Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

mutaatiot ja promoottorit ”metylaatio joukko ehdokas syövän geenien (CAN geenit) liittyvät etenemiseen peräsuolen syöpä (CRC). Oletimme, että nämä geenit promoottorien inaktivoidaan kautta epigeneettisellä hiljentämisen ja olla erilainen profiili riskiryhmien. Tutkimme tila CAN-geenin metylaatio ja CHD5 proteiinin ilmentymistä Afrikkalainen amerikkalainen CRC kudossiruina (TMA) käyttäen immunohistokemiallista värjäystä.

Menetelmät /Principal Havainnot

Promoottori metylaatiotilan CAN geenien tutkitaan metylaatiospesifistä PCR (MSP) 51 iranilaiset (valkoinen väestö) ja 51 Afrikkalainen amerikkalaiset (AA). Mikrosatelliitti epävakaus (MSI) analysoitiin myös. Differentiaalinen taajuus metylaation jokaista geeniä testattiin Khin neliö analyysi näiden kahden ryhmän välillä perustuu Hyväksytty iän ja sukupuolen. CHD5 proteiinin ilmentyminen arvioitiin kohtalaisesta hyvin eriytetty ja huonosti eriytetty karsinoomat verrattuna vastaaviin normaaleihin kudoksiin käyttämällä TMA. Lisäksi korrelaatio näiden epigeneettiset biomarkkereita ja eri kliinispatologiset tekijät, kuten ikä, sijainti, ja sairauden vaiheesta analysoitiin.

Seitsemänkymmentä seitsemän ja 34% kasvaimista oli distaalisen Iranin ja Afrikkalainen amerikkalainen potilaiden vastaavasti. Molemmissa populaatioissa, prosenttiosuus metylaatio oli 65%: n SYNE1, MMP2, APC2, GPNMB, EVL, PTPRD, ja STARD8, kun taas metylaatio oli 50% LGR6, RET, CD109, ja RNF. Ero metylaation välinen kahden populaation oli tilastollisesti merkitsevä CHD5, ICAM5 ja GPNMB. Kolmekymmentä-yksi prosentti AA kasvaimia osoitti MSI-H, verrattuna 28% iranilaisia.

Johtopäätökset /merkitys

Huomattavan suuri metylaatio hinnan löydettiin GPNMB, ICAM5, ja CHD5 geenien AA potilaat verrattuna iranilaisille. Nämä geenit saattavat olla merkitystä yleisyys ja aggressiivisuus CRC AA väestöstä. Hypermetylaatiota CAN geenejä voidaan pitää merkkinä paksusuolen karsinogeneesin.

Citation: Mokarram P, Kumar K, Brim H, Naghibalhossaini F, Saberin-firoozi M, Nouraie M, et al. (2009) Erilliset korkean profiilin Metyloidut Geenit peräsuolen syövän. PLoS ONE 4 (9): e7012. doi: 10,1371 /journal.pone.0007012

Editor: Ulrich Zanger, Dr. Margarete Fischer-Bosch Institute of Clinical Pharmacology, Saksa

vastaanotettu: 15 tammikuu 2009; Hyväksytty: 17 Kesäkuu 2009; Julkaistu: 11 syyskuu 2009

Copyright: © 2009 Mokarram et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat Grant # CA102681, rahoittaa National Cancer Institute, NIH. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Colon syöpä (CRC) on edelleen yleisin ruoansulatuskanavan syöpään Yhdysvalloissa [1]. Ilmaantuvuus ja kuolleisuus CRC ovat korkeammat AA [2], [3]. Merkittävä kasvu CRC ilmaantuvuuden kanssa hallitseva distaalinen lokalisointi on raportoitu myös Iranissa viime vuosikymmenen aikana [4], [5].

