Krooninen sairaus

tiivistelmä

kromosomi 8q24 yleisesti monistetaan monissa syöpätyyppien, erityisesti keuhkosyöpä. Polymorfismit tällä alueella liittyvät riskiä eri syöpien. Tutkia suhdetta kolme yhden nukleotidin polymorfismit (SNP: t) (rs1447295, rs16901979 ja rs6983267) päälle 8q24 ja keuhkosyövän riskiä, ​​teimme yhdistyksen tutkimuksen kahdessa han-kiinalaisten populaatiot: yksi populaatio oli Zhejiang Province (576 tapauksessa potilasta ja 576 ohjaus aiheet), kun taas toinen oli Fujianin maakunnassa (576 tapauksessa potilasta ja 576 verrokkien). Huomasimme, että rs6983267 merkitsevästi liittyy suurentunut riski sairastua keuhkosyöpään molemmissa populaatioissa. Verrattuna TT genotyyppi, GG-genotyyppi liittyy merkittävä 1,555-kertainen riski sairastua keuhkosyöpään [95%: n luottamusväli (CI) 1,218-1,986,

P

= 4,0 × 10

-4 ]. Tämä vaikutus oli selvempi koskaan tupakoimattomilla [kerroinsuhde (OR) = 2,366, 95% luottamusväli 1,605-3,488,

P

= 1,4 × 10

-5]. Analyysit stratifioitu histologia paljasti, että rs6983267 GG-genotyyppi liittyy eniten potilailla, joilla on muita histologisia tyyppejä (OR = 3,012, 95% luottamusväli 1,675-5,417,

P

= 2,3 × 10

-4). AA genotyyppi rs1447295 liittyi suurentunut riski adenokarsinooma verrattuna CC-genotyyppi (OR = 2,260, 95% luottamusväli 1,174-4,353,

P

= 0,015). Lisäksi GG genotyyppi rs6983267 liittyi huonompi selviytyminen Zhejiang väestöstä (riskisuhde (HR) = 1,646, 95% luottamusväli 1,099-2,464,

P

= 0,016). Yhteyttä ei ole havaittiin rs16901979. Nämä tulokset viittaavat siihen, että geneettiset variaatiot 8q24 voi olla merkittävä rooli kehittymistä ja etenemistä keuhkosyöpään.

Citation: Zhang X, Chen Q, hän C, Mao W, Zhang L, Xu X, et al. (2012) polymorfismit on 8q24 liittyy Lung Cancer Risk ja Survival in Han-kiinalaisia. PLoS ONE 7 (7): e41930. doi: 10,1371 /journal.pone.0041930

Editor: Georgina L. Hold, University of Aberdeen, Yhdistynyt Kuningaskunta

vastaanotettu: toukokuu 10, 2012; Hyväksytty: 29 Kesäkuu 2012; Julkaistu: 27 heinäkuu 2012

Copyright: © 2012 Zhang et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat avustusta Taizhou Science and Technology Agency (111ky07-7). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Keuhkosyöpä on edelleen suurin syy syöpään liittyvät kuolemat sekä miehillä että naisilla kaikkialla maailmassa. Kiinassa, keuhkosyöpä osuus 536407 uutta syöpätapausta ja 475768 kuolemia rekisteröity vuonna 2005 [1]. Viime vuosikymmeninä ilmaantuvuus ja kuolleisuus keuhkosyöpään on selvästi kasvanut johtuen väestön ikääntymisen ja jatkuva kasvu tupakan kulutus Kiinassa [1], [2], [3], [4]. Vaikka tupakointi on suurin syy keuhkosyöpään ja muodostaa yli 80% tapauksista [5], vain pieni osa tupakoitsijoista keuhkosyövän. Tämä havainto osoittaa, että geneettiset tekijät vaikuttavat myös keuhkosyövän riskiä. Vaikka on pyritty tunnistamaan geneettiset tekijät keuhkosyövän, nykyinen tietämys arvioida keuhkosyövän riskiä edelleen vähäistä.

