Krooninen sairaus

tiivistelmä

Tämä tutkimus suoritettiin arvioimaan ennustetekijöiden merkitystä genomista poikkeavuuksien kromosomin 4q NSCLC potilailla. Olemme aikaisemmin tunnistettu kopioluvun muutoksia 4q12-q32 voidaan merkittävästi liittyvän varhain hematogenous levittämistä ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC), ja nyt pyrkivät kaventamaan mahdollisia hot-spots tässä 107 Mb ulottuu alueella. Käyttämällä kahdeksan mikrosatelliittimarkkerin asemassa 4q12-35, alleelinen epätasapaino (AI) analyysit suoritettiin esitutkimus kohortti (

n =

86). Kannat osoittavat kliinis sekä varoituksia yhdistysten AI-analyysit edelleen validoitu suuremmassa tutkimuskohortissa fluoresenssi

in situ

-hybridisaatio (FISH) in 209 pienisoluista keuhkosyöpää. Häviöt asemissa 4q21.23 ja 4q22.1 osoitettiin liittyvän kehittynyt kliinis ominaisuudet sekä lyhennettyjä taudista vapaa (DFS) ja kokonaiseloonjääminen (OS) (DFS:

P =

0,019; OS:

P =

0,002). Monimuuttuja analyysit tunnistettu tappioista 4q21.23-22.1 olevan itsenäistä ennustetekijöitä merkkiaine sekä DFS ja OS NSCLC (HR 1,64-2,20, kaikki

P

0,04), ja erityisesti okasolusyöpä keuhkosyöpä (

P

0,05). A case raportti tutkimus on keuhkosyöpä potilas kertoo vielä tappiota 4q21.23 vuonna levitetty kasvainsoluissa (DTC). Kumpikaan lisäämisessä jäävät positiot, eikä genomista poikkeavuuksien 4q12, 4q31.2 ja 4q35.1, ilmoitti ennusteen kannalta. Lopuksi tuloksemme osoittavat, että tappio 4q21.23-22.1 NSCLC on prognoosi- merkitystä pienisoluista keuhkosyöpää ja siten myös mahdolliset uudet tuumorisuppressorigeeneille kanssa kliinistä merkitystä.

Citation: Uzunoglu FG, Dethlefsen E, Hanssen A, Wrage M, Deutsch L, Harms-Effenberger K, et ai. (2014) menetys 4q21.23-22.1 Onko Prognostiset Marker tautien ilmaiseksi ja Kokonaiselossaoloaika in ei-pienisoluinen keuhkosyöpä. PLoS ONE 9 (12): e113315. doi: 10,1371 /journal.pone.0113315

Editor: Sai Yendamuri, Roswell Park Cancer Institute, Yhdysvallat

vastaanotettu: 24 maaliskuu 2014; Hyväksytty: 26 lokakuu 2014; Julkaistu 11 joulukuuta 2014

Copyright: © 2014 Uzunoglu et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Data Saatavuus: Tällä kirjoittajat vahvistavat, että kaikki tiedot taustalla olevat havainnot ovat täysin saatavilla rajoituksetta. Kaikki asiaankuuluvat tiedot ovat paperi- ja sen tukeminen Information tiedostoja.

Rahoitus: Tätä työtä tukivat Hamburger Krebsgesellschaft e.V., Hampuri, Saksa. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Perimän epävakaus on yksi tärkeimmistä tunnusmerkeistä syövän [1]. Lukuisat tutkimukset perimän epävakaisuuden ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC) on korostettu erityistä poisto kaavoja sekä metastaattisen ja ensisijainen kasvaimia [2] – [4]. Kopioi numero poikkeamat NSCLC löytyy useita alueita, joista osa on spesifinen histologista alatyyppi, ja jotkut on riippuvainen vaikeusasteesta histopatologisia muutoksia (esim kasvain vaihe tai arviointi) [5] – [11] Lisäksi esiintyminen kopio määrä muutoksia on osoitettu olevan varhainen tapahtuma keuhkosyövän synnyssä. Tämä löytyy yhdessä peräkkäinen rakenteessa Heterotsygotian menetys (LOH), joka alkaa alleelinen menetys kromosomissa 8p, jonka jälkeen 3p ja 9p poistot [7], [12], [13].

Olemme aiemmin osoittaneet, että varhainen hematogenous levittäminen kasvainsolujen ohjaa tietty kuvio genomista muuttuu. Tämän lisäksi kuvion, suuri deleetio kromosomissa 4q12-q32 ( 107 Mbp) osoittaa vahvaa yhdessä läsnä levittää kasvainsoluja (DTC) luuytimen, sekä aivometastaaseja keuhkosyöpäpotilaiden [14] . Kuitenkin, prognostisia merkitystä tämän alueen ei ole vielä tutkittu. Tutkimuksen tavoitteena oli tutkia kaventamaan asiaa hotspot alueiden ja tutkia niiden ennustetekijöiden vaikutus NSCLC. Lisäksi olemme pyrkineet analysoida, onko tämä tappio voitiin havaita myös verosopimuksissa on NSCLC potilaalle.

