Krooninen sairaus

tiivistelmä

HOXB13

ituradan variantti G84E (rs138213197) kuvattiin vastikään miehillä eurooppalaista syntyperää, jossa korkein levinneisyys Pohjois-Euroopassa. G84E mutaatio ei ole todettu potilailla on Afrikkalainen tai Aasian syntyperä, jossa voi olla muita

HOXB13

variantteja, mikä osoittaa, alleeliset heterogeenisyys riippuen väestöstä. Jotta saadaan käsitys koko laajuudessaan koodaus

HOXB13

mutaatioita Portugali eturauhassyövän potilailla, päätimme sekvensoida koko koodaavan alueen

HOXB13

geenin 462 varhain alkanut tai familiaalinen /perinnöllinen tapauksissa. Lisäksi etsittiin somaattisten

HOXB13

mutaatioita 178 eturauhaskarsinoomien arvioida niiden esiintyvyyttä eturauhasen syövän synnyn. Kolme eri potilasta havaittiin kantavat ituradan DNA kahta uutta missensemutaatio variantteja, joita ei tunnistettu 132 verrokkeihin. Kumpikin vaihtoehto ennustetaan olevan vahingollisia eri

in silico

työkaluja. Ei somaattiset mutaatiot löytynyt. Nämä havainnot tukevat edelleen hypoteesia, että eri harvinainen

HOXB13

mutaatiot voivat olla eri etnisten ryhmien. Mutaatiot altistavien eturauhassyövän voivat vaatia uudelleenjärjestely-sijasta genotyypityksen tarvittaessa väestölle tutkittavana.

Citation: Maia S, Cardoso M, Pinto P, Pinheiro M, Santos C, Peixoto A, et ai. (2015) Identification of Two Novel

HOXB13

Ituradan Mutaatiot Portugali eturauhassyöpäpotilaille. PLoS ONE 10 (7): e0132728. doi: 10,1371 /journal.pone.0132728

Editor: Ludmila Prokunina-Olsson, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Yhdysvallat |

vastaanotettu: 12 maaliskuu 2015; Hyväksytty: 17 Kesäkuu 2015; Julkaistu: 15 heinäkuu 2015

Copyright: © 2015 Maia et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään

Data Saatavuus: kaikki asiaankuuluvat tiedot kuuluvat paperin ja sen tukeminen Information tiedostoja.

Rahoitus: SM sai tohtorin avustus (SFRH /BD /71397/2010) Portugalin Foundation for Science and Technology (http: //www.fct. pt /index.phtml.en). MC ja MP ovat Tutkimushenkilöstön Portugalin Cancer League (https://www.ligacontracancro.pt/). Projektin rahoittivat Portugalin Oncology Institute-Porto (https://www.ipoporto.pt/en/; myöntää viite: CI-IPOP 16-2012). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

Eturauhassyöpä (PRCA) on yleisimmin diagnosoitu nonskin syöpä miehillä teollisuusmaissa [1], jossa kumulatiivinen riski iän 75 arvioidaan olevan 8,8 [2]. Paras vakiintunut riskitekijöitä kehittämiseen PRCA kasvaa iän, Afrikkalainen syntyperä ja suvussa tauti [3], joista jälkimmäinen on läsnä 10-20%: lla potilaista [4]. Asia-ohjaus ja kohortti tutkimukset ovat osoittaneet, että suhteellinen riski PRCA kasvaa huomattavasti lukumäärän kasvaessa vaikuttaa sukulaisten ja vähenevien ikä puhkeamisen [5] ja että monozygotic kaksoset on nelinkertaisesti lisääntynyt konkordanssin määrä PRCA verrattuna dizygotic kaksoset [6] .

Perinnöllinen eturauhassyöpä (HPC), joka on arvioitu olevan 5-10% kaikista PRCA tapauksissa tarkoittaa ydin perheet vähintään kolme tapausta punasoluaplasiaa, perheet PRCA kaikissa kolmessa sukupolvien isän tai äidin linjaa, tai klusterin kaksi sukulaisia ​​diagnosoitu ennen ikää 56, kun taas yhdistäminen PRCA tapauksissa perhe, joka ei täytä näitä kriteereitä luokitellaan familiaalinen PRCA [7]. Useat kirjoittajat viittaavat siihen, että jopa 43%: lla potilaista diagnosoitu ennen ikää 56 voi kantaa suuren riskin alleelin [6,8], mutta tunnistaminen erittäin läpitunkevaa nestettä geenien familiaalinen /perinnöllinen PRCA on ollut vaikeampaa kuin muuntyyppisten yhteisten syöpä, nimittäin rinnan ja paksusuolen. Vaikka läsnä vain 1-2% kaikista PRCA tapauksissa ituradan mutaatioita

BRCA2

geeni oli ensimmäinen vakiintunut geneettinen riskitekijä [9], antavan 7,3-8,6-kertainen riski sairastua sairaus ennen 65 vuoden ikää verrattuna ei-kantajia [10]. Vuonna varhain alkanut punasoluaplasian esiintyvyys

BRCA2

mutaatiot nousee 2,9%, annetaan 23-kertainen riski sairastua tautiin, jonka 56 vuotta [11].

