on 4,41 x 10

-7 (OR 3,73 95%: n luottamusväli 2,24-6,21), kuten on esitetty taulukossa 1 ja kuvassa 3c .

keskustelu

Tässä esittelemme tulokset GWAS analyysi 991 tapausta haimasyöpä ja 5209 tarkastuksia. Tutkimuksemme on ensimmäinen GWAS pyritään tunnistamaan yhteisiä liittyvät muunnelmat haimasyövän Japanin väestöstä ja onnistuneesti tunnistettu SNP sijaitsee kromosomi loci of 6p25.3, 12p11.21 ja 7q36.2 liittyvät merkittävästi lisääntynyt riski haimasyövän Japani väestön .

tiedetään, että kehitys yhteisen taudin aiheuttaa kertyminen yhteisten geneettisiä variantteja, ja jokainen tämän variantin on hyvin vähäinen vaikutus riski (esimerkiksi OR 1,2). Jotta voidaan havaita niin pienen osan, GWAS liittyy paljon suurempi populaatiot (5000-10000) olisi vaadittava. Tutkimuksemme odotettiin tunnistaa SNP kohtalaisia ​​vaikutuksia (eli OR 1,4). Siksi SNP jotka osoittavat hyvin vähäinen vaikutus olisi jättänyt tunnistetaan tässä tutkimuksessa.

merkittävimmin liittyvä SNP tässä GWAS, rs9502893 (

P

-arvo = 3,30 x 10

-7, OR = 1,29) sijaitsee 75 kb LD lohko, joka kattaa geeni

FOXQ1

kromosomissa loci 6p25.3.

FOXQ1

koodaa proteiinia forkhead laatikko (Fox) Q1. Fox perhe transkriptiotekijöiden kuuluu vähintään 43 jäsentä ja mutaatiot Fox geenit voivat aiheuttaa merkittäviä vaikutuksia ihmisten yleinen sairaus ja syövistä [24], [25]. Kettu jäsen, FOXM1, on hyvin tiedetään liittyvän syövän syntymiseen haimasyövän. Alassäätöä tämän proteiinin johtaa inhibitioon muuttoliike, invaasion ja angiogeneesin haiman syöpäsoluissa [26]. Lisäksi tuoreessa tutkimuksessa kävi ilmi, että FoxQ1 yliekspressoituu haimasyövän, mikä viittaa sen rooli haimasyövän kasvainten synnyssä [27]. Vaikka SNP, että olemme määritelleet on noin 25 kb alavirtaan tämän geenin, siihen liittyvä SNP voi ”tag” aiheuttava muunnos sijaitsee ekspression säätelyalueen geenin ja sen jälkeen muuttaa geenin ekspressiota. Kuitenkin lisätutkimuksia tarvitaan selvittämään tarkka biologinen rooli sekä mekanismi geenien toiminnan osalta haiman syövän syntymistä.

Toinen merkittävimmin liittyvä SNP, rs708224 (

P

-arvo = 3,30 × 10

-7, OR = 1,32) sijaitsee sisällä

BICD1

geeni. Tämä geeni koodaa proteiinia Bicaudal-D homologi 1, joka on rooli vakuolaarisen torjumiseksi. Aiemmat tutkimukset raportoitu merkittäviä todisteita osoittaa yhteyden vakuolaarisen geenin ja lyhyemmät telomeres hiiva malli [28] – [30]. Lisäksi, Mangino et ai. ehdotti, että geneettinen vaihtelu

BICD1

geeni voisi muuttaa sen transkription tasoja ja vuorostaan ​​vaikuttaa telomeeripituuden ihmisellä [31]. Useat viimeaikaiset tutkimukset ovat dokumentoineet vähentänyt telomeeripituuden in haimatiehyen adenocarnoma yksilöitä, mikä viittaa telomeerisesti toimintahäiriö haimasyöpäsoluissa [32] – [34]. Näin ollen on tärkeää määrittää toiminnalliset seuraukset rs708224 ja /tai muunnelmia liittyy tämän SNP: n patogeneesiin haimasyövän.