Tätä tarkoitusta varten ensin suoritetaan alleelinen epätasapaino (AI /LOH) analysoi alustavassa tutkimuksessa kohortti (

n =

86). Lisätarkastuksia, fluoresenssin

in situ

-hybridisaatio (FISH) analyysi 209 NSCLC potilaiden suoritettiin. Menetys sisällä alle 4 Mb läpäisevä alue at 4q21.23-4q22.1 tunnistettiin merkittävä negatiivinen prognostinen merkkiaine taudista vapaan sekä yleistä selviytymistä NSCLC. Lisäksi teimme peräkkäisen immunofluoresenssilla (IF) ja FISH analyysejä verosopimukset yhden NSCLC potilas, joka osoittaa tappiota 4q21.23 vuonna primaarikasvaimen. Sama menetys voitaisiin myös havaita vikakoodit.

Materiaalit ja menetelmät

Näytteitä

Tämä hyväksyi tutkimuksen eettisen komitean kammion lääkärit, Hampuri, Saksa . Kirjallinen suostumus saatiin kaikilta potilailta. Kaikki kliiniset tutkinnan suorittamisen periaatteiden mukaisesti ilmaistu Helsingin julistus. Kaikki kasvain näytteet saatiin kirurgisissa asemointia yliopiston Medical Centre Hamburg-Eppendorf tai liittyvä kirurginen yksiköille. Kliinis tiedot poimittiin prospektiivinen tietokannasta, ja seuranta tiedot saatiin haastattelemalla yleis- tai potilas on poliklinikalla.

alleelinen epätasapaino (AI) analyysejä 4q, 86 hoidetuista ensisijainen NSCLC potilaalla, joiden Hyväksytty syöpä ja terve genomista DNA arvioitiin osallisuutta. Mediaani-ikä Tutkimuksen kohortin 65,9 vuotta hallitseva uros osuus (65,1% vs. 34,9%). Mitä tulee keuhkosyöpä solutyyppejä, 37 potilasta (43,0%) oli levyepiteelisyöpä (SqCC) ja 49 (57,0%) adenokarsinooma (AC). Mediaani seuranta-aika oli 21,4 kuukautta (2-60). Tarkemmin esitetään S1 taulukossa.

DNA kopioluvun poikkeamia (FISH) at 4q, kudos- mikrosiru (TMA), joka koostuu 209 arvioitavissa ensisijainen keuhkosyöpäpotilaita, käytettiin, joiden keski-ikä 62,3 vuotta leikkauksen aikana. Sukupuoli jakaumat olivat verrattavissa AI tutkimuskohortissa, joilla on samanlainen vallitsevana miehillä (68,4%). FISH tutkimuskohortissa käsitti 88 (42,1%) potilailla, joilla on SqCCs, 78 (37,1%) kanssa, ACS, 34 (16,3%), jossa suuri-keuhkosyövän, ja yhdeksän potilasta (4,5%) ja neuroendokriininen keuhkosyöpä. Mediaani seuranta aika oli 24,7 kuukautta (2,5-60). Lisätietoja annetaan S1 taulukossa.

Kaikki potilaat luokiteltiin mukaan seitsemännen painoksen TNM luokittelu pahanlaatuisia kasvaimia [15]. Mitä tulee hallinnon adjuvanttihoito seuraavat määritellyt kriteerit on sovellettu vuodesta 2004: ≥ Stage II potilaat saivat adjuvanttihoitoa sisplatiinin ja Vinorelbin. Staged Ib potilasta arvioitiin adjuvanttihoito jos kasvain oli 4 cm tai potilailla, joilla on invaasiota suoneen (V +) tai invaasion imusuonien (L +). Adjuvanttihoitoa seuraa säteilyllä (50-60 Gy) keskusteltiin ≥ vaiheen III. Potilaiden ominaisuudet sekä tutkimuksen kohorttien esitetään S1 taulukossa.

DNA eristys

genominen DNA täsmäsi karsinooma (makean jäädytetty) ja patologisesti tarkistamattomia ole pahanlaatuisia keuhkokudoksessa tai periferaalisen veren valkosolujen, otetaan ennen leikkausta uutettiin ja puhdistettiin valmistajan protokollan käyttäen QIAamp kudoksen (Qiagen, Hilden, Saksa) tai InnuPREP DNA Microkit (AnalytikJena, Jena, Saksa). Tarvittaessa ohjeen mikrodissektion suoritettiin, jotta saataisiin kasvainsolun pitoisuus on vähintään 70%. DNA: n konsentraatio määritettiin NanoDrop ND-1000 Spektrofotometri (Wilmington, DE) ja näytteet laimennettiin 10 ng /ul, ja varastoitiin -20 ° C: ssa käyttöön asti.

