Krooninen sairaus

tiivistelmä

monitoiminen kuin lihaksen isoformin myosiinikevytketjua kinaasi (nmMLCK) on kriittinen nopea dynaaminen koordinointi solun tukirangan osallisena syöpäsolujen lisääntymistä ja muuttoliike. Havaitsimme 45 nmMLCK-vaikutteita geenien bioinformatiikan suodatus genominlaajuisten ilmentymistä villityypin ja nmMLCK Knockout (KO) hiiret altistettiin kokeellisissa malleissa hiiren akuutin keuhkotulehduksen vamma, sairaudet, jotka ovat vakiintuneita sisällyttää nmMLCK olennaisena osallistuja. Sen määrittämiseksi, ovatko nämä nmMLCK-vaikutteita geenit oli merkitystä ihmisen syövissä, 45 hiiren geenien sovitettu 38 erilaista humaani ortologeihin (M38 allekirjoitus) (GeneCards määritelmä) ja tehtiin Kaplan-Meier selviytymisen analyysin koulutus ja validointi ikäryhmät. Nämä tutkimukset paljastivat, että koulutukseen ikäluokat, The M38 allekirjoitus onnistuneesti tunnistettu syöpäpotilaat huono eloonjäämiseen rintasyövässä (

P

0,001), paksusuolen syöpä (

P

0,001), gliooma (

P

0,001), ja keuhkosyöpä (

P

0,001). Vuonna validointi ikäluokat The M38 allekirjoitus osoittivat merkittävästi vähentää yleistä eloonjäämistä varten korkea-pisteet potilaiden rintasyövän (

P

= 0,002), paksusuolen syöpä (

P

= 0,035), gliooma (

P

= 0,023), ja keuhkosyöpä (

P

= 0,023). Yhdistyksen välinen M38 riskiluku ja kokonaiselossaolo vahvistettiin yhden muuttujan Coxin suhteellinen vaara kokonaiselinajan analyysiin että sekä koulutuksen ja validointi ikäryhmät. Tämä tutkimus, saada aikaan uusi prognostista syövän geeni allekirjoituksen peräisin hiirimallissa nmMLCK liittyvä keuhkotulehdus, tukee voimakkaasti nmMLCK-mukana reittejä kasvaimen kasvuun ja etenemiseen ihmisen syövissä ja nmMLCK houkutteleva ehdokas molekyylitasolla sekä tulehdus- ja neoplastisiin prosesseihin .

Citation: Zhou T, Wang T, Garcia JGN (2014) Genes vaikuttaa Non-Muscle isoformin myosiinikevytketjua Kinase Impact Human Cancer ennuste. PLoS ONE 9 (4): e94325. doi: 10,1371 /journal.pone.0094325

Editor: Patrick A. Singleton, University of Chicago, Sisätautien, Yhdysvallat

vastaanotettu: 11 helmikuu 2014; Hyväksytty: 14 maaliskuu 2014; Julkaistu: 08 huhtikuu 2014

Copyright: © 2014 Zhou et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat National Institutes of Health Avustukset HL91899 ja HL58064 (JGNG). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Syöpä solujen lisääntymisen ja muuttoliike vaativat nopeaa dynaaminen sääntelyn solun tukirangan, jota ohjataan joukon solun tukirangan säätelevien proteiinien, jossa myosiinikevytketjua kinaasi (MLCK) on kriittinen osallistuja [1], [2]. Lisäksi endoteelisolujen parasellulaarista ekstravasaation ja läpi kulussa kasvainsolujen on olennainen askel pahanlaatuinen kasvain etäpesäke ja vaikuttivat merkittävästi toimintaa MLCK [3], [4]. Vaikka edelleen aliarvioitu, MLCK alkoi pidettävä uutena funktionaalista proteiinia syövän synnyssä (aloittamisesta, proliferaatiota, migraatiota, ja etäpesäkkeiden) [5], [6], [7]. Tämä on erityisen totta laajemmin ilmaistuna ei-lihaksen isoformi (nmMLCK). Non-lihaksen myosiinin kevytketju kinaasia tai nmMLCK on keskeisesti mukana ajo uudelleenjärjestelyn solun tukirangan, joka säätelee verisuonten endoteelin suojavaikutuksen, angiogeneesin, endoteelisolujen apoptoosia, ja leukosyyttistä läpi kulussa [8].

