PLoS ONE: kolorektaalisyövissä alkaen Distinct Ancestral Populaatiot Näytä Vaihtelut BRAF Mutaatio Frequency
tiivistelmä
On osoitettu joidenkin syöpien, että taajuus somaattisten onkogeenisten mutaatiot voivat vaihdella esi populaatioissa. Sen määrittämiseksi, onko avaintekijä muutoksia saattaa esiintyä eri taajuuksilla kolorektaalisyövässä, haimme suurikapasiteettisten genotyypityksen platform (OncoMap) kysellä 385 mutaatioita poikki 33 tunnettuja syövän geenien ja peräsuolen syöpä DNA 83 Aasian, 149 musta ja 195 White potilaita. Huomasimme, että Aasian potilailla oli vähemmän kanoninen onkogeeninen mutaatioita geeneissä testattu (60% vs. musta 79% (P = 0,011) ja Valkoinen 77% (P = 0,015)), ja että
BRAF
mutaatioita esiintyi tiheämmin White potilailla (17% vs. Aasian 4% (P = 0,004) ja musta 7% (p = 0,014)). Nämä tulokset viittaavat siihen, että käyttö genomiikan lähestymistavat valaista eri esi taustatekijät tunsivat by potilasryhmissä saattaa auttaa tarkemmin ja tehokkaammin hoitaa peräsuolen syövän.
Citation: Hanna MC, Go C, Roden C, Jones RT, Pochanard P, Javed AY, et ai. (2013) kolorektaalisyövissä muodostavat erillisiä Ancestral Populaatiot Näytä Vaihtelut
BRAF
Mutaatiofrekvenssi. PLoS ONE 8 (9): e74950. doi: 10,1371 /journal.pone.0074950
Editor: Xiaoping Miao, MOE Key laboratorio ympäristöä ja terveyttä, School of Public Health, Tongji Medical College, Huazhong tiede ja teknologia, Kiina
vastaanotettu: 29 toukokuu 2013; Hyväksytty: 06 elokuu 2013; Julkaistu: 16 syyskuu 2013
Copyright: © 2013 Hanna et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.
Rahoitus: Tämä tutkimus tukivat Dana-Farber Cancer Institute, DF /HCC pilottiohjelma, ja johtava ulkomainen tutkimuslaitoksen rekrytointiohjelma kautta National Research Foundation of Korea (NRF) rahoittama Korean opetus-, Science and Technology (MEST) ( 2011-0030105). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.
Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.
Johdanto
on hyvin tunnettua, että syöpä on genomista sairaus ja monet molekyyli- ja geneettiset muutokset ovat hyvin ominaista. Esimerkiksi somaattiset mutaatiot keuhkosyövän [1], monistuksia rintasyövän [2], ja fuusiot akuutti myelooinen leukemia [3] ovat tunnettuja rooleja sekä kasvaimen ja kliininen käyttäytyminen ja tulokset. Me ja muut ovat aiemmin osoittaneet, että taajuus somaattisten onkogeenisten mutaatiot voivat vaihdella eri erillisiä esi populaatioissa. Ei-pienisoluinen keuhkosyöpä (NSCLC), mutaatiot kasvutekijän reseptorin (EGFR) ovat yleisempiä Aasian potilaista verrattuna Euroopan johdettuja populaatiot (8% vs. 30%, P 0,001). Nämä mutaatiot löytyvät myös yleisemmin naisilla ja tupakoimattomilla [1,4]. Kääntäen, seriini treoniinikinaasi 11 (STK11) mutaatiot (pistemutaatiot ja poistot) löytyy 17% White NSCLC potilaiden [5,6] mutta paljon harvemmin niissä Aasian potilaista. Nämä havainnot esiin mahdollisuuden, että kasvaimen eri esi ryhmistä hautoisi erillisiä malleja kuljettajan geneettisiä muutoksia. Koska kasvain somaattiset mutaatiot voivat olla sekä kuljettajan tapahtumia ja tavoitteita tehokkaan farmakologisen eston, tuntemus liittyvien esi taustatekijöitä voi olla merkittäviä vaikutuksia tutkimuksia sekä syövän terveydenhuollon eroja ja tarkkuus syövän lääke.
peräsuolen syöpä on toiseksi johtava syy syövän kuolemaan Yhdysvalloissa. Kuten useissa syöpätyypeissä, peräsuolen syöpä osoittaa merkittävää vaihtelua ilmaantuvuus ja kuolleisuus kaikkialla Aasian, musta ja valkoinen väestö. Mustat on korkein kuolleisuus (49,6 per 100000) ja aasialaiset on alhaisin (22,7 per 100000) (US, näkijä 2005-2009). Erot syövän tuloksia potilaiden välillä eri esi taustat on osoitettu moniin syöpiin, mutta mekanismit ajo nämä erot eivät ole selvästi selvitetty.
