Krooninen sairaus

tiivistelmä

DNA mismatch korjaus (MMR) entsyymien korjata virheitä DNA ilmetä normaalin DNA aineenvaihdunnan tai aiheuta tietyt syöpää osaltaan vastuita. Olemme arvioineet yhdistyksen välillä 10 yhden nukleotidin polymorfismien (SNP) 5 MMR geenien ja ruokatorven syöpäriskin eteläafrikkalaiset. Ennen genotyypityksen, SNP: tä valittu HapMap tietokannasta, joka perustuu niiden merkittävästi eri genotyypin jakaumia eurooppalaisten syntyperä populaatiot ja neljä HapMap populaatioiden Afrikkalainen alkuperää. Vuonna kirjava ryhmä,

MSH3

rs26279 G /G versus A /A tai A /G genotyyppi positiivisesti liittyy syövän (OR = 2,71; 95% CI: 1,34-5,50). Vastaavia yhteyksiä havaittiin

PMS1

rs5742938 (GG vs. AA tai AG: OR = 1,73; 95% CI: 1,07-2,79) ja

MLH3

rs28756991 (AA tai GA versus GG: OR = 2,07; 95% IC: 1,04-4,12). In Black yksilöitä ei kuitenkaan yhdistyksen välillä MMR polymorhisms ja syövän riskiä havaittiin yksittäisissä SNP-analyysi. Välisten vuorovaikutusten MMR geenien arvioitiin käyttäen mallipohjaiset multifactor-dimensionality vähentäminen lähestymistapa, joka osoitti merkittävää geneettistä vuorovaikutus SNP

MSH2, MSH3

ja

PMS1

geenien musta ja kirjava aiheista, tässä järjestyksessä. Tiedot myös, että patogeneesin yhteisten polymorfismien MMR geenien vaikuttaa altistuminen tupakansavulle. Lopuksi todettakoon, että tulokset viittaavat siihen yhteinen polymorfismeilla MMR geenien ja /tai niiden yhteisvaikutus voi olla mukana etiologiassa ruokatorven syöpään.

Citation: Vogelsang M, Wang Y, Veber N, Mwapagha LM, Parker MI (2012) kumulatiiviset vaikutukset polymorfismit DNA täsmää korjaus Geenit ja tupakka Tupakointi Ruokatorven syöpäriski. PLoS ONE 7 (5): e36962. doi: 10,1371 /journal.pone.0036962

Editor: Rui Medeiros, IPO, – Inst Port Oncology, Portugali

vastaanotettu: 04 tammikuu 2012; Hyväksytty: 11 huhtikuu 2012; Julkaistu: toukokuu 18, 2012

Copyright: © 2012 Vogelsang et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat Etelä-Afrikkalainen Research Tuolit aloite Ministry of Science and Technology ja National Research Foundation, kansainvälinen keskus geeni- ja biotekniikan (ICGEB), Etelä-Afrikkalainen MRC ja Kapkaupungin yliopistossa. MV on saaja ICGEB tutkijatohtorin. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

mukaan GLOBOCAN 2008-(https://globocan.iarc.fr) ruokatorven syöpä on 8

th yleisin syöpä maailmassa ja kuudenneksi yleisin syy syövän kuoleman maailmassa, jossa yli 95 prosentissa tapauksista ja kuolemantapauksia esiintyvien kehitysmaissa. Korkeimmat ilmaantuvuus havaittiin Mustan väestön eteläisessä Afrikassa ja Itä-Aasia, 16,3 ja 14,2 tapausta 100.000 väestö, vastaavasti, toisin kuin Keski-Amerikassa, Länsi- ja Keski-Afrikassa, missä 1,4, 1,2 ja 1,1 tapausta 100.000 raportoitu, vastaavasti . Uusin raportti Etelä-Afrikkalainen National Cancer Registry vahvistaa tämän korkea ilmaantuvuus keskuudessa Musta Esipolviluettelo miehillä ja naisilla 8,0 ja 4,5 tapausta 100.000 vastaavasti sekä joukossa kirjava miehillä ja naisilla 10,4 ja 4,4 tapausta 100.000 väestö, vastaavasti [1]. Tärkeimmät histologinen tyypit ruokatorvisyöpää – okasolusyöpä (OSCC) ja adenokarsinooma (OAC) – havaitaan yli 95% kaikista ruokatorven syövän tapauksissa kanssa OSCC on kaikkein hallitseva tyyppi Afrikassa ja Kiinassa [2], [3 ].

lukuisia muutoksia tietyissä keskeisissä geenit liittyvät muuttuneeseen riskejä kehittää ruokatorven syöpään [4], [5]. Nämä geenit huolehtivat lähinnä DNA huoltoa ja korjausta, alkoholi, folaatin ja karsinogeeni aineenvaihduntaa, solusyklin säätelyssä ja apoptoosin. Kuitenkin vain harvat otaksuttu geenejä on johdonmukaisesti osoitettu vastaavan tautiherkkyyteen, kuten

ALDH2

,

CYP1A1

ja

MTHFR

(tarkistetaan Hiyama

et al

. [5]). Tämä viittaa siihen, että on olemassa todennäköisesti muita tausta geneettiset tekijät ja vuorovaikutukset, jotka myötävaikuttavat ruokatorven synnyssä [4]. Mielenkiintoista, yli 100 geneettisestä yhdistys tutkimukset toistaiseksi vain Liu

et al.

