Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

miljoona uutta tapausta ja peräsuolen syöpä (CRC) diagnosoidaan vuosittain maailmassa, CRC on kolmanneksi yleisin diagnosoitu syöpä länsimaissa. Potilaat, joilla on vaiheen I-III CRC voidaan hoitaa leikkaus, mutta ovat vaarassa toistumisen. Peräsuolen syöpä on ominaista läsnäolo kromosomihäviämiä ja voittoja. Suuri genomista profilointi tutkimuksissa kuitenkaan ole tehty tässä sairaudessa. Määrä tietyn geneettisen erehdykseltä kasvaimen näyte voisi korreloivan uusiutumista elinaika tai kokonaiselinaika, mikä voi johtaa sen käyttö biomarkkerina terapeuttisen päätöksiä. Tässä vaiheessa ei ole riittävästi markkereita ennustamiseksi taudin uusiutumisen kolorektaalisyövässä, jota voidaan käyttää klinikalla erotella vaiheen II potilaille, jotka hyötyvät adjuvanttihoitoa. Esimerkiksi hyväksi adjuvanttihoitoa on selvimmin vaiheessa III sairaus, jossa on noin 30 prosenttia suhteessa väheneminen sairauden uusiutumisriski. Edut adjuvanttihoitoa II vaiheessa taudin epävarmempaa, riski uusiutumisen on huomattavasti pienempi koko ryhmän ja erityisen riskiryhmän potilailla on vaikea tunnistaa.

Materiaalit ja menetelmät

tässä tutkimuksessa, array-vertaileva genominen hybridisaatio-analyysi (array-CGH) levitettiin tutkia korkean resoluution DNA kopioluvun muutoksia 93 koolonkarsinooma näytteitä. Nämä genomiset tiedot yhdistettiin parametrit, kuten

KRAS

mutaatiostatus, mikrosatelliittien tila ja kliinis ominaisuudet.

Tulokset

Sekä suuria että pieniä kromosomi tappiot ja voitot tunnistettiin meidän näytteessä kohortti. Toistuva voitot löydettiin kromosomista 1Q, 7, 8q, 13 ja 20 ja tappiot useimmiten löytynyt 1p, 4, 8p, 14, 15, 17p, 18, 21 ja 22. Tietojen analysointi osoitti, että menetys kromosomi 4 liittyy huonompi ennuste meidän potilailla sarjassa. Näiden muutosten, kaksi mielenkiintoista pienten alueiden päällekkäisyys tunnistettiin, jotka voivat liittyä tauti uusiutuu. Vahvistuksen 16p13.3 lokuksen (mukaan lukien RNA

sitovan proteiinin

,

fox-1-homologin

geeni,

RBFOX1

) liittyi huonommalla uusiutumista elinaika potilaamme kohortti. Toisaalta, menetys

RBFOX1

löydetty vain potilailla, joilla ei tauti uusiutuu. Mitä mielenkiintoisinta, edellä mainitut ominaisuudet havaittiin myös vaiheessa II potilaille, joille on olemassa suuri lääketieteellinen tarve tunnistaa uusia ennustetekijöiden biomarkkereita.

Johtopäätökset

Yhteenvetona kopioluvun vaihtelu 16p13.3 locus näyttää olevan tärkeä parametri ennustamiseksi taudin uusiutumisen paksusuolen syöpä.

Citation: MAMPAEY E, Fieuw A, Van Laethem T, Ferdinande L, Claes K, Ceelen W, et ai. (2015) Keskity 16p13.3 Locus Colon Cancer. PLoS ONE 10 (7): e0131421. doi: 10,1371 /journal.pone.0131421

Editor: Jörg D. Hoheisel, Deutsches Krebsforschungszentrum, SAKSA

vastaanotettu: 25 helmikuu 2015; Hyväksytty: 2 kesäkuu 2015; Julkaistu: 29 heinäkuu 2015

Copyright: © 2015 MAMPAEY et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään

Data Saatavuus: kaikki asiaankuuluvat tiedot kuuluvat paperin ja sen tukeminen Information tiedostoja.

Rahoitus: Tämä tutkimus tukivat tukea Belgian hallitus: FPS Health, elintarvikeketjua turvallisuus ja ympäristö, ja PO Health Care – Cell Cancer Plan (National Cancer Plan – toimet 29). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

