Krooninen sairaus

tiivistelmä

Background

Ranskan Polynesia on yksi korkeimmista ilmaantuvuus kilpirauhassyövän maailmanlaajuisesti. Suhteet ilmakehässä ydinasekokeiden ja muut ympäristötekijät, biologisia tai käyttäytymiseen tekijöitä on jo raportoitu, mutta geneettinen alttius on vielä tutkimatta. Arvioimme osuus polymorfismien klo 9q22.33 ja 14q13.3 loci tunnistaa GWAS, ja sisällä DNA korjaus geeni

ATM

, riskiin kilpirauhassyöpäpotilailla (DTC) 177 tapauksissa ja 275 Hyväksytty ohjaukset kantaväestöön.

Keskeiset havainnot

GWAS SNP rs965513 lähellä

FOXE1

, yhdistyksen välillä todettiin genotyyppien G /A ja A /A, ja riski DTC. Kertova vaikutus alleelin A edes huomata. Lisääntynyt riski havaittiin myös yksilöillä, joilla kaksi pitkää alleelia poly-alaniini suolikanavan laajentuminen

FOXE1

, vaikka mitään yhteyttä ei havaittu rs1867277 laskussa promoottori geenin alue. Sen sijaan GWAS SNP rs944289 (

NKX2-1

) ei osoittanut mitään merkittävää yhteyttä. Vaikka missense korvaaminen D1853N (rs1801516) in

ATM

oli harvinaista väestön kantajia alaikäisen alleelin (A) osoitti myös Lisääntynyt riski. Väliset suhteet Näiden viiden polymorfismien ja riski DTC eivät ole sidoksissa kehon pinta-ala, painoindeksi, etnisen alkuperän tai ravinnon jodin saannin. Kuitenkin vaikutus todettiin välillä kilpirauhasen säteilyannos ja rs944289.

merkitys

selvä yhteys ei voitu välille yleisyys Ranskan Polynesiassa ja tutkittu polymorfismien, mukana alttius DTC muulla väestöllä. Tärkeää vaihtelua alleelifrekvenssit havaittiin Polynesian väestön verrattuna Euroopan populaatiot. Sillä

FOXE1

rs965513, suunta yhdistyksen ja vaikutus koko oli samanlaisia ​​kuin muulla väestöllä, kun taas

ATM

rs1801516, vähäiset alleeli liittyi lisääntyneeseen riskiin Polynesian väestö ja alentuneeseen riski Euroopan väestön.

Citation: Maillard S, Damiola F, Clero E, Pertesi M, ROBINOT N, Rachédi F, et ai. (2015) Common Muunnelmat 9q22.33, 14q13.3, ja

ATM

Loci, ja riski kilpirauhassyöpäpotilailla Ranskan Polynesian Population. PLoS ONE 10 (4): e0123700. doi: 10,1371 /journal.pone.0123700

Academic Editor: Zhengdong Zhang, Nanjing Medical University, Kiina

vastaanotettu: 29 huhtikuu 2014; Hyväksytty: 06 maaliskuu 2015; Julkaistu 7 huhtikuuta 2015

Copyright: © 2015 Maillard et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään

Rahoitus: Tämä tutkimus tuettiin jonka Agence Nationale pour la Recherche (ANR), Ligue Nationale Contre le Cancer (LNCC), Direction Générale de la Sante, Agence Française de Sécurité Sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES), CHILDTHYR ETY ohjelma, ja Fondation de France. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen.

Kilpailevat edut: Kirjoittajat ovat ilmoittaneet, etteivät ole kilpailevia intressejä ole.

Johdanto

ilmaantuvuus kilpirauhassyöpäpotilailla (DTC) Ranskan Polynesiassa, ja erityisesti naisten, on yksi maailman suurimpia (37,4 per 100000) [1].

Se on ollut hypoteesi, että toistuva altistuminen ionisoivalle säteilylle voi olla tärkeä rooli etenkin yleisyydestä DTC tällä alalla. Todellakin, yhteensä 41 ilmakehän ydinkokeita tehtiin yli Mururoa ja Fangataufan atollien, välillä 1966 ja 1974Martin 2007. suurentunut DTC, pääasiassa papillaarilihaksessa tyyppiä, oli jo havaittu eloonjääneille kahden Hiroshiman ja Nagasakin vuonna 1945 [2-5], henkilöistä altistuu Tšernobylin onnettomuuden jälkeen [6-9], ja myös potilailla, joita hoidettiin sädehoitoa [10-12]. Arvioidaan vaikutusta ydinaseiden testaa laskeuma, me hiljattain tehty suuri väestöpohjainen tapaus-control tutkimus Ranskan Polynesiassa. Ulkoinen ja sisäinen säteilyaltistuksen arvioitiin 602 natiivi polynesialaisia ​​kaikki alle 15 vuonna 1974 [13]. Keskimääräinen annos saanut kilpirauhanen oli hyvin alhainen, mutta DTC riski osoitettiin lisätä hieman sen kanssa [14].

