Krooninen sairaus

tiivistelmä

hoitovaihtoehtoja kohdunkaulan syövän perustuvat pääasiassa kliinisiin FIGO vaiheessa ja leikkauksen jälkeinen arviointi prognoosi- muuttujat, kuten kasvain halkaisija, parametrial ja imusolmuke osallistumista, verisuonten invaasio tunkeutumisen syvyys, ja histologiset tyyppi. Tutkimuksen tavoitteena oli arvioida genomista muutoksiin vieviä kohdunkaulan kasvaimia ja niiden suhde kliinisten parametrien, käyttäen yhden nukleotidin polymorfismi (SNP) -analyysi.

Flow-lajitellaan kasvainsoluja ja potilaan vastaaviin normaaleihin soluihin uutettiin 81 vieviä kohdunkaulan kasvaimia. DNA-indeksi (DI) mittaus- ja koko genomin SNP-analyysi suoritettiin. Tiedot analysoitiin havaitsemiseksi kopioluvun muutoksia (CNA) ja alleeliset tasapaino valtion: tasapainoinen, epätasapainoinen tai puhdasta Loh, ja niiden suhde kliinisiin parametreihin.

DI vaihteli 0,92-2,56. Puhdas LOH todettiin ≥40% näytteistä kromosomissa-aseiden 3p, 4p, 6p, 6Q, ja 11q, CN voittoja 20% 1Q, 3Q, 5p, 8q, ja 20q, ja tappiot 2q, 3p , 4p, 11q, ja 13q. Yli 40% osoitti voitto 3Q. Ainoa merkittävä eroja ei havaittu histologisia tyyppejä (squamous, adeno- ja adenosquamous) on vähemmän alleelin voimakkuuden suhde (LAIRia) (p = 0,035) ja CNA analyysissä (p = 0,011). Enemmän tappiot löydettiin kromosomista hoitoryhmän 2q (FDR = 0,004) in squamous kasvaimia ja voitot 7p, 7q, ja 9p vuonna adenosquamous kasvaimet (FDR = 0,006, FDR = 0,004, ja FDR = 0,029).

Koko genomin analyysi vieviä kohdunkaulan syövän osoittaa laajaa muutoksia alleeliset tasapainossa ja CN. Yleinen geneettisiä muutoksia ja CNA erityisistä kromosomissa-aseiden vaihteli histologisia tyyppejä. Ei suhde löydettiin kliinisten parametrien, jotka tällä hetkellä määräävät hoidon valinta.

Citation: van den Tillaart SAHM, Corver WE, Ruano Neto D, ter Haar NT, Goeman JJ, Trimbos JBMZ, et al. (2013) Heterotsygotian menetys ja Kopioi numero Muutokset Flow-Lajittele Bulky Kohdunkaulan syöpä. PLoS ONE 8 (7): e67414. doi: 10,1371 /journal.pone.0067414

Editor: Hiromu Suzuki, Sapporo Medical University, Japani

vastaanotettu: 21 marraskuu 2012; Hyväksytty: 20 toukokuu 2013; Julkaistu: 09 heinäkuu 2013

Copyright: © 2013 van den Tillaart et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: D. Ruano Neto sai rahoituksen myöntämistä 93518025 Alankomaiden Genomic Initiative (NGI). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

ennustetekijöiksi kohdunkaulansyövän

kohdunkaulan syöpä on yksi yleisimmistä gynekologisia syöpiä maailmanlaajuisesti. Sen jälkeen kirurginen hoito kohdunkaulan kasvaimia, ennustavat tekijät selviytymisen kuuluvat kliinisten parametrien FIGO vaiheessa kasvain halkaisija, kasvain parametria, kasvain positiivinen lantion imusolmukkeiden, verisuonten invaasio, ja tunkeutumisen syvyys. Histologinen tyyppi liittyy myös ennuste, ja arvioidaan sekä ennen ja jälkeen leikkauksen [1] – [4]. Vaikka parametrit voidaan osittain määrittää ennen leikkausta kliininen tutkimus, kuvantaminen, tai patologisen arvioinnin kudosnäytteistä, useimmat parametrit ovat ainoastaan ​​lopullisesti vahvistettu jälkeen leikkauksen jälkeinen patologinen tutkimus kirurgisista näytteistä. Läsnäolo tai puuttuminen näistä tekijöistä on prognoosi- merkitystä ja siksi sitä käytetään valitsemaan sekä mekaaninen käsittely, ja päättää adjuvanttihoitoa ja /tai sädehoidon ovat tarpeen.