In vivo

tutkimuksissa osallisena nmMLCK houkutteleva kohde lievittäminen haittavaikutuksia väärin säädellystä keuhkotulehdus, mukaan lukien ekstravasaatio tulehdussairauksien leukosyyttien [9], [10], samanlainen menettely syöpäsolumetastaasi keuhkokudoksille [ ,,,0],11]. Poistaminen tai vaiennettu nmMLCK tuotetun parempi suoja keuhkoja (ALI) ja tuuletin aiheuttaman keuhkotulehduksen vamma (VILI) ja laski merkittävästi keuhkorakkuloiden ja verisuonten läpäisevyyttä ja keuhkotulehduksen [9].

Viime aikoina olemme raportoitu, että endoteelin tulehdus on keskeinen välittäjäaine kasvaimen kasvua ja etenemistä [12], tukee se, että molekyyli allekirjoitus heijastava endoteelin tulehduksellinen geenin ilmentyminen on ennustava kliinistä tulosta useita eri ihmisen syövän [12]. Koska nmMLCK on keskeinen rooli sääntelyn endoteelin solun tukirangan ja endoteelin tulehdusta, olisimme hypoteesina, että nmMLCK liittyvien solujen signalointi osallistuvat aktiivisesti kasvainprogression ja etäpesäkkeitä, vaikka hyvin vähän tiedetään vaikutus nmMLCK patogeneesiin kasvaimen ja sen vaikutus ennusteeseen ihmisen syövissä.

tässä olevassa tutkimuksessa, haluaisimme käyttää nmMLCK liittyvän geenin verkko (nmMLCK-vapautettu geenin sarjaa) perustaa uusi menetelmä ihmisen syövän ennusteet, käyttämällä laskennallisen biologian lähestymistapa.

tämän tutkimuksen tarkoituksena on kaksijakoinen. Ensimmäinen oli tunnistaa geenien mahdollisesti säätelee nmMLCK. Toinen oli kehittää prognostinen syövän geeni allekirjoituksen peräisin nmMLCK liittyvien geenien. Käyttämällä kokeellinen hiirimallissa keuhkovaurion aiheuttama koneellinen ilmanvaihto lisääntynyt vuoroveden volyymit (Vilin malli), me tunnettu alkuun ilmentyvät eri geenien välillä VILI-haastoi villityypin (WT) hiiret ja nmMLCK Knockout (KO) hiiriä. Hiiren geenit välittämä nmMLCK ilme tunnistettiin. Me Hyväksytty nmMLCK välittämää hiiren geenit niiden ihmisten ortologeihin, joka muodosti perustan Monimuuttuja molekyyli- ennustaja kokonaiselinaika useissa ihmisen syövissä, kuten keuhkosyöpä, rintasyöpä, paksusuolen syöpä, ja gliooma. Tämä molekyyli allekirjoitus ennustettu tulos riippumatta, mutta yhteistyökykykyisiä, vakio kliiniset ja patologiset ennustetekijät kuten potilaan ikä, imusolmuke osallistuminen, kasvaimen koko, kasvaimen, ja niin edelleen.

Materiaalit ja menetelmät

Geenien ilmentyminen tietojen

Microarray data keuhkojen RNA: WT-ohjaus, VILI alttiina WT, ja VILI-alttiina nmMLCK KO hiiret saatiin NCBI GEO-tietokanta (GSE14525) [9]. Käytimme tietoaineiston suodattaa pois nmMLCK välittämän hiiren geeneistä.