Kuitenkin, radioaktiivinen laskeuma selittäisi vain pienen osan suuren esiintymisen. Muita riskitekijöitä, kuten suvussa kilpirauhassyöpä, kuukautiskierron ja lisääntymiseen liittyvien tekijöiden, paino ja painoindeksi (BMI), kehon pinta-ala (BSA), ravinnon jodin saanti tai ravinnon kulutus on myös tutkittu samassa tutkimuksessa ja ovat osoittaneet muuttaa riskin DTC [15-20]. Geneettiset tekijät voivat myös vaikuttaa DTC alttius, mutta niitä ei ole koskaan arvioitu tässä potilasryhmässä.

Molemmat

NKX2-1

(

NK2 homeobox 1

, jota kutsutaan myös

TTF1

varten

Kilpirauhasen transkriptiotekijä 1

) ja

FOXE1 (Forkhead tekijä E1

, jota kutsutaan myös

TTF2

varten

Kilpirauhasen Transcription Factor 2)

koodata kilpirauhasta erityisiä transkriptiotekijöiden. Niillä on keskeinen rooli kehitettäessä kilpirauhanen ja niiden ilmentyminen on muutettu kilpirauhasen kasvaimissa [21-24]. Vuonna 2009 genomin laajuinen yhdistys tutkimuksessa (GWAS) raportoitu osuus kaksi SNP lähistöllä

NKX2-1

ja

FOXE1

riski sairastua DTC Islannin ja Euroopan populaatiot [25] . Ensimmäinen SNP, rs944289, sijaitsee 337 kb ylävirtaan

NKX2-1

geenistä, ja se on kuvattu lisäävän DTC [25-26]. Toinen SNP, rs965513, sijaitsee käytettäessä geenien välisen alueen, 57-kb ylävirtaan

FOXE1

geeni. On kerrottu monia hormonitoiminnan ja aineenvaihdunnan häiriöt [27], muutoksiin pitoisuuden kilpirauhashormonien [25], ja lisääntynyt riski DTC [25-26,28]. Rs965513 on raportoitu vahva geneettinen tekijä niin satunnaista ja säteilyn aiheuttamien papillaarinen kilpirauhassyövän (PTC) [29]. Se sijaitsee 5 ’transloimaton alue (UTR) on

FOXE1

, SNP rs1867277 on raportoitu riskitekijänä DTC ja on ehdotettu syy SNP [28,30]. Se on ollut myös ehdottanut, että pienet alleeli voisi moduloida transkription säätelyyn polun

FOXE1

geeni, rekrytoimalla USF1 /USF2 transkriptiotekijöiden [31]. Myöhemmin assosiaatio poly-alaniini laajenemisen transkriptiotekijä FOXE1 (rs71369530) raportoitiin ja transkription analyysit ovat myös ehdottaneet toiminnallinen seuraus tästä monen alleeliset polymorfismi. Todellakin, Carré et

al

. Havaittu eri toimintojen ja eri suhteet riski kilpirauhasen mukaan lukumäärän alaniini toistojen [31]. Tämä vaihtelevan pituuden polymorfismi havaittiin tiukassa kytkentäepätasapainossa rs1867277 ja ne voivat olla vastuussa voimakas yhteys, joka on usein havaittu

FOXE1

ja papillaarinen kilpirauhassyövän (PTC) [32].

ATM

(

ataksia-verisuoniluomen mutaation

) geeni osallistuu korjaamiseen DNA double-säikeen katkoksia. Mutaatiot tässä geenissä ovat liittyneet ataksia teleangiektasia ja muut häiriöt, erityisesti ominaista säteilyherkkyydestä ja syövän alttiuden [33]. Vaihtelut tämä geeni on raportoitu olevan osuutta hormonin syövissä [34-35]. Välisestä assosiaatiosta missense korvaaminen D1853N (rs1801516) ja pienempi riski PTC on myös raportoitu sekä satunnaista ja säteilyn aiheuttamien kilpirauhassyöpä [36]. Viime aikoina olemme osoitti myös, että tämä koodaus SNP

ATM

myötävaikuttaa riski PTC valkovenäjän- lapsilla altistetaan ionisoivalle säteilylle Tshernobylin ydinvoimalan onnettomuus [37].

