Krooninen sairaus

tiivistelmä

Eturauhassyöpä (PCA) on heterogeeninen piirre, jota varten useita alttiuslokukset ovat sekaantuneet genomin laajuinen sidos ja assosiaatiotutkimuksilla. Genominen alue 13q14 on toistuvasti poistettu kasvain kudoksissa sekä satunnaista ja familiaalinen PCa potilaiden ja on näin ollen tunnustettu mahdollista lokuksen tuumorisuppressorigeenin (s). Deleetioita tällä alueella on havaittu monissa muissa syövissä. Viime aikoina olemme osoittaneet, että homotsygoottinen kantajia T442C muunnelma

ARLTS1

geenin (ADP-ribosylaatio tekijä kaltainen tuumorisuppressoriproteiinia 1 tai

ARL11

, joka sijaitsee 13q14) liittyy lisääntynyt riski sekä valitsematta ja familiaalinen PCa. Lisäksi variantti T442C havaittiin useammin kesken pahanlaatuinen kudosnäytteitä PCA solulinjat ja ksenografteissa, vahvistaisi sen asemaa PCA tuumorigeneesiä. Tässä tutkimuksessa 84 PCa tapauksissa ja 15 ohjaa analysoitiin

ARLTS1

ilmentymisen tila veressä-RNA: ta. Tilastollisesti merkitsevä (p = 0,0037) lasku

ARLTS1

ilmentyminen PCa tapauksissa havaittiin. Sääntely

ARLTS1

ilmentyminen analysoitiin eQTL (ilme polygeeninen ominaisuus) menetelmiä. Kaikkiaan neljätoista merkittävää

cis

-eQTLs vaikuttamasta

ARLTS1

ekspressiotaso havaittiin. Lisäksi epistaattinen vuorovaikutukset

ARLTS1

genomista variantit, joissa geenien immuunijärjestelmän prosesseja ennustettiin kanssa MDR-ohjelman. Johtopäätöksenä tässä tutkimuksessa edelleen tukee roolia

ARLTS1

kuin tuumorisuppressorigeeniä ja paljastaa, että ilmaisu säädellään variantteja lokalisoitu säätelyalueita.

Citation: Siltanen S, Fischer D, Rantapero T, Laitinen V, Mpindi JP, Kallioniemi O, et ai. (2013)

ARLTS1

ja Eturauhassyöpä Risk – Analyysi Expression ja asetuksen. PLoS ONE 8 (8): e72040. doi: 10,1371 /journal.pone.0072040

Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 04 huhtikuu 2013; Hyväksytty: 3. heinäkuuta 2013. Julkaistu: 05 elokuu 2013

Copyright: © 2013 Siltanen et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat Tampereen Graduate Program biolääketieteen ja bioteknologian palkasta ja Orion-Farmos tutkimussäätiö avustuksen SS ja Sigrid Juseliuksen säätiö, Suomen Akatemia (251074), suomalainen Syöpäjärjestöt, ja kilpaillun tutkimusrahoituksen Pirkanmaan sairaanhoitopiirin District (9N069) avustukset JS Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Eturauhassyöpä (PCA) on heterogeeninen piirre, ja se on yleisin maligniteetti miesten länsimaissa, myös Suomessa. Se on monitekijäinen sairaus, ja lopullinen riskitekijöitä ovat ikä, etninen alkuperä ja suvussa. Suomessa, esiintyvyys PCa on 89,4 /100,000, ja vuonna 2010, 4697 uusi eturauhassyövän tapausta ei todettu (https://www.cancer.fi/syoparekisteri/en/). Laajasta tutkimustyöstä huolimatta viime vuosikymmenen aikana, etiologinen riskitekijät ja geenejä, jotka aiheuttavat geneettinen alttius edelleen suureksi osaksi tuntemattomia. Tämä tiedon puute on vaikeuttanut tehokasta syövän ehkäisyä ja entistä parempien hoitojen.

Mutaatiot tunnetaan korkean penetrance PCa alttius geenit selittävät vain murto Eturauhassyövän tapauksista. Polygeenisiä malli familiaalinen yhdistäminen syöpä on ehdotettu, jossa useat alhaisen penetraation alleelien voi olla kerrannaisvaikutuksia ja /tai muokkaamalla vaikutus. Yksi matala läpäisevät ehdokas geeni on

ARLTS1

(

ARL11

), ADP-ribosylaatio tekijä, kuten tuumorisuppressoriproteiinia 1, otaksuttu kasvaimen vaimennin kromosomissa 13q14, joka on osoitettu toiminto monissa ihmisen syövissä [1] – [5].