Vuoden 2012 alusta,

HOXB13

tunnistettiin alttius geeni PRCA [12]. Harvinainen, mutta toistuvat ituradan variantti [G84E, s. (Gly84Glu), c.251G A, rs138213197] ilmoitettiin miehillä eurooppalaista syntyperää ja liittyi PRCA riski. Lisäksi kantotaajuus oli suurempi potilailla, joilla varhain alkanut (2,2%) tai positiivinen suvussa PRCA (2,2%) ja korkein ryhmässä sekä suvussa ja varhain alkanut tauti (3,1%). Alhaisin Mutaatiofrekvenssi oli potilailla esiintyi viiveellä ilmaantuvia ja nonfamilial PRCA (0,6%). Koska tämä julkaisu, useat tutkimukset ovat vahvistaneet yhdistyksen välinen G84E variantin ja PRCA riski [13-17], joka vastaa enintään 5% familiaalinen /perinnöllinen PRCA tapauksissa miehillä eurooppalaista syntyperää. Mielenkiintoista, G84E mutaatio ei ole löydetty keskuudessa PRCA potilaita Afrikkalainen tai Aasian syntyperä [12,15,18], joka sen sijaan näyttää muille

HOXB13

mutaatioita, jotka todistavat alleeliset heterogeenisyys eri etnistä alkuperää. G84E variantti on nyt pidetään perustaja mutaatio, joka syntyi Pohjois-Euroopassa, jossa sen esiintyvyys on korkein [14,16,17], ja

HOXB13

erottuu eniten monistaa alttius geeni PRCA paljastui tasalla.

Koska useimmat aiemmat tutkimukset ovat genotyyppi vain G84E variantti ja rajoitetusti tietoja olemassa Etelä-Euroopan populaatiot, suoritimme sekvensointi

HOXB13

koodausalue arvioimaan taajuutta ituradan mutaatioita 462 varhain alkanut tai familiaalinen /perinnöllinen PRCA tapauksissa. Lisäksi arvioimme esiintyvyys somaattisen

HOXB13

mutaatioita punasoluaplasian sekvensoimalla

HOXB13

koodaavan alueen 178 eturauhasen karsinoomien.

Materiaalit ja menetelmät

etiikka lausunto

tutkimus hyväksyi institutionaalisten eettisen komitean Portugalin Oncology Institute-Porto (hyväksynnän numero: 38,010) ja kirjallinen suostumus saatiin kaikilta osapuolilta.

varhain alkanut ja familiaalinen /perinnöllinen PRCA

tutkimus koostui yhteensä 462 indeksin tapauksista (HPC näytettä) perheistä varhain alkanut ja /tai familiaalinen /perinnöllinen PRCA, jotka valittiin perustuu johonkin seuraavista kriteereistä: 1) PRCA diagnoosi ennen ikä 56 tai 2) PRCA diagnoosi iässä tahansa kanssa suvussa tauti (jopa neljännen asteen sukulaiset) ja ainakin yhden perheen jäsenen (proband tai sukulainen) kanssa punasoluaplasian ennen ikää 66. Useimmat potilaat kutsuttiin osallistumaan tutkimuksen, jonka päätarkoituksena on tunnistaa ituradan mutaatioiden liittyy perinnöllinen PRCA alttius, jolla lähtökohdaksi kaikkien elävien potilaiden rekisteröity North Region Cancer Registry (RORENO), jossa on punasoluaplasian diagnoosi ennen ikää 66, kun taas vähemmistö perheistä oli siirretty varten perinnöllisyysneuvonnan takia varhain alkanut tai suvussa. Kahta lukuun ottamatta kaikki potilaat (yksi Yhdistyneessä kuningaskunnassa ja toinen Angolasta) oli vähintään yksi portugalilainen kantaisä. Ei järjestelmällinen PRCA seulontaohjelma olemassa väestön tutkittavana vain seulonnan tarjotaan miehille yli 50-vuotiaita. DNA uutettiin ääreisverivalkosolut käyttäen Magna Pure LC DNA Isolation Kit-Large Volume (Roche Diagnostics GmbH, Penzberg, Saksa) ja aina kun DNA oli tarjolla useammalta kuin yhdeltä vaikuttaa suhteellisen perhettä kohti, nuorin aikaan diagnoosi pidettiin kuten indeksitapauksen.