Useat SNP: sijaitsee ensimmäisessä intronin

DPP6

osoitettu viittaavia yhdistysten suurentunut haimasyövän tässä tutkimuksessa.

DPP6

koodaa proteiinia, dipeptidyylipeptidaasi 6, joka sitoutuu tiettyyn jänniteohjattuja kaliumkanavia ja muuttaa niiden ilmaisun ja biofysikaalisten ominaisuuksien. Tuore tutkimus keskeisiin signalointireitteihin ihmisen haimasyöpä löydetty kolme somaattiset mutaatiot DPP6 joukossa 24 haimasyöpä näytteet tutkittiin yksityiskohtainen sekvenssianalyysit. Tämä raportti ehdotti myös, että DPP6 saattaa olla ratkaiseva merkitys sääntelyssä hyökkäystä haimasyöpäsoluissa [35]. Siksi tutkimuksemme vahvistaa riski DPP6 haimasyövän ja optio edelleen seulonta Tämän geenin vahvistamaan yhdistyksen haimasyöpä.

Viimeaikaiset GWAS raportit ovat osoittaneet useita kromosomeissa 9p34.2, 13q22.1, 1q32.1 ja 5p15.33 liittyvän suurentunut haimasyövän valkoihoinen väestö [21], [22]. Niistä merkittävästi liittyvien SNP, rs9543325 kromosomissa 13q22.1 esti kohtalaisesti yhdistys tutkimuksessamme väestön (

P

-arvo (alleelinen malli) 1,69 x 10

-4, OR 1,21 95%: n luottamusväli of 1,10-1,34) (taulukko S4). Toisaalta, SNP kromosomeissa 9p34.2 (rs505922) ja 1q32.1 (rs3790844) osoitti heikkoa yhdistys tutkimuksessamme väestön (

P

-arvot on 3,69 x 10

-2 ja 1,24 × 10

-2, syrjäisimmille alueille 1,11 ja 1,14 95%: n luottamusväli 1,01-1,22 ja 1,03-1,27, vastaavasti) (taulukko S4). Emme pystyneet toistamaan jäljellä loci (

SHH

ja kaksi kromosomeissa 5p15.33 ja 15q14) näissä raporteissa, luultavasti koska suurin osa näistä liittyy SNP: t ovat joko ei-polymorfisen tai hallussaan erittäin alhainen Alleelifrekvenssien ( MAF = 0,01) japani väestöstä. Voima Tutkimuksemme ei ollut riittäviä havaitsemaan positiivisia mielleyhtymiä näille eri vaihtoehdoille alhainen alleelifrekvenssi. Tällaiset etninen ero geneettisen arkkitehtuurin taudin alttius ei ole harvinaista. Esimerkiksi äskettäin kaksi GWAS raportoitu yhteistä muunnelmia

KCNQ1

geeni liittyy tyypin 2 diabetesta sairastaville Japani väestöstä, mutta Euroopan GWAS eivät pystyneet tunnistamaan yhdistysten alhaisen alleelifrekvenssi Näiden varianttien populaation [ ,,,0],36], [37]. Lisäksi tunnistaminen alttiuslokukset voivat myös vaikuttaa erot LD rakenteessa eri populaatioiden ja mahdollisten vuorovaikutus muiden geneettisiä variantteja ja ympäristötekijät [38].

Yhteenvetona, tämä tutkimus on ensimmäinen GWAS tunnistaa yhteiset variantteja mahdollisesti liittyvät haimasyövän japani väestöstä. Tutkimuksemme vahvisti yhdistys kaukaasialaisväestöä GWAS tutkimukset ja paljasti useita uusia mahdollinen ehdokas liittyvät loci, joita ei havaittu edellisessä valkoihoinen GWAS tutkimuksissa. Tästä huolimatta edelleen ylimääräisiä Toistoja tarvitaan vahvistaa tai sulkea pois nykyisten löydösten.