Yhdysvalloissa, hinnat ilmaantuvuuden ja kuolleisuuden peräsuolen syöpä ovat olleet tasaisesti vähenemässä kohonneiden seulonnan [7] kanssa suurin lasku valkoisille ja pienin varten Mustat. Vaikka varianssi terveydenhuollossa pääsy ja käsittelystä voi olla tärkeä rooli, monet syövät yhä esiintyy eroja, vaikka osuus näistä tekijöistä. Esimerkiksi 2004 tutkimus [8] mukaan Musta potilaat olivat 1,67 kertaa suurempi todennäköisyys kuolla paksusuolisyövän 5 vuoden hoidon jälkeen kuin White potilailla.
Korea, jossa esiintyvyys on edelleen pienempi kuin USA, kuva on monimutkainen kasvaessa hinnat sekä ilmaantuvuutta ja eloonjäämistä [9]. Tarkasteltaessa maailmanlaajuista tilastojen hinnat kolorektaalisyövän ovat lisääntyneet dramaattisesti monissa Aasian maissa, joissa jotkut kokevat 2-4-kertainen nousu peräsuolisyövän ilmaantuvuus, ja joissakin maissa lähestyy määriä esiintyvyys samanlainen länsimaissa [10,11, 12]. Nämä lisäykset ilmaantuvuuden katsotaan yleensä johtuvan omaksutaan entistä länsimaisessa ruokavaliossa [10,12].
yleinen 5-vuoden pysyvyys ja peräsuolen syöpä on 64% USA: ssa (US, SEER 2005 -2009). Valikoima vaiheessa erityisiä hinnat on laaja. Vaihe 1 kasvaimia, jotka ovat kasvaneet paksusuoleen, mutta ei jatkettu sen ulkopuolella, ovat keskimäärin 5 vuoden pysyvyys 89%. Sen sijaan, mikäli potilaalla on kaukainen etäpesäke on keskimäärin 5 vuoden pysyvyys 11%. Standard hoito ja peräsuolen syövän koostuu poistettu kirurgisella alemman edennyt sairaus, ja jotkut yhdistelmä leikkauksen, kemoterapian ja säteilyn myöhemmässä vaiheessa. Tulenkestävä tauti kaukaisiin etäpesäkkeitä, jos
EGFR
ilmentävät ja
KRAS
villityyppinen, voidaan hoitaa anti
EGFR
monoklonaalisia vasta-aineita [13].
KRAS
mutaatio kodoneissa 12 ja 13 ovat tällä hetkellä merkittäviä ennustavat vastustuskykyä anti-
EGFR
monoklonaalisia vasta-aineita, ja ovat kliinisen hyödyn seulonnassa metastasoituneen sairauden asianmukainen hoito [13].
alkaa arvioida, missä määrin vallalla kuljettaja somaattiset mutaatiot saattavat vaihdella kolorektaalisyöpä potilaaseen syntyperää [14,15], teimme systemaattisen kyselyn 385 mutaatioiden 33 tunnettujen syövän geenien ja peräsuolen adenokarsinooma DNA 427 potilaat mukaan lukien 83 Aasian, 149 musta ja 195 White potilaiden itse ilmoitettu syntyperää.
Materiaalit ja menetelmät
potilaille ja kasvaimen Näytteenotto
Meidän työ on tarkastelleet Dana-Farber Cancer Institute Internal Review Board (DFCI IRB). Olemme pyytäneet ja saaneet vapautuksen DFCI IRB tarkastelun kuin kaikki näytteet tutkimuksessa poistui tunnistamattomiksi nimettömiksi.
Analysoimme 427 kudosnäytteiden (426 parafiiniin ja 1 tuore) potilailta, joilla peräsuolen syöpä. Nimettömiksi kasvain näytteet saatiin Cooperative Human Tissue Network (CHTN), Patologian malli Locator Dana Farber /Harvard Cancer Center (DF /HCC), University of Tennessee Health Science Center (UTHSC) ja Asan Medical Center. DFCI IRB vapautus saatiin kaikille näytteille. Limited patologian tiedot sisällytettiin kullekin näytteen rotuun vaatimuksena ja useimmiten myös sukupuoli, ikä, vaihe, sijainti, ja solmu tai etäpesäke tila.
Kaikille yksilöitä, kudos leikattiin ja hematoksyliinillä ja eosiinilla (H E) -stained liukuu saatiin. Kasvain-rikastettu alueet tunnistettiin ja ydin lyöntejä otettiin vastaavan alueen. Vaadittu kasvain pitoisuus oli 70%. Liitännäistoimenpiteet koepala diagnoosit (saatu CHTN, DF /HCC, UTHSC tai Asan) vahvistettiin riippumattomien histopatologinen tarkastelu. DNA uutettiin FFPE ytimiä käyttämällä QiaCube kanssa Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit ja pakastetusta näytteistä käyttäen joko Qiagen QIAamp tai Qiagen DNeasy kit mukaan valmistajan suuntiin.
