Krooninen sairaus

tiivistelmä

Eturauhassyöpä on yleisin ja toiseksi tappavin syöpä miehillä Yhdysvalloissa. Luontaisen immuniteetin ja tulehdus saattaa lisätä eturauhassyövän riskiä. Voit selvittää rooli luontaisen immuniteetin ja tulehduksen edennyt eturauhassyöpä, tutkimme yhdistys 320 yhden nukleotidin polymorfismien, joka sijaitsee 46 geenien mukana tämän reitin, Tautiriskiin käyttäen 494 tapauksia edennyt sairaus ja 536 valvontaa Cleveland, Ohio. Yhdessä koko polku liittyi edenneen eturauhassyövän riskiä (P = 0,02). Kaksi ala-väyliä (solunsisäinen viruslääkkeiden molekyylejä ja solun hahmontunnistuksen) ja neljä geenien nämä osa-väyliä (

TLR1

,

TLR6

,

OAS1

, ja

OAS2

) on nimellisesti liittyy edenneen eturauhassyövän riskiä ja satama useita SNP nimellisesti liittyy edenneen eturauhassyövän riskiä. Tuloksemme viittaavat siihen, että luontaisen immuniteetin ja tulehdus reitti voi olla vaatimaton asema etiologiassa edenneen eturauhassyövän läpi useita pieniä vaikutuksia.

Citation: Kazma R, Mefford JA, Cheng I, Plummer SJ, Levin AM, Rybicki BA, et al. (2012) yhdistys luontaisen immuniteetin ja tulehdus Pathway kanssa edennyt eturauhassyöpä Risk. PLoS ONE 7 (12): e51680. doi: 10,1371 /journal.pone.0051680

Editor: Ludmila Prokunina-Olsson, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Yhdysvallat

vastaanotettu: 9. elokuuta, 2012 Hyväksytty: 5. marraskuuta 2012 Julkaistu: 14 joulukuu 2012

Tämä on avoin-yhteys artikkeli, vapaa kaikki tekijänoikeudet, ja saa vapaasti jäljentää, levittää, välittää, modifioitu, rakennettu, tai muuten käyttää kuka tahansa laillista tarkoitusta. Teos on saatavilla Creative Commons CC0 public domain omistautumista.

Rahoitus: Tätä työtä tuki National Institutes of Health [Grant numerot: R01CA88164, U01CA127298 ja R25CA112355 että R.K.]. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Eturauhassyöpä on yleisin ja toiseksi tappavin syöpä miehillä Yhdysvalloissa [1]. On yhä enemmän todisteita siitä, että luontaisen immuniteetin ja tulehdus voi olla merkitystä eturauhassyövän ja muiden syöpien [2], [3], [4]. Krooninen tulehdus voisi edistää eturauhassyövän läpi useita biologisia prosesseja: mutageneesi aiheuttama oksidatiivista stressiä; remodeling soluväliaineen; rekrytointi immuunisolujen, fibroblastit ja endoteelisolut; tai induktion sytokiinien ja kasvutekijöiden vaikuttavat proliferatiivista ja angiogeeninen ympäristö [2], [3], [5].

Vakuuttava näyttö tukee rooli geenien luontaisen immuniteetin ja tulehdus väylän eturauhasen syöpäriskiä. Useita geenejä kätkeminen yhden emäksen monimuotoisuus (SNP: t), jotka liittyvät eturauhasen syöpään riski on tunnistettu, mukaan lukien: hahmontunnistuksen reseptorit

MSR1

,

TLR1

,

TLR4

,

TLR5

,

TLR6-

, ja

TLR10

[6], [7], [8], [9], [10], [11], [12], [13], [14], [15], [16]; antiviraalinen geeni

RNASEL

[9], [17], [18], [19], [20], [21]; sytokiinit

MIC1

,

IL8

,

TNFa

, ja

IL1RN

[13], [22], [23], [24], [25], [26]; ja proinflammatoristen geeni

COX-2

[27], [28], [29], [30]. Kuitenkin useimmat aikaisemmat tutkimukset ovat keskittyneet yksittäisten SNP tai geenejä ja tiedetään hyvin vähän siitä, mitä vaikutuksia koko luontaisen immuniteetin ja tulehdus polku kehittämään enemmän edennyt eturauhassyöpä.