[6] Tutkimus on keskittynyt erittäin polymorfinen geenien DNA mismatch korjaus koulutusjakson ja niiden rooli ruokatorven synnyssä. Useita genomin laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS) on myös tehty eri väestöissä, ja tutkimus Euroopan väestöstä raportoitu yhdistysten DNA korjaava geeni

HEL308

[7], [8], [9]. Lisäksi MMR geenien ja niiden polymorfismien ilmoitettiin lisäävät riskiä sairastua keuhko- tai pään ja kaulan syöpä; molemmat syöpien osuus samanlainen etiologia ruokatorvisyöpään [10], [11], [12], [13], [14].

Genetic tai epigeneettiset muutokset MMR geenit voivat kokonaan tai osittain heikentää MMR tehokkuutta ja annetaan siten kasvua kertyminen replikointi virheitä (RER) tärkeillä syöpää säätelevä geenejä, joka lopulta johtaa syövän synnyn [15]. Menetys yhteensopimattomuuden korjauksen toiminta ilmenee signaalien etsimiseen epävakaus (MSI) fenotyyppi. Tutkimukset tutkii laajaa mikrosatelliittimerkkien muutoksia ruokatorven syöpä ovat havainneet matalan tason MSI (MSI-L; jossa ainakin yksi mikrosatelliittimerkkien lokus muuttuu) on 16-67% ja adenokarsinoomat, kun taas 2-60% okasolusyöpä kasvaimet olivat MSI-L positiivinen, jolla on korkein MSI taajuudet havaittiin korkean ilmaantuvuuden populaatiot, mikä osoittaa, että MMR voi olla mukana patogeneesiin ruokatorven [16], [17], [18], [19], [20], [21], [22], [23], [24], [25], [26], [27], [28], [29].

Nämä raportit sai meidät tutkimaan yhteiseen varianttien MMR geenien ja niiden roolia herkkyys ruokatorven okasolusyöpä in korkean riskin väestöä. Suoritimme tapauskontrollitutkimuksessa kahdessa eri etnisten ryhmien eteläafrikkalaiset, jossa tarkasteltiin mahdollisia yhdistysten välillä 10 polymorfismien 5 MMR geenien (

MLH1

,

MLH3

,

PMS1

,

MSH2

ja

MSH3

) ja ruokatorven syöpään. Lisäksi SNP-SNP vuorovaikutusta sekä SNP ympäristön vuorovaikutukset tutkittiin edelleen tutkia osallistumista MMR järjestelmän OC.

Tulokset

Case-ohjaus Yhden SNP Analyysi

Ominaisuudet kaksi ryhmää, musta ja kirjava on esitetty taulukossa 1. Musta afrikkalaisia, tapausten ja kontrollien olivat samanlaisia ​​iän (

P

= 0,109) ja suvussa syöpä (

P

= 0,920). Vuonna kirjava ryhmä, tapaukset verrattuna kontrolleihin oli todennäköisemmin miehiä, savua ja alkoholia (

P

0,0001 kaikille) ja ei ollut merkittävää eroa ikäjakauma (

P

= 0,472) välillä syöpätapausta ja syöpää vapaa kontrolleina (taulukko 1). Yhdistelmä tupakointi ja juomatavat lisääntynyt riski ruokatorven syöpään 5,46-kertaisesti musta ja 19,06-kertaisesti risteytyksiä populaatioissa (

P

0,0001 kunkin populaation, taulukko 2).

genotyypin ja pieniä alleeli taajuuksia SNP on esitetty taulukossa S1. For polymorfismi rs26279 (

MSH3

), vähäinen G-alleelin esiintymistiheys on 32% tapauksista vs. 38% valvontaa risteytyksiä ryhmän (

P

= 0,044). G-alleelin polymorfismin rs5742938 (

PMS1

) oli taajuudella 48% tapauksissa ja 57% vuonna valvonta (

P

= 0,007) on kirjava ryhmä. Vähäinen alleelin of rs28756991 (

MLH3

) polymorfismi ilmeni 4% risteytyksiä hallitsee vs. 9% risteytyksiä tapauksissa (