OncoMap genotyypityksen
OncoMap (versio 3) on massa-spektrometriaa genotyypin alusta, joka määrityksissä 385 mutaatioita 33 syöpägeenit lueteltu taulukossa 1. valinta syövän geenin mutaatioiden määrityksen suunnittelun ja massaspektrometrinen genotyypin suoritettiin, kuten aiemmin on kuvattu [14,15].
Gene
Mutations
ABL114AKT11AKT22APC12BRAF43CDK41CDKN2A10CSF1R6CTNNB131EGFR44ERBB26FGFR12FGFR26FGFR38FLT38HRAS12JAK21JAK33KIT25KRAS22MET6MLH11MYC6NRAS19PDGFRA17PIK3CA14PTEN14RB111RET13SRC1STK1112TP537VHL733385Table 1. OncoMapV3.
CSV Lataa CSV
DNA laatu arvioitiin määrällisesti käyttämällä Quant-iT ™ Pico Green® dsDNAassay Kit (Invitrogen) valmistajan protokollan mukaisesti. 100 ng genomista DNA: ta altistettiin koko genomin monistamisen (WGA) käyttäen joko Sigma-Aldrich GenomePlex Complete Whole Genome Amplification Kit tuore tai Qiagen RepliG Mini Kit FFPE. IPLEX kemiaa käytetään synnyttämään luettelon ehdokkaana mutaatioita. Unamplified genomista DNA: ta käytettiin vahvistamaan kaikille ehdokas mutaatioita käyttämällä toista (HME) kemia. Kaikki menetelmät suoritettiin aikaisemmin kuvatulla [14].
Tilastollinen
Tilastollinen merkittävyys varmistettiin kanssa pareittaisesta vertailtavaksi kaksisuuntaista Fisherin testiä kanssa Bonferroni korjaus monivertailuja ja cut-off on alle 0,05.
tulokset
Potilasominaisuudet
peräsuolen syöpä DNA 83 Aasian, 149 musta ja 195 White potilasta (taulukko 2) analysoitiin käyttämällä OncoMap alustan keskimääräinen potilaan iän meidän kohortissa oli 65 vuotta (Aasian, 63, musta, 62, White, 68) ja oli enemmän naisia kuin miehiä (224 vs 197). Syntyperä määritettiin itsensä raportointi. Meidän kohortti löysimme paksusuolen ja peräsuolen syöpiä voidaan useimmin sijaitsee proksimaalisen paksusuolessa (49%), ja yleisemmin Vaihe 3 (55%). Proksimaalinen paksusuolen ja peräsuolen syöpiä olivat yleisempiä White potilaista verrattuna Musta (P = 0,009) ja Aasian (P = 3.69E-07) potilasta. Distal syövät olivat yleisimpiä aasialaiset (P = 0,005 verrattuna valkoisten). Distal syövät olivat yleisempiä naisilla (P = 0,007), kun taas proksimaalinen syöpä oli yleisempää miehillä (p = 0,019). Aasian kohortti oli merkitsevästi enemmän vaiheen I ja II sairaus verrattuna sekä Musta (vaihe I, P = 0,002, vaihe II, P = 0,01) ja Valkoinen (vaihe I, P = 3.08E-06, vaihe II, P = 3.37- 05) potilasta. Valkoinen potilailla oli enemmän vaiheessa IV sairaus verrattuna aasialaiset tässä kohortissa (P = 0,004). Tarkasteltaessa keskimääräinen lavastus kaikille ryhmille, löysimme valkoisten olevan korkein keskimääräinen taudin vaiheesta ja aasialaiset alhaisin (Aasian, 2,41; musta, 2,89; White, 3.09).
Asian
Black
White
Total
Gender
Female
3587102224
Male
475991197
unknown
1326
83
149
195
427
Age (Keskiarvo)
Nainen
62 (33-87) 62 (30-90) 68 (36-90) 65 (30-90)
Male
64 (43-84) 62 (26 -87) 66 (22-91) 64 (22-91) vaihe
Stage-I
11 (13%) 3 (2%) 14 (3%)
Stage-II
28 (34) 26 (17%) 21 (11%) 75 (18%)
Stage III
36 (43%) 87 (58%) 113 (58%) 236 (55%)
vaihe-IV
4 (5%) 19 (13%) 38 (19%) 60 (14%)
tuntematon
4 (5%), 15 (10%) 23 (12%) 42 ( 10%) Sijainti
distaalinen
33 (39%) 37 (25%) 41 (21%) 111 (26%)
proksimaalinen
22 (27%) 67 (45%) 119 ( 61%) 208 (49%)
peräsuolen
25 (30%) 25 (17%) 19 (10%) 69 (16%)
määrittelemätön
3 (4%) 20 (13 %) 16 (8%) 39 (9%) Taulukko 2. Potilaiden ominaisuudet.