Lisäksi edenneen eturauhassyövän tapauksista on korkeampi kansanterveyden taakka kuin vähemmän edenneissä tapauksissa. Siten ainesosien määrittämiseksi luontaisen immuniteetin ja tulehduksellinen prosessi, joka lisää riskiä edenneen eturauhassyövän on suuri merkitys.

määrittämiseksi roolin luontaisen immuniteetin ja tulehduksen edennyt eturauhassyöpä, tutkimme yhdistys 320 SNP, joka sijaitsee 46 luontaisen immuniteetin ja tulehdusta geenejä, joilla on edennyt eturauhassyöpä riski. Lupasimme kokonaisvaltainen lähestymistapa arvioida yhteydestä sairauden riskin ja SNP-setit yhdistetään koko polku, sub-polkuja, ja jokainen geeni, sekä yksittäisiä SNP.

Materiaalit ja menetelmät

tutkimus Väestö

tapaus otos käsitti 494 miestä, joilla oli äskettäin diagnosoitu, histologisesti varmennettu eturauhassyöpä, jossa on joko Gleason pisteet ≥7, kliininen vaihe ≥ T2c, tai seerumin eturauhasen Serum antigeeni (PSA) diagnoosin 10 rekrytoidaan suurten hoitolaitosten Cleveland, Ohio (Cleveland Clinic Foundation, University sairaalat Cleveland, ja niiden tytäryhtiöt) [31]. Kontrollinäyte sisälsi 536 miestä taajuus sovitetaan tapauksissa iän (5 vuotta), etnisyys, ja hoitolaitoksen, joka tehtiin standardi vuotuinen tentit merkittävimpien hoitolaitosten Cleveland, ja jotka eivät ole aiemmin ollut ei-ihosyöpä . PSA mitattiin ja sen havaittiin kohonnut kahdessa valvontaa. Lisätutkimukset johtavat meidät luokitella ne edenneiden eturauhassyöpää, jättäen meille yhteensä 494 edenneen eturauhassyövän tapauksista ja 536 valvontaa käytetään tässä meidän analyyseissä. Hyväksyntä tässä tutkimuksessa saatiin yliopistollisen sairaalan Cleveland Institutional Review Board ja Cleveland Clinic Foundation Institutional Review Board, ja kirjallinen suostumus saatiin kaikilta TET. Lisätietoja tästä tutkimuksesta väestöstä on kuvattu aiemmin [27], [29], [32], [33], [34], [35], [36].

SNP valinta, genotyypin ja laatu ohjaus

Tutkimukseen valittiin 46 ehdokasta geenejä, jotka koodaavat proteiineja, jotka liittyvät synnynnäisen immuniteetin ja tulehdus, ja edelleen ryhmitelty nämä otetaan 6 tulevien biologisten Saharan reittejä käyttäen aikaisemmin ehdotettu ja julkaistu luokittelu [37]. Nämä osa-reitit olivat: 1) sytokiinisignaloinnin (26 geenit), 2) eikosanoidien signalointi (1-geeni, eli

COX-2

), 3) solunulkoisen hahmontunnistus (8 geenit), 4) solunsisäisten antiviraalinen molekyylit (4 geenit), 5) ydin- kappa-kevytketju-tehostajana tai aktivoitu B-solujen (NFKB) signalointi (5 geenejä), ja 6) selenoproteins (2 geenejä). Geenit

SELS

ja

SEP15

koodaavat selenoproteins olivat mukana, koska niiden mahdollinen rooli valvonnassa tulehdusreaktion säätelemällä sytokiinien tuotannon [38].

Kaikki SNP sijaitsee ja 2 kb ylävirtaan ja 1 kb alavirtaan sekvenssin 46 kandidaattigeeneihin tunnistettiin kansainvälisen HapMap Project (www.hapmap.org) ja Genome vaihtelu Server (SeattleSNPs) (https://gvs.gs. washington.edu/). Sitten, koodaus SNP valittiin käyttämällä multimarker testiä kriteerejä Tagger ohjelma [39] vangita kaikki yhteiset SNP (pienet alleelin frekvenssi, MMM 0,05), jossa on r

2≥0.8 poikki kunkin ehdokkaan geeni eurooppalaisten syntyperä populaatiot, pakottaen SNP jotka ovat missensemutaatio, ei-synonyymejä ja aiemmin liittyy eturauhassyöpään sisällytetään. Vain yksi missense SNP sisällytettiin geenien

TLR3

ja

IL6R

.

