Krooninen sairaus

tiivistelmä

ilmaantuvuus peräsuolen syöpä (CRC) kasvaa iän ja nuorella iällä tarkoittaa suurempaa todennäköisyyttä geneettinen taipumus tähän sairauteen. Somaattiset genetiikka kasvaimen kehitystä suhteessa potilaan ikään edelleen enimmäkseen tuntemattomia. Olemme tutkineet mutaatiostatus viisi tunnettujen syövän kriittisiä geenejä suhteessa ikä diagnoosin, ja verrattiin genomiseen monimutkaisuus kasvainten nuoriin verrattuna ilman tunnettua CRC oireyhtymät tarkoin vanhuksilla. Niistä 181 CRC potilaita, stratifioituna mikrosatelliittien epävakaus tila, DNA-sekvenssi muutoksia havaittiin

KRAS

(32%),

BRAF

(16%),

PIK3CA

(4 %),

PTEN

(14%) ja

TP53

(51%). Potilailla nuorempi kuin 50 vuotta (n = 45),

PIK3CA

mutaatioita ei todettu ja

TP53

mutaatiot olivat yleisempiä kuin vanhemmissa ikäryhmissä. Yhteenlaskettu geenimutaatio-indeksi oli pienin kasvaimia nuorin potilaista. Sen sijaan genomin monimutkaisuuden, arvioidaan kopioluvun kromosomipoikkeavuuksien, oli eniten kasvaimia nuorin potilaista. Vastaava määrä kasvaimia nuorten (alle 50 vuotta) ja vanha potilaat ( 70 vuotta) oli nelinkertainen negatiivinen neljän ennakoivaa geenimerkkejä (

KRAS-BRAF-PIK3CA-PTEN

); kuitenkin, 16% nuorista verrattuna vain 1% normaaleista potilaista oli kasvain mutaatiot

PTEN /PIK3CA

yksinomaan. Tämä merkitsee, että mutaatio testaus ennustamiseksi EGFR hoitovaste voidaan rajoittaa

KRAS

ja

BRAF

iäkkäillä ( 70 vuotta) potilailla. Selvät geneettiset erot löytyvät kasvaimia nuorilla ja iäkkäillä potilailla, joille ovat vertailukelpoisia tunnettujen kliiniset ja patologiset muuttujia, osoittavat, että nuoret potilaat on erilainen geneettinen riskiprofiili CRC kehittämiseen kuin iäkkäät potilaat.

Citation: Berg M, Danielsen SA, Ahlquist T, Merok MA, Ågesen TH, Vatn MH, et al. (2010) DNA-sekvenssi Profiilit on peräsuolen syövän Critical Gene Set

KRAS-BRAF-PIK3CA-PTEN-TP53

liittyvät Ikä taudin puhkeamista. PLoS ONE 5 (11): e13978. doi: 10,1371 /journal.pone.0013978

Editor: Kelvin Yuen Kwong Chan, The University of Hong Kong, Kiina

vastaanotettu: 21 kesäkuu 2010 Hyväksytty: 14 lokakuu 2010; Julkaistu: 12 marraskuu 2010

Copyright: © 2010 Berg et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus rahoittivat avustusta Norja Cancer Society (https://www.kreftforeningen.no/english) RAL (Lupanumeroon 95068 /RAL, kuten PhD apurahoja SAD, MB ja THA ja Post doc avustus TA), sekä avustuksia Norja Foundation for Health and Rehabilitation (https://www.helseogrehab.no/) läpi EXTRA varat (lupanumeroon HF-52015/002) ja ETE Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

peräsuolisyövän ilmaantuvuus (CRC, MIM # 114500) on lisääntynyt länsimaissa lukien Norja aikana viimeisten 50 vuoden aikana [1]. CRC on tyypillisesti vanhuksilla iän mediaani puhkeamisen 70 vuotta ja vain noin viisi prosenttia kaikista tapauksista diagnosoidaan potilailla alle 50-vuotiaita. Perinnöllinen oireyhtymät kuten familiaalinen adenomatoottisen polypoosin (FAP, MIM # 175100) ja Lynch oireyhtymä (HNPCC, MIM # 120435) löytyy vähemmän kuin viisi prosenttia kaikista CRC [2]. Vaikka varhainen taudin puhkeamista on yleisesti hyväksytty olevan osoitus mahdollinen geneettinen riski, useimmat nuoret puhkeamisen tapauksia pidetään satunnaista kuin ei tiedetä geneettinen alttius on todettu [3]. Harvoissa tutkimuksissa on keskitytty somaattisten kasvainten kehittymistä nuorten potilaiden, joilla ei ole tunnettua perinnöllinen oireyhtymien [4] – [6].