Yksi CRC polkuja liittyy transkription hiljentämiseltä hypermetylaatiota CpG-saarekkeiden, joka on kutsutaan methylator fenotyyppi (CIMP

+) [6], jotka useimmiten tavoitteet promoottorialueet tuumorisuppressorigeeneille (esim p16 ja hMLH1: n geenien) [7], [8], [9]. Äskettäin on osoitettu, että geneettiset ja epigeneettiset muutokset joidenkin ehdokas syöpä geenit (CAN geenit), kuten; SYNE1, MMP2, GPNMB, APC2, EVL, PTPRD, CDH5, LGR6, STARD8, CD109, ICAM5, CHD5, RNF, ja RET, ovat tärkeitä etenemistä CRC [10], [11].

toiminnallisen kuvauksen näistä geeneistä suhteen kasvaimen etenemistä ei ole selvitetty täysin. Nämä geenit voidaan jakaa 5 ryhmään: (1) tuumorisuppressorien, mukaan lukien adenomatoottisen polypoosin coli tuumorisuppressorigeenin homologi 2 (APC2) ja proteiini-tyrosiini- fosfataasi-reseptorin tyyppi-delta (PTPRD); (2) geenit, jotka koodaavat reseptoreita, mukaan lukien järjestänyt aikana transfektion esikasvaintekijän (RET), leusiinirikkaita repeat sisältävän G-proteiiniin kytkeytynyt reseptori 6 (LGR6) ja Ena /VASP kaltaisen proteiinin (EVL); (3) geenien tiedetään olevan osallisena proteiini-proteiini ja proteiini-DNA vuorovaikutuksia, kuten STAR liittyvät lipidien siirtoa (START) domain-sisälsi 8 ​​(STARD8), etusormi proteiini (RNF182), CD109 antigeeni (CD109), glykoproteiinin NMB (GPNMB); (4) liittyvien geenien etäpesäkkeiden ja kasvaimen kasvua myös adheesiomolekyylien 5 (ICAM5), matriksimetalloproteinaasi 2 (MMP2), ja synaptic ydinvoima-vaippaproteiinin 1 (SYNE1); ja (5) geenit, joiden ekspressio on liitetty muutoksiin kromatiinin rakenteeseen, kuten chromodomain helikaasi DNA-sitovan proteiinin 5 (CHD5).

Nämä geenit valittiin monta listaa mahdollisista syöpää geenien [11], [ ,,,0],12], koska viimeaikaiset tutkimukset osoittivat, että ei-AA CRC, niiden promoottorit ovat metyloidut ja /tai mutatoitunut [10]. Tämä on itse asiassa perustuu kattavaan analyysiin Sjöblom ym, jossa järjestelmällinen sekvenssointi CRC kasvainten paljasti, että kyseisten merkkiaineiden CRC etenemistä [11].

Vaikka useimmat näistä geeneistä ovat uusia, siellä on joitakin toiminnallisia tietoja kirjallisuudessa. Reseptorit glykoproteiinin hormonit, kuten LGR6 ovat G-proteiiniin kytketty 7-transmembraaninen reseptorit [13]. SYNE1 sisältää useita spectrin toistoja ja 60-aminohapon C-pään alueen, joka on homologinen

Drosophila

proteiinin Klarsicht. On olemassa kaksi mRNA-isoformeja, SYNE1A ja SYNE1B, luuston ja sydänlihaksessa [14], [15].

metastaattisen potentiaalin tuumorisolujen on todettu korreloivan aktiivisuuden MMP2 entsyymin [16], että ovat toiminnallisesti aktiivisia pinnalla angiogeenisten verisuonten [16]. CD109 on GPI-kytketty solun pinnan antigeeni ilmaistaan ​​CD34 + akuutti myelooinen leukemia solulinjat, T-solulinjojen, aktivoitujen T-lymfoblastit, endoteelisolujen, ja aktivoituneiden verihiutaleiden [17]. Nimetön sormi motiivi on erikoistunut sinkki sormella verkkotunnuksen lukien RNF182 ja on monissa transkription säätelyproteiineihin [18]. Mutaatiot RET geenissä liittyy useita hormonitoimintaa neoplasia, tyyppi II A ja II B [19].

