Krooninen sairaus

tiivistelmä

Tässä tutkimuksessa, teimme meta-analyysi suurikapasiteettisten geeniekspressiota Tunnista TNF

–

α välittämää geenit keuhkosyövässä. Ensin tutkittiin geeniekspressioprofiilien kahden itsenäisen TNF-α /TNFR KO hiiren mallia. EGF-reseptorin signalointireitin oli alkuun reitin liittyy geenien välittämiä TNF-α. Sen jälkeen, kun vastaavat TNF-α-välitteisen hiiren geenit niiden ihmisen ortologeja, vertasimme ekspressiokuvioita TNF-α-välitteisen geenien normaalissa ja kasvaimen keuhkojen kudosten ihmiseen. Perustuen TNF-α-välitteisen geenejä, jotka väärin säädellystä keuhkojen kasvaimet, kehitimme ennustetyövälineenä geeni allekirjoitus, joka tehokkaasti ennustettu toistuminen elinaika keuhkosyövän kahdessa validointi ikäryhmät. Resampling testit ehdotti, että ennustetekijöiden voima geenin allekirjoitus ei ole sattumaa, ja monimuuttujamenetelmin ehdotti, että tämä geeni allekirjoitus oli riippumaton perinteisten kliinisten tekijöiden ja tehostetun tunnistamisen keuhkosyöpäpotilaita on suurempi riski toistumisen.

Citation: Wang B, Song N, Yu T, Zhou L, Zhang H, Duan L, et al. (2014) Expression of Tuumorinekroositekijä-alfa-välitteistä Geenit ennustaa uusiutuminen vapaa elinaika in Lung Cancer. PLoS ONE 9 (12): e115945. doi: 10,1371 /journal.pone.0115945

Editor: Renato Franco, Istituto dei Tumori Fondazione Pascale, Italia

vastaanotettu: 24 heinäkuu 2014; Hyväksytty: 26 marraskuu 2014; Julkaistu: 30 joulukuu 2014

Copyright: © 2014 Wang et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Data Saatavuus: Tällä kirjoittajat vahvistavat, että kaikki tiedot taustalla olevat havainnot ovat täysin saatavilla rajoituksetta. Kaikki asiaankuuluvat tiedot ovat paperi- ja sen tukeminen Information tiedostoja.

Rahoitus: Tätä työtä tukivat hanketta 61271054 National Natural Science Foundation of China ja tukivat myös hanke KYZ201320 että perustutkimus rahastoja Central yliopistot. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Tong Yu ja Miao Zhu, kaksi laatijoiden käsikirjoituksen, tällä hetkellä sidoksissa Nanjing Decode Genomics Biotechnology Corporation. Tämä ei muuta tekijöiden sitoutumista kaikkiin PLoS One politiikkaa jakaa tietoja ja materiaaleja.

Johdanto

Tuumorinekroositekijä-alfa (TNF-α) on pleiotrooppinen tulehduksellinen sytokiini osallistuu systeeminen tulehdus, joka stimuloi akuutin vaiheen reaktio. Tämä sytokiini vaikuttaa eniten ihmisen elinten ja on mukana erilaisissa biologisissa prosesseissa, kuten solujen lisääntymisen, erilaistumisen, apoptoosin, rasva-aineenvaihduntaan, ja hyytyminen [1], [2], [3]. TNF-α toimii myös välittäjänä eri sairaudet, kuten septinen sokki, siirrehyljintä, multippeliskleroosi, diabetes, nivelreuma, trauma, malaria, aivokalvontulehdus, ja aikuisen hengitysvaikeusoireyhtymä [4].

rooli TNF-α ihmisen syövissä on monimutkaisempi [5], [6]. TNF-α on kaksoisrooli tuumorin induktion ja etenemisen [7]. TNF-α voi helpottaa luominen ja ylläpito kasvaimen vastaisten immuunivasteiden aktivoitumisen kautta luonnollisten tappajasolujen ja CD8 T-solujen [7], [8]. TNF-α estää myös kasvaimen aiheuttama vaskularisaatio vaurioittamalla kasvaimeen liittyvän verisuoniston [9]. Lisäksi TNF-α voi suoraan vaikuttaa kasvainsoluja lisäämällä lysosomaalisten entsyymien ja houkutella sytokromin c vapautumista mitokondrioita ja apoptoosin [10].

