Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

tunnistaminen EGFR keskeisinä orchestrator metastaattisen prosessin kolorektaalisyövässä, mutta myös huomattava heterogeenisyys vastausten anti-EGFR terapia, tutkimme rakenteessa komposiitti kasvaimen kinaasin toimintaa säätelee EGFR-välitteistä signalointia, jotka saattavat olla osallisina kehittämisessä etäpesäkkeitä.

Potilaat ja menetelmät

Point mutaatioita

KRAS

,

BRAF

, ja

PIK3CA

ja

ErbB2

vahvistus määritettiin primaarikasvainten 63 potilailla, joilla on paikallisesti edennyt peräsuolen syöpä määrä radikaali hoito. Peptidisynteesilaitteilla paneelit, tyrosiinikinaasisubstraatteja,

ex vivo

Phosphopeptide profiilit kertyi samasta lähtötason kasvain näytteet ja korreloi etäpesäkkeiden elinaikaa.

Tulokset

valvomaton klustereiden analyysi saadun fosforylaation 102 array substraattien määritelty kaksi kasvain luokkaa, molemmat koostuvat tapausten ja ilman

KRAS /BRAF

mutaatioita. Pienempi klusteri potilasryhmässä, joilla kasvaimet tuottavat korkea

ex vivo

fosforylaation fosfatidyyli-3-kinaasi liittyviä alustoille, oli erityisen aggressiivinen taudinkulku, jossa lähes puolet potilaista kehittää etäpesäkkeitä vuoden kuluessa seuranta.

Johtopäätös

korkea fosfatidyyli-3-kinaasi-välitteinen signalointi aktiivisuutta primaarikasvaimen sijaan

KRAS /BRAF

mutaatiostatus, tunnistettiin tuntomerkki huono etäpesäkkeiden elinaika potilailla, joilla on paikallisesti edennyt peräsuolen syövän voimakkaassa hoitoon lantion pesillä.

Citation: Ree AH, Kristensen AT, Saelen MG, de Wijn R, Edvardsen H, Jovanovic J, et al. (2012) Tumor fosfatidyyli-3-kinaasisignaloinnin ja kehittäminen etäpesäkkeitä paikallisesti edenneessä peräsuolisyöpä. PLoS ONE 7 (11): e50806. doi: 10,1371 /journal.pone.0050806

Editor: Ming Tan, University of South Alabama, Yhdysvallat

vastaanotettu: 29., 2012 Hyväksytty: 25 lokakuu 2012; Julkaistu: 30 marraskuu 2012

Copyright: © 2012 Ree et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Tämä työ tukivat Akershusin yliopistollisen sairaalan Grant 2010-003 (AHR), Euroopan unionin 7. puiteohjelma Grant 222741-METOXIA (AHR ja KF), The Norja Cancer Society (KF), ja runsas potilas lahjoitus (noin 10.000 dollaria ) tueksi tämän erityisen tutkimustoimintaa (AHR). Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat lukenut lehden politiikan ja ovat seuraavat ristiriita: RDW on PamGene International BV työntekijä. Toinen kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä olemassa. Tämä ei muuta tekijöiden noudattaminen kaikki PLoS ONE politiikan tietojen jakamista ja materiaaleja.

Johdanto

paljous yli 500 proteiinikinaasien, The kinome edustaa merkittävää osaa ihmisen genomin ja reseptorityrosiinikinaasit ovat keskeisiä välittäjinä signa- säännellä keskeinen biologisten prosessien maligniteetin, kuten leviäminen, angiogeneesi, ja etäpesäkkeiden [1], [2]. Jotta voidaan optimoida ja yksilöllistää terapeuttisen tehokkuuden kinaasin estäviä aineita varten etäpesäkkeitä ohjaus, se näyttää järkevää hyödyntää erityistä mallia kasvaimen kinaasiaktiivisuutta toiminnallisina biomarkkeri käytännöllisiä tavoitteita.