muuttaminen CHD5 ilmentyminen liittyy muutoksiin kromatiinirakenteeseen kautta histonien muutokseen, asetylointi ja metylointi [20]. Todettiin, että liukoinen ICAM5 taso kasvoi pesäkkeitä stimuloiva tekijä Akuutin aivotulehdus [21]. GPNMB ilmentyy edullisesti matalan metastaattisen melanooman solulinjoja glykoproteiini [22]. Melanooma etäpesäke, on käänteinen suhde ilmentymisen GPNMB ja calcyclin tai tymosiini-beta-10, kaksi muuta mahdollisia merkkiaineita etenemisen ihomelanooma. Kaksi kolmasosaa erittäin metastaattinen ihosyövän ilmentävät rekombinanttista GPNMB osoitti hitaampaa ihonalainen kasvaimen kasvua, kun taas kolmasosa oli vähentynyt potentiaali spontaanisti etäpesäkkeitä nude-hiirissä [22] tai iiriksen pigmentin dispersiota DBA /2J-hiiriä [23]. APC2 on mukana useita molekyyli- signaalit alulle sitova Wnt proteiinin frizzled perheen reseptorin pinnalla kohdesolun ja päättyy muutos solun tilassa [24], [25]. APC2-proteiini vuorovaikutuksessa mikrotubuluksiin liittyvä proteiini, joka vaikuttaa beeta-kateniinin-välitteisen kasvun signalointi [24], [25]. Co-ilmentymistä EVL-proteiinin kanssa alfa-II spectrin vahvistaa solu-solu-vuorovaikutusta. Metylointi on EVL-geenin kaikki huonosti eriytetty kasvaimia viittaa siihen, että se on tekijä solun invasiivisuus [26]. STARD8 todettiin kasvaimia estävä geeni, joka estää syövän kasvua [27]. Se sijaitsee kromosomissa Xq13 ja koodaa DLC-3 (liittyvä Rho GTPaasi). Transfektio ihmisen rinta- ja eturauhassyövän solut DLC-3alpha ilmentämisvektoriin inhiboi solujen lisääntymistä, pesäkkeiden muodostumisen ja kasvun pehmeässä agarissa [27].

Tässä tutkimuksessa kartoitettiin näytteet AA ja Iranin potilaiden metylaation CAN geenien promoottorit. Oletimme, että CAN geenit inaktivoitiin kautta epigeneettisellä hiljentämisen ja voivat osoittaa selvästi metylaatio profiileja eri populaatioissa.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics lausunto

Tutkimus hyväksyi Howard University Institutional Review Board, ja kirjallinen lupa saatiin.

Tutkimuskanta, ja kasvain näytteet

yhteensä 102 CRC näytteitä käytettiin. Viisikymmentäyksi satunnaista CRC näytteet Iranin potilaista, palvelukseen sairaaloiden Shiraz University of Medical Sciences 2003-2005 ja 51 CRC näytteitä AA potilaista, palvelukseen Howard yliopistollisen sairaalan sovitettu sukupuolen, iän (± 5 vuotta) ja vaiheessa oli mukana tässä tutkimuksessa. Kaikki näytteet arvioitiin ja alistettiin histologiseen diagnoosiin asiantuntija patologia. Kudokset kerättiin (luvalla kaikkien edellä sivustojen Institutional Review Boards ja kliiniset tiedot saatiin (kuten rotu, ikä, sivusto primaarituumorin, vaihe, ja kasvaimen erilaistumiseen). Suvussa syöpää analysoitiin jättää nämä sukutauluihin jotka täyty Amsterdamin I tai Amsterdam II kriteerit.