Näin pyrittiin tutkia osuus geneettisen vaihtelut

NKX2-1

,

FOXE1

ja

ATM

loci riskin DTC Polynesian väestöstä, joka on maantieteellisesti eristyksissä ja jossa asukkaat olivat toistuvasti altistetaan ionisoivalle säteilylle aikana ydinkokeista.

tulokset

genotyypit jakelu sopeutui Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) molemmissa tapauksissa ja valvonnan kaikkien tutkittujen SNP , paitsi

NKX2-1

SNP rs944289 (taulukko 1). Minor alleelifrekvensseiltään (MAF) tapauksissa ja kontrolleissa annetaan myös kullekin SNP taulukossa 1.

3-kertainen riski sairastua DTC havaittiin aiheita kuljettavat A /A-genotyyppi että GWAS SNP rs965513 lähellä

FOXE1

verrattuna G /G-genotyypin (OR = 3,32, p = 0,02, alle co-hallitseva malli) (taulukko 2). Sillä

FOXE1

pituus polymorfismi, 4-kertainen riski sairastua DTC havaittiin harjoittajien L /L-genotyyppi, verrattuna S /S genotyyppi (OR = 4,16, p = 0,04, alle co -dominant malli). Ei havaittu yhteyttä muiden ehdotettujen funktionaalinen SNP sijaitsee promoottorialueen

FOXE1

(rs1867277), toisin kuin on raportoitu muiden muissa populaatioissa.

ATM

missense korvaaminen D1853N (rs1801516) oli paljon harvinaisempia Polynesian väestön kuin Euroopan väestön (MMM = 0,02). Kuitenkin liiallinen riski DTC havaittiin harjoittajien vähäinen alleelin (A) (OR = 3,13, p = 0,02).

Lopuksi ei havaittu yhteyttä Polynesian väestön varten GWAS SNP rs944289 lähellä

NKX2-1

.

verrattuna kontrolleihin, DTC tapauksia oli korkeampi painoindeksi (OR = 2,50, 95% CI = 1,66-3,75, p 0,001) ja suurempi BSA (OR = 2,70, 95% CI = 1,78-4,08, p 0,001). Mitä alttius ydinkokeisiin, tapaukset eivät saaneet kilpirauhasen säteilyannos yli 2,0 mGy ennen 15-vuotiaana useammin kuin kontrolleilla (OR = 1,24, 95% CI = 0,71-2,17, p = 0,4). Suhde viisi testattu polymorfismien ja riski DTC ei riipu BMI, BSA, etnisen alkuperän tai ruokavalion jodin saannin (taulukko 3). Vaikka pieni määrä tutkittiin koehenkilöillä merkittävä vaikutus todettiin välillä kilpirauhasen säteilyannos ja

NKX2-1

rs944289 harkittaessa T /T-genotyyppi (p = 0,04). Siten joukossa jotka saivat 2 mGy tai vähemmän kilpirauhanen aikana ydinkokeet, riski DTC oli samanlainen koehenkilöillä, joilla T /T genotyyppi muille (OR = 0,99, 95% CI 0,52-1,88), kun taas muun jotka saivat yli 2 mGy koehenkilöt kanssa T /T-genotyyppi oli paljon suurempi riski kuin toiset (OR = 6,13, 95% CI 1,21-31,3). Samoin kilpirauhasen säteilyannos 2mGy ei ollut merkittävää vaikutusta potilailla, joilla on C /C tai C /T-genotyyppi (OR = 1,12, 95% CI 0,63-2,00), mutta liittyy suurentunut riski T /T homotsygoottinen aiheista (OR = 6,94, 95% CI 1,31-37,0).

keskustelu

Tässä työssä olemme arvioineet suhdetta viiteen otaksuttu tai tunnustettu geneettisen alttiuden merkkiaineita DTC Ranskan Polynesiassa, missä kilpirauhassyöpä esiintyvyys on maailman korkeimpia [1]. Tietääksemme tämä oli ensimmäinen kerta, kun tällainen tutkimus geneettinen alttius syövälle tehtiin vuonna väestön tämän Ranskan merentakainen alue, joka on ainutlaatuinen erityisesti siksi, että toistuva altistuminen ydinkoetta ja suhteellinen maantieteellinen eristyneisyys.

