PLoS ONE: Genomisen profilointi myöhäisvaiheen suusyöpä paljastaa kromosomi 11q muutostyöt kuten merkkiaineet Poor Clinical Outcome
tiivistelmä
tunnistaminen suusyövän vaurioita liittyy suuri riski taudin uusiutumisen ja ennustamiseen kliinisten tulosten pysyvän haastavia kysymyksiä kliinisissä harjoitella. Genominen muutokset voivat lisätä varoituksia syntymässä olevista ja osoittaa biologisen aggressiivisuus mikä korostaa tarvetta genominlaajuisten profilointi suusyöpä. Korkean resoluution array vertaileva genominen hybridisaatio suoritettiin rajata genomiseen muutoksia kliinisesti selityksin ensisijainen gingivo bukkaaliin monimutkainen ja kielen syöpiä (
n
= 60). Erityinen genomista muutokset niin tunnistettu arvioitiin niiden mahdollista kliinistä merkitystä. Kopioluvun muutoksia havaittiin kromosomi käsivarret yleisimmät voitot 3q (60%), 5p (50%), 7p (50%), 8q (73%), 11q13 (47%), 14q11.2 (47% ), ja 19p13.3 (58%) ja tappiot 3p14.2 (55%) ja 8p (83%). Univariate tilastollinen analyysi korjaus useiden testaus paljasti kromosomaalisen voitto alueen 11q22.1-q22.2 ja tappiot 17p13.3 ja 11q23-q25 liittyvän paikallista alueellista toistumisen (
P =
0,004,
P
= 0,003, ja
P =
0,0003) ja lyhyempi eloonjäämisen (
P =
0,009,
P
= 0,003, ja
P
0,0001) vastaavasti. Voitto 11q22 ja menetys 11q23-q25 todensi InterPhase fluoresoiva in situ -hybridisaatio (I-FISH). Tässä tutkimuksessa todettiin mukautuva joukko perimän muutoksia muutamia taustalla geenejä, jotka saattavat käyttää biologisina markkereina ennusteen ja hoidon päätöksiä suusyöpä.
Citation: Ambatipudi S, Gerstung M, Gowda R, Pai P, Borges AM, Schäffer AA, et al. (2011) Perimän profilointi myöhäisvaiheen suusyöpä paljastaa kromosomi 11q muutostyöt kuten merkkiaineet Huono kliinistä hyötyä. PLoS ONE 6 (2): e17250. doi: 10,1371 /journal.pone.0017250
Editor: Patrick Tan, Duke-National University of Singapore Graduate Medical School, Singapore
vastaanotettu: 18 lokakuu 2010; Hyväksytty: 22 tammikuu 2011; Julkaistu: 28 helmikuu 2011
Copyright: © 2011 Ambatipudi et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.
Rahoitus: Kirjoittajat ovat kiitollisia neuvoston tieteellisen ja teollisen tutkimuksen [CSIR Grant nro: 27 (0207) /09 /EMR-II]; Tata Memorial Center – Intramural Research Grant hankkeen rahoitukseen. MG ja NB on rahoittanut SystemsX.ch, Sveitsin aloite systeemibiologian alle avustus nro 2009/024, arvioi Swiss National Science Foundation. Tämä tutkimus tuettiin osittain Intramural tutkimusohjelman National Institutes of Health, NLM. Kirjoittajat kiittää CSIR tarjoamiseksi apurahan SA hänen toimikautensa kuin jatko-opiskelija. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.
Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.
Johdanto
Suun levyepiteelisyöpä (OSCC) on merkittävä syy sairastuvuutta ja kuolleisuutta maailmanlaajuisesti, mikä vastaa yli 275000 uutta tapausta ja yli 120000 kuolemantapausta vuosittain [1]. Vaikka on ollut parannuksia hoitomuodot, OSCC liittyvä sairastuvuus ja kuolleisuus on edelleen suuri ja eivät ole muuttuneet yli kolmen vuosikymmenen [2]. Tämä ei ole parantunut säilyminen viittaa siihen, että kasvaimen koko, imusolmuke osallistuminen ja vaihe, joita pidetään markkereita sairauden aggressiivisuus, eivät ole riittävän selittää havaitun vaihtelun kliinisissä tuloksissa [3]. Siksi kokonaisvaltainen käsitys patologisen mekanismien OSCC tarvitaan täydentämään nykyistä paradigmojen arvioitaessa taudin aggressiivisuutta ja ennusteen.