Kirurginen hoito pidetään optimaalinen ensisijainen hoito pienten halkaisija kohdunkaulan kasvaimet ( 4 cm, levinneisyysaste 1B2). Paikallisesti laajennettu kasvaimet (FIGO 2b tai korkeampi) ensisijaisesti käsitellään Kemoterapia. On kuitenkaan ole maailmanlaajuinen sopimus optimaalisesta ensisijainen hoito vieviä kohdunkaulan syövän (halkaisija 4 cm, FIGO ≥1b2-2b), vaikka sädehoitoa tai leikkausta vaihtoehtoja [5] – [13]. Äskettäin ryhmämme raportoitu mahdollinen ylimääräinen ennustetekijä varten vieviä kohdunkaulan kasvaimia. Potilaat, joilla on tynnyrimäinen (sivuttaislaajennuksella ≥1.5 × craniocaudal laajennus) vieviä kasvaimia osoitti huonompi taudista vapaan ja eloonjäämiseen jälkeen leikkaushoitoa, verrattuna exophytic (kaikki muut) kasvaimia. Ensisijainen leikkaushoitoa, pikemmin kuin sädehoito tai kemoterapia-säteilyä, on ehdotettu optimaalinen hoito potilailla, joilla exophytic kookkaita kasvaimia [14].

Kyky valita enemmän homogeeninen potilailla, joiden kohdunkaulan kasvaimet voivat auttaa valinta sopivimman hoidon strategia yksittäisille potilaille. Tunnistaminen potilailla, joilla on erityisiä geneettisiä malleja voisi olla tapa saavuttaa tämä tavoite. Geneettisiä muutoksia voi objektiivisesti arvioida, ennen leikkausta, vuonna kasvainbiopsioissa, mahdollisesti tarjota entistä tarkan ennusteen vaiheessa ja kliinisen käyttäytyminen kuin lääkärintarkastus potilaan. Lisäksi geneettistä kartoitusta voitaisiin antaa tietoja geeneistä tai jotka ovat vastuussa kasvaimen kasvua ja etäpesäkkeiden.

Geneettinen profilointi

etenemistä normaalien solujen syöpään liittyy muutoksia DNA, ja geneettiset profiilit on vahvistettu useiden syöpätyyppien. Nämä profiilit on suurelta osin määritetty käyttäen arrayCGH, ja on siksi rajoitettu kopioluvun muutoksia. Tässä tutkimuksessa käytimme yhden nukleotidin polymorfismi (SNP) paneelit määrittää geneettinen profiili virtauksen lajiteltu kasvainpopulaatiot. Tämän lähestymistavan etuna on myös määritettäessä alleelin omiin muutoksiin, lisäksi kopioluvun muutokset (CNA), puhdasta kasvainsoluissa. Jotta sisällyttää Heterotsygotian menetys (LOH) analysoinnissa kehitimme vähemmän alleelin voimakkuuden suhde (LAIRia) lähestymistapa, jonka avulla voidaan siten arvioida erillisten Alleelispesifisen kopioida numeroita (CN) kaikille genomista paikoissa [15]. Tämä menetelmä mahdollistaa sen, että luokitus erillisiä koko CN koska molemmat summa kahdesta alleelista ja tasapaino tilassa, joka voidaan sitten jakaa 3 ryhmään: tasapainoinen, epätasapaino, ja LOH.

tilastollinen analyysi eroja in geneettiset profiilit ryhmien välillä kasvainten on osoittautunut vaikeaksi. Luonne geneettisiä muutoksia kasvaimia aiheuttaa voimakkaita korrelaatioita mittausten viereisistä antureista, korrelaatiot, joita ei ole kunnolla käsitelty yleisesti käytetty tilastollisia testejä. Tässä tutkimuksessa esittelemme tilastollisella menetelmällä, joka perustuu maailmanlaajuiseen testi [16], joka suorittaa useita testejä korjauksen oikein läsnäollessa korreloivat voimakkaasti arvoihin. Toinen etu maailmanlaajuinen testi on, että se voi testata hypoteesia, jonka mukaan ryhmät näytteet ovat samat koko genomin tasolla, ja voidaan zoomata kromosomissa aseiden kun ero ryhmien välillä on havaittu.

tarkoitus tutkimuksessa

tämän tutkimuksen tarkoituksena oli tunnistaa geneettisiä muutoksia, jotka liittyvät yhteen tai useampaan ennustettaessa kohdunkaulan syöpäpotilailla. Lähestymistapamme oli käyttää SNP array analyysi flow-lajiteltu FFPE kasvainkudoksen välillä vieviä kohdunkaulan syövistä.