Allelic epätasapainon analysointi

Based meidän edellisessä tutkimuksessa, neljä hotspot alueilla edustettuna asemissa 4q12, 4q21.23, 4q31.2 ja 4q35.1 valittiin lisäanalyysiä [14]. Kunkin alueen, kaksi mikrosatelliittimarkkerin arviointiin käytettiin taajuutta ja kliinistä merkitystä AI (ks S2 taulukko, yksityiskohdat kaikista mikrosatelliittimarkkerin). Forward-alukkeet leimattiin fluoresoivalla väriaineella (6-FAM) myöhempää kapillaarielektroforeesilla. PCR: t suoritettiin 10 ul: ssa reaktioseosta, joka koostuu 10 ng DNA-templaattia, 2,5 mM deoksiribonukleotiditrifosfaattia sekoitus (Invitrogen, Darmstadt, Saksa), 2,5 pmol sense- ja antisense-aluketta (MWG, Ebersberg, Saksa), 0,25 U AmpliTaq Gold -polymeraasia ( Applied Biosystems) ja 5 ui nukleaasitonta vettä. PCR-olosuhteet koostuivat toistuvien 95 ° C: ssa, 60 ° C-62 ° C ja 72 ° C: ssa 30 s. AI määritys, kapillaarielektroforeesi ABI Prism 3130 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Freiburg, Saksa), käyttäen seosta, jossa 40 ml formamidia (Hi-Di), 0,2 ui Genescan–500-ROX Standard sekä 0,1 ui PCR tuote ja denaturointi 94 ° C: ssa 2 min ajan suoritettiin ja pituus alleelin fragmentteja ja fluoresenssin voimakkuus arvioitiin. Alleelien määriteltiin kaksi korkeimmat huiput sisällä odotettavissa kokoluokassa ja suhde ≥1.5 huippuarvo korkeudet kasvain ja normaali alleelit pisteytettiin kuten AI. Yleisestä laadunvarmistus, 10% käytettyjen näytteitä satunnaisesti käytettiin toistettujen mittausten. Konkordanssi alleelien asema oli 99%.

Fluoresenssi

in situ

-hybridisaatio (FISH) analyysi

DNA kopiomäärä menetys analyysi kaksi hot-spot alueet perustuvat AI analyysit arvioitiin suuremman tutkimuspopulaatiossa fluoresenssilla

in situ

-hybridisaatio (FISH). Kolme eri BAC antureista kohdistaminen alueilla 2 (RP11-570L13: 4q21.23 ja RP11-1053C2: 4q22.1) ja 3 (RP11-634D8: 4q31.2) hybridisoitiin on TMA. Käytetyn BAC koettimet saatiin Source BioScience LifeSciences (Nottingham, UK). Yksi ug kutakin BAC koetin leimattiin satunnaisella esikäsitte- (BioPrime merkintäjärjestelmä, Invitrogen) fluoresoivasti leimattua dUTPs (RP11-570L13 ja RP11-634D8: Spectrum Orange, RP11-1053C2: Spectrum Green; Enzo Life Sciences, Abbott). Vertailua sentromeeriantigeenin koetin (CEP 10, SpectrumAqua) käytettiin (Enzo Life Sciences, Abbott). Valvomiseksi spesifisyys ja laatu fluoresoivasti leimattuja BAC antureista, FISH ensin testattu metafaasissa kromosomilevitteisiin. Jälkeenpäin protokollia parafiinia objektilaseja vahvistetaan kunkin BAC koetin erikseen. Ensinnäkin laseja inkuboitiin 60 ° C: ssa yhden tunnin ajan, ennen kuin ne poistettiin parafiini ksyleenillä, ja sammutettua etanolisarjassa. Tallennuksesta saavutettiin sijoittamalla levyt liuokseen, joka sisälsi 2% formaldehydiä ja metanolia -20 ° C: ssa, jota seurasi huuhtelu ne fosfaattipuskuroidulla suolaliuoksella (1 x PBS) ja pre-käsittelemällä niitä esikäsittelyn liuos (Invitrogen) 90 ° C: ssa 10 min. Sen jälkeen, kun PBS pesun, levyt käsiteltiin esilämmitettyä entsyymiä-reagenssia (Invitrogen) 37 ° C: ssa 10 min. Jälleen, ne pestiin PBS: ssä ja sitten dehydratoidaan etanolisarjassa. Lopuksi kalvot denaturoitiin 85 ° C: ssa 5 minuutin ajan, ennen kuin ne inkuboitiin koettimen hybridisaation seoksia 37 ° C: ssa yön yli. Hybridisaation jälkeinen pesu suoritettiin sitten 2 x SSC, 0,3% NP-40-puskurissa 70 ° C: ssa ja huoneen lämpötilassa, jota seurasi toinen nesteytyksestä etanolisarjassa. DAPI levitettiin havaitsemiseksi morfologisesti ehjä ei-päällekkäisiä kasvainsoluja. Keskimäärin fluoresoivat signaalit 32 kasvainsolujen kunkin koetin laskettiin (alue 11-57). Jotta voitaisiin arvioida kokeellista harhaa, sekä määritellä raja-arvot on signaali-sentromeerin suhde, hybridisaatiosignaaleista 10 normaalin kontrollinäytteitä (myös sijaitsee TMA) laskettiin. Vastaavasti suhde 1,5 määriteltiin kantavan solun DNA-vahvistuksen, kun taas suhde 0,75 määriteltiin tappiota.