paikallisesti edennyt peräsuolen syöpä (LARC) satunnaistettu tutkimuksissa on korostettu keskeinen rooli kemosädehoito (CRT) yhdessä poistettu kirurgisella hävittämiseksi kasvaimen sisällä lantion pesillä ja parantaa pitkän aikavälin tuloksen [3]. Kuitenkin, vaikka onnistunut paikallinen hoito, huomattava määrä potilaita kehittyy etäpesäkkeitä seurauksena varhaisen, havaitsematta systeeminen levittäminen syöpäsoluja. Tässä viitekehyksessä mahdollisille ei-satunnaistetussa tutkimuksessa, joka käsittää LARC Potilaille annettiin CRT seurasi radikaaleja ja ei muuta hoitoa tarjoaa ainutlaatuisen mahdollisuuden tutkia säätelevän roolin tietyn kinaasin signalointireiteissä kasvaimen leviäminen, angiogeneesi, ja etäpesäkkeiden tietyllä kliinisessä yhteydessä. Tässä tutkimuksessa käyttäen peptidillä paneelit, tyrosiinikinaasisubstraatteja [4] – [6] analysoida potilaiden kasvaimia diagnoosin aikana, olemme havainneet, että potilailla, joilla on huono CRT vaste oli merkittävästi kohonnut kasvaimen kinaasiaktiivisuuden, mikä signalointi välittyy VEGFR, EGFR, ja fosfatidyyli-3-kinaasi (PI3K) /AKT, verrattuna hyvän vastaaville potilaille [7]. Lisäksi olemme raportoitu, että kasvaimen angiogeenisten allekirjoitukset käsittää PDGFR, VEGFR, ja EPOR liittyi mikroskooppisen levittämiseen kasvainsolujen luuytimessä aikaan diagnoosin, joka toisaalta korreloi kohonneen riskin sairastua etäpesäkkeitä seuraava aikana radikaalin hoidon lantion pesillä [8].

metastasoitunut kolorektaalisyöpä, monoklonaalisia vasta-aineita vastaan ​​suunnattuja EGFR, nykyisin setuksimabi ja panitumumabi, on toteutettu kliinisessä käytännössä viimeiset kahdeksan vuotta. Jotta optimaalinen valinta soveltuvista potilaista, alkuperäisen molekyyli tiedot huomioon mutaatioita geeneissä, jotka koodaavat efektoriproteiinit alavirtaan EGFR kasvaimen signalointikaskadissa, pääasiassa mutaatiot kodonissa 12 tai 13

KRAS

, koska ennustaja luontaisten terapeuttista vastustuskykyä anti-EGFR-monoklonaalisia vasta-aineita [9]. Lisäksi mutaatiot geeneissä, jotka koodaavat muiden välittäjien, ensisijaisesti

BRAF

p.V600E mutta myös

PIK3CA

mutaatioita, jotka liittyvät resistenssiin [9], kun taas kasvaimet kätkeminen

KRAS

p .G13D voi vastata [10], [11]. Äskettäin ehdotettiin, että monistuminen

ErbB2

käsittää toista vastus mekanismin [12], [13], ja että hankitun resistenssin Siirretään mutaation

EGFR

itse [14] tai tulokset laajennus kasvaimen alakloonien kanssa mutatoitunut tai ulkoiset

KRAS

[15], [16]. Lisäksi signalointi kautta polun

KRAS /BRAF

-koodattua -efektiboksejamme EGFR rinnakkain aktivoi PI3K-välitteisen signaloinnin kautta monivaiheisen vuorovaikutuksen messenger molekyylejä efek- [17], [18]. Huolimatta kaikista edellä mainituista tietämyksen kuitenkin objektiivista vastetta anti-EGFR-vasta-aine terapia metastaattisessa kolorektaalisyövässä saadaan parhaassa tapauksessa ei yli puolet potilaista ei kasvain poikkeamia EGFR signalointiverkon että nykyisin testataan rutiininomaisesti [ ,,,0],9], [19], [20].

hypothesizing että kinaasisignaloinnin harjoittamaa toimintaa EGFR voi heijastaa mutaatio aseman koodaavien geenien efektoriproteiinit mistä tahansa komponentin molekyylien verkon, vertasimme aiemmin saavutettu

ex vivo

kasvain Phosphopeptide profiileja LARC tutkimuspotilaiden [7], [8] kanssa kasvain mutaatiot

KRAS

eksonin 2,

BRAF

eksonin 15, ja

PIK3CA

eksonit 9 ja 20, ja monistaminen

erbB2

. Käsitteellisesti kasvain kinaasiaktiivisuuden allekirjoituksia käsittää kaikki vuorovaikutuksessa signalointipolkujen merkitystä voitaisiin kehittää funktionaalisiksi biomarkkerit käytännöllisiä hoidon tavoitteet etäpesäkkeitä valvontaa. Tutkimukset tässä tutkimuksessa määritelty alaryhmä LARC potilaiden jälkeen resektio primaarikasvainten korkea aktiivisuus PI3K signalointireitin, erityisen huono etäpesäkkeitä elinaikaa. Tämä havainto viittaa siihen, että korkea kasvain PI3K-välitteisen signaloinnin toiminta on biomarkkereiden riskinarvioinnin ja hoito kerrostumista.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics lausunto

vaihe II, ei- satunnaistettu tutkimus protokolla (ClinicalTrials ID NCT00278694) hyväksyi Institutional Review Board ja alueneuvoston Lääketieteen ja Health Research Ethics Kaakkois- Norjassa, ja on sopusoinnussa Helsingin julistuksen. Kirjallinen suostumus vaadittiin osallistumista.