kromosomipoikkeavuuksien ovat luonteenomainen ominaisuus syöpäsoluja ja niitä on käytetty määrittelemään tietyn taudin yhteisöistä . Kynnyksellä genominlaajuisten seulontamenetelmiä kuten vertaileva genominen hybridisaatio (CGH), ja viime aikoina, array CGH (aCGH), ovat avanneet uusia mahdollisuuksia kuvastoon kromosomipoikkeavuuksia suurella tarkkuudella [4], [5]. Monet kromosomimuutokset että hautoisi onkogeenien tai tuumorisuppressorigeeneille ovat nousseet ennakoivaa ja ennustetekijöitä merkkiaineita kasvaimia [5], [6]. OSCC on raportoitu syntyvän kertyy lukuisia tiettyjen kromosomaalisten muutosten [2]. Voitot kartoitettu kromosomisesta aseiden 3q, 6Q, 8q, 9P, 9q, 11p, 11q, 14 q, 17Q, ja 20q ja tappiot kartoitetaan 3p, 4q, 9P, ja 18q ovat ehdottaneet otaksuttu onkogeenien ja tuumorisuppressorigeeneille liittyvän suusyövän [ ,,,0],7] – [15]. Molecular profiilit suusyöpä vaihtelevat eri puolilla maailmaa ja ne vaikuttavat sekä etiologisista tekijät ja etnisyys, mutta mitään lopullista ole raportoitu tähän mennessä [16], [17]. Useimmat genominlaajuisten tutkimukset OSCC on tehty eri suunsisäisiä sivustoja, jotka liittyvät eri etiologisen tekijän. Sen lisäksi, tupakan ja alkoholin, ihmisen papilloomavirus (HPV) infektio on tunnettu riskitekijä OSCC. HPV-tartunnan nielusta kasvaimet käsittävät erillisiä molekyyli, kliinisiä ja patologisia tauti kokonaisuus erillisiä geneettisiin muutoksiin ja paremmin ennusteen [18] – [20].
Aikaisemmat tutkimukset ovat paljastaneet tiettyjä yli- ja ilmaistaan geenien suun syöpä. Perustuu nykyiseen kirjallisuutta, me koonneet listan liittyviä geenejä suusyövän, jotka voivat olla käyttökelpoisia tunnistamaan ja toiminnallisesti validointi kuljettaja geenien taustalla alueilla muutos. Tähän mennessä ainoastaan yksi tutkimus on tutkinut kliinis yhdistys genomista muutosten pieni joukko OSCC (
n
= 8) [9]. Siksi esillä oleva tutkimus pyrkii rajaamista genominlaajuisten kopioluvun muutokset (CNAs) suun syöpä ja ymmärtää, ovatko nämä geneettiset muutokset liittyvät kliiniset ominaisuudet ja ennustetta. Tutkimuksen kohteena myöhäisvaiheen syöpää gingivobuccal monimutkainen ja kielen, jotka liittyvät tupakoinnin ja todettiin olevan liity HPV-infektio. Osoitamme potentiaalia korkean resoluution genominlaajuisten aCGH soitosta kromosomaalisia muutoksia ja tunnistaa genomista vauriot liittyy suuri riski taudin uusiutumisen ja väheni eloonjäämisaika.
Materiaalit ja menetelmät
Tissue näytteiden keräämistä ja kasvain mikro-leikkely
tutkimus hyväksyttiin ihmisen eettinen komitea Tata Memorial Hospital. Neo-primaarikasvaimen näytettä otettiin 60 potilasta, joille tehdään leikkaus suuontelon syöpien on pään ja kaulan yksikön ja kerättiin kasvainkudoksen arkiston Tata Memorial Centre, Mumbai. Potilaat eivät saaneet säteilyä eikä kemoterapiaa ennen leikkausta. Kasvain pitoisuus kudoksissa oli arvioitava hematoksyliinillä ja eosiinilla (H kynnysarvot poistoista ja Amplifikaatiot ankarampia kuin tappiot ja voitot. RAE erotetaan toisistaan ”voitto” on ainakin yksi kopio ja ”vahvistusta” kaksi tai useampia kopioita. Samoin RAE määrittelee ”menetys” yhden kopion ja homotsygoottinen ”poisto” molempien kopioiden [26].
