Krooninen sairaus

tiivistelmä

Vaikka ilmaus soluviestitykseen proteiineja käytetään prognoosi- ja ennakoivan biologisten merkkiaineiden, vaihtelu proteiinin tasojen kasvaimia on ole hyvin tutkittu. Arvioimme kasvaimensisäistä heterogeenisyys proteiinin ilmentymisen perusterveydenhuollossa munasarjasyöpä. Täyspitkä proteiinit uutetaan 88 Formaliinifiksoidusta ja parafinoidut kudosnäytteistä 13 ensisijaisen korkealaatuisesta serous munasarjakarsinoomat kanssa 5-9 näytettä kussakin. Lisäksi 14 näytettä normaalista munanjohtimen epiteelin toimi viitteenä. Kvantitatiivinen käänteisfaasi proteiinijärjestelmien käytettiin ekspression analysoimiseksi 36 solun signaali- proteiinien, mukaan lukien HER2, EGFR, PI3K /Akt, ja angiogeenisen reitit sekä 15 aktivoidaan (fosforyloidun) proteiineja. Löydettiin merkittäviä kasvaimeen heterogeenisyys proteiinien ilmentymiseen, jonka keskimääräinen variaatiokerroin 25% (vaihteluväli 17-53%). Laajuus kasvaimensisäisenä heterogeenisyys vaihteli proteiinien (p 0,005). Kiinnostavaa kyllä, ei ollut merkittäviä eroja laajuuteen heterogeenisyys välillä fosforyloidun ja ei-fosforyloitua proteiineja. Vertailun, arvioimme vaihtelu proteiinin tasojen kesken kasvaimia eri potilaista, jotka osoittivat samanlaista keskimääräinen variaatiokerroin 21% (vaihteluväli 12-48%). Perustuu hierarkkinen klusterointi, näytteet saman potilaan ryhmitelty tiiviimmin yhteen verrattuna näytteitä eri potilailla. Kuitenkin selkeä erottaminen kasvaimen ja normaalissa kudoksessa klustereiden saavutettiin vasta kun tarkoittaa ilmaus arvot kaikkien yksittäisten näytteiden per kasvain analysoitiin. Vaikka ero kuvaamaan joitakin proteiinien havaittiin riippumatta käytetty näytteenottomenetelmä, että suurin osa proteiineista ainoastaan ​​osoittaneet ero ilme, kun keskimääräinen ekspressio arvot useiden näytteiden per kasvain analysoitiin. Tuloksemme osoittavat, että arvio laaditaan ja uusia soluviestitykseen proteiinien diagnostisia tai ennustetekijöitä markkereita voivat vaatia näytteitä vakavien munasarjojen syöpien useilla toisistaan ​​selkeästi paikoissa välttämiseksi vinoutunut otos.

Citation: Mittermeyer G, Malinowsky K, Beese C, Höfler H, Schmalfeldt B, Becker KF, et al. (2013) Vaihtelu Cell Signaling Protein Expression voivat ottaa Näytteenotto Bias in Primary epiteelikasvaimet munasarjasyöpä. PLoS ONE 8 (10): e77825. doi: 10,1371 /journal.pone.0077825

Editor: Ruby John Anto, Rajiv Gandhi Biotekniikan keskus, Intia

vastaanotettu: 04 heinäkuu 2013; Hyväksytty: 05 syyskuu 2013; Julkaistu: 28 lokakuu 2013