Potilaat ja menetelmät

Potilaista ilmoitetaan tässä oli kirjoilla lokakuussa 2005 toukokuussa 2008. Potilas kelpoisuusvaatimukset, arviointimenetelmiä, hoitoajan ja muutoksenhakumenettelyt seurannassa on kuvattu yksityiskohtaisesti aiemmin [7]. Sen jälkeen neoadjuvantti- fluoropyrimidiiniä /oksaliplatiinipohjaisen CRT ja myöhemmin leikkaus, resektoidun primaarikasvaimen näytteet histologisesti arvioitiin hoitovasteen mukaan vakioperusteita (histopatologiset pysähdyspaikan, ypTN) ja histomorphologic kasvaimen regressio arvosana (TRG). Lyhyesti, tämä luokiteltiin yhden viidestä TRG luokkiin, ulottuen ei ole jäljellä kasvainsolujen resektoidun näytteen (TRG1) puutteesta morfologisia merkkejä hoitovasteen (TRG5) [21]. Seurantatiedot saatiin kliinisestä tietokannasta ja sensuroitu 31. joulukuuta 2011. Voimassa havaintoja läsnäolon tai puuttumisen etäispesäkkeitä tarvitaan nimetty radiologisten tutkimus. Neljä potilasta synkronimoottori kokoisen maksametastaaseihin jätettiin analyysin etäpesäke vapaa elinaika.

kasvainnäytteestä

Tällä hetkellä diagnoosi, perustason tutkimuksittain ensisijainen kasvainbiopsioissa saatiin 79 potilasta, joilla paikallisesti edennyt peräsuolen syöpä kovassa sedaatio, pikajäädytettiin nestemäisessä typessä ja säilytettiin -80 ° C: ssa, kuten on raportoitu aiemmin [7]. Niistä mukana potilaita, 16 potilasta jätettiin pois tässä tutkimuksessa, koska 12 potilaalla oli Tuumorinäytteiden jossa kinaasiaktiivisuuden profilointia ei ollut suoritettu, koska potilaat olivat joko tukikelpoisia jälkeen tutkimus rekisteröinnin (

n

= 4) , oli peruuttanut suostumuksensa (

n

= 1), oli yllättäen kuoli ennen leikkausta hoidon (

n

= 1), oli kehittynyt etäpesäkkeitä etenemisen aikana ennen leikkausta hoidon että poissuljettu leikkauksella (

n

= 1), oli kasvain solun sisällön alle 20% sisällä biopsianäytteen (

n

= 3), tai oli biopsianäytteestä jossa kinaasiaktiivisuuden analyysi puuttui tuntemattomasta syystä (

n

= 2), ja neljä muuta potilasta ei ollut kasvaimen DNA eristettiin, koska ei ole biopsialaitteet pysyi varten. Täten kasvaimen kinaasiaktiivisuuden profiileja perustuu aikaisempien array phosphosubstrate tietoja onnistuneesti tunnistettu 63 potilasta, jotka olivat heidän kasvain

KRAS /BRAF /PIK3CA /ErbB2

mutaatiostatus määritetty, ja tämä tutkimusväestö läsnä nykyisessä analyysit.

Kasvaimen Gene Mutation Analyysit

KRAS

,

BRAF

, ja

PIK3CA

kohdesekvenssien monistettiin polymeraasiketjureaktiolla, ja emässubstituutiota havaittiin denaturanttia, pyöräily lämpötila kapillaarielektroforeesi [22], [23], mukaan taulukon S1.

ErbB2:

monistus analysoitiin käyttäen TaqMan® kopiomäärän määritys (Applied Biosystems, Oslo, Norja) protokollaa [24], ja kalibroitu suhteessa kunkin yksittäisen potilaan vastaavan DNA eristettiin perifeerisen veren mononukleaaristen solujen. Kasvain DNA-näytteet suhteellisen kvantifioinnin suurempiin 5 katsottiin monistettiin varmistaa pisteytys korkealaatuista polttoväli

ErbB2

vahvistus vasta, jättämällä heikompilaatuisen polysomy kromosomi 17.

kasvain kinaasiaktiivisuutta Profilointi

valmistaminen kasvainnäyte lysaatit ja multiplex analyysi kasvaimen kinaasiaktiivisuuden peptidisynteesilaitteilla paneelit, tyrosiinikinaasisubstraatteja (tyrosiinikinaasikimeerojen PamChip96 Array; PamGene International BV, ’s-Hertogenbosch, Alankomaat) on kuvattu yksityiskohtaisesti aiemmin [7 ]. Keskimääräinen kasvainsolun pitoisuus biopsianäytteistä oli 46%, ja mitään eroa välillä havaittiin kasvainten villityypin ja mutatoidun