Viime aikoina jotkut genomin laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS) ovat havainneet, että variantit kromosomista 8q24 ovat liittyvä riskin useiden syöpien, kuten rinta-, eturauhas-, virtsarakko-, kolorektaali-, ja munasarjojen syöpien joukossa useita tutkimus populaatiot [6], [7], [8], [9], [10], [11], [12 ], [13], [14], [15], [16], [17]. Lisäksi variantit on 8q24 on havaittu liittyvän alttiuteen ylemmän ruoansulatuskanavan syöpään [18], [19], [20], osteosarkooma [21], kilpirauhassyöpä [22], [23], [24], ja aivosyöpä [25]. Tämä alue kattaa noin 600 kb: n ja pidetään geenin huono alue, jossa on suhteellisen vähän ennustettu geenejä, mukaan lukien DQ486513, CB104826, ja DQ515897 sekä pseudogeeniä POU5F1P1. Proto-onkogeeni v-myc myelocytomatosis viruksen onkogeenin homologi (linnun) (MYC) on määritetty olevan syöpään liittyvien geenin lähinnä alueella liittyy syövän GWAS. Transkription parantajia tällä alueella ovat osoittautuneet fyysisesti vuorovaikutuksessa MYC promoottori [26], [27] ja mahdollisesti vaikuttaa syöpään liittyvän variantteja [28].

Kolme vierekkäistä genomista lohkojen (alueet 1-3 ) on 8q24 on liitetty eturauhassyövän riskiä [29]. Merkittävin yksittäinen nukleotidin polymorfismien (SNP: t) ovat rs1447295 alueen 1, rs16901979 alueella 2, ja rs6983267 alueella 3 [29]. Nämä SNP ja muita 8q24 variantteja on validoitu myöhemmissä assosiaatiotutkimuksilla. Lisäksi nämä SNP: t on havaittu olevan yhteydessä muihin syöpiin [8], [9], [18], [19], [20], [21], [30]. Koska 8q24 kromosomaalisen alueen on yleisesti monistetaan keuhkosyövän kudoksissa [31], [32], [33], [34], geneettisiä variantteja on 8q24 voi liittyä keuhkosyöpä herkkyys. Lisäksi SNP: t on 8q24 voi vaikuttaa ekspressiotasot syöpään liittyvien geenien [26], [27], [35], joiden uskotaan rooleja keuhkosyöpä karsinogeneesissä. Tässä tutkimuksessa, valitsimme yhden SNP kultakin alueelta on arvioitava mahdollisuudet yhdistys näiden SNP keuhkosyöpä Han kiinalaisia.

Tulokset

Väestön ominaispiirteet

ominaisuudet keuhkosyöpä potilaat ja verrokkien ilmoittautunut tässä tutkimuksessa on esitetty yhteenvetona taulukossa 1. enemmän miehiä kuin naisia ​​joukossa tapauksessa potilaiden ja verrokkien, mutta sukupuoli eroja näiden ryhmien eivät olleet merkittäviä (

P

0,05). Histologinen keuhkosyövän kahden potilasryhmät eivät merkittävästi eroa (

P

0,05), mutta merkittäviä eroja vaiheessa ja laatu havaittiin (kaikki

P

0,05).

Association analyysi rs1447295, rs16901979, ja rs6983267 on 8q24

genotyyppi jakaumat SNP rs1447295, rs16901979, ja rs6983267 olivat Hardy-Weinberg tasapaino (HWE) molemmissa tapauksissa ja valvontaa. Vuonna Koepakettia, taajuus rs6983267 GG-genotyyppi oli selvästi suurempi keuhkosyöpäpotilaita (24,9%) kuin verrokeilla (20,5%) (taulukko 2). GG-genotyyppi liittyi hieman korkeampi riski [kerroinsuhde (OR) = 1,532, 95%: n luottamusväli (CI) 1,090-2,153,

