Krooninen sairaus

tiivistelmä

Molecular tunnistava vuonna kieli- limakalvon ja ruoansulatuskanavan pelata rooli havaitseminen nautitun haitallisten huumeita ja myrkkyjä. Siksi geneettisten polymorfismien vaikuttavat valmiudet aloittamista nämä vastaukset voivat olla kriittinen myöhemmin tehokkuutta välttää ja /tai poistaa mahdolliset uhat organismin. Käyttämällä koodaus lähestymistapaa alueella Taste Receptor 2R38 (

TAS2R38

) geeni, tutkimme kaikki yhteistä geneettistä vaihtelua tämän geenialueen suhteessa peräsuolen syövän riskin kanssa tapauskontrollitutkimuksessa on Saksan väestöstä (709 valvonta ja 602 tapausta) sekä tšekkiläinen väestö (623 valvontaa ja 601 tapausta). Huomasimme, että ei ollut merkittäviä assosiaatioita yksittäisten SNP

TAS2R38

geeni ja peräsuolen syövän Tsekin tai Saksan väestöstä, eikä yhteiseen analyysiin. Kuitenkin, kun olemme analysoineet diplotypes ja fenotyyppien huomasimme, että ei-maistaja ryhmä oli kohonnut paksusuolisyövän verrattuna maistaja ryhmään. Tämä yhdistys oli rajatapaus merkittävä Tsekin väestön (OR = 1,28, 95% CI +0,99-+1,67; P

arvo = 0,058) ja tilastollisesti merkitsevä Saksan väestöstä (OR = 1,36, 95% CI 1,06-1,75; P

arvo = 0,016) ja yhteiseen analyysiin (OR = 1,34, 95% CI 1,12-1,61; p

arvo = 0,001). Lopuksi löysimme viittaavia assosiaatio ihmisen karvaanmakuisissa fenotyypin ja riski CRC kahdessa eri populaatioissa valkoihoisia.

Citation: Carrai M, Steinke V, Vodicka P, Pardini B, Rahner N, Holinski-Feder E, et ai. (2011) Association Between TAS2R38 geenipolymorfismien ja peräsuolen syövän Risk: Case-Control Study in Kaksi erillistä populaatiot valkoihoisia. PLoS ONE 6 (6): e20464. doi: 10,1371 /journal.pone.0020464

Editor: Yiqing Song, Brigham Naisten Hospital, ja Harvard Medical School, Yhdysvallat

vastaanotettu: 28 helmikuu 2011; Hyväksytty: 25 huhtikuu 2011; Julkaistu: 02 kesäkuu 2011

Copyright: © 2011 Carrai et al. Tämä on avoin pääsy artikkeli jaettu ehdoilla Creative Commons Nimeä lisenssi, joka sallii rajoittamattoman käytön, jakelun ja lisääntymiselle millä tahansa välineellä edellyttäen, että alkuperäinen kirjoittaja ja lähde hyvitetään.

Rahoitus: Hanke oli osittain tukee Grant viraston Tsekin: CZ: GACR: GA310 /07/1430, jonka Euroopan talousalueen /Norja Avustukset ja Tsekin valtion budjetin avulla Research Support Fund: A /CZ0046 /2 /0012. Rahoittajat ollut mitään roolia tutkimuksen suunnittelu, tiedonkeruu ja analyysi, päätös julkaista tai valmistamista käsikirjoituksen. Ei ylimääräistä ulkoista rahoitusta saanut tätä tutkimusta.

Kilpailevat edut: EHF ja MM työskentelee Medical Genetics Centerin /Medizinisch Genetisches Zentrum, Munich. Tämä ei muuta tekijöiden noudattaminen kaikki PLoS ONE politiikan tietojen jakamista ja materiaaleja.

Johdanto

peräsuolen syöpä (CRC) on kolmanneksi yleisin syöpä maailmassa ja toinen Euroopassa [1], [2]. Geneettinen tausta sillä arvellaan olevan tärkeä rooli moduloivan yksilöriski [3]. Tärkein etu on tutkimuksen geneettinen alttius CRC on keskittynyt geenien xenobiotic liikenteen ja aineenvaihdunta [4], [5], [6], [7], DNA: n korjaukseen ja solusyklin [8], [9 ], insuliiniresistenssi, liikalihavuus ja glukoositasot [10], ja tulehdus [11], [12]. Kuitenkin mahdollinen yhteys maku reseptoreihin, karvas tunnistus ja CRC riski on hiljattain testattu [13], [14], [15], [16]. Maun järjestelmä, kehittynyt evoluution aikana, on ravitsemuksellinen portinvartija kehon, mitkä elintarvikkeet olisi nautittuina ja joka on hylättävä mahdollisesti haitallista. Erityisesti kyky syrjiä karvas maku on kehittynyt keskeiseksi varoitussignaali vastaan ​​nauttimisesta mahdollisten myrkyllisiä aineita.