ARLTS1

kuuluu ADP-ribosylaatio tekijä perheen että on merkitystä apoptoottisen signalointi. Sama kromosomi alueella 13q on ilmoitettu Monikeskustutkimusta genominlaajuisten sidos tutkimuksessa perheet vähintään viittä jäsentä [6]. Toisessa tuoreessa tutkimuksessa, välitön naapurialueella 13q13 osoitti viittaavia sidos PCA, joiden HLOD 1,9 [7]. Lisäksi, locus 13q14 on yleisimmin poistettu kromosomialueiden somaattisten tuumorikudoksissa sekä valitsemattomat ja perinnölliset eturauhasen syöpiä [8], [9], mikä viittaa siihen, että

ARLTS1

voisi olla kohde sekä ituradan ja somaattiset mutaatiot. Olemme aiemmin raportoitu merkittävän yhdistys

ARLTS1

T442C (rs3803185) homotsygoottisia harjoittajat PCA [10]. Tämä riski genotyyppi liittyi myös laskenut

ARLTS1

ilmentymistä lymfoblastoidisolulinjassa näytteitä PCa potilaiden, ja

ARLTS1

koekspressoimalla allekirjoitusta data mining paljasti, että

ARLTS1

ilmentyminen oli voimakkaasti yhteydessä immuunijärjestelmän prosesseja. Nämä prosessit ovat kiinnostavia, koska yhteyden kroonisen tulehduksen ja PCa eteneminen on toistuvasti ehdottanut, ja useita geenejä toimii tulehduksellinen väyliä on liitetty PCA herkkyys [11] – [13].

Complex sairaudet, kuten syöpää, johtuvat yhdistelmä useiden geneettisten vuorovaikutusten ja ympäristötekijät, joita on vaikea havaita ja yhdistää toisiinsa. Määrittämään todellinen syy yhdistysten tilastollisin menetelmin ja fenotyypin tietoa, on suositeltavaa järjestää yksittäisiä merkintöjä mukaan ryhmiin mielekäs biologisia kriteerejä, kuten tulehdus. Muodostamalla variantti sarjaa, on mahdollista vähentää hypoteeseja testataan, joka mahdollistaa assosiaatio genomisen ominaisuus ja fenotyypin voidaan helpommin havaita.

epistasia on genotyyppi taso määritellään vuorovaikutusta useita geenejä tai loci, ja tämä yhteinen geneettinen vaikutus voi olla tekijä ”puuttuu periytyvyys”, ilmiö liittyy selittämättömiä osaan perinnöllisen syövän alttius, joka havaitaan PCA. Genomin laajuinen lauseke polygeeninen ominaisuus, eQTL, analyysi on menetelmä opiskelee epistasia monimutkaisissa piirteet, jotka pystyy havaitsemaan assosiaatioita genotyyppisen ja ilme datan. EQTL analyysi on laajalti käytetty lähestymistapa perehtyä rooli yhden nukleotidin polymorfismien (SNP: t) vaikuttavat transkriptipitoisuuksissa.

Tässä tutkimuksessa tutkimme mekanismeja aikaisemmin havaittu yhdistys

ARLTS1

ja PCa keskittymällä löytää geenin /ilmentymisen vuorovaikutusta, joka luovuttaa potilaat PCA, kuten vuorovaikutukset, joihin

ARLTS1

geeni. Jotta voitaisiin edelleen tutkia

ARLTS1

ilmentymisen eroja nähty aiemmin Tuumorinäytteissä, eturauhassyövän ja lymfoblastisolulinjoissa [10], teimme toiminnallinen eQTL analyysi kokoverestä saatu kokonais-RNA: PCa potilaista. Aiemmin raportoitu

ARLTS1

koeskspressio immuunijärjestelmä prosessit [10] testattiin MDR analyysi. Tietääksemme tämä on ensimmäinen tutkimus tehtyjen havaintojen raportointia

ARLTS1

vuorovaikutuksessa variantteja ja eturauhassyöpä eQTLs on 13q14.

Materiaalit ja menetelmät

Tutkimuskanta

Kaikki näytteet olivat Suomen alkuperää. Tunnistaminen ja kerääminen Suomen HPC perheet on kuvattu muualla [14]. Familiaalinen analysoidut näytteet tässä tutkimuksessa oli ainakin kaksi vaikuttaa ensimmäisen tai toisen asteen sukulaiset. Kaikkiaan 102 eturauhassyövän tapauksista ja 33 terveen miehen perheenjäsenet kuuluvat 31 perheille alun perin otettu tutkimukseen väestöstä. Kliininen ominaisuudet familiaalinen potilaiden käytetty RNA sekvensointi (n = 84) viitataan taulukossa 1. Keskimääräinen ikä diagnoosin oli 63,0 y.

