Krooninen sairaus

tiivistelmä

kromosomipoikkeavuuksien kliinistä käyttökelpoisuutta diagnosointiin ja hoitoon hematologisia syöpiä, ja voi ennustaa pahanlaatuinen muuttumista yksilöille ilmeisen kliinisen esittely hematologisen syövän. Kun pyritään vahvistamaan Aiempien raporttien yhdistyksen välillä klonaalinen mosaicism ja tapaus hematologisia syövän, me soveltanut anomDetectBAF algoritmi soittaa kromosomi poikkeavuuksia genotyyppi tietoja aiemmin tehty Genome Wide Association Studies (GWAS). Genotyypit alun perin kerätty DNA peräisin perifeerisestä verestä 12176 osallistujien ryhmän Health sähköisen potilastiedot ja Genomics tutkimus (nousta) ja naisten Health Initiative (WHI). Havaitsimme klonaalinen mosaicism 169 yksilöiden (1,4%) ja suuri klonaalisen mosaiikki tapahtumia ( 2 mb) 117 (1,0%) yksilöitä. Vaikka vain 9,5% Klonaalisten mosaiikki harjoittajien oli tapaus diagnoosi hematologisen syövän (multippeli myelooma, myelodysplastinen oireyhtymä, lymfooma tai leukemia), kantajia oli 5,5-kertainen riski (95% CI: 3,3-9,3; p-arvo = 7.5 x 10

-11) kehittää näiden syöpien myöhemmin. Varustamot suurten mosaiikki poikkeavuuksien osoitti erityisen korostunut seurannaisvaurioiden leukemian (HR = 19,2, 95% CI: 8,9-41,6, p-arvo = 7,3 × 10

-14). Niinpä me itsenäisesti vahvistaa yhdistyksen välillä havaittavissa klonaalinen mosaicism ja verenkierron syöpä löytyy aikaisemmin kahdessa viime julkaisuissa.

Citation: Schick UM, McDavid A Crane PK, Weston N, Ehrlich K, Newton KM, et al. (2013) vahvistus Raportoitu Association of Clonal Kromosomi Mosaikismi suurentunut Insidentinhallinnan hematologinen syöpä. PLoS ONE 8 (3): e59823. doi: 10,1371 /journal.pone.0059823

Editor: Jose Angel Martinez Climent, Navarran yliopisto, Center for Applied Medical Research, Espanja

vastaanotettu: 23 maaliskuu 2012; Hyväksytty: 21 helmikuu 2013; Julkaistu: 22 maaliskuu 2013

Copyright: © 2013 Schick et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Alkuperäinen ADPR rahoittivat U01AG06781 ja alkuperäisen ACT tutkimuksen rahoittaa myös U01AG06781. Emergen Tutkimuksen rahoittivat National Institutes of Health (NIH) palkinto HG004610, AG06781 (Group Health Osuuskunta). Genotyypitys syntyä näytteiden rahoittivat avustusta U01HG004438. WHI Ohjelma rahoittaa National Heart, Lung, and Blood Institute, NIH, US Department of Health and Human Services sopimusten kautta N01WH22110, 24152, 32100-2, 32105-6, 32108-9, 32111-13, 32115, 32118 -32119, 32122, 42107-26, 42129-32, ja 44221. kirjoittajat kiittää WHI tutkijat ja henkilökunta omistautumisesta, ja tutkimukseen osallistujat ohjelman tekoon mahdollista. Täydellinen luettelo WHI tutkijat löytyy osoitteesta: https://www.whiscience.org/publications/WHI_investigators_shortlist.pdf. WHI Gecco kolorektaalisyöpä Tutkimuksen rahoittivat U01CKA137088 ja R01CKA059045. Kirjoittajat haluavat tunnustaa tukea GARNET Collaborative Research Group. Rahoitus tuki WHI-GARNET tuotiin esille muun muassa NHGRI Genomics ja satunnaistettuja Network (GARNET) (Grant Number U01 HG005152). Avustaminen fenotyyppi yhdenmukaistaminen ja genotyyppi puhdistus, sekä yleinen tutkimus koordinointi, tarjosi GARNET koordinointikeskus (U01 HG005157). Rahoitus tuki genotyypitys, joka suoritettiin Broad Institute of MIT ja Harvard, saatiin NIH Geenit, ympäristö ja Health Initiative [GEI] (U01 HG004424). Lisätukea kirjailija UMS tarjosi avustusta R25CA094880 National Cancer Institute. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

kromosomaalinen mosaicism on läsnäolo eroista kromosomi sisällön solujen samassa yksilössä, johdettu yhdestä tsygootti [1]. Ajoitus mutaatioprosessiin tapahtuman kehittämiseen vaikuttaa sekä laajuutta ja tyypit mosaiikki (somaattinen ja /tai sukusolujen) [2]. Varhainen postzygotic mutaatio voi aiheuttaa kromosomi mosaicism somaattisissa soluissa, sukusolujen tai joskus molempia solutyyppejä [2], kun taas tapahtumien myöhemmin elämässä yleensä rajattu tiettyyn solulinjaan [3]. Kromosominen mosaicism edesauttaa yksilöiden välisten monimuotoisuus ja on vakiintunut syy hypopigmentaatiota ihon [4], keskenmenoon [5] – [7], synnynnäisiä epämuodostumia [8], kognitiivisia puutteita ja aivojen kehitykselle [9], [10] , ja erilaiset syövät [11] – [13] mukaan lukien hematologiset syövät [3], [14], [15].