P

= 0,014]. Vastaavasti validointi asetettu, rs6983267 GG-genotyyppi liittyi 1,591-kertainen riski sairastua keuhkosyöpään (

P

= 0.010). Vaikka ei tilastollisesti merkittävä, rs6983267 GT genotyyppi myös lisääntynyt riski sairastua keuhkosyöpään (

P

= 0,062). Kuitenkin, ei ollut merkittäviä eroja kahden jäljellä SNP (rs1447295 ja rs16901979) ja keuhkosyöpää molemmissa populaatioissa. Lopullinen yhdistetty analyysi osoitti, että rs6983267 GG-genotyyppi (OR = 1,555, 95% CI = 1,218-1,986,

P

= 4,0 × 10

-4) ja GT genotyyppi (OR = 1,311, 95% CI = 1,066-1,613,

P

= 0,01) liittyi merkitsevästi suurentunut riski sairastua keuhkosyöpään. Kun GG ja GT genotyypit yhdistettiin, ero pysyi tilastollisesti merkitsevä (OR = 1,386, 95% CI = 1,141-1,684,

P

= 0,001). Lisäksi yhdistysten pysyi merkittävän jälkeenkin Bonferroni korjauksen (eli

P

0,05 /3 = 0,0167).

analyysit ositettiin histologia käyttäen yhdistettiin tapaus-verrokki setit osoitti että rs1447295 AA genotyyppi sekä rs6983267 GG ja GT genotyypit liittyy heikko mutta merkittävä kasvu riskiä adenokarsinooma oikaistu ikä, sukupuoli, ja tupakointi (OR = 2,260, 95% luottamusväli 1,174-4,353,

P

= 0,015; OR = 1,330, 95% luottamusväli 1,003-1,763,

P

= 0,048; OR = 1,327, 95% luottamusväli 1,049-1,679,

P

= 0,018, vastaavasti) (taulukko 3). Rs6983267 GG-genotyyppi liittyy levyepiteelisyövän riski (OR = 1,775, 95%

CI

1,201-2,625,

P

= 0,004). Lisäksi yksilöiden rs6983267 GG tai GT-genotyyppi oli merkittävästi suurentunut riski muun tyyppisiä keuhkosyöpä (OR = 3,012, 95% luottamusväli 1,675-5,417,

P

= 2,3 × 10

-4 TAI = 1,986, 95% luottamusväli 1,157-3,408,

P

= 0,013, tässä järjestyksessä), mukaan lukien adenosquamous karsinooma ja erilaistumaton karsinooma. Ei kuitenkaan yhdistys havaittiin rs16901979.

perehtyi assosiaatio kolmen SNP ja keuhkosyöpää ositettu tupakointikäyttäytymistä kaikilla yksilöillä (taulukko 4). Rs6983267 GG-genotyyppi liittyi merkitsevästi suurempi riski sairastua keuhkosyöpään on koskaan tupakoineet, mutta ei yhdistys havaittu entisten ja nykyisten tupakoineet. Lisäksi oli lievää, mutta merkittävää eroa taajuus rs6983267 GT genotyypin tapausten ja kontrollien välillä nykyisissä tupakoimattomilla (OR = 1,446, 95% luottamusväli 1,032-2,027,

P

= 0,032). Kuitenkin, ei ollut merkittävää vuorovaikutusta tupakoinnista ja genotyyppi on keuhkosyöpä alttius. Koska määrä entisiä-tupakoitsijoita tässä tutkimuksessa oli pieni ja taajuus rs1447295 AA genotyyppi oli alhainen, yhdistimme AA ja AC genotyyppiryhmien yhdeksi. Logistinen analyysi paljasti, että AA ja AC kokonaismäärä oli pienempi riski sairastua keuhkosyöpään kuin CC-genotyyppi (OR = 0,478, 95% CI +0,254-+0,898,

P

= 0.022). Mitään muuta merkittävää yhteyttä ei havaittu rs16901979 ja keuhkosyövän riskiä, ​​stratifioituna tupakointi tila.