Copyright: © 2013 Mittermeyer et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä tutkimus rahoittivat sisäinen avustuksia Kliinisen patologian ja Department Naistenklinikka. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Munasarjojen syöpä on toiseksi yleisin gynekologisten maligniteetti ja yksi korkein kuolleisuus länsimaissa [1]. Vuoden alkuvaiheessa tauti on useimmiten oireeton ja sen vuoksi useimmat potilaat diagnosoidaan edenneessä vaiheessa johtaa huonon viiden vuoden eloonjäämisaste on alle 40% [2]. Standard hoito munasarjasyöpäpotilaalle on leikkaus seuraa platinaa ja taksaania perustuva yhdistelmä kemoterapiaa. Vaikka useimmat potilaat osoittavat ensimmäinen vastaus kemoterapiaa, suurin osa myöhemmin kehittää resistenssin ja 50-75%: lla potilaista relapsi viiden vuoden kuluessa [3]. Arviointi soluviestitykseen proteiinien tarjoaa mahdollisuuden tunnistaa mahdollisia uusia lääkekohteita sekä ennustaa hoitovastetta ja tukea yksilöllisiä hoitopäätöksiä [4]. Jotta toimia biomarkkeri optimoitua täsmähoitoihin lähestyä tunnistaminen ja kvantitatiivinen analyysi kohderakenteiden ja /tai vastaavan loppupään signalointikaskadien on erittäin relevantti. Kuitenkin potentiaali kasvaimeen heterogeenisyys soluviestitykseen proteiinin ilmentyminen voi ottaa käyttöön vinoutunut otos ja ei ole kattavasti arvioitu munasarjasyöpä.

Useat soluviestitykseen proteiineja on aiemmin määritelty terapeuttisia tavoitteita tai mahdollisina prognostisia tai ennustavaa biomarkkerit. Näitä ovat VEGF, VEGFR, PDGFR, EGFR tai HER2, PI3K, Akt, mTOR ym [5], [6], [7], [8]. Samoin tärkeää on aktivointi solun signalointipolkujen heijastuu fosforyloidun muodot kohdeproteiinit tai komponentteja niiden alavirran signalointireiteissä [9], [10], [11].

yleisenä Tämän tutkimuksen tavoitteena oli arvioida tasoa heterogeenisyys solusignalointia proteiinin ilmentymistä vakavasta munasarjasyöpä. Analysoimme 36 soluviestitykseen proteiineja, mukaan lukien 15 fosforyloidut proteiinit edustavat lisääntymistä ja angiogeneesiin liittyviä reittejä. Olemme lisäksi tutkineet mahdollisia vaikutuksia heterogeenisyys havaitsemiseen ero proteiinin ilmentymisen välillä kasvain ja normaali kudos tai välillä kasvaimen alaryhmien.

Vertailun arvioimme fysiologinen vaihtelu proteiinin ilmentymisen normaalissa serous epiteelikudoksessa eri potilailla. Munanjohtimen epiteelin terveistä yksilöistä ja terveestä contralateral putkista syöpäpotilaiden hyödynnettiin viittaus kudokseen, koska aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet, että vakavien syövät ovat molekyylirakennetta läheisintä sukua tubal epiteelin. Munanjohtimen epiteelisolujen on ehdotettu solujen alkuperä ainakin joidenkin korkealaatuisesta serous karsinoomien [12], [13].

analysointia suuria määriä näytteitä ja kohde- proteiinien soveltaa tässä tutkimus, tavanomainen immunoblot metodologia ei sovellu yksi olisi enemmän kuin 3500 Western blot kaistat tekemään yhden analyysin kaikista näytteistä ja vasta-aineita. Käänteisfaasi-proteiinin array (RPPA) mahdollistaa samanaikaisen analysoinnin useita näytteitä useiden proteiinien ekspressio samoissa kokeellisissa olosuhteissa [14], [15]. Analyysi proteiinien kaksoiskappaleet ja sarjalaimennoksia mahdollistaa toistettavissa havaitsemiseksi kvantitatiivisesti proteiinin ilmentymisen. RPPA on laajalti osoittanut toteutettavuus analysointiin cryo säilyneistä kliiniset näytteet [16], [17], [18]. Äskettäin ryhmämme ja uusia perustetaan että RPPA tekniikka myös luotettavasti mahdollistaa analyysin formaliinilla kiinnitetyt ja parafinoidut (FFPE) kudosnäytteitä [19], [20], [21], [22] ja on riittävä työkalu osoite proteiini heterogeenisyys sisällä tällaisia ​​näytteitä [23].