Reseptorityrosiinikinaasit (RTK) signalointi on tärkeää säilyttää aineenvaihduntaa, lisääntymistä, eloonjääntiä ja liikkuvuus solun [7]. Näin ollen, virheet komponenttien säädellään reseptorityrosiinikinaasit (RTK: t) ovat yleisesti havaittu ihmisen syövissä, [8], [9]. Onkogeenit

KRAS

(HGNC: 6407),

BRAF

(HGNC: 1097), ja

PIK3CA

(HGNC: 8975) ja tuumorisuppressorigeenin

PTEN

(HGNC: 9588) ovat kaikki vaikuttaa vasteena sytokiinien, kasvutekijöiden ja hormonien signalointi RTK.

Molemmat

KRAS

ja

BRAF

on osoitettu on aktivoivia mutaatioita -70% of CRC [10], joka johtaa itsenäistä ERK-signalointia [11], [12]. Mutaatiot komponenttien PI3-kinaasireittiä on raportoitu mutatoitunut -40% vuonna CRC [13], ja analysoi perimän maiseman CRC kasvaimia ovat osoittaneet PI3K polku vaikuttaa tilastollisesti merkitsevästi tavalla [14]. Kahdessa näistä komponenteista,

PTEN

ja

PIK3CA

, mutaatiot johtavat konstitutiivisen aktivaation PI3K-reitin kertyminen fosfatidyyli (3,4,5) trifosfaatin (PIP

3) , joka sitten katalysoi fosforylaatiota AKT. Aktivoitu seriini-treoniini-kinaasi AKT säätelee monenlaisia ​​kohdeproteiinien osallistuvat erilaisiin loppupään signalointireittien [15]. Niistä AKTs alavirtaan tavoitteet on tuumorisuppressorigeenin

TP53

(HGNC: 11998), transkriptiotekijä, joka yhdistää tietoa monista eri solujen stressiä ja suorittaa alavirtaan vasteet tarkoituksenmukaista annetulle input [16].

TP53

löydetään mutatoitunut noin puolet kaikista peräsuolen karsinoomien [17].

MSI asema primaarikasvaimen on ennustetekijöiden vaikutus CRC potilailla [18] – [20].

KRAS

ja

TP53

asema on liittynyt kliinisen päätepisteet, entinen vain heikko yhdistys suuremmista ja jälkimmäinen vain, jos alaryhmiä mutaatioiden pidetään [21] – [23] . Äskettäin yksi tutkimus on osoittanut, että

PIK3CA

mutaatiot voivat kuljettaa prognostista tietoa kasvaimen vaiheissa I-III [24]. Tällainen tieto ei ole julkaistu

PTEN

mutaatioita.

etäpesäkkeitä hoidon kohdistaminen EGFR on todettu olevan tehokas vain, jos

KRAS

ja

BRAF

ei ole mutatoitunut [25]. Kuitenkin jopa kesken potilaiden villityypin

KRAS

ja

BRAF

kaikki eivät vastaa tämän hoidon [26,26]. Viime aikoina on ehdotettu, että tämä saattaa johtua mutaatioista

PIK3CA

ja

PTEN

eli vain nelinkertainen mutaatio syöpäkasvain reagoivat hoitoon [26] – [29].

Tässä tutkimuksessa olemme verranneet DNA-sekvenssin mutaatio aseman geenien

KRAS

,

BRAF

,

PIK3CA, PTEN

, ja

TP53

tuumorinäytteissä potilailta nuorempia kuin 50 vuotta diagnoosin ja ilman perinnöllinen oireyhtymiä, ja stratifioitiin MSI aseman ja vanhukset CRC potilailla.

tulokset

kliinis tiedot koko sarjan (n = 181), jaettu kolmeen ikäryhmään, on esitetty taulukossa 1.

microsatellite instability- ja geenin mutaatio asema

MSI- ja mutaatio-taajuudet analysoitu geenit on esitetty taulukossa 1, että karttaa edustaa mutaatio tiedot kaikista näytteistä on esitetty kuviossa 1. koko sarjan, MSI löytyi 18% näytteistä, jotka vaihtelevat 13%: 50 ikäryhmässä 20% vuoden 70 ikäryhmässä. MSI oli merkitsevästi yhteydessä paikallisia sairaus, taulukko S1. Geenit mutatoitiin sisällä odotetun taajuusalueella. Mutaatio taajuudet kullekin geenille itsenäisesti, ja taajuuksien yhdistelmiä mutaatioita geeneissä testattu, jaettiin tasan kaikissa vaiheissa. Erot johtuvat ikä puhkeamista ovat totesi alla.