Association of rs1447295, rs16901979, ja rs6983267 pelastautumiskoulutukseen

Kaikki potilaat, joilla keuhkosyöpä sisällytettiin selviytymisen analyysiin. Saat rs6983267, yhdistys keuhkosyöpä eloonjäämistä havaittiin Zhejiang väestöstä. Yksilöillä, joilla oli GG-genotyyppi, oli keskimääräinen elinaika (MST) oli 17,6 kuukautta, joilla GT genotyyppi oli MST 18,6 kuukautta, ja ne, joilla on TT genotyyppi oli MST 24,4 kk (log-rank testi,

P

= 0,036) (kuvio 1A). Coxin suhteellisten riskien mallia, huomasimme, että riskisuhde (HR) oli merkitsevästi suurempi henkilöille, joilla oli GG-genotyyppi verrattuna TT genotyypin jälkeen ikä-, sukupuoli, tupakointi asema, kasvain vaiheessa histologian ja histologinen arvosana ( HR = 1,646, 95% CI 1,099-2,464,

P

= 0,016) (taulukko 5). Selviytyminen oli huono erityisesti potilaille, joilla on vaiheen III tai IV kasvain (HR = 1,993, 95% luottamusväli 1,128-3,521,

P

= 0,018) (kuvio 1 B). Mitään muuta SNP todettiin liittyvän selviytymistä. Ei yhdessä selviytymisen Fujianin väestön havaittiin.

A: all keuhkosyöpäpotilaita. B: potilaat, joilla on vaiheen III-IV kasvaimet.

Keskustelu

Tässä tutkimuksessa tutkimme onko SNP kromosomissa 8q24 liittyvät alttiuteen rinta-, eturauhas-, virtsarakko- , peräsuolen, kilpirauhasen, ja munasarjojen syöpien [6], [7], [8], [9], [10], [11], [12], [13], [14], [15], [16 ], [23] liittyy myös riski sairastua keuhkosyöpään Han Chinese populaatioissa. Huomasimme, että GG genotyypin rs6983267 merkitsevästi yhteydessä lisääntyneeseen keuhkosyövän riskiä ja laski eloonjääntiä han-kiinalaisten.

8q24 poikkeavuus on yleinen tapahtuma keuhkosyövän [31], [32], [33] , [34]. MYC, paikallistaa 8q24.1, on vakiintunut onkogeeni osallisena solujen kasvua, lisääntymistä, erilaistumista ja apoptoosia. Vapautettiin yliekspressio MYC on vastuussa monenlaisten ihmisen syövissä. Rs6983267 sijaitsee 335 kb ylävirtaan MYC geenistä. Viimeaikaiset tutkimukset ovat osoittaneet, että rs6983267 karttoja transkriptiotekijä 7 kaltainen 2 (TCF7L2) motiivi ja lomakkeet pitkän kantaman vuorovaikutuksia MYC [27], [36]. Verrattuna T alleelin rs6983267, G-alleelin on raportoitu olevan vahvempi TCF7L2 sitovia in vitro ja in vivo ja parantaa Wnt toimintaa [36], [37]. Lisäksi monet tutkimukset ovat osoittaneet, että GG genotyyppi rs6983267 liittyy huomattavasti suurempi riski useita syöpiä [9], [30], [38]. Park et al. [20] ei ilmoittanut yhdistyksen välillä rs6983267 (OR = 1,02,

P

= 0,80) ja keuhkosyöpää, mutta totesi, että GG-genotyyppi lisäsi keuhkosyövän riskiä yhä tupakoimattomilla (OR = 1,45,

P

= 0,024). Wokolorczyk et ai. [38] tarkasteltiin 738 keuhkosyöpään sairastuneen ja 1910 verrokkien ja totesi, että rs6983267 GG-genotyyppi ei ollut merkitsevää yhteyttä keuhkosyövän riskiä verrattuna TT genotyyppi (OR = 0,98,

