Krooninen sairaus

tiivistelmä

MikroRNA (miRNA) ovat pieniä RNA: ita, jotka säätelevät ilmentymistä kohde- mRNA: iden erityisten sitovat mRNA 3’UTR ja edistää mRNA: n hajoamisen useimmissa tapauksissa. Usein kiinnostavaa tietää erityiset tavoitteet on miRNA voidakseen tutkia niitä tietyn sairauden yhteydessä. Siinä mielessä joissakin tietokannoissa on suunniteltu ennustamaan mahdollisia miRNA-mRNA vuorovaikutukset perustuen hybridisaatioon sekvensseihin. Kuitenkin yksi tärkeimmistä rajoituksista on, että nämä tietokannat on liikaa vääriä positiivisia ja ei oteta huomioon tautikohtaisia ​​vuorovaikutuksia. Olemme kehittäneet R paketti (miRComb) pystyy yhdistämään miRNA ja mRNA: n ilmentymisen tietoja hybridisaatiotiedon, jotta löydettäisiin mahdollisia miRNA-mRNA tavoitteita, jotka ovat luotettavampia esiintyvän tietyn fysiologisen tai sairauden yhteydessä. Tämä artikkeli on yhteenveto putki ja päätuotoksia tämän paketin käyttämällä esimerkkinä TCGA tietoja viidestä ruoansulatuskanavan syöpiä (paksusuolen syöpä, peräsuolen syöpä, maksasyöpä, mahasyöpä ja ruokatorven syöpä). Saadut tulokset voidaan kehittää valtava määrä kokeellisia hypoteeseja muiden kirjoittajien. Maailmanlaajuisesti osoitamme, että miRComb paketti on hyödyllinen väline käsitellä miRNA ja mRNA: n ilmentymisen data, joka auttaa suodattaa suuri määrä miRNA-mRNA vuorovaikutukset saatu ennestään miRNA tavoite ennustus tietokantoja ja se esittää tulokset on standardoitu tapa (pdf raportti). Lisäksi integroiva analyysi miRComb miRNA-mRNA vuorovaikutusta viidestä ruoansulatuskanavan syöpien esitetään. Siksi miRComb on erittäin hyödyllinen työkalu alkaa ymmärtää miRNA geenisäätelyn tietyssä tilanteessa. Paketti voi ladata https://mircomb.sourceforge.net.

Citation: Vila-Casadesús M, Gironella M, Lozano JJ (2016) MiRComb: By R Package Analyse miRNA-mRNA vuorovaikutukset. Esimerkkejä poikki Viisi Digestive Syövät. PLoS ONE 11 (3): e0151127. doi: 10,1371 /journal.pone.0151127

Editor: Moray Campbell, Roswell Park Cancer Institute, Yhdysvallat