Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

määrä lisääntyi yhden nukleotidin substituutioita nähdään rinta- ja munasarjasyövän genomien kuljettavat tauteja liittyviä mutaatioita

BRCA1

tai

BRCA2

. Näiden merkitystä genominlaajuisten mutaatioita ei tunneta. Oletamme genominlaajuisten mutaatio taakka heijastaa puutteita DNA: n korjaukseen ja liittyy hoitotulokseen munasarjasyövän.

Menetelmät ja tulokset

kokonaismäärä synonyymejä ja ei-synonyymi exome mutaatioita (Nmut ), ja läsnäolo ituradan tai somaattiset mutaatio

BRCA1

tai

BRCA2

(mBRCA) uutettiin kokonaisina exome sekvenssit korkealaatuisesta serous munasarjasyöpiä The Cancer Genome Atlas (TCGA ). Coxin ja Kaplan-Meier menetelmiä käytettiin korreloivan Nmut kemoterapiaa vasteen ja tulos. Korkeampi Nmut korreloi paremmin vastata kemoterapiaa leikkauksen jälkeen. Potilailla, joilla mBRCA liittyvä syöpä, alhainen Nmut liittyi lyhyempi ilman taudin etenemistä (PFS) ja kokonaiselossaoloaika (OS), riippumaton muista ennustettaessa monimuuttujamenetelmin. Potilaat, joilla mBRCA liittyvien syöpien ja korkea Nmut oli huomattavan suotuisa PFS ja OS. Yhdistyksen eloonjääminen oli samanlainen syövät joko

BRCA1

tai

BRCA2

mutaatioita. Syövissä villityypin BRCA, kasvaimeen Nmut liittyi hoitovaste potilailla, joilla ei ole sairautta jäljellä leikkauksen.

Johtopäätökset

Kasvain Nmut liittyi hoitovasteen ja sekä PFS ja OS potilailla, joilla on korkea-asteen serous munasarjasyöpään kuljettavat

BRCA1

tai

BRCA2

mutaatioita. Vuonna TCGA kohortin alhainen Nmut ennustettu vastustuskyky kemoterapia, ja lyhyemmän PFS ja OS, kun taas korkea Nmut ennustaa huomattavan suotuisa kehitys mBRCA liittyvien munasarjasyöpä. Meidän havainnot viittaavat siihen, että koko mutaatio taakan yhdistettynä

BRCA1

tai

BRCA2

mutaatioita munasarjasyövän on genomista markkeri ennustetta ja ennustaja hoitovasteen. Tämä merkki voi asteinen puutos BRCA välittämän kulkuväylillä tai korvausta tavaran puutteen vaihtoehtoisilla mekanismeilla.

Citation: Birkbak NJ, Kochupurakkal B, Izarzugaza JMG, Eklund AC, Li Y, Liu J, et al. (2013) Kasvaimen Mutaatio Burden Ennusteet Outcome munasarjasyövässä kanssa BRCA1 tai BRCA2 mutaatiot. PLoS ONE 8 (11): e80023. doi: 10,1371 /journal.pone.0080023

Editor: Peiwen Fei, Havaijin yliopiston Cancer Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 6. kesäkuuta, 2013 Hyväksytty: 27 syyskuu 2013; Julkaistu: 12 marraskuu 2013

Copyright: © 2013 Birkbak et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat rahoitus myönnetyt Breast Cancer Research Foundation ALR, JDI, UAM, ZS ja ZCW. Ydin rahoittivat Villum Kann Rasmussen Foundation. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Luotettavaa biomarkkerit ennustamiseen vastustuskyky tai herkkyyden syövän hoitoon helpottaa valintaa oikea terapeuttisten lääkkeiden yksittäisillä syöpäpotilailla. Rintasyövän, estrogeenireseptorin ja HER2 (erbB-2 /neu) käytetään kliinisesti tekemään terapeuttinen päätöksiä hormonaalisen hoidon ja HER2-kohdennettuja lääkkeitä, vastaavasti [1,2]. Sekä estrogeenireseptorin ja HER2 osallistua polkuja, jotka edistävät syövän kasvua. Samoin

BRCA1

ja

BRCA2

osallistua virheetön korjaus kaksisnauhaiselle DNA katkoksia homologisen rekombinaation (HR) ja peri mutaatioita geeneistä altistaa rinta- ja munasarjasyövän syöpiä [3] . Munasarjasyöpiä kuljettavat

BRCA1

ja

BRCA2

mutaatioita (mBRCA) näyttää massiivinen kromosomaalisia muutoksia [4,5], ja ovat herkempiä DNA silloitusaineita sisältävät platinaa, ja PARP-inhibiittorit [ ,,,0],6,7]. Potilaat, joilla on korkea-asteen serous munasarjasyöpä joka kuljettaa ituradan mBRCA kokea enää ilman taudin etenemistä (PFS) ja parempi yleinen (OS) kuin ei-kantajia [6,8,9]. Siksi

BRCA1

ja

BRCA2

voidaan katsoa ennakoivia biomarkkereita, vastauksena platinaa sisältävien kemoterapiaa ja PARP-inhibiittorit. Kuitenkin aikaisemmissa tutkimuksissa 15-18% of BRCA liittyvien munasarjasyöpiä reagoineet platinapohjaisen solunsalpaajahoidon, ja joko toistui tai edennyt vähän sen jälkeen alkuperäisen leikkauksen ja kemoterapian [8,9].