hematologinen syövät ovat heterogeeninen ryhmä neoplastisten tilojen vereen tai verta muodostavien kudosten. Havaintoaineistoa viittaavat siihen, että noin puolet potilaista, joilla hematologisen syöpiä satama klonaalinen kromosomi poikkeavuudet [15], joka usein kaatuisi ominainen puolilla genomissa [3], [15] – [18]. Erityisesti kromosomaalinen aneuploidia tällaisia ​​20q-, 13q-, 11q-, 17p-, 12+ ja 8+ havaitaan yleisesti sairastavilla henkilöillä [3], [15]. Kliinisesti tunnistaminen kromosomipoikkeavuuksien on tärkeää hematologinen syöpätautien diagnoosiin, ennuste, hoito ja seuranta [19], [20].

Kaksi viimeaikaista väestön perustuvat tutkimukset ovat tunnistaneet yhdistyksen välillä klonaalinen kromosomaalista mosaicism ( päällekkäisyydet, poistot ja kopioi neutraali heterotsygotian menetys) havaittiin genominlaajuisten SNP array tietoja ja tapaus hematologisia syöpiä [3], [15]. Käyttäen poikkeamien ilmaisuun edellä kuvatun menetelmän Laurie et al. [3], teimme riippumaton tutkimus pyrkii välisen assosiaation määrän havaittavissa kromosomi mosaicism ja hematologisia syöpiä näytteissä genotyyppi kautta sähköiset potilastiedot ja Genomics (esiin) verkon ja naisten Health Initiative (WHI). Havaittavissa mosaicism tunnistettu tämän menetelmä vaatii suhteellisen suuri osuus solut samalla epänormaali karyotyyppi (arviolta 5-10% poikkeavia soluja [3]), mikä korostamme koko tekstissä, että tutkimus on rajoitettu vain mosaicism me pystyvät havaitsemaan. Tämä työ löytää yhdistyksen välillä havaittavissa klonaalinen mosaicism ja tapaus hematologisia syöpä, yhdenmukainen aiempien tutkimusten.

Tulokset

tutkimuksen populaatio 12176 yksilöitä pääasiassa eurooppalaista syntyperää aiemmin genotyypitettiin WHI ja emergen verkon käytettäväksi tapausverrokkitutkimukset dementian, lonkkamurtumien, peräsuolen syöpiä, ja aineenvaihdunnan sekä sydämeen ja verisuonistoon (taulukko 1). DNA-näytteet uutetaan verinäytteistä tai lähellä lähtötilanteeseen ensisijaisen tutkimuksen ja genotyypattiin koskevasta Illumina alustalla. Osallistuja ikä lähtötilanteessa vaihteli 50-89 vuotta, joiden keski-ikä eri tutkimuksissa 69 vuotta (taulukko 1, kuva S1). Osallistujamäärää tuli olla laadukasta genotyyppi puhelut sekä vapaina hematologisen syövän lähtötilanteessa muiden kriteerien, katso Methods. Suurin osa potilaista (60%) oli yli vuosikymmenen seurannan, jossa kaikki osallistujamäärää jolla on vähintään vuoden seurannassa.

Autosomaalisen klonaalinen kromosomi mosaicism havaittiin 1,4% ( n = 169) ja 12176 yksilöitä genotyyppi kautta esiin ja WHI tutkimuksia. Mosaikismi oli yleisempää keskuudessa 229 yksilöiden täyttävän tapahtuman hematologisen syövän (tapausmäärittely taulukossa S1 File S1), jossa on 7,0% tapauksista kätkeminen havaittavan mosaiikki epäkohta. Taajuus mosaiikki poikkeavuuksia havaittiin lisääntyvän ikä Näytekokoelmatodistuksen, jotka vaihtelevat 0,9% yksilöiden alle 60-vuotiaita lähtötilanteessa 2,7% yksilöiden yli 79-vuotiaana (kuva S2). Saattaa myös olla ehdotusta suhde ikä keräämisen ja anomalia pituus (kuva S3).