Metylaatiospesifinen PCR

promoottori metylaatiostatuksen CAN geenien määritettiin, kuten aikaisemmin on kuvattu [28], [29], [30]. sekvenssit käytetyt alukkeet monistusta promoottorialueiden kunkin CAN geenit on lueteltu taulukossa 1. MS-PCR: t suoritettiin, kuten aiemmin on kuvattu (taulukko 1) [10]. MSP-alukkeet suunniteltiin käyttämällä ohjelmistoa kehitettiin Johns Hopkins University (www.mspprimers.org) [10], joka perustuu sekvenssit, jotka liittymistä numerot ja vastaavaa toimintoa on esitetty taulukossa 2. PCR-olosuhteet olivat seuraavat: hotstart Taq-polymeraasia (Qiagen) käytetään ensimmäisestä aktivaatiosta, ja denaturoinnin 95 ° C x 15 min, 35 sykliä [95 ° CX45 s; 60 ° C x 45 s; 72 ° C x 1 min] seurasi lopullinen pidennys 72 ° C x 10 min. In vitro metyloitua DNA ja metyloitumaton lymfosyytit DNA käytettiin positiiviset ja negatiiviset kontrollit, vastaavasti. Hehkutus lämpötila oli 56 ° C: ssa APC2 ja CD109 [10], vastaavasti, kun taas se oli 60 ° C: ssa kaikkien muiden geenien (taulukko 1).

DNA eristäminen ja MSI analyysi

Arkistoidut ja raikas kasvainkudospalasta leikattiin 5 um: kohdat Superfrost dioja (Fisher Scientific, Pittsburgh, PA). Kasvain ja tavanomaiset alueet todettiin patologi käyttäen H PTPRD ja STARD8 oli hypermetyloitunut naisilla (90% vs. 67%) ja (84% vs. 61%), tässä järjestyksessä.

ikä ja CAN-geenin metylaatio

Yhtään 13 geenit analysoitiin havaittu mitään vanhuusiän metylaatio profiili, vaikka ICAM5 ja CD109 osoitti ei-tilastollisesti merkitseviä eroja (taulukko 5). Tämä havainto on johdonmukainen sen kanssa, miten geenien valittiin ja tukee ajatusta, että suurin osa niistä on suunnattu metylointi on syöpää aiheuttava prosessi.

kasvain sijainti ja CAN-geenin metylaatio

Kymmenen analysoitu geeneillä on samankaltaisia ​​metylaatiotasoilla, riippumatta siitä, kasvaimen sijainnista (taulukko 5). Kuitenkin CD109, LGR6, ja ICAM5 näkyy korkeampia metylaatiotasoilla proksimaalisilta kasvaimia kuin distaalinen niistä. Metylointi taajuus CD109 oli 43% proksimaalisilta kasvaimissa vs. 21% distaalisessa kasvaimia. Nämä numerot ICAM5 oli 34% proksimaalisten ja 16% vuonna distaalisessa kasvaimia, vastaavasti (p 0,05). Sillä LGR6 geeni, erotus (51% vs. 33%) ei ollut tilastollisesti merkitsevä.

Kasvain erilaistumiseen ja CAN-geenin metylaatio

Vaikka 8 geenit näkyvät eri metylaatio profiileja eri tasoilla eriyttäminen vain kaksi osoitti tilastollisesti merkitseviä eroja (ICAM5 ja MMP2). Kuitenkin, ei ollut kirjeenvaihtoa kasvaimen etenemistä kohti huono erilaistumiseen (taulukko 5). Vain APC2 ja EVL geenit näkyvät korkeampi metylaation normaalissa etenemistä kasvaimen hyvin kohtalainen tai huono eriyttäminen, jossa APC2 geeni osoittaa 91%, 97% ja 100% ja EVL-geeni osoittaa 75%, 77%, ja 100%, vastaavasti. Nämä havainnot saattavat korostaa rooli näiden geenien kasvaimen erilaistumista prosessi.

kasvain vaiheessa ja CAN-geenin metylaatio profiili

Kahdeksan geenit osoittivat eri metylaatio profiileja eri kasvain vaiheissa, jossa LGR6 ja APC2 geenit näyttämällä tilastollisesti merkitseviä eroja, joilla on korkeampi metylaatio vaiheessa 1 ja alempi metylaation myöhemmissä vaiheissa, kun on kyse LGR6 ja alemman metylaatio vaiheessa 1 ja korkeammat metylaation myöhemmissä vaiheissa, kun on kyse APC2 (taulukko 5). Ainoa geeni, joka oli suurempi metylaation kehittyneempiä kasvaimen vaiheessa oli CD109, joka on metyloitu nopeudella 56%, 76%, ja 86% vaiheissa I, II ja (III + IV), vastaavasti.