Potilaan tiedot ja näytteet saatiin täydellä Kirjallinen suostumusta. Tutkimus tehtiin sopivissa tutkimuksen luvat eettisten toimikuntien Tampereen yliopistollisen sairaalan, Suomi, sekä sosiaali- ja terveysministeriön Suomessa.

Genominlaajuiset SNP genotyypin

genominlaajuisten SNP genotyypitys suoritettiin käyttäen HumanOmniExpress BeadChip mikrosiru (Illumina, Inc., San Diego, CA, USA) Tekniikan keskuksen molekyylilääketieteen instituutti Suomen (FIMM), Helsingin yliopisto. Tämä joukko kattaa yli 700000 markkereita, joiden keskimääräinen väli 4 kb koko genomin.

DNA Sequencing

ARLTS1

variantti tilan PCA potilaiden käytetty Illumina genotyypitys tutkittiin suoralla sekvensoinnilla. Sekvensointi suoritettiin Applied Biosystems 3130xl Genetic Analyzer (Life Technologies Corporation, Carlsbad, CA, USA) valmistajan ohjeiden mukaisesti. Alukkeita ja PCR-olosuhteita käytettiin mutaation seulontaan ovat saatavilla pyynnöstä.

RNA ja sekvensointi

Yhteensä RNA eristettiin 84 PCa tapauksista ja 15 terveen miehen sukulaisia. Kaikki aiheet kuului 31 Suomen HPC perheitä edellä. Kokonais-RNA puhdistettiin kokoverestä kerätty PAXgene® Veren RNA Putket (PreAnalytiX GmbH, Sveitsi /Qiagen /BD) käyttäen MagMAX ™ for Stabilized Veri Tubes RNA Isolation Kit (Ambion® /Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) ja PAXgene Veri miRNA Kit (PreAnalytiX GmbH, Sveitsi /Qiagen /BD). RNA laatu arvioitiin käyttämällä Agilent 2100 Bioanalyzer ja Agilent RNA 6000 Nano Kit (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA).

Kirjasto valmistelu, tavoite rikastamiseen ja massiivisesti rinnakkaisen pariksi lopussa sekvensointi ilmaisi selostukset suoritettiin Beijing Genomics Institute (BGI Hong Kong Ltd, Tai Po, Hong Kong) käyttäen Illumina HiSeq2000 tekniikkaa (Illumina Inc., San Diego, CA, USA).

eQTL analyysi

Jos haluat saada

ARLTS1

ilmaisun arvot ensinnäkin lukee RNA-sekvensointi linjassa tophat2 käyttäen hg19 ohjearvon genomin [15]. Raaka luku- määrä on

ARLTS1

laskettiin HTseq ja lue lukemat muunnettiin normalisoitua ilmaisun arvoja DESeq (www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/, [16]). Lineaarinen regressiomalli toteutettu Plink havaitsemiseen käytettiin transkriptio erityisiä variantteja. Yhdistysten

cis

oli rajattu 1 Mb ikkunan ylä- tai alavirtaan

ARLTS1

SNP rs9526582, sillä suurin osa

cis

-eQTLs sijaitsevat tai lähellä kiinnostavan geenin [17]. Lisäksi haimme uutta menetelmää, joka perustuu todennäköisyyspohjaisiin indekseihin testata eQTL. Uusi menetelmä on ei-parametrinen suuntaava testi (samanlainen tunnettu Jonckheeren-Terpstra testi), toteutettu T-Package GeneticTools joka on saatavilla Comprehensive R Archive Network (http: //cran.r-project. org /pakkaus = GeneticTools), ja paketin kuvaus on kehitteillä (julkaisematon data). P-arvot laskettiin käyttäen permutaatio testejä ja säädettiin useiden testaus soveltamalla Benjamini-Hochberg korjaus. Olemme myös laskea kullekin testin koko α in [0,0.1] suhde määrän odotetaan testin hylkäysten ja määrä havaittu hylätyiksi. Α, joiden suhde näiden kahden arvon oli maksimaalinen, päätimme myös optimaalinen testi koko.

Geenien ilmentyminen aineisto

Kaikki microarray geenien ilmentyminen tietoja solulinjoissa (n = 1445) sisälly näihin analyysit ovat yleisesti saatavilla kautta Gene Expression Omnibus (GEO) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/, liittymisen numerot, GSE36133, GSE7127, GSE8332, GSE10843, GSE10890, GSE12777, GSE15455, GSE18773, GSE20126, GSE21654 ja GSE24795) ja GSK Cancer Cell Line Genomic profilointi Data (https://cabig.nci.nih.gov/tools/caArray_GSKdata) (2008) [18] (GlaxoSmithKline). Suurin osa geenien ilmentyminen tietoja hankittiin Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) (GSE36133) [19]. Käytimme näytteitä viimeisimmät ja laajalti mainittu Affymetrix microarray alustan, HGU133_plus 2,0, analyysien tekemiseen.