Lisäksi 39 syntyperä informatiivinen markkereita (tavoitteet) [40] genotyypattiin ja Pääkomponenttianalyysin oli käytetty arvioimaan geeniperimästä ja osuus väestöstä kerrostuminen [41]. Ensimmäinen Pääkomponentti Tämän analyysin erottaa Afrikkalainen amerikkalaisia ​​valkoihoisten ja käytettiin arvio geeniperimästä.

genotyypin 330 SNP tehtiin DNA: ta verinäytteestä joko Illumina 500G BeadStation yhdistettynä GoldenGate määritys, tai Applied Biosystems Taqman-määrityksessä. Edelleen laadunvalvonta tehtiin erikseen jokaiselle näiden alustojen ja molempien etnisten ryhmien (Afrikkalainen-amerikkalaiset ja valkoihoisten). Kymmenen SNP että oli puhelutaajuuden 0,90, poikkesi odotettu Hardy-Weinberg mittasuhteet molemmissa etnisten ryhmien (P 0,01), tai oli MAF alle 0,01 molemmissa etnisten ryhmien jätettiin. Yksilöt, jotka oli puhelutaajuuden 0,90 myös ulkopuolelle. Kun laadunvalvontamenettelyä, tiedot asiakirja-kontrollinäyte käytettiin testaamaan yhdessä riskiä edenneen eturauhassyövän sisällytetty 320 koodaus SNP (taulukko S1) ja 39 tavoitteisiin.

Tilastollinen analyysi

analysoimiseksi koko joukko 320 SNP yhdessä, tai sarjaa SNP ryhmitelty sub-väyliä tai geenejä, käytimme SNP-set kernel-kone yhdistys testi (SKAT v0.62) [42]. Tässä menetelmässä käytetään logistinen kernel-koneen malli, yhdistämällä yksittäiset pisteet testi tilastojen SNP, ja tarjoaa globaalin P-arvo joukko variantteja testattiin, jossa otetaan huomioon yhteinen vaikutus SNP tietyllä SNP-set ja mahdollistaa sisällyttämällä säätö kovariaatit: ikä, instituutio, ja geneettinen syntyperä. Yksi etu SKAT muihin reitin kokeet on, että se adaptiivisesti etsii vapausasteita testisuureen jotta huomioon LD välillä genotyyppi SNP. Olettaen, että jokainen yhdistys kertoimia

p

SNP tietyllä SNP-set (

β

Gp

) itsenäisesti seuraa mielivaltainen jakaumaa, jonka odotusarvo on 0 ja varianssi

ψ

, testaus nollahypoteesi,

β

Gm

= 0, vastaa testaus

ψ

= 0 (

eli

, varianssi-komponentti testi pisteet tehdään käyttäen vastaavaa sekoitettu malli). Jotta tapaus-verrokki näytteen

n

yksilöiden näytteitä ja

p

varianttien genotyyppi, G on

n

×

p

matriisi genotyyppien, ja K = GG

T on

n

×

n

lineaarinen ytimen matriisi, joka määrittelee geneettinen samankaltaisuus kaikkien yksilöiden

p

SNP. Toiminto, joka yhdistää kunkin elementin matriisin K genotyyppien G on ytimen toiminto. Testaamiseksi yhdistyksen välillä taudin ja SNP-set, varianssi-komponentti pisteet tilastoa Q seuraa sekoitus chi-neliö distributions.where, on ennustettu keskiarvo vektorin tautinsa arvot (y) alle nollahypoteesia , saadaan taantumassa y mukautumiskyvylle kovariantit vain. Opinnäytetöihin analyysit, käytimme lineaarisen ydin (vastaa asennusta ehdoton monimuuttuja logistinen regressio) ja tarkka Davies menetelmä Computing p-arvot. Lisäksi testasimme assosiaatiota edenneen eturauhassyövän riskiä kanssa 320 SNP yksitellen ehdoton monimuuttuja logistista regressiota säätämisen ikä, instituutio, ja geneettinen syntyperä. Kertoimet suhde (syrjäisimmillä alueilla), 95%: n luottamusväli (95% CI) ja P-arvot arvioitiin käyttäen sekä yhteistyössä hallitseva ja log-lisäaine malleja.