geenin ilmentymisen aineistot edustavat ihmisen syövissä ladattiin julkisesti saatavilla arkistot. Nämä aineistot valittiin perustuen saatavuuteen kliinisten Eloonjääntitulokset ja suuren koon näytteitä. Kunkin kasvaimen tyyppi, koulutus ja validointi kohortteja rakennettiin. Aineisto rintasyövän (n = 295) oli saatavilla https://bioinformatics.nki.nl/data.php (Alankomaat Cancer Institute, Computational syöpäbiologian datataltiosta) [13]. Rintasyöpä potilaat jaettiin satunnaisesti kahteen osaan (1/2 koulutusta ja 1/2 validointi). Paksusuolen syöpä, me ladannut kaksi aineistot yhdestä tutkimuksessa [14]. Yksi aineisto käytettiin koulutuksen kohortin (n = 177; GSE17536) ja toinen käytettiin validointi (n = 55; GSE17537). Sillä gliooma, erillisiä aineistoja kahdesta eri tutkimuksista saatiin koulutukseen (n = 77; GSE4271) [15] ja validointi (n = 50; https://www.broadinstitute.org/cgi-bin/ca?ncer/datasets. cgi) [16]. Lopuksi saimme kolme aineistot (n = 359) ja keuhkosyöpää, jotka olivat peräisin yhdestä tutkimus [17]. Kaksi aineistot yhdistettiin koulutusta kohortin (n = 161) ja toinen käytettiin validointi kohortin (n = 178). Cel-tiedostot tutkimus ovat saatavilla osoitteessa https://caarraydb.nci.nih.gov/caarray/publicExperimentDetailAction.do?expId=1015945236141280.

Statistical analyysi

SAM (merkitys analyysi mikrosirujen) [18], toteutetaan

SAMR

kirjaston R Statistical Package [19], käytettiin vertaamaan log

2-transformoitu geeni ekspressiotasot välillä WT ohjaus, VILI alttiina WT, Vili-alttiina nmMLCK KO hiirillä. False löytö määrä (FDR) kontrolloitiin käyttäen q-arvon menetelmä [20]. Tekstitystiedostojen taitettavalla muutos on suurempi kuin 2 ja FDR alle 10% katsottiin ilmentyvät eri. Etsimme mitään rikastetun Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomit (Kegg) [21] fysiologisia reittejä kesken ero geenien suhteen kädessä asettaa käyttäen NIH /DAVID [22], [23]. Hierarkkinen klusterointi kautta täydellinen sidos sääntö euklidinen etäisyys metrinen sovellettiin visualisoida geeniekspression eroja, käyttäen

gplots

kirjaston R Statistical Package [19].

Kunkin syöpä koulutus /validointi aineisto, me normalisoitu geenin ilmentymisen taso osaksi laajuuden [-1, 1] POE (todennäköisyys ilmaisun) algoritmin [24], [25] toteutetaan

metaArray

kirjaston R Statistical Package [19]. Perustuen geenien ilmentymisen ja kliinisiä tutkimustuloksia koulutuksesta aineisto, voimme määrittää Wald tilastotieto tuottaman muuttujan Coxin suhteellisen riskin regressio kullekin geeniä paino. Riski pisteet laskettiin kullekin potilaalle käyttäen lineaarista yhdistelmää painotetun geeniekspression alla: Tässä

s

on riski pisteet potilaan;

n

on määrä differentiaalisesti ilmentyvien geenien;

w

i

merkitsee paino-geenin

i

;

e

i

tarkoittaa ilmentymistason geenin

i

; ja

μ

i

ja

τ

i

ovat keskiarvo ja keskihajonta geeniekspression arvot geenin

i

kaikissa näytteissä, vastaavasti. Potilaat jaettiin elämäntapa korkea-pisteet ja matala-pisteet ryhmien mediaani diabetesriskitestiin kynnysarvon. Korkea pistemäärä osoitti huono tulos. Paino jokaisen geenin on vahvistettu, koulutusvaatimusten perusteella ryhmiin, ja sitten testattiin validointi ryhmissä [12]. Kokonaiselossaoloaika analysoitiin Kaplan-Meier-menetelmällä. Erot selviytymisen testattiin tilastollista merkittävyyttä, jonka log-rank-testi.

P

-arvot vähemmän kuin 0,05 katsottiin osoittavan tilastollista merkittävyyttä.

selviytymisen

kirjaston R Statistical Package [19] käytettiin suorittamaan selviytyminen analyysin riskiluku.