Peräkkäisen immunofluoresenssivärjäyksen ja FISH-analyysillä

eristäminen DTC, mononukleaaristen solujen luuydinaspiraatit NSCLC potilaiden eristettiin Ficoll-gradienttisentrifugoinnilla. Sitten solut cyto sentrifugoitiin lasilevyille. Havaitsemiseksi DTC, joka on immunosytokemia värjäys suoritettiin APAAP-menetelmä (alkalinen fosfataasi anti alkalinen fosfataasi), käyttäen vasta-ainetta vastaan ​​sytokeratiineja (A45-B /B3, Micromet, Martinsried, Saksa) [16]. Isotyyppiyhteensopivan, hiiren monoklonaalinen vasta-aine (MOPC 21, IgG1; Sigma- Aldrich) toimi negatiivisena kontrollina. DTC positiivisista potilaista oli analysointia varten menetys 4q22.1 FISH-analyysillä. FISH suoritettiin syöpäsolujen havaittiin etukäteen IF värjäys Cy3 leimatun anti-sytokeratiini vasta-aine (A45-Cy3; Micromet). Solujen kiinnittäminen, liuosta B (Micromet) käytettiin. Sen jälkeen, kun PBS pesuvaiheen, epäspesifinen sitoutuminen estettiin 10% AB-seerumia (Biotest AG, Dreieich, Saksa). Toinen PBS pesu seurasi 45 min A54-Cy3-vasta hoito (1:300). Solut pestiin jälleen ja DAPI (CellSearch) haettiin tumavärjäystä. Vikakoodit havaittiin automaattisella tavalla (Ariol Scan, Leica Biosystems, Nussloch, Saksa) ja paikallistaa Englannin Finder uudelleen tunnistamiseen. Peräkkäisten FISH-analyysillä, solut pestiin PBS: lla ja inkuboitiin 7 min esilämmitetyssä proteinaasi K: n (0,1 ug /ml) liuosta (20 mM Tris-HCI, pH 7,5, 0,2% CaCl2xH2O ad 50 ml tislattua vettä.). Sen jälkeen solut poistettiin vesi-etanoli-sarjan ja denaturoidaan 5 minuutin ajan 75 ° C: ssa (70% formamidia, 0,6 x SSC: ssä, pH 7,4). Solut olivat jälleen kuivattu ja koettimen hybridisaation seokset denaturoitiin 5 minuutin ajan 75 ° C: ssa. Hybridisaatio suoritettiin yön yli 37 ° C: ssa. Hybridisaation jälkeiset pesu suoritettiin 50% formamidissa /2x SSC, 2 x SSC ja 0,1 x SSC: ssä 45 ° C: ssa. Levittämisen jälkeen DAPI, vikakoodit siirrettiin ja fluoresoivat signaalit sentromeeriantigeenin 3 ja RP11-1053C2 koettimet laskettiin. Suhde 0,75 määriteltiin tappiota.

Tilastollinen

Tilastoanalyysiin SPSS 21.0 for MAC (SPSS Inc., Chicago, IL) käytettiin. Korrelaatio AI /kopiomäärä muutoksia ja kliinis parametreja arvioitiin chi-neliö testi. Yleinen (OS) oli lasketaan päivästä, jona leikkaus joko kuolin- tai viime seurannasta, kumpi tapahtui ensin 60 kuukauden kuluessa. Tauti elinaika (DFS) määriteltiin ajaksi, jona leikkaus päivämäärän toistumisen tai kasvaimen liittyvä kuolema, kumpi tapahtui ensin 60 kuukauden kuluessa. Potilaat elossa ilman toistumisen viimeisellä seurannassa tasalla tai sen jälkeen 60 kuukautta sensuroitiin. Sairaalakuolleisuus (60 päivää) johti poissulkemiseen selviytymisen analyysin. Survival analysoitiin käyttämällä log-rank-testi ja piirretään käyttäen Kaplan-Meier-menetelmällä. Jos ei toisin mainita, tulokset esitetään mediaanielinajassa kuukausina 95%: n luottamusväli (95% CI). Saat Monimuuttuja-analyysissä, cox regressio vaaran mallia käytettiin arvioimaan ennusteen arvioinnissa AI /kopioluvun muutoksia. Tulokset esitetään riskisuhde (HR) ja 95%: n luottamusväli. Merkittävät lausunnot viittaavat P-arvoja kaksisuuntaisia ​​testejä 0,05.

