PLoS ONE: MicroRNA Expression Profilointi määrittämiseksi ja validoimiseksi Reference Geenit suhteellinen kvantifiointi mikroRNA vuonna peräsuolen syöpä
tiivistelmä
Johdanto
MikroRNA (miRNA) tärkeä rooli säätelyssä biologisiin prosesseihin transkription jälkeisellä tasolla. Vapauttaminen miRNA on havaittu syövän, ja miRNA tutkitaan mahdollisina biomarkkereita koskevat diagnoosi, ennuste ja ennustaminen syövän hallintaan. Reaaliaikainen kvantitatiivinen polymeraasiketjureaktio (RT-qPCR) on yleisesti käytetty mitattaessa miRNA ilme. Asianmukaiset normalisoituminen RT-qPCR data on tärkeää varmistaa luotettavat tulokset. Tavoitteena tässä tutkimuksessa oli tunnistaa pysyvästi ilmensivät miRNA sovelletaan Normaliser ehdokkaita tulevissa tutkimuksissa miRNA ilmaisun peräsuolen syöpä.
Materiaalit ja menetelmät
Suoritimme suurikapasiteettisten miRNA profilointi (OpenArray ®) kymmeneen paria laser mikro-leikellään peräsuolen syövän kudosta ja viereisen strooman. Globaali keskimääräinen ilmaisu normalisointi strategiaa sovellettiin tunnistaa kaikkein pysyvästi ilmensivät miRNA myöhempää validointi. Ensimmäisessä validointimenettelyssä, paneeli miRNA analysoitiin 25 paria mikro leikellään peräsuolen syöpä kudosta ja viereisen strooman. Myöhemmin sama miRNA analysoitiin 28 paria peräsuolen syövän kudoksen ja normaalin peräsuolen limakalvo.
Tulokset
Vuodesta miRNA profilointi kokeilu, miR-645, miR-193a-5p, asennuspalveli- 27a ja anna-7g tunnistettiin stabiilisti ilmaistu, niin pahanlaatuinen ja strooman kudosta. Lisäksi NormFinder vahvisti korkea ilmaisun vakautta neljä miRNA. RT-qPCR pohjainen validointi kokeita, ei merkittävää eroa kasvain ja strooman /normaali peräsuolen limakalvo havaittiin varten keskiarvo Normaliser ehdokkaiden miR-27a, miR-193a-5p ja anna-7g (ensimmäinen validointi
P
= 0,801, toinen validointi
P
= 0,321). MiR-645 jätettiin data-analyysi, koska se oli havaittaisi 35 50 näytteen (ensimmäinen validointi) ja 24 56 näytettä (toinen validointi), tässä järjestyksessä. Merkittävä ero ilmentymistason RNU6B välillä havaittiin kasvain ja vieressä strooman (ensimmäinen validointi), ja välillä kasvain ja normaali peräsuolen limakalvo (toinen validointi).
Johtopäätös
Suosittelemme tarkoittaa ilmaus miR-27a, miR-193a-5p ja anna-7g kuten normalisointitekijän, suoritettaessa miRNA ilmaisun analysoi RT-qPCR on peräsuolen syövän kudosta.
Citation: Eriksen AHM, Andersen RF, Pallisgaard N, Sørensen FB , Jakobsen A, Hansen TF (2016) microRNA Expression Profilointi määrittämiseksi ja validoimiseksi Reference Geenit suhteellinen kvantifiointi mikroRNA vuonna peräsuolen syöpä. PLoS ONE 11 (3): e0150593. doi: 10,1371 /journal.pone.0150593
Editor: Partha Mukhopadhyay, National Institutes of Health, Yhdysvallat