Tulokset

nmMLCK välittämää mouse geenien

määritetyn merkitsevyystasolla (fold-muutos 2 ja FDR 10%), 365 geenit löydettiin ekspressoitua eri välillä VILI alttiin WT ja nmMLCK KO hiiret, joista 117 geenejä säädellään ylöspäin samalla kun 248 geenejä säädellä vähentävästi nmMLCK KO hiirillä (taulukko S1). Useita reittejä merkittävästi rikastettu näistä differentiaalisesti ilmentyvien geenien (

P

0,05), kuten verisuonten sileän lihaksen supistumisen, kemokiini-signalointireitin, kalsium-signalointireitin, ErbB-signalointireitin, fokaalisen adheesion ja niin edelleen (kuvio 1A ).

(A) rikastettu väyliä joukossa ilmentyvät eri geenien välillä WT VILI alttiin ja VILI altistuneet nmMLCK KO hiirillä. Punainen viiva osoittaa cutoff merkitystä (

P

0,05). (B) rikastettu väyliä joukossa 45 nmMLCK välittämän geenejä. Punainen viiva osoittaa cutoff merkitystä (

P

0,05). (C) Heatmap ilmaisuvapauden WT ohjaus, WT VILI-alttiina, ja VILI altistuneet nmMLCK KO hiirillä. Punainen edustaa lisääntynyt geeniekspression; Sininen edustaa alassäätöä.

Jos haluat suodattaa pois top geenit mahdollisesti liittyy nmMLCK, vertasimme myös geenin ilmentymisen välillä WT ohjaus ja VILI altistuneet WT hiirillä. 981 geenejä havaittiin ekspressoitua eri (kertamuutosta 2 ja FDR 10%) näiden kahden ryhmän (taulukko S2). Näistä geeneistä, me säilyttäneet geenien kanssa vastakkaiseen suuntaan differentiaalikaavojen vertaamalla Taulukko S1 ja S2. Toisin sanoen, ainoastaan ​​geenien heikennetyn VILI-välitteisen geeniekspression nmMLCK KO-hiiriä käsitellään tässä. Tämä vaihe tuotti 53 hiiren geeneistä. Lopuksi me ulkopuolelle geenit ilmentyvät differentiaalisesti välillä WT ohjaus ja VILI altistuneet nmMLCK KO hiirillä. Kaikkiaan meillä säilytti 45 hiiren geenejä lisätutkimuksia. Pathway analyysi osoitti merkittävän sidos tämän geenin asetettu ErbB- signalointireitin, Gliooma, vuorokausirytmin (kuvio 1 B), mikä viittaa siihen, että nmMLCK signalointi on mukana kehittämässä ja pahanlaatuisuuden kasvaimia. Expression heatmap osoittaa, että ilmentymisen profiili 45 hiiren geenit otettiin talteen noin normaalin ilmentymisen nmMLCK KO-hiiret altistettiin VILI (kuvio 1C). Me katsotaan nämä 45 hiiren geenejä nmMLCK välittämän geeni set (taulukko 1).

Prognostiset molekyylimerkkiaineet

nmMLCK on mahdollisesti osallisena patogeneesissä syövistä [3], [4 ], [26]. Sen määrittämiseksi, onko nmMLCK-välitteisen jotka on johdettu nmMLCK KO hiirimallissa oli merkitystä ihmisen syövissä, me vastasi 45 nmMLCK-välitteisen hiiren geenejä 38 erillistä ihmisen ortologeja (M38 allekirjoitus) mukaisesti määritelmän GeneCards [27], [28] (Taulukko 2). Oletimme, että M38 allekirjoitus olisi ennustavia tuumorivasteesta syöpäpotilailla.

rakennettu riski pisteytysjärjestelmää, jossa yhdistyivät geenin ilmentyminen M38 riskien kuolemalle koulutuksessa aineisto. Korkea-pisteet potilaat määriteltiin ne, joiden riski pisteet suurempi tai yhtä suuri kuin ryhmään mediaani pisteet. Itsenäisessä validointi ikäluokat, testasimme kykyä diabetesriskitestiin ositusta potilaita ennustetekijöiden ryhmiin. Suoritimme Kaplan-Meier selviytymisen analyysi vertailemalla korkea-pisteet ja matalan pisteet ryhmät ja määritetään tilastollinen merkitsevyys log-rank testejä. Kuten odotettua, M38 allekirjoitus pystyi tunnistamaan potilaita, joilla on huono eloonjäämiseen rintasyövässä (