P

= 0,001). Eroa ei havaittu joukossa Musta tapauksissa ja säätimet analysoitiin polymorfismien. Alleelisia jakaumat musta valvonta olivat hyvin yhtäpitäviä siinä LWK tai YRI HapMap populaatiot. Kaikki polymorfismien todettiin olevan Hardy-Weinberg tasapaino (

P

0,05) tutkiessaan Musta ja kirjava valvontaa erikseen. Kymmenen SNP tutkittavan, yli 99% näytteistä oli onnistuneesti genotyypitettiin. Käytimme regressioanalyysimme tutkia mahdollisia assosiaatioita polymorfismit MMR geenien ja ruokatorven synnyssä ennen ja oikaisun jälkeen ikä, sukupuoli, syntymäpaikka, elämäntapojen ja suvussa syöpä. Oikaistu kertoimet suhdeluvut ovat edustettuina taulukossa 3. Dominant ja väistyvä malleja pieniä alleelien katsottiin kunkin SNP.

Mixed-syntyperä ryhmä,

MSH3

rs26279G /G versus A /A tai A /G genotyyppi positiivisesti liittyy syövän (säädetty OR = 2,71;

P

= 5,71 x 10

–

3). Vastaavia yhteyksiä havaittiin

PMS1

rs5742938 (GG vs. AA tai AG: ajdusted OR = 1,73;

P

= 0,027) ja

MLH3

rs28756991 (AA tai GA versus GG : säätää OR = 2,07;

P

= 0,038). Huomasimme, että kaikkien kolmen liiton pysynyt merkittävänä korjaamisen jälkeen

P

-arvot useille testausta varten käyttäen Benjamini-Hochberg menetelmällä (rs26279:

P

korjattu = 0,027; rs5742938:

P

korjattu = 0,036, ja rs28756991:

P

korjattu = 0,027; [katso materiaalit ja menetelmät lisätietoja]). In Black eteläafrikkalaiset, havaitsimme marginaalinen yhdistys (

P

= 0,086) ja

MSH3

rs1428030 polymophism (GG tai AG vs. AA), jossa on 1,36-kertainen syöpäriski säätämisen jälkeen muut sekoittavien tekijöiden. Oli myös näyttöä mikä alennettua syöpäriskin, jossa marginaalinen merkitys, sillä

MLH3

rs2875991 A-alleelin alle peittyvästi geneettinen malli (oikaistu OR: 0,14;

P

= 0,078). Kuitenkin korjaamisen jälkeen useita testejä, merkitystä sekä yhdistysten oli menetetty. Lisäksi yhden SNP yhdistysten tutkittiin myös vain joukossa okasolusyöpä tapauksissa ilman adenokarsinoomat kuitenkaan anaysis ei tarjota lisää tai parempia tuloksia (taulukko S2).

haplotyyppianalyysissä

Haplotyyppifrekvenssianalyysi analyysi tehtiin arvioida tarkemmin roolia MMR geenien syövän etiologiassa. Kuten taulukossa 4 on esitetty, kolme SNP

MSH3

(rs1805355, rs1428030 ja rs26279) ja kaksi SNP

PMS1

(rs572938 ja rs13404927) käytettiin tuottamaan haplotyyppien. Taajuus A

rs1805355-G

rs1428030-G

rs26279 haplotyyppi

MSH3

havaittiin olevan huomattavasti suurempi musta valvonta (6,8%) kuin musta syövistä (3,6% ). Kuitenkin havaitun käänteinen yhteys oli vain marginaalisesti merkitsevä korjaamisen jälkeen useita testejä (

P

1000 = 0,049). Vuonna kirjava ryhmä, G

rs5742938-G

rs13404927 haplotyyppi

PMS1

liittyi 1.61- (95% CI: 1,22-2,13) ​​lisääntyminen OC riski verrattuna viitteellä A

rs5742938-G

rs13404927 haplotyypin ja säilyi merkitsevänä korjaamisen jälkeen useita testejä (

P

1000 = 0,011). Havaittu

PMS1

haplotyyppi vaikutus johtuu täysin yhdistyksen

PMS1

G

rs5742938 alleelin havaittiin yhden SNP-analyysi, eikä kasvua merkitystä saavutetaan sisällyttämällä variantin rs13404927. Ei ollut yhdistyksen välillä kolmen markkerin haplotyyppi

MSH2

(rs17217772, rs3771280 ja rs10188090) ja OC riski kummassakaan etnisten ryhmien (tuloksia ei ole esitetty).