CNAs pidettiin merkittävinä, jos niiden Q-arvo oli pienempi kuin 0,1. Toistuva CNAs olivat edelleen erottaa tunnetuista kopiomäärä variantteja (CNVs) läsnä DGV. Hengissä analyysi, Coxin suhteellisten riskien mallia laskettiin vastaavien p-arvot Wald testi. Uusiutuminen ja kuoleman tautia pidettiin tapahtumia toistuminen vapaan ja tautikohtaista säilymiseen, vastaavasti. Associations of CNAs kliinisen parametrejä testattiin Fisherin testiä. Kaikki tilastolliset laskelmat tehtiin R (www.r-project.org).
validointi array CGH tuloksia käyttämällä fluoresenssi in situ hybridisaatio (FISH) B
kromosomi 11q muutoksiin liittyy recurrence- vapaa ja tautikohtaista eloonjäämisen paljasti aCGH varmistettiin interphase FISH (I-FISH) käyttäen kaksivärinen menettely. Koettimet valmistettiin differentiaalisesti leimaamalla alueella ja centromere erityisiä bakteerin keinotekoinen kromosomi (BAC) saadut kloonit Lastenklinikan Oakland Research Institute, BacPac Resources keskus. Spesifisyys kaikkien BAC-kloonit vahvistettiin metafaasivaiheeseen kohde dioja (Vysis, CA, USA) ennen hybridisaatioita. BAC klooni RP11-135H8 käytettiin sentromeeriantigeenin koetinta kaikille FISH kokeita kromosomissa 11, ja toimi hybridisaatio ohjaus. Kopioluku asema kromosomialueita 11q22.1-q22.2 ja 11q24.1 määritettiin soveltamalla koettimia valmistettiin klooneista RP11-90M3 ja RP11-696J13 vastaavasti ja vertaamalla niitä sentromeerisen ohjaus. Lisäksi voitto 7p12 ja monistamisen 11q13 validoitiin käyttäen lokus-erityisiä BAC-kloonien RP11-339F13 ja RP11-300I6, vastaavasti. BAC klooni RP11-745J15 käytettiin sentromeerisen koettimena kromosomi 7. FISH kuvat otettiin kiinni fluoresenssimikroskoopilla (Axioskop II, Carl Zeiss, Saksa) ja analysoitiin käyttämällä ISIS kuvankäsittelyohjelma (Metasystems, Saksa).
vertailu tunnistetuista kopioluvun muutoksia julkaistuihin tietoihin.
käyttäen Entrez PubMed, PubMedCentral, ja Science Citation Index, me koonneet listan tutkimuksista, jotka ilmoitetaan joko geenin ilmentymisen muutoksia tai kopioida useita muutoksia, jotka liittyvät suusyöpä. Teimme myös keskittynyt etsimään tutkimusten mukaan rooleja MikroRNA suun syöpä, koska tämä on ollut aihe kasvavaa mielenkiintoa viime aikoina. Aina kun mahdollista, geeni nimitykset standardoitu nimeen hyväksymän HUGO nimikkeistökomitealle (www.genenames.org) kuin kesäkuun 2010
Tulokset
Demografiset ja kliinis ominaisuudet
Array CGH profilointi tehtiin 60 OSCC potilaan näytteitä. Kaikki potilaat kohortin olivat tupakan habitués ja havaittiin olevan HPV-negatiivinen (taulukko 1, kuvio S1). Keski-ikä Tutkimuksen kohortin oli 53 vuotta (vaihteluväli 31-80 vuotta), jossa on suurempi osuus miehistä (80%). Kasvaimet pääasiassa kohtuullisesti erilaistunut (60%) ja olivat paikallisesti edenneessä vaiheessa III ja IV (92%). Kohortti oli yhtäläinen edustus paikallisiin imusolmukkeisiin ja solmu-negatiivisia ryhmiä. Mediaani seuranta-aika potilaista oli 22,7 kuukautta. Yksityiskohtainen demografiset ja kliinis Tutkimusaineisto kohortti on edustettuna taulukossa S1.