CSV Lataa CSV
syöpä geenimutaatioita kolorektaalisyövässä
käyttäen OncoMap tunnistimme 514 mutaatioita 427 peräsuolen syöpä yksilöt (kuva 1). Löysimme 84 mutaatiot 83 kasvainten Aasian potilaista, 177 mutaatioita kasvaimissa 149 Musta potilaista ja 253 mutaatiot 195 kasvaimia White potilaista. 318 kasvaimia (74%) kanna ainakin yksi mutaatio. Niistä kasvaimet mutaatioita, 173 (40%) oli yksi mutaatioita ja 145 (34%) oli enemmän kuin yksi mutaatio. Seitsemän näytettä kanna 4 tai enemmän mutaatioita. Mutaatiot
APC
(18%),
BRAF
(11%),
KRAS
(46%),
PIK3CA
(18%) ja
TP53
(17%) havaittiin useimmiten (taulukko 3). Löysimme mutaationopeudet yhteisten onkogeenien olevan taajuuksilla samanlaisia kuin aiemmin raportoitu ja peräsuolen syöpään [16].
Yhteenveto kaavio kaikista mutaatioiden kussakin ryhmässä näyttää geenien poikki riveihin ja potilaiden kasvaimet alas sarakkeisiin . Alarivin kumpikin kokonaismäärästä mutaatioita kohti kasvain kuin lämpöä kartta (0-5 mutaatioita). Kuviossa A näyttää Aasian potilaille, kaavio B, musta potilaiden ja kaavio C, White potilaita. Kaavio D näyttää jakautuminen kaikkien mutaatioiden kunkin kohortin.
Genes
Aasian (83) B%
Musta (149) B%
White (195)
%
Yhteensä (427)
%
AKT121%20.5%APC1214%2617%3719%7517.6%BRAF34%107%3317%4610.8%CTNNB122%21%32%71.6%EGFR11%10.2%IDH111%0%10.2%KRAS3239%7953%8544%19645.9%MAP2K121%0%20.5%MYC11%0%10.2%NRAS34%11%74%112.6%PIK3CA1316%2819%3518%7617.8%PTEN32%53%81.9%RB121%20.5%RET11%0%10.2%TP531720%2013%3618%7317.1%
no mutation
*
33
40%
32
21%
44
23%
109
26%
Table 3. Geenimutaatiot per potilasryhmässä.
* Ei mutaatioita tunnistettiin käyttäen määrityksiä sisältyy OncoMap CSV Lataa CSV
Kaiken vähemmän kasvaimia Aasian potilaista (60%) kanna yhden tai useamman mutaation tiedustellessa OncoMap verrattuna molemmille Musta potilasta (79%, P = 0,011) ja valkoinen potilasta (77%, P = 0,015). Yksittäiset mutaatiot löydettiin 31% kasvaimista peräisin aasialaiset, 47% peräisin Mustat ja 39% valkoisia, ja useita mutaatioita 29%, 32% ja 38% vastaavasti.
kolorektaalisyövissä White potilaista, me tunnistettu huomattavasti enemmän mutaatioita
BRAF
(17%) kuin joko Aasian (4%, P = 0,004) tai musta (7%, P = 0,014) kohortteja (taulukko 4). Tämä johtui suurelta osin voittopuolisesti
BRAF
V600 mutaatioita White kohortissa. Löysimme
BRAF
mutaatiot on yleisempää naisilla, vanhuksilla ja proksimaalisessa paksusuolessa, sopusoinnussa muiden raporttien [17,18,19]. Potilaat, joilla on
BRAF
mutantti kasvaimia oli keskimäärin 72-vuotiaana, verrattuna keski-ikä 65 koko kohortin ja syövän sijaitsi yleisemmin proksimaalisessa paksusuolessa (65% verrattuna 49% täydellistä kohortti). Potilaat, joilla on
BRAF
mutantti kasvaimia pääosin vaiheiden III ja IV. Korkeampi taajuus
KRAS
mutaatioita havaittiin kasvainten Black potilaista (Aasian, 39%, musta, 53%, valkoinen, 44%), jota nimenomaan esiintyvyyden
KRAS
G12D mutaatioita (kuvio 2); mutta tämä ei ollut tilastollisesti merkitsevä.
Ominaisuudet
wt-BRAF
m-BRAF
Yhteensä
Ikä diagnoosin (keskiarvo, st dev)64.713.972.311.265.513.9Gender
Female
19451%3065%22452%
Male
18248%1533%19746%
unknown
51%12%61%381100%46100%427100%Race
Asian
8021%35%8319%
Black
13936%1022%14935%
White
16343%3373%19546%381100%46100%427100%Stage
I
144%00%143%
II
7319%25%7518%
III
20855%2865%23655%
IV
5113%921%6014%
unknown
3810%49%4210%384101%43100%427100%Location
Distal
10234%921%11126%
Proximal
18060%2865%20849%
Rectal
6622%37%6916%
Colon, määrittelemätön
3612% 37% 399% 384127% 43100% 427100% Taulukko 4. Potilaiden ominaisuudet villityypin ja mutantti BRAF.