Gene-geeni Vuorovaikutusanalyysi

Mahdolliset kumulatiiviset vaikutukset SNP arvioitiin MB-MDR lähestymistapaa (katso materiaalit ja menetelmät), koska se on hyvin tiedossa, että MMR entsyymit toimivat heterodimeerejä. Kaksi, kolme ja neljä kertaluvun vuorovaikutusta mallien tutkittiin ja tulokset on esitetty taulukossa 5. Tiedot paljastivat paras geneettisen vuorovaikutuksen SNP

MSH2

geeni (rs3771280),

MSH3

geeni (rs1428030 ) ja

PMS1

geeni (rs13404927 ja rs5742938), joka oli voimakkaasti yhteydessä lisääntynyt riski ruokatorven syöpään mustaihoisilla. Taajuus neljän lokuksen genotyyppi CC

rs3771280 /AG

rs1428030 /GG

rs13404927 /GG

5742938 oli merkitsevästi suurempi tapauksessa (18,6%) verrattuna kontrolleihin (9,3%). Vuonna kirjava ryhmä, kolme merkittävää monigeenisiin yhteisvaikutuksia ennustettiin. Kolmen jotta vuorovaikutus

MSH2

(rs3771280) *

PMS1

(rs13404927) *

MSH3

(rs26279) ja neljän kertaluvun vuorovaikutusta, johon sisältyi rs13320360 polymorfismi

MLH1

geeni, rs10188090 polymorfismi

MSH2

geeni ja rs13404927 ja rs5742938 polymorfismien

PMS1

geeni, olivat merkittävimmät ja olivat siten pidetään parhaana malleja. Multi-lokus genotyyppi CT

rs3771280-GG

rs13404927-AG

rs26279 oli vahvasti yhteydessä heikentyneeseen syöpäriskiä (

P

= 0,0028), kun taas genotyyppi TT /AA /GG /GG vuorovaikutuksesta

MLH1

(rs13320360) *

MSH2

(rs10188090) *

PMS1

(rs13404927) *

PMS1

(rs5742938) oli yli 2-kertaa suurempi syöpäpotilailla kuin terveillä henkilöillä (taulukko 5). Kaikki kolme edellä mainittua vuorovaikutusta edelleen merkittäviä jälkeen 1000 satunnainen permutaatio testi.

Gene-ympäristön vuorovaikutukset

tutkimiseksi edelleen roolin MMR polymorfismien suhteen ympäristötekijät, yksilöt stratifioitiin varten tupakka tupakointitapoihin. Kolme polymorfismien, joka osoitti yhdessä ruokatorven syövän riskiä yhden SNP-analyysi (katso taulukko 3) tutkittiin kerrostunut perustuva analyysi tupakoinnin. Vuonna kirjava ryhmä, polymorfismit

MSH3

rs26279 ja

MLH3

rs28756991 pysyi tautiin liittyvän tupakoitsijoilla (

P

rs26279 = 0,004, ja

P

rs28756991 = 0,011) vastakohtana tupakoimattomien, joissa mitään huomattavaa yhdistysten havaittu (taulukko 6). Lisäksi kolme merkittävin geeni-geeni vuorovaikutukset olivat tutkia jälkeen kerrostamiselintä sekä populaatioiden tupakansavulle altistumisen. Association of neljän lokuksen genotyyppi CC

rs3771280 /AG

rs1428030 /GG

rs13404927 /GG

5742938, jonka tunnuksena mustaihoisilla, liittyi OC tupakoijien (

P

= 0,007), kun taas merkitys yhdistyksen TT

rs13320360 /AA

rs10188090 /GG

rs13404927 /GG

rs5742938 genotyypin kanssa OC risteytyksiä koehenkilöillä oli kadonnut (

P

= 0,054). Vuorovaikutus

MSH2

(rs3771280) *

PMS1

(rs13404927) *

MSH3

(rs26279) oli ainoa merkittävä tupakoitsijoilla (

P

= 0,004) että risteytyksiä ryhmä (taulukko 6).

Functional Analysis

arvioimiseksi toiminnallista luonnetta OC-liittyvä SNP, joka tunnistettiin tässä tutkimuksessa,

MSH3

ja

PMS1

mRNA tutkittiin normaalissa ruokatorven koepalat 47 OSCC potilaista korrelaatio rs26279 ja rs5742938 genotyyppejä, vastaavasti. Ei merkittäviä vaikutuksia rs26279 ja rs5742938 genotyypit on

MSH3

ja

PMS1

ekspressiotasoja, vastaavasti, havaittiin (

P

rs26279 = 0.340 ja

P

rs5742938 = 0,954) (Kuva. 1). Lisäksi, toiminnalliset ja rakenteelliset vaikutukset aminohapposubstituutioita Ala1045Thr (rs26279) in MSH3 ja Arg797His (rs28756991) on MLH3 ennustettiin käyttämällä bioinformatiikan algoritmeja SIFT, PolyPhen, ja Kohdista-GVGD. Bioinformatiikan työkaluja ennustaa, onko aminohapon muutos on neutraali tai haitallisia vaikutuksia proteiinin, joka perustuu useiden kohdistusten tietojen ja biofysikaalisten ominaisuuksien aminohappoja. Evoluution sekvenssi conservations valmistettiin 26 MSH3 ja 19 MLH3 proteiinin sekvenssejä eri lajeista ja toimi tulona kaikki algoritmit.