Materiaalit ja menetelmät

Case ja verrokeilla

Yhteensä 331 ja 675 tapausta, jotka olivat kliinisesti ja /tai histologisesti diagnosoitu olla invasiivisia haiman adenokarsinooma saatiin Biopankkiverkosto Japani (https://biobankjp.org) Institute of Medical Science, University of Tokyo sekä National Cancer Center Hospital, vastaavasti. Ohjaus Näytteet koostuivat Japani vapaaehtoisten saatiin Osaka-Midosuji Rotary Club, Osaka, Japani (

n

= 906) sekä henkilöstön jäsenten Keio University, Japani, jotka osallistuivat sen terveystarkastuksen yhteydessä ohjelma (

n

= 677). Lisäksi henkilöt, jotka oli rekisteröity Biopankkiverkosto Japanissa aiheita eri tautien kuin syöpä (

n

= 3,728) (ne, joilla keuhkotuberkuloosi, krooninen hepatiitti-B, keroid, lääkkeen aiheuttama ihottuma, perifeerinen valtimotauti , rytmihäiriö, aivohalvaus ja sydäninfarkti), käytettiin kontrolleina. Kaikki näytteet saatiin saatuaan kirjallinen lupa. Hanke hyväksynyt eettinen komitea The Institute of Medical Sciences, University of Tokyo, National Cancer Center ja Keio University. Yksilöt, jotka olivat sairastaneet diabetesta (mahdollinen sekoittava tekijä haimasyövän) suljettiin pois ohjaus sarjaa. Näytteen laadunvalvonta, me jätetty viisi tapauksissa puhelutaajuuden 0,98. Suorittamisen jälkeen Pääkomponenttianalyysin, me ulkopuolelle harha 10 tapausta ja 102 ohjaa, jotka eivät kuulu suurten japanilaisten klusteri (Hondo cluster) (Kuva S1) [39]. Me lopulta suorittaa yhdistys tutkimus perustuu 991 tapausta ja 5209 tarkastuksia (taulukko S1). Tehon laskeminen osoitti, että tutkimuksemme olisi yli 90% teholla havaitsemaan per-alleelin OR 1,4 tai suurempi alleelin 30% taajuuden genominlaajuisia merkitsevyystaso (α = 5 x 10

-7).

SNP genotyypityksen ja laadunvalvonta

Kaikki yksilöt genotyypattiin käyttäen joko Illumina Infinium HumanHap550v3 tai Illumina Infinium Human610-Quad DNA Analysis Genotyping BeadChip. SNP yleisiä näiden alustojen käytettiin lisäanalyysiä. Käytimme SNP laadunvalvonta kaikissa näytesarjaa seuraavasti; SNP puhelu korko pitäisi olla 0,99 molemmissa tapauksissa ja valvontaa, ja

P

-arvo Hardy-Weinberg tasapaino testi pitäisi olla 1,0 × 10

-6 kontrolleissa. SNP vähäisin alleelin taajuus (MAF) 0,01 molemmissa tapauksessa ja kontrollinäytteiden jätettiin tarkempaa analyysiä (taulukko S2).

Tilastollinen

Analysoimme kunkin SNP logistisen regressiomallin ikä- (jatkuva), sukupuoli ja tupakointi (nykyinen /entinen, ei koskaan).