CSV Lataa CSV
Yhteenveto kaavio kaikista RAS /RAF mutaatioita jokaisessa potilasryhmässä näyttää geenien poikki riveihin ja kasvaimia alas sarakkeissa. alarivi kumpikin kokonaismäärästä mutaatioita kohti kasvain kuin lämpöä kartta (0-5 mutaatioita). kuvio A näyttää Aasian potilaille, kaavio B, musta potilaiden ja kaavio C, White potilaille.
Kuusi kasvaimia kanna useampia mutaatio
RAS /RAF
perhe (
KRAS
, sääntelyviranomaisten, HRAS ja
BRAF
), ne kaikki on ainakin yksi
KRAS
mutaatio (kuva 2). näistä kaksi kasvaimet (1 aasialaisesta potilas, 1 peräisin musta potilas) oli mutaatio molemmissa
KRAS
G12D ja G13D, joka on aiemmin havaittu [19]. oli 2 tapauksissa
KRAS
A146T, joista kukin yhteistyössä esiintyi G12 mutaatio.
KRAS
A146T mutaatioita on nähty sekä kolorektaalisyövissä ja paksusuolen adenoomia [20], ja liittyi suotuisamman kehityksen. Lisäksi jotkut A146T mutaatioita on liitetty kopio määrä monistamisen
KRAS
lokuksessa.
Löysimme 3 tapauksia yhdessä esiintyvät
BRAF
ja
KRAS
mutaatioita, kaikki kasvaimet White potilaista, jotka tunsivat 4 tai enemmän mutaatioita. Yhdessä esiintyvät olivat
BRAF
V600E ja
KRAS
G13D,
BRAF
V600M ja
KRAS
G12V, ja
BRAF
G469V kanssa molemmat
KRAS
A146T ja
KRAS
G13D. Joskin harvinaisia, co-esiintymät on raportoitu [19,21], ja voi edustaa eri populaatioissa solujen kasvain. Arviointi
KRAS
ja
BRAF
alleeli spektrihuippu korkeuksille raaka genotyypityksen tiedot osoittavat, että yhdessä tapauksessa mutantti alleeli jakeet geenien olivat erilaisia, mikä osoittaa, että niitä ei saa läsnä samalla taajuudella näytteessä.
tunnistettu
APC
mutaatioita 14% kasvainten Aasian potilaista, 17% Black potilaista ja 19% White potilaista.
APC
mutaatioita, odotetusti varhaisen tapahtumien peräsuolen syövän kasvainten synnyssä, pääasiassa yhteistyössä esiintyä muiden mutaatioiden, yleisimmin
KRAS
,
PIK3CA
ja /tai
TP53
. Koska
APC
on suuri tuumorisuppressorigeenin ja OncoMap vain määrityksiä tunnettujen toistuvia varianttien määrä mutaatioita tunnistettiin genotyyppaamalla todennäköisesti alle vastaa todellista esiintyvyys
APC
mutaatiot näissä ryhminä.
PIK3CA
mutaatioita lähes aina yhteistyössä esiintynyt muiden mutaatioiden (92% tapauksista) tavallisimmat kumppanit todettiin olevan
RAS /RAF
perheenjäsenet (
KRAS
, sääntelyviranomaisten ja
BRAF
).
PIK3CA
mutaatioiden taipumus keskittyä eksoneissa 9 ja 20 kanssa eksonin 20 kinaasialue mutaatiot yleisempiä rintasyövän [22] ja eksonin 9 kierteisen mutaatioista yleisempää peräsuolen syöpä. Kuten odotettua, näimme vallitsevana kierteisiä mutaatioista meidän ikäluokat (Aasian, 57%, musta, 59%, valkoinen, 65%). Muutama kasvaimet kanna kaksi erillistä
PIK3CA
mutaatioita; yhdessä tapauksessa R88Q ja C420R (P85 ja C2 verkkotunnuksia), ja toisessa C420R ja H1047R (C2 ja kinaasi verkkotunnuksia). Kolmas näyte (Asian) oli myös kaksi kierteisen verkkotunnuksen
PIK3CA
mutaatioita (E542K ja E545K) yhdessä
KRAS
ja
TP53
mutaatio. Vaikka kaksinkertainen
PIK3CA
mutantteja on aikaisemmin raportoitu [22], niiden merkitys on epäselvä.