Perimän Aberrations
RAE analyysi tehtiin tunnistamiseksi toistuvia sairauteen liittyvän kromosomimuutosten ja eristävät heidät neutraaleja . Tällä väärä löytö nopeudella
q
= 0,1, yhteensä 93 erillistä CNAs löytyivät RAE algoritmin (kuva 1, kuva S2), joista seitsemän on sentromeerisen alueilla; 13 CNAs ylimääräisen lokalisoitu huippu alueella havaittu (taulukko S2). Non-sentromeerisen kromosomipoikkeamakoe havaitaan yli 20%: ssa tapauksista on esitetty taulukoissa 2 ja 3. Suuri osa näytteistä brutto koko kromosomin tason muutokset (kuvio 1). Kaiken määrä kromosomi tappiot (
n =
61, joista 7 sentromeerista) oli suurempi kuin määrä voittoja (
n =
32), mutta ero oli pienempi suurtaajuuskuumennusasennuksille CNAs (
n
= 35 versus
n
= 30). Yksityiskohtainen luettelo ”kandidaattigeenejä” kaikilla alueilla havaittu muuttunut on esitetty taulukossa S2.
Näkyy sisä- heatmap ovat kopiomäärä voitot /monistuksissa (sininen) ja tappiot /poistot (punainen), jossa kasvaimet pinotaan säteittäin. Merkittävästi toistuvat muutokset (RAE q-arvo 0,1) välissä näkyy uloimman kromosomin ideogrammit ja sisempi lämmön kartta (punainen: tappiot, sininen: voitot). Avoimet ympyrät tarkoittavat tunnetaan kopioluvun variantteja (CNVs), jotka ulottuvat yli 50% toistuvien CNAs. Kromosomi numerot on lihavoitu kehällä kromosomissa ideograms genomi koordinaatit megabases.
Kopioi numero tappiot
useimmin esiintyvä tappiot tunnistettiin kromosomi alueet 3p (62%), 5q (37%), 8p (83%), 9p (28%), 10p (35%), 11 q (20%), 13p13 (32%), 18q (30%), ja 19p12 (13%), kuten on esitetty taulukossa S2. Focal alueilla menetyksen mukana 1q24.2 (kätkeminen kandidaattigeenin
NME7
), 2q21.2 (
NCKAP5
), 3p14.2 (
PTPRG
), 3p25. 2-p26.3 (
CHL1
,
GRM7
,
RAD18
,
SRGAP3
), 4q35.2 (
MTNR1A
-rasva1
), 6p21.3 (
HLA-DRA
,
HLA-DRB5
,
HLA-DRB6
,
HLA-DRB1
), 8p23.1 (
CSMD1
), 8p11.2 (
ADAM5P
,
ADAM3A
), 9p21 (
MTAP
,
C9orf53
,
CDKN2A
,
CDKN2BAS
,
CDKN2B
) 9p23-p24.3 (
PTPRD
), 17p13.3 (
RPH3AL
,
MGC70870
), ja 22q13.1 (
APOBEC3A
,
APOBEC3B
) ja on esitetty taulukossa S2. Aiemmin ilmoittamattoman polttoväli menetys 9p23-p24.1 (
PTPRD
) suun syöpä on esitetty kuviossa 2.
Kopioi numero voitot
Yleisimmät aberraatioita mukana vahvistus kromosomaalisten alueiden 3q (60%), 5p (50%), 7p (50%), 8q (73%), 9q (40%), 11q13 (47%), 14 q (38%), 19p13. 3 (58%) ja 20q (40%), kuten on esitetty taulukossa 3. Focal alueilla amplifiointiin 1q31.3 (
CFHR3
,
CFHR1
) 2q37.3 (
LOC728323
) 3q27.1 (
ABCC5
,
ALG3
,
EIF4G1
,
EPHB3
), 5p15.33 (
PDCD6
), 14q11.2, ja 19p13.3 (
KIR2 klusterin
,
PPAP2C
,
MIER2
) kuten esitetty taulukossa S2.
kliinis yhdistys kromosomipoikkeavuuksien
Kromosomipoikkeavuudet analysoitiin ymmärtää niiden merkitys ja yhdistysten kanssa kliinispatologiset parametrit, kuten imusolmukestatuksesta, laatu ja kliiniseen tulokseen. Emme löytäneet mitään merkittävää yhdistyksen kromosomipoikkeavuuksien kanssa imusolmukestatuksesta tai arvosana. Coxin suhteellisten riskien mallia, löydämme kello korjattu p-arvo 0,1,
n
= 11 CNAs liittyy uusiutumista vapaan ja
n
= 12 muutoksiin liittyviä tauteja erityiset selviytyminen (taulukko 4). Kun taas voitot kromosomialueita 11q12.2-q14.1 (
P
= 0,06) ja 11q22.1-q22.2 (
P =
0,009) on yhteydessä huonoon kliiniseen tulokseen, voitto 19p13.3 (
P
= 0,04) liittyi parempi eloonjääminen. Kromosominen tappiot 3p25.3-p26.3 (
P
= 0,08), 6p25.3 (
P
= 0,07), 17p13.3 (
P
= 0,003 ), 11q23-q25 (
P =
0,0001) ja 18p11.1-p11.21 (
P
= 0,04) oli yhteydessä huonoon kliiniseen tulokseen, kun taas tappio 4q13.2 (
P
= 0,05) liittyi parempi eloonjääminen (taulukko 4).