miljoona uutta tapausta ja peräsuolen syöpä (CRC) diagnosoidaan vuosittain maailmassa, CRC on kolmanneksi yleisin diagnosoitu syöpä länsimaissa ja toiseksi suurin syy syöpään liittyvien kuolemien sekä miehillä että naisilla (9% kaikista syövistä) [1]. Yksi haasteista CRC on saada lasku kuolleisuus toteuttamalla seulontaohjelmien johtavat varhaiseen havaitsemiseen ja hoitoon syövän esiasteista [2]. Terapeuttinen päätökset perustuvat pysähdyspaikan järjestelmä kuvataan kasvaimen laajuutta, läsnäolo tai puuttuminen imusolmuke osallistuminen ja etäpesäkkeiden (TNM-luokitus) [3]. Alkuvaiheen CRC voidaan parantaa leikkaus yksin. Hyöty adjuvanttihoitoa on selvimmin vaiheessa III, kun taas hyötyä vaiheen II tauti on edelleen kiistanalainen [3-5]. Nykyään vaiheen III potilaat todennäköisesti overtreated: kaikki potilaat saavat kemoterapiaa, kun noin puolet potilaista ei kokenut toistuminen ennen käyttöönottoa adjuvanttihoitoa [6]. Toisaalta, vaiheen II potilaat todennäköisesti alihoidettu, koska huomattava osa heistä kehittyy uusiutuva sairaus. Riskipotilaiden tunnistaminen vaiheen II potilaille, jotka hyötyvät adjuvanttihoitoa on erittäin tarpeen, mutta on toistaiseksi osoittautunut vaikeaksi osoittaa kliinisissä tutkimuksissa. Käyttö adjuvanttihoito vaiheessa II potilaille perustuu riskinarviointiin arvioidaan a.o. mikrosatelliitti (MS) tila, lymphovascular ja hermoa invaasio, kasvaimen erilaistumiseen ja määrä tutkittiin imusolmukkeiden [6].

On tarpeen löytää uusia (bio) merkkiaineet ennustamiseen uusiutumisen tässä alaryhmässä potilaista. Tämä toivottavasti johtaa tunnistamiseen potilaiden, jotka saattavat hyötyä adjuvanttihoitoa [3].

Viime aikoina paljon on edistytty ymmärtämisessä peräsuolen tuumoribiologiassa. Histologinen sekvenssi ja peräsuolen syövän synnyn on ominaista useita erilaisia ​​geneettisiä ja epigeneettiset muutokset [7,8], kuten inaktivoivat

APC

mutaatioita familiaalinen adenomatoottisen polypoosin (FAP) tai lakkaa toimimasta yhteensopimattomuuden korjauksen geenit perinnöllinen ei-polypoosin peräsuolen syöpä (HNPCC) [9,10]. Vuonna 1990 Fearon

et al

. ehdotti lukuisiin mutaatioita eri geeniä, jota pidetään klassisen tai kromosomi epävakaus (CIN) reitin [7]. Ensimmäinen tapahtuma alkuvaiheessa peräsuolen kasvain on

APC

inaktivaatiota, minkä jälkeen ajan myötä uusia mutaatioita

KRAS

ja

TP53

geenejä, sekä poistot kromosomin 18q [7,11]. Useimmat satunnaista CRC on ominaista nämä muutokset ja on lokalisoitu vasemmalla puolella paksusuolen. Tämän lisäksi kaksi muuta reittejä, mukana etiologia CRC on tunnistettu. Viisitoista prosenttia satunnaista CRC ja 95% HNPCC oireyhtymien osoitettiin kantaa muutoksiin mikrosatelliittimerkki epävakaus (MSI) reitin [10]. Lopuksi, 20-30% CRC on korjauksilla sahalaitaiset koulutusjakson, usein ne muuttuvat CpG-saari metyloitu fenotyyppi (CIMP) ja /tai metylaation

MGMT

geeni [12,13]. Nämä (epi) geneettisiin muutoksiin voivat vaikuttaa taudin kulkuun ja siten tulosten potilaista.

Toinen muoto geneettisiä muutoksia läsnä peräsuolen kasvaimet ovat DNA kopioluvun muutokset (CNAs), jotka on jo tutkittu paksusuolen syöpä, kuitenkin ilman konsensusta [14-17]. Koska perimän epävakaisuuden kasvaimia, nämä CNAs ovat usein läsnä kasvaimia ja edustavat mahdollisten uusien biomarkkereiden ennustamiseen taudin uusiutumisen.

Tässä tutkimuksessa CNAs analysoitiin suuressa paneelissa paksusuolensyöpä potilaita erilaisissa vaiheissa tauti, jonka tarkoituksena on arvioida, onko tietty CNAs liittyvät potilaiden hoitotuloksiin.