Geenien ilmentyminen tietojen normalisointi

Geenien ilmentyminen tietojen normalisointi tehtiin raaka CEL tiedostot Aroma Affymetrix (versio 1.3.0) R paketti (https://www.aroma-project.org) perustuva räätälöity CDF-tiedostot (versio 16) osoitteessa https://brainarray.mbni.med.umich.edu [20 ]. Me käsitellään lauseke 19003 erilliset geenit. Kaikki laskelmat suoritettiin R tilastojärjestelmään työllistää Bioconductor sarja paketteja.

Co-ilmentymisen analyysi

ARLTS1

.

koekspressoimalla analyysimenetelmää kuvattiin aiemmin [10]. Meta solulinja tiedot (n = 1445) tuli yli 48 ihmisen anatomisia osia. Korrelaatio arvo 0,30 ja p-arvo 0,05 käytettiin determinantit tilastollisesti merkitsevä assosiaatio. Suoritimme useita testi korjauksia käyttäen Benjamini Hochberg ja Bonferroni menetelmiä. Päätimme käyttää Benjamini Hochberg (BH) valintatapa merkittävästi koekspressoi geenejä, koska se oli kohtalaisen tiukka at soittamalla geenipari korrelaatio väärän positiivisen.

In silico

toiminnallisuutta ennustaminen

RegulomeDB (https://regulome.stanford.edu/) ja HaploReg (https://www.broadinstitute.org/mammals/haploreg/haploreg.php) [21], [22] tietokantoja käytettiin edelleen valaista roolia eQTLs geenisäätelyn. RegulomeDB avulla hän on tarjolla DNA ja säätelyelementtejä ei-koodaavat alueet voidaan arvioida, ja HaploReg on kehittämisen väline mekanistinen hypoteeseja vaikutuksen ehdokas sääntely ei-koodaavan variantit kliinisten fenotyyppien ja normaali vaihtelu.

MDR-analyysi

multifactor dimensionality vähennys (MDR) ohjelma on julkisesti saatavilla Internetistä (www.epistasis.org). Käytimme versio 2.0_beta_8.4 tutkia geeni-geeni vuorovaikutusta. MDR havaitsee vuorovaikutukset suhteellisen pienestä otoksesta. MDR on ei-parametrinen, malli-vapaa data mining lähestymistapa rakentava induktio algoritmi, joka muuntaa korkean ulotteinen tiedot yksiulotteista muuttujista kokoamalla genotyypit osaksi korkea ja matala riskiryhmiin suhteen perusteella tapausten valvontaa, joka on genotyypin kysymys [23]. MDR valitsee yhden geneettisen mallin (yksi, kaksi, kolme tai neljä vaihetta lokuksen), että suurin osa onnistuneesti ennustaa fenotyypin tai taudin tilasta, esimerkiksi syöpä. Tiedot ovat sitten jaettu kymmeneen yhtä suureen osaan suorittamaan 10-kertainen ristivalidointi. Malli luo koulutus joukko (9/10 datan) ja testaus joukko (1/10 data) arvioidaan ennusteen kyky. Menettely toistaa tätä protokollaa kymmenen kertaa ja laskee ristivalidointi johdonmukaisuus (CVC). CVC kuvaa, kuinka monta kertaa tietyn mallin valitaan paras näistä kymmenestä välein. Vuodesta MDR tulokset -osiossa testaus tasapainoinen tarkkuus (TBA) osoittaa, kuinka monessa tapauksessa luokitellaan asianmukaisesti.

ARLTS1

genotyyppejä 102 PCa tapauksista ja 33 valvonta yhdistettiin GWAS tiedot 700000 SNP.

valinta geenien ja SNP: MDR

geenit toimivat immuuni prosesseja ja tulehdusta polkuja valittiin aikaisemmin julkaistu kattava kokoelma tekemät Loza MJ et al. [24], koska MDR ei voida näyttää aineistoja tuhansia SNP kohtuullisessa ajassa. Lyhyesti sanottuna SNP valittu mukana osallistuvien apoptoosin, sytokiinisignaloinnin, Toll-like-reseptori signalointi, valkosolujen signalointi, täydennys, tarttuvuus ja luonnon tappajasolujen signalointi. Olemme myös juoksi MDR osajoukkoon geenien kerätty aiempien

ARLTS1

koekspressoimalla tutkimuksissa (esim kaksitoista geenien B-solun reseptoriin [BCR] signalointireittiin). Kokonaismäärä SNP oli 12011, joista 4764 löydettiin meidän Illumina Human OmniExpress GWAS tiedot.