Tulokset

mikrosatelliittimerkkien analyysi

tutkimuskohortissa käytetty mikrosatelliittimerkkien analyysi tehtiin yhteensä 86-täsmäsi karsinooma ja normaalin kudosnäytteiden keuhkosyöpäpotilaiden, että leikkauksessa. Signaalien etsimiseen analyysi tehtiin kaikkiaan neljän alueen kromosomissa 4q, käyttämällä kahta polymorfista markkereita kullekin alueelle. Alleelisia markkereita lähellä toisiaan paljasti hyvin samankaltaisia ​​taajuuksia poisto johtaa lopulliseen menetykseen Heterotsygotian taajuuksilla 18,6% (

n =

16) alueen 1; 23,3% (

n =

20) alueella 2; 25,6% (

n =

22) alueella 3 ja 34,9% (

n =

30) alueella 4. nopeus ei-informatiivinen tapauksissa vaihteli 16,3%: sta 36,0%, riippuen on merkki. Käyttämällä kahta markkereita AI havaitsemiseksi kullakin alueella, ei-informatiivinen tapauksissa voitaisiin alentaa vaihtelee 2,3%: sta 15,1%. Alueet 1 ja 3 oli yhtäpitävät tulokset (normaali /tappio), kun taas alue 2 sisälsi kolme disconcordant tuloksia ja alue 4 sisälsi yhden kutakin. Kaikki disconcordant tulokset toistettiin ja tulokset pysynyt samana, viittaa mahdolliseen breakpoint merkkien välissä. Kaikkiaan 45,3% (

n =

39) paljasti ainakin yksi alleelinen menetys sisällä analysoitiin alueilla. Näiden potilaiden 17,9% (

n =

7) paljasti tappiota kaikilla alueilla. Yksityiskohtaiset numeerinen tulokset esitetään taulukossa 1 ja S1 kuvio, tukevat tiedot.

AI kromosomissa 4q ja kliinis ominaisuudet

Ei ollut näyttöä merkittävästä tilastollinen korrelaatio AI kliinis ominaisuudet neljässä tutkituilla alueilla. Kuitenkin 83,3% (

n =

15) potilaista, joilla AI alueella 2 kehittäneet uusiutumisen verrattuna 16,7% (

n =

3) ilman AI (P = 0,073).

AI kromosomissa 4q ennustetyövälineenä markkeri hengissä

univariate selviytymisen analyysit, suuntaus kohti lyhyempiä mediaani taudista vapaa (DFS) ja kokonaiseloonjääminen (OS) potilailla, joilla AI alueen 1 ja 2 näkyi (mediaanielinajassa ero 11,9 kuukaudesta 14 kuukauteen; yksityiskohdat annetaan S3 taulukko). Erot eivät saavuttaneet tilastollista merkittävyyttä (P 0,05). Koska tutkimuskohortissa hengissä analyysien rajoittui 68-77 tapauksissa myös UICC vaihe IV potilaat sekä potilaat, joilla on positiivinen resektio marginaalit, sekoittavat vaikutukset eloonjäämiseen analyysi oli odotettavissa. Tämä oli ilmeistä alueelle 2. Siksi seuraava jaottelu iän, sukupuolen, kasvain vaiheessa ja resektio marginaalit parametrit, läsnäolo AI alueella 2 oli osoittautunut riippumaton ennustetekijöitä merkkiaine DFS (HR 3,82,

P =

0,044). Samanlainen ei-merkitsevä suuntaus oli nähtävissä myös OS (HR 3,56,

P =

0,072). UICC kasvain vaiheen ≥ III oli voimakkain ja ainoa ylimääräinen negatiivinen ennustetekijöitä merkkiaine DFS ja käyttöjärjestelmän, HR 4,22 (

P =

0,007) ja HR 2,87 (P = 0,047) vastaavasti (S4 taulukko).

FISH kopiomäärä analyysi

Perustuen raportoituun allelotyping tuloksia, meidän pyrki tarkistamaan nämä tulokset suurempi tutkimuspopulaatiossa FISH-analyysillä. Kaksi eri BAC antureista, yksi hybridisoituu alueelle 2 ja yksi hybridisoituu alueelle 3 perustettu (S5 taulukko).

Jotta alue 4q21.23 havaita RP11-570L13, DNA tappio nähtiin 24,9% (

n =

52) ja DNA vahvistusta 4,3% (

n =

9) analysoiduista näytteistä. Menetys havaitaan tässä asemassa paljasti huomattavan histologinen tyyppi riippuvaa korrelaatio, jossa on 38,0% (

n =

30) menetys SqCC verrattuna 22,7% (

n =

15,

P =

0,049) AC. Analyysi kanssa koetin RP11-1053C2 paljasti menetys 30,6% ja voitto 7,2% (

n =

15), jälleen paljastaen huomattavasti useammin hävikki vuonna SqCC (44,6%,

n =

33) verrattuna AC (23,3%,

n =

17,

P =

0.022).

käyttäen koetinta RP11-634D8 (alue 3), nopeus onnistuneen analyysi oli 71,6% (

n =

204). DNA kopioluku menetystä havaittiin 36,8% (

n =

77) ja voitto 7,7% (

n =

16) analysoitavissa näytteissä.