Materiaalit ja menetelmät

Potilaat ja kliiniset tiedot

sarja 159 ensisijainen paksusuolen adenokarsinooma poisleikatuista olivat tutki, prospektiivisesti kerättiin vuosina 2004 ja 2012 osastolta Ruoansulatuskanavan Surgery Gent yliopistollisen sairaalan Belgiassa. Potilaita seurattiin saakka kuolin- tai kunnes kliinistä tietoa katkaisun (maaliskuu 2014). Sijainti kasvain paksusuolen nimettiin oikea kasvaimia sijaitsee umpisuolen, nouseva paksusuoli ja proksimaalinen puolet poikittainen paksusuoli. Sijainti nimettiin jäljellä kun kasvain sijaitsi distaalinen puolet poikittainen paksusuoli, laskeva paksusuoli ja sigmoid. Analyysit suoritettiin kunkin kasvaimen vaiheesta, laskien alkaen diagnoosin taudin uusiutumiseen tai viimeisimmän seurannan sairauden uusiutumisen (jokaisessa vaiheessa ilman vaihe IV) ja kuolema tai viime seurantaa varten kokonaiselinaikaa (kaikissa yhteen). Aina kun korrelaatio selviytymisen ja tietty markkeri tutkittiin kaikkien kasvain vaiheissa yhdessä, uusiutunut potilaat lasketaan vaiheessa IV potilaita ja näiden potilaiden eloonjäämisen tässä erityisessä analyysissä laskettiin alkaen diagnoosi uusiutumisen.

potilaat, jotka hoidettiin adjuvanttihoitoa joko saanut 5FU mukaan muokattu de Gramont (erityisesti vaihe II potilasta) tai muunnettu FOLFOX 6 (vaihe III potilaat) aikana 6 kuukautta. Neljä potilasta hoidettiin kliinisessä tutkimuksessa ja mahdollisesti saanut ylimääräisiä biologisia tekijöitä. Vaihe IV potilaat saivat erilaisia ​​peräkkäisiä palliatiivisen hoito.

kirjallinen suostumus osallistumiseen saatiin jokaiselle potilaalle. Tutkimuksen hyväksyi provision lääketieteen etiikan Gent yliopistollisen sairaalan (Belgian rekisterinumero: B67020096625). Kliiniset tiedot haettiin potilastiedot.

kudosnäytteitä

patologi, ennen formaliinia kiinnittymisestä näytteitä sekä primäärikasvain ja makroskooppiset normaalit kudokset resektio yksilöitä. Normaalia kudosta otettiin niin kauas kuin mahdollista kasvain samalla resektio näyte. Kaikki näytteet olivat tuore enintään 30 minuutin kuluttua kirurgisen resektion ja säilytettiin -80 ° C: ssa. Patologi teki kaikki kasvainnäytteestä kasvainsolualtistuksen sisältöä hematoksyliinillä /eosiinilla värjätään kryoleikkeet. Lopuksi, 93 159 tuumorin näytteissä, jotka sisältävät vähintään 50% kasvainsoluja säilytetty.

KRAS-mutaatio ja MSI fenotyypin

Kaikki 159 kasvainnäytteet profiloitu läsnäolon seitsemän somaattisten

KRAS

mutaatiot kodonissa 12 ja 13 (12ALA, 12ASP, 12VAL, 12CYS, 12SER, 12ARG ja 13ASP) käyttäen Therascreen KRAS RGQ PCR-pakkausta (Qiagen) on formaliinilla kiinnitetyt, parafiiniin upotettuja (FFPE) kasvainkudoksen (analyysi alle ISO15189 akkreditointi). Muut

RAS

mutaatioita ei tutkittu. MS tilan kaikki 159 tuumorinäytteet analysoitiin fragmentti analyysi ABI3130xl geneettistä analysaattoria (Applied Biosystems) käyttäen GeneMapper ohjelmiston 4 (Applied Biosystems). BAT25, BAT26, D2S123, D17S250, NR21, D18S55, NR24 ja nR 27 ovat kahdeksan tutkitaan toista markkereita. Kasvaimet luokiteltiin MSI, kun epävakaus 25% markkereita havaittiin. MSI potilaat voidaan jakaa kahteen ryhmään, MSI-korkea ja MSI-alhainen, lukumäärän mukaan poikkeavien markkereita. Kuitenkin numerot olivat liian alhaiset asianmukaista tilastollista analyysiä. Tilanteissa, joissa erotettiin, se on esitetty tekstissä.

DNA uutettiin käyttäen DNeasy Blood and Tissue Kit (Qiagen) mukaisesti valmistajan ohjeiden mukaisesti. Laatu ja määrä DNA-näytteet mitattiin NanoDrop ND-1000 väline (Thermo Scientific).

Array vertaileva genominen hybridisaatio

Kopioi numero muutoksia tutkittiin oligo-pohjainen array-CGH kasvaimen näytteitä vähintään 50% kasvainsoluja. Näytteet vähemmän kasvainsolujen voi bias tuloksia. Näytteet profiloitu Custom SurePrint G3 Human CGH Microarray, 4x180K (G4125A, Agilent Technologies). DNA paksusuolen kasvaimen näytteet leimattiin fluoresoivalla värillä Cy3 (Perkin Elmer) ja sama määrä kaupallisesti saatavilla viite uros ja naaras genomista DNA: ta (Kreatech) oli leimattu Cy5: llä (Perkin Elmer). Jatkojalostus suoritettiin valmistajan ohjeiden (Agilent Technologies). Fluoresenssivoimakkuudet mitattiin käyttäen Agilent skannerin (G2505C, Agilent Technologies). Tiedot uutettiin käyttämällä Feature Extraction v10.1.1.1 ohjelma (Agilent Technologies) ja edelleen käsitellä arrayCGHbase [18]. Cut-off-arvot on saatu ja menetetty segmentteihin olivat 0,33 ja -0,33 vastaavasti. Poikkeavuuksia, jotka olivat läsnä yli 10 tapausta on erikseen suojattu kliininen genetiikka kohortti 1000 näytteitä pidetään mahdollisimman perustuslaillinen kopioluvun variantteja (normaali kopioluku muutokset) ja jätettiin pois lisäanalyysiä. Kaikki raportoidut tulokset manuaalisesti validoitu.