Kaikki vaan kaksi potilasta (yksi eturauhasen tyvisolusyöpä ja toinen karsinosarkooma eturauhanen) oli histopatologinen diagnoosi eturauhasen adenokarsinooma. Keskimääräinen ikä diagnoosin indeksin tapauksista oli 56,3 vuotta (vaihteluväli: 36-79 vuotta), jossa on 52,4%: lla potilaista diagnosoitu ennen ikää 56, 46,3% vuotiaille 56 ja 65, ja vain 1,3% sen jälkeen, kun 65-vuotiaita (vain yhdessä tapauksessa ikävuoden jälkeen 70). Mitä sisällyttämiskriteerit olimme perustettu tätä tutkimusta, 151 (32,7%) täyttivät iän kriteeri vain, 220 potilasta (47,6%) täytti suvussa kriteeri vain, ja 91 potilasta (19,7%) täytti molemmat kriteerit. Niistä yhteensä 462 perheiden tutkittu, 74 täyttää klassisen Hopkins kriteerit perinnöllinen PRCA [7]. Väestörakenteen, kliiniset ja patologiset ominaisuudet on koottu taulukkoon 1. Sairaushistoria kerättiin lääkärin vastaanotolle mahdollisuuksien tai potilastiedot, ja suvussa oli itse ilmoitettu.

Tuumorinäytteet

Etsimme somaattisten

HOXB13

mutaatioita 178 DNA-näytteet uutetaan eturauhasen karsinoomat potilailta valitsematta suvussa tai ikä puhkeamista, on kliinisesti paikallinen punasoluaplasia diagnosoitu ja hoidettu eturauhasen meidän laitoksen vuosien 2001 ja 2006. vain 26 aiheita päässä eturauhasen tapauksessa sarja tutkittu somaattisten mutaatioiden ovat yhteisiä 462-indeksi tapauksissa tutkittu ituradan mutaatioita. Nämä kasvaimet kuuluvat aiemmin kuvattu peräkkäinen 200 eturauhasen karsinoomien [19], josta hyvälaatuista kasvain-DNA oli saatavilla. Kaikki kudosnäytteet oli jäädytetty heti leikkauksen jälkeen ja säilytettiin -80 ° C: ssa. Viisi mikronin paksuisia leikkeitä leikattiin ja värjättiin tunnistamiseksi aloilla punasoluaplasian ja sitten kudos blokki tasattiin saannon maksimoimiseksi kohdesolujen ( 70% syöpäsoluja). Tämän jälkeen keskimäärin viisikymmentä 12 mikronin paksuinen leikattiin ja joka 5

th jakso värjättiin varmistaa yhtenäisen prosentin kohdesoluihin. DNA uutettiin tuumorikudoksen fenoli /kloroformi-menetelmällä vaihelukitun geeliä (5 Prime, Hampuri, Saksa). Keskimääräinen ikä diagnoosin oli 63,4 vuotta (vaihteluväli: 49-74 vuotta) ja patologinen vaihe oli pT2 ja pT3 vuonna 54,6% ja 45,4% tapauksista, vastaavasti.

HOXB13

sekvensointi

mutaatio seulonta koko

HOXB13

koodaavan alueen, tietyn alukeparia (S1 taulukko) suunniteltiin käyttäen Primer-BLAST suunnittelutyökalu National Center for Biotechnology Information (NCBI) [20 ]. Kosketuskohta PCR suoritettiin ensimmäinen vaihe, denaturaatio 97 ° C: ssa 10 minuuttia, minkä jälkeen neljä sykliä (6 + 6 + 6 + 22), jossa denaturaatio 97 ° C: ssa 1 minuutti ja pidennys 72 ° C: ssa 2 minuuttia. Hehkutus tapahtui 64 ° C: ssa 1 minuutti ensimmäiset jaksoa, ja 62 ° C: ssa, 60 ° C ja 56 ° C: ssa 30 sekuntia myöhemmin sarjaa. Reaktio päättyi lopullinen ekstensiovaihe 72 ° C: ssa 10 minuutin ajan. Sanger sekvensointi suoritettiin käyttämällä BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, Carlsbad, CA), seuraten valmistajan ohjeita. Tuotteet ajettiin 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems) ja sekvenssit verrattiin

HOXB13

NCBI referenssijaksoa (NM_006361.5) käyttäen Mutaatio Surveyor V4.0.7 ohjelmisto (Softgenetics, State College, PA, USA).

genotyypin valvonnan

Kuten verrokeilla, käytimme 132 uros verenluovuttajia (keski-ikä 56,8 vuotta, SD ± 5,1 vuotta) Portugalin Oncology Institute Porton ilman henkilökohtaista historiaa syövän ajankohtana verinäytteen. Ei-synonyymi substituutioita havaittiin PRCA potilasta seulottiin ohjauksista Kaspar SNP genotyypityksen (KBioscience, Herts, UK) on Rochen LightCyclerTM 480 Real-Time PCR System, mukaan valmistajan ohjeiden mukaisesti. Kaspar määritys alukkeita (S1 taulukko) suunniteltiin käyttäen Primer-BLAST suunnittelutyökalu NCBI [20]. Tiedot analysoitiin LightCycler® 480 Software 1.5.0.