TAS2R38,

eniten tutkittu geeni heimoon kuuluviin, on huomattavasti mukana kyky maistaa glukosinolaattien, suuri perhe karvaan makuista yhdisteitä, jotka ovat levinneet laajalti kasveja ja erityisesti

Brassica

sp. [17], [18]. Syrjintä on kitkerä maku voi vaikuttaa vihannesten kulutusta sisältävät näitä ligandeja ja koska alennettua vihannesten nauttiminen voi lisätä paksusuolen syövän riskiä, ​​potilaan reaktiot katkera yhdisteet voivat moduloida Tautiriski [19], [20], [21], [22 ]. Lisäksi karvas maku reseptorit koodaa TAS2R geenin perhe ilmaistaan ​​paitsi kielen, mutta myös solut ruoansulatuskanavan (GI) [23], [24]. Maku reseptoreihin voivat säätää tällä tavalla, organismin kaksi riviä puolustuslinja mahdollisia myrkyllisiä aineita. Ensimmäinen voi olla tasolla maku kielen, välttämällä nieltynä. Toinen puolustuslinja, molekyyli tunnistusta ruoansulatuskanavasta, voi olla vastuussa havaitsemiseksi nautitun haitallisten huumeiden ja myrkkyjen, aloittaen siten vasteet kriittisiä hengissä. Nimittäin, havaitseminen aloitetaan lähettämällä viestejä hermostoon aiheuttaa reagoidaan niiden neutralointi ja karkotus [23]. Lisäksi maku tunnistus on tärkeä järjestelmä aloittaa hormonaalista ja /tai hermoratoja johtavat sääntelyyn kalorien saanti, haiman insuliinin eritystä, ja aineenvaihduntaa. [23] Vaikka nämä perustavaa laatua valvontajärjestelmät ovat olleet tiedossa jo useita vuosia, solu- ja hermoratoja, jotka välittävät biologiset vasteet luminaaliselle ärsykkeisiin yleensä ja karvas ärsykkeitä erityisesti edelleen huonosti tunnettu, Viimeaikaiset raportit kuitenkin nopeasti uusia tietoja tähän tärkeään aihe [25], [26], [27], [28].

TAS2R38

geeni on ominaista kolme ei synonyymi koodausta SNP (rs713598 – G145C, Ala49Pro; rs1726866 – T785C, Val262Ala; rs10246939 – A886G, Ile296Val). Nämä kolme polymorfismien, jotka ovat myös koodaus SNP ja kattavat kaikki yhteiset geneettisen muuntelun geenin lokuksesta, aiheuttaa useita haplotypes. Kaksi näistä haplotypes, Pro-Ala-Val (PAV) ja Ala-Val-Ile (AVI) ovat ylivoimaisesti yleisimmin todettu väestössä [29], [30], [31]. Aiheet jolla ainakin yhden kopion PAV alleelin ovat huomattavasti reagoivat katkera tastants, kuten sivu- tai PTC (maistaja fenotyyppi), kuin ne, jotka ovat homotsygoottisia AVI alleelin (non-maistaja fenotyyppi). Koska erillistä fenotyypit (maistaja

vs

ei taster) heijastaa ero reseptorin toiminnallisuutta, kyvyttömyys maku karvas yhdisteitä voitaisiin myös markkeri heikentynyt toiminta reseptorien GI: ei-taster yksityishenkilöt voisivat reagoida hitaampaa poistaa vierasperäiset aineet suolistossa ja siten on suurempi riski CRC.

tämän tutkimuksen tavoitteena oli, käyttäen koodaus lähestymistapaa, arvioimaan mahdollisia korrelaatio kaikkien yhteinen geneettinen vaihtelu

TAS2R38

ja tuloksena ”makuista kyky” ja CRC riskin yhteensä 1203 tapausta paksusuolisyövän ja 1332 tarkastuksia Saksan ja Tsekin populaatiot, joiden tiedetään olevan yksi suurempi ilmaantuvuus CRC [32].