MSI ja CAN-geenin metylaatio

MSI oli 28% ja iranilaiset ja 31% AA (taulukko 3), tässä järjestyksessä. Kaksitoista 13 testattujen geenien ei todettu eroja metylaatiotasoilla välillä MSI-H ja muiden MSI-H kasvaimia molemmissa populaatioissa. Poikkeuksena voitaisiin varten PTPRD geeni tilastollisesti merkittävää yhteyttä MSI-H (P 0,05) molemmissa populaatioissa (taulukko 5). Näin ollen, on olemassa mahdollisuus, että metylaatio on PTPRD liittyy MSI-H fenotyypin.

Population väestön vertailu

metylaatio profiilit vähintään 9-geenien kahden analysoitiin populaatiot oli vastaavia ilman merkittäviä eroja (taulukko 4 ja kuvio 1): APC2, SYNE1, EVL, MMP2, CD109, RNF182, PTPRD, stard, ja RET. Sillä LGR6 geeni, oli merkittävä ero, vaikka tilastollisesti merkityksetön, vuonna metylaatiotasoilla kanssa 31% vs. 49% vuonna iranilaiset ja AA, vastaavasti. Kolmen geenejä, nimittäin GPNMB, CHD5, ja ICAM5 oli tilastollisesti merkittäviä eroja Metylointilaitteistoon tasolla, AA näyttämällä suurempi metylaatiotasoilla kuin iranilaiset, 100%, 78%, ja 40% vs. 89%, 47%, ja 7,5 % kolmen geenit, vastaavasti (taulukko 4)

CHD5 ilmentymistä IHC, Differentiation ja kasvain Stage

Koska yksi laboratorion päätavoitteita on kysymyksen ratkaisemiseksi korkean ilmaantuvuus CRC AA ja, jotka perustuvat siihen, että CHD5 promoottori on erittäin metyloitu tässä potilasryhmässä ja näyttää olla mukana varhaisessa vaiheessa syövän synnyn kuin kromatiinin muokkaaja, analysoimme sen ilmentymiseen IHC validointiin metylointituloksia. Niistä 59 CRC tapauksissa analysoitaviksi, useita aiheita vaiheen I, II, III, ja IV olivat 14 (24,5%), 20 (35,1%), 21 (36,8), 2 (3,5%), ja 2 (puuttuva ), vastaavasti. Yleisesti ottaen ei ollut tilastollisesti merkitseviä eroja iän, sukupuolen, anatominen sijainti, CHD5 ilmaisutapoja kasvain vaiheessa (tuloksia ei ole esitetty). Expression of CHD5 (Fig. 2C) menetettiin 80% AA potilaista ja 52%: in Iranin potilailla, joilla on vaiheen II ja III sairaus, vastaavasti. Kuitenkin ero ei ollut tilastollisesti merkitsevä. Menetys CHD5 ilmaisun vastasi CHD5 metylaatio CRC. Sytoplasmisen ekspression CHD5 oli läsnä normaalissa paksusuolen epiteelisoluissa (Fig. 2A) verrattuna negatiiviseen kontrolliin ilman primaarista vasta-ainetta (Fig. 2B), mikä osoittaa vasta- aineen.