In silico

analyysi varianttien

Jotta ennustaa toiminnallisia vaikutuksia tunnistettu variantteja, käytimme useita bioinformatiikan välineitä. Missense variantteja arvioitiin PolyPhen2 [21], PROVEAN [22], SIFT [23], MutationTaster [24], MutPred [25], MutationAssessor [26] ja ESEfinder 3,0 [27]. PROVEAN, SIFT ja ESEfinder 3.0 kysyttiin myös varten synonyymejä varianttien ja MutationTaster varten synonyymejä ja introni variantteja. PROVEAN käyttöliittymä käytettiin laskemiseen sekä PROVEAN ja SIFT tulokset. Alamut Visual (versio 2.6.1) ohjelmisto (Interactive Biosoftware, Rouen, Ranska), joka sisältää SpliceSiteFinder kaltainen [28], MaxEntScan [29], NNSPLICE [30], GeneSplicer [31] ja Human Jatkaminen Finder [32], käytettiin arvioimaan introni variantteja. Oletus kynnysarvoja sovellettiin kaikkiin silmukointikohtaan ennustus ohjelmia.

Voit tarkistaa evoluution suojelusta vastaavien aminohappoasemia, useita proteiinin sekvenssi käyttämällä ihmisen ja ortologiset lajien sekvenssit tehtiin käyttämällä Clustal W2 [33]. PhyloP [34] ja Grantham [35] pistemäärät missense varianttien määritettiin myös Alamut Visual.

haplotyyppianalyysi

ituradan DNA-näytteiden sekä potilaiden (HPC311 ja P308T), joilla on sama

HOXB13

ituradan mutaatio genotyypattiin varten 11 mikrosatelliittimarkkerin (6 sijoittuu kromosomin 17 ja yksi kromosomi 2, 3, 5, 9 ja 13) ilmoitettu S2 taulukossa. Kaikki 11 markkereita analysoitiin PCR: llä käyttäen fluoresoivasti end-leimattuja alukkeita (S2 taulukko) ja kapillaarielektroforeesilla suoritettiin ABI PRISM 310 Genetic Analyser (Applied Biosystems, Foster City, CA).

Tulokset

HOXB13

variantit

G84E mutaatiota ei löytynyt missään 462 potilaalla on varhain alkanut ja /tai familiaalinen /perinnöllinen PRCA. Kuitenkin neljä potilasta (näytteet HPC311, HPC169, HPC474 ja HPC138) toteutetaan neljässä eri heterotsygoottinen variantteja, joka tietojemme mukaan ei ole vielä kuvattu missään julkaistussa tutkimuksessa tai julkisessa tietokannassa, eli 1000 Genomes Project ja Exome Variant Server ( Taulukko 2). Aihe HPC311 kuljettaa transversiosta siitä sytosiini adenosiini asemassa 383 (kuvio 1), mikä aminohapposubstituution alaniinista asparagiinihapon kodonissa 128 [c.383C A, s. (Ala128Asp)]. Transversio A alkaen sytosiini adenosiini asemassa 720 havaittiin aihe HPC169 (kuvio 1), mikä johtaa aminohapon substituutio fenyylialaniinin leusiinin kodonissa 240 [c.720C A, s. (Phe240Leu)]. Synonyymi korvaaminen tymiini jota adenosiini asemassa 96 (c.96T A) ja introni- variantti (c.602-19T G) havaittiin potilailla HPC474 ja HPC138, vastaavasti.

sukutaulut ja elektroferogrammit potilaan HPC311 kanssa

HOXB13

s. (Ala128Asp), c.383C variantti (A) ja potilaan HPC169 kanssa

HOXB13

s. (Phe240Leu), c.720C variantti (B). Indeksi tapaus ja asema kunkin mutaation on merkitty nuolella.

Lisäksi löysimme viisi muuta variantteja, jotka on lueteltu sekä 1000 Genomes Project ja Exome Variant Server: kolme synonyymi (c.330C A, c.366C T ja c.513T C), yksi introni (c.602-9G A) ja yksi 3′-alue (n. * 28C A). Raportoitiin alleelin taajuus 1000 Genomes Project ja Exome Variant Server of rs148901331 (c.602-9G A) ja rs371753257 (c. * 28C A) on pienempi kuin 1%. Variant rs33993186 (c.330C A) näyttää useammin löytyy yksilöiden Afrikkalainen syntyperä, vaikka meidän potilas (HPC 517) ei ilmoittanut Afrikkalainen laskeutuminen. Vähäinen alleelifrekvenssit (MAF) varten rs8556 (c.366C T) ja rs9900627 (c.513T C) olivat 13,2% ja 13,0%, tässä järjestyksessä, meidän näytteet, jotka on yhdenmukaiset olemassa (taulukko 2).