menetys 11q23-q25 (
P =
0,0001) ja voitto 11q22.1 -q22.2 (
P =
0,009) havaittiin vahvin ennustavia huonon kliinisen tuloksen kannalta uusiutumisen ja eloonjäämisen (taulukko 4). Kaplan-Meierin eloonjäämiskäyrissä katoamisesta distaalisen 11q ja voitto 11q22.1-q22.2 esitetään kuvioissa 3A ja 4A. Kromosomaalinen intervalli 11q23-q25 jaettiin edelleen RAE neljään ei-päällekkäisiä välein.
p
-arvot neljän yhdistyksen testit olivat lähes identtiset, mutta osa-alue viittaa siihen, että on olemassa useita olennaisia geenien 11q23-q25, ainakin yhden geenin per osaväli.
A) Kaplan -Meier eloonjäämisennusteet potilasryhmien kanssa ja kärsimättä kromosomin 11q23-q25; selviytyminen kuukausina (x-akseli) piirretään osa näytteistä elossa (y-akseli). Interphase FISH-analyysi havaitsemiseksi kromosomissa 11 centromere (punainen) ja 11q24.1 alue (vihreä), B) tapauksessa ilman 11q24.1 menetystä ja c) kyseessä 11q24.1 tappio esitetään.
A) Kaplan-Meier eloonjäämisennusteet potilasryhmien kanssa ja ilman kromosomin 11q22.1-q22.2; selviytyminen kuukausina (x-akseli) piirretään osa näytteistä elossa (y-akseli). Interphase FISH-analyysi havaitsemiseksi kromosomissa 11 centromere (punainen) ja 11q22.1-q22.2 alue (vihreä), B) tapauksessa ilman 11q22.1-q22.2 vahvistus ja C) A case of 11q22.1-q22. 2 voitto on esitetty.
Fluoresenssi in situ -hybridisaatio (FISH) analyysi
Array CGH tuloksia validoitiin käyttäen I-FISH-analyysillä. Näytteet valittiin satunnaisesti kohortin 60 näytettä, joiden tiedetään array CGH-pohjainen kopioluvun muutoksia. Centromere- (RP11-135H8) ja aluekohtainen (RP11-90M3, RP11-696J13) koettimia hybridisoitiin tavoitteensa loci osoittanut mitään ristireaktiivisuutta (kuva S3). Me validoitu menetys 11q23-q25 (kuvio 3B ja 3C) ja voitto 11q22.1-q22.2 (kuvio 4B ja 4C) yhteydessä huonoon kliiniseen tulokseen ja löysi samanaikaisuus 70% ja 82% vastaavasti array CGH tietoja. Lisäksi me validoitu polttoväli voitot 11q13.3 (
CCND1
,
ORAOV1
,
MYEOV
,
FGF3
,
FGF4
PPF1A1
,
CTTN
) ja 7p12 (
EGFR
) I-FISH. Tulokset havaittiin olevan yhdenmukaisia 70% ja 75% näytteistä (kuvio S4).
vertailu tunnistettujen kopioluvun muutoksia julkaistuihin tietoihin.
Vertasimme väliajoin saapuvat RAE (taulukko S2) tiloihin, geenien aiemmin ehdottanut muissa suusyöpä tutkimuksissa. Geenit päällekkäin jokaisen väli on esitetty sarakkeessa ”OSCC geenien taulukossa S2. Toiminnallista roolia edustava kandidaattigeenejä käsitellään.
