Krooninen sairaus

tiivistelmä

SNP eturauhasen kantasoluantigeeni (

PSCA

) -geeni ovat todettu liittyvän mahalaukun syöpään (GC) riski genomin laajuinen yhdistys tutkimuksessa. Tämä yhdistys on toistettu useissa populaatioissa. Tässä tutkimuksessa arvioitiin vaikutuksia

PSCA

genotyypin riskin kehittyneen mahalaukun syövän esiasteita ja GC. Käytimme perustason mahalaukun histopatologian tietojen ja DNA jäädytetystä mahalaukun koepaloja 2045 aiheista ilmoittautunut kemopreventatiivisesti oikeudenkäyntiä mahalaukun syövän esiasteita Venezuelassa, ja 180 tapausta GC samalta alueelta. Analysoimme 3 SNP

PSCA

geeni (rs2294008, rs9297976 ja rs12155758) jotka on aiemmin havaittu olevan yhteydessä GC riskin eurooppalaisia. T-alleelin rs2294008 havaittiin liittyä suurempi esiintyvyys gastriitin (OR = 1,44; 95% CI 1,03-2,01 hallitseva malli) ja suoliston metaplasiaa (OR = 1,50; 95% CI 1,13-1,98 hallitseva malli). Olemme myös vahvistaneet yhdistyksen suurempi mahalaukun syövän riski (OR = 2,34; 95% CI 1,36-4,01 varten alleelin kantajia). SNP rs12155758 ei liittynyt maha- preneoplastinen vaurioita, mutta vahvisti sen yhdessä suurempi GC riski (OR 1,95; 95% CI 1,29-2,97 varten hallitseva malli). Testasimme merkitystä läsnäolon

Helicobacter pylori Caga

geeni, jonka tiedetään lisäävän riskiä ankarampaa mahavaurioita, mutta emme löytäneet hakkuun vuorovaikutusta

PSCA

SNP määrittelyssä maha- syövän esiasteita tai syöpä.

Citation: Rizzato C, Kato I, Plummer M, Muñoz N, Canzian F (2013) Genetic vaihtelu

PSCA

ja maha- Advanced esineoplastiset Vauriot ja Syöpä Suhde

Helicobacter pylori

Infection. PLoS ONE 8 (9): e73100. doi: 10,1371 /journal.pone.0073100

Editor: Ludmila Prokunina-Olsson, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Yhdysvallat

vastaanotettu: 28 helmikuu 2013; Hyväksytty: 18 heinäkuu 2013; Julkaistu: 04 syyskuu 2013

Copyright: © 2013 Rizzato et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat Euroopan yhteisö (CT90-0555 IK) ja US National Cancer Institute (CA 98309 IK) DOI: 10,1002 /ijc.28019. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

eturauhasen kantasoluantigeeni (

PSCA

) geeni sijaitsee kromosomissa 8q24.2 ja koodaa 123 aminohapon solun pinnan proteiini, jolla on 30%: n homologia kantasoluantigeenin tyypin 2 (SCA- 2), kehittymätön lymfosyyttisolupinnan markkeri [1].

PSCA

tiedetään ilmentyvän pääasiassa erottamaan solut sen sijaan, että kantasoluja [2], [3]. Jäsenet Thy-1 /Ly-6 perheen, johon PSCA kuuluu, osoittavat huomattavan toiminnallisen monimuotoisuuden vaihtelevat T-soluaktivaation apoptoosiin sääntelyn hermostossa [4].

PSCA ekspressoituu epiteelin useissa elimissä, kuten eturauhasen, virtsarakon, sappirakon ja vatsan. Sen ilme on erityinen joitakin populaatioiden solujen epiteeli näiden elinten: mahalaukun epiteelin, tärkein lauseke sivusto on kannaksella ja niskan alueella, jotka sisältävät erottaa soluja. Erityisesti ilmaisu PSCA on vaimentua mahalaukun kudoksen suoliston metaplasiaa [2].

Ensimmäinen genomin laajuinen yhdistys tutkimuksessa (GWAS) on mahasyövän (GC), suoritetaan Japanin väestö, tunnistettavissa assosiaatio SNP rs2294008 () on

PSCA

ja riski diffuusi tyyppi GC. Korvaaminen C-alleelin kanssa, riski alleeli T on rs2294008 ensimmäisessä eksonissa luo uusi translaation aloituskohta (Met sijasta Thr), mikä pidentää proteiinin 9 aminohappoa ja vaikuttaa transkriptionaalista aktiivisuutta geenin [2]. Yhdistyksen välinen rs2294008 ja GC riski on myös muissa Aasian ja Kaukasian väestön [5] – [9]. Yhdistys suoliston tyypin GC havaittiin myös niin valkoihoisilla ja aasialaiset, vaikkakin pienempiä kertoimet suhdeluvut kuin epämääräistä type [5], [6], [10], [11].