Useimmat löydetyt mosaiikki tapahtumia olivat suuria (mediaani size = 9,4 megabases, Mb). Mosaiikki havaitut poikkeavuudet tutkimuksessa koehenkilöillä, 8,0% poikkeamia oli voittoja, 41,5% tappioista, ja 50,5% kopio neutraali Heterotsygotian menetys (CN LOH) (taulukko 2). Mediaani pituudet poikkeavuuksien olivat 1,8 Mb varten mosaiikki tappiot, 30,3 Mb neutraalin tapahtumia ja 37,8 Mb varten mosaiikki voittoja. Yhteenveto ominaisuuksista arvioidun kopion muutoksen (voitto, tappio, CN LOH), kromosomaalinen tyyppi (acrocentric, vaihtokeskuskorkeus), kromosomaalinen sijainti ja jakeluun mosaiikki ei-mosaiikki poikkeavuuksia piirretty kuvioon 1 A, B, C, D, vastaavasti.

A) BAF ja LRR mittarit mosaiikki poikkeavuuksia arvioiden kopio muutos disomic tila (punainen = menetys, tummansininen = vahvistus, oranssi = kopioi neutraali Heterotsygotian menetys. B) BAF ja LRR mittarit mosaiikki poikkeavuuksia sijainnin mukaan (tummansininen = interstitiaalinen, turkoosi = p terminaali, vaaleanpunainen = q terminaalin tai punainen = kokonainen kromosomi). C) BAF ja LRR mittarit mosaiikki poikkeavuuksia tyypin kromosomin (vihreä ympyrä = acrocentric, violetti risti = vaihtokeskuskorkeus). D) BAF ja LRR mittarit mosaiikki (punainen) ja ei-mosaiikki (musta) poikkeavuuksia.

Koko kromosomin mosaiikki poikkeamia havaittiin kromosomeissa 8 (1 CN LOH, 2 gain), 12 (2 voittoa), 13 (1 CN LOH), 14 (1 CN LOH), 15 (3 gain), 17 (1 CN LOH), 19 (1 voitto) ja 22 (1 CN LOH). Koko kromosomi mosaiikki poikkeavuuksia edusti vain 6,5% havaittujen poikkeavuuksien, kun taas suurin osa havaittujen mosaiikki poikkeavuuksien olivat joko interstitiaalinen (60,0%) tai päätelaitteen (33,5%). Kaikki mosaiikki tapahtumat näytetään graafisesti kromosomi kuvassa 2 ja lisätietoja havaittujen mosaiikki poikkeamia annetaan taulukoissa S2 S3 File S1.

punainen laatikko ympärillä ideogrammi edustaa alue kiinnostaa tontin alapuolella. Kromosomi 21 on jätetty pois, koska ei ole havaittujen mosaiikki poikkeavuuksien kromosomissa. (Huom: tontit ei ole piirretty mittakaavassa).

toistuvasti poistettu alueet sisältyvät 2p, 4Q, 13q, 17Q ja 20q, joka usein päällekkäin geenejä, jotka on aiemmin liittynyt hematologisen syövän (kuvio 2 ). On 2p on minimaalisesti poistettu alue 751 kiloemäksen (Kb), joka on havaittu 4 yksilöitä. Tämä alue limittyy enemmistön

DNMT3A

geeni yleisesti mutatoitunut T-solulymfooma ja myelooinen leukemia [21]. Tappiot 148 Kb on 4q, jotka sisältävät

TET2

geenin, havaittiin 6 henkilöä. Lakkaa toimimasta mutaatioita

TET2

geeniä toistuvasti havaittu myelodysplasiasta myeloproliferatiivisiin häiriöt ja akuutti myelooinen leukemia [22]. Niistä 6 yksilöiden kopio tappioita

TET2

geenin alueella, 2 näistä yksilöistä oli tapaus hematologisen syövän diagnoosi (1 myelodysplastinen oireyhtymä 1 multippeli myelooma). Deleetiot 13q todettiin 7 yksilöiden minimaalisesti poistettu alueella 714 Kb joka sisältää

DLEU7

geeni, jonka ajatellaan olevan rooli tuumorisuppressorina kroonisen lymfaattisen leukemian [23]. Mosaic deleetiot

DLEU7

havaittiin 2 leukemia tapauksissa 1 non-Hodgkin-lymfooma kotelo ja 4 yksilöille ilman hematologinen syöpä. Mosaic deleetioita 1 mb of 17Q havaittiin 5 hematologinen syöpä-ilmaiseksi yksilöitä. Toistuvaistyöttömien poistetut alueen 17Q ​​päällekkäinen

NF1

, joka korreloi suurentunut lapsipotilaiden leukemia [24]. Lopuksi toistuvasti poistettu alueen 129 kb 20q havaittiin 8 henkilöä. Ei kandidaattigeenit mukana hematologinen maligniteetti sijaitsivat minimaalisesti poistettu alueella 20q.