Keskustelu
Tässä tutkimuksessa olemme tunnettu genominlaajuisten muutoksia paikallisesti edennyt, tupakka-liittyvä OSCC tunnistamaan merkkiaineiden huonon ennusteen OSCC riskin kerrostumista. Tietääksemme tämä on ensimmäinen tutkimus OSCC aCGH profilointi Intian niemimaalta. Aiemmat CGH tutkimukset OSCC paljasti voittoja 8q seuraa 3q, 9q, 11q13, 14 q, ja 20q ja häviöt 3p seuraa 4q, 5q, 8p, 9P, 10q, 11q, 18q, ja 21 q koska yleisin muutoksia [7 ] – [13]. Tutkimuksemme paitsi validoitu edellisten raporttien lisäksi myös paljasti uusia polttovälin muutoksia aikaisemmin ole kuvattu suusyöpä. Käyttämällä aCGH, havaitsimme polttoväli voitot kromosomialueita 3q27.1, 5p15.33, 14q11.2 ja 19p13.3 ja tappiot 3p25.2-p26.3 ja 9p23-p24.3 (
PTPRD
) , joita ei aikaisemmin raportoitu genominlaajuisten tutkimukset OSCC. Keskipiste muuttaminen 3q27.1 kattaa eri proto-onkogeenien kuten
ABCC5
,
ALG3
,
EIF4G1
ja
EPHB3
. Olemme tunnistaneet usein muuttunut pienen alueen 5p15.33 ulottuu kaksikymmentäneljä potentiaalia onkogeenien. Nämä geenit eivät kuitenkaan kuulu
TERT-
ja
TRIO
, joita on ehdotettu kirjallisuudessa. Yksi uuden ehdokkaan geenin tämä paikka on
PDCD6
joka on osoitettu edistää kasvaimen kasvua ja kehitystä [27].
Tutkimuksessamme kohortti kromosomi käsivarsi 3p on usein kadonnut, joka on yhdenmukainen aikaisempien raporttien. Havaitsimme uusi keskeinen menetys
RAD18
kromosomissa bändi 3p25.3. RAD18 on E3-ligaasi joka raportoidaan olevan tärkeä rooli homologisen rekombinaation ja korjaukset kaksinkertainen lohkon murtuma (DSB) [28]. Me spekuloida, että menetys
RAD18
voi johtaa heikentyneeseen DNA korjaukseen ja genomin epävakautta. Tutkimuksemme raportoi myös menetys
PTPRG
3p14.2.
PTPRG
koodaa reseptorityyppisten tyrosiini-Proteiinifosfataasiin gamma toimivat kasvun säätelyssä tukahduttamalla sykliini D1. Kasvain tukahduttava funktio
PTPRG
on raportoitu rintasyövän [29] ja
PTPRG
oli yksi varhaisimmista ehdotettu suusyövän geenejä [30], mutta ei ole ilmoitettu kadonneeksi viime CGH tutkimuksissa. Tähän liittyvä jäsen, tyrosiini-proteiinifosfataasi delta (
PTPRD
), läsnä kromosomissa 9p23-p24.3, ehdotettiin voidaan saavuttaa Snijders et al. [7], mutta ei valittu kuljettajan geeni suun syöpä.
PTPRD
on tunnettu kasvain vaimennin keuhkosyöpään [31] ja glioblastooma [32]. Se antagonisoi kasvua stimuloiva signalointi polkuja, jotka ovat myös muuttuneet suusyöpä. Meidän kohortti,
PTPRD
oli monimutkainen kuvio voitot ja tappiot;
PTPRD
oli läsnä pieni väli, joka hävisi 23%: ssa tapauksista (taulukko S2), vaan myös suuremman välein 9p joka oli saatu 33%: ssa tapauksista (taulukko S2). Koska sen antiproliferatiivisia toiminto oletamme, että kasvainten
PTPRD
menetys voi soveltua hoitointerventio käyttäen kasvutekijän estäjät.
HPV liittyviä OSCCs on tunnusomaista 16q menetys ja paremmin kliiniseen tulokseen . Kun taas HPV-jotka eivät liity kasvaimia, kuten tutkittu tässä, oli voittoja 11q13 ja tappioita 3p, 5q, 9P, 15q, ja 18q huono kliiniseen tulokseen [18]. Array CGH paljasti, että näytteet tässä tutkimuksessa osoittavat genomin laajuinen samankaltainen aiemmin julkaistu HPV-eivät liity OSCC yksilöt muualla maailmassa, todisteet, että läsnä on erillisiä genomisen profiili HPV-free OSCCs.