Koska sen erittäin alhainen MAF kontrolleissa (2%), valta meidän tutkimus osoittavat yhdistyksen välillä

ATM

SNP rs1801516, ja DTC saattaa nousta 80% vain OR = 3,5 tai korkeampi. Muiden testattujen SNP, MAF kontrolleissa oli noin 20% (vaihteluväli 15%: sta 27%, taulukko 1), ja tutkimuksemme oli valta 80%, osoittavat yhdistyksen jos OR on noin 1,7. Siksi tutkimuksemme oli riittävä teho (80%) ovat osoituksena geenin ympäristön vuorovaikutukset vain kertoimella noin 3 tai korkeampi, parhaassa tilanteessa (ympäristötekijä taajuus = 50%, tärkein tai ympäristötekijä = 2, MMM = 20%, pää- tai per vähäinen alleeli = 1,5).

yhdistyksen havaitsimme välillä

FOXE1

tai

ATM

ja DTC riski Polynesian väestöstä ei ole yllättävää ottaen huomioon, että keskityimme polymorfismien jotka oli aiemmin todettu liittyvän DTC toisissa populaatioiden useissa tutkimuksissa. Silti emme voi sulkea pois mahdollisuutta vääriä positiivisia tuloksia. Todellakin, p-arvoja meidän positiiviset tulokset vaihtelivat 0,01-0,04, ja ei jäänyt merkittäviä, kun korjaukset on tehty useita (n = 5) kokeista käyttäen Bonferoni korjausta. Valitettavasti meidän tuloksia ei voida verrata muihin saatu geneettisesti samankaltaisia ​​populaatioissa, koska tietojemme SNP tutkimme ei ollut toistaiseksi käsitelty DTC muissa Tyynenmeren saarilla populaatiot.

Mielenkiintoista, emme jäljitellä yhdistyksen kanssa GWAS SNP rs944289 klo

NKX2-1

lokukseen kromosomissa 14q13.3 ilmoituksen mukaan muut Islannin ja Euroopan populaatiot, mutta merkittävä yhteisvaikutuksia ei havaittu kilpirauhasen säteilyannos ennen ikää 15 ja homotsygoottisia tämän polymorfismin (p = 0,04). On kuitenkin syytä huomata, että jakauma rs944289 genotyyppien poikkesi HWE sekä tapauksessa, ja kontrolliryhmiin. Siksi tämä tulos vuorovaikutuksesta tulisi tulkita varoen. Poikkeamat HWE voivat viitata joko vinoutunut otos, kirjoitusvirheet genotyyppien tai näennäisiä geeni yhdistysten koska väestön kerrostumista. Me sulkea pois teknisen genotyypitys kysymys, koska sama HRM anturi ja protokollaa käytettiin muissa tutkimuksissa eri populaatioissa ja HWE osuudet noudatettiin niitä ([37], Lesueur

et al

., Julkaisematon data). Lisäksi olemme jälleen sekvensoitiin alaryhmä Polynesian näytteiden vahvista genotyyppejä. Toinen mahdollinen selitys voisi olla bias heikon laadun joidenkin DNA-näytteitä. Itse asiassa, meidän tutkimuksessa, 68%: n DNA-näytteet valmistettiin posken vanupuikolla harjat ja 32% Oragene sarjat. DNA-näytteet valmistettiin Oragene sarjat ovat yleensä vähemmän hajoavat kuin valmistettu poskeen moppi harjat. Olemme siis jälleen analysoitiin SNP rs944289 huomioon vain yksilöiden DNA-näytteet valmistettiin Oragene sarjat. Tässä alaryhmässä koostuu 145 yksilöitä, genotyyppijakauman sopeutui HWE.

Voisimme myös hypothesize että poikkeaminen HWE tulee olemassaolosta alaryhmien Polynesian väestöä, korkeat homogamy ja verisukulaisuuden. Todellakin, Ranskan Polynesia koostuu 118 pääsaarella, joista 76 on asuttuja. Huolimatta viime aikoina parantunut lentoyhtiöiden, Ranskan Polynesians edelleen suhteellisen eristyksissä toisistaan ​​ja tietyn jäsentää väestöstä ei voitu sulkea pois, jossa on mahdollinen geneettinen seurauksia. Kuitenkin tämä poikkeavuus ei havaittu muiden kanssa neljä tutkittu polymorfismien.