Vaikka TNF-α on antituumorivaikutus, on yhä enemmän näyttöä, että viittaa siihen, että endogeeninen TNF-α toimii kasvaimen promoottori. TNF-α on tunnettu osaltaan krooniseen tulehdukseen ja edistää kasvaimen muodostumisen, kasvun ja etäpesäkkeiden [7], [11]. On myös havaittu, että TNF-α knockout (KO) hiiret olivat vastustuskykyisempiä kemiallista karsinogeneesi ihon kasvaimia [12], [13]. Lisäksi hiiret, joilta puuttuu TNF-reseptori 1 (TNFR-1) ja TNF-reseptori tyyppi 2 (TNFR-2) olivat resistenttejä kehittämiseen ihokasvaimia [14], ja pudotus TNF-α munasarjasyövän solulinjoissa johti vähentynyt kasvua ja verisuonten tiheys [15]. Viime aikoina, Pitroda et ai. tutki rooli TNF-α-välitteisen strooman tulehduksen kasvaimen kasvua. He havaitsivat, että häiriöt strooman TNF-α signalointi merkittävästi heikentynyt kasvainten kasvua in TNF-α-reseptori (TNFR) KO-hiirissä verrattuna villityypin (WT) hiirissä [16]. Tämän perusteella kokeellisessa mallissa TNF-α-tulehduksen ja korkean suoritustehon geeniekspressiota tietoja, ne myös kehittänyt ennusteen geenin allekirjoitus, joka ennusti eloonjäämiseen ihmisen syövissä [16].

Keuhkosyöpä on yleisin diagnosoitu syöpä ja on johtava syy syövän kuoleman miehillä, jotka käsittävät 17% kaikista uusista syöpätapauksista ja 23% koko syöpäkuolemista [17]. Tässä tutkimuksessa teimme meta-analyysi suurikapasiteettisten ilmaisun microarray data tunnistamiseksi TNF

–

α liittyvien geenien, jotka osallisina keuhkosyöpä. Ensin tunnistaneet geenejä mahdollisesti säätelee TNF-α ja TNF-reseptorit. Käyttämällä kaksi riippumatonta microarray aineistoja, me tunnettu yhteinen geenit väärin säädellystä TNF-α KO ja TNFR KO hiirillä. Olemme pitää nämä geenit kuten TNF-α-liittyviä geenejä. Toiseksi, olemme kehittäneet ennusteen geenin allekirjoituksen johdettu TNF-α liittyvien geenien, ja sovitettu TNF-α liittyvien geenien hiiren niiden ihmisten ortologeille. Sitten verrataan ekspressiota ihmisen TNF-α liittyvien geenien normaaleissa ja tuumorikudoksissa kahden keuhkosyövän ryhminä. Seitsemäntoista TNF-α liittyvien geenien havaittiin olevan yleisesti ilmentyvät differentiaalisesti kahden ryhmän välillä; Siksi nämä geenit koostuu usean molekyyli- syövän tulos ennustaja. Tämä molekyyli allekirjoitus tehokkaasti ennusti uusiutumista elinaika keuhkosyöpä ja oli riippumaton standardin kliiniset ja patologiset ennustetekijät.

Tulokset ja keskustelu

TNF-α liittyvien geenien

ensin tutkittiin geenejä mahdollisesti säätelee TNF-α ja sen reseptoreihin. TNF-α sitoutuu kaksi reseptoreihin, TNFR1 ja TNFR2. TNFR1 ilmentyy useimmissa kudoksissa, kun taas TNFR2 löytyy vain solujen immuunijärjestelmän. Kaksi itsenäistä microarray aineistot, jotka sisältävät geenin ilmentymistä tietoa sekä WT: n ja TNF-α /TNFR KO-hiiret kerättiin Gene Expression Omnibus (GEO) tietokantaan [18]. Vertasimme geeniekspressiomalleja mahalaukun kasvainten WT ja TNF-α KO hiiret (GEO liittymistä ID: GSE43145) ja ihosyövän WT ja TNFR KO hiiret (GEO liittymistä ID: GSE33253) [16]. Tällä 5% vääriä löytö määrä (FDR), 390 geenit olivat yleisesti säädelty verrattuna WT hiiret molemmissa aineistot (S1 taulukko). Sen sijaan 305-geenien havaittiin olevan yleisesti alaspäin säännellyn verrattuna WT-hiirissä (S1 taulukko). Me katsotaan näitä säädeltyyn geenien TNF-α-välitteisen geenejä. Pathway analysoinnin PANTHER tietokantaa [19] osoitti, että ylin polku liittyy näihin väärin säädellystä geenit oli ”EGF-reseptorin signalointireitin” (