Tilastot

Tilastollinen ympäristöä R (versio 2.12.1) käytettiin toteuttaa hierarkkinen klusterin ja heatmap analyysi ja rakentaa kaavio, jossa genomin laaja taajuudet kaikki monistukset, voitot ja tappiot kaikissa näytteissä. Kaikki muut tilastolliset analyysit tehtiin SPSS Statistics (versio 21). (*) P 0,05, (**) p 0,01 ja (***) p 0,001 katsottiin tilastollisesti merkitseviä kaksisuuntaisia ​​testejä. Koska kaikki tiedot olivat jakautuneet normaalisti, ANOVA käytettiin vertaamaan väestön ja Pearsonin korrelaatiota käytettiin yhdistyksen muuttujien välillä. Survival analyysit tehtiin kanssa Kaplan-Meier menetelmä ja log rank-testi. Coxin regressioanalyysiä käytettiin laskemaan hazard ratio.

Tulokset

Kliininen ominaisuudet

kliiniset tiedot on esitetty yhteenvetona S1 taulukossa. Kaikki kasvaimet tässä tutkimuksessa olivat ensisijainen paksusuolen adenokarsinoomien, jotka olivat käsittelemättömiä aikaan resektio. Potilaat olivat pääasiassa peräisin valkoihoinen etnisyys.

Sukupuolten yhdistyksen, tautiluokituksen, sivusto primaarikasvaimen, vaihe, erilaistuminen, hermoa ja lymphovascular invaasio, tämä joukko 159 kasvainten muistuttaa läheisesti useimpia muita raportoitu potilasaineistoihin satunnaista CRC (S1 taulukko).

kasvaimia jaettiin tasan miesten ja naisten (57,9% vs. 42,1%). Mucinous variantti adenokarsinooma diagnosoitiin 20,1%: n kasvaimia. Kaikki potilaat olivat lavastettuja käyttäen AJCC-7 suuntaviivoja [19]. Potilaat tasaisesti pitkin neljä vaihetta, hieman enemmän potilaita vaiheessa II (36,5%). Puolet potilaista (49,7%) sai adjuvanttia (31,2%) tai lievittävää (18,5%) kemoterapiaa. Lopussa seurannan, 105 potilasta (66%) oli elossa (S1 taulukko). Niistä 159 potilasta mukana tässä tutkimuksessa, 68 (52,7%) oli lisääntynyt syöpä -antigeeni (CEA) taso diagnoosin ajankohdasta. Heillä oli huonompi ennuste kuin ne, joilla alapuolelle 3,4 ng /ul. Molemmat metastasoituneen tai paikallisen uusiutumisen ja 2 vuoden yleinen (OS) oli merkitsevästi parempi potilailla, joilla on alhainen CEA tasolla diagnoosi (R = 0,260, ** P = 0,003 uusiutumisen-elinaika (RFS); R = 0,271, * * P = 0,002 2 vuotta OS) (S1 File).

KRAS mutaatiostatus ja MS asemasta ja niiden korrelaatioita kanssa kliinis data

Kuten esitetään S1 taulukossa,

KRAS

-mutations havaittiin 51 potilaalla (33,1%). Kahdeksan näistä mutaatioista sijaitsivat kodonissa 13 (pGly13Asp), kaikki muut olivat paikalla kodonissa 12

KRAS

geeni. Niistä 159 potilasta testattiin MSI, 87,9% paksusuolen syövistä osoitti microsatellite vakaus (MSS), kahdella potilaalla (1,3%) oli MSI-alhainen ja 16 potilasta (10,7%) oli MSI-korkea (S1 taulukko).

meidän potilasryhmässä, havaitsimme merkittävää korrelaatio

KRAS

mutaatio ja MS tila (R = -0,198, * P = 0,017).

KRAS

Mutaatiofrekvenssi oli suurempi MSS potilailla kuin MSI potilailla (S2 taulukko).