säädä geeniperimästä kaikissa analyyseissä, me sisältyi ensimmäinen pääkomponenttina Pääkomponenttianalyysin että 39 tavoitteet koska kovariaattina. Lisäksi tunnistaa SNP mahdollisten päinvastainen vaikutuksia Afrikkalainen amerikkalaiset ja valkoihoisten, me myös ositettu kaikkien analyysien mukaan raportoitu etnisyys. Strategiamme arvioitiin sairauden riskin yhdistys useilla tasoilla SNP ryhmittymien (kokonaisuus, sub-polkuja, geenit, ja yksittäisten SNP). Jotta voidaan ottaa huomioon useita testejä tehdään taas sisältää korrelaatio SNP ja genotyypin koodausta, käytimme permutaatio menettely saada empiirinen jakauma tilastollisia testejä nollahypoteesi mitään yhdessä joukon SNP tai SNP. Sitten kullekin tasolle SNP ryhmittymiä, laskimme perheille viisas virheprosentti vertaamalla P-arvo kunkin testin jakeluun pienimmän P-arvoja 1000 permutoitua aineistoja. Raportoitu P-arvot ovat kaksipuolisia ja analyysit tehtiin käyttäen R v2.13.1 [43].

Tulokset

Tutkimus Aihe Ominaisuudet

tapaus-verrokki otoksessa 1030 aiheita, joiden keskimääräinen ikä diagnoosin tai rekrytointi oli 65,87 (SD: 8.46) vuotta, ja se koostuu 194 Afrikkalainen amerikkalaiset (18,8%) ja 836 valkoihoisilla (81,2%). Ikä ja kansallisuus olivat vastaavasti jaettu edenneen eturauhassyövän tapausten ja kontrollien (taulukko 1).

Assosiaatio edennyt eturauhassyöpä Risk

Yhdessä koko joukko 320 SNP luontaisen immuniteetin ja tulehdus polku oli merkitsevästi yhteydessä edenneen eturauhassyövän riskiä (P = 0,02). Niistä 6 Saharan polkuja analysoitu, solunsisäinen viruslääkkeiden molekyylejä ja solunulkoinen hahmontunnistuksen osa-reittejä olivat nimellisesti liittyy edenneen eturauhassyövän riskiä (P = 0,02 molemmat), mutta ei liittynyt korjauksen jälkeen useiden testaus (P = 0,12 ja P = 0,11, vastaavasti).

Mielenkiintoista, 4 geenit näissä 2 sub-reittejä myös nimellisesti liittyy eturauhassyövän riski:

TLR1

ja

TLR6

solunulkoisessa hahmontunnistuksen sub-polku (P = 0,002 ja P = 0,04, vastaavasti), ja

OAS1

ja

OAS2

solunsisäisessä viruslääkkeiden molekyylejä sub-polku (P = 0,015 ja P = 0,019, tässä järjestyksessä) . Lisäksi

IFNGR1

on sytokiinisignaloinnin sub-polku ja

COX-2

, joka on ainoa jäsen eikosanoidituotannon signaloinnin osa-reitin edustettuina meidän tietokokonaisuus, oli nimellinen P- arvot 0.006.and 0,044, vastaavasti (taulukko 2). Kuitenkaan mikään näistä järjestöistä ovat kestäviä korjausta useille testaus (P = 0,10 varten yhdessä

TLR1

).

tulokset yksittäisten SNP-analyysit tukevat Saatu tieto kanssa sub-reitin ja geenin sarjaa. Itse asiassa suurin osa SNP jonka nimellinen yhdistys P-arvo on alle 0,01, kuuluvat

TLR1

,

TLR6

,

OAS1

,

OAS2

tai

COX-2

(taulukko 3). Lisäksi monet muut SNP näiden geenien on p-arvo on välillä 0,01 ja 0,05 (taulukko S2). Mielenkiintoista, kaikki nämä SNP, tulokset osoittavat suojaava vaikutus vähäinen alleelin kanssa lisäaineen syrjäisimpien alueiden välillä 0,73 ja 0,77. Mutta jälleen kerran, korjattaessa useita testejä, nämä eivät enää olleet merkittäviä (p = 0,42 merkittävimmän yhdistys).

kerrostamiselintä etnisyyteen osoittaa, että suurin osa SNP liittyvän reitin, osa- polkuja, ja SNP koko otoksen havaitaan myös valkoihoisilla, mikä vastaa yli 80% näytteestä, mutta ei Afrikkalainen amerikkalaiset (taulukot 2, 3, ja taulukko S2).

keskustelu

tässä integroiva analyysi yhdistyksen edenneen eturauhassyövän riskiä kandidaattigeenit osallistuvat synnynnäisen immuniteetin ja tulehdus, olemme tutkineet 320 SNP ja niiden yhteisvaikutukset poikki geenejä ja sub-reittejä. Kokonaisuutena, yleinen luontaisen immuniteetin ja tulehdusta polku näyttää olevan mukana edennyt eturauhassyöpä, mutta yksittäiset elementit tämän yhdistyksen eivät ole selkeitä. Itse asiassa koko joukko 320 SNP liittyy merkittävästi edenneen eturauhassyövän riskiä. Kuitenkin mikään muu arvioidaan yhdistysten kanssa sub-polkuja, geenit, tai yksittäiset SNP olivat merkittäviä, korjattaessa useiden testaus tekemällä permutaatio perustuu arvioihin perhe-viisas virheprosentti.