(A) Positiivinen CHD5 värjäystä nähtävissä kaikilla normaalin rauhasten biopsianäytteistä normaalista paksusuolen koepaloja (B) normaaleilla potilailla puute ruskea väri kertoo puuttuessa cytoplamic värjäytymisen CHD5 puuttuessa ensisijaisen vasta-aineen, (C) CRC potilailla ( 52%) tapauksista osoitti puuttuminen sytoplasmista värjäytymistä CHD5 että pahanlaatuisia epiteelisoluissa.

keskustelu

Epigeneettiset analyysi kasvainsolujen on merkittävä rooli ymmärtämisessä karsinogeenisia prosesseja ja kohdennettuja hoitomuotojen [7]. Sjöblom et ai. ovat sekvensoitiin tuhansien geenien 11 ensisijaisen rinta- ja paksusuolen kasvaimet ja päätteli, että jokainen kasvain on keskimäärin 14 geneettisiä muutoksia [11]. Myöhempi epigeneettisellä ja mutaation tutkimus [10] johti tunnistamiseen vaiennettu promoottorit, joista 13 vastaa CAN geenit analysoitiin tässä tutkimuksessa [11]. Päätimme tutkia niiden vaikutusta 13 geenien CRC kahdella eri näytettä populaatioissa. Meidän valinta 13 geenien perustui siihen, että ne on perustettu peräisin suurikapasiteettisten teknologia ja kattava tutkimus, jossa molemmissa solulinjoissa ja kliininen valkoinen paksusuolen näytteitä, jotka validoitiin käyttäen DNA normaalista ja syöpäkudoksessa [10], [11] , [33]. Tässä olemme analysoineet metylaatio profiilia näistä 13 geenien AA ja Iranin CRC, MSI tila ja ilmaisun IHC of CHD5, geenin epäillään alussa karsinogeenisia prosesseissa.

Suurin osa analysoitiin geenien olivat erittäin metyloitiin eri metylaation yhdestä geenistä toiseen ja yksi väestöstä toiseen. SYNE1, joka on synaptic ydinvoiman kirjekuori proteiinia koodaava, metyloitiin kaikissa tutkituissa näytteissä, kun taas RNF182 promoottori, joka koodaa etusormi proteiinia, metyloitavaa yhtään. Ei tiedossa toiminto RNF182 geeni on käytettävissä tasalla. SYNE1 proteiinin osoitettu olevan osallisena prosessissa sytokineesin [34], joissa tämä proteiini ja KIF3B proteiini helpottaa kertyminen membraanivesikkelien on karan keskiosalla.

metylaatio profiili analysoitiin geenien osoitettiin olevan riippumattomia ikään (taulukko 5). Vaikka on yleisesti metyloivan prosessi, joka on ikä riippuvainen eikä geeni /tautikohtaisten, saadut tulokset analysoidut geenit heijastavat merkitystä näiden geenien prosessissa karsinogeeninen riippuvaisten metylaatio. Nämä havainnot vahvistetaan se, että monet potilaat mukana tässä tutkimuksessa, varsinkin iranilaiset, ovat suhteellisen nuori (40 vuotta).

Vähintään neljä geenit osoittivat tason metylaation joka riippuu potilaan sukupuoli. Korkeampi metylaation miehillä havaittiin APC2 ja RET, kun taas korkeampaa metylaation naispotilaiden näytettiin varten PTPRD ja STARD8 geenejä (taulukko 5). Ainakin neljä geenejä (CD109, CHD5, LGR6, ja ICAM5) näytetään eri tasolla metylaation, riippuen kasvaimen sijainnista. Nämä geenit osoittivat alhaisempaa metylaation distaalisessa paksusuolessa. Tämä havainto on yhtäpitävä läsnäollessa laskeva metylaation kaltevuus proksimaalisesta distaaliseen paksusuolen. Korkeampi metylaation peräisin hyvin huonosti eriytetty kasvaimia havaittiin vain EVL-geenin promoottori. Bournier et ai. ovat osoittaneet, että co-ilmentymistä EVL-proteiinin kanssa alfa-II spectrin vahvistaa solu-solu-vuorovaikutuksen [26]. Metylointi on EVL geenin kaikissa huonosti eriytetty kasvaimia ja yli 75% hyvin ja kohtalaisesti eriytetty niitä lisää niiden invasiivisuus. Tätä päätelmää tukee se, että tämä geeni metylaatio kasvaa myös pitkälle kasvaimissa, joissa vain 65% vaiheen-I kasvaimia metyloitiin verrattuna 75%: iin vaiheessa IV. Näennäisesti vaiheessa riippuvaa metylaatio havaittiin LGR6, joka koodaa leusiinirikkaita repeat sisältävän G-proteiini- reseptori, ja on siten osallisena solujen lisääntymisen [13]. Kuitenkin tämä lasku metylaatiostatuksen vaiheesta I vaiheeseen IV (71%: sta 43%) ei voida selittää valossa tämän geenin toimivat lisääntymiseen promoottorin. APC2 vaiheessa riippuva metylaatio vaiheesta I vaiheeseen IV (82%: sta 97%) havaittiin myös, ja tämä voi olla sopusoinnussa kasvain suppressoriaktiivisuutta APC2 geenin CRC ja sen yhteys Wnt-reitin.