tulokset

tässä tapauskontrollitutkimuksessa arvioimme vaihtelua

TAS2R38

geenin ryhmä kohteita Saksan ja Tsekin valkoihoisia. Tiedot koskevat tärkeimmät ominaisuudet kaksi tutkimuspopulaatiossa on esitetty taulukossa 1.

genotyypin onnistumisastetta ja laadunvalvonta

genotyyppi jakaumat lainkaan lokuksille Hardy-Weinberg tasapainon valvonta, ei-merkitsevä chi square arvot (p 0,05, tuloksia ei ole esitetty). Satunnainen kaksoisnäytteillä (8%) oli myös yksimielisiksi ja niiden genotyyppien oli yli 99%. Keskimääräisten korko kolmen SNP oli 97,9%.

Tärkeimmät vaikutukset genotyyppi SNP

jakauma genotyyppien ja niiden kertoimet suhteet (syrjäisimmillä alueilla) ja yhdessä CRC riski on esitetty taulukossa 2. Arvioimme syrjäisimpien alueiden erikseen ja yhdessä kahden väestölle. Huomasimme, että ei ollut merkittäviä assosiaatioita SNP

TAS2R38

geeni ja CRC sen enempää tšekit, että saksalaiset, eikä yhteiseen analyysiin.

Haplotyyppifrekvenssianalyysi, diplotype ja fenotyypin analysointi

jakelu suurten haplotyyppien (PAV ja AVI) ei ollut merkitsevästi erilainen (p = 0,99) että kahden populaation. Vaikka harvinainen haplotypes (AAV; PVV, AAI, PVI ja PAI) osuus samaa kumulatiivinen taajuus (4%) sekä Saksan ja Tsekin ryhmiä, ne näyttivät eri jakautuu raportoitu täydentäviä kuvissa S1 ja S2. Performing regressioanalyysimme yhdessä Saksan ja Tsekin väestön havaitsimme tilastollisesti merkitsevästi yhteydessä

TAS2R38

diplotypes ja CRC riski: kantajia AVI /AVI diplotype aiheuttaa lisääntynyt riski CRC verrattuna PAV /PAV harjoittajia OR 1,33 (95% CI 1,03-1,72; p = 0,027). Alkuperämaa ja sukupuoli eivät merkittävästi muuta havaitun yhdistys (p = 0,85 ja p = 0,36 vastaavasti) kuten esitetty taulukossa 3.

Tsekin väestön kantajia AVI /AVI diplotype esittelyyn tilastollisesti ei merkitsevä taipumusta lisätä CRC riski, jossa OR = 1,15 (95% CI 0,80-1,66; p = 0,44).

Saksan väestöstä löysimme merkitsevä yhteys AVI /AVI diplotype harjoittajat ja lisääntynyt riski CRC OR = 1,52 (95% CI 1,05-2,21; p = 0,027) verrattuna PAV /PAV kantajia.

Lopuksi jaetaan kaikki diplotypes kahteen ryhmään määritelty niiden fenotyyppi maistajan (PAV /PAV; PAV /PVV; P _ * /A_ *)) ryhmä ja ei-maistaja ((AVI /AVI; AAV /AVI) ryhmä. ei-maistajat olivat liittyy lisääntynyt riski CRC vuonna Saksan väestöstä (OR = 1,36; 95% CI 1,06-1,75; p = 0,016). Muut kuin maistajat olivat myös liittyä lisääntynyt riski Tšekin väestö, vaikkakaan ei tilastollisesti merkitsevä tasolla (OR = 1,28; 95% CI 0,99 -1,67; p = 0,0580. Analysoidaan kahden populaation yhdessä yhdistyksen oli vahvempi (OR = 1,34; 95% CI 1,12-1,61, p = 0,001. (Taulukko 4)

Effects of genotyyppi SNP eri väestöryhmien

Tsekin väestön olemme suorittaneet analyysi ositettiin sukupuolen ja tupakoinnista ja me myös suorittaa analyysin käyttäen BMI sovitustekijää. sillä Saksan väestöstä meillä ei ollut tietoa tupakoinnin ja BMI. tutkimuksessamme ei ollut eroa genotyyppi jakaumat eri kerrostumissa, eikä BMI ollut vaikutusta yhdistyksen.