Olemme löytäneet merkittävän korrelaation MS aseman lymphovascular invaasiota (R = -0,181, * P = 0,038) ja paikalle primaarikasvaimen (R = -0,291, *** P 0,001). Löysimme MSI ainakin yhdellä potilaalla jokaisessa vaiheessa, mutta enimmäkseen alkuvaiheessa (kaksi MSI potilasta vaiheessa I, seitsemän vaiheen II ja yksi MSI potilas sekä vaiheen III ja IV) (taulukko 1). Merkittävä korrelaatio löytyi MS aseman ja kasvaimen luokittelu (R = 0,173, * P = 0,034) (S2 taulukko). Tämä tarkoittaa, että potilaalla on MSI on yleensä pieni kasvain sijaitsee oikeassa paksusuolessa, tässä kohortissa useimmiten vaiheen II mucinous adenokarsinooma ilman lymphovascular hyökkäystä. Kolorektaalikarsi- kasvaimista MSI enimmäkseen ovat

KRAS

villityypin (S2 File).

Laajennettu taulukko potilasryhmät löytyy S1 ja S2 taulukot.

DNA kopioluvun muutoksia

Kun pisteytys kaikki kasvain näytteet, 93 näytteissä on vähintään 50% kasvainsoluja säilytetään array-CGH analyysi. Yhdeksänkymmentä Näistä 93 paksusuolikarsinoomat osoitti genomista muutoksia (kuvio 1). Potilaat, joilla on suurentunut CEA taso oli enemmän CNAs kuin potilailla, joilla on normaali CEA tasolla diagnoosi (* P = 0,023) (Kuva A S3 File). CNAs meidän potilaiden kohortissa oli vähemmän runsaasti MSI potilailla kuin MSS potilailla, kuten arvioitiin 180K array-CGH (* P = 0,016) (Kuva B S3 File). Kaikki MSI potilailla oli alle kymmenen muutoksia, kun taas keskimääräinen lukumäärä muutoksia yleisestä potilas kohortti on 12,98 (± 0,982). Kun etsimme muutoksiin eri kasvain vaiheissa, löysimme suurempi määrä muutoksia MSI potilaalle vasta vaiheessa IV, kun taas toisessa kasvain vaiheet, MSI potilailla oli vähemmän CNAs verrattuna MSS potilaille (** P = 0,003) (Kuva C S3 File). Klusterointi analyysi ei havaittu tilastollisesti merkitsevää suhdetta klusterin ryhmien (perustuen yhteen tai useampaan ellei muutos) ja kliinisiin parametri meidän tietokantaan (S1 Kuva).

Voitot ovat edustettuina sininen, tappioita punaisella.

määrä CNAs jaettiin kolmeen ryhmään suorittamisen jälkeen ROC-käyrä (tuloksia ei ole esitetty). Kaksi katkaisurajapisteet perustettiin; ensimmäinen 12 CNAs ja toinen 20 CNAs. Tällä tavoin jaoimme paksusuolikarsinoomat kolmeen ryhmään: kasvaimia vähemmällä kuin 12 muutoksia, kasvaimet yli 20 muutoksia ja välissä ryhmä kasvainten 12 till 20 muutoksiin.

Survival analyysi, lasketaan määrän muutoksia, paljasti lyhyempi 2 vuoden OS potilaille yli 20 muutoksia kaikissa kasvaimen vaiheissa yhdessä (** P = 0,004) (kuvio 2A). Potilailla, joilla on vaiheen IV kasvain, ero oli huomattavan suurempi (kuvio 2B): keskimääräinen eloonjäämisaika potilaiden yli 20 muutoksia oli puolet potilaista oli alle 20 muutoksia (* P = 0,015). Yllättäen kasvaimen vaiheissa I ja II, huonompi ennuste löydettiin potilasryhmässä, joissa on alle 12 muutoksia (* P = 0,019) (kuvio 2C ja 2D).

(A) kaikki vaiheet, ** P = 0,004; (B) vaiheessa IV, * P = 0,015; (C) vaiheen I, * P = 0,019 ja (D) vaiheen II, * P = 0,019. Selviytymisen käyrä kolme ryhmää voidaan erottaa; Ryhmän vähemmän kuin kaksitoista muutoksia (sininen), ryhmä kaksitoista kunnes kaksikymmentä muutokset (vihreä) ja jolla on yli kaksikymmentä muutoksia (punainen).

Myös korrelaatio erilaistumisen luokan kasvain ja määrän muutoksia. Potilailla, joilla on hyvin eriytetty kasvaimia, oli vähemmän kuin 12 CNAs, yleinen ja joka vaiheessa erikseen. Potilaat, joilla on huonosti eriytetty kasvaimet ja kasvaimia kuljettaa enemmän kuin 20 CNAs ollut huonompi 2 vuoden käyttöjärjestelmä ja erityisesti kun me vain vertailla vaihe IV potilaat (** P = 0,006 ja ** P = 0,010 vastaavasti) (S2 Kuva).