Tästä huolimatta tulokset viittaavat siihen, että solunulkoinen hahmontunnistus, solunsisäinen viruslääkkeiden molekyylejä, ja eikosanoidin signalointi (eli

COX-2

) voisi olla komponentteja, joilla on tärkeä potentiaalinen rooli edenneen eturauhassyövän riskiä. Noiden sub-väyliä, 5 geenit (

TLR1

,

TLR6

,

OAS1

,

OAS2

, ja

COX-2

) on nimellisesti liittyy edenneen eturauhassyövän riskiä. Lisäksi nämä geenit satama useita SNP nimellisesti liittyy edennyt eturauhassyöpä riski.

TLR1

ja

TLR6

koodaavat jäseniä tiemaksun kaltaisen reseptoriperheen. Niiden tehtävänä on tunnistaa molekyylitasolla kuvioita liittyy tarttuvan taudinaiheuttajia. Molemmat ovat erittäin konservoitunut

Drosophila

ihmisille ja jakaa rakenteellisia ja toiminnallisia yhtäläisyyksiä. Lisäksi TLR1 ja TLR6 myös jakaa kyky muodostaa heterodimeerin kanssa TLR2 tunnistaa peptidoglykaani ja lipoproteiinien taudinaiheuttajien. TLR1 on erikoistunut tunnustamista gram-positiivisia bakteereita. Useissa tutkimuksissa on raportoitu eturauhassyövän yhdistysten jäsenten toll-like-reseptori perhe [6], [12], [16]. Erityisesti Sun et al. [12] havaittiin useita SNP vahva kytkentäepätasapainossa sijaitsevat

TLR1

,

TLR6-

, ja

TLR10

liittyy eturauhassyöpään. Meidän aineisto, havaitsimme saman yhdessä rs5743551on

TLR1

ja rs5743795 on

TLR6-

.

OAS1

ja

OAS2

koodaavat kaksi entsyymejä 2-5A-syntetaasin perheen mukana synnynnäistä immuunivastetta virusinfektioiden. Nämä molekyylit ovat indusoi interferoneja ja aktivoi RNaasi L (tuote

RNASEL

) joka hajottaa viruksen RNA ja estää replikaatiota. Äskettäin Molinaro et ai. [44] osoittivat, että RNA: n jakeet eturauhassyöpäsolulinjoissa pystyvät sitomaan ja aktivoida OAS molekyylejä, kun taas RNA-fraktiot normaalin eturauhasen epiteelisolujen ei. Myös virusinfektiot, sukupuolitaudeista [45], [46], [47], [48], [49], [50], ja infektioita

Propionibacterium acnes

, grampositiivisen bakteerin, [ ,,,0],51], [52] on ehdotettu laukaisee eturauhassyövässä. Nämä infektiiviset aineet voidaan tyhjentää jälkeen akuutti infektio. Kuitenkin, nämä aineet voivat mahdollisesti aiheuttaa karsinogeneesin aktivoitumisen kautta kroonisen tulehdusvasteen [53]. Vain yksi tutkimus yhdistyksen välillä eturauhassyövän ja

OAS1

tehtiin pienempi otoskoko ja 3 SNP eri valikoimastamme joissa yhdessä rs2660 todettiin [54].