In silico

algoritmi Kohdista-GVGD ennustettu neutraali vaikutus muunnokseen Arg797His (rs28756991), kun taas SEULOA ja PolyPhen ennustettu se olla vahingollisia vaikutuksia proteiineihin. Kaikki kolme tietotekniikassa olivat yhdenmukaisia ​​ennustettaessa neutraali toiminnallinen luonne aminohapon muutoksen Ala1045Thr (taulukko S3).

Ilmentymistasoja (palkit osoittavat ryhmä mediaanit) määritettiin normaalissa kudosnäytteitä kirjava OSCC potilaille. Kaikki arvot on normalisoitu GAPDH ilmentymisen. Kurskal-Wallisin testiä käytetään arvioimaan eroja ekspressiotasoja ryhmien välillä. Mediaani arvot rs26279 genotyypit ovat: 0,012 (AA), 0,012 (AG) ja 0,0081 (GG). Mediaani arvot rs5742938 genotyypit ovat: 0,0074 (AA), 0,0094 (AG) ja 0,0071 (GG).

Keskustelu

Karsinogeneesi on monivaiheinen prosessi, johon geneettiset ja ympäristötekijät riskitekijöitä. Yhteinen polymorfismien monien geenien, jotka ovat mukana DNA: n korjaukseen, on osoitettu altistavan yksilöiden sairauden. Geneettisten muutosten microsatellite alueilla, tunnusmerkki viallisen DNA yhteensopimattomuuden korjausjärjestelmä, on raportoitu ruokatorven syöpiä. Tästä huolimatta yleinen polymorfismien MMR geeneissä on harvoin tutkittu suhteessa OSCC alttius.

Voit arvioida OSCC tuomien riskien yhteinen polymorfismien MMR geeneissä, analysoimme 10 SNP 5 geenit MMR väylän suuren esiintyvyyden populaatiot Etelä-Afrikassa. Kun otetaan huomioon yleinen sairaus /yhteinen variantti (CD /CV) hypoteesi, SNP valittiin sen perusteella, niiden erilaiset genotyyppisten jakaumia välillä Afrikkalainen ja ei-Afrikkalainen väestö. Viimeaikaiset tutkimukset osoittavat myös, että vuorovaikutus useiden polymorfismien on keskeinen rooli syövän synnyssä; Siksi analysoitiin SNP-SNP sekä SNP-ympäristön vuorovaikutusta yhdessä OC.

Tässä tutkimuksessa tunnistimme kolme yhteistä polymorfismit, jotka liittyivät OSCC in kirjava yksilöt. Ensinnäkin, GG-genotyyppi polymorfismi

MSH3

rs26279 positiivisesti liittyvät tautiin. Polymorfismi

MSH3

rs26279 on tutkittava ennen, kuitenkin osittain ristiriitaisia ​​tuloksia eri tutkimuksissa. Conde

et al

. [30] havaittu mitään yhdessä rintasyövän riskiä yksittäisen-SNP tason valkoihoisilla naisilla. Kuitenkin geeni-geeni vuorovaikutuksen analyysi samalla tutkimus osoitti, että multi-lokus genotyyppi AA /TC

MSH3

rs26279 * M

SH6

rs1042821 vuorovaikutus liittyi alentuneeseen kasvaimien synnyn, mikä viittaa siihen, että rs26279 muutokset affiniteetti MSH3 proteiinin heterodimerisoitua MSH6. Lisäksi Liu

et al.

[6] ei havaittu yhteyttä rs26279 ja ruokatorven adenokarsinooma Kaukasian väestön, kun taas tutkimuksessa Hirata

et al

. [31] raportoi, että GG tai AG-genotyyppien

MSH3

rs26279 polymorfismi voi olla riskitekijä satunnaista eturauhasen syöpä. Lisäksi säätely alaspäin MSH3 havaittiin indusoivan MSI-L fenotyypin satunnaista peräsuolen syöpä (tarkastelleet Boland ja Goel, 2010 [32]). On mahdollista, että samanlainen mekanismi vastaa usein havaittu MSI-L fenotyypin OSCC tapauksissa [23]. Pyrkimyksissämme arvioimiseksi toiminnallista luonnetta tunnistettujen SNP suoritimme ilmentymisen analyysi

MSH3

biopsianäytteissä potilailta ja ei havaittu mitään korrelaatiota rs26279 genotyyppien ja ekspressiotasot

MSH3

geeni. Lisäksi

in silico

algoritmit ennustivat neutraali vaikutus proteiinien toiminta ja rakenne.