P

= 0,9). Tämä yhdistys ei ole arvioitu Chinese. Tässä tutkimuksessa tutkimme kolme SNP (rs1447295, rs16901979 ja rs6983267) ja totesi, että vain rs6983267 merkitsevästi liittyy suurentunut riski sairastua keuhkosyöpään Han kiinalaisia. Nämä löydökset olivat eroaa aiemmista tutkimuksista, joissa ei ollut merkittäviä korrelaatioita rs6983267 ja keuhkosyövän [20], [38]. Koska vaikutus alhaisen penetraation alttius geenin sairauksien riskiä voidaan modifioida muiden geenien sekä ympäristötekijöiden, etninen geneettisen taustan eroista ja eri riskitekijät voivat selittää, jossain määrin, poikkeava tuloksia. Lisäksi rs6983267 oli tärkeintä liittyvät muiden histologisia keuhkosyöpään, jota seuraa okasolusyöpä, ja heikosti mutta merkittävästi liittyy adenokarsinooma. Nämä tulokset osoittivat, että erilaiset mekanismit voivat olla molekyyli- synnyssä eri histologisia tyyppejä keuhkosyöpään.

Altistuminen tupakansavulle karsinogeeneja voivat aiheuttaa vakavia DNA-vaurioita ja siten edistää kasvainten muodostumista. Tässä tutkimuksessa havaittiin, että lisääntynyt riski sairastua keuhkosyöpään kanssa rs6983267 GG-genotyyppi oli selvempi keskuudessa tupakoimattomien, kun taas mitään merkittävää korrelaatioita löydettiin virta- ja entinen tupakoineet. Yksi mahdollinen selitys tälle on se, että koskaan tupakoineet voi todennäköisemmin ovat altistuneet tuntemattomia riskitekijöitä keuhkosyöpä, kuten ympäristömyrkkyjen. Saattaa olla eri syövän synnyn välisiä koskaan ja virta- /former- tupakoitsijat. Tuloksemme poikkeaa edellisen tutkimuksen, jossa rs6983267 GG oli riskitekijä yhä tupakoitsija [20]. Eri tutkimus väestön ja analyyttisiä lähestymistapoja voisi selittää ristiriitaisia ​​tuloksia. Lisäksi löysimme merkittävä assosiaatio A alleelin rs1447295 alhaisella keuhkosyövän riskiä entisessä tupakoimattomilla. Kuitenkin Park et al havaitsivat, että tämä alleeli liittyi suurempi riski maksasyövän yhä tupakoimattomilla [20]. Koska määrä entisiä-tupakoitsijoita tässä potilasryhmässä oli hyvin pieni tapaus-control yhdistys tutkimuksessa, meidän havainnot A alleelin rs1447295 todennäköisimmin vääriä positiivisia johtuen monivertailuja. Varovaisuutta on noudatettava tulkittaessa tähän tulokseen, vaikka se on tilastollisesti merkitsevä. Lisätutkimukset suurempi määrä aiheita tarvitaan vahvistamaan näitä havaintoja.

MYC vahvistus on osoitettu korreloivan huonon ennusteen potilailla keuhkosyöpä [31], [32], [34]. Koska riski alleeli rs6983267 G on osoitettu olevan vahvempi affiniteetti TCF7L2 ja saattavat aiheuttaa tehostetun MYC ilmaisun [27], [36], rs6983267 saattaa liittyä selviytymisen potilailla, joilla on keuhkosyöpä. Tässä tutkimuksessa havaitsimme, että rs6983267 GG-genotyyppi liittyi selvästi huonompi selviytyminen Zhejiang väestöstä. Tämä vaikutus oli huomattavampi potilailla, joilla on vaiheen III tai IV kasvain. Tämä tulos on sopusoinnussa toiminnalliset seuraukset polymorfismi. Sitä vastoin ei ole assosioitunut rs6983267 ja selviytymistä Fujian väestöstä. Osa tästä erot voidaan selittää erillisten prosenttiosuudet taudin vaiheen ja histologinen luokka sekä erilaiset hoitomuodot käytetty. Cicek et ai. tutkittiin 393 potilasta paksusuolen syöpä ja ei havaittu yhteyttä rs6983267 ja selviytymisen [39]. Kuitenkin, Dai et ai. tutkittiin 170 potilasta, joilla peräsuolen syöpä ja totesi, että T-alleeli liittyi elinajan [40]. Nämä tulokset viittaavat siihen, että monimutkaisempi tai kasvainspesifisen suhde voi olla olemassa. Kuten tutkimus rajoittui Han-kiinalaiset keuhkosyöpä, tulokset eivät ehkä ole yleistettävissä muihin etnisten ryhmien. Lisäksi otoskoko hengissä analyysi oli suhteellisen pieni, jolloin kehotukset syytä tulkita varoen meidän tuloksia. Lisätutkimuksia suuremmassa väestöryhmä on tarpeen selventää tätä suhdetta.