keskustelu

Tässä tutkimuksessa yhteinen geneettinen vaihtelu

TAS2R38

kokonaan kiinni. soveltava intensiivinen SNP koodaus lähestymistapa tarjoaa lähes perinpohjainen yhteenliittymien CRC riskin yhteisiä polymorfisia variantteja tunnetaan uran etua. Lisäksi analyysit haplotyyppien, diplotype ja fenotyypin tarjoavat kattavan kuvan yhteinen geneettinen vaihtelu

TAS2R38

geeni suhteessa CRC riski.

tässä tutkimuksessa oli riittävä teho (yli 80%, kun codominant malli) havaitsemiseksi OR = 1,30 at alpha = 0.05 SNP kanssa MAF 0,33 (joka on kaikkein harvinainen alleeli täten tutkittu), jos otetaan huomioon vain Saksan väestöstä. Tšekin väestö meillä oli sama teho havaitsemiseksi yhteenliittymien OR = 1,27 tai suurempi ja kokoamalla yhteen kahden populaation saimme riittävä voima havaita vaatimattomampi yhdistysten (OR≥1.21).

Tämä tutkimus tarjoaa mielenkiintoisen todisteita mahdollisesta roolista TAS2R38 CRC riskiä. Analysoimalla kolmea SNP erikseen emme löytäneet mitään yhteyttä CRC riski. Kuitenkin, kun olemme analysoineet jakautuminen suurten diplotypes tapausten välillä ja valvonnan huomasimme, että AVI /AVI yhdistelmä liittyy suurentunut CRC riski. Tämä yhteys oli voimakkaampi, kun otetaan huomioon kahden populaation yhdessä (p suuntaus testi = 0,007). Yksilöillä, joilla tämä diplotype kutsutaan katkera yhdisteet ”ei-maistajat”, toisin kuin ”taster”. Olemme vihdoin käsitteli ei-maistaja fenotyypin vastaan ​​kaikki muut ja totesi, että se oli yhteydessä lisääntyneeseen CRC riski molemmissa populaatioissa, vaikka yhdistys oli vahvempi Saksan väestöstä kuin Tsekin. Tämä yhdistys viittaa siihen, että erillisten fenotyypit, jotka ilmentävät ero reseptorin toiminnallisuutta kyvyttömyys maku karvas yhdisteitä, voitaisiin myös markkeri heikentynyt toiminta reseptorien GI: ei-taster yksityishenkilöt voisivat reagoida hitaammin poistamaan vierasaineiden suolistossa ja näin ollen on suurempi riski CRC.

mahdolliset rajoitukset tämän tutkimuksen sisältävät suhteellisen pienen otoksen koosta ja mahdolliset erot kahden valitun väestön, erityisesti huomioon mahdollisten sekoittavien tekijöiden, kuten ruokavaliosta. Voimme kuitenkin luottavaisin sulkea merkittävä rooli etnisten eroja kahden populaation. Tuoreessa tutkimuksessa Nelis ja työtovereiden tutkittu taustalla väestö kerrostuneisuus Euroopassa osoittavat, että oli hyvin vähän, jos lainkaan, erot geneettisen meikkiä saksalaiset ja tsekit [32]. Lisäksi Tšekin ja Saksan väestön on myös verrattavissa CRC esiintyvyys mukaan Globocan [1]. Ruokailutottumuksiin ja ravinnon eivät dramaattisesti erilainen näissä kahdessa maassa (https://faostat.fao.org/site/609/DesktopDefault.aspx?PageID = 609). Kuitenkin löysimme heikompi assosiaatio geneettisen muuntelun

lokuksen

ja CRC riskin Tšekin väestöstä. Yksi selitys voi liittyä ympäristötekijät (esim. Ruokavalio, tupakointi). Toinen selitys voisi olla erilainen ilmoittautuminen strategia koehenkilöistä koska saksalaiset oli suvussa CRC tai CRC diagnosoitu alle 50 Mean ja mediaani-ikä ovat alhaisempia Saksan väestöstä ja tämä voi johtua siitä, syy-yhteyttä kasvain vahvemmasta geneettinen komponentti, koska ympäristö oli vähemmän aikaa muuttaa syöpäriski näitä henkilöitä. On myös mahdollista, että vuorovaikutukset geenien ja ympäristön voisi olla syy heikomman yhdistyksen Tšekin väestö siten, että emme voineet havaita tämän tutkimuksen. Lopuksi yhdistys voisi olla sattumalöydös, mutta emme pyrkisi sulkea pois tätä varten, että kahden populaatioiden yhdistyksen näyttää viittaavan samaan ryhmään kuin lisääntyneen riskin yksilöitä.