Mitä kasvain näytteet, p. (Ala128Asp) variantti oli ainoa muutos havaittu (potilas P308T, vuonna heterotsygotia). DNA uutetaan ääreisverenkierron tästä potilas oli saatavilla, pystyimme vahvistamaan, että missense muutos oli läsnä ituradan ja ei siten ollut somaattinen mutaatio (kuvio 2).

Koiran (A) ja elektroferogrammit potilaan P308T saatu tuumorin (B) ja veren (C) esittävät läsnäolo

HOXB13

c.383C A, s. (Ala128Asp) muunnos heterotsygotian. Indeksi tapaus ja mutaatio on merkitty nuolella.

Lopuksi genotyyppi 264 alleelien (132 verrokeilla) kahden ei-synonyymejä missensemutaatio variantit käyttäen Kaspar SNP genotyypin Järjestelmä ja mikään muutoksia havaittiin.

In silico

analyysi varianttien

tutkia toiminnallinen vaikutus tunnistettu

HOXB13

variantteja, käytimme erilaisia ​​bioinformatiikan välineitä. Vaihtoehdot rs8556 ja rs9900627 suljettiin pois tämän analyysin niiden korkean taajuuden. Mitä koodaus variantteja (taulukko 3) missense varianttien p. (Ala128Asp) ja p. (Phe240Leu) ennustettiin olevan patogeeninen mennessä PolyPhen2, PROVEAN, siivilöidä ja MutationTaster. Synonyymisen variantteja c.96T A ja c.330C luokiteltiin sairauksia aiheuttavia by MutationTaster, mutta neutraali ja siedetty PROVEAN ja SIFT, vastaavasti. Todennäköisyyksiä missense variantteja on vahingollinen ennusti MutPred, toiminnalliset vaikutukset yhdistetään pisteet ennusti MutationAssessor, ja ennustetuista vaikutuksista eksoni liittämiseen parantajia antama ESEfinder 3,0 esitetään taulukossa 3. Mitä Koodaamattomat variantteja (taulukko 4), kaikki luokiteltiin kuten polymorfismien MutationTaster. Mitä tulee Alamut Visual silmukoinnin ennusteista NNSPLICE ja GeneSplicer tulokset viittaavat siihen, että introni-variantti c.602-19T G saattavat häiritä tunnustamista luonnollisen Akseptorisilmukointikohdassa taas SpliceSiteFinder kaltainen ja Human Jatkaminen Finder ennustaa mitään muutosta villien -tyyppinen ja mutatoituja sekvenssejä. Tulokset introni variantti c.602-9G olivat vieläkin epäjohdonmukainen, jossa NNSPLICE ennustavat lasku ja MaxEntScan lisääntyminen silmukoinnin hyötysuhde (taulukko 4).

osin evolutionaarisille nukleotidin säilyttämistä, p. (Ala128Asp) variantti esiintyy erittäin konservoitunut nukleotidin (PhyloP pisteet: 0,89), kun taas p. (Phe240Leu) muutos tapahtuu säilyvistä nukleotidin (PhyloP pisteet: -0,35). HOXB13 proteiinin sekvenssi käyttämällä Clustal W2 osoittaa, että sekä alaniini asemassa 128 ja fenyylialaniinin asemassa 240 ovat täysin säilyneet lajien joukossa on osoitettu kuviossa 3. fysikaalis ero aminohappojen on kohtalainen p. (Ala128Asp) variantti (Grantham pisteet: 126) ja pieni p. (Phe240Leu) variantti (Grantham pisteet: 22).

aminohapot tähteet ennustetaan muuttaa molempien missensemutaatioita tunnistettu tässä tutkimuksessa [p. (Ala128Asp) ja s. (Phe240Leu)] on korostettu harmaalla tummennetut laatikot ja jäännös 84 ennustetaan vaikuttaa edellä kuvattu G84E mutaatio on korostettu harmaalla laatikolla.

kliinis ominaisuudet

HOXB13

mutaatio harjoittajat

Potilaat HPC311 ja HPC169 kuuluvat meidän sarjassa varhain alkanut ja /tai familiaalinen /perinnöllinen PRCA ja he kantavat c.383C A, s. (Ala128Asp), ja c.720C A, p. (Phe240Leu), mutaatioita, vastaavasti. Molemmilla on suvussa PRCA (kuvio 1) ja todettiin vuoden iässä 52, joten se täyttää paitsi suvussa kriteeri, mutta myös ikä kriteeri olimme vahvistettu tässä sarjassa. Potilaan HPC311 oli seerumin PSA diagnoosi 6.2ng /ml, oli alun perin käsiteltiin eturauhasen [Gleason: 7 (3 + 4); TNM: pT3bN0M0] ja neljä vuotta myöhemmin, koska nousu PSA tasolla, hän sai myös ulkoinen sädehoito. Yksi hänen sisarensa oli diagnosoitu leukemia. Potilaan HPC169 oli seerumin PSA diagnoosi 4.06ng /ml, biopsia Gleason pisteet 6 (3 + 3), joka on cT2NxM0 kliiniseen vaiheeseen, ja hän käsiteltiin brakyhoidoksi yksin. Hänellä on isän serkku, joka oli diagnosoitu rintasyöpä iässä 70.