Toiseksi havaitsimme, että homotsygoottinen genotyyppi G-alleelin

PMS1

rs5742938 polymorfismi oli yhteydessä syövän Mixed-syntyperä eteläafrikkalaiset. Tämä havainto vahvistettiin lisäksi haplotyyppianalyysissä Mixed-syntyperä aiheita, jossa haplotyypin G

rs5742938-G

rs13404927 on

PMS1

lisäsi riskiä syöpään. Introniset muutos C.-21 + 639G A (rs5742938) ei ole tunnistettu yhdessä jokin syöpä ennen; kuitenkin, se oli ennustettu jota UTRScan laskennallisen algoritmin toiminnallisesti ei-merkitsevä [33]. Mukaan meidän koepala ilmentymisen analyysi, genotyypit rs5742938 eivät vaikuta

PMS1

mRNA ekspressiotasot. Nykyisessä kirjallisuudessa rooli MLH1-PMS1 komplekseja mismatch korjaus jää arvoitukseksi.

Lisäksi on yksi tai kaksi kappaletta A-alleelin

MLH3

rs28756991 polymorfismi oli yhteydessä suurentunut kehittämiseksi OSCC. Tämän havainnon myös tukevat i

n silico

SIFT ja PolyPhen algoritmeja, joka ennusti, että aminohappo muutos Arg797His (rs28756991) on mahdollisesti vahingollisia vaikutuksia rakenteeseen ja toimintaan MLH3 proteiinia. Tämä on ensimmäinen tutkimus, raportointi

MLH3

rs28756991 polymorfismi (Arg797His) ja sen suhdetta syöpäriskiä; kuitenkin muita toiminnallisia polymorfismien

MLH3

geenin on aiemmin osoitettu antavan syöpäalttiutta. Michiels

et al

. [34] ovat osoittaneet, että SNP

MLH3

rs175080 (Leu844Pro) liittyi suurentunut riski keuhkosyöpään eurooppalaisessa valkoihoisilla. Samanlainen havainto raportoivat Conde

et al

. [30], jossa vuorovaikutus

MLH3

rs175080 ja

MSH4

rs5745325 liittyi lisääntynyt riski rintasyövän portugalilaiseen väestöön. Yhdessä nämä raportit tukevat päätelmää, että

MLH3

voitaisiinkin mukana kehittämässä erilaisia ​​satunnaista syöpiä, kuten OSCC. MLH3 on kolmas proteiini, joka sitoutuu MLH1, keskeinen toimija MMR laitteessa, joten tehoton kokoonpano MLH1-MLH3 kompleksi voisi johtaa alhainen tunkeutuu onkogeenista tapahtumia.

Lisäksi merkitystä kaikkien kolmen liiton on Mixed -ancestry ryhmä jatkunut korjauksen jälkeen useita testejä ja valtuudet havaita havaittu vaikutus koot olivat 90,47% (

MSH3

rs26279), 84,88% (

PMS1

rs5742938) ja 86,71% (

MLH3

rs28756991).

Emme voineet vahvistaa vastaavia yhteyksiä musta eteläafrikkalaiset yhteismarkkinavaiheessa SNP tasolla. Syynä puute merkittävien yhdistysten näissä yksilöissä todennäköisesti piilee eri kytkentäepätasapainossa (LD) kuvioita kesken kahden etnisen ryhmän sijasta eri etiologia OSCC. Afrikkalainen populaatiot ovat todennäköisesti vanhin väestö maailmassa, koska Afrikassa uskotaan olevan mantereen alkuperän modernin ihmisen. Vanhemmassa väestössä, koot LD lohkot ovat yleensä pienempiä, koska enemmän rekombinaatiotapahtumia [35], [36]. Siksi voimme spekuloida, että markkerialleelien, joka tunnistettiin risteytyksiä ryhmä (tämä on nuori väestö johtuvat sekoittumisesta ei-afrikkalaiset alkuperäiskansojen Afrikkalainen väestö 17-luvulla), ovat LD kanssa sairauksia aiheuttavia alleeleja on

MSH3

,

PMS1

ja

MLH3

geenejä, kun taas musta Esivanhemmat koehenkilöillä (eli edustajat vanhan Afrikan väestöstä) tutkittujen alleelien ei ole ehkä LD kanssa taudin alleeleja. Kuitenkin yhdistys tutkimukset muiden etnisten ryhmien tarvitaan tueksi tätä käsitystä. Lisäksi populaatiot Afrikkalainen alkuperää läsnä mahdollisuuden määritellä todellinen sairaus alleeleja, jotka ovat vastuussa sairauden fenotyyppi, hieno-kartoitus geneettisen alueita, joita pidetään sairauteen liittyvää ei-Afrikkalainen väestö [37].