Tulokset

RNA ilmaisu

ARLTS1

RNA ekspressiotasoja analysoitiin kokonais-RNA: 84 PCa tapauksista ja 15 ohjaa. Merkittävä lasku

ARLTS1

ilmentymistaso PCA tapauksissa havaittu (p = 0,0037, Fig. 1). Tämä on yhdenmukaiset aiempien tulosten solulinjasta, eturauhasen hyvänlaatuinen liikakasvu (BPH) ja kasvaimen näyte RNA ekspressiotietojen [10].

Suhteellinen

ARLTS1

RNA ilmentyminen määritettiin RNA Sekvensointianalyysin . Pylväät edustavat keinot yksilöiden; palkit kuvaavat SD.

eQTL analyysi

tunnistamaan mahdolliset

cis

LINJASÄÄTÖVENTTIILIT geneettisiä variantteja liittyy

ARLTS1

transkriptipitoisuuksissa, teimme eQTL analyysi erityisalueella on 13q14. By lineaariregressiomallin (Plink), pystyimme havaitsemaan 5 eSNPs vaikuttaa

ARLTS1

lauseke (taulukko 2). Kun laskenta ikkuna oli vähentynyt 1 Mb 200 kb, vain yksi SNP, rs7997377, säilyi. Ohjauspoljin suorittamaa R-Package analyysin työkalu, 11 tilastollisesti merkitsevä eSNPs havaittiin (taulukko 2), ja kaksi oli yhdenmukaiset kanssa Plink lineaarista regressiomallia tuloksia. Sekä testausmenettelyjä testin kokoa 0,01 valittiin. ESNPs löytämät suuntaava testi sijaitsivat pääosin ei-koodaavat alueet (taulukko 2). Genominen sijainnit eSNPs löytyy 13q14 on visualisoitu kuvassa 2. Kaikkiaan 468 genominen variantteja sisällä 1 Mb alue peräisin

ARLTS1

SNP rs9526582 testattiin lineaariregressiomallin ja suuntaava testi.

geeni symbolit ovat seuraavat:

CYSLTR2

(kysteinyyli leukotrieeniresep- 2),

FNCD3A

(fibronektiinin tyypin III domeenin, joka sisältää 3A),

MLNR

( motiliinireseptoriin),

CDADC1

(sytidiinin ja dCMP siinideaminaasia verkkotunnuksen, joka sisältää 1),

CAB39L

(kalsiumia sitova proteiini 39-like),

SETDB2

(SET domain, kaksihaarainen 2 /

CLLD8

),

PHF11

(PHD sormi proteiinia 11 /NY-REN-34-antigeenin),

RCBTB1

(säätelijä kromosomin kondensaation [RCC1] ja BTB [POZ ] verkkotunnuksen sisältävä proteiini 1 /

CLLD7

),

ARLTS1

(/

ARL11

, ADP-ribosylaatio tekijä kaltainen 11),

EBPL

(emopamil sitova proteiini-like),

KPNA3

(karyopherin alpha 3, Importiini alfa 4),

SPRYD7

(SPRY domain sisältävät 7

/C13orf1

, kromosomi avoin lukukehys 1)

MIR3613

(microRNA 3613),

TRIM13

(kolmikanta motiivi sisältävän 13),

KCNRG

(kaliumkanavan säädin),

MIR-15A

ja

MIR16-1

(microRNA geenit 15a ja 16-1) ja

DLEU2

(poistetaan lymfaattisen leukemian 2).

Kun säätämisen useille testaus, joka on FDR 39% ja lineaarinen malli ja noin 32% suuntaava testi on hyväksyttävä pitää merkittäviä testitulokset marginaalista p-arvot. Saat enemmän yhteistä FDR tasolle 10% yhden merkittävän eSNP ohjauspolkimelta testi edelleen merkittäviä (rs9568354). Kun pidetään suhde odotettua ja havaittu merkittäviä testejä, enintään suhde α = 0,011 vuonna suuntaava testissä todettiin. Tästä α noin 2,5 kertaa enemmän merkittäviä testitulokset näytti odotettua. Siksi raportoimme myös edellä mainittuja ei-oikaistu p-arvot merkitsevyystasolla 0,01. Lineaarista regressiomallia, määrää havaitun merkittävän testien Hyväksytty määrä odotettua testin hylkäämisestä alla nollahypoteesi.

Järjestö on eSNP genotyyppien kanssa

ARLTS1

ilmentymisen taso laskettiin. Tilastollisesti merkittävää korrelaatiota ei luonnostaan ​​havaittu kaikkien 14 SNP ja

ARLTS1

transkriptipitoisuuksissa. ESNP genotyyppi –

ARLTS1

ilmaisun yhdistys rasiakuvaajien kuviossa 3.