Useimmat satunnaista korkealaatuisesta serous munasarjasyöpä ja triple-negatiivinen rintasyöpä ei ole mutaatioita BRCA geenejä, mutta joissakin näistä kasvaimista eivät näytteille massiivinen kromosomimuutosten ja vastata DNA vahingoittamatta kemoterapiaa [9-11] . Houkutteleva hypoteesi arvelee kromosomimuutokset ovat mittari aste heikentynyt HR. Ehdotettu korvikkeita HR viat kuuluvat toimenpiteet, kromosomipoikkeavuuksien kuten koko genomin Heterotsygotian menetys (LOH) ja telomeerisesti alleeliset epätasapaino [11,12]. Puute Rad51 pesäkkeitä jälkeen DNA-vaurioita voi myös merkitä solujen alentunut HR [13].

Äskettäin huomattavasti suurempi mutaatio taakkaa havaittiin koko genomin tai exome sekvensointi rinta- ja munasarjasyövän kanssa mBRCA, verrattuna heidän kollegansa kuljettavat villityypin

BRCA1

ja

BRCA2

(wtBRCA) geenit [14,15]. Koko exome sekvensointi korkealaatuisesta serous munasarjasyöpiä kerrottiin The Cancer Genome Atlas (TCGA) konsortio [9]. DNA-sekvenssi munasarjasyövistä verrattiin ituradan DNA-sekvenssin samasta aiheesta tehdä somaattisen mutaation puheluja. Tunnistetut mutaatiot sisältyvät emässubstituutioiden, insertioita tai deleetioita [9,15]. Valtaosa mutaatiot olivat yhden emäksen substituutioiden [9]. Kertyminen genominlaajuisten mutaatiot voivat olla seurausta ainutlaatuinen mutaatiostatuksesta liittyviä prosesseja DNA korjaukseen puutos kasvaimissa kuljettavat

BRCA1

tai

BRCA2

mutaatioita.

Koska munasarjojen syöpiä mutaatioita

BRCA1

tai

BRCA2

ovat herkempiä platinaa sisältävän kemoterapian, kysyimme, onko kokonaismäärä somaattisten mutaatioiden munasarjasyövän ennustaa herkkyys kemoterapiaa ja kliiniseen tulokseen. Käytimme koko exome sekvensointi tietoja TCGA luetella somaattisten mutaatioiden ja verrataan tätä kemoterapiaan herkkyys, elinaika ilman taudin etenemistä (PFS) ja kokonaiselossaoloaika (OS). Merkittävä assosiaatio kokonaismäärän somaattisten exome mutaatioiden per genomia (Nmut) ja hoitotuloksia havaittiin potilailla, joiden munasarjasyöpiä hallussaan mutaatioita

BRCA1

ja

BRCA2

.

Tulokset

Association of mutaation taakka kemoterapian kanssa herkkyys ja lopputulos

Käyttämällä dataa TCGA, huomasimme, että 95% mutaatioiden exomes munasarjasyövän ovat yhden emässubstituutiota. Across TCGA kohortin 316 kasvainten lukumäärää exome mutaatioita yksittäisissä syövissä (Nmut) vaihtelee suuresti, 9-210 (mediaani 54,5, taulukko S1). Voit selvittää Nmut liittyy kemoterapiaan vastus jälkeen alkuperäisen leikkauksen, erosimme potilaita Nmut korkean ja matalan ryhmien perusteella mediaani Nmut koko kohortin. Suurempi nopeus resistenssin ensimmäistä kemoterapiaa havaittiin Nmut alhainen verrattuna Nmut korkean ryhmä (40,2 vs. 23,9%, kuvio 1A). Nmut oli alhaisempi hoitoresistenteille potilaille kuin herkillä potilailla (mediaani 46 vs. 59, kuvio 1 B). Coxin regressio osoittivat korrelaation Nmut ja ilman taudin etenemistä (PFS) tai yleiseen eloonjäämiseen (OS) (

P

= 0,013 ja 0,0014, taulukko 1). Kaplan-Meier-analyysi osoitti merkitsevästi pidempi PFS ja OS että Nmut korkean ryhmässä verrattuna Nmut pieni ryhmä (kuvio 1 C ja 1 D).

Kaikki potilaat saivat platinan ja useimmat saivat taksaanien yhdistelmänä. A) Kasvaimet erotettiin Nmut korkean ja matalan määriteltyjen ryhmien mediaani Nmut koko kohortti ja verrattuna nopeuden kemoterapian resistenssin. Merkitys erot määritettiin Fisherin testiä. B) määrä mutaatioita (Nmut) kunkin kasvaimen verrattiin kemoterapiaan resistenttien ja herkkien potilaiden ja näkyy piste tontteja. Mediaani ja 25-75 prosentit on osoitettu vaakasuorilla viivoilla. P-arvo on johdettu Wilcoxonin-sum test. C) Kaplan-Meier-analyysi vertasi ilman taudin etenemistä (PFS) ja D) yleiseen eloonjäämiseen (OS) potilaiden välillä, joilla on korkea ja matala kasvain Nmut. Potilaat, jotka olivat etenemisestä vapaan tai elossa aikaan viime seurannan sensuroitiin (+). Potilaiden määrä vaarassa kullakin aikavälillä on annettu alla kuvaajat. P-arvot saadaan Log-rank-testiä.