Kaikkiaan 229 tapausta tapahtumasta hematologisen syövän havaittu 12176 osallistujat, jotka eivät ole kirjattu hematologisen syövän ennen tutkimusta tai sisällä 1 vuoden ilmoittautuminen. Niistä 229 tapauksessa oli 51 leukemia, 6 Hodgkinin lymfooma, 120 non-Hodgkin-lymfooman, 46 multippelimyeloomaa ja 6 myelodysplastinen oireyhtymä tapauksissa. Hematologiset syöpätapauksista oli samanlaiset ominaisuudet yksilöille ilman havaittua hematologisia syöpä, mutta tapaukset olivat yleensä vanhempia tutkimuksen lopussa lähtötilanteessa ja yleensä on lyhyempi tutkimuksen seurannan (taulukko 3). Käyttämällä Coxin suhteellinen vaara malleja, arvioimme riski tapahtuman hematologiset syöpään liittyvät kuljetukseen mosaiikki epäkohta on 5,5 (95% CI: 3,3-9,3, p-arvo = 7,5 × 10

-11) säätämisen jälkeen ikä tutkimuksen saanti ja tutkimuskohortissa. Kun otetaan huomioon vain tapaus hematologisia syöpiä muu kuin leukemia, riskiestimaattien liittyy mosaiikki epämuodostumia heikennettyjä (HR = 3,2, 95% CI: 1,5-6,8, p-arvo = 0,003). Leukemian riskiä, ​​joka liittyy mosaiikki poikkeavuus oli suurempi kuin riski muita hematologisia syövän 9 51 leukemian tapauksissa tunnistettua epäkohta vs. 7 177 muita hematologisia syöpätapausta kanssa tunnistettua anomalia (p-arvo = 0,002).

Niistä 16 hematologinen syöpä tapauksia havaittavissa mosaicism, 9 tapauksista diagnosoitiin leukemia. Taajuus mosaikismin keskuudessa leukemiatapausten tapauksissa oli 17,6%, joka on huomattavasti korkeampi kuin mitä havaitaan muita hematologisia syöpiä (3,9%) ja paljon korkeampi kuin hinnat havaittu oletetusti hematologinen syöpä-ilmainen näyte (1,3%). Kun otetaan huomioon vain leukemia kuin lopputulos, riskisuhde liittyy mosaiikki poikkeavuus oli 19,2 oikaistu ikä saannin ja kohortti (95% CI: 8,9-41,6, p-arvo = 7,3 × 10

-14). Yhdistyksen suurten mosaiikki poikkeavuuksien ja tapaus hematologisia tuloksia muu kuin leukemia on paljon heikennetty, jos niille ollenkaan (HR = 2,7, 95% CI: 0,98-7,2, p-arvo = 0,056). Kaikille hematologiset syövät ja erityisesti leukemian, todennäköisyys jäljellä diagnosoimatta vaihteli mosaiikki ja ei-mosaiikki harjoittajat (kuvio 3A B, vastaavasti).

Keskustelu

Vahvista assosiaatio kromosomi mosaicism verestä valkosolujen DNA ja diagnoosi hematologisen syövän seuraavalla vuosikymmenellä. Aiempi raportti Laurie et al. [3] arvioitiin riskiä hematologisen maligniteetin liittyy mosaiikki epäkohta on 10 kertaa suurempi kuin riski kokenut yksityishenkilöiden ilman havaittu poikkeavuus. Käyttämällä väestö huomattavasti hematologinen syöpätapausta, Arviomme on 5,4-kertainen riski on vahvistava vahvan yhteyden mosaiikki poikkeavuuksien ja hematologinen syöpä. Jacobs et ai. [15] ilmoitetaan arviolta 35-kertainen riski myöhemmin leukemian diagnoosin liittyy kuljetukseen suuri havaittavan mosaiikki anomalia ( 2 Mb). Löysimme riski leukemia liittyy suuri mosaiikki epäkohta on 19,2 kertaa suurempi kuin riski kuin mosaiikki yksilöitä. Vaikka meidän riskiestimaattien ovat hieman pienempiä verrattuna edelliseen havaintojen nämä tulokset antavat vahvaa, riippumatonta vahvistusta raportoiduista tuloksista (taulukko 4). Yhtäläisyyksiä havaittu mosaiikki poikkeavuuksien ja toistuvia poikkeamia aiemmin havaittu hematologinen syöpä (poistot kutsumalla alueet 2p-, 4q-, 13q-, 17q- ja 20q-) antaa lisätukea yhdistyksen.

analyysimme keski-ikäisten ja iäkkäiden (keskiarvo 69 vuotta, alue 50-89), havaitsimme yhä useammin havaittavissa mosaikismin iän myötä. Tämä tulos vahvistaa havainnot kahden aikaisemman GWAS-pohjainen mosaicism tutkimuksissa [3], [15], jotka ilmoittavat, että taajuus mosaiikki tapahtumista ovat vähän yksilöitä nuorempia kuin 50 vuotta (+0,23-,5%), mutta nousee noin 2-3% vuonna yksilöitä niiden puolivälissä 70s. Nämä havainnot voivat liittyä ikääntymiseen liittyvät somaattiset mutaatio kertymistä tai laskee tehokkuuden DNA korjausmekanismit [25].