, rs2075610; B, rs7997737; C, rs1543513; D, rs9568232; E, rs9568354; F, rs1886014; G, rs7337547; H, rs7995192; I, rs9562905; J, rs2580189; K, rs2532975; L, rs1262781; M, rs1262774 ja N, rs17074618.

toimivuus ja mahdollinen transkription sääntelyn vaikutusta 14 eSNPs geenien sisällä saapuvat eQTL arvioitiin käyttämällä ENCODE-tietoja RegulomeDB ja HaploReg tietokantoja. Kaikkiaan yhdeksän neljästätoista eQTLs raportoidaan RegulomeDB. Havainnot on GM12878 lymfoblastoidisolulinjassa korostetaan alla, koska tämä solulinja muistuttaa kudostyyppi, josta RNA sekvenointitulosten haettiin.

eniten merkittäviä todisteita sääntelyn

ARLTS1

was löytynyt SNP rs2532975. Sääntelytehtäviin tukee sen sijainti sääntelyn aktiivinen alue. Mukaan Chip-Seq tietoja GM12878 solulinjasta, rs2532975 asuu BATF (perus leusiinivetoketjupeptidit transkriptiotekijä) sitoutumiskohtaan. Lisäksi käyttämällä asento painomatriisi (PWM) matching, joka on CDC5 (solusyklin seriini /treoniini-proteiinikinaasi) sitova motiivi on tunnistettu, joka ulottuu perimän asemaa tämän variantin. Lisäksi promyelosyyttinen leukemia sinkkisormipolypeptidiin (PLZF) motiivi raportoidaan HaploReg. Ilmoittama HaploReg, CDC5 sitovat tehokkuuden pienenee samalla PLZF sitova kasvaessa. Lisäksi kromatiinin valtion alueella ympäröivä rs2532975 voisi hyväksyä heikko tehostajana ominaisuudet. Tämä ennustus on edelleen vahvistunut läsnäolo kaksi histonimerkkien tällä alueella, H3k4me1 ja H3k4me2, yksilöity GM12878 soluissa.

Toinen mahdollinen ehdokas

ARLTS1

sääntely on rs9562905. Vuonna Chip-Seq tutkimuksessa käytettiin POLA2 sitoutumiskohtaan tunnistettiin ihmisen kantasolujen linja, H1-kantasoluja, ympäröivällä alueella rs9562905. HaploReg ennustaa aktiivinen tehostajana ominaisuudet kromatiinin ympäröivä rs9562905 että lymfoblastoidisissa GM12878 soluja, samanlainen rs2532975. Tätä tulkintaa tukee läsnäolo kaksi tehostajana liittyvän histonimerkkien, H3k4me1 ja H3k4me2. Lisäksi FAIRE-sekvensointi tutkimuksesta, jonka GM12878 soluja myös sitä, että tämä alue on avoimessa chromatin tila ja on siksi todennäköisesti sääntelytoimintaa.

variantit rs1543513, rs7997737 ja rs9568354 samanlaisia ​​chromatin rakenteellinen ominaisuuksia GM12878 soluissa. Mukaan HaploReg, kromatiinin tila assosioituu heikosti puhtaaksi alue. Tämä ennustus on vahvistettu venymään Histonimerkki H3k36me3 ympäröivillä alueilla varianttien rs1543513, rs7997737 ja rs9568354. Mukaan RegulomeDB, rs1543513 sijaitsee sisällä Irx3 ja Irx6 motiiveja. Kuitenkin HaploReg, läsnä ollessa nämä motiivit ei ole raportoitu. Samoin transkriptiotekijän sitova motiivi AIRE (autoimmune regulator) on raportoitu rs1262781 in RegulomeDB mutta ei HaploReg. MZF1 (myeloidinen sinkki sormella 1) motiivi ympäröivä rs7997737 raportoidaan sekä tietokantoihin. HaploReg raportit negatiivinen LOD ero rs7997737, joita voidaan tulkita laskea sitoutumisen tehokkuutta MZF. Verrattuna kolme vaihtoehtoa edellä mainittiin, rs9568232 jakaa samat ominaisuudet koskevat sen chromatin tilassa. Mukaan HaploReg, tämä chromatin tila liittyy pitkänomainen transkriptio.

variantit rs2075610 ja rs1262774 sijaitsevat alueilla todennäköisesti valvonnassa epigeneettiset sääntelyä Polycomb–ryhmän proteiinien GM12878 soluissa. Lisäksi DNaasi-Seq tutkimuksia useiden solulinjojen osoittavat avoimen chromatin tilassa ympäröivän rs2075610. Kuitenkin kaksi tukahdutettua valtion kromatiinin histonimerkkien, H3k27me3 ja H3k9me3, on myös tunnistettu. Variant rs1262774 ei raportoitu RegulomeDB.