Yhteenvetona havainnot Tutkimuksemme osoittavat, että SNP on 8q24 liittyvät alttiuteen keuhkosyöpää Han-kiinalaisia. Lisäksi rs6983267 GG-genotyyppi liittyy huono selviytyminen Zhejiang väestöstä. Tietääksemme tämä on ensimmäinen tutkimus, joka tutki mahdollisia assosiaatioita SNP on 8q24 ja keuhkosyövän populaatiossa Itä Kiinasta. Muita suuria tutkimukset ovat perusteltuja parantaa ymmärrystämme osuudet geneettisten tekijöiden keuhkosyöpää.

Materiaalit ja menetelmät

Oppiaineet

Tässä tutkimuksessa teimme yhdistys tutkimus kaksi erillistä sarjaa aiheista. Koepakettia sisältyi 548 keuhkosyöpään sairastuneen ja 556 verrokkien. Tapaus potilaat oli diagnoosi keuhkosyöpään vahvisti histologian ja rekrytoitiin Taizhou keskussairaala, Zhejiang, vuosina 2003 ja 2010. syöpä-vapaa verrokeilla oli sairaalassa kävijöistä tuli terveystarkastukseen klinikan vuosittain check-up välillä 2007 ja 2010. validointi joukko koostui 453 keuhkosyöpäpotilaita ja 507 verrokkien välillä Fujianin maakunnassa. Tapaus potilaat olivat peräkkäisen Histologisesti vahvistettu keuhkosyöpä ilmoittautunut Fuzhou Keuhkojen Hospital vuosien 2008 ja 2010 verrokeilla olivat syöpää vapaa yksilöitä valitaan poolin terveillä vapaaehtoisilla, jotka kävivät sairaalassa vuosina 2008-2010. Epidemiologiset tiedot kerättiin koulutettu haastattelijat, jotka eivät olleet tietoisia ryhmätyöt käyttäen erityistä standardoitua kyselylomakkeen saada yksityiskohtaista tietoa osallistujien demografiset tekijät, henkilökohtaiset tottumukset, sairaushistoria, suvussa syöpää, sekä historia työ- ja ympäristön altistumisen . Tutkimushenkilöt luokiteltiin kolmeen ryhmään niiden tupakoinnista. Koskaan tupakoineet olivat niitä, jotka ilmoittivat, että he olivat savustettu alle 100 savuketta elinaikanaan ja ei virtaa tupakoitsijoita. Tupakoitsijat luokiteltiin entiset tupakoitsijat ja tupakoijilla. Entinen-tupakoitsijoita olivat ne, jotka ilmoitetaan tupakoinnin vähintään 100 savuketta elinaikanaan eivätkä nykyiset tupakoimattomilla, kun taas nykyinen-tupakoitsijoita olivat niitä, jotka kertoivat, että he olivat vielä tupakointia aikaan niiden keuhkosyöpään diagnoosin. Yksilöt, joilla tiedetään olevan suvussa syöpä, on ollut jokin syövän muuta kuin keuhkosyöpä, tai metastasized syöpä muista tai tuntematon alkuperä suljettiin pois. Ohjaus koehenkilöiden taajuus sovitetaan tapauksessa potilaille perustuu sukupuoleen ja ikään (± 5 vuotta). Kaikki tapauksessa potilaat ja verrokkien eivät liittyneet etnisen Han-kiinalaisia. Tutkimus hyväksyi eettisten komiteoiden Taizhou keskussairaalan ja Fuzhou Pulmonary Hospital, ja kirjallinen suostumus saatiin kaikki osallistujat ennen tutkimusta.