Univariate

Monimuuttujatestaus

HR

95% CI

b

P

c

HR

95% CI

P

Kaikki casesNmut

dPFS0.944(0.990-0.999)0.0130.955(0.991-1.000)0.042OS0.926(0.988-0.997)0.00140.913(0.986-0.996)0.0001StagePFS1.466(1.072-2.005)0.0171.38(0.985-1.935)0.061OS1.325(0.960-1.828)0.0871.221(0.865-1.724)0.256Residual

e PFS1.183(1.026-1.365)0.0211.158(0.999-1.342)0.052OS1.267(1.091-1.470)0.00191.245(1.065-1.455)0.006Age (yrs)PFS0.995(0.982-1.009)0.4920.998(0.984-1.013)0.828OS1.019(1.005-1.033)0.00751.025(1.010-1.040)0.001MbrcaNmutPFS0.817(0.968-0.993)0.0020.856(0.971-0.998)0.027OS0.828(0.967-0.996)0.0110.821(0.966-0.995)0.0082StagePFS1.694(0.745-3.853)0.2091.415(0.600-3.338)0.428OS1.304(0.539-3.154)0.5551.1(0.396-3.055)0.856Residual PFS0.999 (0,723-1,379) 0.9930.979 (0,695-1,379) 0.904OS1.362 (+0,959-+1,936) 0.0841.389 (,961-+2,009) 0.081Age (yrs)PFS0.987(0.960-1.016)0.3780.999(0.967-1.031)0.928OS1.017(0.985-1.049)0.3011.023(0.990-1.058)0.175wtBRCANmutPFS0.987(0.994-1.003)0.5930.989(0.994-1.004)0.648OS0.966(0.992-1.001)0.1590.948(0.990-1.000)0.032StagePFS1.369(0.980-1.913)0.0651.234(0.859-1.772)0.255OS1.224(0.871-1.719)0.2441.119(0.778-1.608)0.545Residual PFS1.231 (1,048-1,447) 0.0111.219 (1,030-1,443) 0.021OS1.195 (1,011-1,414) 0.0371.192 (1,000-1,421) 0.051Age (yrs)PFS0.994(0.979-1.010)0.4660.998(0.982-1.015)0.841OS1.017(1.001-1.033)0.0351.024(1.007-1.041)0.0051Table 1. yhden ja usean analysointi Nmut ja muita kliinisiä muuttujia PFS ja OS.

AHazard ratiob95% luottamusväli intervalcP-arvon Coxin suhteellinen vaara regressio dhr varten Nmut ilmaistaan ​​suhteena per 10 mutationseResidual tauti jäljellä jälkeen alkuperäisen leikkauksen CSV Lataa CSV

vaikutus BRCA1 ja BRCA2 mutaatioon taakkaa ja lopputulos

Seitsemänkymmentä potilaille joko suorittaa ituradan

BRCA1

tai

BRCA2

mutaation tai hallussaan kasvaimet joissa somaattiset

BRCA1

tai

BRCA2

mutaatioita (mBRCA). Emme löytäneet eroja kasvaimen Nmut, PFS ja OS sairastavien potilaiden välillä ituradan ja kasvaimen somaattiset mutaatiot

BRCA1

ja

BRCA2

(kuva S1). Kuitenkin mBRCA liittyvä kasvaimia hallussaan korkeampi Nmut kuin tuumoreihin BRCA mutaatioita (wtBRCA; mediaani 67,5 vs. 49,5, kuva S2A). Me erikseen analysoitu potilasryhmässä joissa mBRCA ja ne, joilla wtBRCA kasvaimia, ja verrattiin kasvaimen Nmut välillä kemoterapiaa kestäviä ja herkille potilaille. Korkeampi kasvain Nmut ennusti korkeampaa vastaus kemoterapiaa leikkauksen jälkeen potilaalla on mBRCA liittyvä kasvaimia, mutta ei niitä, joilla on kasvaimia, jotka oli vain wtBRCA (kuviot S2B ja S2C). Kun tutkimme kaikki potilaat, joilla kasvaimia sisältävien mBRCA löysimme merkittävästi korkeampi kasvaimen Nmut hoidettaessa herkän ryhmän verrattuna hoitoresistenteille ryhmässä (mediaani 74 vs. 44, kuvio 2A). Potilailla, joilla wtBRCA kasvaimia, ei ollut merkittäviä eroja Nmut välillä hoidossa herkkiä ja resistenttejä ryhmät (mediaani 52 vs. 47, kuva 2B). Coxin regressio havaittiin merkittävä korrelaatio kasvaimen Nmut ja PFS ja OS potilailla, joilla mBRCA liittyvä kasvaimet (HR = 0,82,