Loput variantit sijaitsevat heterochromatin alueilla, mukaan HaploReg. Sillä rs7995192, rs2580189 ja rs1262781, tämä ennuste vahvistaa vielä läsnäolon H3k27me3. Lisäksi toinen tukahduttavaa tila, johon liittyy Histonimerkki eli H3k9me3, on läsnä rs7995192 ja rs2580189 alueilla. Vaikka on todisteita tukahdutettua valtion kromatiinin, RegulomeDB kertoo, että transkriptiotekijän sitovat motiivit eivät itse asiassa ulottuvat genomi- kannat rs2580189 ja rs1262781.

Kaksi motiivit XBP-1 (X-box sitova proteiini 1) ja ATF6 (aktivoiva transkriptiotekijä 6) span alueella rs1262781 mukaan RegulomeDB. HaploReg vahvistaa läsnäoloa XBP-1 ja ATF6 motiiveja ja lisäksi aihe SOX-17 (SRY [sukupuoli määrittävä alue Y] ruutuun 17). HaploReg raportoi alempi ennustettu sidonta tehostunut XBP-1 ja ATF6 ja hieman suurempaan sitovat tehokkuuden SOX-17.

RegulomeDB raportoi ZNF143 (sinkki sormella proteiinia 143) motiivin ympäröivällä alueella SNP rs2580189. Kuitenkin, HaploReg ei raportoi läsnä tämän motiivin. Yhdessä tulokset kerätty RegulomeDB ja HaploReg osoittavat, että

ARLTS1

eQTLs sijaitsevat sääntelyn alueilla 13q14.

Co-ilmentymisen analyysi

GeneSapiens mRNA ilmaisun tietokannan tietojen, kuten

ARLTS1

ilme, mistä 1445 solulinjoista (48 syöpä alatyyppejä) ja eturauhassyövän kasvaimia oli käytettävissä interaktiotutkimuksia. Kaikkiaan 1381 geenejä korrelaatioarvo 0,30 ja p-arvo 0,05 todettiin positiivisesti korreloi

ARLTS1

geeni. Käyttämällä DAVID GO toiminnallinen klusterointia, (https://david.abcc.ncifcrf.gov/tools.jsp) [25], [26] vahva yhdessä tuma ja sinkki-sormen proteiini prosesseja havainnollistettiin, kun kaikki geenit positiivisesti korreloi

ARLTS1

lauseke (n = 36) PCA solulinjassa kohortti otettiin huomioon (jossa on tiukemmat korrelaatioarvon 0,50). Ryhmä ydin- prosessien (tuma, solunsisäinen -organellien transkriptio ja DNA-sitova) rikastettiin kun tiedot Eturauhassyövän solulinjojen tutkittiin. Rikastamista tilanne oli 13,49, joiden p-arvo 1.1E-32. Oikaistu Benjamin tilanne oli 5.1E-30, ja klusterin sinkin sormen sitovien proteiinien paljasti p-arvo 9.0E-22. Sama ilmiö havaittiin sisällä koko data solulinjojen (meta kohortti) kanssa geenien osoitetaan korrelaatio arvon 0,30.

ARLTS1

koekspressoimalla geenien (jossa korrelaatioarvo 0,50) meta solulinjasta paljastivat luokan immuunijärjestelmän prosesseja (B- /T-solujen aktivaation, leukosyytti- /lymfosyyttien erilaistuminen ja aktivointi), jossa rikastuminen pisteet 2,94 (p-arvo 5.57E-7, säädettiin Benjamin pisteet 2.9E-5).

ARLTS1

koekspressoimalla data geenien korreloi negatiivisesti

ARLTS1

tunnistettu voimakas geeni ontologian glykoproteiinin ja solukalvon proteiinien geenien PCa solulinjoissa (n = 2722, korrelaatioarvo -0,50, rikastaminen pisteet 52,13, p-arvo 3.4E-72 ja 38,35, p-arvo 7.9E-32 , vastaavasti). Sisällä negatiivisesti korreloivat geenien klusterin immunoglobuliinidomeenin sisältävien proteiinien kanna rikastuminen pisteet 12,23, joiden p-arvo 5.4E-24. GO Termi ”sytokiini toimintaa” paljasti rikastuminen pisteet 10,43, joiden p-arvo on 6.5E-10 sisällä negatiivisesti korreloivat geenejä. Sen lisäksi, että tuloksena

ARLTS1

negatiivisesti korreloidaan geenejä, myös tunnistettu klustereita G-proteiiniin kytkettyjen reseptorien ja solu-solu-signaloinnilla.

