PLoS ONE: Analyysi Hyväksytty kasvain ja normaali Profiilit paljastaa yhteisen Transkription ja Epigeneettiset Signals Jaettu poikki syöpätyyppeihin
tiivistelmä
tunnistamiseksi transkription sääntelyn muutokset, jotka ovat yleisin kiinteitä kasvaimia, suoritimme yleiseurooppalaisen syöpä analyysi käyttäen yli 600 paria kasvaimia ja viereisten normaaleissa kudoksissa profiloitu Cancer Genome Atlas (TCGA) . Taajuus ylössäätely laskettiin yli mRNA ekspressiotasot, microRNA ekspressiotasot ja CpG metylaatiokohtia ja annetaan tässä resurssina. Usein kasvaimeen liittyvät muutokset tunnistettiin käyttämällä yksinkertaista tilastollista lähestymistapaa. Monet tunnistetut muutokset olivat yhdenmukaisia korotettua solunjakautumisen syövän, kuten yliekspressio solusyklin geenien ja hypermetylaatiota PRC2 sitoutumiskohtia. Olemme kuitenkin myös tunnistettu lisääntymistä riippumaton muutoksia, jotka korostavat uusia väyliä välttämättömiä kasvaimen muodostumisen. Lähes kaikki GABA-reseptoreihin usein vaimentua, jossa koodaava geeni delta-alayksikön (GABRD) voimakkaasti säädelty, koska poikkeuksena. Metabolinen geenit ovat myös usein vaimentua, erityisesti alkoholidehydrogenaaseja ym sopusoinnussa vähentynyt rooli oksidatiivisen fosforylaation syöpäsoluja. Muutokset koostumuksessa GABA-reseptoreihin ja aineenvaihdunnan voi olla keskeinen rooli erilaistumista syöpäsoluja, riippumaton leviämisen.
Citation: Gross AM, Kreisberg JF, Ideker T (2015) analyysi Hyväksytty kasvain ja normaali Profiilit paljastaa yhteinen Transkription ja Epigeneettiset Signals Jaettu poikki syöpätyyppeihin. PLoS ONE 10 (11): e0142618. doi: 10,1371 /journal.pone.0142618
Editor: Jindan Yu, Northwestern University, Yhdysvallat