P

= 0,002 ja HR = 0,83,

P

= 0,011, tässä järjestyksessä ), mutta ei potilailla, joilla on wtBRCA kasvaimia (taulukko 1). Kun potilaalla on mBRCA liittyvä kasvaimia ositettu mediaani Nmut koko kohortin, potilailla, joilla on korkea kasvain Nmut oli huomattavasti pidempi PFS ja OS (kuvio 2C ja 2D). PFS ja OS potilailla, joilla mBRCA ja pieni kasvain Nmut olivat lyhyempiä, samanlainen kuin potilailla, joilla wtBRCA kasvaimia (kuvio 2C 2F). Potilailla, joilla wtBRCA kasvaimia, ei ollut merkittävää suhdetta Nmut ja PFS tai OS (kuvio 2E ja 2F). Siksi vaikutus kasvaimen Nmut hoidon vasteen ja tulos oli pääasiassa rajoittunut niiden kasvainten joko ituradan tai somaattiset mutaatiot

BRCA1

tai

BRCA2

.

) Nmut kasvaimissa mBRCA. Kemoterapia kestävä ja herkkä munasarjojen syöpien esitetty piste tontteja. P-arvo on johdettu Wilcoxonin-sum test. B) Nmut kasvaimissa wtBRCA. Kemoterapia kestävä ja herkkiä kasvaimia näytetään pistekuvioita kunkin kasvaimen kuin kuviossa 1. Mediaani ja 25-75 prosentit on osoitettu vaakasuorilla viivoilla. P-arvo johdetaan Wilcoxonin-sum test. C) Kaplan-Meier-analyysi verrattuna PFS ja D) OS potilaiden välillä, joilla on korkea ja matala Nmut niiden mBRCA liittyviä kasvaimia. E) Kaplan-Meier-analyysi verrattuna PFS ja F) OS potilailla, joilla on korkea ja matala Nmut niiden wtBRCA kasvaimia. Mediaani Nmut oli laskettu koko kohortin 316 kasvaimia. Kaplan-Meier analyysit, potilaat, jotka olivat etenemisestä vapaan tai elossa aikaan viime seurannan sensuroitiin (+). Potilaiden määrä vaarassa kullakin aikavälillä on annettu alla kuvaajat. P-arvot on saatu Log-rank-testiä.

yhden ja usean analyysin vaiheessa esitys, koko jäljellä oleva kasvainten jälkeen rajaamisvai- leikkauksen, potilaan ikä ja Nmut liittyivät joko PFS tai OS kaikille potilaille, joilla kliinistä seurantaa (taulukko 1). On silmiinpistävää, että potilailla, joilla on mBRCA liittyvä munasarjasyövän, vain Nmut oli merkitsevästi yhteydessä hoitotuloksia sekä yhden ja usean analyysi. Monimuuttuja-analyysi syöpiä wtBRCA, jäljellä taudin jälkeen vasemmalle alkuperäisen leikkauksen oli merkitsevästi yhteydessä sekä PFS ja OS. Nmut ja ikä oli merkitsevästi yhteydessä OS, mutta ei elinaikaan ilman taudin etenemistä wtBRCA (taulukko 1). Nämä tulokset osoittavat Nmut liittyy merkittävästi kliinisten tutkimusten tulosten kanssa ja on riippumaton muista ennustetekijöiden potilailla, joilla mBRCA liittyvä kasvaimia.

Kaikki 51 ituradan mutaatioita

BRCA1

ja

BRCA2

oli lyhennetty mutaatioita. 21: somaattiset mutaatiot kaksi geeniä, 4 oli missense ja muut katkaisemiseksi. Tutkimme sijainti mutaatioiden

BRCA1

ja

BRCA2

geenit yhdessä Nmut kasvaimissa (kuviot S3A ja S3B). Me erottaa BRCA mutaatioita rengas, keskimmäinen ja BRCT domeenien BRCA1 ja N-terminaali, RAD51 sitova ja C-pään alueisiin BRCA2. Erot Nmut keskuudessa kasvaimissa, joissa mutaatiot näillä alueilla BRCA1 ja BRCA2 arvioitiin. Mitään merkittävää assosioitunut Nmut ja mutaatioita eri alueilla BRCA1 tai BRCA2 (Kruskal-Wallisin testi monimuuttujille,

P

= 0,58 ja

P

= 0,13, kuviot S3C ja S3D) .

Neljätoista mBRCA liittyviä kasvaimia (6 somaattista ja 8 ituradan BRCA mutaatioita) pysyi heterotsygoottinen mutatoitunut BRCA lokuksen (taulukko S1). Välttämiseksi vaikutuksen wtBRCA alleelin, testasimme yhdistyksen välillä kasvaimen Nmut ja kliinistä tulosta potilasryhmässä kuljettaa BRCA ituradan mutaatioita kanssa Loh vastaavana BRCA lokuksessa niiden kasvaimia. Coxin regressio paljasti merkittävä korrelaatio Nmut ja OS (HR = 0. 765,

P

= 0,021) ja suuntaus merkittävä korrelaatio Nmut ja PFS (HR = 0. 837,

P

= 0,056). Kaplan-Meier-analyysi näyttää merkittäviä eroja tuloksen välillä potilailla, joilla on korkea ja matala kasvaimen mutaatio taakka (kuvio 3A ja 3B). Huolimatta pienien merkitsevää ja yhdenmukaista eroja PFS ja OS ei havaittu, kun

BRCA1

ja

BRCA2

ituradan mutaation kantajia arvioitiin erikseen (kuvio 3C 3F). Nämä tulokset tukevat päätelmää, että kasvaimen Nmut liittyy sekä hoitovasteen ja potilaan kliinisen sisällä potilaalla on perinnöllinen

BRCA1

tai

BRCA2

mutaatioita.