Viisi positiivisesti ja negatiivisesti

ARLTS1

korreloivat geenien solulinjassa tiedot on esitetty taulukossa 3 (ylempi paneeli). Lisäksi, tulokset

ARLTS1

koeskspressio geenien (

SETDB2, PHF11, SPRYD7, MLNR

), jotka tunsivat eSNPs on esitetty alaosassa taulukossa 3, päässä yhteistyössä ilmentymisanalyysit suoritetaan meta solulinjassa, eturauhasen solulinja tiedot ja eturauhasen kasvain tiedot.

ilmentyminen

ARLTS1

korreloi positiivisesti ilmaus

SETBD2

, niin koko data solulinjojen (meta solulinja kohortti) (korrelaatio arvo 0,64, p-arvo 0,000) ja erityisissä PCa solulinjoja (korrelaatioarvon 0,61, p-arvo 0,00009) (taulukko 3). Ilmentäminen

PHF11

geeni korreloi positiivisesti

ARLTS1

ilmentymistä meta solulinjassa data (korrelaatioarvon 0,44, p-arvo 0,000). Expression of

MLNR

ja

SPRYD7

oli negatiivinen korrelaatio

ARLTS1

ilme.

ARLTS1

ja

MLNR

oli korrelaatio arvo -0,35 (p-arvo 0,04) PCA solulinjoissa, ja

ARLTS1

ja

SPRYD7

oli korrelaatio arvo -0,34 (p-arvo 0,003) eturauhassyövän yksilöt (taulukko 3). Vahva negatiivinen korrelaatio

ARLTS1

ja

SPRYD7

ekspressiotasot myös validoitu transcriptome data 84 PCa tapauksista ja 15 ohjaa.

MDR analyysi

suoralla sekvensoinnilla, pystyimme havaitsemaan kuusi

ARLTS1

variantteja samaan amplikoni PCA potilaista sisältyvät Illumina genotyypityksen (n = 135). Kaikki variantit tunnettiin aiemmin (rs117251022, rs3803186, rs147120792, rs3803185, rs138452698 ja G446A [Trp149Stop]). Valaisemiseksi genotyypin

ARLTS1

yhteisvaikutuksia käytimme multifactor dimensionality vähennys (MDR). Gene-geenin vuorovaikutuksen tila välillä

ARLTS1

ja geenien toimiva immuunijärjestelmä prosesseja 102 PCa tapauksissa ja 33 valvonnan laskettiin, mutta emme pystyneet löytämään tilastollisesti merkittävää

ARLTS1

vuorovaikutukset tässä tutkimuskohortissa (tuloksia ei ole esitetty).

keskustelu

ARLTS1

on syöpään altistava geeni, joilla on todistettu kasvaimia estävä ominaisuuksia. Kuitenkin hyvin vähän näyttöä toiminto, erityisesti polkuja, on tällä hetkellä saatavilla. Tässä tutkimuksessa pystyimme tarkastamisvelvollisuus vaimentua

ARLTS1

ilmentymistä veressä RNA Eturauhassyövän potilaan näytteitä, jotka osoittavat ensimmäistä kertaa vaikutus ituradan muutokselle

ARLTS1

ekspressiotasoja. Kasvaimen suppressori funktio

ARLTS1

geeni on aiemmin todistettu Calin GA et al., Jotka havaitsivat, että transduktion täyspitkän

ARLTS1

A549-soluihin in Nu /Nu-hiirissä väheni kasvaimen kasvua verrattuna tyhjän vektorin [1]. Kyky

ARLTS1

kasvaimien muodostumisen estämiseksi prekliinisissä malleissa on myös havaittu munasarjojen [27] ja keuhkosyövän soluihin [28]. Nämä tulokset perustuvat somaattisten mutaatioiden syöpä- solulinjat, kun taas meidän tulos osoittaa uusi ilmaisu eron ituradan tasolla, tukevat rooli

ARLTS1

kuin kasvainsuppressorigeenin. Tulevaisuudessa nämä tyypit havaintoja voidaan käyttää mahdollistamaan seulontaan ja havaitseminen korkean riskin potilailla jo ennen kliinistä diagnoosia.

Olemme aiemmin genotyyppi

ARLTS1

variantit eturauhasen, rinnan ja paksusuolen ja peräsuolen syöpä [29] ja tuotti eturauhassyövän seurantatutkimus [10]. Ensimmäisessä tutkimuksessa [29], me raportoitu tilastollisesti merkittävää yhteyttä

ARLTS1

variantteja T442C, G194T ja eturauhassyövän riskiä. Kuitenkin säätämisen jälkeen useita testejä, mikään tulokset olivat merkittäviä. Vuonna seurantatutkimuksessa suurempien otoskoko kerroimme tilastollisesti merkittävää yhteyttä T442C muunnos ja eturauhassyövän riskiä [10].