P

= 0,029 Fisherin tarkka testi) (S2 taulukko), mikä viittaa siihen, vahva suhde TNF-α ja epidermaalisen kasvutekijän reseptori (EGFR). EGFR on jäsen erbB-perheen reseptorien. Muutos EGFR voi aiheuttaa syöpää [20], mukaan lukien keuhkosyöpä, peräaukon syöpä, ja glioblastoma multiforme. TNF-α on keskeinen säätelijä useiden tulehduksellisten signalointireittien, ja yksi tärkeä tavoite TNF-α voi olla signalointireitin alavirran EGFR [21]. Itse asiassa, TNF-α: n on osoitettu indusoivan EGFR transaktivaatiota eri soluissa [22], [23], [24].

Sen määrittämiseksi, TNF-α-välitteisen geenejä, jotka ovat peräisin hiiristä asiaan ihmisen syöpiin, me sovitettu TNF-α-välitteisen hiiren geenejä 651 erillistä ihmisen ortologeja. Seuraavaksi analysoimme ekspressiokuvioita näiden TNF-α-välitteistä ihmisen geenien keuhkosyöpä. Selvitimme ero geenien ilmentymisen välillä normaalin ja kasvaimen kudosten kaksi riippumatonta keuhkosyöpä kohortteja Espanjasta (ES [GEO liittymistä ID: GSE18842]) [25] ja Taiwan (TW [GEO liittymistä ID: GSE19804]) [26]. Parillisten t-testiä käytetään tunnistamaan differentiaalisesti ilmentyvien geenien normaalin ja kasvaimen kudokset (Fig. 1). Kaikkiaan 232 TNF-α-välitteisen geenejä tunnistettiin tavanomaisesti ilmentyvät eri normaalin ja kasvaimen kudokset (oikaistu

P

0,05 ja taita muutos 1,25) sekä ikäluokat (S3 taulukko). Sata ja kaksikymmentä yhdeksän TNF-α-välitteisen geenejä säädellään ylöspäin tuumorikudoksissa, kun taas 103 TNF-α-välitteinen geenien alassäädetty (S3 taulukko). Tutkia missä toimintakategorioihin näiden geenien pudota teimme geeni ontologian analyysi käyttäen GO tietokantaa [27]. Olemme havainneet, että nämä geenit olivat merkittävästi rikastettiin GO biologisen prosessin kannalta, kuten ”makromolekyyli catabolic prosessi”, ”tRNA aminoasyloinnille”, ja ”ubikitiinistä riippuvainen proteiini catabolic prosessin” (S4 taulukko).

Pariksi normaalia ja tuumorikudoksista keuhkosyöpään potilaista ES ja TW kohortteja sisältyivät vertailussa. Y-akseli: log2 transformoitujen ilme arvoja.

A17-geenin allekirjoitus ennustaa toistumisen elinaika keuhkosyövän

arveltu, että 232 ilmentyvät eri TNF-α-välitteisen geenit saattavat ennustaa tuumorivasteesta keuhkosyövässä. Univariate Coxin suhteellista riskiregressioanalyysiä uusiutumista vastaan ​​elinaika tehtiin yli 232-geeni asetettu koulutus kohortti Koreasta (KR [GEO liittymistä ID: GSE8894]) [28]. Vain geenit itseisarvojen Wald tilastollinen (suhde regressiokerroin sen keskivirhe) suurempi kuin kaksi oli säilytetty. Kaikkiaan tunnistimme 17 TNF-α-välitteistä liittyviä geenejä keuhkosyöpä uusiutumista elinaika koulutuksessa kohortissa. Olemme nimenneet 17 TNF-α-välitteisen geenejä kuin 17-geeni allekirjoitus (Fig. 1 ja taulukko 1).