P

0,001), paksusuolen syöpä (

P

0,001), gliooma (

P

0,001), ja keuhkosyöpä (

P

0,001) koulutukseen ikäluokat (kuva S1). Vuonna validointi ikäluokat, Kaplan-Meier selviytymisen analyysi vertaamalla potilasryhmät osoittivat merkittävästi vähentää yleistä eloonjäämistä varten korkea-pisteet potilaiden rintasyövän (

P

= 0,002), paksusuolen syöpä (

P

= 0,035), gliooma (

P

= 0,023), ja keuhkosyöpä (

P

= 0,023) (kuvio 2). Yhdistyksen välinen M38 riskiluku ja kokonaiselossaolo vahvisti myös muuttujan Coxin suhteellinen vaara kokonaiselinajan analyysiin sekä koulutukseen ja validointi kohortteja (taulukko 3). Validoinnissa ikäluokat, korkea-pisteet potilailla oli lisääntynyt riski kuolema 3,10-kertaiseksi rintasyövän, 2,96-kertaisesti paksusuolensyöpä, 2,23-kertaisesti gliooma, ja 1,60-kertaisesti keuhkosyöpä.

Kaplan-Meier eloonjäämiskäyriä potilasryhmille tunnistaa M38 riskiluku. Punaiset käyrät ovat korkea-pisteet potilaat taas sininen käyrät ovat heikosti pisteet potilaille. Korkea-pisteet potilaat määritellään ne, joiden M38 riski pisteet suurempi tai yhtä suuri kuin ryhmään mediaani pisteet.

P

-arvot osoittavat merkittäviä eroja eloonjäämiseen mitattuna log-rank testejä.

riippumattomuus M38 muista ennusteeseen viittaavia tekijöitä

Tutkimme suorituskykyä M38 allekirjoituksen verrattuna ennusteeseen viittaavia liittyvät muuttujat ennusteeseen ihmisen syövissä. Monimuuttujafunktiokehitettiin Cox kokonaiselinajan analyysiin osoitti, että M38 säilyi merkittävä kovariaatti nähden standardin ennusteeseen viittaavia tekijöitä neljän tyyppisiä ihmisen syöpien, kuten potilaan ikä, imusolmuke tila, kasvaimen koko, kasvaimen, ja niin edelleen (taulukko 4). Me seuraavaksi ositettu potilaiden mukaan tekijöiden merkitsevä monimuuttujamenetelmin.

Rintasyövän potilasta ositettu iän, kasvaimen, ja estrogeenireseptori (ER) tila, vastaavasti. Potilaille iän 40 ja ≥40, korkean pisteet niitä oli merkitsevästi lisääntynyt riski kuolema 6,36-kertainen (

P

0,001) ja 2,80-kertainen (

P

= 0,001), vastaavasti. Potilaille, joilla on kasvaimen 2 ja ≥2, korkean pisteet potilailla oli lisääntynyt riski kuolema 2,63-kertainen (

P

= 0,410) ja 2,65-kertainen (

P

0,001), tässä järjestyksessä. Potilaille, joilla on negatiivisia ja positiivisia ER asema, korkea-pisteet potilailla oli merkitsevästi lisääntynyt riski kuolema 2,25-kertainen (

P

= 0,025) ja 4,00-kertainen (

P

0,001), tässä järjestyksessä.

paksusuolen syöpä, potilaat ryhmiteltiin iän ja kliinisen vaiheen, vastaavasti. Potilaille iän 60 ja ≥60, korkean pisteet niitä oli merkitsevästi lisääntynyt riski kuolema 2,29-kertainen (

P

= 0,025) ja 2,88-kertainen (

P

0,001), tässä järjestyksessä. Potilaille, joilla on vaiheen 3ja ≥3, korkean pisteet niitä oli merkitsevästi lisääntynyt riski kuolema 3,50-kertainen (

P

= 0,015) ja 1,71-kertainen (

P

= 0,024), tässä järjestyksessä.

Potilaat, joilla gliooma ryhmiteltiin iän. Potilaille iän 45 ja ≥45, korkean pisteet niitä oli merkitsevästi lisääntynyt riski kuolema 3,46-kertainen (

P

= 0,004) ja 2,00-kertainen (

P

= 0,045), tässä järjestyksessä.