Kaikista on onnistuneesti genotyyppi osallistujat Tutkimuksen havaitsimme MAFs sama 0,32 tapauksiin ja 0,27 valvontaa varten SNP rs944289. Verrattuna taajuus raportoitu NCBI dbSNP tietokanta (MAF

NCBI = 0,43) ja niille on raportoitu muissa tutkimuksissa [25-26], taajuus Polynesian yksilöt oli selvästi alhaisempi.

kilpirauhasen erityinen transkriptiotekijän FOXE1 on merkittävä rooli morphogeneesiä kilpirauhanen ja säätelyssä kilpirauhasen eriytetty valtion huolto [22,38]. DNA-sekvenssin vaihtelu

FOXE1

geeni on toistuvasti liittyy alttiuteen DTC mutta nämä vaihtelut ovat olleet toistaiseksi lähinnä tutkittu Islannin, Euroopan ja Japanin väestö. Vuonna Polynesian väestö, MAF on GWAS SNP rs965513 (0,21) oli samankaltainen valvontaa havaittuun MAF eurooppalaisissa populaatioissa [27], joka on välituote MAF havaittu Islannin väestöstä (MMM = 0,34) [26] ja MAF havaittu Japanin väestöstä (MMM = 0,057) [27]. Ranskan Polynesiassa, A /A-genotyyppi liittyi myös merkittävää suurentunut riski sairastua DTC ja koon vaikutus tämän SNP oli samanlainen kuin mitä havaittiin muualla, jossa vahvistetaan, että rs965513 edustaa vankkaa alttius merkkiaine DTC.

pituus polymorfismi rs71369530 aiheuttaa laajentamista poly-alaniinia venyttää FOXE1 proteiinin vaikutuksia sen toimintaan [31-32]. Vaikka taajuus lyhyt alleelien (S) tapauksissa oli samanlainen taajuus löytyy French tapauksissa Carré

et al

. (0,17 vs. 0,20), MAF valvontaan oli lähes puolet MAF löytyy Ranskan valvonnan Samassa tutkimuksessa (0,15 vs. 0,35) [31]. Vuonna Polynesian väestö, löysimme erittäin lisääntynyt DTC riskejä L /L-genotyyppi. Ei merkittäviä vuorovaikutus muiden DTC riskitekijöitä perustettiin täällä. Koska geenien välinen GWAS SNP rs965513, pituus polymorfismi rs71369530 sisällä

FOXE1

edustaa alttius merkkiaine DTC ja vahvistaa oletusta, että

FOXE1

on DTC alttius geenin lokukseen 9q22.33.

SNP rs1867277 5’UTR

FOXE1

on myös ehdotettu syy SNP mukana alttius DTC, koska se on liittynyt modulaation kopioinnin säätely geenin [28,30]. Mielenkiintoista tutkimuksessamme, ole yhteyttä DTC todettiin. Tämä tulos on varsin tärkeä, koska siinä korostetaan arvo assosiaatiotutkimusten suorittamiseksi eri väestöissä suoritettaessa hienoksi kartoitus tunnistaa syy-variantteja. Itse asiassa entinen julkaistuista tutkimuksista, rs1867277 ja rs71369530 näytti korreloivan voimakkaasti ja se oli vaikea erottaa osallistumista vastaavien polymorfismien. Vuonna Polynesian väestö, kaksi polymorfismit olleet selvästikään vahva kytkentäepätasapainossa. Ranskan Polynesiassa, MAF on rs1867277 oli erityinen Polynesian väestöstä (0,19 verrokeilla verrattuna 0,39 eurooppalaiset [28], ja 0,40 espanjaksi valvonta [30]).

Kuten

NKX2-1

rs944289 ja

FOXE1

rs1867277, MAF on

ATM D1853N

(rs1801516) poikkesivat melko paljon MAF havaittu muissa ryhmissä (MAF

valkoihoiset = 0,19 ja MAF

Polynesians = 0,02). Estämättä, vähäinen alleeli (A) oli merkitsevästi esiintyy ylimäärin riski DTC keskuudessa Polynesians koehenkilöillä (OR = 3,13, 95% CI = 1,17-8,31). Tämä tulos oli kiinnostava, koska hidastuu hieman liittyvän riskin A-alleelin (OR = 0,69, 95% CI = +0,45-+0,86, p-arvo = 0,03 255 Tšernobylin säteilyn aiheuttamista tai satunnaista PTC tapauksissa ja 596 valvontaa kaikkea valkoihoisia [36], sekä on tapauskontrollitutkimuksessa näytteet asuvien lasten saastuttamalta laskeuma Tšernobylin voimalan onnettomuuden [37]. vaikutus rs1801516 ja sen rooli modulaatioon ionisoivaa säteilyä vaikutus on pitkään keskusteltu ja tulokset ovat edelleen ristiriitaisia. yhdistys alaikäisen alleelin (A) löydettiin radio-herkkyyttä syöpäpotilaista [39] ja tämän tuloksen tukivat tutkimus osoittaa kohonneen radio-herkkyyttä ihmisen fibroblastien kuljettavat alleeli [40]. Sitä vastoin suojaava rooli alleelin A löytyy haitallisia sivuvaikutuksia sädehoidon [41].