tutkimiseksi edelleen osallistumista MMR mekanismin OSCC kehittämiseen, selvitimme mahdollisia geeni-geeni vuorovaikutukset MB-MDR, ulottuvuus vähennys ehdottama menetelmä Calle

et al

. [38]. Molemmissa ryhmissä, vuorovaikutus analyysi tuotti useita tilastollisesti merkittäviä yhteisvaikutuksia. In Black yksilöt, mahdollisen neljän kertaluvun vuorovaikutusta

MSH2

(rs3771280) *

MSH3

(rs1428030) *

PMS1

(rs13404927) *

PMS1

(rs5742938) osoittivat vahvaa yhdessä pahanlaatuisten kasvainten riski, kun taas vuorovaikutus

MSH2

(rs3771280) *

PMS1

(rs13404927) *

MSH3

(rs26279) laski merkittävästi riskiä syöpään risteytyksiä koehenkilöillä (taulukko 5). Mielenkiintoista on, että tulokset ovat yhdenmukaisia ​​näiden kahden ryhmän välillä, koska useimmat merkittävästi sairauteen liittyvän vuorovaikutukset havaittiin SNP: iden välillä, jotka sijaitsevat

MSH2

,

MSH3

ja

PMS1

geenejä. Perustuen tietomme ja tieto siitä, että MMR aktiivisuus saavutetaan proteiini heterodimeerejä, voidaan väittää, että SNP, joka vaikuttaa toimivuutta kolmen komponentin kompleksin välillä heterodimeerejä MSH2-MSH3 ja MLH1-PMS1, ovat tärkeä tapahtuma OSCC kehittämiseen. Uskomme myös, että voi olla monia geneettisiä vuorovaikutusta vaikuttavia kokoonpano ja toimivuus muiden MMR-heterodimeerejä ja siksi se täytyy tunnistaa.

MLH3

(rs28756991) *

MSH2

(rs17217772) vuorovaikutus havaittiin vähentävän riskiä OSCC Mixed Esivanhemmat väestöstä (taulukko 5). Lisäksi samanlainen geeni-geeni vuorovaikutukset MMR geenien on raportoitu myös Conde

et al.

[30] yhdessä rintasyövän herkkyys.

Tuloksemme myös sitä, että synnyssä yhteisten polymorfismien MMR geenien riippuvat ympäristötekijöistä vastuita, erityisesti tupakoinnin. Samanlaisia ​​havaintoja on raportoitu aikaisemmin muissa syöpätyypeissä, jotka jakavat yhteiset etiologia ruokatorvisyöpään. Hirao et ai. [11] ovat osoittaneet yhdistyksen välillä keuhkosyövän ja Heterotsygotian menetys (LOH) osoitteessa

MLH1

lokuksen, joilla on korkeampi esiintyvyys LOH Tupakoivilla potilailla. Useat tutkimukset viittaavat myös siihen, että

MLH1

rs1800734 polymorfismi ja tupakansavulle altistuminen on rooli kasvainten synnyssä keuhkosyöpään [12], [13]. Tutkimuksessamme polymorfismit rs26279 (

MSH3

) ja rs2875661 (

MLH3

) näyttävät olevan mukana tupakointiin liittyvien syöpää, koska ne olivat vain patogeenisiä keskuudessa tupakointi yksilöiden toisin savuton , jossa ei ollut yhteyttä ei havaittu (taulukko 6). Siirretään havaita havaittu vaikutus koot tupakka-tupakointi tapauksissa risteytyksiä ryhmä pysyi riittää

MSH3

rs26279 (97,53%) ja

MLH3

rs28756991 (85,05%), kun taas raja yhdistys

PMS1

rs5742938 syövän oli alitehoinen klo 64.06%. Tiedämme, että vain niin vähän kuin 16 savuttoman risteytyksiä tapaukset olivat läsnä tutkimuksessa, joka merkittävästi vähensi voima havaita havaittu vaikutus koot tupakoimattomilla. Siksi tukemaan edelleen saatujen tulosten kirjava ryhmä, kerrostuneisuus analyysi suoritettiin Mustan Esipolviluettelo ryhmä, jossa enemmän tupakointi ja savuton yksilöitä otettiin. Neljän järjestys vuorovaikutusta tunnistettiin MB-MDR oli voimakkaasti yhteydessä syövän tupakointi musta Esipolviluettelo yksilöitä, toisin savuton yksilöitä saman etnisen ryhmän, jossa ei havaittu yhteyttä (taulukko 6). Tämä suuntaus viittaa siihen, että viallinen MMR proteiinit – niiden aktiivisuus saattaa vaarantua polymorfismien MMR geenien – voi olla tehoton korjaus suurempia määriä tupakoinnin aiheuttamien DNA addukteja ja /tai signaloinnin apoptoosin tällaisten DNA virheen tapahtumista. Tuloksemme tukevat tiedot on saatu Dodd