Jakelu mutaatioita geenissä set

KRAS-BRAF-PIK3CA-PTEN-TP53

, ja MSI asema kussakin ikäryhmässä. Värikoodit: tummansininen = MSI, vaaleansininen = MSS, punainen = mutaatio, vihreä = villityyppi, valkoinen = ei havaittu.

kaikkiaan yhdeksän erilaista mutaatiota havaittiin

KRAS

, jotka vaikuttavat kodonien 12, 13 ja 61. kaksikymmentäkahdeksan kasvaimia oli

BRAF

V600E muutos. Kahdeksan

PIK3CA

mutaatioita tunnistettiin eksonit kaksikymmentä yhdeksän. Neljätoista ja viisitoista kasvaimia oli

PTEN

mutaatioiden ja poistot, vastaavasti. Yhdeksänkymmentäkolme kasvaimia oli

TP53

mutaatioita. Yksityiskohtaiset tiedot kaikista mutaatioiden havaittu, löytyy taulukossa S2.

vertailu ikäryhmien

väliset suhteet kliinisten ja mutaatiostatuksesta parametrit kussakin ikäryhmässä on esitetty taulukossa S1. Kaikille ikäryhmille, MSI-kasvaimet olivat useimmiten läsnä oikeanpuoleista kasvainpaikantumisen. Vanhimmassa potilasryhmä MSI ja

BRAF

mutaatiot tilastollisesti merkitsevästi korreloivat (

P

0,001). Mitään tällaista korrelaatiota havaittiin 50-vuotiaiden ikäryhmässä. MSI kasvaimia 50 ikäryhmässä 51-70-vuotiaiden ikäryhmässä ja 70-vuotiaiden ikäryhmässä oli 17%, 54% ja 79%

BRAF

mutaatioita, vastaavasti (

P

= 0,04). Lisäksi joukossa kuusi MSI kasvainten 50 ryhmään vain puolet näytteistä tapahtuu mutaatioita geeneissä analysoitu, kun taas muun MSI kasvaimia kahdessa muussa ikäryhmissä, kaikki näytteet näytetään yksi tai useita mutaatioita.

KRAS

mutaatiot löydettiin 57 (32%) kasvaimia koko sarjassa. Mutaatio taajuudet olivat hieman erilaiset eri ikäryhmissä, Taulukko 1. Suurin osa mutaatioista löydettiin kodoneissa 12 (68%) ja 13 (28%) riippumatta ikäryhmässä. Kodoni 61 Mutaatiot vain löytyy näytteitä 70-vuotiaiden ikäryhmässä.

KRAS

ja

BRAF

mutaatiot olivat toisensa poissulkevia kokonaismäärän sarjassa. Taajuus kasvain mutaatioita joko

KRAS

tai

BRAF

lisääntyi potilaan iän, molemmat verrattaessa ikäryhmissä ja iän jatkuvana muuttujana.

Yllättäen mikään kasvaimet 50-vuotiaiden ikäryhmässä oli

PIK3CA

mutaatioita, kun taas viisi (7%) ja kolme (4%) löydettiin 51-70 ryhmässä ja 70 ryhmää, vastaavasti.

Kahdeksantoista

PTEN

mutaatioita tunnistettiin seitsemän yhdeksästä eksonista (ei mutaatioita havaittiin eksonin 4 ja 9). Mutaatiot havaittiin kaikissa ikäryhmissä, kuten asianlaita oli

PTEN

poistot. Poistot havaita MLPA löydettiin kahdeksan prosenttia näytteistä yhteensä, ja rinnakkaiselo poistetaan ja muutokset havaita sekvensoimalla havaittiin kolmessa kasvaimia. Kaiken kaikkiaan 14% kasvaimista oli osoitus alentunut

PTEN

toiminto. Taajuus

PTEN

poikkeavuuksia ei todettu tilastollisesti merkitsevää eroa ikäryhmien; 18%, 10% ja 16% 50 ryhmää, 51-70 ryhmää ja 70 ryhmää, vastaavasti.

määrä

TP53

mutatoitunut kasvaimia erosivat kolmesta ikäryhmissä (

P

= 0,02). Tämä ero oli myös huomattava, kun analysoidaan MSS kasvaimia vain, (

P =

0,03). Mutaatiot olivat näkyvin DNA sitova alue, jota koodaa eksonit 5-8, ja vain noin viisi prosenttia mutaatiot havaittiin eksonin 4 ja eksonin 11. Lisäksi 50-vuotiaiden ikäryhmässä,

TP53

mutaatioita ja MSI olivat toisensa poissulkevia, ja käänteisesti verrannollisia että 51-70 ja 70 ryhmiä, vastaavasti.