KRAS /BRAF

(

P

0,67, kahden otoksen

t

-testi). Neljä teknistä rinnakkaista analysoitiin kunkin potilaan näytteestä tuottaa

ex vivo

phosphosubstrate profiileja.

mukauttaminen Array Data

Data visualisointi ja jalostus aiemmin saavutettu array data (ArrayExpress liittymisen numero E-TABM-913), kuten on raportoitu aiemmin [7], suoritettiin käyttäen BioNavigator versiota 5.10.70 (PamGene International BV). Kasvaimet jaettiin kahteen ryhmään; Villityypin ja mutatoidun

KRAS /BRAF

tila (36 ja 27 näytteitä, vastaavasti). Tiedot array peptidin fosforylaatioon, seuraava muunnos array signaali intensiteettiä, oli log-transformoituja käsittelyn jälkeen pieni määrä negatiivisia datapisteitä vähentämällä 1% prosenttipiste koko datajoukon ja myöhemmin asettamalla kaikki jäljellä datapisteet, jonka arvo on alle 1 arvoa 1. Tämä mukauttaminen lähestymistapa valittiin tasapainottaa datapisteiden määrä, joka asetettiin arvoon 1 ja laajuudesta kollektiivinen ylöspäin siirtyminen koko tietojoukon. Korjaaminen levy levyyn vaihtelua saavutettiin normalisoimalla alustan signaalin intensiteetin keskiarvoa signaalin intensiteettiä kaikista villityypin kasvaimia vastaavat levyt seuraavalla kaavalla: N

PSM = log

2 (S

PSM) – log

2 (G

pm), jossa N

PSM on normalisoitu signaali alustalle p näytteen s lautaselle m, S

PSM on vastaava ei-normalisoitu signaali, ja G

pm on keskimääräinen signaali villityypin kasvaimia alustan s lautaselle. Phosphosubstrates näytteen kanssa, keskimääräinen signaali on alle 10 jätettiin pois, jättäen 102 peptidien lisäanalyysiä varten (taulukko S2).

Tilastollinen analyysi

perusteella signaalin arvoja näiden tuloksena 102 array fosfopeptidejä, valvomatta analyysi tehtiin soveltamalla Pääkomponenttianalyysin ja

k

yhdistetty elin klusterointia, jossa 10 Monte Carlo toistoja käyttäen vakiotoimintoja annetaan Matlab tilastot Toolbox (Matlab R2010A; Mathworks, Natick, MA, USA). Binary ohjattu luokitus analyysi suoritettiin käyttäen osittaisen pienimmän neliösumman erotteluanalyysi Matlab R2010A, oleellisesti, kuten aikaisemmin on kuvattu [7]. Suorituskyky luokan osion suhteen kasvaimen mutaatiostatus arvioitiin 20-kertaiseksi cross validointi. Jakautuminen parametrien välillä potilailla, joiden kasvaimissa kätkeminen ero molekyylitason ominaisuuksia verrattiin käyttämällä Fisherin testiä kategorisen datan ja kahden otoksen

t

-testi jatkuvien muuttujien. Log-rank-testi levitettiin laskea mitään eroa etäpesäkkeitä elinaika välillä potilasalaryhmissä. Aineisto analyysi suoritettiin käyttäen SPSS Predictive Analytics Software (SPSS Inc., Chicago, IL, USA).

P

-arvot alle 0,05 pidettiin tilastollisesti merkitsevä.

Tulokset

Kasvain Mutaatiot

Point mutaatioita

KRAS

,

BRAF

, ja

PIK3CA

ja monistaminen

ErbB2-

havaittiin 35%, 6,3%, 9,5%, ja 3,2% primäärikasvaimissa 63 LARC tapauksissa, vastaavasti (Pöytä 1); enemmistönä, yhden geenin poikkeavuus todettiin. Neljä kasvaimia kanna

BRAF

mutaatio, joko p.D594G tai p.V600E, kuten yksinäinen poikkeavuus. Kuudessa kasvaimet,

PIK3CA

mutaatioita havaittiin; kahdessa tapauksessa

KRAS

myös mutatoitunut. Vain kaksi näytettä, molemmat ilman muuta havaita mutaatioita, osoitti monistettu

erbB2

(nojalla yli 5-kertainen kasvain

ErbB2

taso suhteessa tasoon potilaan vastaavassa normaalissa DNA). Eroja ei havaittu potilailla kätkeminen

KRAS /BRAF

villityypin ja mutatoidun kasvaimia koskevat radiologisten TNM diagnoosin, histopatologisia ypTN vaihe tai histomorphologic TRG pisteet kirurgisista näytteistä seuraavat CRT, kehittäminen etäpesäkkeitä klo mediaaniseuranta -up 53 kuukautta (vaihteluväli 7-70), tai ikä (taulukko S3).

