Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

TP53

geeni on yksi tärkeimmistä tuumorisuppressorigeeneille. Lupasimme tämä meta-analyysi tutkia yhdistyksen välillä

TP53

Arg72Pro polymorfismi ja ihosyövän riskiä pääasiassa valkoihoisista.

Methods

Etsimme PubMed varten tapaus-verrokki julkaistuissa tutkimuksissa jopa maaliskuussa 2013. Kertoimet suhde (syrjäisimmät alueet), jossa 95%: n luottamusväli (CI) arviointiin käytettiin vahvuus -alueella.

tulokset

yhteensä 5276 ihosyöpätapauksia ja 5315 tarkastuksia 20 tutkimuksia mukana. Kaiken kaikkiaan ei ole merkittävää yhdistyksen välillä

TP53

Arg72Pro polymorfismia ihosyöpää havaittiin kaikissa geneettinen sijaan malleja (Pro /Pro versus Arg /Arg, Pro /Arg versus Arg /Arg, Pro /Pro + Pro /Arg versus Arg /Arg, Pro /Pro versus Arg /Arg + Pro /Arg, Pro alleeli vs. Arg alleeli). Samanlaisia ​​tuloksia saatiin kerrostunut analyysin etnisyys ja histologiset tyypit ihosyöpä, kuten melanooma, okasolusyöpä ja tyvisolusyöpä. Virta laskelmat osoittivat, että jotkut tutkimukset olivat alimitoitettu. Julkaisua ei bias löytynyt käyttäen suppilon juoni ja Egger testi.

Johtopäätökset

Tämä meta-analyysi osoitti, että

TP53

Arg72Pro polymorfismi luultavasti ollut juurikaan yhteydessä ihosyöpä alttius pääasiassa valkoihoisilla. Kuitenkin suurempi näyte-size tutkimuksia on tarkistettava johtopäätökseen alhaiset tilastollinen valtuuksia.

Citation: Ye J, Li XF, Wang YD, Yuan Y (2013) Arg72Pro polymorfismin

TP53

Gene ja ihosyövän riskiä: meta-analyysi. PLoS ONE 8 (11): e79983. doi: 10,1371 /journal.pone.0079983

Editor: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, Yhdysvallat

vastaanotettu: 4. toukokuuta 2013 Hyväksytty: 27 syyskuu 2013; Julkaistu: 08 marraskuu 2013

Copyright: © 2013 Ye et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Kirjoittajat ei ole tukea tai rahoitusta raportoida.

kilpailevat edut: kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

mukaan epidemiologia, ihosyöpä mukaan lukien melanooma ja non -melanoma on yleisin syöpätyyppi valkoisen väestön [1]. Tilastot osoittavat, että ihosyövän on kasvanut Euroopassa ja USA: ssa, erityisesti melanooma, viimeisten kahden vuosikymmenen aikana [2,3]. Ihosyöpä on useita histologisia alatyyppejä, kuten melanooma, levyepiteelisyöpä (SCC) ja tyvisolusyöpä (BCC) [4]. Useat tutkimukset osoittavat, että ultravioletti (UV) on merkittävä riskitekijä ihosyövän kehitys [5-7]. Kuitenkin molekyylitasolla, syöpää aiheuttavaa mekanismia UV ei ole selittänyt vielä.

TP53

geeni on tuumorisuppressorigeeni geeni, joka voi säädellä solusyklin pysähtymisen, apoptoosia ja DNA: n korjaukseen [8]. Siksi sitä kutsutaan vartija genomin. Mutaatiot

TP53

geeni ovat yleisin geneettinen poikkeavuus löytyy monenlaisia ​​ihmisen syöpien, kuten keuhkosyövän, paksusuolen syövän, mahasyövän, ihosyöpä, et al [9]. Arg72Pro polymorfismi

TP53

geeni on G-C-transversio kodonissa 72, mikä johtaa aminohapon muutos arginiini (Arg), proliini (Pro) [10]. Tutkimukset ovat osoittaneet, että

TP53

geeni on tärkeä rooli solun genomiin suojan UV altistus [11,12]. Mutta niiden yksityiskohtainen molekyylitason mekanismi on epäselvä.