Keskustelu
Käyttämällä OncoMap alustan, me testattiin 385 tunnettujen ja kliinisesti merkittävä somaattinen mutaatiot kolorektaalisyövissä 427 Asian, musta ja valkoinen potilaat arvioida mahdolliset erot taajuus somaattisten mutaatioiden peräsuolen syöpä. Tutkimuksessamme löysimme mutaatio korko syöpien välillä aasialaiset olevan merkittävästi pienempi kuin joko musta tai valkoinen kohortissa. Löysimme merkittäviä eroja taajuus
BRAF
mutaatioiden kanssa
BRAF
V600E mutaatioita esiintyy useimmiten White potilailla. Löydämme
BRAF
mutaatiot olla yleisempää syöpiä White potilaista, naiset, iäkkäät potilaat ja proksimaalisessa paksusuolessa sopusoinnussa muiden raporttien [23]. Lisäksi vaikka ei merkittävästi käyttämällä tiukempia kriteerejä (Bonferroni korjaus), löysimme rikastuminen
KRAS
mutaatioita musta kohortissa.
Vaikka erot
BRAF
mutaatiofrekvenssi välillä White, musta ja Aasian kohortteja peräsuolen syöpä ei ole aiemmin raportoitu, erot muihin väestöryhmiin on havaittu. Esimerkiksi tuoreessa tutkimuksessa, Rozek ym [18] löydetty
BRAF
V600E mutaatio on yleisempää henkilöillä Ashkenazi juutalaisten syntyperää ja harvinaisempia kuin arabien laskeutuminen. Lisäksi Englanti ym [24] löydetty australialaiset Anglo-Celtic laskeutuminen on korkeampi esiintyvyys paksusuolisyövän ja huomattavasti enemmän
BRAF
V600E mutaatioita kuin Etelä-Euroopan syntyperää. Nämä havainnot osoittavat jälleen, että taajuus tärkeitä onkogeenisten mutaatiot voivat vaihdella populaatioissa eri esi taustoja. Onko ja missä määrin nämä vaihtoehdot vaikuttavat esiintyvyys, hoitovaste tai selviytyminen on vielä määritelty.
Erot määrien
BRAF
mutaatio voi heijastaa eroja taustalla etiologia genomin epästabiilisuuden kaikkialla näissä potilasryhmissä.
BRAF
mutaatioita esiintyy ensisijaisesti ylenevässä proksimaaliseen paksusuoleen esiasteleesioita kutsutaan sahalaitainen adenoomia. Kun asetus
BRAF
mutaatio, nämä adenoomia yleensä edetä syöpään kautta hankitun DNA mismatch korjaus aiheuttama vaje hypermetylaatiota
MLH1
asettamisessa CpG saaren methylator fenotyyppi (CIMP) [ ,,,0],25]. Niinpä nämä kasvaimet yleensä ominaista mikrosatelliittien epävakaus (MSI) ja ovat korkeat somaattisten mutaatioiden, erityisesti pienet lisäykset ja poistot pienillä toista alueilla.
KRAS
mutaatioita, sen sijaan esiintyy useammin paksusuolen ja peräsuolen syöpiä, että satama kromosomi epävakautta, sitä enemmän yhteistä mallia genomista poikkeavuuksia satunnaista peräsuolen syövän.
alhaisempi
BRAF
mutantti peräsuolen syövän nähty Aasian kohortin voitaisiin ilmoittaa, että
BRAF
mutaatiot voivat itse olla harvinaisempaa tässä ryhmässä. Vaihtoehtoisesti on mahdollista, että on olemassa vähäinen taipumus patologista DNA hypermetylaation Aasian väestön tutkittu, mikä vähentää kykyä
BRAF
mutantti esiasteleesioita edetä kohti syöpä. Meillä ei ollut riittävästi genomimateriaalia jatkaa MSI testausta tai metylointi testaus kaikkia näytteitä, joten emme pystyneet mittaamaan suoraan jos kokonaismäärässä CIMP-positiivisia kasvaimia olivat pienemmät Aasian väestöstä. Kuitenkin 62 83 Aasian syöpien analysoitiin MSI, vain 3% (2/62) oli MSI-korkea. Tämä korko on alhaisempi kuin normaalisti havaittu nopeus (10-15%) satunnaisissa peräsuolen syöpiä, ja joka takaa hypoteesia, että kasvaimia ohjaavat nämä mekanismit voivat olla harvinaisempaa Aasian väestöstä. Lisätyötä integroimalla kattavampaa genomista tietoa MSI määrityksissä ja metylaatiostatuksen pitäisi selventää tätä.
V600E mutaatio on hankittu aktivoiva mutaatio, joka johtaa konstitutiivisesti aktiivinen
BRAF
kinaasiaktiivisuutta johtaa aktivoitumiseen
MAPK
kautta. Melanooma, noin 40% potilaista on
BRAF
mutaatioita joista 69% on V600E. V600E on myös todettu hyvänlaatuisia nevi [26], mikä viittaa siihen, että V600 mutanteilla voi olla alussa tai esiaste tapahtumia. Vastaavasti
BRAF
mutaatioita on havaittu peräsuolen adenoomien viittaa varhainen tapahtuma tumorgenesis [27]. Ogino et al [28], katsomalla kliinisten tutkimusten tulokset (CALGB 89803) peräisin 1264 vaiheen III peräsuolen syövän potilaille, selvensi ennakoivaa sekä varoituksia vaikutukset
BRAF
mutaatioita ja löysi
BRAF
mutanttien olevan liittyy huonompi tulos. Vaikka taajuus
BRAF
mutaatioita on alhainen (Aasian, 4%, Musta, 7%, valkoinen, 17%), verrattuna
KRAS
(Aasian, 39%, musta, 53% ; White, 43%),
BRAF
voi olla tärkeä kohde potilaille, joiden kasvaimet satama mutaatioita.