Patient P308T kuuluu eturauhasen syöpä sarjan ja kulkee sama ituradan mutaatio löytyy potilaan HPC311 [c.383C A; p. (Ala128Asp)]. Olen ollut diagnosoitu punasoluaplasian iässä 65 ja joilla ei ole suvussa PRCA (kuvio 2), hän ei täytä mitään kriteereistä olimme perustettu ituradan tutkimuksessa. Hänellä oli seerumin PSA diagnoosi 6.5ng /ml ja käsiteltiin eturauhasen [Gleason pisteet: 6 (3 + 3); TNM: pT2cN0M0]. Vuotiaana 68 hän oli myös diagnosoitu korkealaatuinen papillaarinen urothelial rakkokarsinooman ja kuusi vuotta myöhemmin, joilla on mahalaukun adenokarsinooma. Hänellä on kuolleen sisar diagnoosi mahasyövän iässä 65 vuotta.

Koska kaksi vaikuttaa sukulaisia ​​potilaan HPC169 jo kuollut ja että kyseinen suhteellinen potilaan HPC311 asuu ulkomailla, ei ollut mahdollista suorittaa erottelun analyysi missään vaikuttaa sukulaisia. Koskien muiden syöpien, eriytyminen analyysi ei suoritettu joko siksi se ei olisi informatiivinen (viiveellä ilmaantuvia rintasyöpä) tai koska kyseinen sukulaiset olivat jo kuollut (kuviot 1 ja 2).

haplotyyppianalyysissä

genotyypin polymorfisten mikrosatelliittimarkkerin potilailla P308T ja HPC311 kuljettavat

HOXB13

c.383C ituradan mutaatio osoitti, että vaikka emme voineet vähitellen haplotyypin näiden kahden yksilöitä (johtuen käytettävyysongelmiin sukulaisten testausta), ne jakavat yhden alleelin viisi kuudesta merkkiaineiden 17Q ​​(jossa

HOXB13

sijaitsee), kun taas sama vakiintunut ei havaittu markkereita sijaitsevat muissa kromosomien (S1 kuvio; S2 taulukko) . Kumpikaan genotyyppisen eikä sukupuu tulokset osoittavat, että kahden potilaan liittyvät läheisesti toisiinsa.

Keskustelu

Koska ensimmäinen julkaisu raportoi

HOXB13

kuin alttius geeni PRCA [12], useat muut kirjoittajat ovat vahvistaneet yhdistyksen välinen G84E variantin ja PRCA riski [13-16]. Vaikka raportoitu taajuus vaihtelee tutkittua populaatiota [14-17,36], kantotaajuus näyttää olevan yleensä suurempi potilailla, joilla varhain alkanut tai positiivinen suvussa PRCA ja korkein ryhmässä sekä suvussa ja varhainen -onset tauti [12,16,17,37,38]. Useat tutkimukset ovat myös raportoineet, että G84E muunnos ei löydy miehillä Euroopan syntyperä [16,39], mutta muut

HOXB13

mutaatioita on raportoitu potilailla on Afrikkalainen ja Aasian laskeutuminen [12,15,18] . Ei järjestelmällistä tutkimusta

HOXB13

mutaatioita esiintyy PRCA potilaiden Etelä-Euroopassa; itse asiassa vain tietoja saatavilla väestöä tällä alueella on puuttuessa G84E muunnos 183 miehillä kirjoilla kemopreventiossa tutkimuksessa REDUCE, mukaan lukien 165 Portugalista, vaikka on epäselvää, kuinka moni näistä myöhemmin kehittyi PRCA seurannan aikana [ ,,,0],40].