Useat tutkimukset ovat viime vuosina tutkineet yhdistyksen välillä

TP53

Arg72Pro polymorfismi ja ihosyövän riskiä, ​​mutta niiden tulokset ovat vakuuttavia. Niinpä teimme tämä meta-analyysi kaikista hyväksyttävistä tapausverrokkitutkimukset jotka on julkaistu auttamaan meitä ymmärtämään paremmin vaikutuksen

TP53

Arg72Pro polymorfismi.

Methods

julkaisut haku

Etsimme PubMed julkaisuja maaliskuuhun 2013 käyttäen termejä ”TP53,” ”polymorfismi” ja ”ihosyövän.” haku suoritettiin ilman mitään rajoituksia kieli. Lisäksi etsimme viiteluetteloihin katsauksissa ja hakea artikkeleita manuaalisesti. Kun samalla potilasryhmällä ilmestyi useita artikkeleita, päätimme suurin otoskoko tai viimeisimmän.

Sisällyttämiskriteerit

Valitut tutkimukset tulee täyttää seuraavat merkittävät perusteet: (1) hyvin suunniteltu tapausverrokkitutkimukset arvioimiseksi

TP53

Arg72Pro polymorfismi ja ihosyövän riskiä; (2) ihosyöpä diagnosoitiin patologia; (3), joka sisältää hyödyllistä genotyypin taajuuksilla; ja (4) jakelu genotyyppien kontrollien joukossa oli Hardy-Weinberg tasapaino.

poisjättökriteerit

Poissulkukriteerit sisältyvät: (1) genotyyppi taajuuksien tai numero ei ole esitetty; (2) Eläinkokeissa, selostuksia, tapausselostukset, tiivistelmiä ja perhe-tarkastelua; (3) päällekkäisyyksien aiemman julkaisun.

Data Extraction

Kaksi tutkijat uutettu tiedot voivat tutkimuksista itsenäisesti mukaan ja poissulkukriteereitä yläpuolella. Erimielisyydet erotettiin keskustelu tai kolmannen tutkija. Seuraavat tiedot kerättiin: ensin kirjoittajat, julkaisuvuosi, etnisyys, ominaisuudet tapausten ja kontrollien (keski-ikä, jakelu sukupuoli), histologinen tyyppi tapauksissa genotyypitysmenetelmää, määrä genotyyppien ja kaikista tapauksista ja valvontaa.

Paperiteollisuudessa on Rizzato et al ei koodaavan säikeen on genotyyppi, joten ylösalaisin genotyypit hänen paperilla.

Tilastollinen analyysi

Vahvuus assosiaatiota

TP53

Arg72Pro polymorfismi ja ihosyövän riskiä arvioitiin yhdistettiin kertoimet suhdeluvut (syrjäisimmät alueet), jossa 95%: n luottamusväli (CI). Yhdistetty Syrjäisimpien alueiden hallitseva malli (Arg /Arg + Pro /Arg versus Pro /Pro), resessiivinen malli (Arg /Arg versus Arg /Pro + Pro /Pro), codominant malli (Arg /Arg versus Pro /Pro ja Arg /Pro versus Pro /Pro) ja alleelin kontrasti (Pro alleeli vs. Arg alleeli) laskettiin vastaavasti. Kerrostunut analyysit tehtiin etnisyys ja histologinen ihosyöpätyyppiä. Heterogeenisuus olettamus arvionsa Chi-square-pohjainen Q-testi. Jos P 0,05 Q-testi, joka osoitti heterogeenisuus, random-vaikutusten mallia käytettiin laskemiseen yhdistettiin syrjäisimmille alueille. Muussa tapauksessa kiinteiden vaikutusten malli hyväksyttiin. Z testiä käytettiin määrittämään yhdistetystä tai merkitykseen asetettu P 0,05. Mahdolliset julkaisu bias arvioitiin Begg n suppilo juoni [13] ja Egger testi [14]. P 0,05 merkitsi merkittävää julkaisua bias. Kaikki edellä tilastolliset analyysit suoritettiin kanssa STATA ohjelmiston, versio 12,0 (StataCorp, College Station, TX, USA). Virta-analyysi suoritettiin käyttäen Power and Sample Size laskeminen (PS) ohjelma (https://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/PowerSampleSize) [15].