vahvistuksen Tutkimus sisältää niin monta tapaus hematologinen syöpä tapauksissa kahden aiemman tutkimuksen yhteen (229 tapausta vs. . 105 [3] ja 115 tapausta [15]). Yhdistyksen välillä havaitaan kromosomaalisia mosaicism ja verenkierron syöpä vietämme on sekä merkittävä tilastollisesti ja merkittävää suuruusluokkaa, mikä viittaa siihen, tämä havainto on vankka eri tutkimuksissa. Kuitenkin tässä ja muissa tutkimuksissa syövän tyyppi vahvin yhdistys on ollut leukemia, yhdistyksen joukossa muita hematologisia syöpiä heikompi, jos läsnä ollenkaan. Arviointi ylimääräisiä ei-leukemia hematologisia syöpiä hyvin powered vertailu auttaisi selventämään olemassaoloa ja suuruutta ei-leukemia -alueella. Lisäkarakterisoiminen yhdistyksen välillä muiden somaattisten muutosten kuten tasapainoinen transversioita ja alueelta toiselle siirtäminen, jota ei voida havaita tällä menetelmällä voisi olla hyödyllinen jatkumo tämän työn.

On myös pysyvät kysymyksiä havaitsemiseen karyotyyppitutkiraus poikkeavuuksia verestä johdettuja DNA: ta. Pitkittäinen genotyypitys tutkimuksia tai vertailevia genominen hybridisaatio voisi tutkia kehityskaari kloonilaajenemisen yksilöiden mosaiikki poikkeavuuksia. Olisi kiinnostavaa määrittää, ovatko nämä liikeradat eroavat henkilöillä, joille kehittyi kliinisesti diagnosoitu syöpien ja ne, jotka eivät. Vuonna yksilöiden otaksuttu mosaicism, olisi myös kiinnostava testata muita kudoksia läsnäolo mosaiikki epäkohta. Vaikka me arvelevat, että bona fide mosaicism olisi tyypillisesti rajoittuu leukosyyttien, tutkimuksissa on pystynyt testata tätä hypoteesia, koska ne eivät ole saaneet pääsyä muihin kudoksiin alkaen sairastavilla henkilöillä.

Yhteenvetona Tutkimuksessamme tarjoaa vahvistus ja Laurie et al. [3], ja Jacobs et ai. [15] tutkimukset. Nämä kolme tutkimusta kertomuksen huomattavan riskin hematologiset syöpään liittyvän havaittu mosaiikki poikkeavuuksia veressä, mutta mekanismeista tämä yhteys on epäselvä. Vaikka kasvainten synnyssä liittyy usein kromosomi epävakaus ja muuttaminen kromosomi kopioluvun, molekyylimekanismeja vastuussa kromosomi- mosaicism ja keskinäinen suhteet kromosomi- mosaicism ja hematologiset syövät yhä puutteellisia. Kasvain vaimennin proteiinien ja geenien, jotka ohjaavat oikea sentrosomimäärän muodostumista, mitoosi Checkpoint signalointi, ja liikkuvuus monistaa kromosomien voi olla mukana molemmissa ilmiöitä [26]. Lapsuudessa leukemiat, kromosomaalisia poikkeavuuksia ja preleukeeminen kloonit näyttävät syntyvän ennen syntymää, viittaa siihen, että toissijainen geneettisiä tapahtumia, jotka tapahtuvat syntymän jälkeen tarvitaan taudin kehittymistä [14]. Aikuisilla hematologisia syöpiä, on mahdollista, että useita patogeenisiä (geneettiset ja ympäristötekijät) tapahtumia ajan yhdessä kertyminen somaattisista mutaatioista, edistää kasvaimen kehittymisen, ja lopulta esiintyminen ilmeistä taudin. Jatkotutkimuksia on perusteltua tunnistaa ja kuvata mekanismien tämä yhdistys.

Materiaalit ja menetelmät

syntyä Study Väestö

syntyä otos koottiin ryhmän Health Cooperative (GHC) hoitoalan organisaatio Seattlen-Puget Sound alueella. TET kirjoilla osaksi joko University of Washington /ryhmän Health Osuuskunta Alzheimerin tauti Patient Registry (ADPR) [27] tai Adult Muutokset Thought tutkimuksessa (ACT) [28]. Sekä ADPR ja ACT alun perin ehdotti opiskelemaan dementia. ADPR oli tapaus, jossa havaitut tutkimus dementian, joka alkoi vuonna 1986 sekä osoittaa toteutettavuus rekisterien tutkimus- ja etsiä merkkiaineita Alzheimerin taudin ja siihen liittyvien dementioiden. ACT Tutkimus alkoi vuonna 1994 suunnitellun seuraaja ADPR. ACT Tutkimuksen aluksi osallistui 2581 aiheita ensisijaisesti eurooppalaista syntyperää ilman dementia yksilöiden kesken yli ikä 64 vuotta. Hallitsevuus yksilöiden eurooppalaista syntyperää on ominaista väestön Puget Sound alueen sijasta valintakriteerinä. ACT on sittemmin kehittynyt lähiyhteisön kohorttitutkimuksen noin 2000 kognitiivisesti terve yksilöiden jatkuvalla ilmoittautuminen. Joukko 2357 etuyhteydettömien osallistujien vuotiaista 50-89 vuotta genotyypattiin käyttämällä DNA peräisin ääreisveren näytteistä osana esiin hankkeen, ja nämä henkilöt olivat mukana nykyisen tutkimuksessa. Molemmat tapaukset ja ohjaimet dementia tutkimuksen otettiin mukaan tutkimukseen väestöstä (taulukko S4 File S1, taulukko S5 File S1).