Kopioi numero menetys kromosomissa 4q ja kliinis ominaisuudet

Kopioi numero menetys asemassa 4q21.23 (RP11-570L13) osoitti merkittävää korrelaatiota kehittyneitä kasvaimen kokoa (

P =

0,005), mutta ei muut patologiset ominaisuudet. Kopioi numero menetys asemassa 4q22.1 (RP11-1053C2) paljasti merkittävää yhteyttä läsnäolo imusolmukemetastaaseja (tappio pN0: 25,2%,

n =

26 versus menetys ≥pN1: 44,0%,

n =

37;

P =

0,005) sekä pitkälle UICC vaiheessa (tappio UICC I: 25,3%,

n =

23 vs. menetys UICC ≥II: 41,4%,

n =

41;

P =

0,032). Kopioi numero menetys asemassa 4q31.2 (RP11-634D8) osoitti merkittävää korrelaatiota kehittyneitä kasvaimen kokoa (

P =

0,019). Ei kuitenkaan vielä korrelaatiot kliinis ominaisuudet olivat ilmeisiä (S5 taulukko).

Kopioi numero menetys kromosomissa 4q ennustetyövälineenä markkeri hengissä

yhteydessä univariate analyysin, kopioiden määrä menetys asemassa 4q21.23 (RP11-570L13) paljasti ei-merkitsevä suuntaus kohti lyhyempiä mediaani DFS (12,5 kuukautta vs. 28,0 kuukautta,

P =

0,056). Alaryhmäanalyysien kuitenkin osoittivat vahva korrelaatio DFS SqCC alaryhmässä (11,2 kuukautta vs. 39,1 kuukautta, P = 0,031; kuva 1, S6 taulukko). Samanlainen vaikutus OS raportoitiin koko tutkimuksen kohortti (23,9 kuukautta vs. 42,6 kuukautta,

P =

0,033) ja SqCC alaryhmä (12,5 kuukautta vs. 41 kuukautta,

P =

0,031, viikuna . 2, S6 taulukko).

V: Kopioi numero menetys asemassa 4q21.23 (RP11-570L13) paljasti suuntauksen kohti lyhyempiä mediaani taudista elinaika (DFS) in yhden muuttujan analyysiin, (12,5 kuukautta vs. 28,0 kuukautta,

P =

0,056). B: Kopioi numero menetys asemassa 4q21.23 (RP11-570L13) on okasolusyöpä (SqCC) alaryhmä osoitti vahvaa korrelaatiota lyhyempi DFS (11,2 kuukautta vs. 39,1 kuukautta)

P =

0,031. C: Kopioi numero menetys asemassa 4q22.1 (RP11-1053C2) osoitti merkittäviä korrelaatioita lyhyemmillä DFS (12,5 kuukautta vs. 32,7 kuukautta),

P =

0.010. D: Kopioi numero menetys asemassa 4q22.1 (RP11-1053C2) osoitti merkittäviä korrelaatioita lyhyemmillä DFS SqCC alaryhmässä (11,7 kuukautta vs. 35,5 kuukautta),

P =

0,027. Survival tontteja vahvistuksen kromosomipoikkeavuuksien oli haalistunut pois selvyyden vuoksi.

V: Kopioi numero menetys asemassa 4q21.23 (RP11-570L13) paljasti vahvan korrelaatioita lyhyempi mediaani kokonaiselinaika (OS) in univariate analyysi (23,9 kuukautta vs. 42,6 kuukautta),

P =

0.033. B: Kopioi numero menetys asemassa 4q21.23 (RP11-570L13) on okasolusyöpä (SqCC) alaryhmä osoitti vahvaa korrelaatiota lyhyempi OS (12,5 kuukautta vs. 41 kuukautta),

P =

0,031 C: Copy lukumäärä menetys asemassa 4q22.1 (RP11-1053C2) osoitti merkittäviä korrelaatioita lyhyemmillä DFS (25,8 kuukautta vs. 40,3 kuukautta),

P =

0,012. D: Kopioi numero menetys asemassa 4q22.1 (RP11-1053C2) osoitti merkittäviä korrelaatioita lyhyemmillä DFS adenokarsinooma alaryhmässä (10,0 kuukautta vs. 43,1 kuukautta),

P =

0,035. Survival tontteja vahvistuksen kromosomipoikkeavuuksien oli haalistunut pois selvyyden vuoksi.

Kopioi numero menetys asemassa 4q22.1 (RP11-1053C2) osoitti merkittäviä korrelaatioita kanssa lyhyempi mediaani DFS sisällä koko tutkimuskohortissa samoin koska sisällä SqCC alaryhmä (12,5 kuukautta vs. 32,7 kuukautta,

P =

0.010 ja 11,7 kuukautta vs. 35,5 kuukautta,

P =

0,027, kuva 1, S6 taulukko). Lisäksi menetys 4q22.1 liittyi lyhyempi OS sisällä koko tutkimuskohortissa ja AC alaryhmä, kun taas mitään korrelaatiota ei nähty sisällä SqCC alaryhmässä (koko tutkimus kohortti: 25,8 kuukautta vs. 40,3 kuukautta,

P =

0,012, AC alaryhmä: 10,0 kuukautta vs. 43,1 kuukautta,

P =

0,035, kuva 2, S6 taulukko).