Kaksi muuta SNP oli aiemmin todettu liittyvän GC eurooppalaiset [6]. Nämä SNP: t ovat rs9297976, joka sijaitsee 9,6 kb ylävirtaan

PSCA

ja 0,8 kb ylävirtaan

jrk

; ja rs12155758, joka sijaitsee 1,7 kb myötävirtaan

PSCA

.

Täällä teimme tutkimuksen, jossa arvioidaan niiden vaikutusta 3

PSCA

SNP riskistä edenneen mahasyövän syövän esiasteita ja mahasyövän ensimmäistä kertaa Latinalaisen Amerikan (Venezuelan) väestöstä. Tämä väestö on suhteellisen korkea riski mahasyövän (esiintyvyys on 10,4 uutta tapausta per 100000 henkeä vuodessa, ja kuolleisuus on 8,9 kuolemaa kohti 100000 henkeä vuodessa (https://globocan.iarc.fr/), vuonna erityisesti valtioiden Tachira (jossa näytteet kerättiin) esittää mahasyöpä kuolleisuus 3-4 kertaa korkeampi kuin jäljellä maan [12]. Venezuelan väestö on myös erittäin korkeat infektion

Helicobacter pylori ( helikobakteeri) B, tunnetuin riskitekijä mahasyövän [13], [14].

Testasimme myös merkitystä läsnäolon

H. pylori Caga

geeni, joka aiemmassa tutkimuksessa [15] olemme osoittaneet voimakkaasti lisätä riskiä kehittyneempiä vaurioita.

Caga

geeni oleskelee Euroopan Sytotoksiini liittyvän geenin patogeenisyyssaarekkeen (cagPAI), paras tunnettu

H. pylori

virulenssi merkki; tämä alue muodostaa tyypin IV eritystä, joka translokoituu bakteeri tuotteita isäntäsoluun. Caga vastaa useimpien

H. pylori

liittyvät pahanlaatuiseen fenotyypit: se laukaisee interleukiini-8 eritystä, pohjustus tulehdusvastetta, edistää solujen lisääntymistä, sironta ja muuttoliike [16], [17]. Esiintyvyys

Caga

positiivisten kantojen Venezuelan väestö on arvioitu 59% ja 95% vuonna

H. pylori

positiivisia potilaita [18], [19].

Materiaalit ja menetelmät

Ethics lausunto

Kaikki osallistujat ehkäisyn tutkimuksessa allekirjoitti tietoisen kirjallisen suostumuksen, kun osallistujalle tapaukseen verrokkitutkimuksen suullinen suostumus saatiin mukaisesti normaalin menettelyn täytäntöön Cancer Control Center ja sairaalassa San Cristobal, jossa kerättiin tuolloin tutkimuksen tapahtui.

Molemmissa tutkimuksissa oli hyväksynyt eettinen tarkastelu hallituksissa International Agency for Research Cancer (IARC) eettinen komitea Lyonissa, Ranskassa, ja Cancer Control Center San Cristobal, Venezuela.

Tutkimus Väestö

satunnaistettu koe jonka pohjalta tämä tutkimus on kuvattu aiemmin [15]. Hyväksyttävät aiheita olivat osallistujia GC liittyen yhteensä Tachira State, Venezuela, välillä 35 ja 69-vuotiaita. Kaikki koehenkilöt kävivät gastroskopisten tutkimusta kokoelma mahalaukun koepaloja, verta, ja virtsanäytteitä, ja ne annettiin kyselyn sosiodemografisten ja elämäntapa muuttujia koulutettu haastattelija. Tutkimuksen aikana rekrytointi heinäkuusta 1991 helmikuuhun 1995 oli 4349 oikeutettuja henkilöä, joista 2272 oli kutsuttu osallistumaan oikeudenkäyntiin. Näistä 72 kieltäytyi osallistumasta. 155 koehenkilöä DNA koepaloja ei ollut enää saatavilla tai laatu oli riittämätön genotyypityksen, jättäen täten yhteensä 2045 aiheita, jotka olivat mukana tilastoanalyysit.