kasvain kinaasiaktiivisuutta Profiilit

Ex vivo

kasvain kinaasiaktiivisuutta profiileja olivat peräisin 102 joukko alustoille, joissa oli signaali-intensiteetit yläpuolella määritellyn kynnysarvon (taulukko S2), jossa suhteellinen fosforylaatio määrät vaihtelivat sisällä log

2 välillä -1,0-1,0. Perustuen luotu phosphosubstrate profiilit, binary luokan osio malli syrjinyt oikein välillä kasvaimen

KRAS /BRAF

villityypin ja mutaation asema 67%: ssa tapauksista. Ei parannusta tarkkuus luokan osio saavutettiin sisällyttämisestä joko

PIK3CA

tai

ErbB2

poikkeamia kuin lisäkerroksia tietojen ryhmään kasvaimen näytteitä geenimutaatioita.

kuvassa 1 on esitetty tilanne juoni johtuvat Pääkomponenttianalyysin tietojen joukko 102 Phosphopeptide alustoista; kukin piste edustaa yhtä 63 näytteiden kolmiulotteisessa pääasiallisen komponentin tilaa. On tarkastus pisteet juoni, yksi kasvain (suljettu kolmio) havaittiin selkeä harha jakeluun näytteiden pitkin ensimmäistä pääkomponentti, ja lisäksi loput näytteet näyttivät erottaa kahteen ryhmään, molemmat koostuvat suhteellisen tasapainoinen useita

KRAS /BRAF

villityypin ja mutatoidun kasvaimia. Myöhemmin käyttäen tulokset kolmen pääkomponenttien syötteenä ja ilman harha kasvaimen tarkempaa analysointia,

k

yhdistetty elin klusterointia sovellettiin, jotta saadaan kaksi erillistä ryhmää näytteitä, mikä osoitetaan tahansa rajatapauksia kumpaankaan kaksi. Tästä menettelystä tuloksena, 15 62 näytettä (24%), joista 11 (69% 15) olivat

KRAS /BRAF

villityypin tapauksissa ryhmittyneet pienemmän ryhmän (Cluster-ryhmä 2; suljetut ympyrät). Vaikka suuremman klusterin 47 näytettä (Cluster-ryhmä 1, avoimet neliöt) koostui 26 (55%)

KRAS /BRAF

villityypin kasvaimia,

KRAS /BRAF

villityypin ja mutatoitunut tapausta tasaisin sisällä kaksi kasvain klusterit (

P

= 0,17).

valvomaton ryhmittely analyysi kinaasin substraatin fosforylaation tasojen tuottamat kasvaimia 63 potilasta. Jakautuminen eri näytteiden

KRAS /BRAF

villityypin (punainen) ja mutatoitunut (sininen) kasvaimia visualisoidaan tulokset kolmen ensimmäisen komponentteja pääkomponenttianalyysi (PC1-3) vaihteluvälin fosforylaation tasojen 102

ex vivo

kinaasin substraatteja.

k

yhdistetty elin klustereiden saamiseksi käytettiin kaksi ryhmää kasvain näytteet, osoitetaan avoimilla neliöillä (Cluster-ryhmä 1) ja ympyrät (Cluster-ryhmä 2), tässä järjestyksessä. Suljettu kolmio edustaa yhtä harha jakeluun näytteiden pitkin PC1, jollaista on jo käsitelty tulokset.

Kuviossa 2 käyttäen tuloksena ryhmiä valvomatonta klusterointi analyysi, kasvain näytteet (vaaka-akseli) ja peptidit (pystyakseli) on lajiteltu pitkin viiva, joka yhdistää kaksi klusterin centroids niiden projektio ja paino signaalin muutos, vastaavasti, mikä osoittaa, että Cluster-ryhmä 2 kasvaimia tuotti korkeampia

ex vivo

alustan fosforylaation tasoja kuin näytteiden Cluster-ryhmän 1 kaikille 102 peptidejä. Järjestys peptidisubstraattien suhteen, miten heidän erilainen fosforylaatio tasoilla koko kasvain näytteet erottaa kahden klusterin ryhmää,

eli

erotteleva kasvain kinaasiaktiivisuuden profiili, on lueteltu taulukossa 2. Mielenkiintoista, erot fosforylaatioon substraattien liittyvien PI3K-riippuvaisten tekijöiden (yksi PIK3R1 kolme CTTN1, yksi PLCG1, kaksi PDPK1, ja yksi RASA1 peptidit) vaikutti voimakkaammin erottelun klusterin ryhmiä, koska ne olennaisesti löydettiin ylemmän puoliskon , kuin phosphosubstrates liittyvät signalointi välittyy

KRAS /BRAF

-koodattua efektori polku (yksi RAF1 ja neljä MAPK isoformit peptidejä). Yksi kolmesta EGFR array peptidien joukosta löydettiin phosphosubstrates voimakkaasti erottaa kahden klusterin ryhmää.