Tietääksemme tämä on ensimmäinen laajamittainen, koko genomin SNP joukko tutkimuksen tässä vaiheessa kohdunkaulan kasvaimia, ja ei julkaisu ei ole vielä kuvattu perimän profiilin kohdunkaulan kasvaimia perustuu SNP erilaisia ​​analyysi puhdasta kasvainkudoksen. Lisäksi tämä on ensimmäinen koko genomin SNP joukko tutkimus suuri joukko vieviä kohdunkaulan kasvaimia suhteessa geneettisiä muutoksia tasapainossa tilassa ja CN, ja niiden suhdetta epäsuotuisat ennustavia tekijöitä.

Materiaalit ja menetelmät

Näytteet

kudos 107 kohdunkaulan karsinoomat samoin kuin pariksi normaali (ei vaikuta) kohdun limakalvon ja /tai imusolmukekudoksesta, saatiin FFPE kudospankille Department of Pathology, Leiden University Medical center (LUMC). Näytteet käsitellään mukaisesti lääketieteellisen eettisiä ohjeita kuvattu Code oikea Toissijainen käyttö Human Tissue perustettu hollantilainen Federation of Medical Sciences (www.federa.org). Tutkimuksemme koostui potilaista asuu Alankomaissa ja Surinamessa. Kaikki potilaat, joilla oli tilaa vieviä kohdunkaulansyöpä levinneisyysaste ≥1b2-2b ja sai ensisijaisena hoitomuotona klo LUMC välillä päivänä tammikuuta 1984 ja marraskuussa 2000 sisällytettiin tutkimusryhmän. Suuri määrä kliinisiä parametrejä on tunnettu näillä potilailla, mutta tähän tutkimukseen päätämme tutkia seitsemän kliinisten parametrien tiedetään olevan ennusteen arvioinnissa: kasvain halkaisija, histologinen tyyppi, parametrial osallistuminen, lantion imusolmuke tila, verisuonia invaasio, tunkeutuminen syvyys, ja kasvu. Kasvukuvion määriteltiin tynnyrimäinen, jos sivuttaissuuntainen jatke kasvain oli ≥1.5 x ni- craniocaudal laajentamista kasvain; muuten kasvain oli luokiteltu exophytic. Histologinen kirjoittamalla (squamous, adeno-, adenosquamous tai sekoitettu kasvaimia) perustui histokemiallisella H Loh – segmentit vain yksi alleeli läsnä ja LAIRia arvo lähellä 0; epätasapainoista segmentit – eri CN varten kahden alleelin ja LAIRia arvo välillä 0 ja 1.

Tiedot esikäsitellään saada laatu tarkastetaan ja normalisoidut arvot intensiteettiä ja LAIR. Yhdessä DNA-indeksin näitä tulkitaan on diskreetti ja kategorinen asteikko. Sulautettu juoni näyttää normalisoitu intensiteetti pisteinä ylemmässä paneelissa, ja LAIR alemmassa paneelissa väliviivoja. Segmentointi menettely on jaettu tällä alueella kahteen segmenttiin. Vasemman segmentti on kopioluku 1 LOH. Alleelinen tila on A. oikea segmentti on kopio numero 2 kanssa tasapainossa. Alleelinen tila on AB.