et al

. [39], jossa todettiin, että geenit osallistuvat aineenvaihduntaan nitrosamiinien ja DNA korjaus prosessit, myös MMR, ovat väärin säädellystä nenänielun karsinooma (NPC). Nämä kirjoittajat ehdotti vuorovaikutuksesta eksogeenisen altistumisen mukaan nitrosamiinien (kuten ruokavalion, tupakansavu ja muut), ja kyky tehokkaasti aineenvaihdunta nitrosamiineja tai korjata DNA aiheuttaman vaurion reaktiivinen sivutuotteita nitrosamiinia aineenvaihdunnan etiologiassa NPC. Nitrosamiini 4- (methylnitrosamino) -1- (3-pyridyyli) -1-butanonia (NNK) on voimakas karsinogeeni sisältyvät tupakansavun ja sen osoitettiin indusoivan solujen DNA-vaurioiden [40], [41], [42]. Tutkimus Hou

et al

. [43] kertoi, että Bcl2 parantaa taajuus NNK aiheuttaman mutaatioita alaspäin säätäminen MMR tehokkuuden kautta häiriöitä MSH2-MSH6 monimutkainen. Tästä huolimatta havaittiin geeni ympäristön vuorovaikutukset liittyvät OSCC vielä takaa vahvistus suuremmassa riippumaton tutkimus.

Lisäksi olemme vahvistaneet peräisin lisäainetta (musta ryhmä) synergistiseen (in risteytyksiä ryhmässä) riski vaikutus tupakan savua ja alkoholi yhdistelmä karsinogeenisuutta kuten aiemmin raportoitu useat muut tutkimukset [44], [45], [46].

Yhteenvetona tämä tutkimus antaa näyttöä, että yhteinen polymorfismeilla MMR geenien todellakin mukana etiologia OSCC. Kumulatiiviset vaikutukset MMR-polymorfismien oli edelleen osoitettiin voimakkaasti edistää syövän kehitystä molemmissa etnisten ryhmien. Itse asiassa, meidän tulokset merkitsevät sitä, että yhdessä vaikutukset yhteisten polymorfismien MMR geenien saattavat muuttaa alttius OSCC moduloimalla vaikutuksesta altistumista ensimmäisen tupakansavulle.

Materiaalit ja menetelmät

oppiaineista

tutkimus väestö on kuvattu muualla [47], [48], [49]. Lyhyesti, yhteensä 1239 yksilöiden rekrytoitiin musta ja kirjava väestöstä Etelä-Afrikassa. Musta henkilöt (n = 689) oli xhosa puhuva eteläafrikkalaiset (xhosa-kaiuttimet peräisin bantu-kaiuttimet eteläisessä Afrikassa), enimmäkseen syntynyt alueilla Itä- ja Western Cape. Aiheet johtuvat avioliitot eri etnisten ryhmien, kuten länsieurooppalaiset, alkuperäiskansojen Khoisan, bantu-speaking afrikkalaisia, indonesialaiset ja malesialaiset katsottiin risteytyksiä ja olivat Western Cape (n = 471). Tutkimus koostui 550 diagnosoitu ja histologisesti varmennettu ruokatorven okasolusyöpä tai adenokarsinooma tapauksissa jotka rekrytoitiin vuosien 2000 ja 2010 välillä Groote Schuur Hospital, Kapkaupunki, Western Cape, Etelä-Afrikka. Tapaukset olivat joko musta tai kirjava etninen ryhmä. Ei ollut rajoituksia rekrytointikriteereissä iän ja sukupuolen tapauksista. Kontrollit (n = 610) olivat terveitä henkilöitä ilman aiemmin ollut syövän ja rekrytoitiin samasta väestöryhmien ja maantieteellisellä alueella tapauksista. Jokainen osallistuva kohteena haastateltiin kerätä tietoa demografisia ominaisuuksia (ikä, sukupuoli, kansallisuus), tupakoinnin ja alkoholin kulutusta ja suvussa syöpää. Kohteet, joissa nykyisiä tai entisiä tupakointitapoihin luokiteltiin tupakoitsijoita. Alkoholinkäyttäjistä määriteltiin henkilöt, jotka kulutetaan enemmän kuin 40 grammaa alkoholia päivässä. Suvussa syöpää pidettiin positiivisena yksilöiden ainakin yhden ensimmäisen asteen sukulainen tai kaksi toisen asteen sukulaisia, joilla on syöpä. DNA uutettiin jäädytetyistä verinäytteistä käyttämällä standardimenetelmiä. Tutkimus hyväksyi Kapkaupungin yliopisto /Groote Schuur Hospital Human Ethics Research commitee.