Useimmat OSCC potilaat kertovat on paikallisesti edennyt sairaus aikaan diagnoosi (www.seer.cancer.gov/statfacts/html/oralcav.html#survival). Yleinen eloonjääminen näistä potilaista on yleensä huono, koska suurin osa potilaista kehittyy uusiutuva sairaus kanssa kemo- ja /tai radio-vastus. Potilaat, joilla on samankaltaisia vaiheissa OSCC, eivät kuitenkaan ole identtisiä taudin kulun ja usein eroavat kliinisen tuloksen. Siksi olemme analysoineet myöhäisvaiheen OSCC näytteet rajata genomisen muutoksia, jotka voivat tunnistaa subsets kasvainten eroavat suhteen uusiutumiseen ja selviytymistä. Toteamme, että voitto geenivirhe 11q22.1-q22.2 (
P =
0,009), häviöt 17p13.3 (
P
= 0,003) ja 11q23-q25 (
P =
0,0001) on yhteydessä huonoon kliiniseen tulokseen. Nämä alueet todettiin myös merkittävästi liittyvän uusiutumista vapaan elinajan (
P =
0,004,
P
= 0,003, ja
P =
0,0003, vastaavasti). Vaikka yhdistys näiden kromosomi loci huono kliinisistä tuloksista on romaani, loci on aiemmin raportoitu muutettu OSCC [7], [8], [33]. Tutkimuksessamme kliininen tulos oli voimakkaasti yhteydessä erityisiä genomista aberraatioita havaita aCGH kuitenkin, ei ollut merkittävää yhteyttä kliinis markkereita, kuten imusolmukestatuksesta, luokan tai vaiheessa. Tämä havainto korostaa hyödyllisyyttä genomista muutosten itsenäisinä markkereita ennustetta.
monistaminen 11q13 on raportoitu noin 45% HNSCC [34], [35]. Me löydämme vahvistus 47% OSCC näytteistä, samanlainen kuin aiemmat raportit. Monistamiseen 11q13 alueen validoitiin käyttäen lokus-erityisiä FISH. Ristiriitaiset raportit olemassa yhdistys 11q13 muutoksia kliinisten tutkimusten tulosten kanssa [36] – [38]. Emme löytäneet mitään merkittävää yhdistyksen 11q13 kanssa kliinis parametrit tai selviytymistä. Vuonna rikkoutuminen-fuusio-silta (BFB) kierto malli 11q13 vahvistus, distaalinen 11q menetys edeltää 11q13 vahvistusta ja syystä katsotaan varhainen tapahtuma HNSCC etenemistä [39]. Jin, et ai. ilmoitti, että sen lisäksi, 11q13 vahvistus, menetys distaalisen 11q voi olla tärkeitä biologiselle aggressiivisuutta pään ja kaulan karsinoomat [40]. Lisäksi he havaitsivat, että kasvaimia 11q menetys oli samanaikainen 11q13 vahvistusta. Meidän kohortti vain yhdessä tapauksessa (1,7%) oli menetys distaalisen 11q ilman läsnäoloa 11q13 vahvistuksen (taulukko S3).
Menetys kromosomaalisen alueen 11q23-25 oli merkitsevästi yhteydessä huonoon kliiniseen tulokseen. Tulokset Näin saadut varmistettiin I-FISH. Parikh et ai. raportoitu menetys distaalisen alueen 11q in HNSCC solulinjoissa kattaa useita DNA-vaurioita vastaus koodaavat geenit (
MRE11
,
ATM
,
H2AFX
) ja totesi, että tämä johtaa vaarantunut DNA-vaurioita vastaus ja vähennetään herkkyys ionisoivaa säteilyä [33]. Henson et al. raportoitu vähentynyt ilmentyminen MikroRNA miR-125b ja miR-100 läsnä distaalisessa 11q in OSCC solulinjoissa ja osoittivat rooli kehityksen ja sairauden etenemisen [41]. Nämä MikroRNA oli säänneltävä kopiomäärä riippuvaisella tavalla sekä kautta vähentynyt ilmentyminen
ATM
[41]. Parikh et ai. ennustettu suora translaation merkitystä HNSCC potilaita, potilaita, joilla distaalinen 11q menetys ei hyötynyt aggressiivinen sädehoitoa [33]. Koska tutkimuksessamme kasvaimissa distaalinen 11q menetys todettiin osajoukko kasvaimista 11q13 voitto oletamme, että distaalinen 11q tappio voidaan käyttää vaaran merkki tunnistaa potilaat, jotka eivät hyödy aggressiivisia sädehoito, mutta voisi vaihtoehtoisesti hyötyvät CCND1 estäjiä.