array vertaileva genominen hybridisaatio (array-CGH) analyysi osoitti, että yleisin CNAs vuonna paksusuolikarsinoomat olivat voitot kromosomeja 1Q, 7, 8q, 13, 20 ja 20q ja tappiot kromosomeja 1p, 4, 8p, 14 , 15, 17p, 18, 21 ja 22 (kuvio 1). Olemme myös löytäneet läsnäolo useiden isokromosomit meidän näytteiden kromosomeissa 1, 5 ja 8 (vastaavasti 5,4%, 5,4% ja 7,5% meidän potilaista). Menetys kromosomi 4 oli merkittävästi sidoksissa lyhyempi RFS (keskiarvo RFS on +241,7viikko potilaille, joiden menetys kromosomissa 4 ja +433,96viikko potilailla ilman kromosomi 4 tappiota, *** P 0,001) (kuvio 3A). Menetys kromosomi 1, 3, 4 ja 9 kytkettiin lyhyempi 2 vuoden OS (vastaavasti P = 0,053, ** P = 0,005, ** P = 0,002 ja P = 0,069) (kuvio 3B ja kuviot AC S4 File ). Kromosomin 7 ja 20 osoitettiin merkitsevästi yhteydessä parempaan 2 vuoden OS (vastaavasti * P = 0,048 ja * P = 0,035) (Luvut DE S4 File).

Menetys kromosomi 4 on liittyy lyhyempi RFS, *** P 0,001 (A) ja pienempi 2 vuoden OS, ** P = 0002 (B). Potilaat, joilla ei muutosta kromosomin 4 on esitetty vihreällä, joilla menetys kromosomissa 4 sinisellä.

kromosomi 16p13.3 muutoksiin

Locus 16p13.3 havaittiin olevan toistuva muuttaminen, koska se on läsnä 35% meidän potilaan kohortin 93 potilasta. Kahdeksan potilasta osoitti vahvistus distaalisen osa tätä rataa, ja 24 potilasta oli tappiollinen eniten toistuvia Pienin alue päällekkäisyyttä (SRO) 6,5 asti 7 Mb. Kahdeksan potilaista, joilla on homotsygoottinen deleetio. SRO käsittää eksonin 3 ja 4

RBFOX1

geeni (6-7Mb). Kopioi numero variantti profiilit normaalia kudosta kahdeksan homotsygoottinen tapausta arvioitiin jättää perustuslaillinen kopiomäärä variantti. Nämä tulokset osoittivat, että homotsygoottinen deleetiot eivät perustuslaillisia kopiomäärä variantteja, mutta olivat somaattisesti hankittu muutoksia (S3 kuvassa). Enemmän kuin 70-geenien, kuten

CREBBP

,

MIR1225

,

RAB40C

ja

RAB26

, sijaitsevat distaalisessa osassa 16p13.3 lokukseen. Jälkimmäiset kaksi geenit ovat jäseniä

RAS

onkogeeni perhe, jolla on tärkeä rooli paksusuolen syövän syntymistä.

yleensä potilailla, joilla ei 16p13.3 muutoksia näytteille vähemmän CNAs (R = -0,430 , *** P 0,001). Tämä koskee kaikkia kasvaimen vaiheissa (kuvio 4A) sekä jokaisen kasvaimen vaiheessa erikseen (tuloksia ei ole esitetty).

(A) suhde on muuttaminen 16p13.3 lokuksen ja määrä CNA, että vastaava potilas kaikille kasvain vaiheisiin, R = -0430 ja *** P 0001. (B) Kaplan Meier selviytymisen käyrä huonompi ennuste potilaille, joiden vahvistus 16p13.3 lokuksen kaikkien kasvain vaiheissa, ** P = 0,010. Voitot ovat edustettuina vihreä, tappiot sininen ja potilailla, joilla ei muutos esitetään punaisella.

IV vaiheessa kasvaimia, merkittävä korrelaatio löytyi läsnäolo 16p13.3 muutos (voitto tai tappio) ja kasvain oikeassa paksusuolessa (R = -0,384, * P = 0,036). Kaikissa muissa kasvain vaiheissa, tämä havainto ei voitu vahvistaa, vaikka ei silloin, kun kaikissa vaiheissa tarkasteltiin yhdessä.

Ei korrelaatiota löytynyt välillä 2 vuoden OS ja läsnäolon 16p13.3 muutos (kuviot AD S5 File). Kuitenkin metastaattisen ryhmässä, suuntaus oli läsnä (kuvio E S5 File). Potilaat, jotka esillä

RBFOX1

menetys, osoitti pahempi 2 vuoden OS kuin potilailla, joilla ei tämä poisto (P = 0,393).