monimuuttuja analyysi vaikutuksen sekoittavat tekijät (site, erilaistuminen ja vaihe) on erilainen joukossa kaksi populaatioiden (taulukko 3). Ollakseen sekoittavien tekijöiden näistä muuttujista on korreloivat metyloinnin, too. Kuten taulukossa 5, ICAM5 korreloi erilaistumista ja sivuston samalla GPNMB ja CHD5 eivät liity mihinkään näistä muuttujista. Näiden tulosten perusteella, päällä ja erilaistuminen voi olla sekoitin rooli ICAM5. Ollakseen johdonmukainen ja täysihoidolla tilastollinen analyysi, olemme kehittäneet kolme logistinen regressio mallia käyttäen eteenpäin valinta jokaisen geenin riippuvaisen tekijän ja sivuston, väestö (iranilainen vs. AA), vaihe, ja erilaistumisen itsenäisinä tekijöitä. Kaikkien kolmen mallia AA edelleen merkittävä tekijä metylaation.

Metylointi profiili kaikkien paitsi yhden PTPRD geeni oli samankaltainen molemmissa MSI-H ja ei-MSI-H kasvaimet, vahvistaa jo vakiintunut erottaminen toisistaan CpG-saarekkeen methylator fenotyyppi (CIMP) ja mikrosatelliittimerkki epävakaus fenotyyppi paksusuolensyöpä kasvaimia. PTPRD-geeni koodaa proteiinia, joka on jäsen, proteiinityrosiinifosfataasi perheen molekyylejä, jotka säätelevät erilaisia ​​soluprosesseja, mukaan lukien solujen kasvua, erilaistumista, mitoottisen syklin, ja onkogeeninen transformaatio. Mori et ai. (2004) ovat jo osoittaneet, että PTPR tyyppi O on erittäin metyloitu MSI-H kasvaimia, vahvistamalla havainto [35].