Genome monimutkaisuus ja sekvenssin mutaatioiden

alaryhmän näytteistä (n = 41) korkean resoluution aineisto kopioluvun muutoksia saadaan joukko vertailevaa genomista hybridisaatiota data (aCGH) oli saatavilla (Roche NimbleGen, 385 000 oligo koetinsiru) [30]. Kuten aiemmin julkaistu [30], löysimme 50 ryhmä on huomattavasti suurempi kromosomipoikkeavuuksien kuin 70 ryhmää, vaikka koko osan genomin kromosomipoikkeavuuksia oli samanlainen molemmissa ryhmissä, Taulukko 2. ero monimutkaisuus myös löydetty geeni tasolla arvioitu mutaatio index: vanhemmassa ryhmässä kullekin potilaalle oli 1,5 mutaatioita keskimäärin verrattuna 1,0 nuoremmissa ikäryhmässä. Jakelu kasvaimen vaiheissa oli jonkin verran vinossa näiden kahden ryhmän välillä. Kuitenkaan kumpikaan prosenttiosuus genomista poikkeamia, eikä määrä mutaatioita erosivat keskuudessa kasvain vaiheissa.

Kliininen yhdistysten

Ei eroa eloonjäämisen todettiin vertaamalla ikäryhmissä, vaikka säädettäessä kasvaimen vaiheessa diagnoosi. Oli suuntaus, että osuus peräsuolen kasvainten väheni iän kasvaessa (

P

= 0,08), ja nuoremmat potilaat yleensä on kehittyneempi kasvain vaiheessa kuin vanhuksilla. Yleisyys III-IV kasvaimet oli 54%, 46%, ja 36% 50, 51-70 ja 70 ryhmiä, vastaavasti.

koko otoksen asetettu, kasvain vaihe oli tehokkain ennustetekijöiden muuttujan osalta kolmen vuoden kokonaiselinaika, (

P

0,001). Vuonna univariate analyysi potilaille, joilla on

TP53

mutatoitunut kasvaimia oli huonompi eloonjäämisaste kuin potilailla, joilla on villin tyypin

TP53

, 938 ± 31 päivää vs. 1016 ± 23 päivää (

P

= 0,04), tässä järjestyksessä. Kuitenkin tämä ero ei ollut merkittävä korjattaessa kasvainten vaiheessa.

TP53

mutaatiot olivat korkeammat ennustetekijöiden merkitys oikeanpuoleinen kasvaimia, 1051 ± 26 päivää vs. 883 ± 65 päivää villityypin ja mutatoidun

TP53

, vastaavasti (

P

= 0,005).

potilailla nuorimmassa ikäryhmässä, joilla on

KRAS

mutaatio oli huomattavasti lyhyempi selviytymisen kuin potilailla, joilla on

KRAS

villin tyypin näytteitä, 841 ± 101 päivää vs. 1033 ± 35 päivää (

P

= 0,02), tässä järjestyksessä. Mikään muu mutaatiostatuksesta parametrit osoittivat tilastollisesti merkittävää eroa suhteen säilymiseen, ei sisällä eikä eri ikäryhmien välillä.

Keskustelu

Huomasimme, että mutaatio aseman tunnetun syövän geeniperimä vaihtelee CRC potilailla riippuen ikä taudin puhkeamista, ja lisänäyttöä eroja somaattisen kasvaimia nuorilla ja iäkkäillä potilailla.

mikrosatelliittien epävakaus tila

kaikissa ikäryhmissä, MSI oli tilastollisesti merkitsevää yhteyttä oikeanpuoleinen kasvaimet, odotetusti [18], [18], [31,32]. Taajuus MSI on esittänyt käsiteltävinä oli hieman korkeampi kuin muualla ilmoitettuihin [33], [34], joka on parhaiten selittää satunnainen ylimäärä oikeanpuoleista kasvaimia koko sarjassa. Kuitenkin potilasryhmässä nuorempia kuin 50 vuotta diagnoosin taajuudella havaittu olivat hieman odotettua pienempi [33], mikä osaltaan voi selittää sulkeminen potilaalla tiedetään CRC oireyhtymät tässä tutkimuksessa.

potilaat alle 50 vuotta vain 50% MSI näytteiden mutatoitiin yksi tai useampi geeneistä, analysoitiin, kun taas potilaat yli 50 kaikki MSI näytteet näytetään geenin muutoksia. Lisäksi

BRAF

mutaatiota ei ollut tilastollisesti merkitsevää yhteyttä MSI 50 vuotta ryhmä, toisin kuin odotettiin [35]. Mutaatio

BRAF

V600E havaitaan aiheuttavan alas-säätely välttämätöntä DNA korjaavien geenien [36], jolla on mahdollisuudet aiheuttaa MSI solussa, selittää tämä korrelaatio. Kuten

BRAF

mutaatioita ei havaita kasvaimia sairastavien potilaiden Lynch oireyhtymä [37], emme voi sulkea pois, että MSI /

BRAF

villityypin näytteet on esittänyt käsiteltävinä ovat kliinisesti havaitsematta Lynch oireyhtymä potilaita.