Tulokset

tutkimus Ominaisuudet

yhteensä 165 paperit saatiin julkaisun haku julkaistiin vasta maaliskuussa 2013 joista kaksikymmentä täyttänyt kriteereillä [16-35] (kuva S1). Lopullisena kaksikymmentä tutkimukset olivat kaikki Englanti, joihin 5276 ihosyöpätapauksia ja 5315 tarkastuksia. Tärkeimmät ominaisuudet ovat yhteenvetona taulukossa 1.

Ensimmäisen tekijän

Year

Alkuperä

Maa

Kotelot

Controls

Pro/Pro

Pro/Arg

Arg/Arg

Pro/Pro

Pro/Arg

Arg/Arg

Dokianakis2000CaucasianGreece351964112Marshall2000CaucasianEngland3183463939Bastiaens2001CaucasianThe Netherlands21131169107275O’Connor2001CaucasianIreland1114342091Cairey-Remonnay2002CaucasianFrance4165056685McGregor2002CaucasianEngland0581245717Gustafsson2004CaucasianSweden5193033162de Oliveira2004OtherBrazil00162916Gwosdz2006CaucasianGermany724181366114Han2006CaucasianUSA5529440945297474Pezeshki2006AsianIran10473486217162Stefanaki2007CaucasianGreece11445266673Bendesky2007OtherMexico25941221894126Queille2007CaucasianFrance2151363939Li2008CaucasianUSA4030046556350432Capasso2010CaucasianItaly308712323122139Almquist2011CaucasianUSA9455185147274446Rizzato2011CaucasianHungary, Romania, Slovakia4018629246178297Leob2012CaucasianUSA4163551917Pandish2012AsiaIndia196225327890MelanomasBastiaens2001CaucasianThe Netherlands74865107275Gwosdz2006CaucasianGermany724181366114Han2006CaucasianUSA158210445297474Stefanaki2007CaucasianGreece11445266673Li2008CaucasianUSA4030046556350432Capasso2010CaucasianItaly308712323122139SCCDokianakis2000CaucasianGreece01264112Marshall2000CaucasianEngland2141863939Bastiaens2001CaucasianThe Netherlands64041107275Cairey-Remonnay2002CaucasianFrance416505717McGregor2002CaucasianEngland0357456685Gustafsson2004CaucasianSweden5193033162Han2006CaucasianUSA1710415145297474Bendesky2007OtherMexico321181269418Almquist2011CaucasianUSA3722036647274446Leob2012CaucasianUSA4163551917Pandish2012AsiaIndia196225327890BCCDokianakis2000CaucasianGreece331564112Bastiaens2001CaucasianThe Netherlands84363107275McGregor2002CaucasianEngland0236656685Han2006CaucasianUSA2310815445297474Pezeshki2006AsianIran10473486217162Bendesky2007OtherMexico22741081894126Almquist2011CaucasianUSA5729548547274446Rizzato2011CaucasianHungary, Romania, Slovakia4018629246178297Table 1. Ominaisuudet sisältämien tutkimusten meta-analyysissä.