Yhteenvetona olemme vahvistaneet osuus

FOXE1

ja

ATM

geenien etiologiassa DTC Ranskan Polynesiassa. Merkityksellisyys intergeenisessä SNP rs965513 kromosomissa 9q22.33 ja poly-alaniini suolikanavan polymorfismi rs71369530 in

FOXE1

kuin vankka alttius markkereita DTC oli osoituksena esillä olevassa tutkimuksessa. Rooli missense korvaaminen D1853N DNA korjaava geeni

ATM

väestön altistuu säteilylle on edelleen keskustelua, koska tulokset Polynesian väestöstä eivät vastaa aiemmin kuvattuja assosiaatioita

ATM

koodittavan SNP ja pienempi riski DTC.

Vaikka tutkittu Polynesian väestö osoitti jotkin geneettiset erityispiirteet, suhteen alleelin taajuus, yhdistys tai vuorovaikutus, emme löytäneet mitään suuria geneettinen tekijä, joka selittää korkean esiintyvyys havaittiin alueella. Aiemmat tutkimukset tässä potilasryhmässä raportoitu merkittävää roolia anthropomorphic, ympäristö- ja käyttäytymiseen vaikuttavia riskitekijöitä DTC. Kaikki nämä tulokset viittaavat kumulatiivinen vaikutus. Lisäksi oletamme, että jotkut näistä riskitekijöistä voi olla yhteisvaikutuksia, tavalla välillä havaittu kilpirauhasen säteilyannos ja

ATM

missensemutaatio korvaaminen D1853N. Lopulta yksi ei voi sulkea pois, että toisen sekvenssin DNA hajonta kuten epigeneettiset muutokset voivat tapahtua altistumisen jälkeen jotkin ympäristötekijät kuten ionisoivan säteilyn, joka voi johtaa kehitystä DTC.

Oppiaineet, aineisto ja menetelmät

Tutkimuskanta

tutkimus toteutettiin on alaryhmä aiheita väestöpohjaisen tapauskontrollitutkimuksessa toteutettiin Ranskan Polynesiassa arvioida riskitekijöihin DTC mahdollisesti mukana tässä väestöstä [18].

Kirjallinen suostumus saatiin kaikilta osapuolilta. Tutkimus toteutettiin kirjallinen suostumus eettisiä komitean Ranskan Polynesian ja Ranskan ”komissio Nationale de l’Informatique et des Libertés” (CNIL), joka oli aiemmin hyväksynyt kontakti menettely ja suostumuslomakkeen, ja mukana mahdollisuus yhteydenotosta niiden lääkäri. Kaikki osallistujat olivat suuret ( = 18y) haastatteluhetkellä. Kaikki asiakirjat, mukaan lukien suostumuslomakkeet ja kyselyihin, ovat konservoituneita vakuutena kaapissa tiloissa 1018-INSERM Unit U1018.

kuusisataa ja kaksi aihetta osallistuu alkuperäisen tapauskontrollitutkimuksessa (osallistujien ominaispiirteet olivat yksityiskohtaisesti Clero

et al

, 2012 [18] ja tiivistetysti taulukossa 4). Kaikki aiheet syntyivät ja asukkaiden Ranskan Polynesiassa. Tapausta ei todettu kilpirauhasen syöpä vuosina 1979 ja 2004. Niistä 177 esitteli histologiaa papillaarisen kilpirauhaskarsinoomaa ja 52 histologia follikulaarinen kilpirauhasen syöpä. Kontrollit olivat terveitä yksilöitä, jotka valitaan kantaväestön ja sovitettu tapauksissa mukaan syntymäaika ja sukupuoli. Valinta Valvonnan oli suoraan suoritettiin rekisteristä syntyneiden, koko maan kattava. Täydellisyys oli mahdollista, koska pieni koko paikallisen väestön (264 736 asukasta vuonna 2007). Se antoi meille mahdollisuuden ottaa yhteyttä lähes kaikki mahdolliset tarkastukset, vaikka yksinkertaisesti nimen, päivämäärän tai asuinpaikasta. Viisisataa ja kaksikymmentä osallistujaa oli kaksi vanhempien Polynesian alkuperää ja 82 heistä oli yksi Polynesian vanhemman ja yhden ei-Polynesian vanhemman (

i

.

e

. Aasialaisista, eurooppalaisten tai muiden etninen alkuperä ).