Mahasyöpää tapauksessa havaittiin yleisessä sairaalassa San Cristobal, pääkaupunki Tachira valtion välillä tammikuu 1991 ja tammikuussa 1997 osana tapaus verrokkitutkimus rinnakkainen intervention tutkimus [13], [20]. Ollakseen oikeutettuja pääsemään tutkimuksessa tapaukset piti olla asuville Tachira vähintään 5 vuotta, on yli 35 vuotta vanha, on histologisesti varmennettu mahasyövän ja hänellä ei ole aiempaa mahalaukun leikkausta. Non-kasvaimia vatsan suljettiin pois. Tapauksia luokiteltu Lauren luokitusta. Viisi 7 koepaloja kustakin aiheesta lähtötilanteessa käytettiin histopatologista arviointia. Nämä otettiin antrum (3 koepaloja), The incisura anguli (1 biopsia) ja corpus (1 biopsia). Koepalat kiinnitettiin formaliiniin ja värjättiin hematoksyliinillä-eosiinilla ja Giemsa. Yksi 3 patologit klo Cancer Control Center luokitellaan kukin 5 koepaloja osoituksena normaalista limakalvon pinnallinen gastriitti, krooninen gastriitti, krooninen atrofinen gastriitti, suoliston metaplasiaa tai dysplasia, kuten aiemmin on kuvattu [13], [20] Ohjaukset tapaus verrokkitutkimuksen eivät sisälly tässä analyysissä, sillä ne eivät antaneet mahalaukun koepaloja ja niin ei ole vertailukelpoisia tietoja

H. pylori

infektio.

SNP valinta ja genotyypin

Valitsimme kolme

PSCA

SNP jotka raportoitiin aiemmin liittyvän GC riskin eurooppalaiset [6]. Emme kirjoita SNP rs2976392, alunperin yhteydessä esiintyvistä mahalaukun syövän riski ensimmäisessä GWAS on mahasyövän [2], koska se on hyvin korkea tai täydellinen kytkentäepätasapainossa rs2294008 (0.97≤r

2≤1.0) 6 väestö peräisin Euroopasta, Pohjois- tai Etelä-Amerikassa analysoitu 1000 genomeja hanke (https://www.1000genomes.org) [21] ja siksi todennäköisesti Venezuelan väestön samoin.

Yhteensä DNA uutettiin mahalaukun biopsianäytteistä pilkkomisen jälkeen proteinaasi K: Lyhyesti, biopsiat inkuboitiin 250 ui liuosta, jossa oli 10 mM Tris – HCI: ää (pH 8,0), 5 mM EDTA, 0,1% natriumdodekyylisulfaattia ja 0,1 mg /ml proteinaasi K vähintään 2 tuntia 55 ° C: ssa. Proteinaasi K inaktivoitiin inkuboimalla 95 ° C: ssa 10 minuutin ajan.

Genotyping suoritettiin käyttäen alleelispesifinen PCR-pohjainen Kaspar SNP genotyypin järjestelmän (KBiosciences, Hoddesdon, UK). Lämpövuorottelu suoritettiin valmistajan ohjeiden mukaisesti. Detection suoritettiin käyttäen ABI PRISM 7900 HT järjestyksessä tunnistusjärjestelmä SDS 2.2 ohjelmisto (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA).

Läsnäolo

H. pylori Caga

geenin mahalaukun koepaloja aiemmin arvioitiin kääntää hybridisaatiolla käyttäen liuskahybridisaatiomääritys tai DNA entsyymi-immunomääritys Delftin Diagnostic Laboratory [22], [23]. Lisäksi olemme kirjoitettu kaksi SNP

Caga

geenin asemassa 154 (cagA154_GA) ja 858 (cagA858_CT), jonka alleeli-spesifinen PCR-pohjainen Kaspar SNP genotyypitys järjestelmään. Läsnäolo kaksi polymorfista sivustoja on arvioitu yhdistelmistä on pieni joukko saman väestöstä [24]. Lisäksi saadut tulokset tässä määrityksessä verrattiin sekvensointi tulokset 100% vastaavuutta. Näyte määriteltiin Caga positiivinen, kun se osoitti signaalin ainakin kaksi kolmesta PCR (eli käänteinen hybridisaatio /DNA entsyymi-immunomääritys ja kaksi SNP).