Geenimutaatiot

mutaatiot taajuuksia

KRAS, BRAF, PIK3CA, PTEN

, ja

TP53

todettiin olevan alueella aiemmin raportoitu välillä tukemalla edustavuus sarjan [38].

rinnakkaiselo

BRAF

ja

KRAS

mutaatioita oletetaan olevan ristiriidassa leviämisen, joten negatiivinen valinta samanaikaista olemassaoloa molemmat mutaatiot [12]. Teimme vahvistaa käänteinen korrelaatio mutaatioita näiden kahden geenin [39]. Lisäksi yhä useampi kasvaimia joko

KRAS tai BRAF

mutaatio havaittiin iän myötä, kanssa tuoreen raportin nuorten sairastavien potilaiden peräsuolen syöpä [6].

koko sarjan, kasvaimet näytetään

BRAF

V600E tyypillisesti

TP53

villityypin ja

PTEN

mutatoitunut (taulukko S1), joka koski myös kasvaimia sisällä 70 ikäryhmässä. Näin ollen, ”

BRAF

V600E,

TP53

paino-,

PTEN

mut” voidaan pitää ominaisuus aidon satunnaista kasvaimia.

verrattuna on raportoitu 14%: taajuus

PIK3CA

mutaatioita ja peräsuolen karsinoomat COSMIC tietokantaan [38], nykyinen sarja osoittaa vain 4% mutaatioita. Tämä saattaa osittain johtua siitä, että nykyinen sarja on rikastettu näytteitä nuorilla potilailla, ja niiden kasvaimet eivät ole

PIK3CA

mutaatioita. Tämä jälkimmäinen havainto on ristiriidassa kahden aikaisempien tutkimusten [6], [40], joka raportoi kaksi /potilasta alle 50 vuoden

PIK3CA

mutaatioita. Eri menetelmiä käytetään, näytetyyppi formaliinikiinnitetyt tai tuore kudosta, ja koko sarjan voi osittain selittää tämän eron mutaation taajuuden joukossa tutkimuksia. Mutaatio joko onkogeenin

PIK3CA

tai tuumorisuppressorigeeniä

PTEN

voi johtaa kertymistä PIP

3, ja loppupään AKT aktivointi. Koska sekvenssin muutos

PTEN

merkitse yksi jäljellä villityyppisen alleelin, lisäaktivaattoria mutaatio samassa reitti voi olla hyödyllistä kasvainsolujen [41]. Löysimme 32 kasvaimista muutos (s) kussakin

PIK3CA

ja /tai

PTEN

, joista seitsemän kasvaimet useita

PTEN

poikkeavuuksia. Koko koodaava sekvenssi

PTEN

on tutkittu [42] – [48], mutta mikään on tutkittu kasvaimia nuoriin verrattuna erikseen. Tietääksemme tämä on ensimmäinen raportti Yhdistämällä

PTEN

koko koodaussekvenssin datan brutto poisto kuvio CRC eri ikäryhmissä.

TP53

Mutaatiofrekvenssi oli merkitsevästi korkeampi 50-vuotiaiden ikäryhmässä, kuin muissa ikäryhmissä, mikä on parhaiten selittää korkeamman taajuuden vasemman puolinen ja peräsuolen syöpiä 50-vuotiaiden ikäryhmässä. Kuten odotettua,

TP53

mutaatioita liittyi MSS kasvaimia, ja merkittävä ero ikäryhmien välillä oli vielä voimassa, kun analysoidaan MSS kasvaimia vain.

Mutaatio indeksi laskettiin ja kasvainten vanhuksilla todettiin kertynyt enemmän geenisekvenssin muutoksia kuin ne, nuoriin verrattuna (1,5 vs. 1,0), joka saattaisi merkitä aikaeron kasvainten kehittymiseen.

Erilliset perimään kasvainten nuorten ja iäkkäiden potilaiden

Vuodesta aCGH tietoja osajoukko 41 näytettä, havaitsimme, että potilaat nuorempi kuin 50 vuoden ajan ollut huomattavasti enemmän poikkeamia niiden kasvaimia kuin potilaiden 70 vuotta tehnyt,

eli

. korkeampi genomisen monimutkaisuus. Päinvastoin, kuten edellä on mainittu, kasvainten iäkkäillä potilailla oli korkein geenimutaatio indeksi, vaikka ryhmässä vähemmän pitkälle edennyt. Yhdessä, voidaan spekuloida, että nuorten potilaiden on kantajia, joilla on geneettinen alttius vaikuttavia geenejä, jotka koodaavat proteiineja, jotka varmistavat oikean kromosomi erottelu mitoosin aikana, eikä yksittäisiä reittejä.

Bardelli

et al.

[29] ilmoitti, että potilailla, joilla on metastaattinen sairaus, jotka ovat ”nelinkertaistaa negatiivinen”

KRAS-BRAF-PIK3CA-PTEN

geeniperimä on suurin todennäköisyys vaste anti-EGFR hoitoja. Kuitenkin tällä hetkellä vain

KRAS

testausta suositellaan ennen päätöksen osalta tällainen kohtelu, ja

BRAF

testaus on valinnainen [49].