populaatio-to-väestöön verrattuna paljastaa erilaisen metylaation profiilin välillä iranilaisia ​​ja AA: GPNMB (89 vs. 100%), CHD5 (47 vs. 78%), LGR6 (31 vs. 49%), ja ICAM5 (7,5 vs. 40%), jossa on vähintään 3 tilastollisesti merkitseviä eroja (GPNMB, CHD5 ja ICAM5) . GPNMB, tyypin I transmembraaninen glykoproteiini, osoittaa ekspressiota lowly metastaattisen ihmisen melanoomasolulinjat mutta ei näytä ilmentymistä erittäin metastaattinen solulinjat [36]. Tämä geeni ”tuote voi olla mukana kasvun viivästyminen ja vähentää metastaattisen potentiaalia. Siksi korkeamman metylointi tason GPNMB AA saattaa osittain selittää korkea aggressiivisuus ja nopea eteneminen paksusuolen kasvaimista AA. Tätä päätelmää vahvistaa myös se, että toinen geeni mukana etäpesäke, ICAM5, on erittäin metyloituja AA verrattuna iranilaisille. ICAM5 koodaa tyypin I trans- glykoproteiini, joka on jäsen, solujen välisen adheesiomolekyyli (ICAM) perhe. Korkea metylaatio taso ICAM5 vähentää solu-soluadheesion vastaavan tuumorisoluissa, lisää niiden invasiivista potentiaalia. Tämä havainto on sopusoinnussa GPNMB tuloksia, jotka johtavat kumulatiiviset vaikutukset, jotka lisäävät invasiivisuus ja metastaattista potentiaalia. Toisin GPNMB ja ICAM5, CHD-5 (chromodomain helikaasin DNA: ta sitovaa proteiinia 5) näyttää olevan osallisena alkupuolella tuumorigeenisia prosesseja chromatin remontin tason ja ohjaa tapahtumia, kuten leviämisen, apoptoosin, ja vanhenemista, kautta p19 (ARF) /p53 polku [37]. Metylointi taso tämän geenin AA (78% vs. 47% vuonna iranilaisia) saattaa heijastaa korkean esiintyvyyden paksusuolensyöpä AA. Todellakin, kromatiinin muutos vaikuttaa ilmaisun profiileja monien geenien kerralla ja vaikuttaa nopea kasvaimen edistymistä. Viimeaikaiset julkaisut ovat osoittaneet, että AA koolontuumoreissa näyttää poikkeava globaali histoni (H3, ja H4) asetylointi ja HDAC2 ilmaisun [38]. Hypermetylaatiota ne geenit, jotka osoittivat samankaltaisuuksia kahden populaation voi olla varhainen hiljentäminen merkkiaine CRC aloittamista.

perusteella saadut tulokset ja ominaisuudet tunnetaan AA CRC, CAN geenien metylointi tulokset tukevat voimakkaasti metyloitu CHD5 ja ICAM5 in AA kasvaimissa osoittaen näkyvä rooli CHD5 ja ICAM5. Oli johdonmukaista seurausta välillä CHD5 metylaatio ja puute CHD5 proteiinin ilmentymisen käyttäen IHC (Fig. 2). Lisäksi ilmaisun ja toiminnallinen analyysi näistä geeneistä on tärkeä näkökulma tätä työtä, että aiomme käsitellä tulevaisuudessa. Äskettäin CHD5 on kutsuttu tuumorisuppressorigeeniä, mikä tukee vaatimuksen epigeneettisellä hiljentäminen [39] ja sen IHC ilmentymisanalyysiä. Metylaatio CHD5 on osallistuva tekijä esiintyi enemmän CRC AA yhdessä muiden mittareiden (geneettiset ja epigeneettiset). Erot ruokavalion, ympäristö-, ja molekyyligenetiikan tekijät voivat myös olla rooli [2], [40], [41], [42]. Rotujen erot on havaittu lipoksigenaasin polymorfismien [43], mikrosatelliittien epävakaus [44], folaattimetabolisten geenipolymorfismien [45], ja D-vitamiinin reseptorin haplotypes [39], [46].

CAN geenit voivat olla kutsutaan CIMP markkereita, koska ei ole sovittu standardia CIMP lista ja eri laboratoriot ovat eri CIMP geenien luettelon [12], [47], [48], [49], [50].

Yhteenvetona , tutkimuksemme vahvistaa hypermetylaation syövän kandidaattigeenejä biomarkkereina ja korkeamman metylaation profiilia GPNMB, ICAM5, ja CHD5 geenien AA havaittiin. Siksi tämä saattaa selittää jossain määrin yleisyydestä ja aggressiivisuudesta CRC AA. Saat kokonaiskuvan epigeneettiset prosessien paksusuolen tuumorigeneesiä näissä potilasryhmissä, perusteellisen analyysin sekä väestön kasvaimia ehkä tehdä pysyviä solulinjoja käyttämällä aineita kohteena sekä koko genomin metylaatio ja /tai kromatiinin muutos estäjien seuraa ero microarray ilmaisun tutkimukset.

Kiitokset

Haluamme kiittää Mohammad Daremipouran käynnissä joitakin metylaatiomääritystä.