todettiin aiempaa alhaisemmaksi mutaation verokantaa Aasian kohortti on kiinnostava. Aasian kohortti koostuu huomattavasti pienempi vaiheessa potilasta ja syövät ovat pääasiassa distaalinen (Aasian, 40%, musta, 25%, valkoinen, 21%) kuin proksimaalisen. Ei näytä olevan yhdistyksen välillä syöpä sijainti ja mutaation korko. Jos katsomme mutaationopeudet syövän sijainti huomaamme, että Aasian kohortissa 48%: lla distaalisen syöpiä ei ole mutaatioita verrattuna 19% Musta ja 22% valkoisen kohortissa. Aasian potilaalla on distaalinen syöpiä mutaatioita, on 23 mutaatiot 17 potilasta (1,35 mutaatioita per potilas), vähemmän kuin joko musta tai valkoinen ikäluokkien klo 1.63 ja 1.69 mutaatiot potilasta kohden, vastaavasti. Kuitenkin keskimääräinen vaiheessa distaalisen, proksimaalinen ja peräsuolen syöpiä on suunnilleen sama. Lisäksi vaikka tämä havainto saattaa todella edustaa alempaa mutaationopeuteen Aasian kohortin se voi myös olla, että taajuuksien mutaatioiden tässä potilasryhmässä ei ole hyvin edustettuna OncoMap.
nouseva peräsuolisyövän ilmaantuvuus monissa Aasian maissa viime vuosikymmeninä on merkitty [10,11,29] ja esiintyvyys Koreassa on nyt ohittanut korko Aasian amerikkalaiset. Kuolleisuus Aasian amerikkalaiset, kun taas huomattavasti alempi kuin Mustat tai valkoiset, ovat olleet tasaisesti laskussa, mikä johtuu todennäköisesti laitokselle seulonta tavallisena lääketieteellisiin kokeisiin. Vaikka kuljettajat taustalla monimutkainen kuva on lukuisia, on jonkin verran näyttöä siitä, että siirtymään perinteisempää Aasian ruokavaliosta länsimaisen sisältävä ruokavalio pidemmälle jalostettujen ja punaista lihaa ja alkoholi [10,11], voi olla tekijä.
erot sijainnin syöpien koko meidän ikäluokat ovat silmiinpistävää ja merkittävät White potilailla, joilla on enemmän proksimaalisen syöpiä ja aasialaiset on enemmän distaalinen syöpiä. Aikaisemmin on havaittu, että distaalinen syövät ovat yleisempiä Korean [12] väestöstä ja vietämme tämä ero meidän molempien Korean kohortti ja Aasian-amerikkalainen kohortissa. Tarkasteltaessa kasvain vaiheessa löydämme kaikki ryhmät on vaiheen III syöpiä useimmin mutta vaiheessa jakauma on muuten monipuolinen. Siellä oli enemmän vaihe II syöpiä Aasian ryhmässä ja vähiten valkoisessa ryhmässä (Aasia, 34%, musta, 18%, valkoinen, 11%), ja lisää vaihe IV syöpiä valkoisessa ryhmässä ja vähiten Aasian ( Aasian, 5%, musta, 12%, valkoinen, 19%). Tarkasteltaessa keskimäärin vaiheessa kunkin ryhmän, löydämme valkoiset on korkein keskimääräinen vaiheessa (Aasian, 2,41; musta, 2,85; valkoinen, 3,09).
KRAS
mutaatiot ovat hyvin tunnettuja lukuisia syöpiä, joka sijaitsee yleisimmin eksoni 2 aminohappoja G12 ja G13, kaksi vierekkäistä aminohappoa lähellä katalyyttisen, ja niiden on osoitettu johtavan konstitutiivisen aktivaation
MAPK
signalointireitin. Esiintyvyys
KRAS
mutaatioita musta ryhmä ohjaa
KRAS
G12D kuitenkin merkitystä
KRAS
G12D rikastamiseen on epäselvä. Tämä havainto on aikaisemmin raportoitu Sylvester et al [19], mutta he totesivat korkeampi taajuus G13 mutaatioiden koolonsyöpien Black potilaista verrattuna White, jota emme tarkkailla.