Keuhkosyöpä potilasta ositettu iän, imusolmuke tila, ja kasvaimen kokoa vastaavasti. Potilaille iän 65 ja ≥65, korkean pisteet niitä oli merkitsevästi lisääntynyt riski kuolema 2,35-kertainen (

P

0,001) ja 1,97-kertainen (

P

0,001), tässä järjestyksessä. Potilaille ja ilman imusolmuke osallistumista, korkean pisteet potilailla oli merkitsevästi lisääntynyt riski kuolema 1,62-kertainen (

P

= 0,012) ja 1,73-kertainen (

P

= 0,014 ), vastaavasti. Potilaille, joilla on kasvaimen kokoa T3 ja ≥T3, korkean pisteet potilailla oli lisääntynyt riski kuolema 2,20-kertainen (

P

0,001) ja 1,63-kertainen (

P

= 0,180), tässä järjestyksessä.

Kaplan-Meier selviytymisen analyysi osoitti myös merkittävästi vähentää yleistä eloonjäämistä varten korkea-pisteet potilasta kussakin osajoukossa ryhmitellään kunkin ennusteeseen viittaavia kertoimella (kuva S2-S5). Yhdessä nämä tulokset viittaavat siihen, että ilmaus M38 allekirjoitus liittyy hoitotuloksia ja on itsenäinen ennustetekijä.

Keskustelu

Tämä nykyinen tutkimus vahvistaa sisäinen yhteys nmMLCK-välittäjänä signalointi ja kliininen syöpäkuolleisuudessa, uudet todisteet: ensin määrittelimme ryhmä nmMLCK perustuva geenejä hiirimallissa keuhkojen tulehduksellinen vamman, joiden vaikutukset nmMLCK monistetaan. Toinen. Tämä nmMLCK-keskitetty molekyylimerkkiaineet heijastava keuhkojen tulehduksellinen geenin ilmentyminen on prediktiivisille huonosta kliinistä tulosta neljän tyyppisiä ihmisen syövän.

MLCK (geeni-koodi:

MYLK

) on Ca

2 + /kalmoduliinista riippuvaa kinaasia, joka fosforyloi myosiinin kevyitä ketjuja (Monenvälisissä) edistää myosiinin vuorovaikutus solun tukirangan aktiinisäikeiden [29]. Se on keskeinen rooli solun tukirangan uudelleenjärjestelyn ja supistuvien toimintaa sekä ei-lihaskudoksen [30] ja sileän lihaskudoksen [31]. Ei-lihas isoformi, nmMLCK, on ​​osoitettu olevan keskeinen osanottaja tulehdusreaktio perustuu sen kykyyn säädellä verisuonten endoteelin eheyden ja valkosolujen virtaa verenkierrosta keuhkoihin broncoalveolar tila [9]. Samanlainen synnyssä endoteelisoluissa ALI, syöpäsolujen lisääntymistä ja muuttoliike vaativat nopeaa dynaaminen sääntelyn solun tukirangan, jota ohjataan ryhmä solun tukirangan säätelevien proteiinien, jossa nmMLCK toimii kriittinen ja keskeinen osallistuja [1], [2] . Lisäksi trans-cellular ekstravasaatio, joka on olennainen askel pahanlaatuinen kasvain etäpesäke, on hyvin hallinnassa toimintaa MLCK [3], [4]. Vaikka edelleen aliarvioitu, MLCK alkoi pidettävä uutena funktionaalista proteiinia syövän synnyssä (aloittamisesta, proliferaatiota, migraatiota, ja etäpesäkkeiden) [5], [6], [7]. Tämä on erityisen totta laajemmin ilmaistuna ei-lihaksen isoformi (nmMLCK).

Vaikka hyvin vähän tiedetään mekanismeja nmMLCK synnyssä kasvaimen ja sen vaikutus ennusteeseen ihmisen syövissä, tulehduksellinen vaste, joka sääntelee nmMLCK keuhkoissa on aktiivisesti tuumorigeneesissä ja useita onnistuneita hoitoja kohdistaminen krooninen tulehdus suoraan muuttaa endoteelisolujen geenien ilmentyminen [32]. Hiiren VILI malli vahvistaa nmMLCK välittämän geeniekspression ja toimii tyydyttävästi alustan leikellä nmMLCK molekyylimerkkiaineet keuhkojen tulehduksellinen vammoja.