Materiaalit ja menetelmät

Tissue näytteitä

yhteensä 88 FFPE näytteitä 13 primaarisessa korkealaatuisesta serous munasarjasyöpä tutkittiin. 14 näytettä normaalista munanjohtimen epiteelin, joista 10 terveillä yksilöillä ja 4 mitäänsanomattoman kontralateraalisesta putkia syöpäpotilaista käytettiin viitteenä. Kaavio potilaan kohortin ja valinta näytteiden on esitetty kuviossa 1.

Kaikissa 13 tapauksessa 5-9 kudosnäytteet olivat käytettävissä. Kymmenestä potilaasta, joilla on molemminpuolinen kasvaimia, näytteet saatiin molemmat munasarjat.

H 70% ja 10% tulehdussolujen. Ei ollut merkittäviä eroja epiteelituumori solun sisällön ja kasvaimen strooman tai tulehdussolujen infiltraatit näytteiden välillä samasta potilaasta. Lisäksi mitään alueellisia eroja havaittiin mitoosi toimintaa näytteiden välillä samasta potilaasta.

kasvaimensisäisenä heterogeenisyys Protein Levels

Kaikki 36 proteiinit analysoitiin tässä tutkimuksessa osoitti huomattavaa kasvaimensisäisenä heterogeenisyys ja keskiarvo CV 25% (vaihteluväli 17-53%) (taulukko 1 ja taulukko S2). Laajuus kasvaimensisäisenä heterogeenisuus erosivat joukossa 36 proteiinit analysoitiin (p = 0,005), jossa p4EBP1, pp44 /42 MAPK ja VEGF osoittaa korkeimman vaihtelua, ja EGFR, JNK /SAPK ja p38MPK osoittaa ainakin vaihtelua yksittäisten kasvaimia. Ei ollut mitään merkittävää eroa laajuus kasvaimeen heterogeenisyys välillä fosforyloidun (keskiarvo CV 28%) ja ei-fosforyloitiin (keskiarvo CV 23%) proteiinien (p = 0,252). Kasvaimensisäinen heterogeenisyys kaikkien proteiinien koottu taulukkoon S2. Kuvio 2 havainnollistaa kasvaimensisäisenä heterogeenisuus esimerkillisestä proteiinien VEGF, VEGFR p1068EGFR ja EGFR.

Rasiakuvaajat näyttää mediaani (viiva laatikossa), 25. ja 75. prosenttipisteen, ja viikset ovat osoittaneet 1,5 kertaa kvartiiliväli.

vaihtelu Protein tasot potilaat

vaihtelu proteiinin ilmentymisen eri potilaiden oli samanlainen laajuus kasvaimensisäisenä heterogeenisyys, jonka keskimääräinen CV 21% (vaihteluväli 12- 48%). Välinen potilaiden välillä huomattavia eroja proteiinien analysoitu. Vaikka Hif1α, PDGF ja PI3K osoittanut alhainen vaihtelu kaikkien potilaiden analysoitiin, p4EBP1, pp44 /42 MAPK ja p1068EGFR osoitti erittäin potilaiden väliset vaihtelut olivat. Vaihtelu eri potilailla ei ollut merkitsevästi erilainen fosforyloidun (keskiarvo CV 25%) ja ei-fosforyloitiin (keskiarvo CV 18%) proteiinit (p = 0,072). Taulukossa S2 yhteenveto vaihtelua eri potilaiden kaikki proteiinit. Kuvio 2 esittää vaihtelua potilaiden Esimerkinomaisessa proteiinien VEGF-VEGFR, EGFR ja p1068EGFR.

Inter-potilaiden välillä vaihtelevat proteiinin ilmentymistä arvioitiin myös normaalin vakavasta epiteelin munanjohtimet terveistä yksilöistä ja morfologisesti normaali kontralateraalista putket syöpäpotilailla. Välinen potilaiden vaihtelu munanjohtimien epiteelin terveistä yksilöistä (keskimääräinen CV 27%, vaihteluväli 14-47%) oli samanlainen kuin potilaiden välinen vaihtelu contralateral putkien syöpäpotilaista (keskiarvo CV 31%, vaihteluväli 3-78%). Kaiken vaihtelu normaalia vakavien epiteelin eri yksilöiden oli samaa luokkaa kuin vaihtelun kasvainten eri potilaista (21%). Vaihtelevuus ei ollut eroa fosforyloidun ja ei fosforyloimat- proteiineja joko tyypin viite kudosta. Tulokset on koottu taulukkoon 1.