sovelsi pisteytystä osoittaa kullekin potilaalle toistumisen pisteet, joka oli lineaarinen yhdistelmä ilmentymisen 17-geenin allekirjoituksen painotettu kertoimilla saatu koulutus kohortin (katso menetelmät tiedot) [16], [29], [30], [31]. Paino Kunkin geeni on esitetty taulukossa 1. 17-geeni positiivisten potilaiden määriteltiin ne, joiden toistotiheys pistemäärä yli ryhmän mediaani. Kuten odotettua, oli merkittävästi vähentynyt uusiutumista elinaika varten 17-geeni-positiivisilla potilailla koulutuksessa kohortin (Fig. 2). 17-geeni positiivinen potilailla oli merkitsevästi lisääntynyt riski toistumisen 2,95-kertaiseksi KR kohortin (taulukko 2).

toistuminen pisteet 17-geenin allekirjoitus ennustaa huono kliinistä tulosta keuhkosyöpä. Mustat käyrät ovat 17-geeni-signature-positiivisilla potilailla, kun taas harmaat käyrät ovat 17-geeni allekirjoituksen negatiivisilla potilailla. 17-geeni allekirjoituksen positiivisten potilaiden määriteltiin ne, joiden toistotiheys pistemäärä yli ryhmän mediaani pisteet.

P

-arvot laskettiin käyttäen log-rank testit erot selviytymistä. Vasemmassa paneelissa näkyy koulutus kohortti (KR), kun taas keskimmäinen ja oikea paneeli näyttää validointi kohortteja (JP ja SE).

vieressä tutkineet ennustetekijöiden valtaa toistumisen pisteet että määritettiin käyttämällä 17-geenin allekirjoituksen itsenäisessä validointi ikäryhmät. Kaksi validointi kohortteja Japanista (JP [GEO liittymistä ID: GSE31210]) [32] ja Ruotsissa (SE [GEO liittymistä ID: GSE37745]) [33] kerättiin. Kaplan-Meier selviytymisen analyysi osoitti merkittävästi vähentynyt uusiutumista elinaika varten 17-geeni-positiivisten potilaiden validointi ikäluokat (

P

= 5,4 × 10

-5 varten JP kohortin ja

P

= 0,011 varten SE kohortin log-rank-testi) (Fig. 2). Univariate Coxin suhteellista riskiregressioanalyysiä osoitti, että 17-geeni-positiiviset potilaat oli merkitsevästi lisääntynyt riski toistumisen 2,67-kertaiseksi JP kohortin ja 2,08-kertaiseksi SE kohortin (taulukko 2). Nämä havainnot osoittivat, että 17-geeni allekirjoitus ennustaa toistumisen elinaika keuhkosyövässä.

Tutkimme myös ennustetekijöiden teho kunkin geenin sisällä 17-geeni allekirjoitus JP kohortin, mikä on suurin kohortti tässä tutkimuksessa. Potilaat ositettu kahteen ryhmään sen mukaan, ekspressiotason jokaisen geenin, käyttäen mediaani kuin sulku. Havaitsimme kolme geeniä,

HNRNPAB

,

PPIL1

, ja

SRPK1

, jota voidaan käyttää ennustamaan uusiutumista ilman taudin yksilöllisesti (oikaistu

P

0,05 log-rank-testi) (S1 Kuva.).

Oikeastaan ​​joukossa 17-geeniperimä,

ABCE1

,

CKS1B

,

HNRNPAB

,

PCDH7

,

PPIL1

, ja

SRPK1

on jo raportoitu olevan tärkeä rooli syövän synnyssä. Esimerkiksi hiljentäminen

ABCE1

by Sirna voi estää leviämisen ja invasiivisuus pienisoluisen keuhkosyövän solulinjat [34].

CKS1B

-depleted rintasyövän soluja ei ainoastaan ​​tule olla hidastunut G (1) eteneminen, mutta ne solut myös kerääntyä G (2) -M takia tukossa mitoottisiin entry [35].