Kaikki TET haastateltiin. Epidemiologiset ja antropologinen tietoa kerättiin, kuten pituus, paino, etninen alkuperä vanhempien, ja ruokailutottumukset. Yksityiskohtainen arvio säteilyannoksia eri ikäisten ilmakehälennoissa ydinkokeet on suoritettu [13], joka perustuu radioaktiivisen laskeuman julkaisemien tietojen Ranskan lopussa kunkin vuoden testejä, on

131I ja

137Cs laskee tuoreen maidon ja koko g-aktiivisuus ja

137Cs vihanneksia ja kalaa, sekä meteorologiset tiedot 21 päivää ennen ja seitsemän päivän kuluttua jokaisen testin. Arvio vedenpinnan vesisäiliöt ennen jokaista testiä, koko säiliöiden ja tiedot tuulen ja sateen käytettiin myös. Jokaisessa tutkimuksessa osallistujalle, yhteensä kilpirauhasen annos oli summa kilpirauhasen annosten rekonstruoida testi, jossa otetaan huomioon ikä, lähde juomaveden ja kerättyjen tietojen ruokavaliosta kyselyyn. Yksittäiset kulutus jokaisen elintarvikkeen tietyllä iän päätellä tietoa kulutuksesta lapsuudessa saatu haastattelussa, käyttäen ikäkohtaiset skaalauskertoimilla. Annos jälleenrakentaminen suoritettiin tietämättä tapauksessa tai valvonta-asema, kohteena.

neljä viisikymmentä kaksi osallistujaa (177 tapausta ja 275 kontrollit) antoi suostumuksensa biologinen näytteenotto ja geneettisiä analyysejä. Sillä 307 heistä, poskeen solut otettiin näytteet käyttämällä Epicentre Biotekniikka MasterAmp poskeen moppi harjat (Madison, WI, USA), ja että 145 muiden sylkinäyte kerättiin DNA Genotek Oragene DNA keräys Kit (Ottawa, Kanada). Genominen DNA (gDNA) uutettiin näistä näytteistä kanssa Qiagen Autopure LS (Courtaboeuf. Ranska). GDNA kvantitoitiin sitten Life Technologies Picogreen (Saint-Aubin, Ranska).

genotyypin

SNP rs965516 ja rs1867277, 10 ng gDNA analysoitiin käyttämällä erityistä TaqMan edeltävä suunniteltu SNP genotyypin Pitoisuus (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Fluoresenssilukemat ja tietojen analyysit suoritettiin ABI PRISM 7900HT Sequence tunnistusjärjestelmä. Sillä rs944289 ja rs1801516, 25 ng gDNA analysoitiin käyttäen High-Resolution Sulamiskäyräanalyysi (HRM), jossa on spesifinen koetin. Joitakin edustavia näytteitä uudelleen sekvensoitiin väriaine-terminaattori vahvistaa genotyyppi [42]. Fluoresenssilukemat ja tietojen analyysit tehtiin siksi, että Idaho Technology LightScanner Inc. Hi-Res Melting System.

pituus polymorfismi rs71369530 in

FOXE1

johtuu vaihteleva määrä alaniini toistuu. Kolmekymmentä nanogrammaa gDNA monistettiin PCR fluoresoivasti leimattiin päästään eteenpäin-alukkeita (5′-6-FAM tai 5′-HEX), käyttämällä KAPA 2G Fast HotStart READYMIX (KAPA Biosystems, Woburn, MA, USA) kanssa 10 ul: -final reaktio tilavuus (0,5 mM MgCl

2, 5% DMSO: ta, 0,25 uM alukkeita). Fluoresoivasti-leimattu PCR-tuote ladattiin ABI 3730 kapillaarisen sekvensseri ja analysoidaan vaihtuvamittaisen fragmentti polymorfismi käyttäen GENSCAN koko standardia ROX-500 sisäisinä kokostandardeina. Tiedot kerättiin ja näkyviksi GENOTYPER Software v3.7. Määrittää toistojen lukumäärä, joka vastaa kunkin alleelin tunnistettu genotyypitysmääritys, PCR-tuotteet 6 homotsygoottinen yksilöt olivat Sanger sekvensoitiin.

sekvenssit Kaikkien PCR-alukkeiden, HRM antureista, Taqman, ja kaikki PCR ehdot ovat saatavilla kirjoittajien pyydettäessä.

osuus onnistuneesti genotyyppi DNA-näytteiden oli 95,1% for rs944289 (lähes

NKX2-1

), 90,3% ja rs965513 (lähes

FOXE1

), 79,4% ja rs1867277 (5’UTR

FOXE1

), 93,6% ja rs71369530 (poly-alaniini laajentuminen

FOXE1

) ja 98,5% for rs1801516 (

ATM

), tässä järjestyksessä. Raaka Genotyyppaustulokset ovat saatavilla S1 taulukossa.