A) Kaplan-Meier-analyysi verrattuna PFS ja B) OS välillä Nmut korkean ja matalan munasarja- syöpiä, jotka kaikki toteutetaan joko

BRCA1

tai

BRCA2

ituradan mutaation kanssa Loh vastaavana BRCA lokuksessa. C – F) Analyysi yksittäisissä BRCA1 ja BRCA2-mutaation kantaja ryhmiä. C) Kaplan-Meier-analyysi potilaille, joilla on

BRCA1

-associated kasvaimia vertaamalla PFS, ja D) OS. E) Kaplan-Meier-analyysi potilaille, joilla on

BRCA2

-associated kasvaimia vertaamalla PFS, ja F) OS. Nmut korkea ja matala on määritelty arvo ylä- tai alapuolella mediaani Nmut kaikista mBRCA liittyviä kasvaimia. Potilaiden määrä vaarassa kullakin aikavälillä on annettu alla kuvaajat.

P

-arvot lasketaan log-rank-testi.

Tutkimme Nmut kasvaimissa tunnettujen epigeneettiset muutokset

BRCA1

(n = 31) ja

RAD51C

(n = 8) tässä TCGA aineisto. Verrattuna kasvainten wtBRCA ja ilman metylaatio kaksi geeniä, havaitsimme suuremman Nmut kasvaimissa

BRCA1

tai

RAD51C

metylaatio, samanlainen kasvaimia mBRCA (kuva S4). Tulos viittaa siihen, että epigeneettiset hiljentämisen

BRCA1

ja

RAD51C

voi johtaa kertymistä yhden emäksen substituutioiden. Kuitenkin kanssa aiemmin julkaistut tulokset [9,15], tulokset (PFS ja OS) potilailla, joilla on kasvaimia kätkeminen

BRCA1

metylaatio yhdessä korkean Nmut oli samanlainen potilailla, joiden kasvaimet olivat alhaiset Nmut tai wtBRCA1 ( dataa ei esitetty). Välinen yhteys kasvaimen Nmut ja hoitotuloksia näkyy pääosin syöpiä

BRCA1

mutaatio, mutta ei niissä syöpää

BRCA1

epigenetic muutoksiin.

korrelaatio Nmut ja iän tai kromosomivaurioista

Nmut kasvaimissa sairastavien potilaiden ituradan

BRCA1

tai

BRCA2

mutaatioiden (BRCA mutaatiot) nousivat potilaan ikä diagnoosin (kuvio S5a). Kuitenkin tämä suhde hävisi, kun kasvaimissa, joissa somaattiset BRCA mutaatioita olivat mukana tai joilla wtBRCA analysoitiin erikseen, (kuviot S5B ja S5c). Nämä havainnot ovat yhdenmukaisia ​​selvä patogeenisen prosessin ituradan BRCA liittyviä syöpiä HAPLO-riittämättömyyteen BRCA toimivat syöpää edeltäviin kudoksessa, ja ne syövät, jotka hankkivat BRCA mutaatiot myöhemmin niiden kehittämiseen. Samanlainen korrelaatio kertyneiden mutaatioiden ja ikä kerrottiin syöpiä, jotka syntyvät kudoksia, jotka yleensä jäljitellä elämän aikana (esim paksusuolen epiteelin), mutta ei nähdä syövät kudoksesta normaalisti lepotilassa (esimerkiksi solut haimassa) [16] .

Sekä osa LOH kohti genomin (Floh) ja jaksojen määrä on telomeerinen alleelinen epätasapaino (NtAI) heijastavat laajuus kasvain kromosomivaurioista [11,12]. Käyttämällä TCGA SNP6 dataa saman kohortin, Nmut korreloi positiivisesti Floh ja NtAI in mBRCA liittyviä kasvaimia; NtAI korreloi Nmut in wtBRCA kasvaimissa (kuvio S6). Yhdistyksen välinen korkea mutaatio taakkaa ja korkeatasoinen kromosomivaurioita viittaa yhteyden prosessit, jotka tuottavat tai eivät korjata näistä eri tyyppisistä DNA-vaurioita.