päätepiste oli kokonaiselossaoloaika alkuperäisestä histologiseen diagnoosin. Potilaat, jotka olivat elossa tai kadonnut seuranta sensuroitiin mennessä viimeinen kosketus. Ne, jotka kuolivat muista syistä sensuroitiin mennessä heidän kuolemaansa. Lisäksi potilaat menettivät seurata ensimmäisenä vuonna jätettiin analyysin ulkopuolelle.

genotyypin

Verinäytteet kerättiin kaikista TET. Genominen DNA uutettiin käyttämällä Universal genomista DNA Extraction Kit Versio 3.0 (Takara, Dalian, Kiina) mukaan valmistajan protokollan, ja DNA-näytteet säilytettiin -20 ° C: ssa.

valitaan vahvin yhden -alueella SNP: jokaisesta kromosomialueeseen: rs1447295 alkaen alue 1, rs16901979 peräisin alueelta 2, ja rs6983267 peräisin alueelta 3. Genotyping suoritettiin polymeraasiketjureaktiolla-ligaa- tunnistus (PCR-LDR) menetelmällä. Alukkeet suunniteltiin ohjelmallisesti Primer 3 (https://frodo.wi.mit.edu/primer3/input.htm). Kolme alukeparia ovat seuraavat: 1) rs1447295: 5′-GCCTACGCCTACTCCTGGTCT-3 ’(eteenpäin) ja 5′-CTCCCAGATTTTCCCATACCC-3′ (taaksepäin); 2) rs16901979: 5’-AGTGTGGGGTCTTTGTTGTGG-3 ’(eteenpäin) ja 5’CAGCAGTCTCCCTGTCTTTGG-3’ (reverse); 3) rs6983267: 5’ATGAAGGCGTCGTCCAAATGA -3 ’(eteenpäin) ja 5’TTGGCTGGCACTGTCTGTATA -3’ (taaksepäin). Monistusreaktiot suoritettiin lopullisessa reaktiotilavuudessa 15 ui, joka sisälsi 0,3 mmol /l kutakin deoksinukleosiditrifosfaattia, 10 mmol /l Tris-HCI: ää, 50 mmol /L KCI, 2 mmol /L MgCI2: ta, 20% Q-liuosta (Qiagen, Hilden, Saksa), 0,16 umol /l kutakin aluketta, 10 ng genomista DNA: ta, ja 1 U Taq (TaKaRa, Dalian, Kiina). Pyöräily parametrit olivat: 94 ° C 3 min, jota seurasi 10 sykliä 94 ° C 30 s, 64 ° C: ssa 30 s ja 0,5 ° C askelvähennys hehkutus lämpötila kierrosta kohden, ja 72 ° C: ssa 30 s, jota seurasi 30 sykliä 94 ° C 30 s, 59 ° C: ssa 30 s ja 72 ° C: ssa 30 s, ja lopullinen ekstensiovaihe 72 ° C: ssa 5 min. Sen jälkeen vahvistus, PCR-tuotteet inkuboitiin 2 U katkaravun alkalisella phosophatase (Fermentas, Vilna, Liettua) ja 4 U eksonukleaasi I (Fermentas, Vilna, Liettua) 37 ° C: ssa 1 tunnin ajan, ja sitten denaturoitiin 95 ° C: ssa 10 minuutin ajan .