Vaihtelu yksittäisten kasvainnäytteestä arvioimana hierarkinen klusterointi

arvioimiseksi vaihtelua yksittäisten kasvainnäytteestä suoritimme ei-valvottua hierarkkinen klusterointi kaikista 88 yksilöllisesti otettu kasvain näytteitä 13 potilasta, joka perustuu ekspression kaikki 36-proteiinien analysoitiin (kuvio 3). Näytteitä samasta potilaasta ryhmitelty tiiviimmin yhteen verrattuna näytteitä eri potilailla. Kuitenkin, näytteet neljä (potilaat 3, 4, 6, 11) on hajallaan kaikki klustereita, ja muut potilaat kaksi tai useampi näytettä per potilas ei klusterin kanssa loput. Ei ollut potilas, jolle kaikki näytteet ryhmittyivät yhteen (kuva 3).

Eri potilaat ovat värikoodattu kuten osoitettu kuvassa legenda. Korkea suhteellinen ilmentyminen proteiinien näkyy punaisena ja heikkoa ilmentymistä vihreä väri. Harmaa tilat ilmoittavat tiedon puuttumisen pistettä.

merkitys heterogeenisuus varten erotteleminen Kasvain Versus Normaali Tissue

Klusterointi kasvain verrattuna normaaliin kudokseen.

arvioitiin vaikutuksen heterogeenisyys molekyylitason luokittelusta erillisten kudosnäytteet syöpä- tai normaali perustuva hierarkkinen klusterointi. Ei ollut selkeä erottaminen kasvaimen näytteiden ja normaalissa serous epiteelin käytettäessä kaikki yksittäiset kasvainnäytteet tapausta kohden (tuloksia ei ole esitetty). Sen sijaan analyysi keskimääräisen ilmaisun arvot kullekin kasvain aiheutti erittäin hyvä erottelu normaalien ja kasvaimen kudokset (kuva S1).

Differential proteiinin ilmentyminen kasvainkudoksessa verrattuna normaaliin kudokseen.

Seuraava arvioitu erot proteiiniekspressiossa välillä munasarjasyöpä ja normaali serous epiteelin joko valitsemalla satunnaisesti valittua yksi näytettä per tapaus tai tarkoittaa proteiinin ilmentymisen arvoja. Analyysi toistettiin kolme kertaa kolmella eri satunnaisesti valittua yksittäisten näytteiden tapaus- ja tuloksia verrattiin niihin, jotka saatiin käyttämällä tarkoittaa ilmaisua arvot tapausta kohti vertailustandardina.

kuusitoista proteiineja tunnistettiin ilmentyvät eri käyttäen tarkoittaa ilmaisua arvoja kaikki näytteet per kasvain (AKT, Pakt, angiopoietiini 2, B-Raf, p1068EGFR, p1148EGFR, FAK, pGSK-3β, pGSK-3β, Hif-1α, JNK /SAPK, mTOR, pmTOR, p38 MAPK, pPRAS40, PRAS40, PTEN , pPDGFR, S6RP) ei havaittu analysoitaessa satunnaisesti valittua yksi näytettä per tapaus. Kymmenen proteiineja, nimittäin pB-Raf, EGFR, HER2, 4E-BP1, pPTEN, pVEGFR, VEGF, VEGFR, pS6RP, ja VHL tunnistettiin ilmentyvät eri kaikkien neljän lähestymistapoja. PI3K ja pHER2 tunnistettiin differentiaalisesti ilmaista vain samassa näytteessä. P-arvot kaikki proteiinit tunnistettu ekspressoituu differentiaalisesti ainakin yksi lähestymistapa on esitetty yhteenvetona taulukossa 2.