Toinen ennustaja huono selviytyminen on voitto 11q22.1-q22.2. Snijders et ai. raportoitu esiintyminen tämän harvinaisen amplikonin 5,6% OSCC tapauksista [7].
YAP1
,
BIRC2
ja
MMP7
geenejä läsnä tällä alueella ehdotettiin ehdokas kuljettajan geenejä perustuen niiden roolia apoptoosin, soluadheesion ja muuttoliike;
BIRC3
mainittiin myös, mutta ei tunnistettu kuljettaja geeni. Baldwin et ai. raportoitu kopiomäärän voitto 11q22.2-q22.3 amplikoni korkeammalla taajuudella (15%) ja tunnistettiin kaksi geeniryppäät yhdeksällä matriisimetalloproteinaasi (
MMP
) geenejä ja kaksi bakuloviraalisia IAP toista sisältävää proteiinia (
BIRC
) geenit [8]. Meidän tutkimuksessa 11q22.1-q22.2 amplikoni käsittää
TRPC6
,
ANGPTL5
ja
YAP1
oli yhteydessä huonoon kliiniseen tulokseen. Taajuus tämä muutos oli 20%, joka on samanlainen taajuus raportoitu Baldwin et ai. [8].
YAP1
voivat itse edistää lisääntymistä ja muutosta tai se voi toimia transkription kofaktorina säätelemällä ilmaus erilaisten transkriptiotekijöiden kuten
RUNX2
,
Smad7
,
p73
,
p53BP2
ja TEA domain (
TEAD
) transkriptiotekijä perheenjäseniä [42].
YAP1
voi aiheuttaa ankkurista riippumaton kasvu, epiteelin mesenkymaalitransitioon, kasvutekijä-riippumaton leviämisen, estävät apoptoosin ja aktivoimaan AKT ja ERK reittejä [43]. Toinen ehdokas geenin 11q22 on
TRPC6
, ehdottivat kahteen tuoreeseen tutkimukseen, joka ilmoitetaan yliekspressio
TRPC6
vuonna gliooman ja glioblastoma multiforme (GBM) ja analysoitiin sen toiminnallinen merkitys solujen kasvua, lisääntymistä ja lisääntynyt radioresistance [44], [45]. Vaikka merkitystä
TRPC6
toiminnon OSCC on vielä tutkittava, meidän tiedot osoittavat, että
TRPC6
voi olla yksi keskeisistä vastaavat geenit radioresistance ja köyhien kliinistä tulosta OSCC.
Raportoimme kromosomi menetys 17p13.3 13% suusyövän analysoitujen näytteiden. Ei edellinen tutkimus suun syöpä on tunnistettu menetys tässä lokuksessa. Menetykset 17p13.3 on raportoitu monissa kiinteitä kasvaimia kuten keuhkosyövässä [46]. Ainoa tunnettu geenin täsmällisen alueen CHR 17: 118,535-134,424 on
RPH3AL
, mutta ei ole olemassa ratkaisevia todisteita tuumorin ehkäisevästä rooli [47], [48], huolimatta siitä, että menetys 17p13.3 on vahvasti yhteydessä huonoon uusiutumista vapaan ja tautikohtaista säilymiseen.
Yhteenvetona tutkimuksessamme raportoi genominlaajuisten muutokset tupakka-liittyvä, HPV-jotka eivät liity suun syöpiä. Tutkimus osoitti genomista vaurioita kromosomissa aseiden 11q ja 17p13.3 liittyy suuri riski taudin uusiutumisen ja laski selviytymistä. Nämä genomista muutokset voivat mahdollisesti auttaa riskin kerrostuminen suun syöpäpotilailla kuin nykyisin käytetty kliininen paradigmoja. Meidän havainnot osoittavat käytön geneettisiä muutoksia ennustettaessa taudin tulos, joka voi olla hyödyllistä kehittää tarkka ja objektiivinen markkereita ennustamiseksi suusyöpä.
tukeminen Information
Kuva S1.
seulonta HPV-DNA tuumorinäytteissä. Edustavia gelkuva HPV yleisen alukeparia (GP5 + /6 +) PCR. Beta-globiinin PCR tehtiin tarkistaa genomiseen eheys suusyöpä näytteitä.