vaikutus jäljellä taudin assosiaatiosta mutaation taakan ja tulos

sairautta jäljellä alkuperäisen leikkaus on ennustetekijä munasarjasyövän ja vahvistettiin sekä mBRCA- ja wtBRCA liittyvä munasarjasyöpä (Kuva S7). Potilailla, joilla mBRCA liittyviä syöpiä, joilla on korkea kasvain Nmut oli parempia tuloksia kuin ne, joilla on alhainen kasvain Nmut riippumatta siitä jäljellä taudin oli läsnä, kun alkuperäisen leikkauksen (kuvio S8). Potilaat, joilla ei ole jäljellä tauti ja suuri kasvain Nmut oli erityisen suotuisa kehitys (5 vuotta PFS oli 58% ja OS oli 100%, kuvio S8). Vuonna potilasryhmässä, jossa wtBRCA kasvaimia eikä sairautta jäljellä leikkauksen, korkea kasvain Nmut ennusti pidempi PFS ja suuntaus kohti pidemmän OS (kuva 4). Ei ole tällaista eroja ei havaittu potilailla, joilla on wtBRCA kasvaimia ja sairautta jäljellä leikkauksen (tuloksia ei ole esitetty). Jäljelle jäänyt tauti on tehokas prognostinen tekijä, joka voi peittää vaikutusta kasvaimen Nmut potilailla, joilla on wtBRCA kasvaimia. Tulos viittaa siihen, Nmut liittyy mahdollisesti hoitotuloksia satunnaisissa munasarjasyöpää kanssa wtBRCA eikä jäljellä sairaus.

Nmut korkea ja matala määritteli arvojen ylä- tai alapuolella mediaani Nmut kaikista wtBRCA kasvaimia kohortissa. A) Kaplan-Meier-analyysi verrattuna PFS, ja B) OS välillä kasvaimen Nmut korkean ja matalan potilailla, joilla wtBRCA kasvaimia eikä sairautta jäljellä rajaamisvai- leikkauksen. Potilaiden määrä vaarassa kullakin aikavälillä on annettu alla kuvaajat. P-arvot on saatu Log-rank-testiä.

Keskustelu

Korkeatasoinen vakavien munasarjasyövän kantajia

BRCA1

tai

BRCA2

on parempi ennuste kuin saman taudin ei-kantajia, ja ne voivat olla herkempiä sisplatiini kemoterapiaan tai PARP-inhibiittorit, jotka kohdistuvat DNA: n korjautumista [6-8]. Kuitenkin ryhmässä naisten somaattisten tai perinnöllinen mutaatioita

BRCA1

tai

BRCA2

, jotkut potilaat on vielä huono tuloksia. Tällä hetkellä ei ole merkkiaineita hoitotuloksia potilailla, joilla mBRCA liittyvää munasarjasyöpä. Mahdollisia markkereita saattaa sisältää heikentynyt apoptoosin, monilääkeaineresistenssi ja DNA: n korjaukseen taitoa. Tässä tutkimuksessa pyrittiin korreloida koko-exome mutaatio taakka kasvainkudoksessa (Nmut) hoitoon tulos munasarjasyöpää sairastavilla potilailla, ja tutkia tätä suhdetta, jos potilaalla on

BRCA1

ja

BRCA2

mutaatioita niiden munasarjojen kasvaimia.

Merkittävin yhdistys Nmut kanssa hoitovasteen ja tulos nähtiin sisällä potilasryhmässä, jossa mBRCA liittyvä kasvaimia. Huomattava osa potilaista, joilla mBRCA liittyvä munasarjasyövän mutta alhainen Nmut kokenut suhteellisen huono hoitotulokset, ja samanlainen kuin potilailla, joilla wtBRCA munasarjasyöpä. Kuitenkin naisille, joiden syöpiä mBRCA liittyvä ja oli suuri kasvain Nmut, lopputulos oli huomattavan hyvä. Tämä päti sekä

BRCA1

ja

BRCA2

mutaatioita, sekä ituradan ja somaattiset mutaatiot, ja kasvaimia Loh vastaavassa lokuksessa. Potilailla, joilla mBRCA liittyvä syöpien eikä sairautta jäljellä alkuperäisen leikkauksen, joilla on korkea Nmut oli erityisen hyviä tuloksia. Tosiasiassa paljon selviytyminen korkealaatuisesta vakavien munasarjasyöpä, kun se havaitaan, voivat johtua mutaatiosta joko

BRCA1

tai

BRCA2

kun nämä genotyypit ovat yhdistettynä korkeaan kasvain Nmut . Nmut on ehdokkaana genomista markkeri ennustamaan hoitotuloksia potilailla, joilla mBRCA liittyvää munasarjasyöpä. Yhdistyksen Nmut ja tulos saattavat asteinen puute BRCA1- tai BRCA2-välitteisen DNA korjaukseen liittyvä reitti (t), tai tulos korvauksen puute vaihtoehtoisilla mekanismeilla. Kuitenkin kaikki potilaat TCGA kohortti sai platinapohjaisen kemoterapian ja edullinen vaikutus on BRCA1 tai BRCA2 puutos OS voi johtua parantuneesta hoitovasteen vuoksi tai vähemmän tappava potentiaalia mBRCA liittyvien syöpien.

meidän analyysi TCGA tietojen

BRCA1

mutaatio liittyvä munasarjasyöpä oli parempi tulos, kun yhdistettynä korkeaan kasvain Nmut. Lisäksi

BRCA1

mutaatio liittyvä syöpä menetti villin tyypin

BRCA1

alleeli oli parempi tulos kuin munasarjasyöpää vain villin tyypin

BRCA1

(data ei esitetty). On epäselvää, miksi

BRCA1

metylaatio, jopa yhdistettynä korkea Nmut, ei kääntää samaan eloonjäämishyötyä nähdään munasarjasyöpää kanssa BRCA mutaatioiden ja korkea Nmut.