Keskustelu

havaittu huomattavia kasvaimeen heterogeenisyys ilmentymisen proteiinin biomarkkerit, jotka liittyvät solusignalointia väyliä korkealaatuisesta vakavasta munasarjasyöpäpotilailla. Kaikki 36 proteiinit analysoitiin käänteisfaasi proteiinijärjestelmäksi (RPPA) osoittivat merkittävää heterogeenisyyttä ensisijainen munasarjasyöpä, joiden keskimääräinen variaatiokerroin (CV) 25% (vaihteluväli 17-53%) yksittäisessä kasvain. Samanlainen verran vaihtelua havaittiin eri potilailla, joilla keskimääräinen CV 21% (vaihteluväli 12-48%). Tuloksemme viittaavat siihen, että merkittävä vinoutunut otos voidaan ottaa käyttöön kun analysoidaan yksittäisten näytteiden primaarisen kasvaimen arvioimiseksi proteiinin biomarkkereita. Vaikka kaikki 36 ehdokasta proteiinit osoitti huomattavaa kasvaimensisäisiä heterogeenisyyttä, yleinen laajuus heterogeenisyys oli erilainen eri proteiinien p4EBP1, pp44 /42 MAPK ja VEGF osoittaa korkeimman vaihtelevuus ja EGFR, JNK /SAPK ja p38MPK osoittaa vähiten vaihtelua. Ei ollut eroa laajuus heterogeenisyys välillä fosforyloidun ja ei-fosforyloitua proteiineja, mikä viittaa siihen, että aktivoituja muotoja soluviestitykseen proteiineja voidaan arvioida samanlaisia ​​luotettavuus.

Aiemmassa tutkimuksessa rintasyövän havaitaan samantasoisen kasvaimensisäisenä heterogeenisyys proteiiniekspressiossa (keskiarvo CV 31%) [23]. Sen sijaan, vaihtelu proteiinin ekspression eri potilailla oli huomattavasti pienempi munasarjasyövän verrattuna rintasyövän (keskimääräinen CV 21% vs. 51%). Mahdollinen selitys on enemmän homogeeninen potilasryhmälle tutkimuksessamme, joka sisältää yksinomaan korkealaatuista vakavien karsinoomien, joilla on yhteinen patogeeniset reitin ja ovat siksi geneettisesti yhtä epätasaista kuin erityyppisten rintasyövistä [28]. Rintasyöpä tutkimuksessa oli mukana eri morfologiset ja molekyylien alatyyppejä, kuten hormonireseptoripositiivinen, Her2-positiivisia ja kolminkertainen negatiivisen rintasyövän, joka on saattanut muodostaa suurempaa vaihtelua proteiiniekspressiossa välillä kasvainten eri potilailla.

läsnäolo eri kasvainsolun klooneja on potentiaalinen lähde kasvaimensisäistä heterogeenisyys proteiiniekspressiossa. Tuore tutkimus osoitti huomattavan klonaalinen kasvaimensisäisenä heterogeenisyys munasarjasyövän perustuu itseuudistumisen ja tuumorigeenisen erilaistumista kasvainsolujen peräisin yhdestä munasarjojen selvä cell carcinoma [29]. Toisessa tutkimuksessa raportoitu klonaalinen kasvaimensisäisenä heterogeenisyys ja vaihtelu ensisijainen kasvaimia ja etäpesäkkeitä varten Heterotsygotian menetys kromosomien 17Q ​​ja 18q kehittyneissä serous munasarjakarsinoomat [30]. Vastaavasti laaja klonaalinen heterogeenisuus äskettäin osoitettiin munuaissyövän [31]. Kattava analyysi kasvainsolun klonaalisuuden edellyttäisi integroitu data DNA, RNA ja proteiini tasoilla, mikä oli kuulu tämän tutkimuksen. Kuitenkin yksi selitys huomattavia eroja ilmentymisessä soluviestitykseen proteiineista löytyy meidän tutkimus on vähemmän todennäköistä. Korkeatasoinen serous karsinoomat tunnusomaista korkea proliferatiivinen ja mitoosi toimintaa [28]. Vaikka erot kasvaimen kasvua ja solujen lisääntymistä saattaa olla jossain määrin myötävaikuttanut kasvaimensisäisiä heterogeenisuus, emme tunnistaa alueelliset erot kasvainsoluproliferaation perustuu morfologisiin arviointiin mitoosien. Toinen mahdollinen selitys kasvaimensisäistä heterogeenisuus on solukoostumus vakavasta munasarjojen syöpien. Emme kuitenkaan ei havaittu huomattavia eroja epiteelituumori solun sisällön ja kasvaimen strooman tai tulehduksellisten soluinfiltraat- näytteiden välillä samasta potilaasta.