Kliininen seurantatiedot, muodossa kattavan kliinisen lääketieteen, laboratorio- ja apteekki kirjaa, ovat kaikkien saatavilla ACT ja ADPR osallistujat, joiden mediaani 6,1 vuotta sähköisen potilaskertomuksen seurannan jälkeen tutkimuksessa ilmoittautuminen. Aiheita suostunut genotyypitys osana emergen tutkimuksen ja lupaa näihin erityistä analyysiä saatiin ryhmän Health Osuuskunta Institutional Review Board.

WHI Study Väestö

Naisten Health Initiative (WHI) on suuri kohorttitutkimuksessa, jossa keskitytään ensisijaisesti sydän- ja verisuonisairauksia ja rintasyöpä, mutta toissijainen tuloksia, jotka sisältävät useita ratkaisi hematologisia syöpiä [29]. WHI osallistujille Illumina GWAS tietoja oli saatavissa kolme erillistä tapaus-verrokki GWAS tutkimukset, WHI: tutkimus paksusuolisyövän (Gecco, Peters, PI), tutkimus lonkkamurtumia (Hip Fracture; Jackson, PI), ja tutkimus hormonihoito ja sydän- ja verisuonisairaudet /metabolinen tuloksia (GARNET, Reiner, PI). WHI hyväksyntä saatiin sisällyttämään näiden näytteiden tässä tutkimuksessa. Kaikkiaan 9819 aiemmin genotyyppi WHI osallistujille ensisijaisesti eurooppalaista syntyperää otettiin mukaan analyysiin. Jälleen laskeutuminen ei ollut valintaperuste, vaan johtuu potilaan väestön väestötiedot. WHI oli naisia, iältään 50-79 vuotta alkamishetkellä, suostunut tutkimukseen ikään liittyvien terveysongelmien, jossa keskimäärin 12 vuoden seurannassa jälkeen rekrytointia. Havaitsimme mitään korrelaatiota tapauksessa tila ja joko havaita poikkeavuuksia tai myöhemmän hematologisia syöpä, ja siksi mukana kaikkien tukikelpoisten tapausten ja kontrollien meidän analyyseissä (taulukko S4 File S1).

Classification of Clinical Outcomes paikat ja merkitykselliset Kovariaatit

ensisijainen kliinisiä tuloksia kiinnostava tässä tutkimuksessa olivat hematologisia syöpiä, kuten leukemia, lymfooma, myelodysplastisen oireyhtymän ja multippeli myelooma. Kliiniset tulokset sisällä esiin näytteen todenneessa sähköisten lääketieteellisten raportointi kansainvälisen tautiluokituksen, yhdeksäs tarkistus (ICD-9) koodeja 200,0-208,9, 238,6, 238,72-238,75 ja 238,79 (taulukko S1 File S1). ICD-9 diagnoosi luokitus hematologisen syöpiä saatiin Washington State Syöpärekisterissä määritelmiä [30] kanssa lääkärin luokittelu myelodysplastisen oireyhtymän ICD-9 koodausta.

ratkaisi hoitotuloksia aikana WHI seurantaan sisältyvät leukemia, Hodgkinin ja non-Hodgkin lymfooma, ja useita myelooma. Toteamiseen kliinisten tulosten tapahtui mukaan aiemmin kuvattu WHI menetelmiä [29]. Lyhyesti, hematologinen syöpä tulokset todennettiin itse raportin vuosittain tai kahdesti vuodessa seurannan osallistujaa, minkä jälkeen lääkäri tuomitseminen perustuu potilastiedot ja patologiaraporteista vahvista hematologisia syöpätapausta ja määrittää kansainvälisen luokituksen Disease for Oncology, 3

rd painos koodia tarvittaessa. Lukuun ottamatta multippelimyeloomaa itse ilmoitettu historia hematologisen syövän ennen WHI ilmoittautuminen ollut käytettävissä osallistujille.