Tässä sarjassa ensisijainen syöpiä, mutaatio taajuudet näissä neljässä geenit jaettiin tasan kaikkien kasvaimen vaiheissa. Siksi meillä on seuraavassa arveltu määrä potentiaalisia vaste perustuu koko aineisto (kuva 2). Harkittaessa kasvaimista heikentynyt

PTEN

ja /tai mutatoitunut

PIK3CA

yksinomaan, nuorimmassa ikäryhmässä näkyvissä 16% (n = 7) mutaatioita, verrattuna 1,4% (n = 1) on vanhimmassa ikäryhmässä. Tämä merkitsee, että iäkkäille potilaille,

KRAS

ja

BRAF

mutaatiostatus yksin paljastaa 98% potilaista sopimattomia EGFR hoitoa, verrattuna 71% potilailla 50 vuotta . Vaikutus mutaatioiden

PIK3CA

ja

PTEN

keskustellaan osalta anti-EGFR hoito [26], [28], [29]. Estämättä, jos niiden mutaatiostatuksesta tila ei vaikuta vaikutuksesta anti-EGFR hoitoa, nuoremmilla potilailla odotetaan olevan vieläkin suurempi osuus mahdollisten reagoivien tämäntyyppisen hoidon kuin vanhemmat potilaat (kuva 2).

Prosenttia-viisasta jakelu poikkeavuuksien varten

KRAS

,

BRAF

,

PIK3CA

ja

PTEN

ja niiden yhdistelmät, 50 ikäryhmässä ja 70 ikäryhmässä. Potilaat negatiivinen kaikille mutaatioiden (nelinkertainen negatiivinen) ovat mahdollisia vaste anti-EGFR-terapia. (Muokattu Bardelli

et al.

[

29

])

Association kliinisiä tietoja

peräkkäisen näytteen sarja peräsuolen karsinoomat alkaen yksi sairaala osoitti yleisjakauman kliinis tietojen odotetusti varten Norja kohortin [1]. Osuus peräsuolen syöpiä, laskivat ikä puhkeamista, kun taas päinvastainen suuntaus nähtiin oikean puolinen kasvaimia, ilmoituksen mukaan muut [50], [51]. Lisäksi suurempi osa potilaista diagnosoitu ennen 50 vuoden ikä oli kehittyneempää tautien vaiheessa verrattuna vanhemmissa ikäryhmissä. Tämä saattaa johtua, että CRC on odottamaton nuorilla aikuisilla ja oireet laiminlyödään sekä potilaan ja lääkärin [52]. Raportit nuorten peräsuolen syöpäpotilaiden vaihtelee suhteen aggressiivisuus taudin, ja näin ollen lopputulos [3], [52], [53]. Kuitenkin tässä tutkimuksessa kolmen vuoden kokonaiseloonjäämisessä oli yhtä suuri kolmessa ikäryhmissä, vaikka säädettäessä kasvainten vaiheessa. Tämä saattaa olla merkki aggressiivisempi sairaus nuorilla potilailla, kuten vanhusten odotetaan olevan korkeampi kuolleisuus. Lisäksi havaittiin korkeampi genomista monimutkaisuuden kasvaimissa nuorilta versus iäkkäillä potilailla voi myös olla osoitus ero aggressiivisuutta. On huomattava, että nuoret potilaista eivät ole kantajia tiedetä peräsuolen syövän oireyhtymät mukaan kliiniset kriteerit vain.

prognoosi- ja ennustearvo

TP53

on edelleen kiistanalainen [54]. Meidän aineisto potilaalla on

TP53

mutaatioita oli huomattavasti lyhyempi selviytyminen kuin villityypin potilailla. Lisäksi potilailla, joilla on oikeanpuoleinen tai MSI kasvainten

TP53

mutaatioita havaittiin vielä suurempi ennusteen arvioinnissa, linjassa ilmoittamien tulosten

TP53

-CRC välisessä tutkimuksessa ryhmä [55].

tuoreessa tutkimuksessa,

PIK3CA

mutaatioita havaittiin palvelemaan sijaismarkkereita huono hengissä peräsuolen syöpäpotilailla [24]. Kuten harvat

PIK3CA

mutaatioita havaittiin meidän vedostulostus, emme voi vahvistaa nämä tulokset. Kuitenkin mutaatiot havaittiin vain näytteissä vanhemmilla potilailla, ja eivät olleet läsnä potilailla, joilla on etäispesäkkeitä, ja vain harvat vaiheen III potilailla. Siten meidän tiedot viittaavat siihen, että

PIK3CA

mutaatiot ovat tärkeitä kasvaimien synnyn iäkkäillä, mutta eivät palvele merkkiaineena kyky etäispesäkkeitä.