COX-2

koodaa entsyymiä syklo-oksigenaasi-2 (COX-2). COX-2 muuntaa arakidonihappoa prostaglandiini H2, joka on esiaste muita kudosta tulehduksellisen molekyylejä (prostanoidien). COX-2: n havaittiin yliekspressoituvan eturauhassyöpäkudoksen verrattuna ympäröivään normaalin eturauhasen kudosta [55], [56], [57]. Yhdistys geneettisiä variantteja eturauhassyövän riski on myös esitetty aiemmissa tutkimuksissa, mukaan lukien samassa aineisto [27], [28], [29], [30], [58]. Kuitenkin raportoi yhdistyksen välillä kohonnut ilmentyminen COX-2 eturauhassyövässä kudoksissa ja korkea Gleason pisteet ja taudin uusiutumista sekavin tulokset [59], [60], [61].

tulokset ovat yhtäpitävä ilmoittamien Zheng et al. [62], joka tutki 9275 SNP 1086 tulehduksen geenien avulla 200 familiaalinen tapauksissa ja 200 valvontaa ruotsalaista alkuperää. He havaitsivat merkittävän rikastamisen määrä nimellinen yhdistysten havaittu, mikä viittaa rooli useiden geenien kanssa vähäinen vaikutus. Kuitenkin käyttämällä SKAT, meidän tutkimus on ensimmäinen analyysi SNP sarjaa yhteen kaikkialta geenejä ja Saharan etenemistapa luontaisen immuniteetin ja tulehduksen kautta.

Yhtään SNP tai geenejä mukana meidän tutkimuksessa ilmoitettiin tahansa genomin laajuinen yhdistys tutkimukset eturauhassyövän lueteltu Catalog genominlaajuisten Association tutkimuksissa [63].

kuitenkin, tutkimuksemme on useita rajoituksia. Ensinnäkin rajallinen otoskoko, ja siten rajallinen valta, voisi selittää miksi yhdessä koko joukko geenejä on merkittävä, kun taas yksikään yhdistysten kanssa sub-polkuja, geenit, tai SNP: t ovat merkittäviä korjaamisen jälkeen useita testejä. Tämän näytteen pienin (tai suurin suojaamiseen) kerroinsuhde havaittavissa tehon ollessa 80% vaihtelee välillä 1,5 (tai 0,67) ja 2,19 (tai 0,46), kun MAF vaihtelee 0,5 ja 0,05. Lisäksi rajoitetun näytteen koko ei salli arvioitaessa mahdollisia heterogeeninen vaikutuksia varianttien etnisen alkuperän tai muiden covariates. Toiseksi vaikka tiukempaa valikoima tapauksissa paremmin kuvata rooli luontaisen immuniteetin ja tulehdusta väylän edennyt eturauhassyöpä, se laskisi otoskoko -ja näin käynnistys- rajusti. Kolmanneksi, meidän valinta SNP ei voi sulkea pois sitä mahdollisuutta, että harvinaisen toiminnallisia variantteja näissä ehdokas geenien rooli edenneen eturauhassyövän riskiä. Kolmanneksi, vaikka SKAT menetelmä tarjoaa ihanteellisen kehyksen testata yhdessä sarjaa mahdollisesti korreloivat SNP, se ei mittaa kasvun riskejä variantteja joukko SNP.

Yhteenvetona tämä tutkimus pyrkii edelleen tutkimusta eturauhassyöpä genetiikan tutkimalla SNP ehdokas koulutusjakson useilla tasoilla tiedot: koko polku, sub-polkuja, geenit, ja SNP. Tuloksemme viittaavat siihen, että vaikka se ei voi olla keskeinen etiologiassa edenneen eturauhassyövän, luontaisen immuniteetin ja tulehdus polku voisi olla rooli eturauhassyövän erilaisten geneettisiä variantteja.

tukeminen Information

Taulukko S1.

kuvaus 320 yhden emäksen monimuotoisuus analysoitu. A1: Minor (harvinaisempi) alleeli; A2: Muu (usein) alleeli; A1A1: Harvinaisempia homotsygoottinen genotyyppi; A1A2: Heterotsygoottinen genotyypin; A2A2: Usein homotsygoottinen genotyyppi; MAF: Minor alleeli taajuus; P

Hardy-Weinberg: Hardy-Weinberg osuus sopivuusperustetta (chi-neliö-testi).

Doi: 10,1371 /journal.pone.0051680.s001

(XLSX) B Taulukko S2.

Association kaikkien SNP analysoitiin edenneen eturauhassyövän riskiä. Seuraavan 3 Excel levyt sisältävät analyysien tulokset koko otoksen (Overall) ja ositettu by etniseltä: Afrikkalainen amerikkalaiset ja valkoihoisilla. TAI: Odds Ratio; 95% CI: 95% luottamusväli; P-arvo: P-arvo Wald testi yhdistyksen heterozygoottiset tai harvinainen homotsygoottinen genotyypit verrattuna yhteiseen homozygoottisia genotyyppi tai P-arvo alleeliset suuntaus testi.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0051680.s002

(XLSX) B