Verrattuna edelliseen tutkimuksen [12], käytimme kuin perinteisen tulehdusmerkkiaine nmMLCK (verrattuna TNFa), joka on enemmän sukua endoteelisolujen tulehdus, kuten nmMLCK on valikoiva ilmaistaan ​​ei-lihaksen kudoksiin, kuten endoteelin [29]. Yhdistetään nämä kaksi tutkimusta edelleen todentamiseksi keskeinen rooli ”endoteelin-specific” tulehdus syövän etenemiseen. Koska nmMLCK ilmentyy myös muissa kudostyypeissä kuten epiteelin ja tulehduksellinen leukosyyttien (sama kuin TNFa), monistettiin molekyyli- allekirjoitus nmMLCK keuhkojen tulehdus (M38 allekirjoitus) saattaa myös muita kudosten keuhkoissa eli epiteelin ja soluttautunut neutrofiilejä. Mahdollinen panos M38 allekirjoituksen synnyssä näissä kudoksissa syövän ennuste voi olla tärkeä.

Seuraava tutkimus keskittyy validoinnissa kandidaattigeenejä suodattaa pois sekä nmMLCK ja TNFa tutkimukset ja tuottaa tarkemman syöpä ennuste alustaa hienostunut geeniperimä, mikä johtaa syövän kehittymiseen riskin ennustaminen /ennusteen geenijärjestelyillä kliinisissä tutkimuksissa.

MYLK

ei ole M38 geenin luettelosta, vaikka 38 geenit perustuivat nmMLCK hiirien. Mahdolliset monimutkainen syy voi olla se, että nmMLCK (210 Kd) on isotyyppi

MYLK

geenituotetta, kun taas

MYLK

tuottaa myös smMLCK (108 Kd), joka koostuu 80%

MYLK

geenituotteita keuhkoissa. nmMLCK tyrmäys ei häiritse smMLCK ilme, mutta mikrosiru alustan ei erotella nmMLCK alkaen smMLCK. Tämä seikka ajaa onnistuneen suodatuksen 38 nmMLCK välittämän geenejä, mutta

MYLK

ei voinut selvitä M38 geenin luettelosta. Voit osoite vaikutusta

MYLK

syövän selviytymisen ennustus, me uudelleen Analysoimme aineistot kanssa 39 geenit (M38 geenit plus

MYLK

), mutta mitään selvää parannusta havaittiin (taulukko S3) . Kuitenkin useat viimeaikaiset tutkimukset osoittavat, että nmMLCK ilmaisu on todellakin muuttunut ihmisen syöpien, kuten paksusuolen ja peräsuolen syöpä [33] ja eturauhassyövän [34].

Käytimme pisteytystä määrittää M38-pohjainen riski pisteet kukin potilaista. Tämä pisteytysjärjestelmä voidaan suoraan soveltaa muita julkaistuja syövän geeni allekirjoitukset. Vertailtaessa syövän geeni allekirjoitukset voidaan yksinkertaisesti suorittaa vertaamalla ennustetekijöiden voima riski tulokset yksittäisten geeni allekirjoitukset. Tässä tutkimuksessa käytimme mediaani M38 pisteet jakaa patentit kahteen osaan (korkea-pisteet ja matala-pisteet potilasta) tekemään luokiteltu analyysejä (kuten Kaplan-Meier-analyysi ja log-rank-testi). Kliinisesti, voimme käyttää nolla ehdoton raja ositusta potilaat suhtautuvat korkean riskin ja matalan riskin ryhmissä, koska mediaani M38 pisteet on suunnilleen nolla kussakin aineisto.

Tämä tutkimus tarjoaa ensimmäisen prognostisia syövän geeni allekirjoituksen peräisin hiirimallissa nmMLCK liittyvien keuhkotulehdus. Aktivointi nmMLCK-mukana väyliä edistää kasvaimen kasvua ja etenemistä ihmisen syövissä. Tulokset tukevat käsitystä, että nmMLCK on houkutteleva ehdokas molekyyli- tavoite keuhkosairauksiin.

tukeminen Information

Kuva S1.

soveltaminen M38 allekirjoituksen koulutukseen aineistoja edustaa neljää ihmisen syövissä. Kaplan-Meier eloonjäämiskäyriä potilasryhmille tunnistaa M38 riskiluku. Punaiset käyrät ovat korkea-pisteet potilaat taas sininen käyrät ovat heikosti pisteet potilaille. Korkea-pisteet potilaat määritellään ne, joiden M38 riski pisteet suurempi tai yhtä suuri kuin ryhmään mediaani pisteet.