Johtopäätös

Olemme löydetty selviä eroja geneettisen meikkiä karsinoomien nuorten ja vanhuksilla. Kasvaimet nuoriin verrattuna, joille ei ole kantajia perinnöllinen CRC oireyhtymiä on vähemmän geenimutaatioita, mutta enemmän kopiomäärä kromosomipoikkeavuuksien koko genomin. Nämä tiedot viittaavat siihen, että jotkut nuoret potilaat saattavat olla potentiaalinen riski syövän aiheuttamia muutoksia geenien (t) mukana ylläpitää oikea kromosomi eriytymistä.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics selvitys

Kirjallinen suostumus saatiin kaikkien aineiden mukana. Tutkimuksen biopankkien rekisteröidään kansallisen lainsäädännön mukaan ja tutkimuksia hyväksyy alueneuvoston Medical Research Ethics (REK Kaakkois-: 1.2005.1629; REK South, 2003: S-02126).

Potilaille ja kasvain näytteet

kaikkiaan 181 potilasta oli mukana tutkimuksessa,

eli

peräkkäinen 132 potilasta rikastettu sarja 49 potilaille, joiden tauti nuorena ( 50 vuotta ). Jokainen sarja on kuvattu seuraavissa kappaleissa. Kliiniset tiedot kerättiin prospektiivisesti. Death tietoja haettiin joko sairaalasta kirjaa tai siitä Norja Väestö rekisterin. Kliiniset ja patologisten tietojen Näiden kahden sarjan on esitetty taulukossa S3.

peräkkäinen (n = 132).

elektiivisen resektio ja peräsuolen adenokarsinooma 2005-2007 Oslon yliopistollisessa sairaalassa Aker, Oslo, olivat mukana. Potilaat, joilla FAP- tai Lynchin oireyhtymä jätettiin perustuu kliinisiin kriteereihin. Kasvainkudosta näytteet heti kirurgisen poiston jälkeen näytteen ja välittömästi jäädytettiin nestetypessä. Kaikki kudosnäytteet arvioitiin patologi perustaa erilaistumista arvosana karsinooma ja kasvainsolun sisältöä.

Varhain alkava sarja (n = 49).

Näytteet peräisin Biopankin peräisin usean sairaalan tutkimus (INFAC-tutkimus – yksilöiden familiaalinen syöpäriskiä), mukaan lukien Oslo University Hospital, Aker, Oslo ja viisi muuta sairaalaa samalla maantieteellisellä alueella Norja ilmoittautunut 2003-2008, olivat mukana tässä tutkimuksessa. Sisällyttäminen kriteerejä INFAC-tutkimuksessa olivat ikä 55 vuotta, lukuun ottamatta niitä, jotka täyttivät kriteerit kaikkien tunnettujen CRC oireyhtymiä. Kasvainkudoksessa ja vastaava normaali limakalvo näytteet otettiin resektoitua näytteestä operaatioon teatterissa ja viipymättä inkuboidaan RNAlater. Kudos siirrettiin uusiin putkiin sen jälkeen, kun 36-72 tuntia, ja säilytettiin miinus 80 ° C: ssa käyttöön asti. DNA normaaleista ja syöpäkudokset uutettiin, ja käytetään analysointiin.

Näytteet mukana CGH analyysiin.

alaryhmän potilaista (n = 41) tietoja aCGH analyyseissä oli saatavilla. Tämä alaryhmä mukana 24 potilasta alle 50 vuotta ja 17 yli 70 vuotta päädiagnoosina. Kliiniset ja mutaatiotutkimukset tietoja näitä potilaita on esitetty taulukossa S2.

ryhmittely potilaiden iän mukaan.

Potilaat päässä alkava sarja sisällytettiin rikastuttaa määrä iällä potilaiden kokonaisotoksesta asetettu. Potilaat päässä alkava sarja valittiin vastaamaan potilaiden nuorempia kuin 55 vuotta peräkkäinen osalta sukupuolen, iän mediaani, kasvain vaiheessa ja lokalisointi, taulukko S3. Sen jälkeen näytteet kaksi sarjaa yhdistettiin ja jaettu kolmeen ikäryhmään; alle 50 vuoden ikä, 51 kautta 70 vuotta ja yli 70 vuotta kutsutaan 50, 51-70 ja 70, vastaavasti. Keskimääräinen ikä päädiagnoosina oli 70 vuotta peräkkäinen, ja että valittiin cutoff vanhimman ikäryhmän. Cutoff pienimmille ikäryhmässä asetettiin 50 vuotta, koska alkava saattaa johtua perinnöllinen geneettiset tekijät, ja vain -5% kaikista CRC diagnosoidaan ennen 50 vuoden ikää. Kasvaimia paksusuolen proksimaalinen pernan flexure määriteltiin oikeanpuoleinen: ne, jotka ovat jäljellä paksusuolen pidettiin vasemman puolinen taas peräsuolen määriteltiin 15 cm peräaukon mitattuna jäykän proctoscope. Lokalisoitu tauti määriteltiin UICC /AJCC vaiheissa I ja II sekä alueellisten taudin vaiheiden III ja IV.