Sukupuolierot karvaaksi makuun on tutkittu [33] ja näiden syystä teimme kerrostunut analyysit molemmissa populaatioissa. Huomasimme, että sukupuoli ei ollut muutetaan tekijä joko väestöstä.

Useat genomin laajuinen yhdistys tutkimukset (GWAS) CRC riski on julkaistu [34], ja ei mitään

TAS2R38

nousseet mahdollinen alttius lokuksen. On kuitenkin mielenkiintoista huomata, että genomin alueella, jossa

TAS2R38

sijaitsee huonosti kattaa SNP matriisia käytetään julkaistu CRC GWAS. Erityisesti rs1726866 ja rs10246939 eivät ole läsnä näillä alustoilla (https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway). Löysimme yhdistys käyttämällä yhdistelmiä kolmen genotyyppien osaksi diplotypes, sen vuoksi ei ole yllättävää, että GWAS, jossa kaksi kolmesta SNP puuttuivat, ja jotka eivät rutiininomaisesti tutkia haplotypes /diplotypes /fenotyyppejä, ei havaittu mitään signaalia tässä lokuksessa.

Yhteenvetona löysimme viittaavia assosiaatio ihmisen karvaanmakuisissa fenotyypin ja riski CRC kahdessa eri populaatioissa valkoihoisia. Suurempi, riippumaton tutkimus on tarpeen tutkia tarkemmin tätä päätelmää.

Materiaalit ja menetelmät

Ethics lausunto

Kaikki osallistujat allekirjoittivat tietoisen kirjallisen suostumuksen. Tutkimuksen hyväksyi eettinen tarkastuslautakunta toimielinten vastaavien aihe rekrytointi kussakin rekrytointi keskuksista.

Kirjallinen suostumus saatiin kaikilta TET. Eettinen valiokunnat olivat seuraavat:

Ethik Kommissionin der Medizinischen Fakultät der Ruhr Universität Bochum [Reg.-Nr.:1514]; Ethik Kommissionin – Medizinische Fakultät Bonn [LFD. Nr. 115/09]; Ethik Kommissionin der Medizinische Fakultät der Technischen Universität; Dresden [Bearbeitungs- Nr. EK170102000]; Ethikkommission der Medizinische Fakultät der Heinrich Heine Universität Düsseldorf [Studiennummer: 1172]; Ethikkommission I der Universität – Medizinische Fakultät Heidelberg [Antrags- Nr .: 220/2002]; Ethikkommission II an der Fakultät für Klinische Medizin der Ruprechts-Karl-Universität Heidelberg (koskee näytettä Mannheim) [Antrags- Nr .: 87/04] Ethikkommission der Medizinische Fakultät Universität München [Projekt Nr. 255/98]; Etická komise Ústravu experimentální Medicin AV ČR eettisen komitean instituutin Clinical and Experimental Medicine ja tiedekunnan Thomayer Hospital [C. J. 786/09 (04.09.09)].

Tutkimus väestön

Toistaiseksi tapausten-verrokkitutkimus olemme harkinneet ryhmän aiheista kahden populaation: yksi Tšekki (601 tapauksissa 623 tarkastukset) ja toinen Saksassa (602 tapausta, 709 valvonta).

Tšekin väestö on laajasti kuvattu muualla [7]. Lyhyesti, tapaukset olivat CRC potilaiden luona yhdeksän onkologian osastojen (kaksi Praha, kussakin yksi Benesov, Brno, Liberec, Ples, Pribram, Usti nad Labem, ja Zlin) jaettu kaikilla maantieteellisillä alueilla Tsekin ja edustavan väestön koko maassa. Tutkimus sisältää potilaat, joilla voitaisiin kuultaviksi ja tarjotaan biologisten näytteiden riittävän laadukkaita geneettisen analyysin. Kaikki tapaukset olivat histologista vahvistusta niiden kasvain diagnoosin. Ryhmässä tapauksissa geneettinen testaus perinnöllinen polypoottinen CRC (HNPCC) suositeltiin neljällä potilaalla, jotka kuuluivat perheet täyttää Amsterdamin kriteerien II, ja nämä tapaukset jätettiin.