Tilastollinen

herkkyysrajat segmenttien välillä ovat erilaisia ​​jokaisessa näytteessä. Raja-arvot kutakin näytettä levitettiin kaikkiin näytteisiin. Tämä tekee näytteiden vertailukelpoinen jälkeen segmentointi Maailmanlaajuinen testiä käytettiin havaitsemaan eroja geneettisiä muutoksia ryhmien välillä potilaiden koko genomin tasolla ja kromosomi aseiden [16]. Testasimme eroja sekä jatkuva ja diskreetti CN. Jatkuva CN on suhteellinen mitta; otoskeskiarvo on 1 riippumatta DI. Diskreetti CN on ehdoton toimenpide, joka edustaa kopiomäärä genomisessa segmentin jokaisessa solussa kasvain. Jatkuva CN on tavanomainen tapa tarkastella CN; olisimme tutkia täällä onko hyödyllistä tarkastella absoluuttinen CN. LAIRia jatkuvana toimenpiteenä alleelien tasapainon ja tasapaino valtion erillisenä toimenpiteenä testattiin myös. Jatkuva CN voitot ja tappiot määriteltiin poikkeamasta enemmän kuin 15% otoskeskiarvo. Globaali testi mahdollistaa käytön sekoittavien tekijöiden. Etninen ryhmä käytettiin sekoitin kaikissa testeissä, koska geneettinen muodostavat voi vaikuttaa esiintymiseen kromosomi muutoksia. DI käytettiin ylimääräisenä sekoitin analyysissä jatkuvan CN, koska DI on suhde voittoja ja tappioita. Määrittäminen erillisiin CN jo ottaa DI huomioon, ja siksi käytetään DI kuten sekoitin tekisi tämän analyysin takaisin suhteellisen mitan sijasta absoluuttinen (katso kuva S2 File S1). Etninen määriteltiin ryhmittelemällä genotyypit yhdessä HapMap tunnettuja näytteitä etnisen alkuperän. Kokeet edelleen lokalisoitu suorittamalla globaali testi kaikille kromosomi aseita yksitellen. Erot ryhmien hyväksyttiin merkittäviksi, kun väärä löytö määrä (FDR) oli pienempi kuin 0,05 [28].

Kaikki SNP-data löytyy Gene Expression Omnibus: sarja GSE29143.

tulokset

Kliinisen

From 107 kohdunkaula karsinooman potilaiden tutkimuksessa mukana riittävästi DNA materiaali saatiin 82 Hyväksytty kasvain /normaali paria jälkeen virtaus lajittelun. Yksi näyte poistettiin hybridisaation jälkeen alhaisen tietojen laatua. Taulukossa 1 esitetään yhteenveto kliinisen tiedon 81 potilasta analysoitiin ja taulukossa S1 File S1 näyttää tiedot yksittäisiä potilaita. Koska 96,3% tuumoreista havaittiin olevan kasvain halkaisija on suurempi kuin 40 mm, tämä parametri ei tutkittu tarkemmin.

Principal Components Analysis (PCA) suoritettiin käyttäen 4 alkuperäinen HapMap väestön viitteenä paneelit, yhdessä genotyyppejä saatu potilaiden normaalia kudosta. Kolme suurta geneettistä klustereita voitaisiin erottaa neljässä HapMap populaatiot, Japanin ja Kiinan HapMap väestön kokosi yhteen. Anamneesit klusterointia, me luokitteli potilaita 3 etnisten ryhmien: Euroopan (euroa, n = 45) potilailla, jotka klusterin yhdessä CEU HapMap väestö, Afrikkalainen (AFR, n = 25), jotka klusterin yhdessä YRI, ja Aasian ( ASI, n = 11), jotka klusterin yhdessä CHB ja JPT populaatiot. Tarkempia tietoja, katso kuva S1 File S1.

Näytteitä

Suurin osa 81 sovitetun kasvain näytteet (89%) voitaisiin pariksi normaali /ei-vaikutti kudosta. Koska normaali kudos ei ollut saatavilla 9 tapauksissa, kasvain-DNA: ta sen sijaan yhdistetty DNA normaalin stroomasoluilla saatu virtaus lajittelun mukaisesti [23]. Cell lajittelu havaittu, kun läsnä on enemmän kuin yksi kasvain solupopulaation 8 tapauksissa. Näissä tapauksissa, yleisin DNA-populaatiosta valittiin tehdään SNP erilaisia ​​analyysi. DNA-indeksi (DI) virtauksen lajitella näytteet vaihtelivat 0,92-2,56. Kuvio 2 esittää DI tiheys juonta potilasryhmässä.

On bimodaalis- DNA indeksi huiput noin 1, ja lähellä 2.

Kaiken geneettinen malli

Balance State.