pidetään osallistujia olevan oletetusti hematologinen syöpä-vapaa lähtötilanteessa, jos he ilmoittautuivat ei historian hematologisen syövän at saanti, ja ei ollut hematologinen syöpä diagnoosi sisällä ensimmäisenä opiskeluvuonna seurannan. Osallistujat raportointi syövän historia, varhaisen diagnoosin, puuttuva historia, tai alle vuoden seurannassa jätettiin analyysit ja aihe on tärkeä.

genotyypin ja laadunvalvonta

emergen Näytteet olivat genotyyppi on Illumina ihmisen 660W-Quadv1_A array Center for perinnöllisten sairauksien tutkimus Johns Hopkins University. WHI näytteet genotyyppi seuraaviin Illumina alustat: HumanOmni1_Quad_v1_0_B, Human HapMap 550k ja HUMAN CYTOSNP-12 at Broad Institute of MIT ja Harvard, ja Translational Genomics Research Institute (taulukko 1). B-alleelifrekvensseiltään (BAF) ja log R-suhde (LRR) mittareita laskettiin käyttäen Illumina BeadStudio ohjelmisto.

Standard laadunvalvonta suoritettiin poistamaan näytteitä epävarma identiteetin tai DNA laatu [31]. Me seuloa seksiä ristiriitainen näytteitä käytetään arvioita X-kromosomin Heterotsygoottisuuden, ja tahaton kaksoiskappaleita (genotyypityksen kontrollit ja näytteet monistaa eri tutkimuksissa) kautta maailmanlaajuisesti arvioitu osuus identiteetin valtion [32]. Me ulkopuolelle näytteitä analyysiä jos genotyypin puhelun hinnat olivat alle 98% tai jos BAF keskihajonta ei-poikkeavia peittyvästi kromosomien ylitti 0,06. Yhteensä 723 näytettä suljettiin pois analyysistä. Niistä ulkopuolelle näytteitä, 23 näytettä ei otettu korkean ei-poikkeava BAF keskihajonta peittyvästi kromosomeja, 610 tahattoman kaksoiskappaleita, 86 alhaisen genotyypityksen puhelutaajuuden, ja 4 sukupuolen yhteensopimattomuus. Useimmat tahaton kaksoiskappaleita johtuvat merkittävät päällekkäisyydet kohortteja genotyypitetty WHI.

poikkeamien ilmaisuun ja laadunvalvonta

Kromosomi epämuodostumia havaittiin kautta ”anomDetectBAF” menetelmä ja kaikki laadunvalvonnan toteutettiin käyttäen ”anomIdentifyLowQuality” menetelmä päässä GWASTools paketin versio 1.2.1 saatavilla R-versiossa 2.15 kautta Bioconductor arkiston [33]. Yksityiskohtainen kuvaus näistä menetelmistä löytyy Laurie et ai. [3].

”anomDetectBAF” menetelmä kykenee havaitsemaan kopio voitto ja tappio segmentiksi, joiden pituus on yli 50 kb Illumina tiheäksi SNP Genotyyppaustulokset sekä mosaiikki CN LOH. Lyhyesti sanottuna ”anomDetectBAF” havaitsemismenetelmä perustuu pyöreä binary segmentointia [34] segmenttiin kromosomien perustuu muutokseen-pisteiden suhteellisen alleelinen intensiteetti (B-alleeli taajuus, BAF). Jokaisena kromosomi, heterotsygoottinen ja puuttuvat SNP genotyyppejä tunnistetaan, ja BAF näissä loci muuttuu (TBAF: sqrt (min (BAF, 1-BAF, abs (BAF-mediaani BAF))). Anomalous segmenttien kutsutaan perustuvat poikkeama ei-poikkeavia lähtötilanteesta. Tämä merkitsee sitä, että muutos-pisteet arvioitiin on epävarmuustekijöitä, jotka riippuvat tiheys SNP ympäröivä epäkohta, joka Heterotsygoottisesti yksittäisissä kysymyksen. konservatiivisen arvion päätepisteen epävarmuus olisi suuruusluokkaa 10- 50 kiloemäspareja tyypillisesti. Vain poikkeamia on autosomeiksi sisällytettiin analyyseihin johtuen luontaisesta kopioluvun ero miesten ja naisten välillä.