Sen sijaan, kopiomäärä voittoja ei havaittu korrelaatiota selviytymistä tahansa analysoitu kantoja. Mukaisesti tulokset AI tutkimuskohortissa, kopioiden määrä tappio alue 3 (RP11-634D8, asento 4q31.2) ei ollut vaikutusta eloonjäämiseen (S6 taulukko).

Monimuuttujatestaus analysoi tunnistettu kopiomäärä tappio asento 4q21.23 (RP11-570L13) negatiivisena prognostinen merkkiaine DFS ja OS koko tutkimuskohortissa (cox suhteellinen riskin malliin, ositettu iän, sukupuolen, marginaali tila, luokittelu ja UICC vaiheessa; DFS: HR 1,77 (1.10- 2,84 95% CI),

P =

0,019; OS: HR 2,20 (1,33-3,64 95% CI),

P =

0,002, taulukko 2) sekä että SqCC alaryhmä ( DFS: HR 2,85 (1,35-6,04 95% CI),

P =

0,006; OS: HR 2,77 (1,26-6,13 95% CI),

P =

0,012, S7 taulukko). Vastaavia tuloksia saatiin kopio lukumäärä menetys asemassa 4q22.1 koskee koko tutkimusryhmä (RP11-1053C2; DFS: HR 1,64 (1,03-2,61 95% CI),

P =

0,038; OS: 1,84 ( 1,12-3,01 95% CI),

P =

0,015, taulukko 3), kun taas Alaryhmäanalyysissa ei ollut tilastollisesti merkitsevä (S8 taulukko). Toinen malli monimuuttuja analyysit mukaan lukien anto adjuvanttihoitoa suoritettiin (tietoja saatavilla 116 potilasta). Tulokset jäi merkittävä, kun hallinnon adjuvanttihoitoa sisältyi (tuloksia ei ole esitetty).

Yhteenvetona molemmissa tehtävissä alue- 2, nimittäin 4q21.23 (RP11-570L13) ja 4q22 0,1 (RP11-1053C2), tunnistettiin negatiivinen prognostinen merkkiaine DFS sekä OS sisällä koko tutkimuksen kohortti. Kuitenkin vain menetys asemassa 4q21.23 saavutettu merkitystä myös SqCC alaryhmä. Vuokaavio yhteenveto selviytymisen analysoi tutkimuksen kohortin tutkimuksessa edistyminen ja tulokset esitetään S2 ja S3 kuvissa.

Case raportti 4q21.23 menetyksen verosopimuksissa

Perustuen aikaisemmissa todetaan, että 4q12-32 menetys korreloi positiivinen DTC tila, halusimme tutkia onko menetys tällä alueella on myös läsnä verosopimuksissa potilaalta, jolla 4q tappio primaarikasvaimen [14]. Menetys 4q22.1 havaittiin 77% (17/22) potilaista verosopimusten. Valikoima RP11-1053C2 koetin ja sentromeeriantigeenin 3 signaalia olivat heterogeenisiä vaihdellen 1-5 signaaleja (keskiarvo 1,7 ja 2,7 vastaavasti). FISH-analyysi suoritettiin myös parafinoidut primaarisen kasvaimen ja keuhkojen uusiutumisen materiaalia samasta potilaasta (kuva 3). Nämä tulokset jälleen paljastivat menetykseen 4q22.1 ja korkea heterogeenisyys yksittäisten solujen vaihtelevat 0-4 signaaleja primaarikasvaimen ja 0-5 kasvaimen uusiutumisen materiaalia.

Luuydinsolut potilaan olivat immunosytokemialli- värjättiin vastaan ​​sytokeratiinia käyttäen APAAP menetelmällä. Positiivinen DTC (punainen) ja negatiivinen leukosyytti (ruskea) esitetään. B: Luuydinsolut potilaan värjättiin fluoresoivasti vastaan ​​sytokeratiini (punainen signaali) ja sen jälkeen FISH analyysi C) RP11-1053C2 anturi ja CEN3 anturi (RP11-1053C2 koetin: 1 vihreä signaali, CEN3 koetin: 3 spektri oranssi signaaleja ; tumavärjäystä in DAPI). Cen7 anturi (Cen7 koetin: spektri aqua näkyy pseudo-väri magenta) oli lisäksi käytetään kalan analyysiä D) primaarikasvaimen (2-5 oranssi signaaleja /solu, 2-4 magenta signaaleja /solu ja 0-2 vihreää signaalia /solu) ja E) kasvaimen uusiutumisen FFPE materiaali (3-6 oranssi, 4-5 magenta ja 1-3 vihreä signaaleja /solu).