Kontrollit valittiin joukosta tuotujen potilaiden viisi suurta gastroenterologiset osastot (Praha, Brno, Jihlava, Liberec, ja Pribram) ympäri Tšekissä, samana aikana kuin rekrytointi tapauksista. Ainoastaan ​​kohteet, joiden colonoscopic tulokset olivat negatiivisia maligniteetin, peräsuolen adenoomia tai IBD valittiin valvontaa. Niistä 739 kutsui valvontaa, yhteensä 623 (84,3%) analysoitiin tässä tutkimuksessa (menettänyt valvonta olivat samanlaisia ​​kuin mukana suhteen sukupuoleen jakelu).

Kotelot mukana tässä tutkimuksessa oli keski-ikä oli 59,2 vuotta (vaihteluväli 27-74), kun taas valvonta keskimääräinen ikä oli 55,3 vuotta (vaihteluväli 28-91).

geneettisiä analyysejä ei häiritse diagnostisia toimenpiteitä tai taso. Kaikki osallistujat allekirjoitti tietoisen kirjallisen suostumuksen ja tutkimuksen suunnittelu hyväksyi eettinen komitea, Institute of Experimental Medicine, Praha, Tsekin tasavalta.

Saksan väestöstä, kuten on kuvattu [35], [ ,,,0],36] CRC tapauksissa käsitti 602-indeksi potilaalla (ikäryhmä 13-82 vuotta, keskiarvo 43,2 vuotta) palvelukseen kuudella Saksan yliopistosairaaloiden (Bochum, Bonn, Dresden, Düsseldorf, Heidelberg ja Munich /Regensburg). Tapaukset kerättiin osana suurta tutkimusta alttiuteen HNPCC. Inclusion kriteerit tapauksista oli (i) suvussa CRC tai (ii) CRC diagnosoitu alle 50 Analyysi mikrosatelliittien epävakautta levitettiin ennen Seulontatesti ennen mutaation analyysi

MSH2

ja

MLH1

geenejä. Kaikki tapaukset testattiin olevan Mikrosatelliittimarkkerien vakaa.

verrokkisarjalle koostui 709 terveen, jotka eivät liity ja ethnicity-, sukupuolen ja iän sovitettu verenluovuttajia (26-64 vuotta, keskiarvo 44,5 vuotta), jotka rekrytoitiin välillä 2004 ja 2006 Institute of Transfusion Medicine ja immunologian tiedekunta Mannheim, Saksa. Sopiva välein ikä oli ”alle 30 vuoden, viiden vuoden ryhmät (30-34, 35-39, …, 60-64) ja” yli 65 vuotta. Veren näytteenotto suoritettiin normaalina verenluovutuksen mukaan Saksan ohjeiden. Tutkimuksen hyväksyi toimivaltaisten paikallisten eettisten toimikuntien ja kirjallinen suostumus saatiin kaikille yksilöille.

Tiedot koskevat tärkeimmät ominaisuudet kaksi tutkimuspopulaatiossa on esitetty taulukossa 1.

Selection Pantaseurannan SNP

pyritään tutkimaan koko yhteisiä geneettisiä variantteja

TAS2R38

. Tätä varten me seurasimme hybridi koodaus-toiminnallinen lähestymistapa. Käytimme algoritmin kuvanneet Carlson ja työtoverit [37], joka kehitettiin valita maksimaalisesti informatiivinen sarja tag SNP ehdokas-geenin yhdistys tutkimus. Kaikki polymorfismit alueella

TAS2R38

lokuksen vähäisin alleelin taajuus (MAF) ≥5% valkoihoisista Kansainvälisen HapMap Project (versio 21a; https://www.hapmap.org) sisällytettiin. Koodaus SNP: t on valittu käyttämällä lisääjä ohjelmaan Haploview (https://www.broad.mit.edu/mpg/haploview/; https://www.broad.mit.edu/mpg/tagger/) [38 ], [39], käytetään pareittain koodaus on vähintään r

2 0.8. Ottaen huomioon, että genominen alue

TAS2R38

on tunnusomaista korkea sidoksen disquilibrium (LD), me olettaa, että tällaiset SNP todennäköisesti myös merkitä mitään tähän mennessä tunnistamaton yhteinen SNP geenissä. Valitsimme rs713598, rs1726866 ja rs10246939 kuin koodaus SNP, koska ne ovat kaikki ei-synonyymejä toiminnallinen [29], [30], [40], [41], [42], [43], [44], [45] SNP .