Kuvitteellinen viiva vedettiin väliin määritetyn painopisteen kunkin potilaan Cluster-ryhmä 1 ja Cluster-ryhmä 2 (kuvattu kuviossa 1), ja 63 kasvainnäytteet (vaaka-akseli, merkitty geenin mutaatiot on määritelty) ja 102 phosphosubstrates (pystysuora akseli) on järjestetty pitkin tätä linjaa mukainen projektio ja paino signaalin ero, vastaavasti. Punainen vastaa suurempia ja sininen alempi pohjalevy fosforylaation tasoja. Nuolet osoittavat array peptidejä, jotka edustavat tekijöitä EGFR-suunnatun signalointireittien, kuten, ja jokaisen kyseessä peptidisubstraatin, jotta ylhäältä alas kuvion, on esitetty taulukossa 2. Tässä analyysissä yksittäinen harha jakeluun näytteiden, jollaista on jo käsitelty tulokset, lajiteltu jäljellä Cluster-ryhmä 1 lämpöä-kartan.

taulukossa 3 esitetään kasvaimen ja hoidon ominaisuudet 62 potilasta sisältyvät joko Cluster-ryhmän 1 tai Cluster-ryhmän 2. Jälleen ei havaittu mitään eroja välillä klusterin ryhmien suhteen TNM vaiheessa ypTN vaiheessa tai TRG pisteet. Etäpesäke elinaika arvioitiin 58 potilaalla, kun neljä potilasta synkronimoottori maksametastaaseja jätettiin pois analyysin, jossa Cluster-ryhmä 2 osoittavat huonompi etäpesäke elinaika kuin Cluster-ryhmä 1 (

P

= 0,011 Kuvio 3). Erityisesti on huomattava, kun taas viidesosa potilaista Cluster-ryhmä 1 kehittänyt etäpesäkkeitä yli seuranta-aikana 36 kuukautta, potilaat Cluster-ryhmä 2 näytti olevan paljon aggressiivisemmin tauti, sillä lähes puolet oli diagnosoitu etäpesäkkeet alle yhden vuoden seurannassa.

Tämä tulos parametri analysoitiin 58 potilasta funktiona alhainen (Cluster-ryhmä 1) tai korkea (Cluster-ryhmä 2)

ex vivo

alustan fosforylaatioaktiivisuuden primaarikasvaimen.

erikseen verrattaessa

KRAS /BRAF

villityypin kasvaimia kokonaisuudessaan ryhmä koko ryhmän kasvainten sataman tällaisille mutaatiot, näytteet ilman mutaatioita tuottaneet selkeästi fosforylaatioon 11 102 array peptidit muodostavat tyrosiinikinaasiaktiivisuutta profiileja (

P

-arvo alue 0,0034-+0,049). Kuviossa 4, näytteet kussakin näistä kahdesta kasvaimen jotka ovat järjestäytyneet horisontaalisesti, jotta pienestä suureen Phosphopeptide tasolle, visualisoida suurempi osuus

KRAS /BRAF

villityypin kasvaimia, jotka tuottivat yli tarkoittaa fosforylaatio tasot 11 substraattien (18 36 näytettä) kuin kasvaimista mutatoitunut

KRAS /BRAF

suorittavat vastaavasti (6 27. näytteitä;

P

= 0,036). Suurin osa erotteleva phosphosubstrates katsottiin edustavan signalointi tekijöitä, jotka ovat yhteydessä toisiinsa EGFR-suoritettu-reitin. Sisällä koko 102-peptidin paneeli, kuusi peptidit edustavat jäsenet EGFR perheen reseptorityrosiinikinaasit (kolme EGFR, kaksi erbB2: n, ja yhden erbB4) havaittiin (taulukko S2). Vaikka yksikään kolmesta EGFR array peptidien joukosta löydettiin phosphosubstrates erottaa kasvain

KRAS /BRAF

mutaatiostatus konsernitasolla, kaikki kolme peptidien edustavat erbB2 ja erbB4 olivat erotteleva alustoille.