BRCA1

metylaatio liittyy oleellisesti vähentämään BRCA1 transkriptipitoisuuksissa, korkeampi genominlaajuisten Loh ja tässä tutkimuksessa korkeampi mutaatio taakka [9,11,15]. Alle valinta platinaa hoito on mahdollista

BRCA1

metylaatio voi olla palautuva, ja johtaa palauttamiseen BRCA1 ilmaisua. Rintasyövässä ksenograftien, terapia kestävä triple-negatiivinen syöpä hävisi

BRCA1

promoottori metylaatio ja uudelleen ilmaisseet BRCA1-proteiini [17]. Epigeneettisenä co-inaktivaatio muut geeni (t), esimerkiksi pro-apoptoottisen reitin (s), on mahdollista, että voisi selittää huonompaan tulokseen potilailla, joilla

BRCA1

metylaatio verrattuna niihin, joilla

BRCA1

mutaatio. Nämä mahdollisuudet ovat edelleen avoimia tulevissa tutkimuksissa.

Seuraavan sukupolven DNA: n sekvensointi on laajalti käytetty tutkimuksessa ja ne voivat olla kliinisen työkalun spesifisten ja kohdistettavaksi mutaatioita. Sivutuotteena lisääntyneen käytön koko genomin ja koko exome sekvensointi tutkimukset voivat olla yksinkertainen luettelointi genominlaajuisten mutaatioita, jotka voivat itse edustaa genomista biomarkkereiden ennustamiseen tuloksia saavilla potilailla optimaalisen leikkauksen ja kemoterapian.

havainnot ovat sopusoinnussa ajatus, että BRCA1 ja BRCA2 säädellä virheetön korjaus nukleotidin vahingot ja toimia minimoida yksittäisen nukleotidin mutaatioista. On todisteita siitä, BRCA1 DNA korjausaktiivisuus reitteihin muu kuin HR. Pathania, et al osoittivat BRCA1 ollut mukana korjaus UV-säteilyn-vaurioitunut DNA. BRCA1 osallistui DNA-replikaatioon riippuvaisten mutta nukleotidin Leikkauskorjauksessa (NER) riippumattaman korjautumisprosessit edistämällä valoreaktiotuotteen leikkaaminen ja tukahduttaminen virhealtista translesion synteesi (TLS) at UV-induced Sammunut replikointi haarukat [18]. Korkea aktiivisuus TLS voidaan indusoida FANCJ aktiivisuutta, kun on menetys BRCA1 sitoutumisen FANCJ [19]. Koska TLS polymeraasit ovat virhealtista, ylös-säätely TLS asettamisessa BRCA1- puute voi selittää korkeampaa somaattisen nukleotidisubstituutioita.

Koko Genomikartoituksen rintasyövässä tunnistettu ominaisuus jakautuminen yhden nukleotidin mutaatiot lisääntynyt yleinen mutaatio taakka sekä

BRCA1-

ja

BRCA2

-associated kasvaimia. Kaikki mahdolliset nukleotidisubstituutiot nähtiin sisällä 96 mahdollista trinukleotidi järjestyksessä yhteyksissä ilman hallitseva malleja erityisen trinucleotides, joka oli ominainen allekirjoitus sekä BRCA1- ja

BRCA2

-associated rintasyöpiä [14]. Tämä ominaisuus näyttää sopusoinnussa menetys avainmekanismina (t) virheetöntä DNA korjaukseen lisäksi HR, tai aktivoimalla virhealtista DNA replication.

Muut linjat todisteiden osoittavat eroja

BRCA1

ja

BRCA2

mutaatio liittyvän munasarjojen syöpiä. Nämä erot kuuluvat suhteellisen aiemmin ilmaantunut

BRCA1

kuin

BRCA2

ituradan mutaation kantajia, ja suhteellisesti parempi eloonjäämisen potilailla, joiden

BRCA2

kuin

BRCA1

mutaatio -associated kasvaimia verrattuna, että potilailla, joilla wtBRCA liittyvä munasarjasyövän [6,15]. Tuloksemme osoittavat samaa assosiaatiot kasvaimen Nmut ja hoitotuloksia sekä BRCA1- ja

BRCA2

-associated munasarjojen syöpiä. Tämä havainto on johdonmukainen samankaltainen allekirjoitukset mutaatioprosesseja rinta- ja munasarjasyövän syöpiä sairastavien potilaiden joko

BRCA1

tai

BRCA2

ituradan mutaatioita [14,20]. On muitakin hyvin tunnustettu yhtäläisyyksiä BRCA1- ja

BRCA2

-associated sairauksia. Näitä samankaltaisuuksia kuuluvat HR-välitteinen DNA: n korjaus puutteita, herkkyys DNA: ta vaurioittavat aineet ja PARP-inhibiittorit, ja palautumisen mutaatio liittyvä hoito vastus [3,6,7,9,21,22].