DNA: n eristämistä ja genotyypityksen

DNA eristettiin verinäytteistä standardin proteinaasi K digestio sen jälkeen uutetaan fenoli /kloroformilla ja saostetaan etanolilla. Järjestys DNA: iden tapausten ja kontrollien satunnaistettiin PCR levyt, jotta varmistetaan, että yhtä monta tapausten ja kontrollien voitaisiin analysoida samanaikaisesti. Kaikki genotyypitys suoritettiin käyttäen Taqman määritystä. MGB Taqman koettimia ja alukkeita hankittiin Applied Biosystems (Foster City, CA), kuten ennalta suunniteltuja määrityksiä. Reaktioseosta oli 10 ng genomista DNA: ta, 10 pmol kutakin aluketta, 2 pmol kutakin koetinta ja 2,5 ml: aan 2x master mix (Applied Biosystems) lopullisessa tilavuudessa 5 ul. Termosyklisointireaktio mukana 40 sykliä 30 s 95 ° C: ssa, jota seuraa 60 s 60 ° C: ssa. PCR Levyt luettiin ABI PRISM 7900HT väline (Applied Biosystems).

Kaikki näytteet, jotka eivät anna luotettavaa tulosta ensimmäisellä kierroksella genotyypityksen oli uudelleen jopa kaksi kierrosta genotyypitys. Datapisteiden ei vieläkään täytetty tämän toimenpiteen jälkeen oli tyhjä.

Haplotyyppifrekvenssianalyysi ja diplotype jälleenrakennus

Haplotyypit ja diplotypes rekonstruoitiin käyttämällä PHASE ohjelmisto [46].

Tilastollinen analyysi

frekvenssijakauma genotyyppien tutkittiin tapauksissa ja valvontaa. Hardy-Weinberg tasapaino testattiin tapauksissa ja kontrolleissa ja kahdessa väestön erikseen chi neliön testi. Käytimme logistinen regressio monimuuttuja analyyseja arvioimiseksi, geneettisen polymorfismin vaikutus CRC riskiä käyttämällä yhteistyössä hallitseva ja hallitseva perintö malli. Yleisin genotyyppi kontrolleissa nimitettiin viiteryhmäksi. Kaikki analyysit ikä- ja sukupuoli. Tšekin väestö myös oikaistu Body Max Index (BMI) jatkuvana muuttujana. Analysoimme kahden populaation erikseen ja yhdessä (sopeutimme myös keskustan rekrytoinnin jälkimmäisessä tapauksessa).

regressiomalli harkitsee uudelleen muodostetun haplotyyppi ikä- (jatkuva), sukupuoli ja tutkimuskeskuksen suoritettiin laskea riski arvioi. ”Maistaja” (PAV) haplotyyppi asetettiin vertailuryhmään. Olemme viimein diplotypes kunkin yksittäisen ja ryhmitelty ja jaettu ne kahteen fenotyyppiset ryhmien maistaja ryhmä ((PAV /PAV; PAV /PVV; P _ * /A_ *) ja ei-maistaja ryhmä (AVI /AVI; AAV /AVI ). Jotta diplotype analyysissä ”maistaja” ryhmä asetettiin viitteenä.

esiintynyt myös ositettu analyysi sukupuolen ja tupakoinnin. tupakointi luokiteltiin tupakoivat, ex tupakoitsijoita (lopettaa tupakoinnin yli 5 vuotta ) tai tupakoimattomia. Tupakointi sittemmin jaettu runsaasti tupakoivat (yli 20 savuketta päivässä) ja ei-runsaasti tupakoivat (alle 20 savuketta päivässä). Kaikki analyysi suoritettiin käyttäen Statgraphics

®

Centurion XVI ohjelmisto (© 2009 StatPoint Technologies, Inc.www.STATGRAPHICS.com) ja STATA ohjelmistot (StataCorp, College Station, TX).

tukeminen Information

Kuva S1.

jakautuminen Haplotyypit vuonna czech väestöstä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0020464.s001

(DOC) B Kuva S2.

jakautuminen haplotyyppien Saksan väestöstä.

doi: 10,1371 /journal.pone.0020464.s002

(DOC) B