CSV Lataa CSV

Suurin osa tutkimuksista (16 20) tehtiin valkoihoisilla. Kahdestakymmenestä tapausverrokkitutkimukset, neljä vain keskittyi melanooma [24,29-31], viisi SCC [17,20,22,34,35] ja kaksi BCC [26,33]. Neljässä tutkimuksessa selvitettiin sekä SCC ja BCC [16,21,27,32]. Kaksi tutkittu melanooma, SCC ja BCC [18,25]. Kahdessa tutkimuksessa ei-melanooma ihosyöpä, ilman alatyypin määritetty [19,28]. Ja yksi tutkittu ihosyöpä, histologisia alatyyppiä ei ole mainittu [23]. Julkaisussa vuosi oli 2000 ja 2012. Otoskoot vaihteli 43 1643. Kaikki tapaukset olivat patologisesti vahvistettu. Kontrollit olivat terveitä väestön ja sovitettu iän, sukupuolen ja etnisen taustan. Kaikki polymorfismien tarkastukset olivat Hardy-Weinberg tasapaino.

Meta-analyysin tulokset

Kuten taulukosta 2, mitään merkittävää yhdistyksen välillä TP53 Arg72Pro polymorfismin ja ihosyövän riskiä havaittiin geneettistä mallia ja alleeli kontrasti (Pro /Pro versus Arg /Arg, kerroinsuhde (OR) = 1,07, 95%: n luottamusväli (CI): 0,81-1,41; Pro /Arg versus Arg /Arg, OR = 0,93, 95% CI : ,77-+1,13; Pro /Pro + Pro /Arg versus Arg /Arg, OR = 0,93, 95% CI: 0,78-1,12; Pro /Pro versus Arg /Arg + Pro /Arg, OR = 1,08, 95% CI: 0,86 -1,35; Pro alleeli versus Arg alleeli, OR = 0,96, 95% CI: 0,84-1,10) (Kuva 1-5). Virta laskelmat yhdistetään taajuuksilla osoitti, että tilastollinen valtuudet olivat kaikki alle 80% kaikkien edellä meta-analyysit.

Vertaileva mallit

n

Case /Ohjaus

OR (95% CI)

P

OR

I

2 (%) B P

H

Model

Tehon laskeminen

Total205276 /5315Pro alleeli vs. Arg allele0.96 (0,84 -1,10) 0.58862.46 0.001random26.0% Pro /Pro vs. Arg /Arg1.07 (0,81-1,41) 0.65440.90.002random20.2% Pro /Arg vs. Arg /Arg0.93 (0,77-1,13) 0,46865 0,85 0.001random41.2% Pro /Pro + Pro /Arg vs. Arg /Arg0.93 (0,78-1,12) 0.45969.52 0.001random44.5% Pro /Pro vs. Arg /Arg + Pro /Arg1.08 (0,86-1,35) 0.5231.040.04random26.9% Caucasians164822 /4385Pro alleeli vs. Arg allele0.94 (0,81-1,09) 0.38547.54 0.001random44.4% Pro /Pro vs. Arg /Arg1.05 (+0,77-+1,43 ) 0.76832.410.006random11.5% Pro /Arg vs. Arg /Arg0.88 (+0,72-+1,06) 0.17746.99 0.001random81.0% Pro /Pro + Pro /Arg vs. Arg /Arg0.88 (0,73-1,07 ) 0.20350.61 0.001random84.4% Pro /Pro vs. Arg /Arg + Pro /Arg1.12 (0,86-1,46) 0.41725.990.038random44.5% Non-Caucasians4454 /930Pro alleeli vs. Arg allele1.06 (0,68 -1,65) 0.79177.20.004random10.8% Pro /Pro vs. Arg /Arg1.10 (,52-+2,31) 0.80163.10.043random8.8% Pro /Arg vs. Arg /Arg1.22 (0,61-2,42) 0.57779.60.002 random36.5% Pro /Pro + Pro /Arg vs. Arg /Arg1.16 (0,59-2,26) 0.67180.50.001random24.4% Pro /Pro vs. Arg /Arg + Pro /Arg0.95 (0,66-1,36) 0,76437 .90.185fixed6.0% Melanoma61522 /2433Pro alleeli vs. Arg allele1.10 (0,87-1,39) 0.43775.40.001random45.2% Pro /Pro vs. Arg /Arg1.36 (0,82-2,26) 0.23265.90.012random67.1% Pro /Arg vs. Arg /Arg0.99 (0,76-1,28) 0.910630.019random5.2% Pro /Pro + Pro /Arg vs. Arg /Arg1.05 (0,079-1,39) 0.74571.10.004random11.6% Pro /Pro vs. Arg /Arg + Pro /Arg1.33 (,87-+2,03) 0.19154.40.052fixed62.3% SCC111455 /2643Pro alleeli vs. Arg allele0.76 (0,55-1,06) 0.11085.7 0.001random100.0% Pro /Pro vs. Arg /Arg0.62 (0,31-1,25) 0.18278.2 0.001random98.2% Pro /Arg vs. Arg /Arg0.85 (0,61-1,19) 0.34073.8 0.001random80.6% Pro /Pro + Pro /Arg vs. Arg /Arg0.75 (0,51-1,12) 0.15883.1 0.001random99.2% Pro /Pro vs. Arg /Arg + Pro /Arg0.72 (,42-+1,22) 0.21964.10.002random83.2% BCC82159 /3179Pro alleeli vs. Arg allele0.90 (0,75-1,08) 0.24566.30.004random65.5% Pro /Pro vs. Arg /Arg1.01 (0,81-1,26) 0.93130.70.183fixed5.1% Pro /Arg vs. Arg /Arg0.83(0.64-1.08)0.16372.50.001random88.1%Pro/Pro+Pro/Arg vs. Arg /Arg0.83 (0,64-1,07) 0.14074.1 0.001random79.1% Pro /Pro vs. Arg /Arg+Pro/Arg1.03(0.83-1.28)0.78722.90.247fixed5.7%Table 2. Tärkeimmät tulokset meta-analyysi