Tilastollinen analyysi

vastemuuttuja tässä tutkimuksessa oli maailmanlaajuinen histologista diagnoosia, joka oli jaettu 5 ryhmään: mahasyöpä; dysplasia; OLEN; atrofinen gastriitti; ja normaali epiteelin krooninen gastriitti. Viimeinen ryhmä toimi kontrolliryhmässä tähän tutkimukseen, koska yhdistetty taajuus normaalin epiteelin ja pinnallinen gastriitti tässä potilasryhmässä oli alle 5%. Multinominal logistinen regressioanalyysi, käyttäen SAS CATMOD menettely, arvioida kertoimet suhde (syrjäisimmillä alueilla) ja 95%: n luottamusvälit (CI), joka liittyy SNP atrofisen gastriitin, IM, dysplasia ja mahasyövän, kontrolleihin verrattuna. Kaikki syrjäisimmät alueet oikaistiin perus demografiset muuttujat (sukupuoli, ikä ja koulutustaso), sekä muut riskitekijät raportoitu aikaisemmin tässä potilasryhmässä (tupakointi, ja kesto jääkaapin käyttö) [25]. Tasa syrjäisimpien alueiden välillä kerrostumien (H: β1-β2 = 0) testattiin käyttämällä yhden vapausasteen Wald chi-neliö tilastollinen. Vuonna hallitseva malli, hetero- ja homotsygoottisia alaikäisen alleelin pidettiin yhtenä ryhmä pieniä alleelin kantajia. Jotta voidaan ottaa huomioon suuri määrä testejä käytimme Bonferronin korjauksen asettaa merkitys kynnys, jolloin lopulliseksi kynnyksen p 0,004 (jos jaamme 0,05 /12 (3 polymorfismien * 4 diagnostinen päätepisteet)).

tulokset

perusominaisuudet väestön mukana tässä tutkimuksessa on esitetty taulukossa 1. Genotyypin menestys 95%. Sokaisi kaksoisnäytteillä (16,7%) sisältyy laadunvalvonta osoitti 99% genotyypin aloista. Genotyyppi taajuudet kaikkien SNP tarkastukset olivat mukaisesti Hardy-Weinberg tasapaino (tuloksia ei ole esitetty).

arvioinut riskin mahalaukun syövän esiasteita ja mahasyövän, vertailuissa normaali ja ei- atrofinen gastriitti, mukaan genotyyppien

PSCA

SNP (taulukko 2).

rs2294008, havaitsimme lisääntynyt riski gastriitin (OR = 1,49; 95% CI 1,05 -2,11 heterotsygoottisessa kantajia ja OR = 1,44; 95% CI 1,03-2,01 vuonna hallitseva malli), ja IM (OR = 1,56; 95% CI 1,16-2,09 heterotsygoottisessa harjoittajat; OR = 1,40; 95% CI 1,02-1,93 vuonna homotsygoottinen kantajia ja OR = 1,50; 95% CI 1,13-1,98 hallitseva malli). Me vahvisti myös lisääntynyt riski yleistä mahasyövän sekä heterotsygoottinen ja homotsygoottisia kantajia T alleelin rs2294008 (vastaavasti OR = 2,16; 95% CI 1,23-3,82; OR = 2,60; 95% CI 1,44-4,68; p

trendi = 0,002) ja merkittävä yhdessä T-alleelin alla hallitseva malli (OR = 2,34; 95% CI 1,36-4,01).

rs12155758 emme noudata mitään tilastollisesti merkittävää yhteyttä mahalaukun esineoplastisilla vaurioita, kuitenkin heterotsygoottinen kantajia A-alleelin liittyi suurentunut GC (OR 2,13; 95% CI 1,38-3,28) ja alle hallitseva malli A-alleelin liittyi myös lisääntynyt GC riski (OR = 1,95; 95% CI 1,29-2,97 ).

rs9297976 ei havaittu tilastollisesti merkittävää yhteyttä esiuudiskasvuisen vaurio tai GC riski.

Yhdistykset GC Alaryhmät

Teimme alaryhmä analyysi aiheista merkittäviä assosiaatioita mahasyövän taulukossa 2, onko vahvuus yhdistyksen erosi histologinen tyyppi (103 tapausta suoliston alatyyppejä, 56 hajanainen ja 21 muita) ja anatominen osa-site (18 tapausta cardia ja 162 ei cardia tapausta) . Tulokset on esitetty taulukossa 3; rs9297976 on jätetty pois, koska se ei osoittanut yhdessä mahasyöpä. Yksikään havaittu eroja yhdistyksen välillä GC alaryhmien oli tilastollisesti merkitsevä (taulukko 3).