Matala mutaatio taakka kasvaimissa joko homotsygoottinen

BRCA1

tai

BRCA2

vahingollinen mutaatio ja Loh vastaavissa BRCA lokuksen voidaan selittää aktivoituminen vaihtoehtoinen mekanismi (s ) pystyvät läpäisemään vian ja palauttaa virheettömän DNA korjaukseen. Tietomme ohitus polkuja korjaus on rajallinen. Vaihtoehtoiset aktivointi HR Samanaikainen menetys 53BP1 BRCA1-vajaiden solujen voi palauttaa vastustuskyvyn PARP-inhibiittorit, mutta ei muuta herkkyyttä sisplatiinin [23,24]. Reversion mutaatio

BRCA1 /2

geenien uusiutuva sairaus voi johtaa vastustuskyvyn platina kemoterapiaa ja PARP-inhibiittorit, mutta on harvoin löytyy ensisijainen tauti [21]. Tuloksemme perustuvat suhteellisen pieni joukko potilaita kuljettaa

BRCA1

ja

BRCA2

mutaatioiden, ja tulisi harkita hypoteesi tuottavan vasta vahvistettu suuremmassa kohortissa. Lisäksi kasvaimia saattaa olla

de novo

johtavien mekanismien kestävyys kemoterapiaa ja kohdennettuja hoitoja. Alustavat tulokset osoittavat alhainen kasvain Nmut voi tunnistaa BRCA-liittyvä ensisijainen kasvaimia, jossa alkuperäisiä puute BRCA1 ja BRCA2 polkuja, mukaan lukien alentunut DNA korjaus, kompensoidaan vaihtoehtoisia reittejä.

Materiaalit ja menetelmät

Tietoaineistot

Saimme exome sekvenointitulosten 316 korkealaatuisesta serous munasarjasyöpiä ja seuranta tietoja TCGA [9]. Mikä tahansa järjestyksessä muutos munasarjojen kasvain exome, joka ei ollut läsnä ituradan DNA-sekvenssi kutsuttiin somaattinen mutaatio ja sisältyvät sekä ei-synonyymejä ja synonyymejä muutoksia. Vuonna exome mutaatio julkaisemien tietojen TCGA konsortio, yhteensä 19356 somaattisten mutaatioiden tunnistettiin kohortin, ja useimmat itsenäisesti validoitu toisella määrityksellä käyttämällä koko genomin monistamisen toinen näyte samasta kasvain [9]. Mutaatiot, jotka eivät itsenäisesti validoitu olivat laskennallisesti arvioida ja oli suuri todennäköisyys olla totta mutaatioita kuvatulla [9]. Perustuu TCGA mutaation puhelut edellä on selitetty, kokonaismäärä somaattisten mutaatioiden kasvaimen exome (Nmut) määritettiin kussakin tapauksessa (taulukko S1). Affymetrix SNP6 Genotyyppaustulokset ja päivitetään kliinistä tietoa saatiin TCGA data portaalin (https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/, dbGaP liittyminen ei. Phs000178.v5.p5, hankittu 2011 loka 27).

BRCA1

ja

BRCA2-

geenimutaation tila,

BRCA1

ja

RAD51C

metylaatiostatuksen ja etnisten /rotuun tiedot hankittiin cBIO SU2C data portaali ( https://cbio.mskcc.org/su2c-portal/).

kliininen arviointi hoidon vasteen

Kaikki potilaat saivat rajaamisvai- leikkaus ennen platina ja taksaania kemoterapian. Lopputulos debulking leikkaus oli läsnä tai ilman näkyviä jäljellä taudin lopussa leikkauksen; in TCGA mitat jäljellä taudin arvioitiin. Kaikki potilaat saivat platinapohjaisen kemoterapian leikkauksen jälkeen. Kemoterapia vastus määriteltiin taudin etenemisen aikana ensilinjan platinapohjaisen kemoterapian tai etenemisen 6 kuukauden kuluessa valmistumisen ensilinjan hoito [25]. Kemoterapia herkkyys määriteltiin ilman taudin etenemistä yli 6 kuukautta.

bioinformatiikan analyysi

Affymetrix SNP6 array tietoja kasvaimeen normaali paria normalisoitiin käyttämällä Aroma CRMAv2 algoritmin, ja B-alleeli jae (BAF) säädettiin käyttäen CalMaTe ja TumorBoost Aroma paketteja [26 -28]. Käsitellyt tiedot analysoitiin Loh, alleelinen epätasapaino, kopioiden määrä muuttuu ja normaalin solun saastuminen käyttämällä ASCAT [29], kuten kuvattu muualla [12,29]. Nmut määritettiin laskemalla kaikki mutaation vaatii kullekin näytteelle ilmoittamat TCGA konsortion (taulukko S1). Mutaatiot sisältävät missense, nonsense, hiljainen, kehyksenvaihdon ja silmukointivariantteja [9]. Mediaaniarvo Nmut määritettiin ikäluokat ja korkea Nmut määriteltiin näiden arvojen mediaanin yläpuolella, ja alhaiset Nmut oli arvojen sama tai pienempi kuin mediaani. Korrelaatio määritettiin Spearmanin korrelaatiokertoimen. Tietoa TCGA ja tutkijat ja laitokset, jotka muodostavat TCGA tutkimusverkosto löytyy https://cancergenome.nih.gov/.