LDR alukkeet olivat: 1) rs1447295: 5′-GTGCCATTGGGGAGGTATGTAAAAA-3 ’(A aluketta), 5′-TTTGTGCCATTGGGGAGGTATGTAAAAC-3′ (C aluke) ja 5′-GTGCTATGGAAAAAAAGCAACAGGA-FAM-3 ”(yhteiset FAM leimattu 3′-pään aluke); 2) rs16901979: 5’-TTTTTGTTAATGATTTAGCATTACTTATA-3 ’(A aluketta), 5′-TTTTTTTTGTTAATGATTTAGCATTACTTATC-3′ (C aluke) ja 5’-TCTGGCAAATGGTATTTTTGAGATATTT-FAM-3 ’(yhteinen FAM leimatun 3′-pään aluke); 3) rs6983267: 5’-TTTTTTTTTCCTTTGAGCTCAGCAGATGAAAGG-3 ’(G spesifistä aluketta), 5′-TTTTTTTTTTTTCCTTTGAGCTCAGCAGATGAAAGT-3′ (T aluke) ja 5’-CACTGAGAAAAGTACAAAGAATTTTTTTTTTT-FAM-3 ’(yhteinen FAM leimatun 3’-pään aluke). Seosta, joka sisälsi 7,5 pmol kutakin yhteistä FAM leimattu LDR aluketta fosforyloitiin 15 ui kinaasireaktioseosta sisälsi 1 x T4-ligaasia puskurissa ja 10 yksikköä T4-kinaasia (Takara, Dalian, Kiina). Seosta inkuboitiin 37 ° C: ssa 1 h, mitä seurasi 10 min 65 ° C: ssa ja säilyttää 4 ° C: ssa. LDRs tehtiin lopullisessa tilavuudessa 20 ui, mukaan lukien 9 ui puhdistettua PCR-tuotetta, 1 x Taq DNA-ligaasi-puskuria, 250 fmol kutakin LDR aluketta, 8 U Taq-DNA-ligaasia (New England Biolabs, Beverly, Mass, USA). LDR parametrit olivat seuraavat: 30 sykliä 30 s 94 ° C: ssa ja 4 min 55 ° C: ssa. LDR-tuotteet analysoitiin ABI 3730 DNA-analysaattori (Applied Biosystems, CA, USA).

Yhdeksänkymmentä kuusi satunnaisesti valittua näytettä reevaluated DNA-sekvensoinnilla vahvistaa tarkkuutta PCR-ligaa- detektioreaktiossa genotyypitys menetelmässä tulokset, jotka olivat yhdenmukaisia ​​genotyypit tunnistaa suoralla sekvensoinnilla. Lisäksi 96 satunnaisesti valittua näytettä genotyypattiin kahtena ja tuotti samat tulokset (100% toistettavuus).

Tilastollinen

Keinot määrällisten muuttujien verrattiin Studentin

t

testi. Fisherin Chi-square testiä käytettiin vertaamaan kategorisen muuttujien välillä tapauksessa potilaiden ja verrokkien. HWE laskettiin Chi-neliö testi hyvyyttä sekä potilaiden ja kontrolliryhmiin. Korjaus useita testaus toteutettiin käyttäen Bonferronin menetelmällä. Arvioida suhdetta 3 SNP ja keuhkosyövän riskiä, ​​syrjäisimpien alueiden ja niiden 95% CI arvioitiin monimuuttuja logistista regressioanalyysiä, säätää iän, sukupuolen, ja tupakointi, arvioida suhdetta kunkin kolmen SNP ja riskiä keuhkosyöpään. Survival-analyysi suoritettiin käyttäen Kaplan-Meier menetelmä log-rank-testi. Coxin suhteellisten riskien mallia käytettiin myös säätää ikä, sukupuoli, tupakointi, kasvain vaiheessa histologia, ja histologinen luokka.

P

0,05 katsottiin tilastollisesti merkitsevä. Kaikki testit olivat kaksipuolisia, ja kaikki tilastolliset analyysit suoritettiin SPSS 17.0 ohjelmistopaketti (SPSS Inc., Chicago, USA).