TP53

Arg72Pro polymorfismi ja ihosyövän riskiä.

lyhenteet: OR , riskisuhde; CI, luottamusväli; n, lukumäärä tapausverrokkitutkimukset; P

OR, P-arvo on Z-testi; P

H, P-arvo heterogeenisyys analyysien; BCC, tyvisolusyöpä; SCC, okasolusyöpä. CSV Lataa CSV

kerrostunut analyysi histologisia ihosyöpämuodot¸, ei ollut näyttöä Merkitsevä yhteys kodonin 72 polymorfismin

TP53

geeni ja melanoomariskiä, ​​SCC ja BCC. Samanlaisia ​​tuloksia havaittiin kerrostunut analyysiä etnisyys. Eroaa muista alaryhmiin, virta laskelmat SCC geeni mallit olivat kaikki yli 80%, mikä paljasti riittävä otoskoot (taulukko 2).

Julkaisu Bias

Julkaisu bias arvioitiin Begg n suppilo juoni ja Egger testi. Muoto suppilon tonttien näytti symmetrinen ja tulosten Egger testi ei ollut merkittävää kaikissa geneettisen malleja (Pro /Pro versus Arg /Arg, Pro /Arg versus Arg /Arg, Pro /Pro + Pro /Arg versus Arg /Arg, Pro /Pro versus Arg /Arg + Pro /Arg, Pro alleeli vs. Arg alleeli), joka osoitti ole julkaistu bias. Kuvio 6 esittää Begg n suppilo juoni yleistä Pro /Pro versus Arg /Arg. Vuonna kerrostunut analyysit etnisyys ja histologiset tyypit, eikä Begg n suppilo juoni eikä Egger testi esittänyt mitään selvää näyttöä julkaisun bias (tuloksia ei ole esitetty). Nämä tulokset osoittivat ole julkaistu bias meidän meta-analyysi.