Kun tarkastellaan tasapainon tilassa kuvioita syntyy analyysin SNP array data, voidaan havaita, että LOH on läsnä lähes kaikilla kromosomialueita (kuva 3). 28 ulos 40 kromosomi käsivarret, yli 10%: lla potilaista osoitti LOH. Loh oli erityisen usein kromosomissa aseiden 3p, 4p, 6p, 6Q, ja 11q, joissa havaittiin yli 40% kaikista potilaista. Lisäksi LOH kaikki kromosomaalisten alueiden osoita, että läsnä epätasapainon vähintään 10% näytteistä (kuvio 3). Rakenteessa epätasapaino on hieman täydentää mallia LOH.

Lisäksi korkeus kaaviossa, värit osoittavat taajuus LOH; Musta: 10%, vihreä: 20%, sininen: 0%, punainen: 40%. Tasapainoinen ryhmä ei piirretä; se on täydentää näitä 2 ryhmää.

Kopioi numero muutoksia.

CNA käyttäen jatkuvaa CN voidaan nähdä koko genomin (kuva 4). Yli 20%: lla potilaista osoittavat voitot 1Q, 3Q, 5p, 8q, ja 20q ja tappiot kromosomien 2Q, 3p, 4p, 11q, ja 13q. Voitto 3q havaittiin 40% kaikista näytteistä.

Voitot Kolikon yläosassa ideograms, kun taas tappiot on kuvattu alla. Värit osoittavat taajuus sisällä aineisto; Musta: 10%, vihreä: 20%, sininen: 30%, punainen: 40%. Voitot ja tappiot tunnistettiin kun jatkuva CN poikkesivat yli 15% näytteestä keskimäärin.

suhde kliinisten parametrien ja geneettisiä muutoksia

Balance tilassa.

Taulukko 2A esittää tuloksia koko genomin analyysia LAIRin ja tasapaino tilassa. Kun 22 autosomeiksi ja X-kromosomi analysoitiin yhdessä, vain histologinen tyyppi osoitti tilastollisesti merkitseviä eroja LAIRia arvo (p = 0,035). Ei eroja eri kliinisten parametrien havaittiin tasapainossa tilassa (p = 0,050). Keskittyminen kromosomissa aseita erikseen osoitti, että ero histologisia ryhmien voida yhdistää tiettyyn kromosomiin varsi.

Kopioi numero muutoksiin.

taulukossa 2B esitetään tulos koko genomianalyysi muutoksia CN. Jatkuva CN arvot osoittivat tilastollisesti merkitseviä eroja vain histologista tyyppiä (p = 0,011). Testi erillisille CN ei ollut tilastollisesti merkitsevä (p = 0,363). Kun DI lisätään niin sekoitin analyysin erillisten CN ero histologisia tyyppejä on merkittävä (p = 0,019), diskreetti CN profiileja potilailla, joilla on ilman imusolmuke etäpesäke olivat merkittävästi erilaisia ​​(p = 0,032), ja tässä testi jatkuvaan CN ei ollut merkitsevä (p = 0,614). Sisällyttäminen DI kuin sekoitin testissä erillisille CN nyt osoita mitään eroa enää (p = 0,637). Katso myös kuva S3 File S1. Jatkuvan CN testit osoittavat vertailukelpoisia tuloksia kanssa tai ilman sisällyttämistä DI kuin sekoitin (tuloksia ei ole esitetty). Sitten zoomataan kromosomi käsivarret analysoitaessa kliinisten parametrien, joka osoitti eron. Levyepiteelikarsinooma kasvaimia osoitti suurempia tappioita 2q (FDR = 0,004), kun taas adenosquamous kasvaimet todettiin enemmän voitot 7p, 7q, ja 9p (FDR = 0,006, FDR = 0,004, ja FDR = 0,029 vastaavasti). Erillisiin CN, erot ryhmien kanssa ja ilman imusolmuke osallistumista voida yhdistää mihinkään kromosomin aseiden erityisesti. Kuvassa 5 erot jatkuvassa CN histologista tyyppiä eri kromosomissa käsivarret.

Voitot Kolikon yläosassa ideograms, kun taas tappiot on kuvattu alla. Red: levyepiteelikarsinooma kasvaimia, vihreä: adenokarsinooma + sekamuotoinen, sininen: adenosquamous kasvaimia. Adenokarsinooma ja sekamuotoinen yhdistettiin koska alhainen määrä näytteitä näissä ryhmissä.