HNRNPAB

havaittiin olevan yli-ilmentynyt erittäin metastaattisten solujen ja kasvaimen kudoksissa potilailla, joilla on maksasyövän uusiutui [36].

PCDH7

oli säädellään ylöspäin luun metastasoitunut rintasyöpä kudoksiin, ja tukahduttaminen

PCDH7

esti rintasyöpä solujen lisääntymisen, migraation ja invaasion in vitro [37].

PPIL1

havaittiin olevan usein yli-ilmentynyt paksusuolen syöpäsoluissa verrattuna noncancerous epiteelisolujen paksusuolen limakalvon [38]. Enemmän kiinnostavaa, poikkeava

SRPK1

ilmaisua kumpaankaan suuntaan voisi edistää syövän häiritsemällä PHLPP välittämää defosforylointia Akt [39]. Tässä tutkimuksessa olemme osoittaneet, että vaikka ennustetekijöiden voima 17-geeni allekirjoitus on ylivoimainen, yksittäiset geenit, kuten

HNRNPAB

,

PPIL1

, ja

SRPK1,

voidaan käyttää yksittäisiä biomarkkereita ennustaa toistumisen elinaikaa.

resampling testi 17-geeni allekirjoitus

Suoritimme resampling testi määrittää, onko ennusteita 17- geeni allekirjoitus oli merkittävästi parempi kuin satunnainen geenin sarjaa. Olemme rakennettu 1000 satunnainen geeni allekirjoitukset, joista jokainen sisältää 17 geeniä, jotka valittiin satunnaisesti ihmisen genomista. Uusiutuminen pistemäärät lasketaan satunnaistettua geeni allekirjoitukset, ja yhden muuttujan Coxin suhteellista riskiregressioanalyysiä selviytymisen suoritettiin kullekin resampled geeniä allekirjoitus. Järjestö väliin satunnaisen geeni allekirjoitus ja uusiutumista elinaika mitattiin käyttäen Wald tilastoa. Meidän Vaihtoehtoinen hypoteesi oli, että Wald tilastollinen arvo meidän 17-geenin allekirjoituksen pitäisi olla suurempi kuin satunnaistettiin geeni allekirjoitukset jos 17-geeni allekirjoitus oli enemmän ennakoivaa kuin satunnaistetun allekirjoitusta. Kuva. 3 osoittaa, että Wald tilastollinen 17-geeni allekirjoitus oli huomattavasti suurempi kuin satunnaistettiin geenin allekirjoitukset (

P

= 0,045 varten JP kohortin ja

P

= 0,009 varten SE kohortin ), mikä viittaa siihen, että yhdistys välillä 17-geenin allekirjoitus ja uusiutumista elinaika ei ole sattumaa.

musta rhombuses osoittavat Wald tilastot 17-geenin allekirjoitus. Harmaa histogrammit esittävät jakautuminen Wald tilastojen 1000 resampled geeni allekirjoitukset samankokoiset alla nollahypoteesi mitään assosiaation 17-geenin allekirjoitus ja uusiutumista elinaika.

aiemmin julkaistu tutkimus Venet et al. verrattuna 47 ennustetekijöiden rintasyöpä allekirjoituksia allekirjoitukset satunnainen geeni [40]. Havaittiin, että -60%: n allekirjoitukset eivät olleet merkittävästi parempaan tulokseen ennustajia kuin satunnaistettu allekirjoitusta samankokoiset, ja ~23% oli pahin ennustajia kuin mediaani satunnainen allekirjoitus [40]. Siksi ei ole mahdollista päätellä, että tietty mekanismi liittyy ihmisen syövän toteamisesta geeni allekirjoituksen tämä mekanismi ennustaa syövän tulos, koska useimmat satunnaistetussa allekirjoitukset tehdä [40]; kuitenkin, tässä me osoittavat, että meidän 17-geeni allekirjoitus voittaa tämän ongelman.