Keskustelu

TP53

tuumorisuppressorigeeniä tärkeä rooli solusyklin pysähtymiseen ja aktivointi ohjelmoidun solukuoleman [8,36]. Mutaatiot

TP53

geeni on havaittu 50% kaikista ihmisen syövistä ja lähes kaikissa ihokarsinoomia [37]. Tutkimukset ovat osoittaneet, että inaktivointi

TP53

geeni liittyy induktioon ihosyövän UV-säteilyn [11,12,38]. Yleisin polymorfismi

TP53

geenin etsii kodonissa 72, joka on G-C-transversio, aiheuttaa aminohapon muutos arginiini (Arg), proliini (Pro) [10]. Toiminnot kahden polymorfisia variantteja on

TP53

geeni ovat erilaisia. Mukaan tekemän tutkimuksen Dumont et al, The Arg72 variantti indusoi apoptoosia selvästi parempi kuin Pro72 muunnos ei [39]. Viime aikoina monet tutkimukset ovat tutkineet yhdistyksen välillä

TP53

Arg72Pro polymorfismi ja herkkyydestä ihosyöpä, mutta niiden päätelmät ovat ristiriitaisia. Siksi teimme tämä meta-analyysi tutkia tarkemmin vaikutuksen

TP53

Arg72Pro polymorfia kehittämiseen ihosyövän.

Tulokset viittasivat siihen mitään merkittävää yhdistyksen välillä

TP53

Arg72Pro polymorfismi ja riski ihosyöpä geneettistä mallia (Pro /Pro versus Arg /Arg, Pro /Arg versus Arg /Arg, Pro /Pro + Pro /Arg versus Arg /Arg, Pro /Pro versus Arg /Arg + Pro /Arg). Vuonna kerrostunut analyysi alkuperään ja histologiset tyypit ihosyöpä, ei ollut näyttöä merkittävästä yhdistys, kumpikaan. Tuloksemme olivat samanlaisia ​​kuin meta-analyysin Jiang vuonna 2011 [40].

Kuitenkin tulokset meidän meta-analyysin pitäisi tulkita varoen. Paitsi SCC alaryhmässä suurin osa valtaa laskelmat yhdistettyihin taajuuksilla oli pienempi kuin 80%, mikä osoitti riittämätöntä otoskoot.

Tämä meta-analyysi oli myös joitakin rajoituksia. Ensinnäkin, kun otetaan huomioon, että vain kaksikymmentä tutkimukset olivat mukana, julkaisu bias voisi mahdollisesti poistua, vaikka yritimme löytää niin monia tutkimuksia kuin pystyimme, arvioida huolellisesti kirjallisuudessa ja tilastollisten menetelmien minimoimiseksi julkaisun bias, ja tilastollisesti merkitsevä julkaisu bias oli havaittu tässä meta-analyysi. Toiseksi kerrostunut analyysit etnisyys, useimmat tutkimukset tehtiin valkoihoisista, ja tietoja muista etnisten ryhmien, kuten Afrikkalainen, oli riittämätön. Siten enemmän tutkimuksia suurempien otoskoko ja korkea laatu, etenkin ei-valkoihoinen väestö tarvitaan osoittamaan johtopäätökset tulevaisuudessa. Lopuksi tapauskontrollitutkimuksessa kuuluu taannehtivasti tutkimuksen että menetelmiin puutteita.

huolimatta rajoituksista tämä meta-analyysi osoitti, että

TP53

Arg72Pro polymorfismi luultavasti ollut juurikaan yhteydessä riski ihon syöpä pääasiassa valkoihoisilla. On kuitenkin vielä tarpeen toteuttaa suuremman koon ja better- suunnitelluissa tutkimuksissa tutkia

TP53

Arg72Pro polymorfismi alhaiset tilastollinen valtuuksia.

tukeminen Information

Kuva S1.

Vuokaavio kirjallisuudessa.

doi: 10,1371 /journal.pone.0079983.s001

(DOC)

tarkistuslista S1.

PRISMA tarkistuslista.

doi: 10,1371 /journal.pone.0079983.s002

(DOC) B