63 kasvainnäytteestä tilataan vaaka-akselilla, selityksin villityypin tai mutantit

KRAS /BRAF

ja merkitty muille geenimutaatioita määritellyllä, kun taas 11 erotteleva kinaasin substraatteja (

P

-arvon alue ,0034-,049 vertaamiseen

KRAS /BRAF

villityypin kasvaimia kokonaisuudessaan ryhmä koko ryhmän kasvainten sataman tällaisille mutaatioita) on kuvattu pystyakselilla. Kunkin peptidisubstraattia, asema (t) tyrosiinifosforylaation site (s), proteiinin sisällä on osoitettu. Punainen vastaa suurempia ja sininen alempi pohjalevy fosforylaation tasoja.

Keskustelu

Olennainen löydös oli, että korkea

ex vivo

fosforylaation PI3K liittyvien substraattien primaarikasvaimen sijaan

KRAS /BRAF

mutaatio asema, voi olla tunnusmerkki huono etäpesäkkeiden elinaika LARC potilaiden jälkeen radikaali hoito lantion pesillä. Tämä erityisesti alaryhmä tutkimuksessa potilailla oli aggressiivinen sairaus kehitystä, joilla on huomattava osa potilaista on diagnosoitu etäpesäkkeitä alle yhden vuoden seurannassa.

Vaikka nykyajan multimodaalinen hoito LARC on johtanut merkittäviin parantamiseen paikallisten taudintorjuntakeskusten, kehittäminen etäpesäkkeitä on edelleen suuri haaste [3]. Tällä hetkellä ei ole yksimielisyyttä siitä, systeeminen hoito voi vähentää etäpesäkkeiden kehityksen peräsuolen syöpäpotilailla [25], mikä osaltaan saattaa selittää vähäisyys biomarkkereita riskien arviointia ja hoitoa kerrostumista. Potilaan kohortin analysoitiin tässä olemme aiemmin osoittaneet, että kun läsnä on levittää kasvainsoluja luuytimen aikaan diagnoosin korreloi kehityksen ilmeistä etäpesäkkeitä [8]. Kysymys siitä, kasvain

KRAS /BRAF

mutaatiostatus voi olla luotettava biomarkkereiden varten valitsemalla korkean riskin potilaita anti-EGFR hoito on kuitenkin edelleen heikko. Huolimatta vakuuttavaa näyttöä tehosta etäpesäkkeitä villityypin

KRAS /BRAF

Kolorektaalituumorien [9], mukaan lukien toteaminen suuri osa resectability maksan etäpesäkkeiden seuraavat setuksimabin-pohjainen systeeminen hoito [26] lisäksi setuksimabin standardin kemoterapia potilailla, joilla on villin tyypin

KRAS

paksusuolen syöpä ei täyttänyt päätepiste pitkittynyt taudista vapaan eloonjäämisen äskettäin tehnyt satunnaistetussa liitännäishoitona [27]. Samanlainen tutkimus resektoidun peräsuolen syöpä ei ole tehty.

Tässä tutkimuksessa, binary ohjattua luokittelu analyysi

ex vivo

-muodostunutta Phosphopeptide profiilit syrjinyt oikein välillä kasvaimen

KRAS /BRAF

villityypin ja mutatoidun näytteet kaksi kolmasosaa tapauksista. Koska tämä erityisesti tietojen käsittely suoritettiin, jotta havaita hienoisia eroja näiden kahden ryhmän välillä verrataan, se ei täysin verrata tulokseen ilman valvontaa analyysin koko 102-phosphosubstrate paneeli. Jälkimmäisessä kaksi vaihtoehtoista fenotyypin kasvaimia ilmestyi; pienempi, käsittää neljännen koko kohortin, ja suuremman klusterin kasvaimia, molemmat koostuu näytteistä ja ilman

KRAS /BRAF

mutaatioiden kanssa samanlainen jakauma kaksi kasvain klustereita. Metastaattisessa kolorektaalisyövässä, objektiivista vastetta anti-EGFR-vasta-aine terapia voidaan odottaa kolmannes valitsematta potilaista, ja päinvastoin, kasvain

KRAS

mutaatiot voivat löytyä lähes kolmasosa vastaajista [19]. Havaintomme, että

KRAS /BRAF

villityypin ja mutatoidun kasvaimia oli päällekkäisiä kinaasiaktiivisuutta profiileja on sopusoinnussa tunnustetaan yhä kasvaimen heterogeenisyys, heijastuu erilaisia ​​mutaatio asema, koska tekijä vaihteleva vaste anti-EGFR-vasta-aine terapia .

varoitusajalla, tutkimuksessa potilaat osoittavat korkean kasvain PI3K-välitteisen signaloinnin toimintaa, koska kaikki joukko substraatteja tämän erityisen reitin (PIK3R1, CTTN1, PLCG1, PDPK1, ja RASA1) olivat erittäin fosforyloitu, oli erityisen huono metastasis- elinaika jälkeen radikaali hoito lantion pesillä. PI3K kompleksi koostuu säätelyalayksikköä, nykyiset useissa isoformeja (PIK3R1 ja CTTN1) ja katalyyttinen alayksikkö koodaama