Koska hallitsevuus G84E mutaation Pohjois-Euroopassa ja tietojen puuttuminen Etelä-Euroopan populaatiot, olemme päättäneet tehdä täyden sekvensointi koodaavan alueen

HOXB13

geeni sijasta genotyyppi vain G84E variantti. Meidän analyysi sarjan 462 indeksin potilaalla on varhain alkanut ja /tai familiaalinen /perinnöllinen PRCA ja peräkkäinen 178 eturauhasen karsinoomien potilailta valitsematta suvussa tai ikä puhkeamista, pystyimme havaitsemaan, kolmessa eri potilaat, kaksi uutta ituradan muutoksia heterotsygotian: p. (Ala128Asp) ja p. (Phe240Leu). Kaksi uudet missensemutaatio varianttien ennustetaan olevan vahingollisia useita eri

in silico

työkaluja. Itse asiassa vertaamalla

in silico

analyysit kahta uutta missense variantteja me täällä raportoida, jotka on otettu G84E, ei ole merkittäviä eroja patogeenisuus tulokset: PolyPhen2, PROVEAN, siivilöidä ja MutationTaster ennustaa kaikki kolme variantteja tauteja; MutationAssessor ennustaa toiminnallisia vaikutuksia yhdistettyjen suhteiden 2,5, 2,5 ja 2,9 varten G84E, s. (Ala128Asp) ja p. (Phe240Leu), tässä järjestyksessä; todennäköisyydet varianttien ollessa vahingollisia laskettu MutPred ovat 24%, 24% ja 60% varten G84E, s. (Ala128Asp) ja p. (Phe240Leu), tässä järjestyksessä. P. (Phe240Leu) muutos sijaitsee erittäin konservoituneen homeobox domain (kuvio 4) ja ennustettu aminohapposekvenssi Muutos tapahtuu erittäin hyvin säilynyt jäännös (kuvio 3). Vaikka p. (Ala128Asp) ei sijaitse missään domaineihin (kuvio 4), se tapahtuu erittäin konservoitunut aminohappo (kuvio 3) ja erittäin konservoitunut nukleotidin (PhyloP: 0,89). Mielenkiintoista, Genotyyppaustulokset polymorfisia mikrosatelliittimarkkerin paljasti, että kaksi aihetta kuljettavat

HOXB13

c.383C ituradan mutaatio on sama alleeli viisi markkereita, mutta ei markkeri lähinnä HOXB13 (D17S1326). Tämä ei välttämättä sulje pois yhteisestä esi-isästä, koska rekombinaatio tai mutaatiotapahtumasta voisi selittää haplotyypin poikkeaminen yhdestä esi.

homeobox proteiini Hox1A3 N-terminaalista domeenia (PF12284) ja homeobox domain (PF00046) ovat edustettuina oranssina ruudun sisällä kaikkiin tällaisiin eksonien (homeobox proteiini Hox1A3 N-terminaalista domain: tähteet 21-123; homeobox domain: tähteet 217-273). Vaihtoehdot sijaitsevat näillä aloilla on esitetty edellä vastaavasta verkkotunnuksesta. Molemmat missense variantit löytyy meidän potilailla [p. (Ala128Asp) ja p. (Phe240Leu)] näkyvät punaisella. Vaihtoehdot ovat kuvanneet muiden kirjoittajien näkyvät mustina.

Useat kirjoittajat ole löytänyt Merkitsevä yhteys sairauden aggressiivisuus (eli esittää PSA, Gleason pisteet, TNM vaiheessa NCCN riskiryhmään, extra-eturauhasen sairauksien diagnoosi, biokemialliset epäonnistuminen hoidon jälkeen) ja G84E taudinkantajavaiheen [12-14,37,38], kun taas Laitinen ja yhteistyökumppanit ovat ilmoittaneet välisestä assosiaatiosta G84E-mutaatio ja korkea PSA (≥20ng /ml) diagnoosi. Lisäksi se ei ole vielä selvää, jos G84E harjoittajien on myös lisääntynyt riski muiden syöpien ohella PRCA. Kaksi julkaisut viittaavat siihen, että G84E mutaatio harjoittajien on lisääntynyt rintasyövän riski [17,41], kun taas suurempi tutkimuksessa ei tullut ilmi yhdistyksen välillä G84E ja rintasyövän [42]. Mitä assosiaatiota G84E mutaatio ja peräsuolen syövän riskiä, ​​ei tilastollista merkittävyyttä havaittiin kahdessa raportissa [17,41], kun taas toisessa tutkimuksessa laajemman kohortti ehdotti suurentunut peräsuolen syövän riskiä [43]. Tuoreessa tutkimuksessa osoittaa, että G84E mutaatio liittyy kohonnut riski useita syöpätyyppejä, eli rinta- ja virtsarakon. Lisäksi vahvempi yhdessä G84E mutaatiota ei havaittu vain potilailla diagnosoitiin useita syöpiä (verrattuna niihin, joilla yksittäisen syöpä), mutta myös potilailla, joilla on PRCA diagnoosi lisättynä syöpätyyppi (verrattuna PRCA yksin) [44 ]. Tutkimuksessamme kolme potilasta kätkeminen

HOXB13

missensemutaatio variantteja oli joko keskisuurin ja suurin riski taudin ja yksi kolmesta probands esitti kolme erilaista ensisijaista kasvaimia eli virtsarakon syöpä ja mahasyöpä lisäksi PRCA. Suurempi tapausverrokkitutkimukset tarvitaan onko ituradan

HOXB13

mutaatiot altistavat aggressiivisempi sairaus ja arvioida, jos ne lisäävät merkittävästi riskiä muiden syöpien. Vastaukset näihin kysymyksiin ovat ratkaisevan tärkeitä oikean perinnöllisyysneuvonta ja kliininen hoito

HOXB13

mutaation kantajia, koska ne millainen seulonta, hoito ja seuranta meidän tulisi tarjota näille potilaille ja heidän vaikuttaa tai terve sukulaiset.