keskustelu

aiemmassa tutkimuksessa pystyimme tunnistamaan viisi kromosomialueita eriyttämällä potilaalla ei aikaisin kasvaimen levittämiseen. Menetys 4q12-q32 voimakkaimmin korrelaatio positiivisen DTC tila. Seitsemänkymmentä-kolme geeniä tällä alueella todettiin sääteli joukossa luuytimestä positiivinen pienisoluista keuhkosyöpää, mikä osoittaa todennäköisesti läsnäolon tuumorisuppressorigeeneille tällä alueella [14]. Tässä tutkimuksessa pystyimme kaventamaan kohdealueen ja tunnistaa kopioluvun sisäinen tappioiden alle 4 Mb-kattavat kromosomi 4q21.23-22.1 itsenäisinä ennustetekijöitä merkkiaineita DFS sekä OS NSCLC. Läsnäolo kopioluvun tappiot tällä alueella liittyi vähintään 18 kuukauden lyhyempi elinajan mediaani, verrattuna potilaisiin, joilla on normaali kopio numeroita. Lisäksi läsnäolo kopioluvun aiheuttamien tappioiden lisääntynyt riski taudin uusiutumisen ja kuoleman välillä 1,6 korkeintaan 2,9 60 kuukauden seurannan, riippumaton perustettiin ennustetekijöitä merkkiaineita NSCLC (riippuu histologinen alatyyppi ja sijainti kopioluvun tappio) . Lisäksi meidän tapaustutkimuksessa, pystyimme osoittamaan, että menetys geenivirhe 4q21.23 ei ole vain läsnä sekä ensisijainen keuhkojen kasvain ja kasvaimen uusiutumisen kudoksessa, mutta myös suuri osa hyvin heterogeeninen verosopimusten. Tämä korostaa merkitystä tämän kromosomaalisen alueen kasvainten levittämiseen. Uniparentaalinen disomia on yksi mekanismi, miten menetys Heterotsygotian soluissa saattavat olla peräisin [17]. NSCLC emme ole tietoisia tutkimuksiin, jotka osoittavat uniparentaalinen disomia klo 4q. Valitettavasti emme saanut harjoittaa erityistä tutkimusta siitä, onko AI meidän näytteitä johtui uniparentaalinen disomia, koska näytteet AI ja FISH analyysit eivät olleet päällekkäisiä. Emme voineet antaa lausuntoa onko 4q menetys esiintyy useammin joka polysomic kyse kromosomi 4 kun käytimme sentromeeriantigeenin 10 referenssinä. Meidän alkuperäinen paperin kuvataan yhdistyksen välillä menetys 4q ja positiivisen DTC tila tutkimme 30 NSCLC potilaiden array CGH. Tässä melko harvoissa tapauksissa, emme löytäneet mitään korrelaatiota menetys 4q ja kokonaismäärästä kromosomipoikkeavuuksien [14], mikä osoittaa, että menetys 4q on nimenomaan liittyy metastaattinen käytös, riippumatta tasosta kromosomi epävakauden kasvain .

menetys erikokoisia alueita kromosomista 4q on liittynyt alhaisempi eloonjäämisluvut monenlaisissa epiteelin syöpä kuten kolorektaalisyöpä, ductal haiman adenokarsinooma, hepatoblastooma ja suun okasolusyöpä [3], [18] – [22]. Lisäksi NSCLC, menetykset 4q on liittynyt metastaattisen keuhkosyövän adenokarsinooman. Kuitenkin koko ja sijainti 4q poistot vaihtelee eri tutkimuksissa [3], [18] – [22].

Lisäksi tunnistamiseksi 4q kohdealueen NSCLC ja sen mahdollisia kliinistä merkitystä, meidän tiedot osoittavat, histologiset alatyypin erityisiä poikkeamat suhteen alleeliset vahinkofrekvenssejä sekä varoituksia merkitystä. Alaryhmäanalyysissä havaittiin merkitsevästi korkeampi alleeliset menetys SqCC antureista verrattuna AC antureista. Mukaisesti nämä erot, tappio 4q21.23 (merkkilangalla RP11-570L13) sisällä region 2 tunnistettiin negatiivisena prognostinen merkkiaine DFS ja OS sisällä koko NSCLC tutkimuskohortissa ja erityisesti SqCC alaryhmä. Tämä alue ei havaittu olevan itsenäistä prognostinen markkeri AC alaryhmä. Havaitut histologiset alatyypin erityisiä alleelinen vahinkofrekvenssejä vaihteleva vaikutus eloonjäämiseen ovat linjassa entisen tutkimuksissa ilmoitti useista kromosomialueita erottaa SqCC AC, myös yleisempää menetys 4q vuonna SqCC [5], [8] – [10], [23], [24]. Lisäksi lukuisat tutkimukset ovat osoittaneet, että nämä eri genomista korjauksilla AC ja SqCC voisi tarjota lupaava mahdollisuuksia mahdollisille kohdennettua hoitomuotojen keuhkosyöpäpotilaiden [11]. Koska LCLC ja neuroendokrii- keuhkosyöpä alaryhmät olivat liian pieniä alaryhmäanalyyseissa, lisätutkimuksia tarvitaan, jotta voidaan arvioida mahdollisesti poikkeavista vaikutuksista alleeliset epätasapainon 4q seuraavilla histologisia alatyyppejä.

tutkimuskohortissa ei sisältänyt precancerous vaurioita. Tämän seurauksena se on vielä epäselvää, milloin nämä ratkaiseva alleeliset epätasapainoa esiintyy aikajanan keuhkosyöpään synnyssä.