Keskustelu

Käyttämällä SNP erilaisia ​​analyysi, olemme osoittaneet laajan genominlaajuisten Loh ja CN muuttuu vieviä kohdunkaulan syöpä. Tietääksemme ei aiemmat tutkimukset ovat hakeneet genominlaajuisten geneettistä kartoitusta tällaiseen suuri määrä vieviä kohdunkaulan syövistä (levinneisyysaste 1b2-2b).

analyysi välisestä suhteesta geneettisiä muutoksia ja ennustetekijät histologinen tyyppi, tunkeutumisen syvyys, imusolmuke tila, laajennus parametria, verisuonten invaasio ja kasvu kuvio paljasti tilastollisesti merkittävän eron analyysi erillisten CN ryhmien välillä ja ilman imusolmuke osallistumista, ja suhde histologinen tyyppi ja muutokset Lair ja jatkuvassa CN. Vaikka erillisten CN ei ilmennyt eroja eri histologisia tyyppejä, havaitsimme, että kun DNA-indeksiä käytettiin sekoitin analyysissä merkittävä ero histologista ryhmien oli palautettu (p-arvo menee +0,363-,019). Tämä tarkoittaa, että diskreetti CN arvot sisältävät runsaasti tietoa erottaa ryhmät, mutta suhteelliset muutokset DNA keskiarvoon verrattuna DNA-pitoisuus solussa ovat tärkeämpiä eroa histologista ryhmien kuin absoluuttinen alleelin määrä.

jotta määrittää geneettisistä muutoksista, jotka vaikuttavat erot kliinisten parametrien, analysoimme kromosomi käsivarret yksitellen. Analyysissä jatkuvien CN muutoksia, histologinen ryhmä levyepiteelikarsinooma karsinoomat havaittiin tilastollisesti merkittävä lisäys tappio 2Q, kun adenosquamous karsinoomat osoitti enemmän voitot 7p, 7q, ja 9p. Tilastolliset erot näissä 4 alueet ovat vertailukelpoisia, mutta numeerinen ero on voimakkaimmin kromosomin 2q, jossa noin 10% adenosquamous karsinoomien on vähentynyt, mutta yli 40% levyepiteelikarsinooma karsinoomien on vähentynyt. Huolimatta koko genomista ero diskreetti CN potilaiden välillä ja ilman imusolmuke osallistumista, emme voineet yhdistää tämä ero tiettyyn kromosomi käsivarteen. Näin ollen tämä ero ei voi erottaa käytettäväksi kliinisen parametrin.

CNA havaittiin aiemmissa tutkimuksissa käyttäen klassista array-CGH, ​​jossa tarkastellaan vain jatkuva CN muutokset (katso taulukko S2 File S1) [29] – [ ,,,0],39]. Kuten voidaan nähdä taulukossa, voitot että löysimme oli aiemmin raportoitu:

Voitot 1q löydettiin myös 8 11 mukana tutkimuksissa on 3Q usein kaikissa tutkimuksissa on 5p 5 on 11 tutkimuksissa on 8q 3 muiden tutkimusten ja 20q 6 tutkimuksissa. Tappiot 2Q ilmoitettiin 5 11 Muissa tutkimuksissa on 3p 8 11, on 4p 6, on 11q 6, ja 13q 8 muiden tutkimusten. Kaikki havainnot aiemmin saapuvat Rao et al., Ja kaikki paitsi yksi by Lando et al., Mutta ylimääräisiä muutoksia muualla havaittiin myös näissä tutkimuksissa. Tämä saattaa selittyä sisällyttämällä kasvainten korkeampi levinneisyysaste näissä tutkimuksissa.

Osa tutkimuksista tutki myös suhdetta kliinisten parametrien ja geneettisiä muutoksia kohdunkaulan syöpä (katso taulukko S2 File S1) [ ,,,0],29], [30], [33], [34], [36]. Rao et ai. ei löytänyt eroja squamous ja adenovirukset kasvaimia vaiheessa 1b-4b. Tämä saattaa johtua siitä, että pieni määrä adenokarsinoomat mukana (5 adenokarsinomia ja 72 suomuinen karsinoomia) [34]. Ei ollut adenosquamous kasvaimia tässä ryhmässä. Vuonna analyysi vaiheen 1b-3b kohdunkaulan kasvaimet, Wilting et al. raportoitu merkittävästi enemmän voittoja 9 levyepiteelikarsinooma kasvaimissa verrattuna 7 adenokarsinooman. Korkeammat voitot olivat pääasiassa löytyi 3q [36], vaikka käytetty menetelmä määrittelemään histologinen tyyppi ei kuvattu. Sijainnit erot geneettiset muutokset välillä levyepiteelikarsinooma ja adenosquamous karsinoomia tutkimuksessamme eivät vastanneet havaintojen Wilting et al., Mutta ei ollut adenosquamous kasvaimia tässä ryhmässä.