Tilastolliset analyysit

Vaikka tämä tapauskontrollitutkimuksessa oli sovitettu yhteen, kulloinkin on sovitettu 1-2 valvonnan iän ja sukupuolen, emme olleet osaa käyttää ehdollista regressioanalyysin koska DNA ei kerätty kaikissa tapauksissa ja valvontaa ja näin toteuttaa joka poistaa useita kerrostumien takia DNA puuttuu joko tapaukselle tai kunkin valvontaa. Yhdistys näiden viiden polymorfismien ja riski DTC arvioitiin käyttämällä useita logistista regressiota, ositettu iän ja sukupuolen, sekä olettaen co-hallitseva, hallitseva, ja resessiivinen geneettisten mallien perintö [43-44]. Raaka analysoi ja analyysit oikaistu BMI, BSA, etnisyys, ja säteilyannos tehtiin. Testit vuorovaikutus suoritettiin sen määrittämiseksi, otaksuttu yhdistysten SNP kanssa riski DTC modifioitiin parametreja kuten BSA, BMI, etnisyys, säteilyannos, ja ruokavalion jodin saanti [43]. Kaikki tilastolliset analyysit tehtiin siksi, että SAS-ohjelmiston, versio 9.3 (SAS Institute Inc., NC, USA).

ikäjakauma tutkimukseen osallistuneista, ajankohtana kilpirauhassyövän diagnosointiin tai vastaava ikä kontrolleihin vaihteli 10 62 ja jaettiin seitsemään homogeeninen luokkiin, joita sitten käytetään yhdessä sukupuolten ositusta tapauksia ja säätimet tilastollisia analyysejä. Kaksi ryhmää suunniteltiin etnisen alkuperän: ne henkilöt kaksi Polynesian vanhempien ja muut. BMI, BSA, ja ruokavalion jodin saanti, mediaanit jakaumien joukossa naisten genotyyppi valvonta (25,7 kg /m

2, 1,8 m

2, 132,2 mikrog /vrk, vastaavasti) ja mediaanit jakaumien keskuudessa mies genotyyppi valvonta (30,1 kg /m

2, 2,1 m

2, 146,9 mikrog /vrk) käytettiin rajoja luoda kaksi ryhmää ryhmien osallistujien tutkimuksessamme. Lopuksi yksilöt olivat myös ryhmitelty kahteen sarjaan varten saama säteilyannos kilpirauhasen ennen ikä 15, sen mukaan, onko annos oli alle tai yli keskimääräisen annoksen arvioitu joukossa genotyyppi säätimet (0,37 mGy).

genotyyppi taajuuksia ja Minor alleelifrekvenssit (MAFs) laskettiin tapauksissa ja valvontaa. Ne arvioitiin sitten lähtö Hardy-Weinberg Equilibrium käyttäen χ

2 testi (katso taulukko 1). G /G genotyyppi rs965513, rs1867277, ja rs1801516, sekä C /C genotyyppi rs944289 pidettiin esi, koska ne olivat yleisimpiä genotyyppien Polynesian väestöstä. Sillä

FOXE1

poly-alaniini venyttää polymorfismi, eri alleelista kokoisia koodattu kahteen ryhmään: lyhyen ja pitkän alleeleja. Lyhyen alleelit (S) sisälsi alleelit koodaavat venyttää 12-14 alaniineilla, kun taas pitkä alleelit (L) koostuu niiden alleelien koodaavat venyttää 16-19 alaniinit (taulukko 5). Koska lyhyt alleelit olivat yleisempiä tutkittua populaatiota, S /S genotyyppi oli valittu kuvio olevan viittauksen.

tukeminen Information

S1 Taulukko. Genotyping saadut varten 5 testattu polymorfismien.

Doi: 10,1371 /journal.pone.0123700.s001

(XLSX) B

Kiitokset

Tekijät Kiitokset John Paoaafaite ja Joseph Teuri , joka otti yhteyttä ja haastateltiin tapausten ja kontrollien tutkimukseen. Lisäksi kirjoittajat kiittää P. Morales, J. Iltis, P. Giraud, P. Didiergeorge, M. BRISARD, G. Soubiran, B. Caillou, P. Dupire, J. Ienfa, G. de Clermont, N. Cerf, B. Oddo, M. Bambridge, C. Baron, A. Mouchard-Rachet, O. Simonet, D. Lamarque, J. Vabret, J. Delacre, MP Darquier, ja J. Leninger, heidän avustaan ​​keräämisessä tapauksissa tai organisaatiossa tapauskontrollitutkimuksessa.