Yhdistykset tekijänä Caga Tila

toteutti myös alaryhmä analyysi merkitseviä GC ja syövän esiaste alla hallitseva malli, onko vahvuus yhdistyksen erosivat

Caga

tila (taulukko 4). Yhdistykset, jotka eivät olleet merkittäviä taulukossa 2 on jätetty pois. Olemme myös yhdistetty suoliston metaplasiaa ja dysplasia yhdeksi luokka johtuen pieni määrä dysplasioita että Caga negatiivinen ryhmä [15].

Rajatapaus merkittävä vuorovaikutus

H. pylori Caga

tila ja genotyyppien rs2294008 havaittiin yhdistetyn ryhmä kohteita IM tai dysplasia (p = P = 0,056), jossa yhdistys ilmestyi vahvempi

Caga

-positiivinen (OR = 1,80, 95% CI 1,29-2,42) kuin

Caga

-negatiivinen (OR = 1,03; 95% CI 0,63-1,68). Ei kuitenkaan ole tällaista vuorovaikutusta havaittiin GC, jossa syrjäisimpien alueiden esiintyi yhtä vahvana sekä alaryhmien (OR = 2,40 vs OR = 2,55, p = 0,99) (taulukko 4).

Keskustelu

raportoi tässä uudelleenarviointia 3 SNP

PSCA

todettu liittyvän mahalaukun syövän riskiä eurooppalaiset [5], [6] ja niiden mahdolliset osallistumista riskin precancerous ja pahanlaatuisten vaurioiden suhteen jossa infektio

Caga

positiivisten

H. pylori

.

Kolme edellinen GWAS löysi merkittävän yhdistys T alleelin rs2294008, toiminnallinen SNP

PSCA

geeni, jossa maha- ja virtsarakon syöpien [2] , [26], [27] ja C alleeli pohjukaissuolihaava [28]. Useita tapausverrokkitutkimukset vahvisti yhdistyksen tämän SNP GC Aasian ja Kaukasian väestölle. Meta-analyysit [10], [11], [29], [30] osoitti syrjäisimpien vaihtelivat 1,41-1,66 hallitseva mallia ja välillä 1,14-1,33 resessiiviselle mallia. Kaksi muuta

PSCA

SNP tutkimuksessamme aiemmin havaittu liittyvän GC riskin eurooppalaiset [6]. Vahvistamme yhdistyksen välinen T alleelin rs2294008 ja A-alleelin rs12155758 GC riski.

surkastuminen, suoliston metaplasiaa, dysplasia, ja syöpä kehittyy peräkkäin usean vuosikymmenen herkkien potilaiden kanssa pysyviä

H. pylori

-associated gastriitti [31]. Lochhead ja työtovereiden [5] totesi, että rs2294008 T-alleelia on myös atrofinen gastriitti. Tulokset oleva tutkimus osoittaa yhdistyksen välillä T alleelin rs2294008 aiheuttaen atrofinen gastriitti ja IM. Myös pidemmälle menevä yhdistyksen havaitaan myös dysplasian, vaikka se ei ole tilastollisesti merkitsevä, johtuen mahdollisesti pieni määrä näytteitä analysoidaan. Havaitsemme gradientilla riskin sopusoinnussa etenemistä lievempiä ankarammin esineoplastiset vaurioita ja syöpää. Nämä tulokset on tulkittava varoen johtuen pienestä koosta yksittäisten ryhmien aiheista erityisiä esineoplastisilla vaurioita. Lisää tutkimuksia, joissa suurempi otoskoko tarvitaan tehdä lopullisia päätelmiä tästä kysymyksestä.

In vitro

toimittaja analyysit osoittivat, että T-alleelin rs2294008 vähensi transkriptionaalista aktiivisuutta

PSCA

promoottorin sekä mahan ja virtsarakon solulinjat [2], [27]. Lisäksi tuoreessa toiminnallinen tutkimus osoitti, että geneettinen vaihtelu

PSCA

voisi muuttaa solunosasijaintia ja proteiinin stabiilisuutta [28]. Nämä havainnot johtivat olettamukseen, että alttius pohjukaissuolihaavan ja mahalaukun syövän vaikuttaa geneettinen vaihtelu

PSCA

kautta kasvua edistävää vaikutusta T-alleelin ja vaikutusta T-solujen aktivoitumisen C-alleelin [ ,,,0],28].