PIK3CA

. Sääntely- alayksikön fosforylaatio reseptorityrosiinikinaasien tai G-proteiini (RASA1) kanssa kytkettyä reseptoria, katalyyttinen alayksikkö on aktivoitu tuottaa fosfatidyyli-3,4,5-trisfosfaatti, joka aktivoi 3-fosfoinositidi-riippuvainen proteiinikinaasi 1 (PDPK1) ja myöhemmin AKT ja loppupään nisäkkään rapamysiinin kohde (mTOR). Lisäksi 1-fosfatidyyli-4,5-bisfosfaatin fosfodiesteraasi gamma-1 (PLCG1) on ratkaisevaa sukupolven aktivoimiseksi toisen messenger molekyylien EGFR-suunnattu, pIK3-välitteisen signalointireitin [17], [18]. Yhteydessä havaintomme, jopa ilman päteviä todisteita tällä hetkellä, se on houkuttelevaa spekuloida, että LARC potilaat saattavat saada adjuvantti systeeminen hoito perustuu tähän korkean riskin biologinen ominaisuus. Ottaen huomioon havainto, että PI3K kompleksi voi olla keskeinen signalointiverkolla orchestrator paksusuolen syövän etäpesäkkeiden, terapeuttisia kohdistaminen PI3K /AKT tai alavirran mTOR monimutkainen [17] voisi olla järkevä, ja tässä viitekehyksessä,

ex vivo

phosphosubstrate teknologia voisi osoittaa hyödyllistä kehittämisessä tarvitaan biomarkkerit signalointireitin druggability.

erillinen analyysi vertailemalla

ex vivo

Phosphopeptide profiilit syntyy

KRAS /BRAF

villi -tyyppinen kasvaimet kokonaisuutena ryhmän kanssa kollektiivisesti saatu ryhmä kasvaimia sataman tällaisille mutaatioita, erbB2 ja erbB4 olivat vallitsevia alustoille erotteleva nämä kaksi ryhmää. Kuitenkin, kun otetaan huomioon, että 11 erotteleva substraattien tässä analyysissä näyttää syntyneen kokonaismäärästä 102 peptidien muodostavien tyrosiinikinaasiaktiivisuuden profiilit, väärä löytö korko voi olla jopa 50% kanssa tilastollisen merkittävyyden tasoa

P

0,05. Kuitenkin, kestävyys EGFR-vasta-ainetta hoito voi välittää aktivoinnin ErbB2-välitteisen signaloinnin joko monistus

erbB2:

tai kohonneita ErbB3 /erbB4 ligandi hereguliinin [13]. Lisäksi

ErbB2

hiljattain havaittiin monistuvan kolmannessa kasvainten, pääasiassa paksusuolen syöpä, vahvistettiin villityypin varten

KRAS /BRAF /PIK3CA

mutta resistenttejä anti-EGFR-vasta-aine terapia; kasvaimista

ErbB2

vahvistus oli huomattavasti rikastunut tällä populaatiokohortteja verrattuna valitsematta potilaille [12]. Esillä kohortin LARC potilaille, mutta vain kaksi tapausta tehtiin olla

erbB2

vahvistusta.

Erityisesti käyttäen suuren suoritustehon kinaasi alustan paneelit, yhdistyksen välillä kasvaimen kinaasiaktiivisuutta ja etäpesäkkeiden vapaa eloonjääminen löytyy tässä LARC kohortissa. Kliinistä käytäntöä, tämä tekniikka voi olla käytännössä mahdollista, koska se on vankka pieniä kudoksen määriä, tyypillisesti 10-15 mikrogrammaa kokonaisproteiinia riittää [4] – [6]; kuitenkin, se on tähän asti käytetty käsittelemään rajoitettu määrä kliinisiä aiheita [7], [8], [28] – [30]. Konsepti on riippuvainen makean pakastetut kasvainkudoksessa säilytystä kinaasiaktiivisuuden, ja tutkimuksessa raportoitu täällä, otimme etu olemassa Biopankin koepalojen takautuvasti koostettu tutkimuspotilaiden mahdollistaa analyysi laatuvarmistetun kasvainkudoksessa. Kuitenkin, esillä oleva LARC väestöstä ei ole saanut anti-EGFR-vasta-aineen käsittely ja siten, kuten tulosten tiedot olivat poissa käytöstä korrelaatio syntyy kasvaimen kinaasiaktiivisuuden profiileja.

valittaessa syöpäpotilaille kinaasin inhiboimiseksi terapeuttisia, vallitseva kulta -standardin perustuu pääasiassa havaitsemiseen geenin poikkeamia potilaiden kasvaimia.