jälkeen poikkeamien ilmaisuun, laadunvalvontaan putki yksityiskohtaisesti Laurie et al. [3] hyödynnettiin suodattaa vääriä positiivisia poikkeamia. laadunvalvonnan putkilinja käyttää sekä bioinformatiikan lähestymistapoja ja manuaalinen tarkistus, joka koostuu näkö- havaittujen poikkeavuuksien kautta LRR ja BAF tontteja, tunnistaa vääriä positiivisia ja väärin segmentoitu poikkeavuuksia. Poikkeavuuksia seulottiin kanssa ”anomIdentifyLowQuality” ehdotetuilla parametrit BAF poikkeamia (sd.thresh = 0,1, sng.seg.thresh = 0,0008, auto.seg.thresh = 0,0001). Heikkolaatuinen BAF poikkeavuuksia olivat ne, jotka oli korkea varianssi (BAF tai LRR keskihajonta alle 0,1) tai olivat erittäin segmentoida (lukumäärä segmenttejä /tukikelpoisen SNP 0,0001 autosomeiksi). Heikkolaatuisia näytteitä pidettiin tukikelpoisia ja suljettiin pois analyysistä. Manuaalisen tarkastelu, vierekkäiset poikkeavuuksia ( 300 antureista välillä poikkeavuuksia), joilla on samanlaiset LRR arvot yhdistettiin ja raja-arvot on virheellisesti segmentoitujen poikkeamia oikaistiin. Poikkeavuudet ulottuen centromere seulottiin käyttämällä manuaalista tarkistusta kriteerien että BAF poikkeavuuksia on vähintään 500 antureista kummallakin puolella centromere ja raja-arvot oikaistiin, tarpeen kromosomeista jättämällä sovi kriteerit sentromeeriantigeenin-ulottuu anomalia. Poikkeavuuksia tuli olla vähintään 50 BAF voivat koettimia voidaan sisällyttää tutkimukseen. Manuaalinen tarkastus on suoritettu kaikille poikkeavuuksista suurempi kuin 2 Mb ja kaikki poikkeavuudet luokiteltu mosaiikki.

luokiteltu poikkeavuuksia perustavana (mahdollisesti ituradan CNV) ja mosaiikki (hankittu somaattisten), joka perustuu havaintoon, että konstitutiivinen poikkeavuuksia ensisijaisesti kuulu 3N (trisomiseksi) tilaa [3]. Jotta voidaan määritellä mosaiikki poikkeavuuksia, me piirretään per aihe-kromosomin LRR poikkeama (mediaani (poikkeava LRR) – mediaani (nonanomalous LRR)) vs. BAF mediaani absoluuttinen poikkeama (MAD, mediaani | poikkeava BAF-mediaani (nonanomalous BAF) |), ja sitten käytetään k-means klusterointi (k = 3) erottaa suurten konstitutiivista painopisteen ja oletettavasti mosaiikki poikkeavuudet.

määritellään konstitutiivisen poikkeavuuksia kuin kahden ensiapuorganisaatioiden alkaen mediaani klusterin. Manuaalinen tarkistaminen oletettavasti mosaiikki poikkeavuuksien käytettiin erottamaan mosaiikki poikkeavuuksia ja tekninen esineitä (väärin segmentoidut tai vääriä positiivisia poikkeamia). Poikkeavuuksia määritellään konstitutiivisia tai esineitä suljettiin ja näin ollen pidetä jatkotutkimuksissa. Yhdenmukainen Laurie et al. [3], me vain yrittänyt havaita mosaiikit jossa yksi sekoittamalla populaatioiden oli diploidinen. Klusterointi konstitutiivisen poikkeamia näkyy kuvassa 1D.

Mosaic poikkeavuuksia luokiteltiin kopio hermostoputken Heterotsygotian menetys, tappion tai voiton perustuvat LRR ja BAF poikkeama mittarit (kuvio 1A). Poikkeavuuksia kanssa LRR poikkeama (| poikkeava LRR- ei-poikkeava LRR |) on alle 0,05 luokiteltiin kopio neutraali Heterotsygotian menetys. Poikkeavuuksia, joiden LRR poikkeama on suurempi kuin 0,05 tai pienempi kuin -0,05 luokiteltiin tai -tappiot, vastaavasti. Manuaalinen tarkistus käytettiin varmistamaan luokituksen epäselvä tapauksissa.

Tilastollinen analyysi

Kaikki tilastolliset analyysit suoritettiin R versio 2.15.0 [35]. Anomalia calling suoritettiin käyttäen ”anomDetectBAF” kääre on ”anomSegmentBAF” ja ”anomFilterBAF” toiminnot sijaitsevat GWASTools pakkauksessa. Heikkolaatuisia näytteet poistettiin käyttämällä ”anomIdentifyLowQuality” in GWASTools pakkauksessa. Hyödynsimme ”coxph” funktion ”survival” paketti Coxin suhteellista riskisuhde arvioita ja sopimaan Kaplan Meier käyrät, ja ”kmeans” -toiminnon ”tilastot” paketin klusterin otaksuttu konstitutiivisen poikkeavuuksia.

Olemme arvioineet yhdistyksen välillä havaittavissa mosaiikki kromosomaalisia poikkeavuuksia kanssa vaaratilanne hematologinen syöpä mallintaminen Coxin suhteellisen Hazard tunnusluvut, 95% luotettavuusvälit ja p-arvot. Johdonmukaisuuden aiempien raporttien kanssa, raportoimme riskisuhteita yhdistyksen välillä mosaiikki poikkeavuuksia ja kaikki hematologisia syöpiä ja riskisuhteita yhdistyksen suurten mosaiikki poikkeavuuksia ( 2 Mb) ja tapaus leukemia.