Huomattava korrelaatio osoitettiin kaikissa kasvain vaiheittain vuosina läsnäollessa a 16p13.3 muutos ja RFS (kuva 4B ja kuvassa a S6 File). Kun voitto 16p13.3 oli läsnä, ennusteen kanssa potilailla kaikkien kasvain vaiheissa oli huonompi kuin ennustetta potilaille ilman 16p13.3 muutos tai menetys

RBFOX1

geeni (HR = 5.018 , ** P = 0,020). Kun sama analyysi tehtiin kunkin kasvaimen vaiheessa erikseen, rajatapaus merkittävä korrelaatio 16p13.3 muuttaminen ja taudin uusiutumisen havaittiin ainoastaan ​​vaiheessa II kasvaimissa (* P = 0,022) (kuviot B-D S6 File). Kukaan potilaista, joilla oli menetys

RBFOX1

geeni, kärsi paikallisen tai metastaattinen uusiutumisen. Päinvastoin, potilaat ilman muutoksen tai joiden voitto 16p13.3 oli suurempi riski toistumisen. Log-rank testi uusiutumisen II vaiheessa kasvaimia osoitti vahvempaa merkittävä korrelaatio voitto 16p13.3 ja aika toistumisen (** P = 0,008), joiden keskimääräinen aika uusiutumiseen 166 viikkoa potilailla, joilla voitto 16p13 0,3 ja 443 viikkoa potilailla ilman 16p13.3 muutos (kuva E S6 File).

keskustelu

potilaat tässä tutkimuksessa pääosin vastaavat raportoitu kirjallisuudessa. Jotkut aiemmin raportoitu havaintoja ei kuitenkaan voitu validoitu tässä tutkimuksessa, kuten parempi ennuste potilaille, joilla on MSI-korkea kasvaimet, kuten ovat kuvanneet Gryfe ja työtoverit [20]. Koolontuumoreissa kanssa

KRAS

mutaatio eivät todennäköisesti esittää microsatellite epävakautta. Korrelaatio

KRAS

mutaatio ja MS asema on jo esitetty aikaisemmissa tutkimuksissa ja vaikeuttaa käyttää tätä markkeri suhteessa ennusteeseen [21-23].

Tämä saattaa johtua osittain että todellinen ero MSI kasvainten MSI-korkea ja MSI-low ei voitu tehdä. Yhdistyksen MSI kasvainten kanssa histologia mucinous adenokarsinoomien, joka oli kuvattu aiemmin, vahvistettiin meidän potilasryhmässä [24].

Tutkimuksemme epäilivät kopioluvun muutoksia voitaisiin käyttää ennustetyövälineenä merkki ennustamiseksi toistumisen paksusuolensyöpä, erityisesti II vaiheessa kasvaimia. Käyttämällä array-CGH analyysi, olemme tunnistaneet toistuvia CNAs potilailla, joilla on paksusuolen syöpä eri vaiheet ja kliinisiä tekijöitä. Vahvuuksia Tutkimuksemme ovat suuri määrä potilaita ja integrointi kliinis ominaisuuksista. Toinen vahvuus on, että me rajoitti tutkimuksen paksusuolensyöpä, koska se on aikaisemmin ehdotettu, että suuri ero julkaistuissa tutkimuksissa johtuu siitä, että paksusuolen ja peräsuolen kasvaimet tutkittiin yhdessä [25]. Tutkimuksessamme 97% paksusuolen kasvain näytteet hallussaan genomista muutoksia. Se seikka, että määrä CNAs on suurempi II vaiheessa MSS kasvaimissa verrattuna MSI kasvaimia on aikaisemmin ehdotettu, ja validoitiin Brosens et al. [14]. Nakao ja työtoverit eivät löytäneet myös korkeamman taajuuden kopioluvun muutoksia potilaiden MSS kohti MSI-H (20% ja 5% vastaavasti). Tämä päti myös voittoja, tappioita, monistukset ja poistot erillään [26]. Myös ryhmä Xie löysi alemman CNA esiintyvyys MSI Kolorektaalituumorien kuin MSS kasvaimissa [27]. Pienempi määrä CNAs MSI kasvainten saattaa selittää parempaan lopputulokseen potilailla, joilla on MSI kasvain [20]. Tuloksemme vahvistavat, että potilailla, joilla on vaiheen II kasvaimia, ja täsmällisemmin sanottuna pT3N0 kasvaimia näytteille korkean taajuuden MSI, on parempi ennuste. Heidän ennuste näyttää olevan huonompi kun käsitellään adjuvanttihoitoa perustuu 5-FU [28].

Gain kromosomin 13 ja 20 ja menetys kromosomissa 18 ovat yleisimpiä genomista muutoksia paksusuolensyöpä ja nämä löydökset olivat vahvistettu tutkimuksessamme [29]. Lisäksi muut toistuvat voittoja ja tappioita koko-kromosomien löytynyt. Voitot 1Q, 7, 8q, 13, 20 ja 20q ja tappiot 1p, 4, 8p, 14, 15, 17p, 18, 21 ja 22 olivat enimmäkseen. Esiintymät Näiden CNAs ovat yhtä mieltä raportoitu tietoja, mutta niitä ei koskaan raportoitu kaikki yhdessä tutkimuksessa [15-17,25,30,31]. Menetys kromosomi 1p ja kromosomin 1 q on todennäköisesti johtaa muodostumista isochromosome, joka on läsnä 5% meidän potilasryhmässä. Kirjallisuudessa on hyvin vähän tietoa muodostumiseen isokromosomit CRC solulinjoissa ja vielä vähemmän potilasnäytteistä [15,32]. Lisätietoja toiminnallisuutta isochromosome muodostumisen voisi löytyä laajentamalla potilaan kohortin.