P-

arvoja ja OR 95%: n luottamusväli laskettiin alleeliset, hallitseva ja väistyvä malleja. Käytimme vähintään

P

-arvot on saatu kolme mallia arvioimaan tilastollinen merkitys yhdistyksen. Kaikki OR raportoitu suhteessa riskiin alleelin. Kaikki tilastolliset analyysit suoritettiin käyttäen R tilastojärjestelmään versio 2.9.0 (https://www.r-project.org/) tai Plink 1,06 (https://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/) . R tilastojärjestelmään versio 2.9.0 käytettiin vetää QQ juoni ja alueellinen yhdistys juoni.

genotyyppi Imputoinnilla

Me tehdään genotyypin syyksi analyysi kunkin joukko näytteitä hyödyntäen Hidden Markov mallia ohjelmoinnin MACH versio 1.0 (https://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/mach/index.html). Päätellä tyypittömässä ja puuttuvat genotyyppien ympäri ehdokas kromosomi loci, tarjosimme genotyyppejä omasta näytteistä yhdessä haplotypes varten vertailunäytteitä (japanilainen Tokyo, JPT) alkaen HapMap tietokannasta (https://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/). SNP alhaisen genotyypityksen nopeudella ( 99%), joka osoittaa poikkeamat Hardy-Weinberg tasapaino ( 1,0 × 10

-6), tai MAF ( 0,01) jätettiin pois analyysistä. MACH versio 1.0 käytettiin arvioitaessa haplotypes, kartta crossover ja virhemääriä käyttämällä 50 toistojen Markovin ketju Monte Carlo algoritmi. Hyödyntämällä genotyyppi tiedot HapMap tietokannasta, suurimman uskottavuuden genotyypit syntyy. Laadunvalvontaan, säilytämme laskennalliset SNP arvioituun r

2 0,3. Olemme myös piristyi yhteensä 17 SNP (

P

-arvo 0,001) tarkistaa yhdistyksen avulla Invader ja TaqMan genotyypitysmenetelmiä (tuloksia ei ole esitetty).

tukeminen Information

Table S1.

Näyte ominaisuus tämän tutkimuksen.

doi: 10,1371 /journal.pone.0011824.s001

(0,02 MB XLS) B Taulukko S2.

kokonaismäärä SNP ulkopuolelle mukaan kunkin laadunvalvontakriteerit.

doi: 10,1371 /journal.pone.0011824.s002

(0,02 MB XLS) B Taulukko S3.

Imputointi analyysi ympäri merkittävästi niihin liittyvien SNP.

doi: 10,1371 /journal.pone.0011824.s003

(0,04 MB XLS) B Taulukko S4.

Association tutkimus SNP, joka osoitettiin olevan merkitsevästi liittyy lisääntynyt riski haimasyövän valkoihoinen väestö Japani.

doi: 10,1371 /journal.pone.0011824.s004

(0,02 MB XLS) B Kuva S1.

Pääkomponenttianalyysi varten GWAS haimasyövän Japani väestöstä. a) Pääkomponenttianalyysi varten GWAS haimasyövän Japani väestön viittaavat neljään HapMap väestön verrokeilla lukien CEU osoittaa valkoihoisten Utahista; YRI, nigerialaiset alkaen Yoruba; CHB, Han-kiinalaiset Pekingistä ja JPT, Japani Tokiosta. b) Pääkomponenttianalyysi of koehenkilöistä viitattiin vain aasialaisilla. Hyödynsimme näytteitä homogeeninen tapaus-verrokki (Hondo) klusteri.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0011824.s005

(9,43 MB TIF) B

Kiitokset

ilmaisemme lämpimän kiitokseni kaikille potilaille, jotka osallistuvat tähän tutkimukseen. Haluamme kiittää tohtori Yoichiro Kamatani hänen rakentavia kommentteja ja ehdotuksia. Meidän thankfulness myös menee jäsen rotaryklubi Osaka-Midosuji District 2660 Rotary Internationalin Japanissa tehdä tätä tutkimusta mahdollista. Kiitämme Drs. Hideki Ueno, Masafumi Ikeda, Chigusa Morizane, Yoshihiro Sakamoto, Minoru Esaki, Tomoo Kosuge ja Nobuyoshi Hiraoka varten varmistamiseen, potilaiden ja heidän kliinis-patologinen tietoa National Cancer Center Hospital. Haluamme myös ilmaista gratefulness Miss Kumi Matsuda hänen erinomaisesta teknisestä avusta.