Monimuuttuja-analyysi

tutkineet suorituskykyä 17-geenin allekirjoitus verrattuna kliiniset tekijät liittyvät keuhkosyöpä lopputulokseen . Sillä JP kohortin me pidetään tekijät, kuten potilaan ikä, sukupuoli, tupakointi historia, vaihe,

EGFR Twitter /

KRAS Twitter /

ALK

geenin muutos asema, ja Myc-proteiinin taso . Vuonna JP kohortin vaiheessa ja

EGFR Twitter /

KRAS Twitter /

ALK

geenin muutos tila voi erikseen ennustaa uusiutumista vapaan elinajan (S2 Kuva.). Jotta SE kohortin otimme ikä, sukupuoli, ja vaiheessa huomioon. Kuitenkaan mikään näistä tekijä SE kohortin voi yksilöllisesti ennustaa uusiutumista elinaikaa. Monimuuttujafunktiokehitettiin Coxin suhteellista riskiregressioanalyysiä selviytymisen osoitti, että 17-geeni allekirjoituksen säilyi merkittävä kovariaatti suhteessa kliiniset tekijät kussakin validointi kohortin (

P

= 3,4 × 10

-3 varten JP kohortti ja

P

= 2,5 × 10

-2 SE kohortin) (taulukko 3). Vuonna JP kohortin potilaan ikä, vaihe, ja

EGFR Twitter /

KRAS Twitter /

ALK

muutos tila olivat myös merkittäviä muuttujia. Kuitenkin SE kohortin 17-geeni allekirjoituksen tila oli ainoa merkittävä covariant monimuuttujakalibrointiin malli (taulukko 3). Nämä tulokset viittaavat vahvasti siihen, että 17-geeni allekirjoitus on pitkälti riippumaton perinteisten kliinisten tekijöiden ja parantaa tunnistamisen keuhkosyöpäpotilaiden on suurempi riski toistumisen.

17-geeni allekirjoitusta oli peräisin ”hypoteesi-driven” menetelmä sijaan koko genomin seulontaan. Perinteisesti, prognostisia teho yksittäisten geenien ihmisen genomin testattiin yksi kerrallaan. Geenit paras tilastollista merkitystä olisi säilytettävä ja käyttää syövän biomarkkereita. Kuitenkin tilastollisesti johdettu geeni allekirjoitukset koko genomin seulonta ovat usein erittäin tarkkoja löytö ikäluokat, josta ne tunnistettiin, mutta useimmat heistä eivät ole todennettu hyödyllisiä kliinisiä työkaluja [41], [42]. Tässä tutkimuksessa olemme ensimmäinen hypoteesi, että TNF-α on osallisena keuhkosyöpä. Sitten ennalta tunnistaneet geenejä, jotka potentiaalisesti välittävät TNF-α /TNFR käyttäen TNF-α /TNFR KO hiirillä. Monimuuttuja-analyysi osoittaa, että tämä ”alhaalta ylöspäin” -menetelmä tuottaa geeni asetettu lupaavia ennusteita, mikä lisää ennustetekijöiden lisäarvoa kliiniset ja patologiset löydökset keuhkosyöpään.

Johtopäätökset

Tutkimme geeni ilmentymisen profiilit kaksi itsenäistä TNF-α /TNFR KO hiiren mallia. EGFR-signalointireitin havaittiin olevan alkuun polku liittyvät geenit välittyvät TNF-α. Perustuen TNF-α-välitteinen geenien löytyy hiiren malleissa, kehitimme ennustetyövälineenä geeni allekirjoitus, joka tehokkaasti ennustettu toistuminen elinaika keuhkosyövän kahdessa validointi ikäryhmät. Kun työskentelee yhteistoiminnallisesti tunnettujen perinteisten kliinisten tekijöiden, 17-geeni allekirjoitus voidaan parantaa ennusteen tarkkuutta tunnistamiseksi potilailla suurempi riski toistumisen.

Methods

Microarray tietojenkäsittely

Kaikki microarray data analysoitiin tässä tutkimuksessa saatiin GEO tietokannasta [18]. GC vankka multichip keskiarvo (GCRMA) algoritmia [43] käytettiin yhteenveto ilmentymisen taso kunkin koettimen asetettu microarray tietoja. Merkityksen analysointi microarray (SAM) algoritmia [44], käytettiin tunnistamaan differentiaalisesti ilmentyvien geenien välillä WT: n ja TNF-α /TNFR KO-hiirissä. Parillisten t-testiä käytettiin havaitsemaan differentiaalisesti ilmentyvien geenien normaalin ja kasvaimen ihmisen keuhkojen kudoksiin.