Tilastollinen analyysi osoitti, että menetys kromosomien 1, 3, 4 ja 9 liittyi lyhyemmällä selviytymisen. Toisaalta, voitto kromosomien 7 ja 20 liittyy parempaan 2 vuoden OS. Lisäksi löysimme vahvan merkitsevä yhteys menetyksestä kromosomi 4 ja tauti uusiutuu. Aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet, sekä karyotyping ja meta-analyysi CGH tutkimusten, että menetys kromosomi 4 liittyy huono kliiniseen tulokseen [15,33]. Tarkemmin sanottuna vaiheessa II paksusuolen syöpäpotilaiden menetys kromosomin 4q on jo liittynyt taudin pahenemiseen [14]. Menetys kromosomi 4 näyttää siis olevan tärkeä tapahtuma etiologiassa paksusuolensyöpä ja voitaisiin käyttää ennustetyövälineenä markkerina uusiutumisen tässä sairaudessa.

Kasvainten genomien usein hallussaan monia subchromosomal ja polttovälin muutokset vieressä muutoksiin kokonaisten kromosomien ja kromosomi käsivarret [34,35]. Array-CGH tiedot tässä tutkimuksessa paljastui toistuva muuttuneessa locus, 16p13.3, joka sisältää

RBFOX1 (RNA sitovan proteiinin

,

fox-1 homologia)

geeni. Tätä lokuksen ei ole raportoitu toistuvia muutos on selkeä rooli lopputuloksessa muissa array-CGH tutkimuksissa hyväksyttävä määrä potilaita, joilla CRC [14-17,25,32,33]. Vain harvat tutkimukset ovat maininneet geneettisiä muutoksia on 16p13.3 CRC [27,30,31]. Tuloksemme vahvistavat jälkimmäisen tutkimuksissa. Tutkimuksessamme kaksi SROs tässä lokuksessa olivat yhteydessä tärkeitä kliinisiä parametrejä. Gain distaalisen 5Mb osa lokuksen havaittiin 9%: lla potilaista tässä tutkimuksessa. Menetys eksonin 3 ja 4

RBFOX1

geeni oli läsnä 26% meidän potilaista, läsnäolo homotsygoottinen deleetio

RBFOX1

kolmasosalla heistä. Sulkea pois mahdollisuutta, että perustuslaillinen kopioluvun variantti, normaali kudos testattiin ja sen todettiin olevan normaali. Siksi 16p13.3 muutos voidaan luokitella somaattisen variantti, läsnä vain tuumorisoluissa.

Potilaat, joilla on 16p13.3 muutos havaittiin osoittavan enemmän CNAs kuin potilaat, ilman muuttuminen 16p13.3 lokukseen. Tämä pätee kaikille kasvaimen vaiheisiin yhteen sekä kunkin kasvaimen vaiheesta erikseen. Voitto on 16p13.3 lokuksessa liittyi huonompi RFS kaikkien vaiheiden yhdessä sekä vaiheen II kasvainten erikseen, mikä on erittäin mielenkiintoinen havainto, koska suuri kliininen tarve uusien ennustetekijöitä merkkiaineiden II vaiheessa paksusuolen syöpä. Eri kiinteä kasvain tyypit, kuten rinta-, keuhko-, hepatosellulaarinen ja haimasyövän voitto 16p13.3 liittyi myöhäisessä vaiheessa tauti, elinajan ja huono erilaistumista ja myöhäisessä vaiheessa tauti [36-39]. Eri geenit sijaitsevat 16p13.3 locus oletettiin olevan osallisena huono ennuste: in keuhkosyöpä

TSC2

aikaistettiin, haimasyövän

PDPK1

[37,39]. 16p13.3 lokus kantaa yhteensä 167 tunnettuja proteiineja koodaavat geenit, jotka

AXIN1

,

RAB40C

ja

RAB26

ovat tärkeitä geenejä CRC. Se oli jo osoitettu, että

AXIN1

mutatoitiin kolorektaalisyövissä ja villin tyypin voi aiheuttaa apoptoosin peräsuolen syöpä solujen [40].

RBFOX1

geeni sijaitsee myös tällä alueella. Vain harvat aiemmat julkaisut harkitsee tämän geenin CRC löydettiin. Yksi nimenomaan mainitsee korkea esiintyvyys Bangladeshin väestön alkuvaiheessa CRC [41]. Korrelaatio tulos ei tutkittu tässä pienessä potilasryhmässä.