Suoliston ja hajanainen tyyppi mahalaukun adenokarsinooman ovat erilaisia ​​niiden epidemiologinen piirteitä, etiologiaa ja ennusteen [32] – [36]. Johdonmukaisesti tutkimusten kanssa eurooppalaiset ja meta-analyysien tutkimusten aasialaisilla [5], [11], [29], [30], vietämme yhdistyksen tämän SNP kaikkien histologisia tyyppejä GC, ilman tilastollisesti merkittävää näyttöä ero riskin välillä GC alatyyppien mukaan histologian tai sijainnin. On huomattava kuitenkin, että näyte koko alaryhmien tässä tutkimuksessa on varsin pieni.

välinen yhteys rs2294008 ja

H. pylori

infektio on tutkittu 3 tutkimuksissa, mutta yksikään niistä ei ole löydetty tilastollisesti merkitsevä assosiaatio, lukuun ottamatta heikko vuorovaikutus SNP ja infektio löytyy Euroopan väestöstä [5], [6], [37] . Olemme tutkineet vuorovaikutusta

PSCA

polymorfismien ja läsnäolon tai puuttumisen

CagA

kantojen pikemminkin kuin

H. pylori

infektio, koska aiemmassa tutkimuksessa [15] samalla väestön havaitsimme vahva korrelaatio

Caga

läsnäolo ja riski kehittyneiden syöpää edeltävät vauriot. Emme havainneet mitään vakuuttavaa vuorovaikutusta

PSCA

SNP ja

Caga

tilan riskin esineoplastiset mahavaurioita tai GC. Heikosti merkittävä vuorovaikutus rs12155758 ja

Caga

asema suhteessa riski IM /dysplasia on vaikea tulkita, koska rs12155758 ei nyt osoittanut yhteyttä, jossa riski IM /dysplasia omasta. Nämä havainnot viittaavat siihen, että PSCA voi olla mukana mahasyövän molemmista Caga riippuvia ja riippumattaman polkuja.

Ymmärrämme, että tutkimuksemme on joitakin rajoituksia. Ensinnäkin, vaikka yleinen tutkimus on melko suuri, otoskoko erityisiä alaryhmiä on melko pieni. Lisäksi päätellä syy-yhteys havaitun yhdistysten poikkileikkaus tutkimus voi olla vaikeaa, koska ajallinen suhteita vastuut ja tulokset eivät ole selviä. Silti poikkileikkauksen analyysi on etu kertyvät histologisia muutoksia kehittää usean vuosikymmenen kuten

H. pylori

on yleensä hankittu lapsuudessa riskiryhmien [38]. Kolmanneksi, meillä ei ole tietoa koskien etnistä koehenkilöistä. Eroja on alleelinen jakaumat näiden SNP eri väestöissä (ks täydentävä taulukko S1), mutta taajuudet havaitsimme ovat samankaltaiset kuin muissa Latinalaisen Amerikan populaatioiden joista tietoa on saatavissa (täydentävä taulukko S1). Vaikka emme voi muodollisesti osoittaa, että nämä kolme vaihtoehtoa riittävästi kata niitä merkittiin Euroopan väestöstä tutkittiin Sala

et al

. [6], Venezuelan väestö olemme tutkineet on vahva osa Euroopan syntyperä, joten kytkentäepätasapaino- malli tulisi luultavasti olla kovin erilainen. Lopuksi, meidän tutkimus rajoittui Venezuelan väestö ja tuloksia ei välttämättä voida ekstrapoloida toinen väestö.

Yhteenvetona olemme osoittaneet, että toiminnallinen SNP

PSCA

geeni liittyy riski kehittynyt precancerous mahavaurioita ja GC ja riskin arviointia ei näytä muutettava läsnäolo tai puuttuminen

H.pylori

kantavien kantojen koodaava geeni bakteeri Sytotoksiini Caga.

tukeminen Information

Taulukko S1.

alleeli genotyyppi taajuudet tutkittu Venezuelan väestö ja väestöä 1000 Genomes Project.

doi: 10,1371 /journal.pone.0073100.s001

(DOCX) B

Kiitokset

Olemme kiitollisia Leen Jan van Doorn (DDL Diagnostic Laboratory, Voorburg, Hollanti) alkuperäisen luonnehdinta CagA positiivisen Venezuelan näytteitä, ja Silvia Franceschi (International Agency for Research Cancer, Lyon, Ranska) kriittisesti käsikirjoitusta lukiessaan.