P

-arvot oikaistiin käyttäen Benjamini-Hochberg menettely.

Risk pisteytysjärjestelmä

koulutus kohortti (KR), yhden muuttujan Coxin suhteellista riskiregressioanalyysiä käytettiin arvioimaan yhdistyksen välinen toistumisen ilman taudin ja geenin ilmentymisen. Toistuminen pisteet laskettiin sitten kullekin potilaalle käyttäen lineaarista yhdistelmää geenin ilmentymisen, joka oli painotettu Wald tilastollinen (suhde regressiokerroin sen keskivirhe), kuten alla [16], [29], [30], [31]:

Täällä

S

on toistuminen pisteet potilaan;

n

on joukko geenejä;

Z

i

merkitsee Wald tilastotieto geenin

i

(lueteltu taulukossa 1);

e

i

tarkoittaa ilmentymistason geenin

i

; ja

μ

i

ja

τ

i

ovat keskiarvo ja keskihajonta geeniekspression arvot geenin

i

kaikissa näytteissä. Potilaat olivat sitten jaettu myönteisiä ja kielteisiä ryhmiä, joissa mediaani toistumisen pisteet cutoff. Korkeampi toistumisen pisteet hiljaista huono tulos. Pisteytysjärjestelmän ja siihen liittyvä skaalaus kertoimet kiinteä koulutusvaatimusten perusteella ikäluokkien ja sitten arvioitiin validointi ikäluokat [16], [29], [30], [31].

Statistical työkalu

Kaikki tilastolliset analyysit toteutettiin R alustalla. ”Eloonjääminen” kirjastoa käytettiin tehdä selviytymisen analyysin. Tilastollinen merkitsevyys kahden Kaplan-Meier -käyrät määritettiin log-rank-testi käyttäen ”survdiff” -toiminto. Sekä yhden ja usean Coxin suhteellista riskiregressioanalyysiä toteutti ”coxph” -toiminnon.

tukeminen Information

S1 Kuva.

ilmaus

HNRNPAB

,

PPIL1

, ja

SRPK1

ennustaa toistumisen elinaikaa erikseen. Potilaat JP kohortin stratifioitiin kahteen ryhmään sen mukaan, ekspressiotason jokaisen geenin, käyttäen mediaani kuin sulku. Mustat käyrät ovat potilaiden geenin ilmentymisen korkeampi kuin mediaani, kun taas harmaat käyrät ovat muiden potilaiden.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0115945.s001

(PDF)

S2 Kuva .

Stage ja

EGFR Twitter /

KRAS Twitter /

ALK

geenin muutos tila yksilöllisesti ennustaa toistumisen elinaika JP kohortissa. Vasemmassa paneelissa on vaiheessa. Musta käyrä on potilaiden vaiheen II, kun taas harmaa käyrä on, että potilailla, joilla on vaiheen I Oikeassa paneelissa on geenin muutos tila. Musta käyrä on potilaille ilman muutoksia, kun taas harmaa käyrä on, että potilailla, joilla on muutoksia.

P

-arvot laskettiin käyttäen log-rank testit erot eloonjäämisessä.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0115945.s002

(PDF) B S1 Taulukko.

Geenit yleisesti eri tavalla ilmaistuna välillä WT ja TNF-α /TNFR KO hiiret.

doi: 10,1371 /journal.pone.0115945.s003

(XLSX)

S2 Taulukko.

Top 10 PANTHER reitit liittyvät väärin säädeltyyn geenien TNF-α /TNFR KO hiiret.

doi: 10,1371 /journal.pone.0115945.s004

(XLSX)

S3 Taulukko.

TNF-α-välitteisen geenejä, jotka ilmentyvät differentiaalisesti normaalin ja tuumorikudoksissa.

doi: 10,1371 /journal.pone.0115945.s005

(XLSX)

S4 Taulukko.

GO biologisen prosessin kannalta, joka liittyy TNF-α-välitteisen geenejä, jotka väärin säädellystä kasvainkudoksissa.

doi: 10,1371 /journal.pone.0115945.s006

(XLSX)