P

-arvot osoittavat merkittäviä eroja eloonjäämiseen mitattuna log-rank testejä.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0094325.s001

(PDF) B Kuva S2.

M38 allekirjoitus tuo ennustetekijöiden lisäarvoa ennusteeseen viittaavia liittyviä tekijöitä selviytyminen ihmisen rintasyövästä. Kaplan-Meier eloonjäämiskäyristä potilasaineistoihin ryhmitelty (A) ikä, (B) kasvaimen tai (C) ER tila. Punaiset käyrät ovat korkea-pisteet potilaat taas sininen käyrät ovat heikosti pisteet potilaille. Korkea-pisteet potilaat määritellään ne, joiden M38 riski pisteet suurempi tai yhtä suuri kuin ryhmään mediaani pisteet.

P

-arvot osoittavat merkittäviä eroja eloonjäämiseen mitattuna log-rank testejä.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0094325.s002

(PDF) B Kuva S3.

M38 allekirjoitus tuo ennustetekijöiden lisäarvoa ennusteeseen viittaavia liittyviä tekijöitä selviytyminen ihmisen paksusuolen syöpä. Kaplan-Meier eloonjäämiskäyristä potilasaineistoihin ryhmitelty (A) ikä tai (B) kliinisen vaiheen. Punaiset käyrät ovat korkea-pisteet potilaat taas sininen käyrät ovat heikosti pisteet potilaille. Korkea-pisteet potilaat määritellään ne, joiden M38 riski pisteet suurempi tai yhtä suuri kuin ryhmään mediaani pisteet.

P

-arvot osoittavat merkittäviä eroja eloonjäämiseen mitattuna log-rank testejä.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0094325.s003

(PDF) B Kuva S4.

M38 allekirjoitus tuo ennustetekijöiden lisäarvoa ennusteeseen viittaavia liittyviä tekijöitä selviytymisen ihmisen gliooman. Kaplan-Meier eloonjäämiskäyristä potilasaineistoihin ryhmitelty iän. Punaiset käyrät ovat korkea-pisteet potilaat taas sininen käyrät ovat heikosti pisteet potilaille. Korkea-pisteet potilaat määritellään ne, joiden M38 riski pisteet suurempi tai yhtä suuri kuin ryhmään mediaani pisteet.

P

-arvot osoittavat merkittäviä eroja eloonjäämiseen mitattuna log-rank testejä.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0094325.s004

(PDF) B Kuva S5.

M38 allekirjoitus tuo ennustetekijöiden lisäarvoa ennusteeseen viittaavia liittyviä tekijöitä selviytyminen ihmisen keuhkosyöpä. Kaplan-Meier-eloonjäämiskäyrät potilaan kohortteja ryhmitelty (A) ikä, (B) imusolmuke tila, tai (C) kasvaimen koon. Punaiset käyrät ovat korkea-pisteet potilaat taas sininen käyrät ovat heikosti pisteet potilaille. Korkea-pisteet potilaat määritellään ne, joiden M38 riski pisteet suurempi tai yhtä suuri kuin ryhmään mediaani pisteet.

P

-arvot osoittavat merkittäviä eroja eloonjäämiseen mitattuna log-rank testejä.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0094325.s005

(PDF) B Taulukko S1.

Differentially ilmaisi geenien välillä VILI alttiin WT ja VILI altistuneet nmMLCK KO hiirillä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0094325.s006

(PDF) B Taulukko S2.

Differentially ilmaisi geenien välillä WT ohjaus ja VILI altistuneet WT hiirillä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0094325.s007

(PDF) B Taulukko S3.

univariate Coxin suhteellista riskiregressioanalyysiä kokonaiselinaika vastaan ​​M38 + MYLK allekirjoituksen tila.

doi: 10,1371 /journal.pone.0094325.s008

(PDF) B