Aikaisemmat tutkimukset raportoitu on alempi kasvaimensisäisenä vaihtelun proteiinin ilmentymistä munasarjasyöpä. Kahdessa tutkimuksessa 1990-luvulta löytyy pieni vaihtelu proteiinin ilmentymisen eri alueiden välisen 9 primääri munasarjojen karsinoomat [32] välillä tai ensisijaisen ja metastaasien 12 munasarjan epiteelin syövät [33] käyttäen 2-ulotteinen geelielektroforeesilla ja Immunohistokemian vastaavasti. Kuitenkin kasvainten määrä molemmissa tutkimuksissa oli suhteellisen pieni. Tuore sarja mukaan lukien 123 korkealaatuista serous munasarjakarsinoomat kanssa pariksi munasarjojen kasvaimia ja omental etäpesäkkeet arvioitiin ilmentymistä kymmenen proteiinien immunohistokemiallisesti, kuten markkereita kasvain alatyypin, microenvironment, ja soluadheesio [34]. Kirjoittajat osoittivat, että suurin osa proteiineista, mukaan lukien käytetään yleisesti diagnostisia markkereita, kuten p53, WT1, CA125, ja p16 ei ilmennyt merkittäviä eroja ilmaisun välillä ensisijaisen munasarjasyöpä ja vatsakalvon tai omental etäpesäkkeitä. Kaksi merkkiaineiden stroomakasvain vasteen (PDGFRB, SPARC) osoitti selvästi ero ilmaisun välillä primääri munasarjojen ja etäpesäkekasvainten näytteitä [28]. Kuitenkin suora vertailu Tutkimuksemme aiempien raporttien rajoittaa epäyhtenäisesti arviointiperusteiden heterogeenisyyden ja puute tilastollisten toimenpiteiden kasvaimensisäistä vaihtelua. Lisäksi aikaisemmissa tutkimuksissa on usein verrattu primääri munasarjojen syöpien ja etäpesäkeleesioita taas tutkimuksessamme keskittyy yksinomaan vaihtelua yksi ensisijainen syöpä. Mahdollinen selitys korkeampi laajuuden kasvaimensisäisenä heterogeenisyys proteiiniekspressiossa tässä tutkimuksessa havaitut voi olla laajempi näytteiden otto ovariokasvainten 5-9 eri paikoissa, sekä suurempi määrällinen päätöslauselman RPPA analyysin.

lisäarvioimiseksi vaihtelua yksittäisten kasvainnäytteestä suoritimme ei-valvottu hierarkkinen klusterointi. Vaikka olimme havaittu samassa määrin heterogeenisuusaste kuluessa kasvain ja välillä kasvainten eri potilaiden perustuu variaatiokerroin näytteet saman potilaan ryhmitelty tiiviimmin yhteen verrattuna näytteitä eri potilailla. Tämä saattaa osoittaa, että huolimatta korkean heterogeenisyys määrällisen proteiinin ilmentymisen arvot, ranking lähestymistapa kuten klusterointi voidaan vaikuttaa vähemmän. Vastaavasti kattava analyysi proteiinien signalointiverkolla ottaen huomioon suhteellinen ilmentyminen ja sijoitusta yksittäisten proteiinien, saattaa vaikuttaa vähemmän epäyhtenäisyys.