Emme löytäneet todisteita siitä, että somaattisten

HOXB13

mutaatiot ovat yleisiä eturauhasen syövän synnyn, mikä on yhteensopiva tietojen Luettelon somaattiset mutaatiot Cancer (COSMIC, http: //cancer.sanger.ac.uk/cosmic/, käsiksi 15. toukokuuta

th 2015), joissa on vain kaksi mutaatiota 521 eturauhaskarsinoomien testattu. Itse asiassa ainoa mutaatio löysimme 178 eturauhasen karsinoomien osoittautui ituradan mutaatio. Mielenkiintoista, mutaatio löysimme kasvain oli heterotsygoottinen, kuten myös oli asianlaita ainoastaan ​​G84E kantaja aikaisemmin arvioitu Heterotsygotian menetys kasvaimen [12]. Lisäksi kasvaimet G84E harjoittajien näyttävät ylläpitää HOXB13 ilmaisun [12,17]. Nämä kaksi havainnot, jotka liittyvät siihen, ettei lyhennetty mutaatioita on tähän mennessä raportoitu punasoluaplasiaa potilailla, ovat yhteensopivia, kun aktivoiva onkogeenisia rooli näiden missensemutaatio

HOXB13

mutaatioita. Kuitenkin muut tutkijat ovat ehdottaneet, että

HOXB13

toimii tuumorisuppressorigeenin eturauhasen ja muiden syöpien [45-47], oletettavasti kautta haploinsufficiency. Kysymys siitä, onko tämä geeni on tuumorisuppressorigeeniä tai esikasvaintekijän on siis vielä auki ja toiminnallisia tutkimuksia tarvitaan asian selvittämiseksi. Itse asiassa, toiminnon HOXB13 voi riippua solun yhteydessä, sillä on osoitettu, että se on solun kasvua vaimennin estämällä androgen välittävän signaaleja [48], mutta toisaalta se voi myös olla mukana androgeeni- itsenäinen selviytyminen punasoluaplasia soluihin säätelyä E2F [49].

toteaminen kaksi uutta ituradan mutaatioita, mukaan lukien kaksi potilasta, joilla on sama missense- mutaatio p. (Ala128Asp), mutta ei aikaisemmin kuvattu G84E variantti, viittaa siihen, että maantieteellinen heterogeenisyys koskee mallia

HOXB13

mutaatioita varhain alkanut tai familiaalinen /perinnöllinen PRCA ja että erityiset testaus G84E populaatioissa muille kuin Pohjois eurooppalaista alkuperää ei saa mainita. Sen sijaan koko sekvensointi

HOXB13

koodaava alue tulisi suorittaa ennen mutaation rakenteessa kunkin väestöstä on vahvistettu.

tukeminen Information

S1 Kuva. Potilaat P308T ja HPC311 Mikrosatelliittimarkkerien merkki haplotyyppien.

Kapillaarielektroforeesijärjestelmiä rakenteessa mikrosatelliittimarkkerin D17S1326, D17S1323, D17S855 ja D17S800 (vasemmalta oikealle) potilaan P308T (A) ja potilaan HPC311 (B), jotka kantavat c.383C

HOXB13

mutaatio. Vaikka emme voi vähitellen haplotyypin näiden kahden yksilöitä, he esittävät yhteisiä alleeleja (kuten nuolella), joka voi olla yhteensopiva yhteinen haplotyypin.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0132728.s001

(TIF) B S1 Taulukko. Käytetyt alukkeet sekvensoimalla koko koodaavan alueen

HOXB13

geenin ja Kaspar SNP genotyypin.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0132728.s002

(DOCX)

S2 Taulukko. Mikrosatelliittimarkkerin genomista sijainti primeerisekvenssit ja haplotypes kahden potilaiden esittäminen c.383C

HOXB13

mutaatio.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0132728.s003

(DOCX)

Kiitokset

Haluamme kiittää Paula Paulo tarjota hyödyllisiä kriittinen tarkastelu käsikirjoituksen ja myös ilmaista kiitollisuutemme kaikille potilaille ja heidän perheensä, jotka osallistuivat tähän tutkimukseen.