mikrosatelliittien epävakautta analyysi

Kaikille potilaille, kasvain ja vastaavat normaali kudos tai veri analysoitiin käyttämällä Bethesda markkereita [56]. Analyysi suoritettiin, kuten ovat kuvanneet Wu

et al.

[57]. Korkea mikrosatelliitti epävakaus (MSI-H) kasvaimen DNA, verrattuna vastaavassa normaalissa DNA, määriteltiin jos kaksi tai useampia markkereita osoitti poikkeava Piikkiprofiili jälkeen fragmenttianalyysi. Jos sekä normaalissa näytteessä ja kasvaimen näyte potilaalta osoitti samaa kaavaa kaikilla markkereita, kasvain pidettiin microsatellite vakaa (MSS).

Mutaatio analyysi KRAS, BRAF, PIK3CA, PTEN ja TP53

BRAF

ja

KRAS

, aktivoivat mutaatiot asemissa tiedetään usein kantaa muutoksiin raportoidaan [11], [58].

PIK3CA

geenimutaatioita kolorektaalisyövissä klusterin eksoneissa 9 ja 20 [59], ja

TP53

ja

PTEN

mutaatiot raportoidaan koko koodaavan sekvenssin [ ,,,0],17], [60].

TP53

ja

PTEN

, koko koodaava sekvenssi monistettiin multiplex PCR-reaktioissa, käyttäen multiplex PCR kit suosittelema myyjä (QIAGEN, GmbH, Hilden, Saksa) [30], [60]. Singleplex PCR-reaktiot käyttäen Hotstar Taq (QIAGEN) käytettiin monistamaan

PIK3CA

,

KRAS

ja

BRAF

amplikonien [10], [59], [61]. In

PIK3CA

eksonit 9 ja 20 monistettiin, ja

KRAS

, eksonit 2 ja 3, kuten usein mutatoidut kodonit 12, 13 ja 61, ja

BRAF

eksonin 15, mukaan lukien mutaation kodonissa 600, monistettiin. Alukkeita, käyttöolosuhteet ja fragmentti yksityiskohdat on kuvattu taulukossa S4.

PCR-tuotteet puhdistettiin käyttämällä Sephadex sarakkeita (Millipore, Billerica, MA, USA: n ja GE Healthcare, Chalfont St.Giles, UK) ennen sisällyttämistä väriaineen leimatun ddNTP: n ja sekvensointi on 3730 DNA Analyzer (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) [30]. Tapauksissa, joissa mutaatio havaittiin, uusi itsenäinen PCR-tuote sekvensoitiin tuloksen vahvistamiseksi.

Multiplex ligaation riippuva anturi vahvistus (MLPA) PTENin

Salsa MLPA kit P225- B2 PTEN (MRC Holland, Amsterdam, Alankomaat) käytettiin ohjeiden mukaan jakelija. Yhteensä 25 koettimet kattamaan

PTEN

geeni, vähintään kaksi koettimia kunkin yhdeksän eksonia. Myös 10 antureista muualla kromosomissa 10, ja lisäksi 12 viittaus koettimet sijaitsevat muiden kromosomien toimii valvontaa. Monistetut fragmentit analysoitiin 3730 DNA Analyzer (Applied Biosystems). Raakadataa analysoitiin Coffalyzer® (MRC Holland) oletusasetuksilla. Cutoffs 1,2 ja 0,8 käytettiin pisteytystä voittoja ja tappioita, vastaavasti, lisäksi arvioitu yksilöllisesti tontin jokaisesta näytteestä. Tämä pisteytys määräytyy seuraavan laskelman: yksi kopio voitto tai tappio 60% soluista on triploideja kasvain on 1,2 ja 0,8, vastaavasti. Ainakin kahden vierekkäisen antureista, joka sijaitsee samassa eksonissa, jossa samanaikainen nousu tai lasku, rajoittui osoittamiseksi poikkeavalle kopiomäärä alueella.

Tilastolliset analyysit

Kliiniset muuttujat testattiin yhdistysten mutaatiotutkimukset tulokset kaikkien geenien analysoitu, ja kaikki geenit testattiin välisten relaatio yhdistyksiä. Kaikki tilastolliset analyysit suoritettiin käyttäen ohjelmistopaketti PASW 17,0 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA). Fisherin testiä käytettiin ristiintaulukoida muuttujia.