Vaikka on olemassa todisteita siitä, että
KRAS
eksoni 2 mutaatiot voivat liittyä huonompi ennuste [20], ja että G13 mutaatiot voivat johtaa vähemmän aggressiivinen syöpä, selvitystä, joka koskee erilaisia vaikutuksia tiettyjen G12 tai G13 variantteja on harvaa . On olemassa huomattava määrä mahdollisia nukleotidin muutosten G12 ja 13 johtaen eri mutaatioita, ja jokainen näistä voi tuottaa muuttuneen loppupään toimintaa. Vuonna 2001 tutkimuksessa Andreyev et al [30] mukaan kolorektaalisyövässä, kaikkien kodonin 12 ja 13 mutaatioiden, vain GGT GTT transversiot, jolloin G12V, liittyi elinajan. Sen sijaan haimasyöpä, joka on korkein esiintyvyys
KRAS
mutaatioista syöpä, 2 pieniä tutkimuksia [31,32] osoittaa näyttöä siitä, että potilailla, joilla on G12V (GTT) mutaatiot on pidempi mediaanielinajassa ja ne, joilla G12D (GAT) on lyhyempi. Tuore ja kiehtova toteamus Garassino et al [33], osoitti NSCLC solulinjoissa, että G12D mutantti oli kasvanut herkkyys sorafenibille (
MAP
Kinase estäjä) verrattuna G12V ja G12C, mikä viittaa siihen, että erot nukleotiditasolla voi olla kliinistä merkitystä.
kuitenkin Ogino et al [28], tarkastelemalla
KRAS
mutaatioita CALGB 89803 tutkimuksessa havaittu mitään merkittävää vaikutusta eloonjäämiseen tai taudin etenemisen for
KRAS
mutantti peräsuolen syöpäpotilailla. Paitsi ennustavan merkitystä teho anti-
EGFR
monoklonaalisia vasta-aineita asettamisessa etäpesäkkeiden varten
EGFR
ilmentävä kasvaimissa [13],
KRAS
mutaatiot ilmeisesti ole ole vaikutusta lopputulokseen.
peräsuolen syöpä pidetään yleensä edetä adenooma ja karsinooma, jossa
APC
ja
KRAS
mutaatiot esiintyvät varhain [34];
APC
mutaatiot normaalin epiteelin ja
KRAS
jossain matkan siirtymistä pk koko adenooma [34].
TP53
mutaatiot ovat myöhässä tapahtumia. Meillä on 7 potilasta kullakin on enemmän kuin 3 mutaatiota (kuva 3), ja kun katsomme näitä 7 näytettä, voimme selvästi nähdä todisteita yleisesti hyväksyttyjen reitin paksusuolisyövän etenemisen:
APC
, ensimmäisenä tapahtuma, löytyy 5/7;
KRAS
, myöhemmin tapahtuma, vuonna 6/7; ja
TP53
, viimeinen vaihe on karsinooma, löytyy puoli näytteistä.
, kuvassa ovat geenit mutatoitiin 7 potilaan näytteitä, jotka kukin on neljä tai useampia mutaatioita. A, W ja B edustavat kasvaimia Aasian, musta tai valkoinen kasvaimia, vastaavasti.
Löysimme mutaationopeudet onkogeenien olevan odotetun taajuuksilla [16]; kuitenkin kasvaimen synnyssä, meidän taajuudet olivat huomattavasti alle sen, mitä odotetaan. Tämä on rajoitus OncoMap alustan että se määrityksissä tunnettua mutaatioiden ja samalla mutaatiot onkogeenien tehdään usein samoissa paikoissa, mutaatiot tuumorisuppressorit esiintyä enemmän satunnaisesti koko geeni. Seuraavan sukupolven sekvensointi pystyy voittamaan useimmat ominaisia puutteita OncoMap.
Perimän vaihtelut eivät sisälly OncoMap voi vielä selittää joitakin eroja meidän potilasryhmiä, esimerkiksi mutaatiot alueilla, jotka eivät kuulu OncoMap , kopioiden määrä tai geeniekspression muutoksia, tai epigeneettiset muutokset. Lisätutkimuksia olisi keskityttävä laajennetun joukko genomista muutoksia, ja integrointi näiden tietojen MSI testaus ja /tai arviointiin CIMP tarkoin kontrolloituja tutkimuksia potilaan laajamittaisen merkintöjä jossa lavastus, diagnoosi ja hoito ovat samat.
Yhteenvetona olemme tunnistaneet eroja somaattisen mutaation taajuus tunnettujen syövän geenien ja peräsuolen syöpiä Aasian, musta ja valkoinen potilaita. Nämä tiedot puoltavat käyttäen genomiikka-tarkkuusrivikylvökoneet lääke lähestymistavan selventämiseksi eri esi taustatekijät tunsivat mukaan potilasryhmissä ja siten, että tarkemmin ja tehokkaammin hoitaa peräsuolen syövän.
Kiitokset
Kiitämme Donna Neuberg Dana-Farber Cancer Institute Department of Biostatistics hänen asiantuntemuksensa ja neuvoja tilastollisia menetelmiä.