Expression of soluviestitykseen proteiinien on myös käytetään diagnostisena biomerkkiaine kohteeseen erottaa kasvaimen liittyvien normaalia kudosta. Löysimme mitään merkittävää eroa soluviestitykseen proteiinin ilmentymisen välillä munasarjasyöpä ja normaali vakavasta epiteelin. Kuitenkin, kun ilmentyminen arvot useita näytteitä per kasvain, yhdistettiin, merkittävää eroa ilmaisun syövän ja normaalin epiteelin havaittiin, että suurin osa proteiineja. Tämä korostaa useiden näytteenotto. Käytännöllinen lähestymistapa tulevissa tutkimuksissa voi olla yhdistää useita näytteitä eri alueilla yksittäisen kasvaimen ennen analyysiä.

Vertailun myös arvioi fysiologisen vaihtelun proteiinin ilmentymisen normaalissa vakavasta tubal epiteelin. Teknisistä syistä ja rajallinen saatavuus normaalin kudosnäytteiden, emme voineet vertailla eri näytettä samasta potilaasta. Normaalin serous epiteelin eri potilaiden havaitsimme samanlainen vaihtelu (keskiarvo CV 27-31%) verrattuna vaihtelun munasarjasyöpiä eri potilaista (keskiarvo CV 21%).

poissulkemiseksi harha johtuu teknisistä muunnelmia olemme aikaisemmin arvioineet tekninen toistettavuus proteiinin kvantifiointiin. Korkea toistettavuus proteiinia mittausten riippumaton uuttoja ja riippumattomien RPPA analyysit osoitettiin [23], ja siksi emme löytäneet mitään syytä uskoa, että heterogeenisuus proteiiniekspressiossa havaittiin tässä tutkimuksessa johtui teknisistä vaihteluista.

rajoitukset nykyisessä tutkimuksessa kuuluu tapausten määrä ja yksittäisten kasvain näytteet (n = 88). Analysoimme makroskooppinen heterogeenisyys, kun taas eroja solutasolla ei arvioitu. Tärkeä vahvuus on erittäin homogeeninen potilasryhmässä, joka sisältää yksinomaan korkealaatuista serous munasarjasyöpiä tiedetään yhteisiä patogeneettisiin polkuja, sekä laaja näytteenotto kasvainten 5-9 eri alueilla. Analysoimme eri alueilla kunkin ensisijaisen munasarjasyöpä ja ei verrattu ensisijainen ja etäpesäkeleesioita.

Yhteenvetona kasvaimeen heterogeenisyys voi johtaa vinoutunut otos, ja luotettava arvio soluviestitykseen proteiinin ilmentymistä munasarjasyövän arvioitavaksi prognoosi- tai ennakoivaa biomarkkerit tulisi sisällyttää näytteenotto primaarikasvaimen useissa eri paikoissa.

tukeminen Information

Kuva S1.

vertailu kasvain verrattuna normaaliin kudokseen ei-valvottua hierarkkinen klusterointi 13. kasvaimia ja 14 näytteitä normaalista vakavien epiteelin, joka perustuu keskimääräisen proteiinin ilmentymiseen arvot per kasvain. Eri potilaat ovat värikoodattu kuten osoitettu kuvassa legenda. Pääryhmään tunnistetaan ohjelmisto on nimetty klusterit A ja B. Korkea suhteellinen ilmentyminen proteiinien näkyy punaisena ja heikkoa ilmentymistä vihreä väri. Harmaa tilat ilmoittavat tiedon puuttumisen pistettä.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0077825.s001

(DOC) B Taulukko S1.

Vasta-aineet ja käytetyt olosuhteet proteiinin havaitsemiseen.

doi: 10,1371 /journal.pone.0077825.s002

(DOC) B Taulukko S2.

kasvaimensisäistä heterogeenisyys ja vaihtelua potilaiden välillä ilmentämistä varten 36-proteiinien arvioitiin käänteisfaasi-proteiinijärjestelmiä (CV, variaatiokerroin).

doi: 10,1371 /journal.pone.0077825.s003

(DOC)

Kiitokset

kirjoittajat kiittää Münchenin Biopankkiverkosto liiton M4 klusterin ja Claudia Wolff hyödyllisiä keskusteluja ja kommentteja ja Simone Keller tarjota JNK /SAPK vasta-ainetta.