Ero yleiset havainnot välillä meidän ja aiemmat tutkimukset voidaan selittää eroilla FIGO vaiheessa, otoskoko, ja värjäys tekniikoita syrjiä histologinen tyyppi. Ryhmä kasvaimia, jotka käytimme ei aiemmin analysoitu kirjallisuudessa, ja lukuun ottamatta imusolmukkeiden, kliinistä parametrit analysoitiin tutkittiin aiemmin vain 2 muut 11 tutkimukset (Rao et al., Ja Wilting et al. ). Laimennus käytöstä aiheutuvia kasvainkudoksen sijasta puhtaan kasvainsolujen voi myös selittää eroja tuloksiin.

ennustetekijöiden merkitystä histologinen tyyppi on edelleen kohde keskustelua ja ei tällä hetkellä käytetään ensisijaisena tai lisähoito valinta [ ,,,0],1] – [4], [40] – [42]. Ristiriitaisia ​​Näiden tutkimusten tulokset vaikutuksesta histologinen tyyppi kasvaimen käyttäytymisen ja potilaan selviytymisen voivat johtua myös eroista luokittelussa kasvaimia, joissa ei ole spesifistä värjäytymistä (PAS ja Alcian sininen) levitettiin. Jatkotutkimuksissa genomi muutoksia kehotetaan ottamaan erilaiset geneettiset profiilit histologisia tyyppejä huomioon.

Alueet, joiden näkyvin erot sisältävät monia geenejä. Tutkimuksen tavoitteena oli löytää uusia ennen leikkausta parametreja, voitaisiin käyttää hoidon valinta, tietämättä aiheuttava geeni. Tämä aihe ansaitsee lisätutkimuksia.

SNP array Tässä tutkimuksessa käytetty koostui 6000 SNP merkkiaineiden jakautuu tasaisesti genomiin, ja array optimoitiin on suurempi vähäinen-alleelin taajuus Kaukasian (Euroopan) väestöä . Tämän seurauksena keskimääräinen informatiivisia koettimia oli suurempi Kaukasian potilaille (2139 informatiivinen SNP) kuin varten Afrikkalainen (1796) ja Aasian (1712) potilasta. Tämä voi johtaa aliarvioimiseen geneettisistä muutoksista, jotka tapahtuvat kohdunkaulasyövän näissä populaatioissa. Vaikka se olisi ollut mielenkiintoista verrata geneettisiä muutoksia ja suhde kliinisten parametrien etnisen taustan, alaryhmiin ovat liian pieniä, jotta tämä.

tulokset paljastivat geneettisiä muutoksia, jotka liittyvät histologinen tyyppi, kliininen parametri ei tällä hetkellä käytetään hoitoon valinta. Analyysissä ei havaittu suhteessa geneettisten muutosten kliinisiä parametrejä, joita voitaisiin käyttää ennustamaan epäsuotuisa postoperatiivisen prognostisia ominaisuuksia tai valita alaryhmissä. Näyttää siltä, ​​että tällä hetkellä paras arviointi ennustetekijöiden tulee edelleen pre- intra- ja postoperatiivinen havainnoista gynecologic onkologi ja patologi. Kuten erot DNA muutoksiin välillä kasvainten eri histologisia tyyppejä voidaan vaikuttaa kasvaimen käyttäytymiseen, hoitovasteen ja eloonjäämisen, tulevaisuuden tutkimusta pitäisi sisältää suurempia potilasryhmiä, ja käyttö värjäys tekniikoita, jotka voivat luotettavasti erottaa histologinen tyyppi.

tukeminen tiedot

Tiedosto S1.

Kuva S1, luokittelu potilaan etnisen suhteessa HapMap väestölle.